Mathieu Giraud

Identifiants chercheurs

IdHAL :

magiraud

ORCID :

0000-0003-2741-8047

IdRef :

094640610

Présentation

Mathieu Giraud, directeur de recherche CNRS en informatique au laboratoire CRIStAL (CNRS, Université de Lille, Centrale Lille), conçoit des méthodes algorithmiques pour étudier des séquences au service de projets culturels et de santé.

Mathieu dirige l'équipe d'informatique musicale Algomus qui travaille sur l'analyse, la modélisation, la visualisation et la génération de musique. Est-ce qu'un ordinateur peut aider à faire comprendre et même à faire apprécier la musique ? Ces travaux en humanités numériques concernent la mélodie, l'harmonie (accords, progressions d'accords, cadences), les rythmes, la texture musicale, pour finalement modéliser la structure et la forme musicale et proposer de nouvelles manières d'interagir et de valoriser le patrimoine et le matrimoine musical.

Mathieu a mené durant 15 ans des recherches sur l'analyse et la comparaison de séquences d'ADN et d'ARN, notamment dans l'équipe de bioinformatique Bonsai. Il continue de travailler sur des méthodes pour mieux connaître les populations de globules blancs, en particulier pour améliorer les diagnostics et les suivis de leucémie. Il est le responsable technique du consortium VidjilNet au sein d'Inria et s'intéresse à l'éthique des traitements de données médicales.

Mathieu collabore avec des musicien·nes (artistes, enseignant·es, grand public...) ainsi qu'avec des professionnel·les de santé. Il s'inscrit dans une démarche de science ouverte, en particulier sur les logiciels libres, et contribue à des politiques locales et nationales sur l'inclusivité et sur le genre, ainsi que sur les transports publics.

Publications

Article dans une revue (30)

