Laurent Cauquil Ingénieur d'étude en analyse de données

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laurent-cauquil

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0000-0002-0384-8811

Publications

Article dans une revue (65)

The Diversity of Oligosaccharide Composition in Rabbit Milk and Its Association with the Development of the Cecal Microbiota and the Survival of Young Rabbits Sylvie Combes,Christelle Knudsen,Mathilde Rumeau,Géraldine Pascal,Laurent Cauquilet al. Journal of Nutrition, 2025, 155 (12), pp.4222-4238. ⟨10.1016/j.tjnut.2025.10.013⟩ Article dans une revue hal-05403529v1
The bacterial faecal microbiota shifts during the transition period in dairy cows Lisa Arnalot,Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Elise Vanbergue,Gilles Foucraset al. Animal Microbiome, 2025, 7 (1), pp.79. ⟨10.1186/s42523-025-00443-7⟩ Article dans une revue hal-05194921v1
Spontaneous steatosis stimulation in geese induces liver fattening but impacts sexual maturation and muscle growth in a sex-dependent manner Christelle Knudsen,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Manon Despeyroux,Marie-Dominique Bernadetet al. Animal, 2025, 19 (6), pp.101533. ⟨10.1016/j.animal.2025.101533⟩ Article dans une revue hal-05075924v2
CORE GUT MICROBIOTA IN RABBIT: OPPORTUNITIES TO STRENGTHEN THE INTESTINAL BARRIER Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Mathilde Rumeau,Charlotte Paës,Géraldine Pascalet al. World Rabbit Science, 2025, 33 (2), pp.103-125. ⟨10.4995/wrs.2025.23465⟩ Article dans une revue hal-04754818v2
Short- and long-term sex-dependent effects of a nutritional supplement after hatching on growth, metabolism and gut microbiota in broiler chickens Christine Leterrier,Anne Collin,Florent Kempf,Olivier Zemb,Laurent Cauquilet al. British Poultry Science, 2025, 66 (5), pp.672-685. ⟨10.1080/00071668.2025.2465350⟩ Article dans une revue hal-04998526v1
Do Digestive Bacteria Suffer from Oxidative Stress: A Study on Ruminal Bacteria Muhammad Kaleem,Yves Farizon,Géraldine Pascal,Tiphaine Blanchard,Laurent Cauquilet al. Journal of Food Science and Nutrition Research, 2025, 8 (4), ⟨10.26502/jfsnr.2642-110000185⟩ Article dans une revue hal-05408391v1
A multi-omics dataset of the response to early plant polysaccharide ingestion in rabbits Charlotte Paës,Martin Beaumont,Thierry Gidenne,Karine Bébin,Joël Duperrayet al. Scientific Data , 2024, 11 (1), pp.684. ⟨10.1038/s41597-024-03471-1⟩ Article dans une revue hal-04634098v1
Butyrate reduces epithelial barrier dysfunction induced by the foodborne mycotoxin deoxynivalenol in cell monolayers derived from pig jejunum organoids Julie Alberge,Eloïse Mussard,Carine Al-Ayoubi,Corinne Lencina,Christelle Marrauldet al. Gut microbes, 2024, 16 (1), ⟨10.1080/19490976.2024.2430424⟩ Article dans une revue hal-04827655v1
The potential of microbiota information to better predict efficiency traits in growing pigs fed a conventional and a high-fiber diet Vanille Déru,Francesco Tiezzi,Céline Carillier-Jacquin,Benoit Blanchet,Laurent Cauquilet al. Genetics Selection Evolution, 2024, 56 (1), pp.8. ⟨10.1186/s12711-023-00865-4⟩ Article dans une revue hal-04406063v1
Coprophagia in early life tunes expression of immune genes after weaning in rabbit ileum Laurent Cauquil,Martin Beaumont,B. Schmaltz-Panneau,Laurence Liaubet,Yannick Lippiet al. Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.8898. ⟨10.1038/s41598-024-59591-6⟩ Article dans une revue hal-04550565v1
Milk replacer feeding once or twice a day did not change the ruminal metabolomic profile and the microbial diversity of dairy calves from birth to weaning A. Zened,C. Julien,L. Cauquil,Géraldine Pascal,C. Canletet al. Journal of Dairy Science, 2024, 107 (8), pp.5574-5586. ⟨10.3168/jds.2023-24327⟩ Article dans une revue hal-04667561v1
Effect of dietary supplementation with algae extracts on growth performance and caecal microbiota of broiler chickens E. Coudert,Elisabeth Baéza,Olivier Zemb,A. Bousleh,Laurent Cauquilet al. British Poultry Science, 2024, 65 (4), pp.403-414. ⟨10.1080/00071668.2024.2328676⟩ Article dans une revue hal-04537307v1
The Early Life Microbiota Is Not a Major Factor Underlying the Susceptibility to Postweaning Diarrhea in Piglets Martin Beaumont,Corinne Lencina,Allan Bertide,Lise Gallo,Céline Barillyet al. Microbiology Spectrum, 2023, 11 (4), ⟨10.1128/spectrum.00694-23⟩ Article dans une revue hal-04400310v1
Integrating data from spontaneous and induced trans-10 shift of ruminal biohydrogenation reveals discriminant bacterial community changes at the OTU level Francis Enjalbert,Asma Zened,Laurent Cauquil,Annabelle Meynadier Frontiers in Microbiology, 2023, 13, pp.1012341. ⟨10.3389/fmicb.2022.1012341⟩ Article dans une revue hal-04029019v1
Developmental Stage, Solid Food Introduction and Suckling Cessation Differentially Influence the Co-maturation of the Gut Microbiota and Intestinal Epithelium in Rabbits Martin Beaumont,Eloïse Mussard,Céline Barilly,Corinne Lencina,Laure Gresset al. Journal of Nutrition, 2022, 152 (3), pp.723-736. ⟨10.1093/jn/nxab411⟩ Article dans une revue hal-03480940v1
Gut microbiota and host genetics contribute to the phenotypic variation of digestive and feed efficiency traits in growing pigs fed a conventional and a high fiber diet Vanille Déru,Francesco Tiezzi,Céline Carillier-Jacquin,Benoit Blanchet,Laurent Cauquilet al. Genetics Selection Evolution, 2022, 54 (1), pp.55. ⟨10.1186/s12711-022-00742-6⟩ Article dans une revue hal-03749652v1
Early Introduction of Plant Polysaccharides Drives the Establishment of Rabbit Gut Bacterial Ecosystems and the Acquisition of Microbial Functions Charlotte Paës,Thierry Gidenne,Karine Bébin,Joël Duperray,Charly Gohieret al. mSystems, 2022, 18 p. ⟨10.1128/msystems.00243-22⟩ Article dans une revue hal-03699002v1
The phenotype of the gut region is more stably retained than developmental stage in piglet intestinal organoids Eloïse Mussard,Corinne Lencina,Lise Gallo,Céline Barilly,Maryse Poliet al. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2022, 10, 14 p. ⟨10.3389/fcell.2022.983031⟩ Article dans une revue hal-03788364v1
Genetic relationships between efficiency traits and gut microbiota traits in growing pigs fed a conventional or a high fiber diet Vanille Déru,Alban Bouquet,Olivier Zemb,Benoît Blanchet,Marie-Léa de Almeidaet al. Journal of Animal Science, 2022, 100 (6), pp.skac183. ⟨10.1093/jas/skac183⟩ Article dans une revue hal-03671011v1
Microbiability and microbiome-wide association analyses of feed efficiency and performance traits in pigs Amir Aliakbari,Olivier Zemb,Laurent Cauquil,Céline Barilly,Yvon Billonet al. Genetics Selection Evolution, 2022, 54 (1), 15 p. ⟨10.1186/s12711-022-00717-7⟩ Article dans une revue hal-03650709v1
Bacterial Consumption of T4 Phages Jean-Jacques Godon,Ariane Bize,Hoang Ngo,Laurent Cauquil,Mathieu Almeidaet al. Microorganisms, 2021, 9 (9), pp.1852. ⟨10.3390/microorganisms9091852⟩ Article dans une revue hal-03386267v1
