Laurent Brehelin

Publications

Article dans une revue (26)

The Hippo pathway terminal effector TAZ/WWTR1 mediates oxaliplatin sensitivity in p53 proficient colon cancer cells Vera Slaninova,Lisa Heron-Milhavet,Mathilde Robin,Laura Jeanson,Adam Aissanouet al. BMC Cancer, 2024, 24 (1), pp.587. ⟨10.1186/s12885-024-12316-4⟩ Article dans une revue hal-04666042v1
TFscope: systematic analysis of the sequence features involved in the binding preferences of transcription factors Raphaël Romero,Christophe Menichelli,Christophe Vroland,Jean-Michel Marin,Sophie Lèbreet al. Genome Biology, 2024, 25 (1), pp.187. ⟨10.1186/s13059-024-03321-8⟩ Article dans une revue lirmm-04696535v1
Advancing Regulatory Genomics With Machine Learning Laurent Bréhélin Bioinformatics and Biology Insights, 2024, 18, ⟨10.1177/11779322241249562⟩ Article dans une revue lirmm-04899827v1
Optimizing data integration improves Gene Regulatory Network inference in Arabidopsis thaliana Océane Cassan,Charles-Henri Lecellier,Antoine Martin,Laurent Bréhélin,Sophie Lèbre Bioinformatics, 2024, 40 (7), pp.btae415. ⟨10.1093/bioinformatics/btae415⟩ Article dans une revue hal-04625944v1
Identification of long regulatory elements in the genome of Plasmodium falciparum and other eukaryotes Christophe Menichelli,Vincent Guitard,Rafael Miyazawa Martins,Sophie Lèbre,José Juan Lopez-Rubioet al. PLoS Computational Biology, 2021, 17 (4), pp.e1008909. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008909⟩ Article dans une revue hal-03253460v1
Fra-1 regulates its target genes via binding to remote enhancers without exerting major control on chromatin architecture in triple negative breast cancers Fabienne Bejjani,Claire Tolza,Mathias Boulanger,Damien Downes,Raphaël Romeroet al. Nucleic Acids Research, 2021, 49 (5), pp.2488-2508. ⟨10.1093/nar/gkab053⟩ Article dans une revue hal-03253453v1
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network Mathys Grapotte,Manu Saraswat,Chloé Bessière,Christophe Menichelli,Jordan A. Ramilowskiet al. Nature Communications, 2021, 12, pp.1-18/3297. ⟨10.1038/s41467-021-23143-7⟩ Article dans une revue hal-03255754v1
Accounting for ambiguity in ancestral sequence reconstruction Adrien Oliva,Sylvain Pulicani,Vincent Lefort,Laurent Brehelin,Olivier Gascuelet al. Bioinformatics, 2019, 35 (21), pp.4290-4297. ⟨10.1093/bioinformatics/btz249⟩ Article dans une revue pasteur-02404399v1
Probing transcription factor combinatorics in different promoter classes and in enhancers Jimmy Vandel,Océane Cassan,Sophie Lèbre,Charles-Henri Lecellier,Laurent Brehelin BMC Genomics, 2019, 20 (103), ⟨10.1186/s12864-018-5408-0⟩ Article dans une revue hal-02070201v1
Probing instructions for expression regulation in gene nucleotide compositions Chloé Bessière,May Taha,Florent Petitprez,Jimmy Vandel,Jean-Michel Marinet al. PLoS Computational Biology, 2018, 14 (1), pp.e1005921. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005921⟩ Article dans une revue lirmm-01744469v1
Improving pairwise comparison of protein sequences with domain co-occurrence Christophe Menichelli,Olivier Gascuel,Laurent Brehelin PLoS Computational Biology, 2018, 14 (1), pp.e1005889. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005889⟩ Article dans une revue lirmm-01744475v1
Identification of divergent protein domains by combining HMM-HMM comparisons and co-occurrence detection Amel Ghouila,Isabelle Florent,Fatma Zahra Guerfali,Nicolas Terrapon,Dhafer Laouiniet al. PLoS ONE, 2014, 9 (6), pp.e95275. ⟨10.1371/journal.pone.0095275⟩ Article dans une revue pasteur-01060276v1
Computational discovery of regulatory elements in a continuous expression space Mathieu Lajoie,Olivier Gascuel,Vincent Lefort,Laurent Brehelin Genome Biology, 2012, 13 (11), pp.41. ⟨10.1186/gb-2012-13-11-r109⟩ Article dans une revue lirmm-00796453v1