Annotating Texture and Imitation Patterns in a Corpus of Slow Movements in Corelli’s Trio Sonatas Jérémie Roux,Mathieu Giraud,Florence Levé Empirical Musicology review, In press Article dans une revue hal-05061294v1
Introducing the digitised dataset of Slovenian folk ballads Vanessa Nina Borsan,Mojca Kovačič,Mathieu Giraud,Marjeta Pisk,Matevž Peseket al. Ethnomusicology Forum, 2025, pp.1-32. ⟨10.1080/17411912.2025.2588780⟩ Article dans une revue hal-05403570v1
Alignment-free detection and seed-based identification of multi-loci V(D)J recombinations in Vidjil-algo Cyprien Borée,Mathieu Giraud,Mikaël Salson Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e44. ⟨10.24072/pcjournal.547⟩ Article dans une revue hal-04361907v4
Associations between music training and the dynamics of writing music by hand Aurélien Bertiaux,François Gabrielli,Mathieu Giraud,Florence Levé Musicae Scientiae, 2023, 27 (1), ⟨10.1177/1029864920972145⟩ Article dans une revue hal-02979816v1
Weighted Automata Computation of Edit Distances with Consolidations and Fragmentations Mathieu Giraud,Florent Jacquemard Information and Computation, 2022, 282, pp.104652. ⟨10.1016/j.ic.2020.104652⟩ Article dans une revue hal-01857267v4
I Keep Counting : An Experiment in Human/AI Co-creative Songwriting Gianluca Micchi,Louis Bigo,Mathieu Giraud,Richard Groult,Florence Levé Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2021, 4 (1), pp.263-275. ⟨10.5334/tismir.93⟩ Article dans une revue hal-03399076v1
Not All Roads Lead to Rome: Pitch Representation and Model Architecture for Automatic Harmonic Analysis Gianluca Micchi,Mark Gotham,Mathieu Giraud Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2020, 3 (1), pp.42-54. ⟨10.5334/tismir.45⟩ Article dans une revue hal-02934374v1
Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study Monika Brüggemann,Michaela Kotrova,Henrik Knecht,Jack Bartram,Myriam Boudjogrhaet al. Leukemia, 2019, ⟨10.1038/s41375-019-0496-7⟩ Article dans une revue hal-02169053v1
Learning Sonata Form Structure on Mozart's String Quartets Pierre Allegraud,Louis Bigo,Laurent Feisthauer,Mathieu Giraud,Richard Groultet al. Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2019, 2 (1), pp.82-96. ⟨10.5334/tismir.27⟩ Article dans une revue hal-02366640v1
Indexing labeled sequences Tatiana Rocher,Mathieu Giraud,Mikaël Salson PeerJ Computer Science, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩ Article dans une revue hal-01743104v1
High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges. Anton W Langerak,Monika Brüggemann,Frederic Davi,Nikos Darzentas,Jacques J. M. van Dongenet al. Journal of Immunology, 2017, 198 (10), pp.3765-3774. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩ Article dans une revue hal-01516289v1
High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones Mikael Salson,Mathieu Giraud,Aurélie Caillault,Nathalie Grardel,Nicolas Duployezet al. Leukemia Research, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩ Article dans une revue hal-01404817v1
Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis Yann Ferret,Aurélie Caillault,Shéhérazade Sebda,Marc Duez,Nathalie Grardelet al. British Journal of Haematology, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩ Article dans une revue hal-01279160v1
Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing Marc Duez,Mathieu Giraud,Ryan Herbert,Tatiana Rocher,Mikael Salsonet al. PLoS ONE, 2016, 11 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0166126⟩ Article dans une revue hal-01397079v1
Combined transcriptome studies identify AFF3 as a mediator of the oncogenic effects of β-catenin in adrenocortical carcinoma Lucile Lefèvre,Hanin Omeiri,Ludivine Drougat,Constanze Hantel,Mathieu Giraudet al. Oncogenesis, 2015, 4 (7), pp.e161. ⟨10.1038/oncsis.2015.20⟩ Article dans une revue inserm-01182372v1
Computational Fugue Analysis Mathieu Giraud,Richard Groult,Emmanuel Leguy,Florence Levé Computer Music Journal, 2015, 39 (2), pp.77-96. ⟨10.1162/COMJ_a_00300⟩ Article dans une revue hal-01113520v1
The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL. Michaela Kotrova,Katerina Muzikova,Ester Mejstrikova,Michaela Novakova,Violeta Bakardjieva-Mihaylovaet al. Blood, 2015, 126 (8), pp.1045-7. ⟨10.1182/blood-2015-07-655159⟩ Article dans une revue hal-01241663v1
Modeling alternate RNA structures in genomic sequences. Azadeh Saffarian,Mathieu Giraud,Hélène Touzet Journal of Computational Biology, 2015, 22 (3), pp.190-204 Article dans une revue hal-01228130v1
Algorithmes pour l’analyse de la musique tonale Mathieu Giraud,Marc Rigaudière Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2014, Informatique musicale, 33 (7-8), pp.567-586. ⟨10.3166/tsi.33.567-586⟩ Article dans une revue hal-01107721v1
Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing Mathieu Giraud,Mikaël Salson,Marc Duez,Céline Villenet,Sabine Quiefet al. BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩ Article dans une revue hal-01009173v1
RNA Locally Optimal Secondary Structures Azadeh Saffarian,Mathieu Giraud,Antoine de Monte,Hélène Touzet Journal of Computational Biology, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩ Article dans une revue hal-00756249v1
Les séquenceurs à haut débit Mathieu Giraud,Mikaël Salson Interstices, 2011 Article dans une revue hal-01350176v1
Parallel Position Weight Matrices Algorithms Mathieu Giraud,Jean-Stéphane Varré Parallel Computing, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩ Article dans une revue hal-00623404v1
Asymptotic behavior of the numbers of runs and microruns Mathieu Giraud Information and Computation, 2009, 207 (11), pp.1221-1228. ⟨10.1016/j.ic.2009.02.007⟩ Article dans une revue hal-00438214v1
Optimal neighborhood indexing for protein similarity search Pierre Peterlongo,Laurent Noé,Dominique Lavenier,van Hoa Nguyen,Gregory Kucherovet al. BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩ Article dans une revue inria-00340510v1
Path-equivalent developments in acyclic weighted automata Mathieu Giraud,Philippe Veber,Dominique Lavenier International Journal of Foundations of Computer Science, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩ Article dans une revue inria-00271646v1
Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements. Sébastien Tempel,Mathieu Giraud,Dominique Lavenier,Israël-César C. Lerman,Anne-Sophie Valinet al. Bioinformatics, 2006, 22(16), pp.1948-1954 Article dans une revue hal-00090517v1
Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes. Sandrine Pawlicki,Anne-Sophie Valin,Mathieu Giraud,Gilles Georges,Christian Delamarcheet al. Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12 Article dans une revue hal-00456604v1
Symbiologik : jouez avec les gènes Nicolas Deroche,Mathieu Giraud Interstices, 2006 Article dans une revue hal-01352610v1
The dog and rat olfactory receptor repertoires Pascale Quignon,Mathieu Giraud,Maud Rimbault,Patricia Lavigne,Sandrine Tacheret al. Genome Biology, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩ Article dans une revue hal-00107100v1

