Marie-Agnès PETIT Directrice de Recherches 2ème classe à l'INRAE

Identifiants chercheurs

IdHAL :

marie-agnes-petit

ORCID :

0000-0003-2242-2768

IdRef :

16055134X

Présentation

Avec plus de 38 ans d'expérience dans le domaine de la microbiologie, de la génomique et de la biologie moléculaire, le Dr Petit est actuellement directrice de recherche 2ème classe, et chef de l'équipe &quot;Dynamique des génomes de phages&quot; au sein de l'unité MICALIS (microbiologie de l'alimentation au service de la santé) de l'INRAe (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement). Elle a obtenu son diplôme de thèse en 1988 en France, sur la réplication de l'ADN dans la bactérie modèle Bacillus subtilis. Elle a ensuite effectué un stage post-doctoral à l'UC Berkley, aux États-Unis, pour travailler sur les protéines impliquées dans la manipulation de l'ADN pour la réplication ou la réparation dans une autre bactérie modèle, Escherichia coli. De retour en France, elle est engagée comme chargée de recherche à l'INRAe de Jouy-en-Josas, en France, où elle poursuit ses recherches sur les protéines impliquées dans la manipulation de l'ADN pour la réplication ou la réparation, et commence à travailler sur les virus ciblant les bactéries, appelés bactériophages. Elle a ensuite créé sa propre équipe de recherche, appelée &quot;dynamique des génomes de phages&quot;, en 2010 (~10 membres). Cette équipe aborde l'étude des phages par une approche moléculaire (fonctions de recombinaison phagiques et leurs rôles dans l'évolution des génomes), écologique (rôle des phages tempérés dans l'équilibre des microbiotes), et évolutive (sélection de phages virulents généralistes pour la phagothérapie). Plus généralement, la variété des interactions entre bactéries et bactériophages, en particulier dans l'intestin humain, retient toute l'attention de l'équipe.

Publications

Article dans une revue (40)

