Maude Pupin

Identifiants chercheurs

IdHAL :

maude-pupin

ORCID :

0000-0003-3197-0715

IdRef :

165990805

ResearcherID :

I-7437-2015

Présentation

Publications

Article dans une revue (24)

Kawal: A fermented food as a source of Bacillus strain producing antimicrobial peptides Blaise Waongo,Maude Pupin,Matthieu Duban,Gabrielle Chataigne,Oumarou Zongoet al. Scientific African, 2023, 20, pp.e01714. ⟨10.1016/j.sciaf.2023.e01714⟩ Article dans une revue hal-04426241v1
Turbo prediction: a new approach for bioactivity prediction Ammar Abdo,Maude Pupin Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2022, 36 (1), pp.77-85. ⟨10.1007/s10822-021-00440-3⟩ Article dans une revue hal-03833232v1
LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching Maude Pupin,Ammar Abdo Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩ Article dans une revue hal-03461046v1
Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases Ammar Abdo,Eissa Ghaleb,Naser Alajmi,Maude Pupin Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩ Article dans une revue hal-03081813v1
Palantir: a springboard for the analysis of secondary metabolite gene clusters in large-scale genome mining projects Loïc Meunier,Pierre Tocquin,Luc Cornet,Damien Sirjacobs,Valérie Leclèreet al. Bioinformatics, 2020, 36 (15), pp.4345-4347. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa517⟩ Article dans une revue hal-03081849v1
Automatic Annotation and Dereplication of Tandem Mass Spectra of Peptidic Natural Products Emma Ricart,Maude Pupin,Markus Müller,Frédérique Lisacek Analytical Chemistry, 2020, 92 (24), pp.15862-15871. ⟨10.1021/acs.analchem.0c03208⟩ Article dans une revue hal-03082142v1
Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides Mickael Chevalier,Emma Ricart,Emeline Hanozin,Maude Pupin,Philippe Jacqueset al. Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩ Article dans une revue hal-02417587v1
Norine: update of the nonribosomal peptide resource Areski Flissi,Emma Ricart,Clémentine Campart,Mickael Chevalier,Yoann Dufresneet al. Nucleic Acids Research, 2019, ⟨10.1093/nar/gkz1000⟩ Article dans une revue hal-02376009v1
rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides Emma Ricart,Valérie Leclère,Areski Flissi,Markus Mueller,Maude Pupinet al. Journal of Cheminformatics, 2019, 11 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13321-019-0335-x⟩ Article dans une revue hal-02167433v1
Nonribosomal peptides and polyketides of Burkholderia: new compounds potentially implicated in biocontrol and pharmaceuticals Qassim Esmaeel,Maude Pupin,Philippe Jacques,Valérie Leclère Environmental Science and Pollution Research, 2017, ⟨10.1007/s11356-017-9166-3⟩ Article dans une revue hal-01548616v1
Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis Qassim Esmaeel,Maude Pupin,Nam Phuong Kieu,Gabrielle Chataigné,Max Béchetet al. MicrobiologyOpen, 2016, 5 (3), pp.512 - 526. ⟨10.1002/mbo3.347⟩ Article dans une revue hal-01398944v1
Norine: a powerful resource for novel nonribosomal peptide discovery Maude Pupin,Qassim Esmaeel,Areski Flissi,Yoann Dufresne,Philippe Jacqueset al. Synthetic and Systems Biotechnology, 2015, ⟨10.1016/j.synbio.2015.11.001⟩ Article dans une revue hal-01250614v1
Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers Yoann Dufresne,Laurent Noé,Valérie Leclère,Maude Pupin Journal of Cheminformatics, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩ Article dans une revue hal-01250619v1
Norine, the knowledgebase dedicated to non-ribosomal peptides, is now open to crowdsourcing Areski Flissi,Yoann Dufresne,Juraj Michalik,Laurie Tonon,Stéphane Janotet al. Nucleic Acids Research, 2015, ⟨10.1093/nar/gkv1143⟩ Article dans une revue hal-01235996v1
Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network Ammar Abdo,Valérie Leclère,Philippe Jacques,Naomie Salim,Maude Pupin Journal of Chemical Information and Modeling, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩ Article dans une revue hal-01090611v1
Prediction of Monomer Isomery in Florine: A Workflow Dedicated to Nonribosomal Peptide Discovery Thibault Caradec,Maude Pupin,Aurélien Vanvlassenbroeck,Marie-Dominique Devignes,Malika Smaïl-Tabboneet al. PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e85667. ⟨10.1371/journal.pone.0085667⟩ Article dans une revue hal-01090619v1
A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity. Ammar Hasan Abdo,Ségolène Caboche,Valérie Leclère,Philippe Jacques,Maude Pupin Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2012, 26 (10), pp.1187-94. ⟨10.1007/s10822-012-9608-4⟩ Article dans une revue hal-00750002v1
Structure, biosynthesis, and properties of kurstakins, nonribosomal lipopeptides from Bacillus spp. Max Béchet,Thibault Caradec,Walaa Hussein,Ahmed Abderrahmani,Marlène Cholletet al. Applied Microbiology and Biotechnology, 2012, 95 (3), pp.593-600. ⟨10.1007/s00253-012-4181-2⟩ Article dans une revue hal-00749819v1
Des peptides à explorer Maude Pupin Interstices, 2010 Article dans une revue hal-01350197v1
Diversity of monomers in nonribosomal peptides: towards the prediction of origin and biological activity. Ségolène Caboche,Valérie Leclère,Maude Pupin,Gregory Kucherov,Philippe Jacques Journal of Bacteriology, 2010, 192 (19), pp.5143-50. ⟨10.1128/JB.00315-10⟩ Article dans une revue hal-00641488v1
Structural pattern matching of nonribosomal peptides. Ségolène Caboche,Maude Pupin,Valérie Leclère,Philippe Jacques,Gregory Kucherov BMC Structural Biology, 2009, 9 (15), ⟨10.1186/1472-6807-9-15⟩ Article dans une revue hal-00641486v1
NORINE: a database of nonribosomal peptides. Ségolène Caboche,Maude Pupin,Valérie Leclère,Arnaud Fontaine,Philippe Jacqueset al. Nucleic Acids Research, 2008, Database issue, 36 (Database issue), pp.D326-31. ⟨10.1093/nar/gkm792⟩ Article dans une revue inria-00281012v1
Comparing sequences without using alignments: application to HIV/SIV subtyping Gilles Didier,Laurent Debomy,Maude Pupin,Ming Zhang,Alexander Grossmannet al. BMC Bioinformatics, 2007, 8 (1), ⟨10.1186/1471-2105-8-1⟩ Article dans une revue inria-00289069v1
Local Decoding of Sequences and Alignment-Free Comparison Gilles Didier,Ivan Laprevotte,Maude Pupin,Alain Hénaut Journal of Computational Biology, 2006, 13 (8), pp.1465-1476. ⟨10.1089/cmb.2006.13.1465⟩ Article dans une revue inria-00289089v1

