Marianne De Paepe

Publications

Article dans une revue (25)

Le verre réutilisable au laboratoire a-t-il un impact environnemental moindre que le plastique à usage unique ? Analyse avec l’outil EcoLabWare Sophie Schbath,Max-Henri Chanut,Marianne De Paepe NOV'AE - Numéros spéciaux, 2025, spécial 04 NOV'AE, pp.125-133. ⟨10.20870/Revue-NOVAE.2025.9691⟩ Article dans une revue hal-05316745v1
Genetic manipulation of bacteriophage T4 utilizing the CRISPR-Cas13b system Yuvaraj Bhoobalan-Chitty,Mathieu Stouf,Marianne De Paepe Frontiers in Genome Editing, 2024, 6, ⟨10.3389/fgeed.2024.1495968⟩ Article dans une revue hal-05144201v1
T7 DNA polymerase treatment improves quantitative sequencing of both double-stranded and single-stranded DNA viruses Maud Billaud,Ilias Theodorou,Quentin Lamy-Besnier,Shiraz Shah,François Lecointeet al. Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e63. ⟨10.24072/pcjournal.437⟩ Article dans une revue hal-04662155v1
Purchases dominate the carbon footprint of research laboratories Marianne de Paepe,Laurent Jeanneau,Jerôme Mariette,Olivier Aumont,André Estevez-Torres PLOS Sustainability and Transformation, 2024, 3 (7), pp.e0000116. ⟨10.1371/journal.pstr.0000116⟩ Article dans une revue (data paper) hal-04666497v2
Comparison of interferometric light microscopy with nanoparticle tracking analysis for the study of extracellular vesicles and bacteriophages Romain Sausset,Zuzana Krupova,Eric Guédon,Sandrine Peron,Alice Grangieret al. Journal of Extracellular Biology, 2023, 2 (2), pp.e75. ⟨10.1002/jex2.75⟩ Article dans une revue hal-04003317v2
Viruses of Microbes 2020: The Latest Conquest on Viruses of Microbes Tessa E F Quax,Marianne de Paepe,Karin Holmfeldt Viruses, 2021, 13 (5), pp.802. ⟨10.3390/v13050802⟩ Article dans une revue hal-04127728v1
New insights into intestinal phages Romain Sausset,Marie-Agnès Petit,V. Gaboriau-Routhiau,Marianne de Paepe Mucosal Immunology, 2020, 13 (2), pp.205-215. ⟨10.1038/s41385-019-0250-5⟩ Article dans une revue hal-02912995v1
The enemy from within: a prophage of Roseburia intestinalis systematically turns lytic in the mouse gut, driving bacterial adaptation by CRISPR spacer acquisition Jeffrey Cornuault,Elisabeth Moncaut,Valentin Loux,Aurélie Mathieu,Harry Sokolet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, 14 (3), pp.771-787. ⟨10.1038/s41396-019-0566-x⟩ Article dans une revue hal-02504597v1
Viral metagenomic analysis of the cheese surface: A comparative study of rapid procedures for extracting viral particles Eric Dugat-Bony,Julien Lossouarn,Marianne de Paepe,Anne-Sophie Sarthou,Yasmina Fedalaet al. Food Microbiology, 2020, 85 (103278), ⟨10.1016/j.fm.2019.103278⟩ Article dans une revue hal-02623156v1
Phages infecting Faecalibacterium prausnitzii belong to novel viral genera that help to decipher intestinal viromes Jeffrey K. Cornuault,Marie-Agnès Petit,Mahendra Mariadassou,Leandro Benevides,Elisabeth Moncautet al. Microbiome, 2018, 6 (1), 14 p. ⟨10.1186/s40168-018-0452-1⟩ Article dans une revue hal-01774632v1
Inflammation boosts bacteriophage transfer between Salmonella spp. Mederic Diard,Erik Bakkeren,Jeffrey Cornuault,Kathrin Moor,Annika Hausmannet al. Science, 2017, 355 (6330), pp.1-5. ⟨10.1126/science.aaf8451⟩ Article dans une revue hal-01607431v1
Carriage of λ latent virus is costly for its bacterial host due to frequent reactivation in monoxenic mouse intestine Marianne de Paepe,Laurent Tournier,Elisabeth Moncaut,Olivier Son,Philippe P. Langellaet al. PLoS Genetics, 2016, 12 (2), ⟨10.1371/journal.pgen.1005861⟩ Article dans une revue hal-02637844v1