Prophages in the infant gut are pervasively induced and may modulate the functionality of their hosts Tamsin A Redgwell,Jonathan Thorsen,Marie-Agnès Petit,Ling Deng,Gisle Vestergaardet al. npj Biofilms and Microbiomes, 2025, 11, ⟨10.1038/s41522-025-00674-1⟩ Article dans une revue hal-05193443v1
Complementary killing activities of Pbunavirus LS1 and Bruynoghevirus LUZ24 phages on planktonic and sessile Pseudomonas aeruginosa PAO1 derivatives Maud Billaud,Clarisse Plantady,Benoît Lerouge,Emma Ollivier,Julien Lossouarnet al. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2025, 69 (9), ⟨10.1101/2025.04.09.647956⟩ Article dans une revue hal-05218386v1
T7 DNA polymerase treatment improves quantitative sequencing of both double-stranded and single-stranded DNA viruses Maud Billaud,Ilias Theodorou,Quentin Lamy-Besnier,Shiraz Shah,François Lecointeet al. Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e63. ⟨10.24072/pcjournal.437⟩ Article dans une revue hal-04662155v1
Dynamics of the viral community on the surface of a French smear-ripened cheese during maturation and persistence across production years Thomas Paillet,Quentin Lamy-Besnier,Clarisse Figueroa,Marie-Agnès Petit,Eric Dugat-Bony mSystems, 2024, 9 (7), pp.e0020124. ⟨10.1128/msystems.00201-24⟩ Article dans une revue hal-04616642v1
Escherichia coli CRISPR arrays from early life fecal samples preferentially target prophages Moïra Dion,Shiraz Shah,Ling Deng,Jonathan Thorsen,Jakob Stokholmet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2024, 18 (1), pp.986-998. ⟨10.1093/ismejo/wrae005⟩ Article dans une revue hal-04662284v1
The book of Lambda does not tell us that naturally occurring lysogens of Escherichia coli are likely to be resistant as well as immune Brandon Berryhill,Rodrigo Garcia,Ingrid Mccall,Joshua Manuel,Waqas Chaudhryet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2023, 120 (11), ⟨10.1073/pnas.2212121120⟩ Article dans une revue hal-04276102v1
The infant gut virome is associated with preschool asthma risk independently of bacteria Cristina Leal Rodríguez,Shiraz Shah,Morten Arendt Rasmussen,Jonathan Thorsen,Ulrika Boulundet al. Nature Medicine, 2023, 30 (1), pp. 138-148. ⟨10.1038/s41591-023-02685-x⟩ Article dans une revue hal-04557618v1
Phage production is blocked in the adherent-invasive Escherichia coli LF82 upon macrophage infection Pauline Misson,Emma Bruder,Jeffrey Cornuault,Marianne de Paepe,Pierre Nicolaset al. PLoS Pathogens, 2023, 19 (2), pp.e1011127. ⟨10.1371/journal.ppat.1011127⟩ Article dans une revue hal-04017385v1
Comparison of interferometric light microscopy with nanoparticle tracking analysis for the study of extracellular vesicles and bacteriophages Romain Sausset,Zuzana Krupova,Eric Guédon,Sandrine Peron,Alice Grangieret al. Journal of Extracellular Biology, 2023, 2 (2), pp.e75. ⟨10.1002/jex2.75⟩ Article dans une revue hal-04003317v2
Streptococcus pyogenes Φ1207.3 Is a Temperate Bacteriophage Carrying the Macrolide Resistance Gene Pair mef (A)- msr (D) and Capable of Lysogenizing Different Streptococci Francesco Santoro,Gabiria Pastore,Valeria Fox,Marie-Agnès Petit,Francesco Iannelliet al. Microbiology Spectrum, 2023, 11 (1), pp.123. ⟨10.1128/spectrum.04211-22⟩ Article dans une revue hal-04009741v1
Expanding known viral diversity in the healthy infant gut Shiraz A Shah,Ling Deng,Jonathan Thorsen,Anders G Pedersen,Moïra B Dionet al. Nature Microbiology, 2023, 8 (5), pp.986-998. ⟨10.1038/s41564-023-01345-7⟩ Article dans une revue hal-04276100v1
PHROG: families of prokaryotic virus proteins clustered using remote homology Paul Terzian,Eric Olo Ndela,Clovis Galiez,Julien Lossouarn,Rubén Enrique Pérez Bucioet al. NAR Genomics and Bioinformatics, 2022, 3 (3), pp.lqab067:1-12. ⟨10.1093/nargab/lqab067⟩ Article dans une revue hal-03580568v1
