Lucas Sire

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Publications

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An active ensemble classifier for detecting animal sequences from global camera trap data

Tommi Mononen , Bess Hardwick , Sandra Alcobia , Adrian Barrett , Gergin A Blagoev et al.

Methods in Ecology and Evolution, 2025, 16 (10), pp.2500-2516. ⟨10.1111/2041-210X.70144⟩

Article dans une revue hal-05520816v1
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Integrated monitoring in the tropical lowland forest of Mare Longue, Réunion Island

Claudine Ah-Peng , Saioa Ricou-Dreneuc , Antoine Becker Scarpitta , Raphaël Aussenac , Robin Pouteau et al.

ARPHA Conference Abstracts, 2025, 8, pp.1-3. ⟨10.3897/aca.8.e156720⟩

Article dans une revue hal-05127085v1
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Incorporating Neglected Insect Larvae in Species Inventories: DNA Barcoding as an Effective Tool for All‐Stage Invertebrate Identification in Tree Holes

Lucas Sire , Chloé Martin , Guilhem Parmain , Annie Bézier , Elisabeth A Herniou et al.

Ecology and Evolution, 2025, 15 (6), pp.e71586. ⟨10.1002/ece3.71586⟩

Article dans une revue hal-05130990v1
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Un nouveau Pogonocherus de Corse (Coleoptera, Cerambycidae)

Julien Touroult , Lucas Sire

Les Cahiers Magellanes, 2025, 52, pp.1-11. ⟨10.5883/DS-POGONO⟩

Article dans une revue hal-05293287v1
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Elusive tropical forest canopy diversity revealed through environmental DNA contained in rainwater

Lucie Zinger , Anne-Sophie Benoiston , Yves Cuenot , Céline Leroy , Eliane Louisanna et al.

Science Advances , 2025, 11 (33), pp.eadx4909. ⟨10.1126/sciadv.adx4909⟩

Article dans une revue hal-05220607v1
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Climate-induced forest dieback drives compositional changes in insect communities that are more pronounced for rare species

Lucas Sire , Paul Schmidt Yáñez , Cai Wang , Annie Bézier , Béatrice Courtial et al.

Communications Biology, 2022, 5 (1), ⟨10.1038/s42003-021-02968-4⟩

Article dans une revue hal-03555250v1
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Drought-induced forest dieback increases taxonomic, functional, and phylogenetic diversity of saproxylic beetles at both local and landscape scales

Jérémy Cours , Lucas Sire , Sylvie Ladet , Hilaire Martin , Guillem Parmain et al.

Landscape Ecology, 2022, 37 (8), pp.2025-2043. ⟨10.1007/s10980-022-01453-5⟩

Article dans une revue hal-03700534v1
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An urban Blitz with a twist: rapid biodiversity assessment using aquatic environmental DNA

Kamil Hupało , Markus Majaneva , Molly Victoria Czachur , Lucas Sire , Daniel Marquina et al.

Environmental DNA, 2020, ⟨10.1002/edn3.152⟩

Article dans une revue hal-03101320v1
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The Challenge of DNA Barcoding Saproxylic Beetles in Natural History Collections—Exploring the Potential of Parallel Multiplex Sequencing With Illumina MiSeq

Lucas Sire , Delphine Gey , Régis Debruyne , Thierry Noblecourt , Fabien Soldati et al.

Frontiers in Ecology and Evolution, 2019, 7 (495), pp.12. ⟨10.3389/fevo.2019.00495⟩

Article dans une revue hal-02430435v1
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DNA barcodes reveal deeply neglected diversity and numerous invasions of micromoths in Madagascar

Carlos Lopez-Vaamonde , Lucas Sire , Bruno Rasmussen , Rodolphe Rougerie , Christian Wieser et al.

Genome, 2019, 62 (3), pp.108-121. ⟨10.1139/gen-2018-0065⟩

Article dans une revue hal-02613924v1

Understanding the impacts of widespread forest die-offs across France, Germany, and China

Lucas Sire , Paul Schmidt Yanes , Rodolphe Rougerie , Christophe Bouget , Laurent Larrieu et al.

Barcode Bulletin , 2019, 9 (1), 3 p. ⟨10.21083/ibol.v9i1.5726⟩

Article dans une revue hal-02613360v1
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Caractérisation des communautés d'invertébrés des cavités d'arbres par génomique environnementale

Lucas Sire , Béatrice Courtial , Chloé Martin , Guillem Parmain , Carl Moliard et al.

Séminaire final du projet CANOPEE, Université d’Orléans, Jun 2023, Orléans, France. 19 p

Communication dans un congrès hal-04186507v1

Communautés d’insectes et changement global : enjeux méthodologiques et écologiques

Christophe Bouget , Guillem Parmain , Jérémy Cours , Laurent Larrieu , Carlos Lopez-Vaamonde et al.

Journée du DiPEE (Dispositif de Partenariats en Ecologie et Environnement Nouvelle-Aquitaine – Centre-val-de-Loire), CNRS, Jun 2022, Poitiers, France

Communication dans un congrès hal-04186469v1

Caractérisation des communautés d’invertébrés des cavités d’arbres par génomique environnementale

Carlos Lopez-Vaamonde , Lucas Sire , Béatrice Courtial , Chloé Martin , Guillem Parmain et al.

15 Colloque du Groupe des Entomologistes Forestiers Francophones (GEFF), Sep 2022, Lamotte Beuvron, France

Communication dans un congrès hal-04236387v1

Non-Destructive DNA metabarcoding of insects for forest biomonitoring

Lucas Sire , Paul Schmidt Yáñez , Annie Bézier , Béatrice Courtial , Yves Mbedi et al.