Galvestine-1, a novel chemical probe for the study of the glycerolipid homeostasis system in plant cells. Laurence Boudière,Cyrille y Botté,Nadia Saidani,Mathieu Lajoie,Jessica Marionet al. Molecular BioSystems, 2012, 8 (8), pp.2023-35. ⟨10.1039/c2mb25067e⟩ Article dans une revue hal-00720135v1
Fitting hidden Markov models of protein domains to a target species: application to Plasmodium falciparum. Nicolas Terrapon,Olivier Gascuel,Eric Marechal,Laurent Brehelin BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.67. ⟨10.1186/1471-2105-13-67⟩ Article dans une revue hal-00701611v1
Chemical inhibitors of monogalactosyldiacylglycerol synthases in Arabidopsis thaliana. Cyrille y Botté,Michael Deligny,Aymeric Roccia,Anne-Laure Bonneau,Nadia Saïdaniet al. Nature Chemical Biology, 2011, 7 (11), pp.834-842. ⟨10.1038/nchembio.658⟩ Article dans une revue hal-00636525v1
EuPathDomains: The Divergent Domain Database for Eukaryotic Pathogens Amel Ghouila,Nicolas Terrapon,Olivier Gascuel,Fatma Guerfali,Dhafer Laouiniet al. Infection, Genetics and Evolution, 2011, 11 (4), pp.698-707. ⟨10.1016/j.meegid.2010.09.008⟩ Article dans une revue istex lirmm-00540932v1
Bioinformatic strategies to provide functional clues to the unknown genes in Plasmodium falciparum genome Isabelle Florent,Eric Maréchal,Olivier Gascuel,Laurent Brehelin Parasite, 2010, 17 (4), pp.273-283. ⟨10.1051/parasite/2010174273⟩ Article dans une revue hal-02659756v1
Assessing Functional Annotation Transfers with Inter-Species Conserved Coexpression: Application to Plasmodium Falciparum Laurent Brehelin,Isabelle Florent,Olivier Gascuel,Eric Maréchal BMC Genomics, 2010, 11 (35), pp.1471-2164. ⟨10.1186/1471-2164-11-35⟩ Article dans une revue lirmm-00540866v1
A Plasmodium Falciparum FcB1-Schizont-EST Collection Providing Clues to Schizont Specific Gene Structure and Polymorphism Isabelle Florent,Betina M Porcel,Elodie Guillaume,Corinne da Silva,François Artiguenaveet al. BMC Genomics, 2009, 10, pp.235-252. ⟨10.1186/1471-2164-10-235⟩ Article dans une revue lirmm-00395282v1
Detection of new protein domains using co-occurrence: application to Plasmodium falciparum Nicolas Terrapon,Olivier Gascuel,Eric Maréchal,Laurent Brehelin Bioinformatics, 2009, 25, pp.3077-83. ⟨10.1093/bioinformatics/btp560⟩ Article dans une revue lirmm-00431171v1
Using reads to annotate the genome: influence of length, background distribution, and sequence errors on prediction capacity Nicolas Philippe,Anthony Boureux,Laurent Brehelin,Jorma Tarhio,Thérèse Commeset al. Nucleic Acids Research, 2009, 37 (15 e104), pp.11. ⟨10.1093/nar/gkp492⟩ Article dans une revue lirmm-00415899v1
Estimation of sequence errors and capacity of genomic annotation in transcriptomic and DNA-protein interaction assays based on next generation sequencers Nicolas Philippe,Anthony Boureux,Laurent Brehelin,Jorma Tarhio,Thérèse Commeset al. Cellular Oncology, 2009, 31 (2), pp.145-146 Article dans une revue lirmm-00416012v1
Using Repeated Measurements to Validate Hierarchical Gene Clusters Laurent Brehelin,Olivier Gascuel,Olivier C. Martin Bioinformatics, 2008, 24 (5), pp.682-688. ⟨10.1093/bioinformatics/btn017⟩ Article dans une revue lirmm-00272116v1
PlasmoDraft: a database of Plasmodium falciparum gene function predictions based on postgenomic data Laurent Brehelin,Jean-François Dufayard,Olivier Gascuel BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.9:440. ⟨10.1186/1471-2105-9-440⟩ Article dans une revue lirmm-00327273v2
A Bayesian Approach for the Clustering of Short Time Series Laurent Brehelin Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 2006, 20, pp.697-716 Article dans une revue lirmm-00113350v1

