Mircea T. Sofonea

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Présentation

affiliations actuelle : Pathogenesis and Control of Chronic and Emerging Infections (PCCEI, U1058) - Univ. Montpellier, Inserm, EFS. *CHU Nîmes

postes 2023 — chercheur hospitalier CHU de Nîmes 2018 — maître de conférences Univ. Montpellier 2017 — 2018 chercheur post-doctorant CNRS 2014 — 2017 doctorant moniteur Univ. Montpellier

responsibilités 2022 — Responsable Recherche de l'Institut de l'exposome de l'Université de Montpellier (ExposUM) 2022 — Membre du Comité de Direction de la Fédération Hospitalo-Universitaire TIE (CHU de Montpellier) 2021 — Éditeur associé d'Anaesthesia Critical Care and Pain Medicine 2021 — Membre du bureau de l'Action Coordonnée Modélisation de l'ANRS|MIE 2021 — Membre du groupe d’expertise Air & COVID de l'Anses 2021 — 2022 Responsable de l'équipe de recherche Évolution Théorique & Expérimentale (MIVEGEC - Univ. Montpellier, CNRS, IRD 2016 — 2018 Membre du comité d'organisation du congrès Evolution 2018 ESEB

formation 2024 Habilitation à diriger des recherches Sorbonne Univ. - Médecine 2021 DU stratégies anti-infectieuses (infectiologie hospitalière) Fac. Médecine, Univ. Montpellier 2017 doctorat en évolution des systèmes infectieux Univ. Montpellier 2014 diplôme de l'École normale supérieure (Paris) 2013 diplôme de l'Institut Pasteur (Paris) 2010 classes préparatoires Lyc. Henri-IV, Paris

concours & qualifications 2018 Qualifications MCU biologie des populations, biologie des organismes & mathématiques appliquées 2014 Agrégation SVSTU (spécialité biologie & physiologie des organismes), CAPES mathématiques 2010 École normale supérieure de la rue d'Ulm 2009 Olympiades Internationales de Biologie 2008 Olympiades de Physique France

prix & distinctions 2024 Prix Sabatier d'Espeyran de l'Académie des Sciences et Lettres et de la Ville de Montpellier 2022 Prix Jean Mantz de la Société Française d’Anesthésie-Réanimation (meilleur article de l’année) 2009 Prix des Olympiades de l'Académie des Sciences

Publications

Publications

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SARS-CoV-2 epidemiology, kinetics, and evolution: A narrative review

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Virulence, 2025, 16 (1), pp.2480633. ⟨10.1080/21505594.2025.2480633⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-05025966 v1
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West Nile virus can be transmitted within mosquito populations through infectious mosquito excreta

Rodolphe Hamel , Quentin Narpon , Idalba Serrato-Pomar , Camille Gauliard , Arnaud Berthomieu et al.
iScience, 2024, 27 (11), pp.111099. ⟨10.1016/j.isci.2024.111099⟩
Article dans une revue hal-04886076 v1

Comments on: Reducing the Risks of Nuclear War—The Role of Health Professionals

Jean-Yves Lefrant , Dan Benhamou , Marc-Olivier Fischer , Romain Pirracchio , Bernard Allaouchiche et al.
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2024, 43 (1), pp.101314. ⟨10.1016/j.accpm.2023.101314⟩
Article dans une revue hal-04935736 v1
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Real-time forecasting of COVID-19-related hospital strain in France using a non-Markovian mechanistic model

Alexander Massey , Corentin Boennec , Claudia Ximena Restrepo-Ortiz , Christophe Blanchet , Samuel Alizon et al.
PLoS Computational Biology, 2024, 20 (5), pp.e1012124. ⟨10.1371/journal.pcbi.1012124⟩
Article dans une revue hal-04710001 v1
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Within-host evolutionary dynamics of antimicrobial quantitative resistance

Ramsès Djidjou-Demasse , Mircea T Sofonea , Marc Choisy , Samuel Alizon
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2023, 18, pp.24. ⟨10.1051/mmnp/2023019⟩
Article dans une revue hal-03194023 v4
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Understanding the role of mask-wearing during COVID-19 on the island of Ireland

Nicola Fitz-Simon , John Ferguson , Alberto Alvarez-Iglesias , Mircea T Sofonea , Tsukushi Kamiya
Royal Society Open Science, 2023, 10 (7), ⟨10.1098/rsos.221540⟩
Article dans une revue hal-04229345 v1

Pièges et mésusages en analyse de données

Olivier Supplisson , Mircea Sofonea
Anesthésie & Réanimation, 2023, 9 (5-6), pp.440-450. ⟨10.1016/j.anrea.2023.08.002⟩
Article dans une revue hal-04886113 v1

Activité des réanimations françaises à partir d’une base de données nationale entre 2013 et 2019 : une gravité en augmentation, mais des durées de séjour et un taux de mortalité en baisse