Communication dans un congrès (60)

Linking and Combining Digital Music Sources in Digital Archives: The CollabScore approach Philippe Rigaux,Bertrand Coüasnon,Sebastien Cretin,Valère Étienne,Mathieu Giraudet al. IAML 2026 - International Association of Music Libraries Congress, Aristotle University of Thessaloniki, Jun 2026, Thessalokini, Greece Communication dans un congrès hal-05515780v1
When Voices Interleave: Timing Deviations in Six Performances of Telemann's Fantasias for Solo Flute Patrice Thibaud,Mathieu Giraud,Yann Teytaut International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2025), Sep 2025, Daejeon, South Korea Communication dans un congrès hal-05102415v1
Vers une taxonomie et une analyse des gestes guitaristiques dans le Brutal Death Metal Quentin Guilluy,Anis Fariji,Joao Fernandes,Mathieu Giraud,Alexandre D'Hoogeet al. Journées d'Informatique Musicale (JIM 2025), GRAME; Inria, Jun 2025, Lyon, France. pp.109-116 Communication dans un congrès hal-05102344v2
Detection of orchestral blends in musical scores Francesco Maccarini,Olivier Anoufa,Mathieu Giraud,Florence Levé,Stephen Mcadams Sound and Music Computing (SMC 2025), 2025, Graz, Austria Communication dans un congrès hal-05049228v1
Music with Numbers: Jianpu Number-Based Notation in Cultural Heritage and Digital Humanities Rui Yang,Mathieu Giraud,Florence Levé Music Encoding Conference (MEC 2025), 2025, London, United Kingdom Communication dans un congrès hal-05029666v1
What song now? Personalized Rhythm Guitar Learning in Western Popular Music Zakaria Hassein-Bey,Yohann Abbou,Alexandre D'Hooge,Mathieu Giraud,Gilles Guillemainet al. International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2025), 2025, Daejeon, South Korea Communication dans un congrès hal-05102412v1
Suggestions pédagogiques personnalisées pour la guitare Alexandre D'Hooge,Mathieu Giraud,Yohann Abbou,Gilles Guillemain Journées d'Informatique Musicale (JIM 2024), May 2024, Marseille, France Communication dans un congrès hal-04564669v1
Co-creative orchestration of Angeles with layer scores and orchestration plans Francesco Maccarini,Maël Oudin,Mathieu Giraud,Florence Levé International Conference on Artificial Intelligence in Music, Sound, Art and Design (EvoMUSART 2024), 2024, Aberystwyth, United Kingdom. ⟨10.1007/978-3-031-56992-0_15⟩ Communication dans un congrès hal-04388097v1
The CollabScore project – From Optical Recognition to Multimodal Music Sources Christophe Guillotel-Nothmann,Philippe Rigaux,Bertrand B. Coüasnon,Mathieu Giraud,Aurélie Lemaitre WoRMS 2024: 6th International Workshop on Reading Music Systems, Jorge Calvo-Zaragoza; Alexander Pacha; Elona Shatri, Nov 2024, Online, France. pp.33-37, ⟨10.48550/arXiv.2411.15741⟩ Communication dans un congrès hal-04925968v1
Analyse et essai de reconstruction de structures arborescentes des grilles de jazz Patrice Thibaud,Mathieu Giraud Journées d'Informatique Musicale (JIM 2023), May 2023, Paris, France. pp.62-67 Communication dans un congrès hal-04196644v1
The Games We Play: Exploring The Impact of ISMIR on Musicology Vanessa Nina Borsan,Mathieu Giraud,Richard Groult International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2023), Nov 2023, Milano, Italy. pp.474-481, ⟨10.5281/zenodo.10265344⟩ Communication dans un congrès hal-04142194v1
Adding descriptors to melodies improves pattern matching: a study on Slovenian folk songs Vanessa Nina Borsan,Mathieu Giraud,Richard Groult,Thierry Lecroq International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2023), 2023, Milan, Italy. pp.474-481, ⟨10.5281/zenodo.10265328⟩ Communication dans un congrès hal-04142315v1
The ‘Measure Map’: an inter-operable standard for aligning symbolic music Mark Gotham,Johannes Hentschel,Louis Couturier,Nathan Dykeaylen,Martin Rohrmeieret al. International Conference on Digital Libraries for Musicology (DLfM 2023), Nov 2023, Milano, Italy. ⟨10.1145/3625135.3625136⟩ Communication dans un congrès hal-04197400v1
Soutenir en classe l'écoute active, l'autonomie et l'échange en analyse musicale avec la plateforme web Dezrann Alice Sauda,Mathieu Giraud,Emmanuel Leguy Journées d'Informatique Musicale (JIM 2022) / Sound and Music Computing (SMC 2022), 2022, Saint-Étienne, France. pp.617-623, ⟨10.5281/zenodo.6800855⟩ Communication dans un congrès hal-03618017v1
Modeling and Editing Cross-Modal Synchronization on a Label Web Canvas Louis Garczynski,Mathieu Giraud,Emmanuel Leguy,Philippe Rigaux Music Encoding Conference (MEC 2022), 2022, Halifax, Canada. pp.61-71, ⟨10.17613/krxd-pq66⟩ Communication dans un congrès hal-03583179v2
Personalizing AI for Co-Creative Music Composition from Melody to Structure Ken Déguernel,Mathieu Giraud,Richard Groult,Sebastien Gulluni Sound and Music Computing (SMC 2022), 2022, Saint-Étienne, France. pp.314-321, ⟨10.5281/zenodo.6573287⟩ Communication dans un congrès hal-03618015v1
A Corpus Describing Orchestral Texture in First Movements of Classical and Early-Romantic Symphonies Dinh-Viet-Toan Le,Mathieu Giraud,Florence Levé,Francesco Maccarini Digital Libraries for Musicology (DLfM 2022), 2022, Prague, Czech Republic. pp.22-35 Communication dans un congrès hal-03663112v1
Symbolic Textural Features and Melody/Accompaniment Detection in String Quartets Louis Soum-Fontez,Mathieu Giraud,Nicolas Guiomard-Kagan,Florence Levé International Symposium on Computer Music Multidisciplinary Research (CMMR 2021), Nov 2021, Online, Japan. pp.175-184 Communication dans un congrès hal-03322543v1