Gut Microbiota-Derived Metabolite Signature in Suckling and Weaned Piglets Martin Beaumont,Laurent Cauquil,Allan Bertide,Ingrid Ahn,Céline Barillyet al. Journal of Proteome Research, 2021, 20 (1), pp.982-994. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00745⟩ Article dans une revue hal-03087209v1
The intestinal microbial composition in Greylag geese differs with steatosis induction mode: spontaneous or induced by overfeeding Christelle Knudsen,Julien Arroyo,Maxime Even,Laurent Cauquil,Géraldine Pascalet al. Animal Microbiome, 2021, 3 (1), ⟨10.1186/s42523-020-00067-z⟩ Article dans une revue hal-03109374v1
Impact of feed restriction and fragmented feed distribution on performance, intake behaviour and digestion of the growing rabbit Mélanie Martignon,Christine Burel,Laurent Cauquil,Sylvie Combes,Thierry Gidenne Animal, 2021, 15 (7), ⟨10.1016/j.animal.2021.100270⟩ Article dans une revue hal-03289744v1
Early inoculation of microbial suspension in suckling piglets affects the transmission of maternal microbiota and the associated antibiotic resistance genes Caroline Achard,Véronique Dupouy-Guiraute,Laurent Cauquil,Nathalie Arpaillange,Alain Bousquet‐mélouet al. Microorganisms, 2020, 8 (10), pp.1576. ⟨10.3390/microorganisms8101576⟩ Article dans une revue hal-03106275v1
Evolution of gut microbial community through reproductive life in female rabbits and investigation of the link with offspring survival Davi Savietto,C. Paës,L. Cauquil,Laurence Fortun-Lamothe,Sylvie Combes Animal, 2020, 14 (11), pp.2253-2261. ⟨10.1017/S1751731120001305⟩ Article dans une revue hal-03148098v1
Dietary composition and yeast-microalgae combination supplementation modulate the microbial ecosystem in the caecum, colon and faeces of horses Pauline Grimm,Sylvie Combes,Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Véronique Julliand British Journal of Nutrition, 2020, 123 (4), pp.372-382. ⟨10.1017/S0007114519002824⟩ Article dans une revue hal-02381031v1
Gut microbiota derived metabolites contribute to intestinal barrier maturation at the suckling-to-weaning transition Martin Beaumont,Charlotte Paes,Eloïse Mussard,Christelle Knudsen,Laurent Cauquilet al. Gut microbes, 2020, 11 (5), pp.1268-1286. ⟨10.1080/19490976.2020.1747335⟩ Article dans une revue hal-02564848v1
Effect of Litter Treatment on Campylobacter jejuni in Broilers and on Cecal Microbiota Amandine Thépault,Xavier Roulleau,Pauline Loiseau,Laurent Cauquil,Typhaine Poezevaraet al. Pathogens, 2020, 9 (5), ⟨10.3390/pathogens9050333⟩ Article dans une revue hal-02902714v1
Absolute quantitation of microbes using 16S rRNA gene metabarcoding: A rapid normalization of relative abundances by quantitative PCR targeting a 16S rRNA gene spike‐in standard Olivier Zemb,Caroline Achard,Jérôme Hamelin,Marie‐léa de Almeida,Beatrice Gabinaudet al. MicrobiologyOpen, 2020, 9 (3), Non paginé. ⟨10.1002/mbo3.977⟩ Article dans une revue hal-02625681v1
Variability of the Ability of Complex Microbial Communities to Exclude Microbes Carrying Antibiotic Resistance Genes in Rabbits Caroline Achard,Véronique Dupouy-Guiraute,Suzanne Siviglia,Nathalie Arpaillange,Laurent Cauquilet al. Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.01503⟩ Article dans une revue hal-02619189v1
Diversity and Co-occurrence Pattern Analysis of Cecal Microbiota Establishment at the Onset of Solid Feeding in Young Rabbits Tehya Read,Laurence Fortun-Lamothe,Géraldine Pascal,Malo Le Boulch,Laurent Cauquilet al. Frontiers in Microbiology, 2019, 10, Non paginé. ⟨10.3389/fmicb.2019.00973⟩ Article dans une revue hal-02154596v1
Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding Hélène Falentin,Lucas Auer,Mahendra Mariadassou,Géraldine Pascal,Olivier Ruéet al. Cahier des Techniques de l'INRA, 2019, 97, pp.46-69 Article dans une revue (article de synthèse) hal-02311421v1
FROGS: Find, Rapidly, OTUs with Galaxy Solution Frédéric Escudié,Lucas Auer,Maria Bernard,Mahendra Mariadassou,Laurent Cauquilet al. Bioinformatics, 2018, 34 (8), pp.1287-1294. ⟨10.1093/bioinformatics/btx791⟩ Article dans une revue hal-02626808v1
Fumonisin-Exposure Impairs Age-Related Ecological Succession of Bacterial Species in Weaned Pig Gut Microbiota Ivan Mateos,Sylvie Combes,Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Céline Barillyet al. Toxins, 2018, 10 (6), pp.230. ⟨10.3390/toxins10060230⟩ Article dans une revue hal-01829232v1
Impact of feed restriction and housing hygiene conditions on specific and inflammatory immune response, the cecal bacterial community and the survival of young rabbits Sylvie Combes,Katia Julian,Océane Martin,Hauteclaire Furbeyre,Laurent Cauquilet al. Animal, 2017, 11 (5), pp.854-863. ⟨10.1017/S1751731116002007⟩ Article dans une revue hal-01605508v1
Interaction between Live Yeast and Dietary Rumen Degradable Protein Level: Effects on Diet Utilization in Early-Lactating Dairy Cows Christine Julien,Jean Philippe Marden,Eric Auclair,Raymond Moncoulon,Laurent Cauquilet al. Agricultural Sciences, 2015, 06 (01), pp.1-13. ⟨10.4236/as.2015.61001⟩ Article dans une revue hal-02634862v1
Establishment of ruminal bacterial community in dairy calves from birth to weaning is sequential over three periods Mikael Rey,Francis Enjalbert,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Olivier O. Bouchezet al. Journal of Applied Microbiology, 2014, 116 (2), pp.245-257. ⟨10.1111/jam.12405⟩ Article dans une revue hal-02641546v1
Acaricidal activity of five essential oils of Ocimum species on Rhipicephalus (Boophilus) microplus larvae. Thomas Hüe,Laurent Cauquil,Jean-Baptiste Hzounda Fokou,Pierre Michel Jazet Dongmo,Issakou Bakarnga-Viaet al. Parasitology Research, 2014, pp.1-9. ⟨10.1007/s00436-014-4164-6⟩ Article dans une revue hal-01092340v1
Overfeeding and genetics affect the composition of intestinal microbiota in Anas platyrhynchos (Pekin) and Cairina moschata (Muscovy) ducks Florian Vasaï,Karine Ricaud,Marie-Dominique Bernadet,Laurent Cauquil,Olivier O. Bouchezet al. FEMS Microbiology Ecology, 2014, 87 (1), pp.204-216. ⟨10.1111/1574-6941.12217⟩ Article dans une revue hal-02636624v1
OligoSpecificitySystem: global matching efficiency calculation of oligonucleotide sets taking into account degeneracy and mismatch possibilities Rory Michelland,Sylvie Combes,Laurent Cauquil International Journal of Data Mining and Bioinformatics, 2014, 9 (4), pp.417-423. ⟨10.1504/IJDMB.2014.062148⟩ Article dans une revue hal-02633626v1
Coprophagous behavior of rabbit pups affects implantation of cecal microbiota and health status Sylvie Combes,Thierry Gidenne,Laurent Cauquil,Olivier O. Bouchez,Laurence Fortun-Lamothe Journal of Animal Science, 2014, 92 (2), pp.652-665. ⟨10.2527/jas.2013-6394⟩ Article dans une revue hal-02640171v1
Lactobacillus sakei modulates mule duck microbiota in ileum and ceca during overfeeding Florian Vasaï,Karine Brugirard Ricaud,Laurent Cauquil,Patrick Daniel,Céline Peillodet al. Poultry Science, 2014, 93, pp.916 - 925. ⟨10.3382/ps.2013-03497⟩ Article dans une revue hal-04207073v1
