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Laurent Brehelin

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Publications

olivier-gascuel
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Accounting for ambiguity in ancestral sequence reconstruction

Adrien Oliva , Sylvain Pulicani , Vincent Lefort , Laurent Brehelin , Olivier Gascuel
Bioinformatics, 2019, 35 (21), pp.4290-4297. ⟨10.1093/bioinformatics/btz249⟩
Article dans une revue pasteur-02404399v1
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Improving pairwise comparison of protein sequences with domain co-occurrence

Christophe Menichelli , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin
PLoS Computational Biology, 2018, 14 (1), pp.e1005889. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005889⟩
Article dans une revue lirmm-01744475v1
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Identification of divergent protein domains by combining HMM-HMM comparisons and co-occurrence detection

Amel Ghouila , Isabelle Florent , Fatma Zahra Guerfali , Nicolas Terrapon , Dhafer Laouini
PLoS ONE, 2014, 9 (6), pp.e95275. ⟨10.1371/journal.pone.0095275⟩
Article dans une revue pasteur-01060276v1
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Computational discovery of regulatory elements in a continuous expression space

Mathieu Lajoie , Olivier Gascuel , Vincent Lefort , Laurent Brehelin
Genome Biology, 2012, 13 (11), pp.41. ⟨10.1186/gb-2012-13-11-r109⟩
Article dans une revue lirmm-00796453v1
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Fitting hidden Markov models of protein domains to a target species: application to Plasmodium falciparum.

Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Eric Marechal , Laurent Brehelin
BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.67. ⟨10.1186/1471-2105-13-67⟩
Article dans une revue hal-00701611v1
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EuPathDomains: The Divergent Domain Database for Eukaryotic Pathogens

Amel Ghouila , Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Fatma Guerfali , Dhafer Laouini
Infection, Genetics and Evolution, 2011, 11 (4), pp.698-707. ⟨10.1016/j.meegid.2010.09.008⟩
Article dans une revue lirmm-00540932v1
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Bioinformatic strategies to provide functional clues to the unknown genes in Plasmodium falciparum genome

Isabelle Florent , Eric Maréchal , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin
Parasite, 2010, 17 (4), pp.273-283. ⟨10.1051/parasite/2010174273⟩
Article dans une revue hal-02659756v1
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Assessing Functional Annotation Transfers with Inter-Species Conserved Coexpression: Application to Plasmodium Falciparum

Laurent Brehelin , Isabelle Florent , Olivier Gascuel , Eric Maréchal
BMC Genomics, 2010, 11 (35), pp.1471-2164. ⟨10.1186/1471-2164-11-35⟩
Article dans une revue lirmm-00540866v1
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A Plasmodium Falciparum FcB1-Schizont-EST Collection Providing Clues to Schizont Specific Gene Structure and Polymorphism

Isabelle Florent , Betina M Porcel , Elodie Guillaume , Corinne da Silva , François Artiguenave
BMC Genomics, 2009, 10, pp.235-252. ⟨10.1186/1471-2164-10-235⟩
Article dans une revue lirmm-00395282v1
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Detection of new protein domains using co-occurrence: application to Plasmodium falciparum

Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Eric Maréchal , Laurent Brehelin
Bioinformatics, 2009, 25, pp.3077-83. ⟨10.1093/bioinformatics/btp560⟩
Article dans une revue lirmm-00431171v1
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Using repeated measurements to validate hierarchical gene clusters

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel , Olivier Martin
Bioinformatics, 2008, 24 (5), pp.682-688. ⟨10.1093/bioinformatics/btn017⟩
Article dans une revue hal-04235625v1
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Using Repeated Measurements to Validate Hierarchical Gene Clusters

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel , Olivier C. Martin
Bioinformatics, 2008, 24 (5), pp.682-688. ⟨10.1093/bioinformatics/btn017⟩
Article dans une revue lirmm-00272116v1
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PlasmoDraft: a database of Plasmodium falciparum gene function predictions based on postgenomic data

Laurent Brehelin , Jean-François Dufayard , Olivier Gascuel
BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.9:440. ⟨10.1186/1471-2105-9-440⟩
Article dans une revue lirmm-00327273v2

Fitting Hidden Markov Models of Protein Domains to a Target Species

Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. pp.193-194
Communication dans un congrès lirmm-00725501v1

Identification of Regulatory Elements from Gene Expression Data without Clustering

Mathieu Lajoie , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. pp.89-90
Communication dans un congrès lirmm-00725490v1
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Détection de nouveaux domaines protéiques par co-occurence : Application à P. falciparum

Nicolas Terrapon , Olivier Gascuel , Laurent Brehelin
JOBIM'09 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.43-48
Communication dans un congrès lirmm-00414954v1
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Bias and Benefit Induced by Intra-Species Paralogy in Guilt by Association Methods to Predict Protein Function

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel
SMPGD'07: Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2007, Paris, France
Communication dans un congrès lirmm-00195262v1

GONNA: a Gene Ontology Nearest Neighbor Approach for the Functional Prediction of P.falciparum Orphan Genes

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel
International Conference on the Bioinformatics of African Pathogens and Disease Vectors, May 2007, Nairobi, Kenya
Communication dans un congrès lirmm-00195264v1
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Bias and benefit induced by intra-species homologies in guilt by association methods to predict protein function

Laurent Brehelin , Olivier Gascuel
JOBIM'06 : Journées ouvertes de Biologie, Informatique, Mathématiques, Jul 2006, pp.59-66
Communication dans un congrès lirmm-00113353v1