Bactériophages et dysbioses intestinales Marianne de Paepe,Jeffrey Cornuault,Marie-Agnès Petit Bulletin de l'Association des Anciens Elèves de l'Institut Pasteur, 2016, 58 (226), pp.7-10 Article dans une revue (article de synthèse) hal-01533893v1
Bactériophages et microbiote intestinal Marianne de Paepe,Marie-Agnès Petit Bulletin de l'Association des Anciens Elèves de l'Institut Pasteur, 2016, 58 (226), pp.4-6 Article dans une revue (article de synthèse) hal-01533892v1
Killing the killers Marianne de Paepe,Marie Agnes Petit eLife, 2014, 3, pp.e04168. ⟨10.7554/eLife.04168⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-01204493v1
Bacteriophages: an underestimated role in human and animal health? Marianne de Paepe,Marion Leclerc,Colin R. Tinsley,Marie Agnes Petit Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, ⟨10.3389/fcimb.2014.00039⟩ Article dans une revue hal-01204359v1
Temperate phages acquire DNA from defective prophages by relaxed homologous recombination: the role of rad52-like recombinases. Marianne de Paepe,Geoffrey Hutinet,Olivier Son,Jihane Amarir,Sophie Schbathet al. PLoS Genetics, 2014, 10 (3), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pgen.1004181⟩ Article dans une revue hal-01134590v1
Bacteriophages: an underestimated role in human and animal health ? Marianne de Paepe,Marion Leclerc,Marie-Agnès Petit,Colin R. Tinsley Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, p. 39. ⟨10.3389/fcimb.2014.00039⟩ Article dans une revue hal-03665153v1
Respiratory complex I deficiency induces drought tolerance by impacting leaf stomatal and hydraulic conductances. Reda Djebbar,Touhami Rzigui,Pierre Pétriacq,Caroline Mauve,Pierrick Priaultet al. Planta, 2012, 235 (3), pp.603-614. ⟨10.1007/s00425-011-1524-7⟩ Article dans une revue istex hal-02648980v1
Trade-off between bile resistance and nutritional competence drives Escherichia coli diversification in the mouse gut. Marianne de Paepe,Valérie Gaboriau-Routhiau,Dominique Rainteau,Sabine Rakotobe,François Taddeiet al. PLoS Genetics, 2011, 7 (6), pp.e1002107. ⟨10.1371/journal.pgen.1002107⟩ Article dans une revue inserm-00709328v1
Emergence of variability in isogenic &lt;em&gt;Escherichia coli&lt;/em&gt; populations infected by a filamentous virus Marianne de Paepe,Lydia Robert,Ariel B. Lindner,François Taddei,Silvia de Monte PLoS ONE, 2010, 5 (7), pp.e11823. ⟨10.1371/journal.pone.0011823⟩ Article dans une revue hal-02668951v1
The key role of segmented filamentous bacteria in the coordinated maturation of gut helper T cell responses Valérie Gaboriau Routhiau,Sabine Rakotobe,Emelyne Lécuyer,Imke Mulder,Annaig Lanet al. Immunity, 2009, 31 (4), pp.677-689. ⟨10.1016/j.immuni.2009.08.020⟩ Article dans une revue hal-02666267v1
Dissecting the genetic components of adaptation of Escherichia coli to the mouse gut Antoine Giraud,Safia Arous,Marianne de Paepe,Valérie Gaboriau Routhiau,Jean-Christophe Bambouet al. PLoS Genetics, 2008, 4 (1), pp.e2. ⟨10.1371/journal.pgen.0040002⟩ Article dans une revue hal-02661984v1
Viruses' Life History: Towards a Mechanistic Basis of a Trade-Off between Survival and Reproduction among Phages. Marianne de Paepe,François Taddei PLoS Biology, 2006, 4 (7), pp.e193. ⟨10.1371/journal.pbio.0040193⟩ Article dans une revue inserm-00080125v1
Ecology of microbial invasions: amplification allows virus carriers to invade more rapidly when rare Sam P. Brown,Ludovic L. Le Chat,Marianne de Paepe,François Taddei Current Biology, 2006, 16 (20), pp.2048-2052. ⟨10.1016/j.cub.2006.08.089⟩ Article dans une revue hal-02666343v1