Nicolas Boulet , Amal Boussere , Myriam Mezzarobba , Mircea T Sofonea , Didier Payen et al.
Anesthésie & Réanimation, 2023, 9 (5-6), pp.485-497. ⟨10.1016/j.anrea.2023.10.003⟩
Article dans une revue hal-04945763 v1

Intensive Care Unit activity in France from the national database between 2013 and 2019: More critically ill patients, shorter stay and lower mortality rate

Nicolas Boulet , Amal Boussere , Myriam Mezzarobba , Mircea T Sofonea , Didier Payen et al.
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2023, 42 (5), pp.101228. ⟨10.1016/j.accpm.2023.101228⟩
Article dans une revue hal-04100268 v1
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Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics

Bastien Reyné , Quentin Richard , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse et al.
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩
Article dans une revue hal-03629334 v1
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COVID-19 pandemic-associated chilblains: more links for SARS-CoV-2 and less evidence for high interferon type I systemic response

Didier Bessis , Sophie Trouillet‐Assant , Léo‐Paul Secco , Nathalie Bardin , Brigitte Blanc et al.
British Journal of Dermatology, 2022, 187 (6), pp.1032-1035. ⟨10.1111/bjd.21820⟩
Article dans une revue hal-03930679 v1
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Analyzing and Modeling the Spread of SARS-CoV-2 Omicron Lineages BA.1 and BA.2, France, September 2021–February 2022

Mircea Sofonea , Bénédicte Roquebert , Vincent Foulongne , David Morquin , Laura Verdurme et al.
Emerging Infectious Diseases, 2022, 28 (7), pp.1355-1365. ⟨10.3201/eid2807.220033⟩
Article dans une revue hal-03714983 v1
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Epidemic models: why and how to use them

Mircea T Sofonea , Simon Cauchemez , Pierre-Yves Boëlle
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, 41 (2), pp.101048. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101048⟩
Article dans une revue hal-03638186 v1
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Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020

Samuel Alizon , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Haim-Boukobza , Jean-Marc Giannoli et al.
Eurosurveillance, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩
Article dans une revue hal-03175551 v3

Corrigendum to: Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni et al.
International Journal of Epidemiology, 2022, 51 (2), pp.689-689. ⟨10.1093/ije/dyab269⟩
Article dans une revue hal-04056156 v1
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Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics

Baptiste Elie , Bénédicte Roquebert , Mircea T Sofonea , Sabine Trombert-Paolantoni , Vincent Foulongne et al.
Journal of Medical Virology, 2022, 94 (8), pp.3625-3633. ⟨10.1002/jmv.27757⟩
Article dans une revue hal-03651890 v1
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Principles of mathematical epidemiology and compartmental modelling application to COVID-19

Bastien Reyné , Nicolas Saby , Mircea T Sofonea
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, 41 (1), pp.101017. ⟨10.1016/j.accpm.2021.101017⟩
Article dans une revue hal-03859869 v1

Peace, not war in Ukraine or anywhere else, please

Jean-Yves Lefrant , Romain Pirracchio , Dan Benhamou , Marc-Olivier Fischer , Rosanna Njeim et al.
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, pp.101068. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101068⟩
Article dans une revue hal-03667303 v1
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Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics

Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger et al.
Epidemics, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩
Article dans une revue hal-03289624 v1
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Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩
Article dans une revue hal-03366541 v1
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Unresolved advantages of multipartitism in spatially structured environments

Mark P Zwart , Stéphane Blanc , Marcelle Johnson , Susanna Manrubia , Yannis Michalakis et al.
Virus Evolution, 2021, 7 (1), ⟨10.1093/ve/veab004⟩
Article dans une revue hal-03219672 v1
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SARS-CoV-2 viral RNA levels are not 'viral load

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Ignacio G. Bravo
Trends in Microbiology, 2021, 29 (11), pp.970-972. ⟨10.1016/j.tim.2021.08.008⟩
Article dans une revue hal-03419147 v1
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Age-structured non-pharmaceutical interventions for optimal control of COVID-19 epidemic

Quentin Richard , Samuel Alizon , Marc Choisy , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse
PLoS Computational Biology, 2021, ⟨10.1371/journal.pcbi.1008776⟩
Article dans une revue hal-02879512 v3
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Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics

Olivier Thomine , Samuel Alizon , Corentin Boennec , Marc Barthelemy , Mircea T Sofonea
eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩
Article dans une revue hal-03415297 v1
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Detecting Rapid Spread of SARS-CoV-2 Variants, France, January 26–February 16, 2021

Stéphanie Haim-Boukobza , Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.
Emerging Infectious Diseases, 2021, 27 (5), pp.1496-1499. ⟨10.3201/eid2705.210397⟩
Article dans une revue hal-03150819 v3
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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France

Mircea T Sofonea , Corentin Boennec , Yannis Michalakis , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩
Article dans une revue hal-03289626 v2
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Within-host bacterial growth dynamics with both mutation and horizontal gene transfer

Ramsès Djidjou-Demasse , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Journal of Mathematical Biology, 2021, ⟨10.1007/s00285-021-01571-9⟩
Article dans une revue hal-02500420 v1
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Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021

