Nicolas VERGNE

Publications

Article dans une revue (18)

Narrowing the coordination solution space during motor learning standardizes individual patterns of search strategy but diversifies learning rates John Komar,Ludovic Seifert,Nicolas Vergne,Karl Newell Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.2009. ⟨10.1038/s41598-023-29238-z⟩ Article dans une revue hal-04485192v1
smmR: A Semi-Markov R package Vlad Stefan Barbu,Florian Lecocq,Corentin Lothodé,Nicolas Vergne Journal of Open Source Software, 2023, 8 (85), pp.4365. ⟨10.21105/joss.04365⟩ Article dans une revue hal-03832683v1
Bayesian Information Criterion for Fitting the Optimum Order of Markov Chain Models: Methodology and Application to Air Pollution Data Yousif Alyousifi,Kamarulzaman Ibrahim,Mahmod Othamn,Wan Zawiah Wan Zin,Nicolas Vergneet al. Mathematics , 2022, 10 (13), pp.2280. ⟨10.3390/math10132280⟩ Article dans une revue hal-04485219v1
Improving high-resolution copy number variation analysis from next generation sequencing using unique molecular identifiers Pierre-Julien Viailly,Vincent Sater,Mathieu Viennot,Elodie Bohers,Nicolas Vergneet al. BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), ⟨10.1186/s12859-021-04060-4⟩ Article dans une revue hal-03210287v1
Improving Bioinformatics Prediction of microRNA Targets by Ranks Aggregation Aurélien Quillet,Chadi Saad,Gaëtan Ferry,Youssef Anouar,Nicolas Vergneet al. Frontiers in Genetics, 2020, 10, pp.1330. ⟨10.3389/FGENE.2019.01330⟩ Article dans une revue hal-03138593v1
SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models Vlad,stefan Barbu,Caroline Berard,Dominique Cellier,Mathilde Sautreuil,Nicolas Vergne The R Journal, 2019, 10 (2), pp.226. ⟨10.32614/RJ-2018-050⟩ Article dans une revue hal-02096101v1
Comparative in depth RNA sequencing of P. tricornutum’s morphotypes reveals specific features of the oval morphotype Clément Ovide,Marie-Christine Kiefer-Meyer,Caroline Berard,Nicolas Vergne,Thierry Lecroqet al. Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.14340. ⟨10.1038/s41598-018-32519-7⟩ Article dans une revue hal-01894856v1
Reliability and survival analysis for drifting Markov models: modeling and estimation Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne Methodology and Computing in Applied Probability, 2018, ⟨10.1007/s11009-018-9682-8⟩ Article dans une revue hal-02337216v1
SMM: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time semi-Markov Models Vlad Stefan Barbu,Caroline Berard,Dominique Cellier,Mathilde Sautreuil,Nicolas Vergne The R Journal, 2018, 10 (2), pp.226-247. ⟨10.32614/RJ-2018-050⟩ Article dans une revue hal-02337224v1
Pre-silencing of genes involved in the electron transport chain (ETC) pathway is associated with responsiveness to abatacept in rheumatoid arthritis C. Derambure,G. Dzangue-Tchoupou,C. Bérard,N. Vergne,M. Hironet al. Arthritis Research and Therapy, 2017, 19 (1), ⟨10.1186/s13075-017-1319-8⟩ Article dans une revue hal-02337207v1
Value of ultrasonography as a marker of early response to abatacept in patients with rheumatoid arthritis and an inadequate response to methotrexate: results from the APPRAISE study Minh Vu Chuong Nguyen,Xavier Romand,Candice Trocme,Anaïs Courtier,Hubert Marotteet al. Annals of the Rheumatic Diseases, 2016, 75 (10), pp.1763-1769. ⟨10.1136/annrheumdis-2015-207709⟩ Article dans une revue hal-02467707v1
Coalescent-based DNA barcoding: multilocus analysis and robustness Olivier David,Catherine Larédo,Raphael Leblois,Brigitte Schaeffer,Nicolas Vergne Journal of Computational Biology, 2012, ⟨10.1089/cmb.2011.0122⟩ Article dans une revue hal-02337205v1
Coalescent-Based DNA Barcoding: Multilocus Analysis and Robustness Olivier David,Catherine Laredo,Raphaël Leblois,Brigitte Schaeffer,Nicolas Vergne Journal of Computational Biology, 2012, 19 (3), pp.271-278 Article dans une revue hal-02642847v1
Coalescent-based DNA Barcoding: Multilocus and Robustness C. Larédo,O. David,R. Leblois,B. Schaeffer,N. Vergne Journal of Computational Biology, 2012, 19 (3), pp.271-278 Article dans une revue hal-00705702v1
Sharp error terms for return time statistics under mixing conditions * Miguel Abadi,Nicolas Vergne Journal of Theoretical Probability, 2009 Article dans une revue hal-02337198v1
Drifting Markov Models with Polynomial Drift and Applications to DNA Sequences Nicolas Vergne Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2008 Article dans une revue hal-02337190v1
Sharp errors for point-wise Poisson approximations in mixing processes Miguel Abadi,Nicolas Vergne Nonlinearity, 2008, 21 (12), pp.2871-2885. ⟨10.1088/0951-7715/21/12/008⟩ Article dans une revue istex hal-02337199v1
Poisson approximation for search of rare words in DNA sequences Nicolas Vergne,Miguel Abadi Alea : Estudos Neolatinos, 2008, 4, pp.223 - 244 Article dans une revue hal-02337193v1