What are the most used guitar positions? Jules Cournut,Louis Bigo,Mathieu Giraud,Nicolas Martin,David Régnier International Conference on Digital Libraries for Musicology (DLfM 2021), 2021, Online, United Kingdom. pp.84-92, ⟨10.1145/3469013.3469024⟩ Communication dans un congrès hal-03279863v1
Encodages de tablatures pour l'analyse de musique pour guitare Jules Cournut,Louis Bigo,Mathieu Giraud,Nicolas Martin Journées d'Informatique Musicale (JIM 2020), 2020, Strasbourg (en ligne), France Communication dans un congrès hal-02934382v1
Estimating keys and modulations in musical pieces Laurent Feisthauer,Louis Bigo,Mathieu Giraud,Florence Levé Sound and Music Computing Conference (SMC 2020), Simone Spagnol; Andrea Valle, Jun 2020, Torino, Italy Communication dans un congrès hal-02886399v2
L'informatique musicale : informatique et musique en interdisciplinarité Moreno Andreatta,Gérard Assayag,Myriam Desainte-Catherine,Jean-Louis Giavitto,Mathieu Giraudet al. Journées d'Informatique Musicale (JIM 2019), May 2019, Bayonne, France Communication dans un congrès hal-02348292v1
Modeling and learning structural breaks in sonata forms Laurent Feisthauer,Louis Bigo,Mathieu Giraud International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2019), 2019, Delft, Netherlands. ⟨10.5281/zenodo.3527828⟩ Communication dans un congrès hal-02162936v2
Realtime collaborative annotation of music scores with Dezrann Ling Ma,Mathieu Giraud,Emmanuel Leguy International Symposium on Computer Music Modeling and Retrieval (CMMR 2019), 2019, Marseille, France Communication dans un congrès hal-02162935v1
Génération photo-réaliste de défauts sur des images de surfaces extérieures d'avions acquises par un drone autonome Bryan Deliencourt,Mathieu Giraud,Julien Miranda,Stanislas Larnier,Ariane Herbulotet al. ORASIS, journées francophones des jeunes chercheurs en vision par ordinateur, May 2019, Saint-Dié-des-Vosges, France Communication dans un congrès hal-02164953v1
Dezrann, a Web Framework to Share Music Analysis Mathieu Giraud,Richard Groult,Emmanuel Leguy International Conference on Technologies for Music Notation and Representation (TENOR 2018), May 2018, Montréal, Canada. pp.104-110 Communication dans un congrès hal-01796787v1
Relevance of musical features for cadence detection Louis Bigo,Laurent Feisthauer,Mathieu Giraud,Florence Levé International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2018), 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-01801060v1
Sketching Sonata Form Structure in Selected Classical String Quartets Louis Bigo,Mathieu Giraud,Richard Groult,Nicolas Guiomard-Kagan,Florence Levé ISMIR 2017 - International Society for Music Information Retrieval Conference, 2017, Suzhou, China Communication dans un congrès hal-01568703v1
Les pierres musicales, un dispositif pédagogique interactif Julien Debove,David Durand,Marion Giraud,Mathieu Giraud,Richard Groultet al. Journées d'Informatique Musicale (JIM 2017), 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-01517519v1
Improving voice separation by better connecting contigs Nicolas Guiomard-Kagan,Mathieu Giraud,Richard Groult,Florence Levé International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2016), Aug 2016, New York, United States Communication dans un congrès hal-01331551v1
Indexer un ensemble de séquences ADN annotées Tatiana Rocher,Mathieu Giraud,Mikael Salson JOBIM, Jun 2016, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01576319v1
Modeling Musical Structure with Parametric Grammars Mathieu Giraud,Sławek Staworko Mathematics and Computation in Music (MCM 2015), Jun 2015, London, United Kingdom. pp.85-96, ⟨10.1007/978-3-319-20603-5_8⟩ Communication dans un congrès hal-01205422v1
Modélisation et visualisation de schémas d'analyse musicale avec music21 Guillaume Bagan,Mathieu Giraud,Richard Groult,Emmanuel Leguy Journées d'Informatique Musicale (JIM 2015), 2015, Montréal, Canada Communication dans un congrès hal-01135118v1
Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches Tuan Tu Tran,Mathieu Giraud,Jean-Stéphane Varré International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩ Communication dans un congrès hal-01153893v1
Comparing Voice and Stream Segmentation Algorithms Nicolas Guiomard-Kagan,Mathieu Giraud,Richard Groult,Florence Levé International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2015), Oct 2015, Malaga, Spain. pp.493-499 Communication dans un congrès hal-01246693v1
Towards Modeling Texture in Symbolic Data Mathieu Giraud,Florence Levé,Florent Mercier,Marc Rigaudière,Donatien Thorez International Society for Music Information Retrieval Conference - ISMIR, 2014, Taipei, Taiwan. pp.59-64 Communication dans un congrès hal-01057017v1
Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS) Nathalie Grardel,Mikaël Salson,Aurélie Caillault,Marc Duez,Céline Villenetet al. Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France Communication dans un congrès hal-01100152v1
Vers une analyse automatique des formes sonates Laurent David,Mathieu Giraud,Richard Groult,Florence Levé,Corentin Louboutin Journées d'Informatique Musicale (JIM 2014), 2014, Bourges, France. pp.113-118 Communication dans un congrès hal-01009166v1
Searching for alternate RNA structures in genomic sequences Azadeh Saffarian,Mathieu Giraud,Hélène Touzet Computational Methods for Structural RNAs, CMSR'14, Sep 2014, Strasbourg, France. pp.13-24, ⟨10.15455/CMSR.2014.0002⟩ Communication dans un congrès hal-01084319v1
