Lucie Tamisier Chargée de recherche

Identifiants chercheurs

IdHAL :

lucie-tamisier

ORCID :

0000-0002-9231-2997

IdRef :

224559699

Présentation

Mes travaux de recherche visent à répondre à l’enjeu de la durabilité des résistances. En effet, l’utilisation de variétés de plantes génétiquement résistantes est un des principaux moyens d’action pour lutter contre les maladies des plantes. Néanmoins, la capacité des agents pathogènes à s’adapter à ces variétés après seulement quelques années de culture rend nécessaire la recherche de résistances à la fois efficaces et durables. Après avoir exploré cette thématique sur le modèle piment - Potato virus Y, j’étudie actuellement le modèle melon - Watermelon mosaic virus. Mes travaux allient la génétique quantitative appliquée à la plante et à l’agent pathogène (cartographie de QTL, GWAS et co-GWAS), la biologie évolutive (évolution expérimentale) ainsi que la bioinformatique.

Publications

Article dans une revue (28)

Classification des symptômes causés par le watermelon mosaic virus (WMV) sur melon par Deep Learning : conception d’un modèle léger et déploiement mobile Naïma Dambrine,Matthieu Deloget,Jacques Lagnel,Lucie Tamisier NOV'AE - Numéros spéciaux, 2026, régulier 05 NOV'AE, ⟨10.20870/Revue-NOVAE.2026.9852⟩ Article dans une revue hal-05552071v1
The replicative fitness and virulence of potato virus Y evolve differently in pepper lines with different levels of resistance and tolerance Thibaud Jayet,Lucie Tamisier,Marion Szadkowski,Elise Lepage,Grégory Girardotet al. Journal of General Virology, 2026, 107 (2), pp.002208. ⟨10.1099/jgv.0.002208⟩ Article dans une revue hal-05500401v1
A Virome Scanning of Saffron (Crocus sativus L.) at the National Scale in Iran Using High-Throughput Sequencing Technologies Hajar Valouzi,Akbar Dizadji,Alireza Golnaraghi,Seyed Alireza Salami,Nuria Fontdevila Paretaet al. Viruses, 2025, 17 (8), pp.1079. ⟨10.3390/v17081079⟩ Article dans une revue hal-05201842v1
Within-plant genetic drift to control virus adaptation to host-resistance genes Lucie Tamisier,Frédéric Fabre,Marion Szadkowski,Lola Chateau,Ghislaine Nemouchiet al. PLoS Pathogens, 2024, 20 (8), pp.e1012424. ⟨10.1371/journal.ppat.1012424⟩ Article dans une revue hal-04670293v1
Correction: Haegeman et al. Looking beyond Virus Detection in RNA Sequencing Data: Lessons Learned from a Community-Based Effort to Detect Cellular Plant Pathogens and Pests. Plants 2023, 12, 2139 Annelies Haegeman,Yoika Foucart,Kris de Jonghe,Thomas Goedefroit,Maher Al Rwahnihet al. Plants, 2024, 13 (5), pp.623. ⟨10.3390/plants13050623⟩ Article dans une revue hal-04617460v1
Unveiling pepper immunity’s robustness to temperature shifts: insights for empowering future crops William Billaud,Judith Hirsch,Valentin Ribaut,Lucie Tamisier,Anne Massireet al. Horticulture research, 2024, 11 (11), pp.uhae239. ⟨10.1093/hr/uhae239⟩ Article dans une revue hal-04676704v1
Going beyond consensus genome sequences: an innovative SNP-based methodology reconstructs different Uganda cassava brown streak virus haplotypes at a nationwide scale in Rwanda. Chantal Nyirakanani,Lucie Tamisier,Jean Pierre Bizimana,Johan Rollin,Athanase Nduwumuremyiet al. Virus Evolution, In press, ⟨10.1093/ve/vead053⟩ Article dans une revue hal-04193124v1
Detection of single nucleotide polymorphisms in virus genomes assembled from high-throughput sequencing data: large-scale performance testing of sequence analysis strategies Johan Rollin,Rachelle Bester,Yves Brostaux,Kadriye Caglayan,Kris de Jongheet al. PeerJ, 2023, 11, pp.e15816. ⟨10.7717/peerj.15816⟩ Article dans une revue hal-04185674v1