Communication dans un congrès (17)

A systematic analysis of the genomic features involved in specificities of transcription factor binding Raphaël Romero,Christophe Menichelli,Jean-Michel Marin,Sophie Lèbre,Charles-Henri Lecellieret al. JOBIM 2021 - 21es Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. ⟨10.1101/2022.08.16.504098⟩ Communication dans un congrès hal-03385869v1
Modélisation de l'expression des gènes à partir de données de séquence ADN May Taha,Chloé Bessière,Florent Petitprez,Jimmy Vandel,Jean-Michel Marinet al. JdS 2017, 49èmes Journées de Statistique de la SFdS, May 2017, Avignon, France Communication dans un congrès hal-02068289v1
Méthodes bioinformatiques pour la prédiction de la fonction des gènes : identification des domaines protéiques dans les génomes de pathogènes Laurent Brehelin JFMPM: Journées Franco-Maghrébines de Parasitologie-Mycologie, Oct 2015, Tunis, Tunisie Communication dans un congrès lirmm-01397412v1
Recherche de motifs de régulation à l'aide de donner d'expression Laurent Brehelin SeqBio, Nov 2014, Montpellier, France Communication dans un congrès lirmm-01397396v1
Fitting Hidden Markov Models of Protein Domains to a Target Species Nicolas Terrapon,Olivier Gascuel,Laurent Brehelin JOBIM 2011 - 12es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. pp.193-194 Communication dans un congrès lirmm-00725501v1
Identification of Regulatory Elements from Gene Expression Data without Clustering Mathieu Lajoie,Olivier Gascuel,Laurent Brehelin JOBIM 2011 - 12es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. pp.89-90 Communication dans un congrès lirmm-00725490v1
Détection de nouveaux domaines protéiques par co-occurence : Application à P. falciparum Nicolas Terrapon,Olivier Gascuel,Laurent Brehelin JOBIM 2009 - 10es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.43-48 Communication dans un congrès lirmm-00414954v1
Estimation of Sequence Errors and Prediction Capacity in Transcriptomic and DNA-Protein Interaction Assays Nicolas Philippe,Anthony Boureux,Laurent Brehelin,Jorma Tarhio,Thérèse Commeset al. SMPGD'09: Statistical Methods for Post-genomic Data Workshop, Jan 2009, Paris, France. pp.3 Communication dans un congrès lirmm-00375005v1
A new type of Hidden Markov Models to predict complex domain architecture in protein sequences Raluca Uricaru,Laurent Brehelin,Eric Rivals JOBIM 2007 - 8es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France. pp.97-102 Communication dans un congrès lirmm-00195493v1
Bias and Benefit Induced by Intra-Species Paralogy in Guilt by Association Methods to Predict Protein Function Laurent Brehelin,Olivier Gascuel SMPGD'07: Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2007, Paris, France Communication dans un congrès lirmm-00195262v1
GONNA: a Gene Ontology Nearest Neighbor Approach for the Functional Prediction of P.falciparum Orphan Genes Laurent Brehelin,Olivier Gascuel International Conference on the Bioinformatics of African Pathogens and Disease Vectors, May 2007, Nairobi, Kenya Communication dans un congrès lirmm-00195264v1
Bias and benefit induced by intra-species homologies in guilt by association methods to predict protein function Laurent Brehelin,Olivier Gascuel JOBIM 2006 - 7es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France. pp.59-66 Communication dans un congrès lirmm-00113353v1
A new type of Hidden Markov Models to predict complex motif organization in protein sequences Raluca Uricaru,Laurent Brehelin,Eric Rivals Integrative Post-Genomics, 2006, Lyon, pp.43 Communication dans un congrès lirmm-00120171v1
Evaluation des Classes d'une Hiérarchie par la Prise en Compte des Répétitions Expérimentales Laurent Brehelin,Olivier C. Martin JOBIM 2005 - 6es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2005, Lyon, France. pp.125-134 Communication dans un congrès lirmm-00106135v1
Clustering Gene Expression Series with Prior Knowledge Laurent Brehelin WABI'05: 5th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Oct 2005, Mallorca, Spain. pp.27-38, ⟨10.1007/11557067_3⟩ Communication dans un congrès lirmm-00327792v1
Outlier Detection in Gene Expression Data Improves Classification Accuracy Laurent Brehelin,F. Major IRIS Machine Learning Workshop, 2004 Communication dans un congrès lirmm-00108666v1
Une Approche Bayésienne pour la Classification de Cinétiques d'Expression de Gènes Laurent Brehelin JOBIM 2004 - 5es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2004, Montreal, Canada Communication dans un congrès lirmm-00108938v1