Samuel Alizon , Stéphanie Haim-Boukobza , Vincent Foulongne , Laura Verdurme , Sabine Trombert-Paolantoni et al.
Eurosurveillance, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2021.26.28.2100573⟩
Article dans une revue hal-03289622 v1
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Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni et al.
International Journal of Epidemiology, 2021, 50 (6), pp.1788-1794. ⟨10.1093/ije/dyab121⟩
Article dans une revue hal-03289625 v1
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Estimating dates of origin and end of COVID-19 epidemics

Thomas Bénéteau , Elie ` Baptiste , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e70. ⟨10.24072/pcjournal.63⟩
Article dans une revue hal-03120811 v2
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The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021

Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Stéphanie Haim-Boukobza , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.
Eurosurveillance, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩
Article dans une revue hal-03289627 v1
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SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France

Benedicte Roquebert , Stéphanie Haim-Boukobza , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.
International Journal of Infectious Diseases, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩
Article dans une revue hal-03366559 v1
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Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France

Gonché Danesh , Baptiste Elie , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Antonin Bal et al.
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩
Article dans une revue hal-03001114 v2
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Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections

Thomas Beneteau , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩
Article dans une revue hal-03357550 v1
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SARS‐CoV‐2 virulence evolution: Avirulence theory, immunity and trade‐offs

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1867 - 1877. ⟨10.1111/jeb.13896⟩
Article dans une revue hal-03289628 v1
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Detecting within-host interactions from genotype combination prevalence data

Samuel Alizon , Carmen Lia Murall , Emma Saulnier , Mircea T Sofonea
Epidemics, 2019, 29, pp.100349. ⟨10.1016/j.epidem.2019.100349⟩
Article dans une revue hal-02387765 v1
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A global asymptotic stability condition for a dimorphic Lotka-Volterra model with explicit indirect interactions

Mircea T Sofonea
Applicable Analysis, 2019, ⟨10.1080/00036811.2018.1437417⟩
Article dans une revue hal-03366505 v1

Small bottleneck size in a highly multipartite virus during a complete infection cycle

Romain Gallet , Frédéric Fabre , Gael Thébaud , Mircea T Sofonea , Anne Sicard et al.
Journal of Virology, 2018, 92 (14), pp.e00139-18. ⟨10.1128/JVI.00139-18⟩
Article dans une revue hal-01847886 v1
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Can Ebola Virus evolve to be less virulent in humans?

Mircea T Sofonea , L. Aldakak , Luis F. V. V. Boullosa , Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (3), pp.382 - 392. ⟨10.1111/jeb.13229⟩
Article dans une revue hal-01897077 v1
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Exposing the diversity of multiple infection patterns

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Journal of Theoretical Biology, 2017, 419, pp.278 - 289. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.02.011⟩
Article dans une revue hal-01567902 v1

From within-host interactions to epidemiological competition: a general model for multiple infections

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015, 370 (1675), pp.20140303. ⟨10.1098/rstb.2014.0303⟩
Article dans une revue hal-01571806 v1
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Épidémiologie et évolution du SARS-CoV-2

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Les années COVID : comment y survivre, , pp.65-74, 2023, 978-2-493270-69-6
Chapitre d'ouvrage hal-04184205 v1
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De Delta à Omicron, scénarios de tendances hospitalières pour l'hiver 2021-2022

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 16, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique; IRD - Institut de recherche pour le developpement; Université de Montpellier. 2021
Rapport (rapport de recherche) hal-03502127 v1

Note d’appui scientifique et technique de l’Anses relatif à la viabilité dans l’air et la dose infectante du virus SARS-COV-2

Pierre Le Cann , Christophe Batéjat , Benoit Delache , Ignacio Garcia-Verdugo , Thi-Lan Ha et al.
Saisine n°2021-SA-0018, Anses. 2021, 101 p
Rapport (rapport d’expertise collective) anses-03898683 v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France pourraient-ils être expliqués par des comorbidités ?

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950676 v1
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Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction

Samuel Alizon , Bastien Reyné , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02882697 v1
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Évolution de la virulence et COVID-19

Samuel Alizon , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 12, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950712 v1
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Analyse de l’épidémie de COVID-19 en France et scénarios de contrôle

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 9, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950665 v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 11, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950702 v1
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Modéliser l'épidémie de COVID-19 (résumé)

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea , Yannis Michalakis
[Rapport de recherche] 7, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950651 v1
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Immunité de groupe et contrôle de l’épidémie de COVID-19

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport Technique] 2, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport technique) hal-02882682 v1
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Stochasticité et épidémie de COVID-19

Thomas Bénéteau , Baptiste Elie , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 8, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950660 v1
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Analyses quantitatives par temps de crise sanitaire

Mircea T Sofonea
Santé publique et épidémiologie. Sorbonne Université - Faculté de Médecine, 2024
HDR tel-04752423 v1