Nathalie Basdevant

Publications

Article dans une revue (13)

Sequence and Force Effects on ssDNA Translocation through a Protein Nanopore: Coarse-Grained Steered Molecular Dynamics Simulations Cagla Okyay,Jérôme Mathé,Nathalie Basdevant Journal of Physical Chemistry B, 2025, ⟨10.26434/chemrxiv-2025-jz1v6⟩ Article dans une revue hal-05396685v1
Exploring ssDNA translocation through α-hemolysin using coarse-grained steered molecular dynamics Cagla Okyay,Delphine Dessaux,Rosa Ramirez,Jérôme Mathé,Nathalie Basdevant Nanoscale, In press, ⟨10.1039/D4NR01581A⟩ Article dans une revue hal-04673868v1
Current Rectification and Ionic Selectivity of α-Hemolysin: Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations Delphine Dessaux,Jérôme Mathé,Rosa Ramirez,Nathalie Basdevant Journal of Physical Chemistry B, 2022, 126 (23), pp.4189-4199. ⟨10.1021/acs.jpcb.2c01028⟩ Article dans une revue hal-03838328v1
Ionic transport through a protein nanopore: a Coarse-Grained Molecular Dynamics Study Nathalie Basdevant,Delphine Dessaux,Rosa Ramirez Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-51942-y⟩ Article dans une revue hal-02395220v1
Interaction of chemokine receptor CXCR4 in monomeric and dimeric state with its endogenous ligand CXCL12: coarse-grained simulations identify differences Pasquale Cutolo,Nathalie Basdevant,Guillaume Bernadat,Françoise Bachelerie,Tâp Ha-Duong Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2017, 35 (2), pp.399-412. ⟨10.1080/07391102.2016.1145142⟩ Article dans une revue hal-02110176v1
Structure of ring-shaped Aβ42 oligomers determined by conformational selection Linh Tran,Nathalie Basdevant,C Prévost,Tâp Ha-Duong Scientific Reports, 2016, 6, pp.21429. ⟨10.1038/srep21429⟩ Article dans une revue hal-01497983v1
Influence of GTP/GDP and magnesium ion on the solvated structure of the protein FtsZ: a molecular dynamics study Carla Jamous,Nathalie Basdevant,Tap Ha-Duong Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2014, 32 (6), pp.916-927. ⟨10.1080/07391102.2013.799436⟩ Article dans une revue hal-02112312v1
Modeling Protein–Protein Recognition in Solution Using the Coarse-Grained Force Field SCORPION Nathalie Basdevant,Daniel Borgis,Tap Ha-Duong Journal of Chemical Theory and Computation, 2013, 9 (1), pp.803-813. ⟨10.1021/CT300943W⟩ Article dans une revue hal-02112584v1
A polarizable coarse-grained water model for coarse-grained proteins simulations Tap Ha-Duong,Nathalie Basdevant,Daniel Borgis Chemical Physics Letters, 2009, 468 (1-3), pp.79-82. ⟨10.1016/j.cplett.2008.11.092⟩ Article dans une revue istex hal-04710697v1
A Coarse-Grained Protein−Protein Potential Derived from an All-Atom Force Field Nathalie Basdevant,Daniel Borgis,Tap Ha-Duong Journal of Physical Chemistry B, 2007, 111 (31), pp.9390-9399. ⟨10.1021/jp0727190⟩ Article dans une revue istex hal-04710687v1
Thermodynamic Basis for Promiscuity and Selectivity in Protein−Protein Interactions: PDZ Domains, a Case Study Nathalie Basdevant,Harel Weinstein,Marco Ceruso Journal of the American Chemical Society, 2006, 128 (39), pp.12766-12777. ⟨10.1021/ja060830y⟩ Article dans une revue hal-04710680v1
Dielectric constant of a highly polarizable atomic fluid: the clausius–mossotti versus the onsager relation Nathalie Basdevant,Tap Ha-Duong,Daniel Borgis Molecular Physics, 2006, 102 (8), pp.783-788. ⟨10.1080/00268970410001711328⟩ Article dans une revue hal-04710670v1
A semi‐implicit solvent model for the simulation of peptides and proteins Nathalie Basdevant,Daniel Borgis,Tap Ha-Duong Journal of Computational Chemistry, 2004, 25 (8), pp.1015-1029. ⟨10.1002/jcc.20031⟩ Article dans une revue istex hal-04710660v1

Thèse (1)

Un Modèle de Solvatation Semi-Implicite pour la Simulation des Macromolécules Biologiques Nathalie Basdevant Biophysique [physics.bio-ph]. Université d'Evry-Val d'Essonne, 2003. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00010619v1