Laurent Brehelin

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Publications

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The Hippo pathway terminal effector TAZ/WWTR1 mediates oxaliplatin sensitivity in p53 proficient colon cancer cells

Vera Slaninova , Lisa Heron-Milhavet , Mathilde Robin , Laura Jeanson , Adam Aissanou et al.

BMC Cancer, 2024, 24 (1), pp.587. ⟨10.1186/s12885-024-12316-4⟩

Article dans une revue hal-04666042v1
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TFscope: systematic analysis of the sequence features involved in the binding preferences of transcription factors

Raphaël Romero , Christophe Menichelli , Christophe Vroland , Jean-Michel Marin , Sophie Lèbre et al.

Genome Biology, 2024, 25 (1), pp.187. ⟨10.1186/s13059-024-03321-8⟩

Article dans une revue lirmm-04696535v1
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Advancing Regulatory Genomics With Machine Learning

Laurent Bréhélin

Bioinformatics and Biology Insights, 2024, 18, ⟨10.1177/11779322241249562⟩

Article dans une revue lirmm-04899827v1
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Optimizing data integration improves Gene Regulatory Network inference in Arabidopsis thaliana

Océane Cassan , Charles-Henri Lecellier , Antoine Martin , Laurent Bréhélin , Sophie Lèbre

Bioinformatics, 2024, 40 (7), pp.btae415. ⟨10.1093/bioinformatics/btae415⟩

Article dans une revue hal-04625944v1
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Identification of long regulatory elements in the genome of Plasmodium falciparum and other eukaryotes

Christophe Menichelli , Vincent Guitard , Rafael Miyazawa Martins , Sophie Lèbre , José Juan Lopez-Rubio et al.

PLoS Computational Biology, 2021, 17 (4), pp.e1008909. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008909⟩

Article dans une revue hal-03253460v1
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Fra-1 regulates its target genes via binding to remote enhancers without exerting major control on chromatin architecture in triple negative breast cancers

Fabienne Bejjani , Claire Tolza , Mathias Boulanger , Damien Downes , Raphaël Romero et al.

Nucleic Acids Research, 2021, 49 (5), pp.2488-2508. ⟨10.1093/nar/gkab053⟩

Article dans une revue hal-03253453v1
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Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

Mathys Grapotte , Manu Saraswat , Chloé Bessière , Christophe Menichelli , Jordan A. Ramilowski et al.

Nature Communications, 2021, 12, pp.1-18/3297. ⟨10.1038/s41467-021-23143-7⟩

Article dans une revue hal-03255754v1
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Accounting for ambiguity in ancestral sequence reconstruction

Adrien Oliva , Sylvain Pulicani , Vincent Lefort , Laurent Brehelin , Olivier Gascuel et al.

Bioinformatics, 2019, 35 (21), pp.4290-4297. ⟨10.1093/bioinformatics/btz249⟩

Article dans une revue pasteur-02404399v1
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Probing transcription factor combinatorics in different promoter classes and in enhancers

Jimmy Vandel , Océane Cassan , Sophie Lèbre , Charles-Henri Lecellier , Laurent Brehelin

BMC Genomics, 2019, 20 (103), ⟨10.1186/s12864-018-5408-0⟩

Article dans une revue hal-02070201v1
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Probing instructions for expression regulation in gene nucleotide compositions

Chloé Bessière , May Taha , Florent Petitprez , Jimmy Vandel , Jean-Michel Marin et al.

PLoS Computational Biology, 2018, 14 (1), pp.e1005921. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005921⟩

Article dans une revue lirmm-01744469v1
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Improving pairwise comparison of protein sequences with domain co-occurrence

Christophe Menichelli , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin

PLoS Computational Biology, 2018, 14 (1), pp.e1005889. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005889⟩

Article dans une revue lirmm-01744475v1
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Identification of divergent protein domains by combining HMM-HMM comparisons and co-occurrence detection

Amel Ghouila , Isabelle Florent , Fatma Zahra Guerfali , Nicolas Terrapon , Dhafer Laouini et al.