Looking beyond virus detection in RNA sequencing data: Lessons learned from a community-based effort to detect cellular plant pathogens and pests Annelies Haegeman,Yoika Foucart,Kris de Jonghe,Thomas Goedefroit,Maher Al Rwahnihet al. Plants, 2023, 12 (11), pp.2139. ⟨10.3390/plants12112139⟩ Article dans une revue hal-04117624v1
Long-Term Anthropogenic Management and Associated Loss of Plant Diversity Deeply Impact Virome Richness and Composition of &lt;i&gt;Poaceae&lt;/i&gt; Communities François Maclot,Virginie Debue,Carolyn M Malmstrom,Denis Filloux,Philippe Roumagnacet al. Microbiology Spectrum, 2023, 11 (2), pp.e04850-22. ⟨10.1128/spectrum.04850-22⟩ Article dans une revue hal-04061715v1
Concurrent evolution of resistance and tolerance to potato virus Y in Capsicum annuum revealed by genome‐wide association Lucie Tamisier,Marion Szadkowski,Gregory Girardot,Caroline Djian-Caporalino,Alain Palloixet al. Molecular Plant Pathology, 2022, 23, pp.254-264. ⟨10.1111/mpp.13157⟩ Article dans une revue hal-03418676v1
Facilitating the adoption of high‐throughput sequencing technologies as a plant pest diagnostic test in laboratories: A step‐by‐step description Benedicte Lebas,Ian Adams,Maher Al Rwahnih,Steve Baeyen,Guillaume J. Bilodeauet al. EPPO Bulletin, 2022, 52 (2), pp.394-418. ⟨10.1111/epp.12863⟩ Article dans une revue hal-03753454v1
Guidelines for the reliable use of high throughput sequencing technologies to detect plant pathogens and pests Sebastien Massart,Ian Adams,Al Rwahnih,Steve Baeyen,Guillaume J Bilodeauet al. Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e62. ⟨10.24072/pcjournal.181⟩ Article dans une revue hal-03915292v1
Detection of Banana Mild Mosaic Virus in Musa In Vitro Plants: High-Throughput Sequencing Presents Higher Diagnostic Sensitivity Than (IC)-RT-PCR and Identifies a New Betaflexiviridae Species Marwa Hanafi,Wei Rong,Lucie Tamisier,Chadi Berhal,Nicolas Rouxet al. Plants, 2022, 11 (2), pp.226. ⟨10.3390/plants11020226⟩ Article dans une revue hal-04107139v1
A Survey Using High-Throughput Sequencing Suggests That the Diversity of Cereal and Barley Yellow Dwarf Viruses Is Underestimated Merike Sõmera,Sébastien Massart,Lucie Tamisier,Pille Sooväli,Kanitha Satheeset al. Frontiers in Microbiology, 2021, 12, ⟨10.3389/fmicb.2021.673218⟩ Article dans une revue hal-04107128v1
Molecular and biological characterization of a new mulberry idaeovirus Kahraman Gürcan,Sibel Turan,Saffet Teber,İlyas Kılınçer,İbrahim Uzet al. Virus Research, 2021, 298, pp.198411. ⟨10.1016/j.virusres.2021.198411⟩ Article dans une revue hal-04107143v1
A Primer on the Analysis of High-Throughput Sequencing Data for Detection of Plant Viruses Denis Kutnjak,Lucie Tamisier,Ian Adams,Neil Boonham,Thierry Candresseet al. Microorganisms, 2021, 9 (4), pp.841. ⟨10.3390/microorganisms9040841⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-03200602v1
Semi-artificial datasets as a resource for validation of bioinformatics pipelines for plant virus detection Lucie Tamisier,Annelies Haegeman,Yoika Foucart,Nicolas Fouillien,Maher Al Rwahnihet al. Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.62⟩ Article dans une revue hal-04107125v1
Identification, molecular and biological characterization of two novel secovirids in wild grass species in Belgium François Maclot,Virginie Debue,Arnaud Blouin,Núria Fontdevila Pareta,Lucie Tamisieret al. Virus Research, 2021, 298, pp.198397. ⟨10.1016/j.virusres.2021.198397⟩ Article dans une revue hal-03239259v1