Engineering the rabbit digestive ecosystem to improve digestive health and efficacy Sylvie Combes,Laurence Fortun-Lamothe,Laurent Cauquil,Thierry Gidenne Animal, 2013, 7 (9), pp.1429-1439. ⟨10.1017/S1751731113001079⟩ Article dans une revue hal-02646934v1
Microbial ecology of the rumen evaluated by 454 GS FLX pyrosequencing is affected by starch and oil supplementation of diets Asma Zened,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Jérôme J. Mariette,Christophe Kloppet al. FEMS Microbiology Ecology, 2013, 83 (2), pp.504-514. ⟨10.1111/1574-6941.12011⟩ Article dans une revue hal-02648977v1
Modification of activities of the ruminal ecosystem and its bacterial and protozoan composition during repeated dietary changes in cows Valérie Monteils,Mikael Rey,Mathieu Silberberg,Laurent Cauquil,Sylvie Combes Journal of Animal Science, 2012, 90 (12), pp.4431-4440. ⟨10.2527/jas.2011-4321⟩ Article dans une revue hal-02642559v1
Analyse comparée des écosystèmes digestifs du rumen de la vache et du caecum du lapin Rory Michelland,Sylvie Combes,Valérie Monteils,Corine Bayourthe,Laurent Cauquilet al. INRA Productions Animales, 2012, 25 (5), pp.395-406 Article dans une revue (article de synthèse) hal-02642370v1
Live yeast stability in rabbit digestive tract : Consequences on the caecal ecosystem, digestion, growth and digestive health Moussa Kimse,Corine Bayourthe,Valérie Monteils,Laurence Fortun-Lamothe,Laurent Cauquilet al. Animal Feed Science and Technology, 2012, 173 (3-4), pp.235-243. ⟨10.1016/j.anifeedsci.2012.01.012⟩ Article dans une revue istex hal-02650603v1
Changes over time in the bacterial communities associated with fluid and food particles and the ruminal parameters in the bovine rumen before and after a dietary change Rory Michelland,Valérie Monteils,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Thierry Gidenneet al. Canadian Journal of Microbiology, 2011, 57 (8), pp.629-637. ⟨10.1139/W11-053⟩ Article dans une revue hal-02647485v1
Starch and oil in the donor cow diet and starch in substrate differently affect the in vitro ruminal biohydrogenation of linoleic and linolenic acids Asma Zened,Annabelle Troegeler-Meynadier,Marie-Claude Nicot,Sylvie Combes,Laurent Cauquilet al. Journal of Dairy Science, 2011, 94 (11), pp.5634-5645. ⟨10.3168/jds.2011-4491⟩ Article dans une revue hal-02652174v1
Effects of stocking density on the growth performance and digestive microbiota of broiler chickens Sarah S. Guardia,Barbara B. Konsak,Sylvie Combes,Florence F. Levenez,Laurent Cauquilet al. Poultry Science, 2011, 90 (9), pp.1878-1889. ⟨10.3382/ps.2010-01311⟩ Article dans une revue hal-01000465v1
Rapid adaptation of the bacterial community in the growing rabbit caecum after a change in dietary fibre supply Rory Michelland,Sylvie Combes,Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Thierry Gidenneet al. Animal, 2011, 5 (11), pp.1761-1768. ⟨10.1017/S1751731111001005⟩ Article dans une revue hal-02650069v1
Postnatal development of the rabbit caecal microbiota composition and activity Sylvie Combes,Rory Michelland,Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Vincent Souliéet al. FEMS Microbiology Ecology, 2011, 77 (3), pp.680-689. ⟨10.1111/j.1574-6941.2011.01148.x⟩ Article dans une revue hal-02647613v1
Random changes in the heifer rumen in bacterial community structure, physico-chemical and fermentation parameters, and in vitro fiber degradation Valérie Monteils,Mikael Rey,Laurent Cauquil,Annabelle Troegeler-Meynadier,Mathieu Silberberget al. Livestock Science, 2011, 141 (2-3), pp.104-112. ⟨10.1016/J.LIVSCI.2011.05.008⟩ Article dans une revue hal-02645940v1
Molecular analysis of the bacterial community in digestive tract of rabbit R. J. Michelland,Sylvie Combes,Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Thierry Gidenneet al. Anaerobe, 2010, 16 (2), pp.61-65. ⟨10.1016/j.anaerobe.2009.05.002⟩ Article dans une revue istex hal-02658284v1
Temperature and duration of heating of sunflower oil affect ruminal biohydrogenation of linoleic acid in vitro Florence Privé,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Yves Farizon,Francis Enjalbertet al. Journal of Dairy Science, 2010, 93 (2), pp.711-722. ⟨10.3168/jds.2009-2534⟩ Article dans une revue hal-02655429v1
Comparison of the archaeal community in the fermentative compartment and faeces of the cow and the rabbit Rory Julien Michelland,Valérie Monteils,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Thierry Gidenneet al. Anaerobe, 2010, 16 (4), pp.396-401. ⟨10.1016/j.anaerobe.2010.04.004⟩ Article dans une revue istex hal-02665214v1
Influence of cage or pen housing on carcass traits and meat quality of rabbit Sylvie Combes,Gilbert Postollec,Laurent Cauquil,Thierry Gidenne Animal, 2010, 4, pp.295-302. ⟨10.1017/S1751731109991030⟩ Article dans une revue hal-02662629v1
STATFINGERPRINTS: a friendly graphical interface program for processing and analysis of microbial fingerprint profiles R. J. Michelland,Sébastien Dejean,Sylvie Combes,Laurence Fortun-Lamothe,L. Cauquil Molecular Ecology Resources, 2009, 9 (5), pp.1359-1363. ⟨10.1111/j.1755-0998.2009.02609.x⟩ Article dans une revue istex hal-00658772v1
Spatial and temporal variations of the bacterial community in the bovine digestive tract R. J. Michelland,Valérie Monteils,Asma Zened,Sylvie Combes,Laurent Cauquilet al. Journal of Applied Microbiology, 2009, 107, pp.1642-1650. ⟨10.1111/j.1365-2672.2009.04346.x⟩ Article dans une revue hal-02655667v1
Relationships between sensory and physicochemical measurements in meat of rabbit from three different breeding systems using canonical correlation analysis Sylvie Combes,Ignacio González,Sébastien Dejean,Alain Baccini,Nathalie Jehlet al. Meat Science, 2008, 80 (3), pp.835-841. ⟨10.1016/j.meatsci.2008.03.033⟩ Article dans une revue istex hal-00660479v1
Potential core species and satellite species in the bacterial community within the rabbit caecum Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Sylvie Combes,Jean-Jacques Godon,Thierry Gidenne FEMS Microbiology Ecology, 2008, 66 (3), pp.620-629. ⟨10.1111/j.1574-6941.2008.00611.x⟩ Article dans une revue hal-02667528v1
Ability of physico-chemical measurements to discriminate rabbit meat from three different productive processes Sylvie Combes,Catherine Larzul,Nathalie Jehl,Laurent Cauquil,Beatrice Gabinaudet al. Journal of the Science of Food and Agriculture, 2007, 87, pp.2302-2309. ⟨10.1002/jsfa.2988⟩ Article dans une revue istex hal-02661141v1
La luzerne déshydratée: Une source d'acides gras oméga-3 pour le lapin Sylvie Combes,Laurent Cauquil Cuniculture Magazine, 2006, 33, pp.71-77 Article dans une revue hal-02657823v1
Viande de lapin et oméga 3: Une alimentation riche en luzerne permet d'enrichir la viande des lapins en oméga 3 Sylvie Combes,Laurent Cauquil La revue française de la recherche en viandes et produits carnés, 2006, 25 (2), pp.31-35 Article dans une revue hal-02653356v1