Virulent Phages Isolated from a Smear-Ripened Cheese Are Also Detected in Reservoirs of the Cheese Factory Thomas Paillet,Julien Lossouarn,Clarisse Figueroa,Cédric Midoux,Olivier Ruéet al. Viruses, 2022, 14 (8), pp.1620. ⟨10.3390/v14081620⟩ Article dans une revue hal-03738602v1
Signals triggering prophage induction in the gut microbiota Caroline Henrot,Marie-Agnès Petit Molecular Microbiology, 2022, 118 (5), pp.494-502. ⟨10.1111/mmi.14983⟩ Article dans une revue hal-04276105v1
Bacterial Consumption of T4 Phages Jean-Jacques Godon,Ariane Bize,Hoang Ngo,Laurent Cauquil,Mathieu Almeidaet al. Microorganisms, 2021, 9 (9), pp.1852. ⟨10.3390/microorganisms9091852⟩ Article dans une revue hal-03386267v1
Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal sample reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes Maud Billaud,Quentin Lamy-Besnier,Julien Lossouarn,Elisabeth Moncaut,Moira Dionet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2021, 1 (55), ⟨10.1038/s43705-021-00054-8⟩ Article dans une revue hal-03299373v1
Un siècle de recherche sur les bactériophages Mireille Ansaldi,Pascale Boulanger,Charlotte Brives,Laurent Debarbieux,Nicolas Dufouret al. Virologie, 2020, 24 (1), pp.9-22. ⟨10.1684/vir.2020.0809⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-02530997v1
Les applications antibactériennes des bactériophages Mireille Ansaldi,Pascale Boulanger,Charlotte Brives,Claire Le Hénaff,Laurent Debarbieuxet al. Virologie, 2020, 24 (1), pp.23-36. ⟨10.1684/vir.2019.0805⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-02530998v1
New insights into intestinal phages Romain Sausset,Marie-Agnès Petit,V. Gaboriau-Routhiau,Marianne de Paepe Mucosal Immunology, 2020, 13 (2), pp.205-215. ⟨10.1038/s41385-019-0250-5⟩ Article dans une revue hal-02912995v1
The enemy from within: a prophage of Roseburia intestinalis systematically turns lytic in the mouse gut, driving bacterial adaptation by CRISPR spacer acquisition Jeffrey Cornuault,Elisabeth Moncaut,Valentin Loux,Aurélie Mathieu,Harry Sokolet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, 14 (3), pp.771-787. ⟨10.1038/s41396-019-0566-x⟩ Article dans une revue hal-02504597v1
Virulent coliphages in 1-year-old children fecal samples are fewer, but more infectious than temperate coliphages Aurélie Mathieu,Moïra Dion,Ling Deng,Denise Tremblay,Elisabeth Moncautet al. Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.378. ⟨10.1038/s41467-019-14042-z⟩ Article dans une revue (data paper) hal-04009707v1
Viral metagenomic analysis of the cheese surface: A comparative study of rapid procedures for extracting viral particles Eric Dugat-Bony,Julien Lossouarn,Marianne de Paepe,Anne-Sophie Sarthou,Yasmina Fedalaet al. Food Microbiology, 2020, 85 (103278), ⟨10.1016/j.fm.2019.103278⟩ Article dans une revue hal-02623156v1
Enterococcus faecalis Countermeasures Defeat a Virulent Picovirinae Bacteriophage Julien Lossouarn,Arnaud Briet,Elisabeth Moncaut,Sylviane Furlan,Astrid Bouteauet al. Viruses, 2019, 11 (1), pp.48. ⟨10.3390/v11010048⟩ Article dans une revue hal-02173127v1
Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG) Simon Roux,Evelien M. Adriaenssens,Bas E. Dutilh,Eugene V. Koonin,Andrew M. Kropinskiet al. Nature Biotechnology, 2019, 37 (1), pp.29-37. ⟨10.1038/nbt.4306⟩ Article dans une revue pasteur-01977322v1
“French Phage Network”-Third Meeting Report Mireille Ansaldi,Laurent Debarbieux,Sylvain Gandon,Marie-Agnès Petit,Paulo Tavareset al. Viruses, 2018, 10 (3), pp.1-7. ⟨10.3390/v10030123⟩ Article dans une revue pasteur-01827313v1
Phages infecting Faecalibacterium prausnitzii belong to novel viral genera that help to decipher intestinal viromes Jeffrey K. Cornuault,Marie-Agnès Petit,Mahendra Mariadassou,Leandro Benevides,Elisabeth Moncautet al. Microbiome, 2018, 6 (1), 14 p. ⟨10.1186/s40168-018-0452-1⟩ Article dans une revue hal-01774632v1
