Mouhamadou Ba

Identifiants chercheurs

IdHAL :

mandiayba

ORCID :

0000-0001-7233-7831

IdRef :

192475819

Publications

Article dans une revue (7)

MilkOligoCorpus: A semantically annotated resource for knowledge extraction on mammalian milk oligosaccharides Mathilde Rumeau,Marine Courtin,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Louxet al. PLoS ONE, 2025, 20 (8), pp.e0319729. ⟨10.1371/journal.pone.0319729⟩ Article dans une revue hal-05220365v1
The hepatokine FGF21 stopped lipogenesis and reduced testosterone production in mLTC-1 Leydig Cell Line Guillaume Bourdon,Claire Chevaleyre,Anthony Estienne,Christine Péchoux,Jérôme Bourgeaiset al. Molecular and Cellular Endocrinology, 2024, 594, pp.112350. ⟨10.1016/j.mce.2024.112350⟩ Article dans une revue hal-04993424v1
MilkOligoThesaurus, a dataset of mammalian milk oligosaccharide synonyms Mathilde Rumeau,François Fenaille,Agnès Girard,Valentin Loux,Mouhamadou Baet al. Data in Brief, 2024, 54, pp.110404. ⟨10.1016/j.dib.2024.110404⟩ Article dans une revue (data paper) hal-04552648v1
Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach Sandra Dérozier,Robert Bossy,Louise Deléger,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. PLoS ONE, 2023, 18 (1), pp.e0272473. ⟨10.1371/journal.pone.0272473⟩ Article dans une revue hal-03984703v1
Improving the CONTES method for normalizing biomedical text entities with concepts from an ontology with (almost) no training data Arnaud Ferré,Mouhamadou Ba,Robert Bossy Genomics & Informatics, 2019, 17 (2), pp.e20. ⟨10.5808/GI.2019.17.2.e20⟩ Article dans une revue hal-02947689v1
Solving Data Mismatches in Bioinformatics Workflows by Generating Data Converters Mouhamadou Ba,Sébastien Ferré,Mireille Ducassé Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2016, LNCS, 9510, pp.88-115 Article dans une revue hal-01485059v1
Large-scale biomedical ontology matching with ServOMap Mouhamadou Ba,G. Diallo Innovation and Research in BioMedical engineering, 2013, 34 (1), pp.56-59. ⟨10.1016/j.irbm.2012.12.011⟩ Article dans une revue hal-05199082v1

Communication dans un congrès (16)

Migale et son offre de service de text-mining Valentin Loux,Mouhamadou Ba Journées du PEPI IBIS, INRAE, Sep 2023, Paris, France Communication dans un congrès hal-04294052v1
Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information Arnaud Ferré,Robert Bossy,Mouhamadou Ba,Louise Deleger,Thomas Lavergneet al. 12th Conference on Language Resources and Evaluation, May 2020, Marseille, France. pp.1959-1966 Communication dans un congrès hal-02866789v1
Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d'une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnée Arnaud Ferré,Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Thomas Lavergne,Louise Delégeret al. Atelier IN-OVIVE 7ème édition, des 30èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2019, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-03530148v1
Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019 Robert Bossy,Louise Deleger,Estelle Chaix,Mouhamadou Ba,Claire Nédellec 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩ Communication dans un congrès hal-02437609v1
Data Exchange Solution between PubAnnotation and AlvisAE Mouhamadou Ba,Claire Nédellec,Robert Bossy BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. pp.1 Communication dans un congrès hal-02785063v1
Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin,Estelle Chaix,Bedis Dridi,Philippe Bessieres,S Buchinet al. 2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-01607327v1
Customized automatic corpus annotations using AlvisNLP/ML Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Claire Nédellec BLAH3, Jan 2017, Tokyo, Japan. 11 diapos Communication dans un congrès hal-02790613v1
Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities Jean-Baptiste Bohuon,Mouhamadou Ba,Estelle Chaix,Robert Bossy,Claire Nédellec Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩ Communication dans un congrès hal-01556276v1
Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task Louise Deleger,Robert Bossy,Estelle Chaix,Mouhamadou Ba,Arnaud Ferréet al. BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101 Communication dans un congrès hal-01455857v1
Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016 Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Abdelhak Fatihi,Dialekti Valsamou,Robert Bossyet al. BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113 Communication dans un congrès hal-01455854v1
OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes. Robert Bossy,Estelle Chaix,Louise Deleger,Arnaud Ferré,Mouhamadou Baet al. Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455856v1
Interoperability of corpus processing workflow engines: the case of. AlvisNLP/ML in OpenMinTeD Mouhamadou Ba,Robert Bossy Meeting of working Group Medicago sativa, May 2016, Portoroz, Slovenia Communication dans un congrès hal-01455853v1
Safe Suggestions Based on Type Convertibility to Guide Workflow Composition Mouhamadou Ba,Sébastien Ferré,Mireille Ducassé Foundations of Intelligent Systems (ISMIS), Oct 2015, Lyon, France. ⟨10.1007/978-3-319-25252-0_25⟩ Communication dans un congrès hal-01252775v1
Generating Data Converters to Help Compose Services in Bioinformatics Workflows Mouhamadou Ba,Sébastien Ferré,Mireille Ducassé Int. Conf. Database and Expert Systems Applications (DEXA), 2014, Munich, Germany. pp.15 Communication dans un congrès hal-01122399v1
Convertibility between input and output types to help compose services in bioinformatics Mouhamadou Ba,Sébastien Ferré,Mireille Ducassé Colloque africain sur la recherche en informatique et mathématiques appliquées (CARI),, 2014, Saint-Louis, Senegal Communication dans un congrès hal-01122403v1
Convertibilité entre types d'entrée et de sortie pour la composition de services en bio-informatique Mouhamadou Ba,Sébastien Ferré,Mireille Ducassé Reconnaissance de Formes et Intelligence Artificielle (RFIA) 2014, Jun 2014, France Communication dans un congrès hal-00989229v1