Complete Sequence, Genome Organization and Molecular Detection of Grapevine Line Pattern Virus, a New Putative Anulavirus Infecting Grapevine Toufic Elbeaino,Levente Kontra,Emese Demian,Nikoletta Jaksa-Czotter,Amani Ben Slimenet al. Viruses, 2020, 12 (6), pp.602. ⟨10.3390/v12060602⟩ Article dans une revue hal-04107148v1
Identification of Divergent Isolates of Banana Mild Mosaic Virus and Development of a New Diagnostic Primer to Improve Detection Marwa Hanafi,Rachid Tahzima,Sofiene Ben Kaab,Lucie Tamisier,Nicolas Rouxet al. Pathogens, 2020, 9 (12), pp.1045. ⟨10.3390/pathogens9121045⟩ Article dans une revue hal-04107146v1
Sixty years after the first description: Genome sequence and biological characterization of European wheat striate mosaic virus infecting cereal crops Merike Sõmera,Anders Kvarnheden,Cecile Desbiez,Dag-Ragnar Blystad,Pille Sooväliet al. Phytopathology, 2020, 110, pp.68-79. ⟨10.1094/PHYTO-07-19-0258-FI⟩ Article dans une revue hal-02619429v1
Genome-wide association mapping of QTLs implied in potato virus Y population sizes in pepper: evidence for widespread resistance QTL pyramiding. Lucie Tamisier,Marion Szadkowski,Ghislaine Nemouchi,Véronique Lefebvre,Emmanuel Szadkowskiet al. Molecular Plant Pathology, 2020, 21 (1), pp.03-16. ⟨10.1111/mpp.12874⟩ Article dans une revue hal-02315849v2
Impact of genetic drift, selection and accumulation level on virus adaptation to its host plants Elsa Rousseau,Lucie Tamisier,Frédéric Fabre,Vincent Simon,Marion Szadkowskiet al. Molecular Plant Pathology, 2018, 19 (12), pp.2575-2589. ⟨10.1111/mpp.12730⟩ Article dans une revue hal-01953902v1
No inbreeding depression in laboratory-reared individuals of the parasitoid wasp Allotropa burrelli Bastien Quaglietti,Lucie Tamisier,Geraldine Groussier,Alexandre Fleisch,Isabelle Le Goffet al. Ecology and Evolution, 2017, 7 (3), pp.964 - 973. ⟨10.1002/ece3.2643⟩ Article dans une revue hal-01508169v1
Ecological and sanitary impacts of bacterial communities associated to biological invasions in African commensal rodent communities C. Lippens,Christophe Diagne,Maxime Galan,Lucie Tamisier,Jonathan D’ambrosioet al. Scientific Reports, 2017, 7 (1), art. 14995 [11 p.]. ⟨10.1038/s41598-017-14880-1⟩ Article dans une revue hal-01792669v1
Quantitative trait loci in pepper control the effective population size of two RNA viruses at inoculation Lucie Tamisier,Elsa Rousseau,Sebastien Barraillé,Ghislaine Nemouchi,Marion Szadkowskiet al. Journal of General Virology, 2017, 98 (7), pp.1923 - 1931. ⟨10.1099/jgv.0.000835⟩ Article dans une revue hal-01571391v1
16S rRNA amplicon sequencing for épidémiologie surveys of bacteria in wildlife Maxime Galan,Maria Razzauti,Emilie Bard,Maria Bernard,Carine Brouatet al. mSystems, 2016, 1 (4), pp.1-22. ⟨10.1128/mSystems.00032-16⟩ Article dans une revue hal-01595274v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Virus evolution faced to multiple host targets: The potyvirus—pepper case study Lucie Tamisier,Severine Lacombe,Carole Caranta,Jean-Luc Gallois,Benoît Moury Esteban Domingo; Peter Schuster; Santiago F. Elena; Celia Perales. Viral fitness and evolution. Population dynamics and adaptive mechanisms, 439, Springer International Publishing, pp.121-138, 2023, Current Topics in Microbiology and Immunology, 978-3-031-15639-7. ⟨10.1007/978-3-031-15640-3_3⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03929799v1
Peut-on prédire la durabilité des résistances ? Le cas des virus Benoît Moury,Lucie Tamisier,Frédéric Fabre,Loup Rimbaud L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.297-307, 2021, 9782759232338 Chapitre d'ouvrage hal-03131044v1