6ème colloque du GDR de Génomique Environnementale – conférence "Environmental and Agronomical Genomics 2021 symposium", Oct 2021, Tours, France

Communication dans un congrès hal-03655983v1

Insect response to climate-induced tree die-offs in the French Pyrenees

Lucas Sire , Paul Schmidt Yáñez , Diego Fontaneto , Christophe Bouget , Rodolphe Rougerie et al.

Journées Scientifiques Annuelles des sites INRAE du Loiret, Nov 2020, Orléans, France

Communication dans un congrès hal-03655945v1

CLIMTREE: Quantifying changes in flying insect diversity and soil fauna along a gradient of climate induced forest decline using DNA metabarcoding

Lucas Sire , Paul Schmidt Yáñez , Diego Fontaneto , Christophe Bouget , Rodolphe Rougerie et al.

5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France

Communication dans un congrès hal-03655943v1

Effects of climate-induced tree-dieback on freshwater and Malaise trap communities in the Bavarian Forest National Park

Paul Schmidt Yáñez , Lucas Sire , Jörg Müller , Douglas W. Yu , Carlos Lopez-Vaamonde et al.

8th International Barcode of Life Conference, Jun 2019, Trondheim, Norway

Communication dans un congrès hal-03655933v1
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Does forest biodiversity respond to pulses of saproxylic microhabitats induced by tree dieback: a case study in mountain French silver fir forests

Christophe Bouget , Laurent Larrieu , Laurent Burnel , Veronique V. Cheret , Sylvie Ladet et al.

25. IUFRO world congress 2019, Sep 2019, Curitiba, Brazil. 770 p

Communication dans un congrès hal-02734096v1

DNA metabarcoding to quantify the ecological impact of forest decline on flying insect diversity in the Pyrenees

Lucas Sire , Paul Schmidt Yáñez , Rodolphe Rougerie , Annie Bézier , Béatrice Courtial et al.

8th International Barcode of Life Conference, Jun 2019, Trondheim, Norway. pp.435

Communication dans un congrès hal-03655928v1

Impact écologique du dépérissement forestier et des coupes sanitaires sur les communautés d’insectes dans les Pyrénées Françaises

Lucas Sire , Rodolphe Rougerie , Christophe Bouget , Laurent L. Larrieu , Béatrice Courtial et al.

12èmes Conférence du Groupe des Entomologistes Forestiers Francophones, Sep 2018, Houffalize, Belgium

Communication dans un congrès hal-03655915v1
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DNA Metabarcoding to quantify the response of insect diversity to mountain forest die-offs in the French Pyrenees

Lucas Sire , Rodolphe Rougerie , Laurent Larrieu , Annie Bézier , Béatrice Courtial et al.

International Conference on Ecological Sciences (Sfécologie 2018), Oct 2018, Rennes, France. 825 p

Communication dans un congrès hal-02736320v1

Next-generation sequencing of Natural History Museum collections to enhance the DNA barcode database of European saproxylic beetles

Lucas Sire , Delphine Gey , Thierry Noblecourt , Fabien Soldati , Thomas Barnouin et al.

10th Symposium on the Conservation of Saproxylic Beetles, Jun 2018, Sankt Oswald, Germany

Communication dans un congrès hal-03655916v1

Studying hyperdiverse lepidopteran communities in French Guiana with DNA barcoding

Rodolphe Rougerie , David C. Lees , Lucas Sire , Christian Wieser , Thibaud Decaëns et al.

7th International Barcode of Life Conference, Nov 2017, Skukuza, South Africa

Communication dans un congrès hal-03655908v1

Characterization of arthropod communities by DNA metabarcoding of body remains sieved from wood mould of tree holes

Carlos Lopez-Vaamonde , Chloé Martin , Béatrice Courtial , Annie Bézier , Guillem Parmain et al.

International Conference on DNA barcoding and Biodiversity, May 2022, Sofia, Bulgaria

Poster de conférence hal-04236368v1

Metabarcoding body remains sieved from tree hollow wood mould to characterize forest insects

Chloe Martin , Annie Bézier , Elisabeth A. Herniou , Christophe Bouget , Guillem Parmain et al.

6e Colloque de Génomique Environnementale. "Environmental and Agronomical Genomics Symposium", Sep 2021, Tours, France. , p.96, 2021, Environmental and Agronomical Genomics 2021 symposium. Book of Abstracts

Poster de conférence hal-03655990v1
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DNA metabarcoding of passive trap collection media for forest insect biomonitoring

Lucas Sire , Paul Schmidt Yáñez , Annie Bézier , Béatrice Courtial , Susan Mbedi et al.

6e Colloque de Génomique Environnementale. "Environmental and Agronomical Genomics Symposium", Sep 2021, Tours, France. , p.49, 2021, Environmental and Agronomical Genomics 2021 symposium. Book of Abstracts

Poster de conférence hal-03750402v1

Quantifying the impact of tree-die backs and salvage logging on mountain forest biodiversity using metabarcoding

Lucas Sire , Rodolphe Rougerie , Christophe Bouget , Laurent L. Larrieu , Béatrice Courtial et al.

4ème colloque de Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France

Poster de conférence hal-03655791v1

Les codes-barres ADN pour l'identification des espèces et la surveillance de la biodiversité française

Rodolphe Rougerie , Lucas Sire , Antoine Lévêque

L'inventaire de la biodiversité aujourd'hui : nouvelles méthodes et découvertes, ISTE Editions, pp.73-92, 2024, Collection Biologie, 978-1-78405-986-6

Chapitre d'ouvrage hal-05431578v1