Fragmentations with pitch, rhythm and parallelism constraints for variation matching Mathieu Giraud,Ken Déguernel,Emilios Cambouropoulos International Symposium on Computer Music Multidisciplinary Research (CMMR), Oct 2013, Marseille, France. pp.298-312, ⟨10.1007/978-3-319-12976-1_19⟩ Communication dans un congrès hal-00906462v2
Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit Mathieu Giraud,Mikaël Salson,Marc Duez,Jean-Stéphane Varré,Céline Villenetet al. JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-00857581v1
Melodic contour representations in the analysis of children's songs Christina Anagnostopoulou,Mathieu Giraud,Nick Poulakis 3rd International Workshop on Folk Music Analysis, Jun 2013, Amsterdam, Netherlands. pp.40-43 Communication dans un congrès hal-00826427v1
Detecting Episodes with Harmonic Sequences for Fugue Analysis Mathieu Giraud,Richard Groult,Florence Levé ISMIR - International Society for Music Information Retrieval Conference - 2012, 2012, Porto, Portugal Communication dans un congrès hal-00712565v1
Subject and counter-subject detection for analysis of the Well-Tempered Clavier fugues Mathieu Giraud,Richard Groult,Florence Levé International Symposium on Computer Music Modelling and Retrieval (CMMR 2012), 2012, United Kingdom. pp.661-673 Communication dans un congrès hal-00712554v1
Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics Mathieu Giraud,Stéphane Janot,Jean-Frédéric Berthelot,Charles Deltel,Laetitia Jourdanet al. Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria Communication dans un congrès inria-00623390v1
biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics Jean-Frédéric Berthelot,Charles Deltel,Mathieu Giraud,Stéphane Janot,Laetitia Jourdanet al. JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France Communication dans un congrès hal-00637847v1
Rhythm extraction from polyphonic symbolic music Florence Levé,Richard Groult,Guillaume Arnaud,Cyril Séguin,Rémi Gaymayet al. 12th International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2011), Oct 2011, United States. pp.375-380 Communication dans un congrès hal-00636058v1
Bit-Parallel Multiple Pattern Matching Tuan Tu Tran,Mathieu Giraud,Jean-Stéphane Varré Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland Communication dans un congrès inria-00637227v1
The Number of Runs in a Ternary Word Hideo Bannai,Mathieu Giraud,Kazuhiko Kusano,Wataru Matsubara,Ayumi Shinoharaet al. Prague Stringology Conference 2010, Aug 2010, France. pp.178-181 Communication dans un congrès hal-00533202v1
Biomanycores, a repository of interoperable open-source code for many-cores bioinformatics Jean-Stéphane Varré,Stéphane Janot,Mathieu Giraud Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), Jun 2009, Stockholm, Sweden Communication dans un congrès inria-00438224v1
Parallel Position Weight Matrices Algorithms Mathieu Giraud,Jean-Stéphane Varré International Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC 2009), Jul 2009, Lisboa, Portugal. pp.65-69, ⟨10.1109/ISPDC.2009.31⟩ Communication dans un congrès inria-00438215v1
GPU Parallelization of Algebraic Dynamic Programming Peter Steffen,Robert Giegerich,Mathieu Giraud Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 09), Sep 2009, Wroclaw, Poland Communication dans un congrès inria-00438219v1
Not so many runs in strings Mathieu Giraud 2nd International Conference on Language and Automata Theory and Applications (LATA 2008), Mar 2008, Tarragona, Spain Communication dans un congrès inria-00271630v1
Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware Pierre Peterlongo,Laurent Noé,Dominique Lavenier,Gilles Georges,Julien Jacqueset al. Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland Communication dans un congrès inria-00178325v1
Seed-Based Exclusion Method for Non-coding RNA Gene Search Jean-Eudes Duchesne,Mathieu Giraud,Nadia El-Mabrouk 13th Annual International Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2007), Jul 2007, Banff, Canada. pp.27-39, ⟨10.1007/978-3-540-73545-8_6⟩ Communication dans un congrès inria-00271642v1
Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions Dominique Lavenier,Philippe Veber,Mathieu Giraud 2006, pp.23--33, ⟨10.1007/11812128_4⟩ Communication dans un congrès istex hal-00107094v1
Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles Mathieu Giraud,Laurent Noé,Gregory Kucherov,Dominique Lavenier MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37 Communication dans un congrès inria-00001036v1
Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana Sébastien Tempel,Mathieu Giraud,Israël-César C. Lerman,Ivan Couée,Abdelhak El Amraniet al. XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France Communication dans un congrès hal-00015261v1
mreps: a program for exhaustive search for tandem repeats in DNA sequences Ghizlane Bana,Roman Kolpakov,Mathieu Giraud,Ralph Rabbat,Gregory Kucherov Sixth Annual International Conference on Research in Computational Biology - RECOMB 2002, Apr 2002, Washington, DC, US Communication dans un congrès inria-00100869v1
Maximal Repetitions and Application to DNA sequences Mathieu Giraud,Gregory Kucherov Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'2000, 2000, Montpellier/France, pp.165--172 Communication dans un congrès inria-00107854v1