Poster de conférence (14)

HoloOLIGO corpus, a manually annotated text dataset supporting schema-based relational information extraction for mammalian milk oligosaccharide diversity pattern comprehension Mathilde Rumeau,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Loux,Mouhamadou Baet al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France Poster de conférence hal-04666797v1
Plateforme bioinformatique MIGALE Mouhamadou Ba,Hélène Chiapello,Christelle Hennequet-Antier,Valentin Loux,Mahendra Mariadassouet al. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France Poster de conférence hal-04843798v1
Plateforme bioinformatique MIGALE Mouhamadou Ba,Hélène Chiapello,Christelle Hennequet-Antier,Valentin Loux,Mahendra Mariadassouet al. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. 2022 Poster de conférence hal-04176761v1
Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens Hélène Falentin,Olivier Harlé,Sandra Derozier,Louise Deléger,Estelle Chaixet al. 23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022 Poster de conférence hal-03694214v1
Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats, phenotypes and uses extracted from text Sandra Dérozier,Robert Bossy,Louise Deléger,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. , Proceedings Posters Demos, pp.42 Poster de conférence hal-04061565v1
Implementing a Text Mining Service Offer on the Migale Bioinformatics Platform Mouhamadou Ba,Véronique Martin,Olivier Rué,Sophie Schbath,Valérie Vidalet al. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. 2022 Poster de conférence hal-04176740v1
Plateforme bioinformatique MIGALE Mouhamadou Ba,Hélène Chiapello,Christelle Hennequet-Antier,Valentin Loux,Mahendra Mariadassouet al. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2021, Paris, France. 2021 Poster de conférence hal-04176768v1
Plateforme bioinformatique MIGALE Mouhamadou Ba,Damien Berry,David Christiany,Hélène Chiapello,Olivier Inizanet al. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. 2020 Poster de conférence hal-04176782v1
Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses Sandra Derozier,Louise Deleger,Estelle Chaix,Reda Mekdad,Mouhamadou Baet al. JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France Poster de conférence hal-02904156v1
To better benefit from shared tasks in biomedical text mining Mouhamadou Ba,Arnaud Ferré,Richard Eckart de Castilho,Robert Bossy,Louise Delegeret al. Galaxy Community Conference, Jul 2019, Freiburg, Germany. 2019 Poster de conférence hal-02437622v1
D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity Sophie Aubin,Anne-Francoise Adam-Blondon,Michael Alaux,Mouhamadou Ba,Stéphan Bernardet al. 14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩ Poster de conférence lirmm-02351000v1
FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies Estelle Chaix,Sandra Derozier,Louise Deleger,Hélène Falentin,Jean-Baptiste Bohuonet al. JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018 Poster de conférence hal-01827946v1
Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin,Estelle Chaix,Bedis Dridi,Philippe Bessieres,S Buchinet al. 4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017 Poster de conférence hal-01651302v1
La suite Alvis, plateforme d’analyse de contenu textuel, et son intégration dans OpenMinTeD Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Claire Nédellec JDEV 2017, Jul 2017, Marsaille, France. , pp.1, 2017 Poster de conférence hal-02785705v1

Autre publication scientifique (2)

Bacteria biotope annotation guidelines Robert Bossy,Claire Nédellec,Julien Jourde,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. 2019, 30 p Autre publication scientifique hal-02787110v1
Overview of the Regulatory Network of Plant Seed Development (SeeDev) Task at the BioNLP Shared Task 2016. Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Abdelhak Fatihi,Dialekti Valsamou,Robert Bossyet al. 2016, pp.1-11. ⟨10.18653/v1/W16-3001⟩ Autre publication scientifique hal-04382866v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach Sandra Dérozier,Robert Bossy,Louise Deléger,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. 2022 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03828105v1

Rapport (1)

MilkOligoCorpus annotation guidelines Mathilde Rumeau,Marine Courtin,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Louxet al. INRAE. 2024 Rapport hal-04830410v1

Thèse (1)

Composition guidée de services : application aux workflows d’analyse de données en bio-informatique Mouhamadou Ba Bio-informatique [q-bio.QM]. INSA de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015ISAR0024⟩ Thèse tel-01301681v1