Communication dans un congrès (61)

Relation between in vitro microbial fermentations and in vivo performance in pigs selected for their residual feed intake Olivier Zemb,Lauren Jouaron,Tiffany Page,Laurent Cauquil,Carole Bannelieret al. journées de la recherche porcine, Feb 2025, Saint malo, France. ⟨10.15454/1.5572415481185847E12⟩ Communication dans un congrès hal-05322317v1
LE BUTYRATE REDUIT LA DYSFONCTION DE LA BARRIERE EPITHELIALE INDUITE PAR LA MYCOTOXINE DEOXYNIVALENOL DANS UN MODELE D’ORGANOÏDES D’INTESTIN DE PORCELETS Julie Alberge,Eloïse Mussard,Carine Al-Ayoubi,Corinne Lencina,Caroline Achardet al. CECED, Mar 2024, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04827748v1
Fecal microbiota shifts during transition in dairy cows Lisa Arnalot,Salomé Ducluzeau,Marion Julhes,Laurent Cauquil,Géraldine Pascalet al. Séminaire HOLO-AE (Holobiontes des Animaux d’Elevage), INRAE métaprogramme HOLOFLUX, Dec 2024, Paris, France Communication dans un congrès hal-04872729v1
ETUDE DE LA RESILIENCE DE L'HOLOBIONTE SUITE A UNE RUPTURE DE TRANSMISSION SYMBIOTIQUE DANS 2 LIGNEES DE LAPINS SELECTIONNEES SUR L'EFFICACITE ALIMENTAIRE Marie Renevey,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Patrick Aymard,Virginie Helieset al. Journées de la Recherche Cunicole, ITAVI; INRAE, Mar 2023, Le Mans, France. pp.137-140, ⟨10.15454/1.5572370921303193E12)⟩ Communication dans un congrès hal-04646246v1
Can microbial data improve prediction of breeding values of efficiency traits in pigs fed conventional or fiber diets? Vanille Déru,Franscesco Tiezzi,Céline Carillier-Jacquin,Benoit Blanchet,Laurent Cauquilet al. 12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Jul 2022, Rotterdam, Netherlands Communication dans un congrès hal-03945907v1
Microbiome and genetic contribution to the phenotypic variation of digestive efficiency in pig Vanille Déru,Francesco Tiezzi,Céline Carillier-Jacquin,Benoit Blanchet,Laurent Cauquilet al. 72. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2021, Davos, Switzerland. pp.571 Communication dans un congrès hal-03360125v1
Both quantitative and energetic intake level affect caecal microbiota composition and activity in the growing rabbit Christelle Knudsen,Thierry Gidenne,Laurent Cauquil,Géraldine Pascal,Christophe Brienset al. 12th World Rabbit Congress, Nov 2021, Nantes, France Communication dans un congrès hal-03649231v1
Gut microbiota of rabbit females according to the annual reproductive success and age Davi Savietto,Charlotte Paes,Manon Despeyroux,Céline Barilly,Laurent Cauquilet al. 44. Symposium de Cunicultura de ASESCU, Jun 2019, Aranda del Duero, España. 108 p., ⟨10.4995/wrs.2019.11963⟩ Communication dans un congrès hal-02734802v1
L’ingestion d’aliments solides au début de la vie induit la co maturation du microbiote et de la barrière intestinale Martin Beaumont,Paës Charlotte,Laurent Cauquil,Aymard Patrick,Barilly Célineet al. CECED 2019, Mar 2019, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-02914649v1
Stimuler l'ingestion d'aliments solides au début de la vie : une stratégie prometteuse pour piloter la co-maturation du microbiote et de la muqueuse intestinale Martin Beaumont,Charlotte Paes,Eloïse Mussard,Laurence Lamothe,Thierry Gidenneet al. Séminaire Défis Scientifiques, Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Nov 2019, Rennes, France Communication dans un congrès hal-02884240v1
Early life solid food ingestion remodels the gut microbiota compostion and increases the production of protective bacterial metabolites Martin Beaumont,Charlotte Paes,Eloïse Mussard,Laurent Cauquil,Patrick Aymardet al. digestive disease week 2019, May 2019, San diego, United States Communication dans un congrès hal-02914647v1
Microbiota as a tool to promote spontaneous liver steatosis in Greylag geese: promising results Christelle Knudsen,Maxime Even,Julien Arroyo,Sylvie Combes,Laurent Cauquilet al. 69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia Communication dans un congrès hal-01901325v1
Exploration de l’implication du système immunitaire dans le lien entre les pratiques d’élevage et la santé des lapereaux Laurent Cauquil,Barbara Schmaltz Panneau,Thierry Gidenne,Laurence Liaubet,Yannick Lippiet al. Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase 2016), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Apr 2016, Tours, France. 115 p Communication dans un congrès hal-02744215v1
Effect of feeding strategy on the maturation of ceacal microbiota in young rabbits Tehya Read,Laurence Fortun-Lamothe,Thierry Gidenne,N. Destombes,Laurent Cauquilet al. 11. World Rabbit Congress, Jun 2016, Qingdao, China. 417 p Communication dans un congrès hal-02739131v1
Evaluation d’un système d’élevage alternatif à l’antibiothérapie sur la mise en place du système immunitaire chez le lapin. Thierry Gidenne,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Laurence Liaubet,Yannick Lippiet al. Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase 2016), Apr 2016, Tours, France Communication dans un congrès hal-02794276v1
Implantation du microbiote intestinal dans l'iléon et les ceca des canetons Barbarie, Pékin et Mulard par séquençage miseQ Mickael Rey,Karine Ricaud,Marie-Dominique M.-D. Bernadet,Géraldine Pascal,Sylvie Combeset al. 11. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France Communication dans un congrès hal-02739751v1
Find Rapidly OTU with Galaxy Solution Frédéric Escudie,Lucas Auer,Maria Bernard,Laurent Cauquil,Katia Vidalet al. JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France Communication dans un congrès hal-01535378v1
Modulation de la composition l'écosystème digestif caecal du lapereau par voie alimentaire et relation avec son fonctionnement Vincent Jacquier,Sylvie Combes,Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Beatrice Gabinaudet al. 16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p Communication dans un congrès hal-02742208v1
Comportement d'ingestion de fèces dures maternelles par les lapereaux au nid. 2. Influence sur l'implantation du microbiote caecal et sur la survie des lapereaux Sylvie Combes,Thierry Gidenne,Laurent Cauquil,Elodie Balmisse Balmisse,Patrick Aymardet al. 15. Journées de la Recherche Cunicole, 2013, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02750256v1
Conception d'un système d'élevage cunicole alternatif à l'antibiothérapie par orientation précoce du microbiote Sylvie Combes,Thierry Gidenne,Laurent Cauquil,Laurence Lamothe Journées d’Animation Scientifique du Département PHASE, Oct 2013, Paris, France Communication dans un congrès hal-01131080v1
