Mariène WAN Ingénieure DevOps - URGI-INRAE

Identifiants chercheurs

IdHAL :

mariene-wan

ORCID :

0009-0000-4066-7238

Présentation

Diplômée d’un master en informatique, spécialité bio-informatique, j’ai choisi de poursuivre dans ce domaine car j’aime développer des outils pour répondre à des questions biologiques.

Depuis 2018, je conçois et déploie des pipelines et des outils bio-informatiques, de la création au déploiement.

J’ai notamment travaillé sur REPET (outil d’annotation, de détection et de classification d’éléments transposables), RepetDB (base de données d’éléments transposables), et Siduri (entrepôt de données FAIR développé dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur). J’ai également contribué à la structuration et à la gestion de données selon les principes FAIR, en m’appuyant sur divers outils.

Actuellement, je suis ingénieure DevOps à l’URGI (INRAE), où je poursuis le développement d’outils liés à l’annotation des éléments transposables.

Publications

Article dans une revue (2)

Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networks Agnès Baud,Mariène Wan,Danielle Nouaud,Nicolas Francillonne,Dominique Anxolabéhèreet al. Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e14. ⟨10.24072/pcjournal.68⟩ Article dans une revue hal-03807713v1
CAULIFINDER: a pipeline for the automated detection and annotation of caulimovirid endogenous viral elements in plant genomes Héléna Vassilieff,Sana Haddad,Véronique Jamilloux,Nathalie Choisne,Vikas Sharmaet al. Mobile DNA, 2022, 13, pp.31. ⟨10.1186/s13100-022-00288-w⟩ Article dans une revue hal-03883611v1

Communication dans un congrès (9)

REPET v4.0: A Comprehensive Tool for Transposable Element Analysis Etienne Bardet,Mariène Wan,Johann Confais,Hadi Quesneville JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-05407604v1
TE Detection and Annotation Using Repet V4.0 Etienne Bardet,Johann Confais,Mariène Wan,Hadi Quesneville International Plant & Animal Genome (PAG 32), Jan 2025, San diego (Californie), United States Communication dans un congrès hal-05407576v1
REPET V4.0, making life easier for de novo TE annotation Johann Confais,Mariène Wan,Etienne Bardet,Somia Saidi,Hadi Quesneville 12th Repeat Explorer Workshop “Repetitive DNA Annotation in Genome Assemblies.”, May 2025, České Budějovice, Czech Republic Communication dans un congrès hal-05202100v1
RepetDB: a database of reference TE sequences and their information Nicolas Francillonne,Hadi Quesneville,Mariène Wan,Johann Confais Annual meeting Mobil-ET, GDR CNRS 3546, Dec 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05407506v1
How to use REPET for de novo TE annotation Johann Confais,Mariène Wan,Somia Saidi,Hadi Quesneville 11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic Communication dans un congrès hal-04117937v1
REPET novelties : a versatile and modular package Johann Confais,Mariène Wan,Somia Saidi,Hadi H. Quesneville CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France Communication dans un congrès hal-04156193v1
REPET evolutions: faster and easier Johann Confais,Mariène Wan,Hadi Quesneville 23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France Communication dans un congrès hal-03815061v1
Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphs Johann Confais,Mariène Wan,Somia Saidi,Nicolas Francillonne,Hadi Quesneville Journée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France Communication dans un congrès hal-03876510v1
RepetDB: a unified resource for transposable element references Mariène Wan,Nicolas Francillonne,Raphaël Flores,Françoise Alfama,Johann Confaiset al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France Communication dans un congrès hal-03819882v1

Poster de conférence (10)

URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformatics Mariène Wan,Françoise Alfama,Johann Confais,Nicolas Francillonne,Christina Gacicet al. JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France Poster de conférence hal-05186831v1
Data stewardship strategy of the Ferments du Futur grand challenge Erwan Le Floch,Agnès Barnabé,Jonathan Duperrier,Thomas Lacroix,Aaron Millan-oropezaet al. Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques 2025, Jul 2025, Bordeaux, France. 2025 Poster de conférence hal-05149332v2
REPET v4.0: A robust and accessible tool for TE annotation Etienne Bardet,Mariène Wan,Johann Confais,Hadi Quesneville JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05162223v1
SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis and visualisation dedicated to fermentation Agnès Barnabé,Erwan Le Floch,Jonathan Duperrier,Mariène Wan,Aaron Millan-oropezaet al. Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques 2025, Jul 2025, Bordeaux, France. pp.1 Poster de conférence hal-05142051v1
Siduri : an integrative information system for next generation fermented foods Mariène Wan,Aaron Millan-oropeza,Thomas Lacroix,Jonathan Mineau-Cesari,Sophie Schbathet al. JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. Poster de conférence hal-04633572v1
RepetDB: A TE database Nicolas Francillonne,Mariène Wan,Nathalie Choisne,Françoise Alfama,Raphaël Floreset al. International congress on transposable elements ICTE, Apr 2024, Saint Malo, France Poster de conférence hal-04570060v1
New REPET improvements: REPET V4.0, making life easier Johann Confais,Mariène Wan,Etienne Bardet,Hadi Quesneville International Congress on Transposable Elements, Apr 2024, Saint-malo, France. Poster de conférence hal-05009167v1
REPET evolutions: faster and easier Johann Confais,Mariène Wan,Hadi Quesneville Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jul 2023, Ferrara, Italy. Poster de conférence hal-04169996v1
REPET evolutions: faster and easier Johann Confais,Mariène Wan,Hadi Quesneville 6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden. Poster de conférence hal-03838081v1
REPET evolutions: faster and easier Mariène WAN,Johann Confais,Hadi Quesneville Jobim 2022, Jul 2022, Rennes, France. Poster de conférence hal-03819511v1

Logiciel (1)

REPET v3.0 Véronique Jamilloux,Françoise Alfama-Depauw,Johann Confais,Mariène Wan,Agnes Baudet al. 2019 Logiciel hal-02790461v1