Chapitre d'ouvrage (5)

One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia Patrick Villarese,Chrystelle Abdo,Matthieu Bertrand,Florian Thonier,Mathieu Giraudet al. Anton W. Langerak. Immunogenetics. Methods and Protocols, 2453, Springer, pp.43-59, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_3⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03684695v1
Immunoglobulin Gene Mutational Status Assessment by Next Generation Sequencing in Chronic Lymphocytic Leukemia Anne Langlois de Septenville,Myriam Boudjoghra,Clotilde Bravetti,Marine Armand,Mikaël Salsonet al. Anton W. Langerak. Immunogenetics, 2453, Springer, pp.153-167, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_10⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03684717v1
Computational Analysis of Musical Form Mathieu Giraud,Richard Groult,Florence Levé David Meredith. Computational Music Analysis, Springer, pp.113-136, 2016, 978-3-319-25929-1. ⟨10.1007/978-3-319-25931-4_5⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01231201v1
Manycore high-performance computing in bioinformatics Jean-Stéphane Varré,Bertil Schmidt,Stéphane Janot,Mathieu Giraud Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011 Chapitre d'ouvrage hal-00563408v1
Bioinformatics Applications Dominique Lavenier,Mathieu Giraud Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2 Chapitre d'ouvrage inria-00000501v1