Conception d'un système d'élevage cunicole alternatif à l'antibiothérapie par orientation précoce du microbiote caecal Sylvie Combes,Thierry Gidenne,Laurent Cauquil,Laurence Fortun-Lamothe 5. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2013), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Oct 2013, Paris, France. 19 diapositives Communication dans un congrès hal-02808836v1
Coprophagous behavior of rabbit pups affects dynamic implantation of microbiota and health status Sylvie Combes,Thierry Gidenne,Laurent Cauquil,Olivier Bouchez,Laurence Lamothe 64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2013, Nantes, France. 665 p., ⟨10.3920/978-90-8686-782-0⟩ Communication dans un congrès hal-01132764v1
Sélection divergente pour les troubles digestifs dans deux lignées commerciales : Réponse de lapins &quot;sensibles&quot; ou &quot;résistants&quot; à une inoculation expérimentale de Escherichia Coli 0103 Hervé Garreau,Sophie Brard,Jacques Hurtaud,Edouard Guitton,Laurent Cauquilet al. 15. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2013, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02748551v1
Réponse du microbiote commensal de lapins EOPS à une reproduction expérimentale de l'EEL par l'inoculum TEC4 : résultats préliminaires de pyroséquençage 454 Sylvie Combes,Dominique Licois,Laurent Cauquil,Nadia Abed,Laurence Fortun-Lamotheet al. 15. Journées de la Recherche Cunicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). Paris, FRA., Nov 2013, Le Mans, France. 244 p Communication dans un congrès hal-02748739v1
Impact of dietary fiber deficiency on the caecal ecosystem of the young rabbit. Modulation by yeast probiotics Moussa Kimse,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Laurence Fortun-Lamothe,Corine Bayourtheet al. 10th World Rabbit Congress, 2012, Sharm El-Sheikh, Egypt Communication dans un congrès hal-02747346v1
Establishment of archaea in the rumen of dairy calves from birth to weaning using 454 FLX pyrosequencing Mikael Rey,Francis Enjalbert,Laurent Cauquil,Olivier O. Bouchez,Sylvie Combeset al. 8. INRA-Rowett Symposium: Gut Microbiota: friend or foe?, Jun 2012, Clermont-Ferrand, France. pp.187 Communication dans un congrès hal-02747503v1
Divergent selection for digestive disorders in two commercial rabbit lines : response of crossbred young rabbits to an experimental inoculation of Echerichia coli 0103. Hervé Garreau,Sophie Brard,J. Hurtaud,Edouard Guitton,Laurent Cauquilet al. 10. World Rabbit Congress, Sep 2012, Sharm El-Sheikh, Egypt Communication dans un congrès hal-02745187v1
Piloter l'écosystème digestif du lapin : pourquoi, quand et comment ? Sylvie Combes,Laurence Fortun-Lamothe,Laurent Cauquil,Thierry Gidenne 14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02748786v1
Caractérisation physiopathologique et microbiologique d'entéropathie non spécifique chez le lapin en croissance - premiers résultats Moussa Kimse,Sylvie Combes,Laurence Fortun-Lamothe,Laurent Cauquil,Valérie Monteilset al. 14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02746099v1
Evolution of bacterial diversity in the rumen in dairy calves from birth to weaning using a high throughput 454 GS FLX pyrosequencing Mickael Rey,Francis Enjalbert,Laurent Cauquil,Sylvie Combes,Valérie Monteils 8th International Symposium on the Nutrition of Herbivores, Sep 2011, Aberystwyth, United Kingdom. pp.252 Communication dans un congrès hal-04041512v1
Réponse digestive du lapereau à une inoculation expérimentale colibacillaire (O128:C6) en fonction du niveau d'ingestion Mélanie Martignon,Dominique Licois,Laurent Cauquil,M. Amelot,Sylvie Combeset al. 14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02746773v1
Reducing conditions varied with diets and bacterial communities in the rumen on dairy cows Christine Julien,Jean-Philippe Marden,E. Auclair,Laurent Cauquil,- Moncoulonet al. Gut Microbiology, 7. Joint Symposium, Jun 2010, Aberdeen, United Kingdom. pp.1 Communication dans un congrès hal-02817627v1
Approche quantitative de l'étude du microbiote digestif : étude méthodologique comparée d'une quantification directe (DAPI) ou de la PCR en temps réel Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Beatrice Gabinaud,Thierry Gidenne Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France Communication dans un congrès hal-02823914v1
Conséquences de la présence d'une flore exogène sur l'écosystème digestif : approche comparée entre le cæcum et le rumen Thierry Gidenne,Corine Bayourthe,Moussa Kimse,Valérie Monteils,Laurent Cauquilet al. Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France Communication dans un congrès hal-02816076v1
Implantation du microbiote cæcal chez le lapin : structure et diversité de la communauté bactérienne. Sylvie Combes,Rory Michelland,Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Vincent Souliéet al. Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France. 12 diapo Communication dans un congrès hal-02822872v1
Mesure in vitro de l'activité de la communauté bactérienne ruminale Annabelle Troegeler-Meynadier,Valérie Monteils,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Marie-Luce Chemitet al. 3èmes Journées d'Animation Scientifique INRA-PHASE, Oct 2009, Tours, France. pp.0 Communication dans un congrès hal-04044242v1
Incidence d'une déficience en fibres alimentaires sur l'écosystème cæcal du lapereau. Modulation par l'apport de levures probiotiques. Moussa Kimse,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Corine Bayourthe,Valérie Monteilset al. 13. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2009, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02753400v1
Évolution spontanée de la communauté bactérienne ruminale selon la nature de la ration. Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Sylvie Combes 3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France Communication dans un congrès hal-02752068v1
Adaptation rapide de la communauté bactérienne cæcale du lapin à une réduction du taux de fibres alimentaires Rory Michelland,Sylvie Combes,Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Thierry Gidenneet al. 3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France Communication dans un congrès hal-02756861v1
Réponse de l'écosystème digestif de lapins EOPS à une reproduction expérimentale de l'EEL par l'inoculum standard TEC4 Sylvie Combes,Flora Nice,Dominique Licois,Laurent Cauquil,Laurence Fortun-Lamotheet al. 13. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2009, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02757785v1