Communication dans un congrès (11)

Étude exploratoire de la pertinence des traces pour l'évaluation d'un projet de programmation Christopher Marshall-Breton,Maude Pupin,Yvan Peter,Mirabelle Nebut 12ème Conférence sur les Environnements Informatiques pour l'Apprentissage Humain, Jun 2025, Lille, France. pp.554 Communication dans un congrès hal-05353442v1
Dispositifs pour favoriser la venue des adolescentes dans les filières informatiques. Patricia Everaere,Philippe Marquet,Maude Pupin,Yann Secq Diversité, Réussite[s] dans l’Enseignement Supérieur (2024), Nantes Université [Nantes Univ], Apr 2024, Nantes, France Communication dans un congrès hal-04557120v1
Bioinformatics tools to analyse non-ribosomal peptides and other metabolites Maude Pupin Symposium Natural Products (Meta)Genome Mining, Novo Nordisk Foundation Science Cluster, May 2022, Copenhagen, Denmark Communication dans un congrès hal-04525952v1
Les filles qui… et L Codent L Créent : constituer un bien commun de médiation en informatique Pascale Gautron,Cécile Plaud,Maude Pupin,Vincent Ribaud,Yann Secq Ludovia#CH - Université de printemps, Apr 2020, Yverdon-les-bains, Suisse Communication dans un congrès hal-02911731v1
Stage d’observation de troisième : “Wi Code, Wi Build” Laure Bolka-Tabary,Maude Pupin,Yann Secq DIDAPRO 8 – DIDASTIC L’informatique, objets d’enseignements – enjeux épistémologiques, didactiques et de formation, Feb 2020, Lille, France Communication dans un congrès hal-03081192v1
Challenge of nonribosomal peptide (NRP) identification: Kendrick mass defect for molecular formula assignment of NRPs. Mickaël Chevalier,Emma Ricart,Emeline Hanozin,S Matthijs,Maude Pupinet al. 14th International IUPAC Congress, May 2019, Ghent, Belgium Communication dans un congrès hal-04547602v1
L codent, L créent: créations numériques artistiques pour démystifier l'informatique... au féminin! (descriptif d’atelier) Philippe Marquet,Maude Pupin,Yann Secq Didapro 7 – DidaSTIC. De 0 à 1 ou l’heure de l’informatique à l’école, Feb 2018, Lausanne, Suisse. pp.1-2 Communication dans un congrès hal-01753402v1
How to make teenage girls love coding ? Tatiana Rocher,Maude Pupin,Philippe Marquet,Yann Secq womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain Communication dans un congrès hal-01552490v1
How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ? Maude Pupin,Philippe Marquet,Yann Secq PyParis2017, Systematic Paris Region, Jun 2017, Paris, La Défense, France Communication dans un congrès hal-01552487v1
Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle Yoann Dufresne,Valérie Leclère,Philippe Jacques,Laurent Noé,Maude Pupin JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150 Communication dans un congrès hal-00843827v1
NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases Maude Pupin,Malika Smaïl-Tabbone,Philippe Jacques,Marie-Dominique Devignes,Valérie Leclère Journées Ouvertes en Biologie, l'Informatique et les Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93 Communication dans un congrès hal-00734312v1

Poster de conférence (3)

Genome mining for screening and characterization of new lipopeptides with biocontrol applications. Matthieu Duban,Maude Pupin,Areski Flissi,L. Couderc,Hélène Touzetet al. 14emes rencontres plantes-bactéries, Jan 2020, Aussois, France Poster de conférence hal-04547627v1
Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base Yoann Dufresne,Juraj Michalik,Areski Flissi,Valérie Leclère,Maude Pupin JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France Poster de conférence hal-01889117v1
Norine, Florine, s2m : powerful bioinformatics resource and tools for the discovery of novel nonribosomal peptides, natural metabolites with versatile activities Qassim Esmaeel,Yoann Dufresne,Areski Flissi,Maude Pupin,Philippe Jacqueset al. FEMS 2017 - 7th congress of Federation of European Microbiology societies, Jul 2017, Valencia, Spain Poster de conférence hal-01888999v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Lutter contre les inégalités de genre en matière d'éducation Anne-Laure Druon,Mohamed Nassiri,Maude Pupin Hadrien Herrault; Anne-Cecile Douillet; Carolina Gutiérrez Ruiz; Martine Legris-Revel; Julien Talpin. Lutter ensemble contre les inégalités ?, Presses Universitaires du Septentrion, pp.263-280, 2025, Inspirons demain, 978-2-7574-4371-2 Chapitre d'ouvrage hal-05474154v1
Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides Valérie Leclère,Tilmann Weber,Philippe Jacques,Maude Pupin Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01398960v1

HDR (1)

Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases Maude Pupin Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013 HDR tel-00918918v1

Cours (1)

Informatique - Support d'enseignement 1re année de licence, Univ. Lille Philippe Marquet,Maude Pupin Licence. Informatique, Université de Lille, Villeneuve d'Ascq, France. 2022, pp.211 Cours hal-04131704v1

Logiciel (1)

Norine Areski Flissi,Maude Pupin,Valérie Leclère,Ségolène Caboche 2024, ⟨swh:1:dir:177d9a9facfca9faa9a122911b7dd31beee8719e;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-04622467;visit=swh:1:snp:4011b605865131db36d843b4296622ebe9bd17ce;anchor=swh:1:rel:3b7137e7e6bf857857816552ba1a7d39013a7569;path=/⟩ Logiciel hal-04622467v1