Communication dans un congrès (19)

Relations entre virulence, charge virale et transmission du potato virus Y (genre Potyvirus ; famille Potyviridae) Lola Chateau,Lucie Tamisier,Thomas Oudin,Roxanne Barosi,Marion Szadkowskiet al. 20. Rencontres de virologie végétale (RVV 2025), Jan 2025, Aussois, France Communication dans un congrès hal-05147331v1
Uncovering the genetic basis of quantitative resistance to cucumber mosaic virus in Capsicum annuum using genome-wide association coupled with high-throughput image analysis Judith Hirsch,Lucie Tamisier,Marion Szadkowski,Sylvain Piry,Louis McLeodet al. 20. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2025), UMR PHIM, Jan 2025, Aussois, France. pp.C-41 Communication dans un congrès hal-05147567v1
La robustesse de l’immunité végétale : une piste pour assurer la stabilité des productions agricoles face aux stress environnementaux ? Judith Hirsch,William Billaud,Lucie Tamisier,Félicie Lauri,Benoît Mouryet al. Réunion plénière 2023 du réseau ENVIE, Nov 2023, Sète, France Communication dans un congrès hal-04670200v1
Revisiting high throughput sequencing data used for plant virus detection in order to find evidence of nonviralplant pathogens and pests Annelies Haegeman,Yoika Foucart,Kris de Jonghe,Thomas Goedefroit,Maher Al Rwahnihet al. 12. International congress of plant pathology (ICPP). Satellite event: high-throughput Sequencing in plant virology: from Discovery to diagnostics, SFP; ISPP, Aug 2023, Lyon, France. pp.1259-1260 Communication dans un congrès hal-05202673v1
Potato virus Y adaptation to various resistance QTL combinations in pepper and impact on host tolerance Thibaud Jayet,William Billaud,Lucie Tamisier,Marion Szadkowski,Catherine Wipf-Scheibelet al. 15. International symposium of plant virus epidemiology, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Madrid, spain, Jun 2022, Madrid, Spain Communication dans un congrès hal-03689572v1
Change of paradigm for breeding disease resistant cultivars robust to varying environments: estimators of the robustness of plant immunity and promising genes for the future William Billaud,Thibaud Jayet,Valentin Ribaut,Lucie Tamisier,Anne Massireet al. European Scientific Conference – Towards Pesticide Free Agriculture “What research to meet the pesticides reduction objectives embedded in the European Green Deal?”, French Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE), Jun 2022, Dijon, France Communication dans un congrès hal-03737211v1
Robustesse de l'immunité du piment à Phytophthora capsici face à une perturbation thermique William Billaud,Thibaud Jayet,Valentin Ribaut,Lucie Tamisier,Anne Massireet al. 13. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois (France), France. 1p Communication dans un congrès hal-04133317v1
Potato virus Y adaptation to various resistance QTL combinations in pepper and impact on host tolerance Thibaud Jayet,William Billaud,Lucie Tamisier,Marion Szadkowski,Catherine Wipf-Scheibelet al. 18. Rencontres de virologie végétale (RVV 2021), Cirad; Inrae, Sep 2021, Aussois, France Communication dans un congrès hal-03368394v1
Experimental evolution of a plant RNA virus: a warning about spurious correlations when studying fitness changes Lucie Tamisier,Frédéric Fabre,Marion Szadkowski,Ghislaine Nemouchi,Gregory Girardotet al. 18. Rencontres de virologie végétale (RVV 2021), INRAE; CIRAD, Sep 2021, Aussois, France Communication dans un congrès hal-03553147v1