Comparative study of archaeal community in the digestive ecosystem of the rabbit and cow gut reveals strong host species and compartment effects Rory Michelland,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Thierry Gidenne,Valérie Monteilset al. 6. INRA-RRI Symposium Gut Microbiome Functionality, interaction with host and impact on the environment, Jun 2008, Clermont-Ferrand, France Communication dans un congrès hal-02750953v1
Analyse canonique régularisée pour l'étude de relations entre mesures sensorielles et instrumentales de la qualité de la viande de lapin Sébastien Dejean,Sylvie Combes,Ignacio González,Catherine Larzul,Laurent Cauquilet al. 10. Journées Européennes Agro-Industrie et Méthodes Statistiques, Jan 2008, Louvain-La-Neuve, Belgique Communication dans un congrès hal-01193502v1
Impact of an exclusive milk vs. milk and dry feed intake till weaning on intake, growth, and on the caecal biodiversity and fibrolytic activity of the young rabbit. Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Thierry Gidenne 9th World Rabbit Congress, Jun 2008, Vérone, Italy Communication dans un congrès hal-02754040v1
Characterization of bacterial communities in caecum, hard and soft feces of rabbit using 16S rRNA genes capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism (CE-SSCP). Rory Michelland,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Thierry Gidenne,Valérie Monteilset al. 9th World Rabbit Congress, Jun 2008, Vérone, Italy Communication dans un congrès hal-02756236v1
Inventaire des bactéries caecales du lapin par clonage aléatoire : résultats et perspectives Laurent Cauquil,Valérie Monteils,Jean-Jacques Godon,Geraldine Mastin,Sylvie Combeset al. 12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02752881v1
II. Mise au point d'un système de discrimination simple et rapide de 3 lots commerciaux de lapins : standard CCP et Label Sylvie Combes,Catherine Larzul,Laurent Cauquil,M.C. Clochard,Beatrice Gabinaudet al. 12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02753783v1
Caractérisation des communautés bactériennes dans le rumen et les feces de bovins adultes par PCR-SSCP Rory Michelland,Valérie Monteils,Asma Zened,Sylvie Combes,Laurent Cauquilet al. 3. Colloque d'Ecologie Microbienne (AFEM), Oct 2007, La Grande Motte, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02817719v1
Inventaire moleculaire de l'écosystème caecal du lapin : résultats préliminaires Laurent Cauquil,Valérie Monteils,Jean-Jacques Godon,Geraldine Mastin,Sylvie Combeset al. Journées de Restitution du Département PHASE, Sep 2006, Tours, France. n.p Communication dans un congrès hal-02813148v1
I. Evaluation de la qualité des carcasses de trois lots de lapins commerciaux (standard, certifié et Label) en abattoir industriel par 41 mesures physico-chimiques simples, rapides et peu coûteuses Sylvie Combes,Catherine Larzul,Laurent Cauquil,M.C. Clochard,Beatrice Gabinaudet al. 12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02755855v1
Caractérisation comparée des communautés bactériennes du contenu cæcal, des cæcotrophes et des fæces dures chez le lapin par PCR-SSCP Rory Michelland,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Valérie Monteils,Thierry Gidenneet al. 2. Journées d'Animation Scientifique du Département Physiologie Animale et Système d'Elevage, Oct 2007, Tours, France Communication dans un congrès hal-02752481v1
Comparative molecular inventory of two microbial digestive ecosystems : the rabbit caecum and the dairy cow rumen Laurent Cauquil,Sylvie Combes,Valérie Monteils,Jean-Jacques Godon,Thierry Gidenne 1. Reunion cientifica : Avances Moetodologicos en el Estudio de la Microbiologia Digestiva, May 2007, Zaragoza, Spain. 2 p Communication dans un congrès hal-02812706v1
Caractérisation comparée des communautés bactériennes du contenu cæcal, des cæcotrophes et des fæces dures chez le lapin adulte par CE-SSCP des gènes codant pour l'ARN16S Rory Michelland,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Thierry Gidenne,Valérie Monteilset al. 12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France Communication dans un congrès hal-02750978v1
Behaviour of live yeast Biosaf® Sc 47 during digestive transit in dairy cows Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Etienne Auclair,Corine Bayourthe 5. Joint RRI-INRA Gastrointestinal Tract Microbiology Symposium, Jun 2006, Aberdeen, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02757135v1
La Luzerne : un atout pour une viande enrichie en Oméga3 Sylvie Combes,Laurent Cauquil Journée Nationale sur l'élevage du lapin de chair, Nov 2006, Pacé, France Communication dans un congrès hal-02750904v1
Aptitude des méthodes physico-chimiques à décrire les caractéristiques sensorielles perçues par un jury entraîné à la dégustation de la viande de lapin Sylvie Combes,Catherine Larzul,Nathalie Jehl,Herve H. Juin,M.C. Clochardet al. 11èmes Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2005, Paris, France Communication dans un congrès hal-02763342v1
Comparaison lapin &quot;Bio&quot;/lapin standard : Analyses sensorielles et tendreté mécanique de la viande Sylvie Combes,F. Lebas,Herve Juin,Lionel Lebreton,T. Martinet al. 10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France Communication dans un congrès hal-02759820v1
Influence de trois modes de logement des lapins sur la qualité de la viande Sylvie Combes,G. Postollec,N. Jehl,Laurent Cauquil,B. Darche 10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France Communication dans un congrès hal-02764004v1
Comparaison lapin &quot;Bio&quot;/lapin standard : Caractéristiques des carcasses et composition chimique de 6 muscles de la cuisse Sylvie Combes,F. Lebas,Lionel Lebreton,T. Martin,N. Jehlet al. 10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France Communication dans un congrès hal-02760716v1
Effect of selection on body size at fixed age on muscle characteristics in rabbit Florence Gondret,Catherine Larzul,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,B. Darcheet al. 7. World congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2002, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-02762061v1
Tendreté mécanique du muscle longissimus dorsi de lapin : étude méthodologique Sylvie Combes,Catherine Larzul,Florence Gondret,Laurent Cauquil,B. Darcheet al. 9. Journées de la Recherche Cunicole en France, 2001, Paris, France Communication dans un congrès hal-02763294v1
Caractérisation physico-chimique et rhéologique de la viande de lapin. Application à la comparaison de lapins label et standard Laurent Cauquil,Sylvie Combes,Nathalie Jehl,Beatrice Darche,François Lebas 9. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2001, Paris, France Communication dans un congrès hal-02763566v1