PLoS ONE, 2014, 9 (6), pp.e95275. ⟨10.1371/journal.pone.0095275⟩

Article dans une revue pasteur-01060276v1
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Computational discovery of regulatory elements in a continuous expression space

Mathieu Lajoie , Olivier Gascuel , Vincent Lefort , Laurent Brehelin

Genome Biology, 2012, 13 (11), pp.41. ⟨10.1186/gb-2012-13-11-r109⟩

Article dans une revue lirmm-00796453v1

Galvestine-1, a novel chemical probe for the study of the glycerolipid homeostasis system in plant cells.

Laurence Boudière , Cyrille y Botté , Nadia Saidani , Mathieu Lajoie , Jessica Marion et al.

Molecular BioSystems, 2012, 8 (8), pp.2023-35. ⟨10.1039/c2mb25067e⟩

Article dans une revue hal-00720135v1
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Fitting hidden Markov models of protein domains to a target species: application to Plasmodium falciparum.

Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Eric Marechal , Laurent Brehelin

BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.67. ⟨10.1186/1471-2105-13-67⟩

Article dans une revue hal-00701611v1

Chemical inhibitors of monogalactosyldiacylglycerol synthases in Arabidopsis thaliana.

Cyrille y Botté , Michael Deligny , Aymeric Roccia , Anne-Laure Bonneau , Nadia Saïdani et al.

Nature Chemical Biology, 2011, 7 (11), pp.834-842. ⟨10.1038/nchembio.658⟩

Article dans une revue hal-00636525v1
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EuPathDomains: The Divergent Domain Database for Eukaryotic Pathogens

Amel Ghouila , Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Fatma Guerfali , Dhafer Laouini et al.

Infection, Genetics and Evolution, 2011, 11 (4), pp.698-707. ⟨10.1016/j.meegid.2010.09.008⟩

Article dans une revue istex lirmm-00540932v1
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Bioinformatic strategies to provide functional clues to the unknown genes in Plasmodium falciparum genome

Isabelle Florent , Eric Maréchal , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin

Parasite, 2010, 17 (4), pp.273-283. ⟨10.1051/parasite/2010174273⟩

Article dans une revue hal-02659756v1
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Assessing Functional Annotation Transfers with Inter-Species Conserved Coexpression: Application to Plasmodium Falciparum

Laurent Brehelin , Isabelle Florent , Olivier Gascuel , Eric Maréchal

BMC Genomics, 2010, 11 (35), pp.1471-2164. ⟨10.1186/1471-2164-11-35⟩

Article dans une revue lirmm-00540866v1

Estimation of sequence errors and capacity of genomic annotation in transcriptomic and DNA-protein interaction assays based on next generation sequencers

Nicolas Philippe , Anthony Boureux , Laurent Brehelin , Jorma Tarhio , Thérèse Commes et al.

Cellular Oncology, 2009, 31 (2), pp.145-146

Article dans une revue lirmm-00416012v1
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A Plasmodium Falciparum FcB1-Schizont-EST Collection Providing Clues to Schizont Specific Gene Structure and Polymorphism

Isabelle Florent , Betina M Porcel , Elodie Guillaume , Corinne da Silva , François Artiguenave et al.

BMC Genomics, 2009, 10, pp.235-252. ⟨10.1186/1471-2164-10-235⟩

Article dans une revue lirmm-00395282v1
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Detection of new protein domains using co-occurrence: application to Plasmodium falciparum

Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Eric Maréchal , Laurent Brehelin

Bioinformatics, 2009, 25, pp.3077-83. ⟨10.1093/bioinformatics/btp560⟩

Article dans une revue lirmm-00431171v1
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Using reads to annotate the genome: influence of length, background distribution, and sequence errors on prediction capacity

Nicolas Philippe , Anthony Boureux , Laurent Brehelin , Jorma Tarhio , Thérèse Commes et al.