Communication dans un congrès (25)

Review of HSMM R and Python software Caroline Bérard,Marie-Josée Cros,Jean-Baptiste Durand,Corentin Lothodé,Sandra Plancadeet al. MaSeMo : Markov, Semi-Markov Models and Associated Fields (from Theory to Application and back), Jul 2025, Paris, France. pp.21 Communication dans un congrès hal-05448323v1
Different types of Markovian models and applications in swimming and climbing Vlad Barbu,Emmanouil Kalligeris,Guillaume Hacques,John Komar,Ioannis Mavrogianniset al. Summer school "ComplexSportsData" : Analysing complex sports data, Jun 2023, Caen, France Communication dans un congrès hal-04485355v1
Modèles dérivants semi-markoviens : estimation, simulation et utilisation à travers le package dsmmR Nicolas Vergne,Vlad Stefan Barbu,Ioannis Mavrogiannis Processus markoviens, semi-markoviens et leurs applications, Jun 2023, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04485365v1
Different types of Markovian models and applications Nicolas Vergne,Vlad Stefan Barbu,Ioannis Mavrogiannis,Ludovic Seifert Biomath Conference, Oct 2023, Hammamet, Tunisie Communication dans un congrès hal-04485343v1
smmR: an R package for Simulation, Estimation and Reliability of Semi-Markov Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne,Florian Lecocq,Corentin Lothodé The 23rd Conference of the Romanian Society of Probability and Statistics Bucharest, Nov 2022, Bucarest (Roumania), Romania Communication dans un congrès hal-04485308v1
dsmmR: Estimation and simulation of Drifting Semi-Markov Models Ioannis Mavrogiannis,Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne Statistical Modeling with Applications, Oct 2022, Bucarest (Roumania), Romania Communication dans un congrès hal-04485322v1
Drifting Semi-Markov Models: Estimation and Simulation through the dsmmR package Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne,Ioannis Mavrogiannis The 23rd Conference of the Romanian Society of Probability and Statistics Bucharest, Nov 2022, Bucarest (Roumania), Romania Communication dans un congrès hal-04485290v1
Amélioration de la prédiction bioinformatique des cibles des microARN par l'agrégation des rangs : application au phéochromocytome, une tumeur neuroendocrine Aurélien Quillet,Inès Drissa,Chadi Saad,Gaëtan Ferry,Nicolas Vergneet al. Réunion thématique de l'axe 1 du Cancéropôle Nord-Ouest, Jun 2021, On line, France Communication dans un congrès hal-05325704v1
Modeling and estimation by means of drifting Markov and semi-Markov chains Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne Quantitative Methods for Intangibles Evaluation, Dec 2019, Ancone, Italy Communication dans un congrès hal-02440001v1
mCNA : a new methodology to improve high-resolution copy number variation analysis from next generation sequencing using unique molecular identifiers. Pierre-Julien Viailly,Ahmad Abdel Sater,Hélène Dauchel,Alison Celebi,Caroline Bérardet al. JOBIM, 2019, Nantes, France Communication dans un congrès hal-02337236v1
DRIMM'R and WebDRIMM: an R package and a web interface for drifting Markov model estimation and reliability Vlad Stefan Barbu,Geoffray Brelurut,Annthomy Gilles,Arnaud Lefebvre,Victor Mataigneet al. JDS, 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-02337261v1
Drifting Markov and semi-Markov models: modeling, estimation and applications. Nicolas Vergne,Vlad Stefan Barbu STODEP, 2018, Rouen, France Communication dans un congrès hal-02337244v1
Modèle de mélange binomial négatif bivarié pour l'analyse de données RNA-Seq Mathilde Sautreuil,Caroline Bérard,Gaëlle Chagny,Antoine Channarond,Angelina Rocheet al. JDS, 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-02337265v1
Estimation paramétrique des chaînes semi-markoviennes pour des données censurées Vlad Stefan Barbu,Caroline Bérard,Dominique Cellier,Mathilde Sautreuil,Nicolas Vergne JDS, 2017, Avignon, France Communication dans un congrès hal-02337254v1
Reliability and survival analysis for drifting Markov models: modelling and estimation Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne Mathematical Methods in Reliability, 2017, Grenoble, France Communication dans un congrès hal-02337306v1
Drifting Markov models applied in reliability theory and survival analysis Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne JDS, 2017, Avignon, France Communication dans un congrès hal-02337248v1
RNA Sequencing technology will help deciphering the morphogenesis mechanisms in the model diatom Phaeodactylum tricornutum Clément Ovide,Marie-Christine Kiefer-Meyer,Caroline Bérard,Nicolas Vergne,Thierry Lecroqet al. Journée scientifique du GRR-IRIB, Jun 2015, Mont-Saint-Aignan, France Communication dans un congrès hal-02076895v1
Rendre compte de la dynamique de l’activité des élèves en course d’orientation: application de modèles de Markov dérivant aux données d’expérience Clément Jourand,John Komar,Adé D,Nicolas Vergne,Régis Thouvarecq 16ème congrès de l’Association des Chercheurs en Activité physique et Sportive, 2015, Nantes, France Communication dans un congrès hal-02337328v1
Etude des mécanismes de morphogenèse chez la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum par séquençage d’ARN à haut débit (RNA-Seq) Clément Ovide,Marie-Christine Kiefer-Meyer,Caroline Bérard,Nicolas Vergne,Thierry Lecroqet al. Journées phycologiques de France, Sep 2015, Vannes, France Communication dans un congrès hal-02076884v1
Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology Clément Ovide,Marie-Christine Kiefer-Meyer,Wassim Tair,Caroline Bérard,Nicolas Vergneet al. 17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France Communication dans un congrès hal-02109139v1
Taux d’erreurs des méthodes phylogénétiques et des méthodes statistiques de classification pour le Barcode ADN Catherine Laredo,Brigitte Schaeffer,Nicolas Vergne,Olivier David,Frédéric Austerlitzet al. Projet IFORA, Jun 2010, Montpellier, France. pp.45 Communication dans un congrès hal-02754486v1
Représentation des données praomys à l'aide des cartes autoorganisées Madalina Olteanu,Nicolas Vergne,Brigitte Schaeffer,Olivier David,Catherine Laredo Projet IFORA, Colloque final de restitution (Agropolis International, Montpellier). ANR, Jun 2010, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-02753761v1
Error Rates of Phylogenetic and supervised Classification Algorithms in DNA Barcoding. Catherine Larédo,Nicolas Vergne,Frederic Austerlitz,Olivier David,Brigitte Schaefferet al. Third International Barcode of Life Conference, 2009, Mexico, Mexico Communication dans un congrès hal-02338011v1
Error rates in phylogenetic and supervised classification algorithms in DNA Barcoding Catherine Laredo,Frédéric Austerlitz,Olivier David,Brigitte Schaeffer,Kevin Bleakleyet al. Third International Barcode of Life Conference, Nov 2009, Mexico city, Mexico Communication dans un congrès hal-02756456v1
Poisson approximation for search of rare words in DNA sequences. Nicolas Vergne Workshop on "Hitting, returning and matching in dynamical systems, informa- tion theory and mathematical biology", 2008, Eindhoven, Netherlands Communication dans un congrès hal-02338014v1