Poster de conférence (12)

Des solutions informatiques innovantes pour l’utilisation et le développement de biomarqueurs de diversité du microbiote. Maria Bernard,Olivier Rué,Malo Le Boulch,Jean Mainguy,Laurent Cauquilet al. DefisPHASE 2019, 2019, Rennes, France Poster de conférence hal-03851900v1
Individual sPLS on ruminal bacterial community of 2 lambs responding differently to a high starch diet to discriminate potential clusters producing trans10-18:1 and trans11-18:1 fatty acids Annabelle Meynadier,Laurent Cauquil,Francis Enjalbert,Monica Costa,Susana P.Alveset al. 10. International Symposium of the Nutrition of Herbivores, Sep 2018, Clermont-Ferrand, France. Cambridge Universtiy Press, Advances in Animal Biosciences, 9 (3), p.381, 2018, Proceedings of the 10 th International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH) Poster de conférence hal-02872079v1
FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution Frédéric Escudie,Lucas Auer,Maria Bernard,Laurent Cauquil,Katia Vidalet al. Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics Poster de conférence hal-01886389v1
How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities? Lucas Auer,Laurent Cauquil,Stephane Chaillou,Céline Delbès,Eric Dugat-Bonyet al. JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015 Poster de conférence hal-01195512v1
Implantation du microbiote et mise en place des fonctions du rumen chez le veau de race laitière. Mikael Rey,Francis Enjalbert,Sylvie Combes,Christine Julien,Laurent Cauquilet al. 5. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2013), Oct 2013, Paris, France. 2013 Poster de conférence hal-02809301v1
Impact de la densité d'élevage sur les performances de croissance et l’équilibre du microbiote digestif du poulet de chair Sarah S. Guardia,Barbara B. Konsak,Sylvie Combes,Florence F. Levenez,Laurent Cauquilet al. 4. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2012), Jan 2012, Rennes, France. 2012 Poster de conférence hal-02810605v1
Study of the effect of Live Yeast &lt;em&gt;Saccharomyces cerevisiae &lt;/em&gt;(CNCM I-4407) on ruminal bacterial community in lactating dairy cows using 454 GS FLX pyrosequencing Christine Julien,Laurent Cauquil,Sylvie Combes,Olivier O. Bouchez,Jean-Philippe Mardenet al. 8.INRA-Rowett Symposium on Gut Microbiology, Jun 2012, Clermont-Ferrand, France. , 187 p., 2012, 8th INRA-Rowett Symposium on Gut Microbiology. Gut Microbiota: friend or foe ? Poster de conférence hal-02747665v1
The ruminal level of trans-10 fatty acids of dairy cows is linked to the composition of bacterial community Asma Zened,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Jérôme J. Mariette,Chloé Rousseauet al. 4. Congress of European Microbiologists, FEMS, Jun 2011, Genève, Switzerland. 1p, 2011 Poster de conférence hal-02806622v1
Ruminal bacterial community change in response to diet-induced variation of ruminal trans-10 fatty acids Asma Zened,Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Francis Enjalbert,Annabelle Troegeler-Meynadier 4. Congress European Microbiologists, FEMS, Jun 2011, Genève, Switzerland. 1p, 2011 Poster de conférence hal-02809835v1
Etude par pyroséquençage haut débit (454) de l'implantation des bactéries au niveau du rumen du veau laitier, de sa naissance au sevrage Mikael Rey,Francis Enjalbert,Laurent Cauquil,Sylvie Combes,Valérie Monteils Journée Scientifique SEVAB, Oct 2011, Toulouse, France. pp.1, 2011 Poster de conférence hal-02805484v1
From high throughput 454 GS FLX data analysis process of 16S RNA gene sequences using barcoding to bacterial community exploration Laurent Cauquil,Jérôme Mariette,Christine Rousseau,Asma Zened,Francis Enjalbertet al. 4th Congress of European Microbiologists, Jun 2011, Genève, Switzerland. pp.0, 2011 Poster de conférence hal-04041509v1
Effect of cow diet on the ruminal microflora and its in vitro fatty acid production Annabelle Troegeler-Meynadier,Clara Palagiano,Valérie Monteils,Laurent Cauquil,Francis Enjalbert 6th INRA-RRI Symposium, Jun 2008, Clermont-Ferrand, France. pp.0, 2008 Poster de conférence hal-04044769v1