Poster de conférence (10)

Les Pixelles, un club d'informatique pour collégiennes et lycéennes Claire Divoy,Maxime Folschette,Mathieu Giraud,Mikaela Keller,Alyssa Lemoineet al. Didapro 11, Mar 2026, Grenoble, France Poster de conférence hal-05486331v1
Towards Cross-Cultural Modelling of Instrumental Difficulty Rui Yang,Mathieu Giraud,Florence Levé Digital Music Research Network One-day Workshop (DMRN+20), 2025, London, United Kingdom. Poster de conférence hal-05485130v1
Modelling Flute Difficulty through a Corpus of Annotated Scores Rui Yang,Xiaotong Cai,Mathieu Giraud,Marc-Antoine Houën,Florence Levéet al. Digital Libraries for Musicology (DLfM 2025), Sep 2025, Seoul, South Korea. Poster de conférence hal-05485080v1
Towards modeling alternating patterns through inter-notes relations Perrine Vantalon,Mathieu Giraud,Richard Groult,Thierry Lecroq 23rd International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2022), Late-Breaking Demo Session, Dec 2022, Bangalore, India. , pp.LV10 Poster de conférence hal-03951420v1
Towards Custom Dilated Convolutions on Pitch Spaces Rony Abecidan,Mathieu Giraud,Gianluca Micchi International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2020), Late-Breaking Demo Session, 2020, Montréal, Canada. Extended Abstracts for the Late-Breaking Demo Session of the 21st Int. Society for Music Information Retrieval Conference Poster de conférence hal-02959676v1
Modelling Keys and Modulation with Scales and Harmonic Progressions Laurent Feisthauer,Louis Bigo,Mathieu Giraud,Florence Levé Digital Music Research Network Workshop (DMRN+14), 2019, London, France Poster de conférence hal-02392389v1
Vers une recherche automatisée du parcours tonal Laurent Feisthauer,Louis Bigo,Mathieu Giraud,Florence Levé Les sciences de la musique, 2019, Paris, France. Poster de conférence hal-01972701v1
Using Dezrann in Musicology and MIR Research Mathieu Giraud Digital Libraries for Musicology (DLfM 2018), 2018, Paris, France Poster de conférence hal-01871713v1
Une application web interactive pour l'analyse musicale Emmanuel Leguy,Richard Groult,Mathieu Giraud European Music Analysis Conference (EuroMAC 2017), 2017, Strasbourg, France. 2017 Poster de conférence hal-01517517v1
Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis Nathalie Grardel,Mathieu Giraud,Mikaël Salson,Marc Duez American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014 Poster de conférence hal-01100290v1