Nucleic Acids Research, 2009, 37 (15 e104), pp.11. ⟨10.1093/nar/gkp492⟩

Article dans une revue lirmm-00415899v1
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Using Repeated Measurements to Validate Hierarchical Gene Clusters

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel , Olivier C. Martin

Bioinformatics, 2008, 24 (5), pp.682-688. ⟨10.1093/bioinformatics/btn017⟩

Article dans une revue lirmm-00272116v1
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PlasmoDraft: a database of Plasmodium falciparum gene function predictions based on postgenomic data

Laurent Brehelin , Jean-François Dufayard , Olivier Gascuel

BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.9:440. ⟨10.1186/1471-2105-9-440⟩

Article dans une revue lirmm-00327273v2

A Bayesian Approach for the Clustering of Short Time Series

Laurent Brehelin

Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 2006, 20, pp.697-716

Article dans une revue lirmm-00113350v1
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A systematic analysis of the genomic features involved in specificities of transcription factor binding

Raphaël Romero , Christophe Menichelli , Jean-Michel Marin , Sophie Lèbre , Charles-Henri Lecellier et al.

JOBIM 2021 - 21es Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. ⟨10.1101/2022.08.16.504098⟩

Communication dans un congrès hal-03385869v1
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Modélisation de l'expression des gènes à partir de données de séquence ADN

May Taha , Chloé Bessière , Florent Petitprez , Jimmy Vandel , Jean-Michel Marin et al.

JdS 2017, 49èmes Journées de Statistique de la SFdS, May 2017, Avignon, France

Communication dans un congrès hal-02068289v1

Méthodes bioinformatiques pour la prédiction de la fonction des gènes : identification des domaines protéiques dans les génomes de pathogènes

Laurent Brehelin

JFMPM: Journées Franco-Maghrébines de Parasitologie-Mycologie, Oct 2015, Tunis, Tunisie

Communication dans un congrès lirmm-01397412v1

Recherche de motifs de régulation à l'aide de donner d'expression

Laurent Brehelin

SeqBio, Nov 2014, Montpellier, France

Communication dans un congrès lirmm-01397396v1

Fitting Hidden Markov Models of Protein Domains to a Target Species

Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin

JOBIM 2011 - 12es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. pp.193-194

Communication dans un congrès lirmm-00725501v1
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Identification of Regulatory Elements from Gene Expression Data without Clustering

Mathieu Lajoie , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin

JOBIM 2011 - 12es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. pp.89-90

Communication dans un congrès lirmm-00725490v1
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Détection de nouveaux domaines protéiques par co-occurence : Application à P. falciparum

Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin

JOBIM 2009 - 10es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.43-48

Communication dans un congrès lirmm-00414954v1

Estimation of Sequence Errors and Prediction Capacity in Transcriptomic and DNA-Protein Interaction Assays

Nicolas Philippe , Anthony Boureux , Laurent Brehelin , Jorma Tarhio , Thérèse Commes et al.

SMPGD'09: Statistical Methods for Post-genomic Data Workshop, Jan 2009, Paris, France. pp.3

Communication dans un congrès lirmm-00375005v1
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A new type of Hidden Markov Models to predict complex domain architecture in protein sequences

Raluca Uricaru , Laurent Brehelin , Eric Rivals

JOBIM 2007 - 8es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France. pp.97-102

Communication dans un congrès lirmm-00195493v1
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Bias and Benefit Induced by Intra-Species Paralogy in Guilt by Association Methods to Predict Protein Function

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel

SMPGD'07: Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2007, Paris, France

Communication dans un congrès lirmm-00195262v1

GONNA: a Gene Ontology Nearest Neighbor Approach for the Functional Prediction of P.falciparum Orphan Genes

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel

International Conference on the Bioinformatics of African Pathogens and Disease Vectors, May 2007, Nairobi, Kenya

Communication dans un congrès lirmm-00195264v1

A new type of Hidden Markov Models to predict complex motif organization in protein sequences

Raluca Uricaru , Laurent Brehelin , Eric Rivals

Integrative Post-Genomics, 2006, Lyon, pp.43

Communication dans un congrès lirmm-00120171v1
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Bias and benefit induced by intra-species homologies in guilt by association methods to predict protein function

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel

JOBIM 2006 - 7es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France. pp.59-66

Communication dans un congrès lirmm-00113353v1

Evaluation des Classes d'une Hiérarchie par la Prise en Compte des Répétitions Expérimentales

