Nicolas Francillonne Nicolas Francillonne

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IdHAL :

nicolas-francillonne

ORCID :

0000-0002-0665-4350

Présentation

Publications

Article dans une revue (5)

Comprehensive annotation of olfactory and gustatory receptor genes and transposable elements revealed their evolutionary dynamics in aphids Sergio Gabriel Olvera-Vazquez,Xilong Chen,Aurélie Mesnil,Camille Meslin,Fabricio Almeida-Silvaet al. Molecular Biology and Evolution, 2025, 42 (12), pp.msaf238. ⟨10.1093/molbev/msaf238⟩ Article dans une revue anses-05299488v1
SNP discovery by exome capture and resequencing in a pea genetic resource collection Grégoire Aubert,Jonathan Kreplak,Magalie Leveugle,Hervé Duborjal,Anthony Kleinet al. Peer Community In Genomics, 2023, 3, pp.art. e100. ⟨10.24072/pci.genomics.100237⟩ Article dans une revue hal-04267953v1
Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networks Agnès Baud,Mariène Wan,Danielle Nouaud,Nicolas Francillonne,Dominique Anxolabéhèreet al. Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e14. ⟨10.24072/pcjournal.68⟩ Article dans une revue hal-03807713v1
Oak genome reveals facets of long lifespan Christophe Plomion,Jean-Marc Aury,Joelle Amselem,Thibault Leroy,Florent Muratet al. Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩ Article dans une revue hal-01820559v1
Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Christophe Plomion,Jean-Marc Aury,Joëlle Amselem,Tina Alaeitabar,Valérie Barbeet al. Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩ Article dans une revue istex hal-01579667v1

Communication dans un congrès (12)

RepetDB: a database of reference TE sequences and their information Nicolas Francillonne,Hadi Quesneville,Mariène Wan,Johann Confais Annual meeting Mobil-ET, GDR CNRS 3546, Dec 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05407506v1
Genetic Resources Data Exchange and Findability for the French Plant Genebanks Using BrAPI Michael Alaux,Anne-Françoise Adam-Blondon,Alice Boizet,Raphael Flores,Nicolas Francillonneet al. PAG 32, Jan 2025, San Diego (CA), United States Communication dans un congrès hal-05528802v1
RepetDB: A transposable element database Nicolas Francillonne,Johann Confais Plant and Genome Conference PAG, Jan 2025, San Diego (California), United States Communication dans un congrès hal-04946701v1
Les services de FAIRification des données à l’URGI : cas d’utilisation par des projets/consortium nationaux et internationaux Michaël Alaux,Anne-Françoise Adam-Blondon,Françoise Alfama,Etienne Bardet,Raphaël Floreset al. Réunion annuelle de l'IFB, Dec 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05530229v1
Linking heterogeneous data from model plant species in a graph database Johann Confais,Nicolas Francillonne Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data édition 2023, réseau IN-OVIVE "Intégration de sources/masses de données hétérogènes et ontologies", Oct 2023, Agde, France Communication dans un congrès hal-04237621v1
Insertion et exploitation de données hétérogènes dans un graphe de connaissance Johann Confais,Nicolas Francillonne,Maela Semery,Iphigénie Gonnet Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France Communication dans un congrès hal-04208925v1
Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphs Johann Confais,Mariène Wan,Somia Saidi,Nicolas Francillonne,Hadi Quesneville Journée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France Communication dans un congrès hal-03876510v1
Mise en relation de données hétérogènes chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana dans une base de données graphe Johann Confais,Nicolas Francillonne,Yanis Toumert Work4Graph Integration, Dec 2021, Paris, France Communication dans un congrès hal-03877594v1
RepetDB: a unified resource for transposable element references Mariène Wan,Nicolas Francillonne,Raphaël Flores,Françoise Alfama,Johann Confaiset al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France Communication dans un congrès hal-03819882v1
An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics Joëlle Amselem,Nicolas Francillonne,Célia Michotey,Thomas Letellier,Jean-Marc Auryet al. PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides Communication dans un congrès hal-01839185v1
Oak genome sequencing and evolution Jerome J. Salse,Jean Marc Aury,Florent Murat,Sébastien Faye,Karine Labadieet al. Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p Communication dans un congrès hal-02741698v1
Annotation of the oak genome sequence and associated bioinformatic resources Joelle J. Amselem,Jean Marc Aury,Nicolas Francillonne,Tina Alaeitabar,Corinne da Silvaet al. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p Communication dans un congrès hal-02741128v1

Poster de conférence (6)

URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformatics Mariène Wan,Françoise Alfama,Johann Confais,Nicolas Francillonne,Christina Gacicet al. JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France Poster de conférence hal-05186831v1
RepetDB: A TE database Nicolas Francillonne,Mariène Wan,Nathalie Choisne,Françoise Alfama,Raphaël Floreset al. International congress on transposable elements ICTE, Apr 2024, Saint Malo, France Poster de conférence hal-04570060v1
Research Data Management Toolkit (RDMkit): guidelines for plant phenotyping data management and sharing Erwan Le Floch,Anne-Françoise Adam-Blondon,Isabelle Alic,Bert Droesbeke,Stijn Dhondtet al. 7. International Plant Phenotyping Symposium (IPPS 2022), Sep 2022, Wageningen, Netherlands. , 2022, ⟨10.5281/zenodo.7148792⟩ Poster de conférence hal-03800325v1
Detection of WUE positional candidate genes by combining QTL maps and BAC sequencing with the annotated oak genome sequence Nicolas Francillonne,Catherine Bodenes-Brezard Bodénès,François Ehrenmann,Célia Michotey,Antoine Kremeret al. Genomics and Forest Tree Genetics Conference, May 2016, Arcachon, France. , 134 p., 2016, Book of abstracts Poster de conférence hal-02741266v1
A computational architecture designed for genome annotation: oak genome sequencing project as a use case Nicolas Francillonne,Tina Alaeitabar,Françoise Alfama-Depauw,Loïc Couderc,Claire Guercheet al. JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-ferrand, France. 2015 Poster de conférence hal-01246649v1
Benchmarks for transcript assembly and differential gene expression (new isoforms) analysis in the context of transposable elements Tina Alaeitabar,Nicolas Francillonne,Mikaël Loaec,Hadi Quesneville,Joelle J. Amselem Assemblée Générale France Génomique 2015, Nov 2015, Paris, France. 2015 Poster de conférence hal-01243323v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networks Agnès Baud,Mariène Wan,Danielle Nouaud,Nicolas Francillonne,Dominique Anxolabéhèreet al. 2020 Pré-publication, Document de travail hal-02956027v1