Article de blog scientifique (9)

Diagramme de Venn avec R Laurent Cauquil 2025 Article de blog scientifique hal-05118721v1
Tutoriel du package purrr du logiciel R Laurent Cauquil 2024 Article de blog scientifique hal-04432724v1
Produire un tableau de résultats de modèles linéaires avec les packages purrr et flextable Laurent Cauquil 2024 Article de blog scientifique hal-04432702v1
Guidelines pour modèles mixtes Laurent Cauquil 2024 Article de blog scientifique hal-04432669v1
Code styling avec R Laurent Cauquil 2024 Article de blog scientifique hal-04432688v1
Analyse d'une requête bibliométrique sous R Laurent Cauquil 2024 Article de blog scientifique hal-04432739v1
RCy3 ou comment personnaliser un réseau dans R via Cytoscape Laurent Cauquil 2024 Article de blog scientifique hal-04827389v1
Rajouter des intervalles de confiance avec ggplot Laurent Cauquil 2024 Article de blog scientifique hal-04603540v1
Croissance bacterienne: automatisation du calcul des métriques et des graphiques des courbes de croissance sous R Laurent Cauquil 2024 Article de blog scientifique hal-04432756v1

Autre publication scientifique (1)

FROGS : Find Rapidly OTU with Galaxy Solution Frédéric Escudie,Lucas Auer,Maria Bernard,Mahendra Mariadassou,Laurent Cauquilet al. 2017 Autre publication scientifique hal-01886442v1

Rapport (1)

Recommandations sur les contours d'une offre de service institutionnelle INRAE permettant l'utilisation par ses unités d'un Cahier de Laboratoire Électronique (eLabFTW) Laurent Cauquil,Eric Cotteux,Fanny Dedet,François Ehrenmann,Olivier Gallandet al. Inrae. 2025 Rapport hal-05078839v1

Cours (7)

Metabarcoding, FROGS training - Jan. 2020 Géraldine Pascal,Laurent Cauquil Master. France. 2020 Cours hal-04885843v1
Introduction au logiciel R Laurent Cauquil Licence. (Introduction au logiciel R), 2019 Cours hal-02789980v1
Formation FROGS juillet 2019 Géraldine Pascal,Laurent Cauquil Master. (Trainingon Galaxy : Metagenomics / ITS analysisin FROGS ? / Trainingon Galaxy: Statistics to explore metagenomics), 2019 Cours hal-02790029v1
FROGS Training on Galaxy : Metagenomics November 2017 Frédéric Escudié,Lucas Auer,Maria Bernard,Laurent Cauquil,Sarah Mamanet al. Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 270 p Cours hal-02791696v1
FROGS Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics Maria Bernard,Géraldine Pascal,Mahendra Mariadassou,Laurent Cauquil,Stephane Chaillou Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics - FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 116 p Cours hal-02788316v1
Février_2017_Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Maria Bernard 2017 Cours hal-02785427v1
Le microbiote digestif : un acteur de la préservation de notre santé Sylvie Combes,Laurent Cauquil Master. Bio-Ingénierie : santé, aliments (BING) (microbiote digestif : un acteur de la préservation de notre santé), 2016, 107 p Cours hal-02792977v1

Logiciel (1)

R-scripts for rabbit coprophagous behavior website Laurent Cauquil,Sylvie Combes 2026, ⟨swh:1:dir:183834d8e03b1b03f1e88bb2e3daebaa60bcf754⟩ Logiciel hal-05456675v1