Poster de conférence (10)

miRabel, un outil web pour la prédiction efficace des cibles des microARN en santé humaine Aurélien Quillet,Chadi Saad,Gaëtan Ferry,I Zerdane,M Salhiet al. Les Rencontres Santé Numérique, Nov 2022, Rouen, France. 2022 Poster de conférence hal-05325942v1
Rôle des microARN dans l’hypersécrétion de catécholamines par les phéochromocytomes Inès Drissa,Aurélien Quillet,M-C Tellier,Dorthe Cartier,C Berardet al. Réunion Thématique de l'axe 1 Du Cancéropôle Nord-Ouest, Nov 2020, Rouen, France. 2020 Poster de conférence hal-05325867v1
Bivariate Negative Binomial Mixture Model for the analysis of RNA-seq data Mathilde Sautreuil,Nicolas Vergne,Antoine Channarond,Angelina Roche,Gaëlle Chagnyet al. JOBIM, 2017, Lille, France Poster de conférence hal-02337246v1
Elucidation of the morphogenesis mechanisms in the diatom P. tricornutum using RNA sequencing technology Clément Ovide,Marie-Christine Kiefer-Meyer,Wassim Tair,Caroline Bérard,Nicolas Vergneet al. 17ième Journées de l’Ecole Doctorale NBISE, Apr 2014, Le Havre, France Poster de conférence hal-02114318v1
GC- VC/DGE : a user-friendly web application for Going over Concordance across results from NGS bioinformatics analytic pipelines Chloé Cabot,Mary Mélissa,Chadi Saad,Alexandre Renaux,Alexis Bertrandet al. ECCB, 2014, Strasbourg, France Poster de conférence hal-02338005v1
Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis Marie-Christine Kiefer-Meyer,Clément Ovide,Wassim Tair,Caroline Bérard,Nicolas Vergneet al. Plant Genomics Congress, May 2013, Londres, United Kingdom Poster de conférence hal-02119212v1
RNA-seq : a new tool to study Phaeodactylum tricornutum morphogenesis Clément Ovide,Marie-Christine Kiefer-Meyer,Wassim Tair,Caroline Bérard,Nicolas Vergneet al. 2nd Journée de l’Institut de Recherche et d’Innovation Biomédicale, Jun 2013, Rouen, France Poster de conférence hal-02119202v1
Towards a better understanding of Phaeodactylum tricornutum’s morphogenesis Clément Ovide,Marie-Christine Kiefer-Meyer,Wassim Tair,Caroline Bérard,Nicolas Vergneet al. EMBO Workshop, The molecular Life of diatoms, Jun 2013, Paris, France Poster de conférence hal-02125074v1
Drifting Markov models. Nicolas Vergne ECCB, 2005, Madrid, Spain Poster de conférence hal-02337987v1
Les chaînes de Markov régulées Nicolas Vergne JOBIM, 2005, Lyon, France Poster de conférence hal-02337981v1