Laurent Brehelin , Olivier C. Martin

JOBIM 2005 - 6es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2005, Lyon, France. pp.125-134

Communication dans un congrès lirmm-00106135v1
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Clustering Gene Expression Series with Prior Knowledge

Laurent Brehelin

WABI'05: 5th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Oct 2005, Mallorca, Spain. pp.27-38, ⟨10.1007/11557067_3⟩

Communication dans un congrès lirmm-00327792v1

Outlier Detection in Gene Expression Data Improves Classification Accuracy

Laurent Brehelin , F. Major

IRIS Machine Learning Workshop, 2004

Communication dans un congrès lirmm-00108666v1

Une Approche Bayésienne pour la Classification de Cinétiques d'Expression de Gènes

Laurent Brehelin

JOBIM 2004 - 5es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2004, Montreal, Canada

Communication dans un congrès lirmm-00108938v1
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DNA replication timing and Copy Number Variations are confounders of ATAC-Seq and RNA-DNA interaction data

Christophe Vroland , Rodrigo Pracana , Alice Lambolez , Pelin Sahlén , Masaki Kato et al.

ISBM/ECCB 2025 - 33rd Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 24th European Conference on Computational Biology, Jul 2025, Liverpool, United Kingdom.

Poster de conférence hal-05162278v2
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Using positional information for predicting transcription factor binding sites

Raphaël Romero , Christophe Menichelli , Jean-Michel Marin , Sophie Lèbre , Charles-Henri Lecellier et al.

SMPGD 2019 - Workshop on Statistical Methods for Post Genomic Data, Jan 2019, Barcelone, Spain.

Poster de conférence hal-02068254v1

A genome-wide, machine learning-guided exploration of the cis-regulatory code involved in neuronal differentiation

Océane Cassan , Julien Raynal , Christophe Vroland , Kayoko Yasuzawa , Tsukasa Kouno et al.

2025

Pré-publication, Document de travail hal-05069585v1
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Evidence of distal regulations orchestrated by RNAs initiating at short tandem repeats

Mathys Grapotte , Christophe Vroland , Diego Garrido-Martín , Alessio Vignoli , Lisa Calero et al.

2025

Pré-publication, Document de travail hal-05030164v1
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The Hippo pathway terminal effector TAZ/WWTR1 mediates oxaliplatin sensitivity in colon cancer cells

Věra Slaninová , Lisa Heron-Milhavet , Mathilde Robin , Laura Jeanson , Diala Kantar et al.

2023

Pré-publication, Document de travail lirmm-04299945v1
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Advancing regulatory genomics with machine learning

Laurent Brehelin

2023

Pré-publication, Document de travail lirmm-04271442v1
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Optimizing data integration improves Gene Regulatory Network inference in Arabidopsis thaliana

Océane Cassan , Charles Henri Lecellier , Antoine Martin , Laurent Brehelin , Sophie Lèbre

2023

Pré-publication, Document de travail hal-04228523v1
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Systematic analysis of the genomic features involved in the binding preferences of transcription factors

Raphaël Romero , Christophe Menichelli , Jean-Michel Marin , Sophie Lèbre , Charles-Henri Lecellier et al.

2022

Pré-publication, Document de travail hal-03796420v1
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Evidence of transcription at polyT short tandem repeats

Chloé Bessiere , Manu Saraswat , Mathys Grapotte , Christophe Menichelli , Jordan A. Ramilowski et al.

2021

Pré-publication, Document de travail hal-02404809v1
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Identification of long regulatory elements in the genome of Plasmodium falciparum and other eukaryotes

Christophe Menichelli , Vincent Guitard , Rafael Martins , Sophie Lèbre , José‑juan Lopez‑rubio et al.

2020

Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03024898v1
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Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

Mathys Grapotte , Manu Saraswat , Chloé Bessière , Christophe Menichelli , Jordan A. Ramilowski et al.

2020

Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03024896v1
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Modeling transcription factor combinatorics in promoters and enhancers

Jimmy Vandel , Océane Cassan , Sophie Lèbre , Charles-Henri Lecellier , Laurent Brehelin

2018

Pré-publication, Document de travail hal-01821485v1