Sak4 of Phage HK620 Is a RecA Remote Homolog With Single-Strand Annealing Activity Stimulated by Its Cognate SSB Protein Geoffrey Hutinet,Arthur Besle,Olivier Son,Stephen Mcgovern,Raphaël Guéroiset al. Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.743. ⟨10.3389/fmicb.2018.00743⟩ Article dans une revue hal-02179070v1
Domestication of Lambda Phage Genes into a Putative Third Type of Replicative Helicase Matchmaker Pierre Brézellec,Marie-Agnès Petit,Sophie Pasek,Isabelle Vallet-Gely,Christophe Possozet al. Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (6), pp.1561-1566. ⟨10.1093/gbe/evx111⟩ Article dans une revue hal-01579131v1
Phages rarely encode antibiotic resistance genes: a cautionary tale for virome analyses. F Enault,A Briet,L Bouteille,Stéphane Roux,Mb Sullivanet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2017, 11 (1), pp.237-247. ⟨10.1038/ismej.2016.90⟩ Article dans une revue hal-01557484v1
Phagonaute: A web-based interface for phage synteny browsing and protein function prediction Hadrien Delattre,Oussema Souiai,Khema Fagoonee,Raphaël Guérois,Marie-Agnès Petit Virology, 2016, 496, pp.42-50. ⟨10.1016/j.virol.2016.05.007⟩ Article dans une revue hal-01357336v1
Bactériophages et dysbioses intestinales Marianne de Paepe,Jeffrey Cornuault,Marie-Agnès Petit Bulletin de l'Association des Anciens Elèves de l'Institut Pasteur, 2016, 58 (226), pp.7-10 Article dans une revue (article de synthèse) hal-01533893v1
Complete Genome Sequences of Pseudomonas aeruginosa Phages vB_PaeP_PcyII-10_P3P1 and vB_PaeM_PcyII-10_PII10A. Christine Pourcel,Cédric Midoux,Libera Latino,Marie-Agnès Petit,Gilles Vergnaud Genome Announcements, 2016, 4 (6), pp.e00916-16. ⟨10.1128/genomeA.00916-16⟩ Article dans une revue hal-01439325v1
Bactériophages et microbiote intestinal Marianne de Paepe,Marie-Agnès Petit Bulletin de l'Association des Anciens Elèves de l'Institut Pasteur, 2016, 58 (226), pp.4-6 Article dans une revue (article de synthèse) hal-01533892v1
Bacterial genome remodeling through bacteriophage recombination Rachid Menouni,Geoffrey Hutinet,Marie-Agnès Petit,Mireille Ansaldi FEMS Microbiology Letters, 2015, 362 (1), pp.1-10. ⟨10.1093/femsle/fnu022⟩ Article dans une revue hal-01204494v1
Shifting the paradigm from pathogens to pathobiome: new concepts in the light of meta-omics Muriel Vayssier Taussat,Emmanuel Albina,Christine Citti,Jean-Franҫois Cosson,Marie-Agnès Jacqueset al. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, pp.n/a. ⟨10.3389/fcimb.2014.00029⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-01153583v1
Bacteriophages: an underestimated role in human and animal health ? Marianne de Paepe,Marion Leclerc,Marie-Agnès Petit,Colin R. Tinsley Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, p. 39. ⟨10.3389/fcimb.2014.00039⟩ Article dans une revue hal-03665153v1
Small variable segments constitute a major type of diversity of bacterial genomes at the species level. Fabrice Touzain,Erick Denamur,Claudine Médigue,Valérie Barbe,Meriem El Karouiet al. Genome Biology, 2010, 11 (4), pp.R45. ⟨10.1186/gb-2010-11-4-r45⟩ Article dans une revue inserm-00622573v1
Organised genome dynamics in the Escherichia coli species results in highly diverse adaptive paths. Marie Touchon,Claire Hoede,Olivier Tenaillon,Valérie Barbe,Simon Baeriswylet al. PLoS Genetics, 2009, 5 (1), pp.e1000344. ⟨10.1371/journal.pgen.1000344⟩ Article dans une revue hal-00390293v1
The lambda red proteins promote efficient recombination between diverged sequences: implications for bacteriophage genome mosaicism. Jann T. Martinsohn,Miroslav Radman,Marie-Agnès Petit PLoS Genetics, 2008, 4 (5), pp.e1000065. ⟨10.1371/journal.pgen.1000065⟩ Article dans une revue inserm-00496049v1
UvrD helicase, unlike Rep helicase, dismantles RecA nucleoprotein filaments in Escherichia coli Xavier Veaute,Stéphane Delmas,Marjorie Selva,Josette Jeusset,Eric Le Camet al. EMBO Journal, 2004, 24 (1), pp.180-189. ⟨10.1038/sj.emboj.7600485⟩ Article dans une revue hal-03065307v1