Within-plant genetic drift to control virus adaptation Lucie Tamisier,Ghislaine Nemouchi,Marion Szadkowski,Gregory Girardot,Frédéric Fabreet al. 5. Conférence Jacques Monod, Évolution virale sur le continuum mutualiste – parasite, Oct 2019, Roscoff, France Communication dans un congrès hal-03553334v1
Genome-wide association mapping of loci implied in Potato virus Y resistance and tolerance in the pepper germplasm Lucie Tamisier,Ghislaine Nemouchi,Marion Szadkowski,Gregory Girardot,Renaud Duboscqet al. 17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 127 p Communication dans un congrès hal-02734804v1
Genome-wide association mapping of loci involved in Potato virus Y resistance and tolerance in pepper germplasm Lucie Tamisier,Ghislaine Nemouchi,Marion Szadkowski,Véronique Lefebvre,Emmanuel Szadkowskiet al. 17. Eucarpia Meeting on Genetics and Breeding of Capsicum and Eggplant (2019), Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL). FRA.; Terralia. FRA.; Groupe d'Etude et de Contrôle des Variétés et des Semences (GEVES). FRA., Sep 2019, Avignon, France. 263 p Communication dans un congrès hal-02734819v1
Experimental evolution of Barley yellow dwarf virus in cultivated and wild Poaceae species Lucie Tamisier,Catherine Colson,François Maclot,Peipei Zhang,Frederic Franciset al. 17e Rencontres de virologie végétale, Jan 2019, Aussois (France), France Communication dans un congrès hal-04315120v1
Taking control of virus adaptation by choosing host plant genotype Benoît Moury,Frédéric Fabre,Elsa Rousseau,Lucie Tamisier 2. Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), European Society of Evolutionnary Biology (ESEB). INT., Aug 2018, Montpellier, France. 39 p Communication dans un congrès hal-02787082v1
Impact of selection, genetic drift and viral accumulation on the evolution of a plant RNA virus Lucie Tamisier,Gregory Girardot,Ghislaine Nemouchi,Marion Szadkowski,Alain Palloixet al. 16. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2017), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). FRA., Jan 2017, Aussois, France. 137 p Communication dans un congrès hal-01606407v1
Quantitative trait loci in pepper genome control the effective population size of two RNA viruses at inoculation Lucie Tamisier,Elsa Rousseau,Sebastien Barraillé,Ghislaine Nemouchi,Marion Szadkowskiet al. 16. Eucarpia Capsicum and Eggplant meeting, Szent István University. Gödöllo, HUN., Sep 2016, Kecskemét, Hungary. 591 p Communication dans un congrès hal-02738767v1
Impact of selection, genetic drift and viral accumulation on the evolution of a plant RNA virus Lucie Tamisier,Gregory Girardot,Ghislaine Nemouchi,Marion Szadkowski,Alain Palloixet al. 13. International plant virus epidemiology symposium, Jun 2016, Avignon, France. 165 p Communication dans un congrès hal-02739150v1
Rôle des parasites dans le succès d’invasion : approche corrélative sur deux communautés parasitaires dans le contexte de l’invasion de &lt;em&gt;Mus musculus domesticus&lt;/em&gt; au Sénégal Christophe Amidi Diagne,Lucie Tamisier,Khalilou Ba,Nathalie Charbonnel,Jean-Francois J.-F. Cossonet al. 12th African Small mammals Symposium, Apr 2015, Mantasoa, Madagascar Communication dans un congrès hal-02800359v1
Utilisation de la métagénomique 16S pour la surveillance de l’émergence de zoonoses bactériennes dans les populations animales Maxime Galan,Maria Razzauti Sanfeliu,Khalilou Bâ,Emilie Bard,Maria Bernardet al. 3. Colloque de Génomique Environnementale, Oct 2015, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-02800485v1