Communication dans un congrès (12)

Ecolabware: Carbon Footprint Comparator of Lab Single-Use Plasticware and Reusable Glassware Marianne De Paepe,Sophie Schbath Colloque du GDR Labos 1point5, Nov 2024, Paris, France Communication dans un congrès hal-05305119v1
Origins and rate of mutations in bacteriophage Lambda Julien Lopez,Mahendra Mariadassou,Valentin Loux,Rafael Sanjuán,Marina Elezet al. Phages in Lyon 2023, phages.fr, Nov 2023, Lyon, France Communication dans un congrès hal-04321371v1
Intestinal Virions in Crohn's disease patients Marianne De Paepe Viruses of Microbes 2022, Jul 2022, Guimaraes, Portugal Communication dans un congrès hal-04321104v1
Intestinal Virions in Crohn's disease patients Marianne de Paepe XXIVème Journées Francophones de Virologie, Apr 2022, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-04321039v1
The use of Interferometric Light Microscopy (ILM, Videodrop) for the quantification of EVs purified from stool samples Romain Sausset,Céline Henry,Marie-Agnès Petit,Luisa de Sordi,Marianne de Paepe Grand-Ouest Extracellular Vesicle Network: Innovation, Cancer & Therapy, Jun 2021, On line, France Communication dans un congrès hal-04320485v1
Roseburia intestinalis resistance to phage predation by CRISPR spacer acquisition in the mouse gut Marianne de Paepe CRISPR 2021, Jun 2021, Paris, France Communication dans un congrès hal-04321056v1
Recombinaison homologue chez les phages tempérés: impacts sur l’évolution de leur variabilité génétique Marianne de Paepe XXIIèmes Journées Francophones de Virologie, Mar 2019, Lyon, France Communication dans un congrès hal-04321075v1
Prophages of Roseburia intestinalis: the enemy from within Jeffrey K. Cornuault,Elisabeth Moncaut,Marie-Agnès Petit,Harry Sokol,Marianne De Paepe Virus of Microbes, Wrocław, Jul 2018, Wrocław, Poland Communication dans un congrès hal-05393362v1
Effet délétère d’un prophage sur la stabilité de Roseburia intestinalis Jeffrey K. Cornuault,Elisabeth Moncaut,Marie-Agnès Petit,Harry Sokol,Marianne De Paepe Société Française de Microbiologie, Oct 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-05393337v1
Accessing virus genomes out of metagenomic data: improving statistical and bioinformatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystems Marianne de Paepe,Eric Dugat-Bony,Jérôme Hamelin,Mahendra Mariadassou,Kim Milferstedtet al. Phages On Marseille, Nov 2016, Marseille, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01531724v1
Role of prophages in intestinal microbiota stability Jeffrey K. Cornuault,Marianne De Paepe,Harry Sokol Phages.fr : Interactions phages-bactéries : du fondamental à l'appliqué, Nov 2015, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-05393300v1
P60 - Bile salts as a source of strain diversification in the mouse gut Marianne de Paepe,François Taddei,Nadine Cerf - Bensussan Journées des Microbiologistes de l'INRA, May 2010, Poitiers, France Communication dans un congrès hal-01204244v1

Poster de conférence (5)

Real-time monitoring of replication errors’ fate in single Escherichia coli cells reveals the origin and dynamics of spontaneous mutations Chiara Enrico Bena,Jean Ollion,Marianne De Paepe,Magali Ventroux,Lydia Robertet al. Physics and Biological Systems 2024, Jun 2024, Palaiseau (Ecole Polytechnique), France Poster de conférence hal-04637570v1
Comment réduite l'empreinte plastique de la recherche ? Muriel Andrieu,Christophe Brun,Nathalie Delgehyr,Blandine de Geyer,Marianne De Paepeet al. Colloque du GDR Labos 1point5, Nov 2024, Paris, France Poster de conférence hal-04742189v1
Phage mutation rates Julien Lopez,Yuvaraj Bhoobalan,Magali Ventroux,Marina Elez,Marianne De Paepe Phages in Paris, Oct 2022, Paris, France Poster de conférence hal-04321260v1
The use of interferometric microscopy to quantify viral particles in complex samples such as fecal samples Romain Sausset,Matthieu Greffet,Marie-Agnès Petit,Marianne de Paepe Phages 2019 - The Oxford Bacteriophage Conference, Sep 2019, Oxford, United Kingdom Poster de conférence hal-04320998v1
Deleterious effect of prophages in intestinal bacteria? Jeffrey K. Cornuault,Marie-Agnès Petit,Harry Sokol,Marianne De Paepe Virus of Microbes Liverpool, Jul 2016, Liverpool,, United Kingdom Poster de conférence hal-05393318v1

Pré-publication, Document de travail (3)

EcoLabware: Assessing the carbon footprint of single-use plastic ware versus reusable glassware Sophie Schbath,Max-Henri Chanut,Marianne De Paepe 2025 Pré-publication, Document de travail hal-04889693v1
The human blood harbors a phageome which differs in Crohn’s disease Quentin Lamy-Besnier,Ilias Theodorou,Maud Billaud,Hao Zhang,Loïc Brotet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04671203v1
Differential translocation of bacteriophages across the intestinal barrier in health and Crohn’s disease Clara Douadi,Ilias Theodorou,Quentin Lamy-Besnier,Olivier Schiettekatte,Yanis Sbardellaet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05298898v1