Autre publication scientifique (7)

Interaction avec des corpus musicaux : la plateforme Dezrann Mathieu Giraud 2025 Autre publication scientifique hal-05421656v1
Towards Detecting Interleaved Voices in Telemann Flute Fantasias Patrice Thibaud,Mathieu Giraud,Yann Teytaut DMRN+19: Digital Music Research Network One-day Workshop, 2024 Autre publication scientifique hal-04923955v1
From local markers to global form: Computational modeling of musical structure Louis Bigo,Mathieu Giraud,Florence Levé 2021 Autre publication scientifique hal-03302275v1
As We Are Blind Pierre Allegraud,Véronique Béland,Quentin Denimal,Mathieu Giraud,Richard Groultet al. Œuvres et Recherches, 2019, pp.2019:01 Autre publication scientifique hal-02379772v1
Algo-Rythme Mathieu Giraud,Valkiri Valkiri Œuvres et Recherches, 2019, pp.2019:05 Autre publication scientifique hal-02379793v1
Fixing the Horse before the Cart: Reconstructing the Genesis of Classical Forms through Big Data and Computational Methods Yoel Greenberg,Beate Kutschke,Mathieu Giraud,David Huron 2018 Autre publication scientifique hal-01972691v1
A dataset of sequences with manually curated V(D)J designations Mikael Salson,Aurélie Caillault,Marc Duez,Yann Ferret,Alice Fievetet al. 2016 Autre publication scientifique hal-01331556v1

Pré-publication, Document de travail (2)

Establishing a national research software award Isabelle Catala,Roberto Di Cosmo,Mathieu Giraud,Daniel Le Berre,Violaine Louvetet al. 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04258977v1
What does the Mongeau-Sankoff algorithm compute? Henry Boisgibault,Mathieu Giraud,Florent Jacquemard 2019 Pré-publication, Document de travail hal-02340896v1

HDR (2)

Modélisation de langages dans les partitions musicales Louis Bigo,Mathieu Giraud Computer Science [cs]. Université de Lille, 2023 HDR tel-05580739v1
Compter les globules blancs, analyser les partitions Mathieu Giraud Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016 HDR tel-01577763v1

Rapport (3)

“Software and source codes” College: Minutes from the work session, November 30th 2023 Roberto Di Cosmo,François Pellegrini,Mathieu Giraud,Morane Gruenpeter,Daniel Le Berreet al. Comité pour la Science Ouverte. 2024 Rapport hal-04683957v1
Highlights of the &quot;Software Pillar of Open Science&quot; workshop Isabelle Blanc,Roberto Di Cosmo,Mathieu Giraud,Daniel Le Berre,Violaine Louvetet al. Comité pour la Science Ouverte. 2024 Rapport hal-04600258v1
Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche Antoine Rousseau,Aurélie Darnaud,Brice Goglin,Céline Acharian,Christine Leiningeret al. [Interne] Inria. 2013, pp.34 Rapport hal-00804915v1

Son (2)

Outils, plateformes et méthodologies pour la musique ouverte Florence Levé,David Fiala,Mathieu Giraud,Delphine Montagne,Laurent Pugin 2026 Son hal-05489787v1
Mots d'ouverture à la journée d'accélération conjointe des secteurs Musique et Données et métadonnées : Science ouverte, données ouvertes et musique Philippe Nivet,Florence Levé,Mathieu Giraud,Baptiste Pilo,Augustin Braud 2026 Son hal-05489734v1

Logiciel (2)

Dezrann Emmanuel Leguy,Mathieu Giraud,Lou Garczynski,Charles Ballester 2023, ⟨swh:1:dir:a3d32658da7e6a97daa74fcd42f21b93b5c94f91⟩ Logiciel hal-04434328v1
Vidjil Aurélien Béliard,Marc Duez,Mathieu Giraud,Ryan Herbert,Tatiana Rocheret al. 2018, ⟨swh:1:dir:919b1f80b59a0d7139e816a8acd45b5139032f55;origin=https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil;visit=swh:1:snp:291e56d00815773ebeae2102804ef8be5eb62b86;anchor=swh:1:rev:5d5ebe597a7271b8c4296da422de1ad81bee0804⟩ Logiciel hal-04453057v1