Poster de conférence (5)

Deciphering the genetic architecture of plant-pathogen interactions using co-GWAS Moustapha Boubacar-Abdou,Vincent Rittener,Pascale Mistral,Karine Leyre,Jacques Lagnelet al. Journées Jeunes Chercheurs du département BAP 2025, May 2025, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05127001v1
Unravelling the genetic architecture of virus quantitative pathogenicity Lucie Tamisier,Thomas Oudin,Marion Szadkowski,Pierre Mustin,Judith Hirschet al. 19. Rencontres de virologie végétale (RVV 2023), Jan 2023, Aussois (FR), France Poster de conférence hal-04195732v1
Impact of plant immunity on virus adaptation: what evolutionary forces should we rely upon in plant breeding? Lucie Tamisier,Frédéric Fabre,Marion Szadkowski,Ghislaine Nemouchi,Gregory Girardotet al. 12. International congress of plant pathology (ICPP), Aug 2023, Lyon, France. , pp.1092-1093, Book of abstracts ICPP 2023. One healh for all plants, crops and trees. Lyon, 20-25 August, France Poster de conférence hal-05202509v1
Semi-artificial datasets as a resource for validation of bioinformatics pipelines for plant virus detection Lucie Tamisier,Annelies Haegeman,Yoika Foucart,Nicolas Fouillien,Maher Al Rwahnihet al. International Advances in Plant Virology, Apr 2021, Avignon (en ligne), France Poster de conférence hal-04315151v1
Experimental evolution of Barley yellow dwarf virus in cultivated and wild Poaceae species Lucie Tamisier,Catherine Colson,François Maclot,Frédéric Francis,Denis Baurainet al. International Advances in Plant Virology, Oct 2019, Rome, Italy Poster de conférence hal-04315133v1

Thèse (1)

Adaptation des populations virales aux résistances variétales et exploitation des ressources génétiques des plantes pour contrôler cette adaptation Lucie Tamisier Sciences agricoles. Université d'Avignon, 2017. Français. ⟨NNT : 2017AVIG0696⟩ Thèse tel-01753184v2

Autre publication scientifique (1)

Manipuler les forces évolutives exercées par les plantes sur les virus pour améliorer la durabilité des gènes de résistance Benoît Moury,Julie Quenouille-Lederer,Elsa Rousseau,Lucie Tamisier,Ghislaine Nemouchiet al. 2017, pp.63-74 Autre publication scientifique hal-03553131v1

Pré-publication, Document de travail (2)

Host-specific adaptation and fitness trade-off of Barley Yellow Dwarf Viruses suggested by experimental evolution through aphid inoculation on multiple Poaceae species Lucie Tamisier,Catherine Colson,François Maclot,Peipei Zhang,Xifeng Wanget al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05213490v1
Semi-artificial datasets as a resource for validation of bioinformatics pipelines for plant virus detection Lucie Tamisier,Annelies Haegeman,Yoika Foucart,Nicolas Fouillien,Maher Al Rwahnihet al. 2021 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03369187v1