Poster de conférence (2)

DNA replication timing and Copy Number Variations are confounders of ATAC-Seq and RNA-DNA interaction data Christophe Vroland,Rodrigo Pracana,Alice Lambolez,Pelin Sahlén,Masaki Katoet al. ISBM/ECCB 2025 - 33rd Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 24th European Conference on Computational Biology, Jul 2025, Liverpool, United Kingdom. Poster de conférence hal-05162278v3
Using positional information for predicting transcription factor binding sites Raphaël Romero,Christophe Menichelli,Jean-Michel Marin,Sophie Lèbre,Charles-Henri Lecellieret al. SMPGD 2019 - Workshop on Statistical Methods for Post Genomic Data, Jan 2019, Barcelone, Spain. Poster de conférence hal-02068254v1

Pré-publication, Document de travail (10)

A genome-wide, machine learning-guided exploration of the cis-regulatory code involved in neuronal differentiation Océane Cassan,Julien Raynal,Christophe Vroland,Kayoko Yasuzawa,Tsukasa Kounoet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05069585v1
Evidence of distal regulations orchestrated by RNAs initiating at short tandem repeats Mathys Grapotte,Christophe Vroland,Diego Garrido-Martín,Alessio Vignoli,Lisa Caleroet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05030164v1
The Hippo pathway terminal effector TAZ/WWTR1 mediates oxaliplatin sensitivity in colon cancer cells Věra Slaninová,Lisa Heron-Milhavet,Mathilde Robin,Laura Jeanson,Diala Kantaret al. 2023 Pré-publication, Document de travail lirmm-04299945v1
Advancing regulatory genomics with machine learning Laurent Brehelin 2023 Pré-publication, Document de travail lirmm-04271442v1
Optimizing data integration improves Gene Regulatory Network inference in Arabidopsis thaliana Océane Cassan,Charles Henri Lecellier,Antoine Martin,Laurent Brehelin,Sophie Lèbre 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04228523v1
Systematic analysis of the genomic features involved in the binding preferences of transcription factors Raphaël Romero,Christophe Menichelli,Jean-Michel Marin,Sophie Lèbre,Charles-Henri Lecellieret al. 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03796420v1
Evidence of transcription at polyT short tandem repeats Chloé Bessiere,Manu Saraswat,Mathys Grapotte,Christophe Menichelli,Jordan A. Ramilowskiet al. 2021 Pré-publication, Document de travail hal-02404809v1
Identification of long regulatory elements in the genome of Plasmodium falciparum and other eukaryotes Christophe Menichelli,Vincent Guitard,Rafael Martins,Sophie Lèbre,José‑juan Lopez‑rubioet al. 2020 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03024898v1
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network Mathys Grapotte,Manu Saraswat,Chloé Bessière,Christophe Menichelli,Jordan A. Ramilowskiet al. 2020 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03024896v1
Modeling transcription factor combinatorics in promoters and enhancers Jimmy Vandel,Océane Cassan,Sophie Lèbre,Charles-Henri Lecellier,Laurent Brehelin 2018 Pré-publication, Document de travail hal-01821485v1