Document associé à des manifestations scientifiques (1)

Méthode bayésienne de classification des séquences Barcode basée sur la coalescence Nicolas Vergne Journées MAS et Journée en l'honneur de Jacques Neveu, Aug 2010, Talence, France Document associé à des manifestations scientifiques inria-00510191v1

Ouvrages (1)

Statistical Topics and Stochastic Models for Dependent Data - Applications in Reliability, Survival Analysis and Related Fields Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne Iste-Wiley. In press, ⟨10.1002/9781119779421⟩ Ouvrages hal-02437845v1

Pré-publication, Document de travail (4)

WebDRIMM : a web interface for Drifting Markov Models Nicolas Vergne,Arnaud Lefebvre,Hélène Mayeur,John Komar 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03832685v1
DrimmR: A Drifting Markov R package Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne,Corentin Lothodé,Alexandre Seiller 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03832693v1
smmR: An R Package for Estimation and Simulation of Discrete-time Semi-Markov Models Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne,Corentin Lothodé,Florian Lecocq 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03832680v1
drimmR: An R Package for Estimation, Simulation and Reliability of Drifting Markov Models Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne,Corentin Lothodé,Alexandre Seiller 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03832695v1

Thèse (1)

Chaînes de Markov régulées et approximation de Poisson pour l'analyse de séquences biologiques Nicolas Vergne Mathématiques [math]. Université d'Evry-Val d'Essonne, 2008. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00322434v1

Logiciel (4)

dsmmR: Estimation and Simulation of Drifting Semi-Markov Models Vlad Barbu,Ioannis Mavrogiannis,Nicolas Vergne 2023, ⟨swh:1:dir:4a3acac04b5058875ccf0a9daaac83c0994da5e7;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-04508489;visit=swh:1:snp:a2a24d89dd6236e08d218689a1b22006964a405b;anchor=swh:1:rel:e7cb9ac9a4219135171326d75dbf81fb1e84bd63;path=/⟩ Logiciel hal-04508489v1
drimmR: Estimation, Simulation and Reliability of Drifting Markov Models Vlad Stefan Barbu,Geoffray Brelurut,Annthomy Gilles,Arnaud Lefebvre,Corentin Lothodéet al. 2021, ⟨swh:1:dir:07271f0174a3880ce51ef393c28b17d79a5e69bc;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03832692;visit=swh:1:snp:084dc832acf8cf35cc4eb8b49dcd93ec1fb774df;anchor=swh:1:rel:93faf2686aa3de66cefee22bc0bebb70c4f750c7;path=/⟩ Logiciel hal-03832692v1
R package smmR: Simulation, Estimation and Reliability of Semi-Markov Models Vlad Stefan Barbu,Nicolas Vergne,Florian Lecocq,Corentin Lothodé 2021, ⟨swh:1:dir:ac1e8a90f00d6a306c79bbedd96e275325909e9c;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03832675;visit=swh:1:snp:9d2b43bc3cd87b5c3431f6df2db1e85074ec5338;anchor=swh:1:rel:36a424452cf542f6aa27f802bdd6bf3f92cf596d;path=/⟩ Logiciel hal-03832675v1
R package SMM, Simulation and Estimation of Multi-State Discrete-Time Semi-Markov and Markov Models Vlad Stefan Barbu,Caroline Bérard,Mathilde Sautreuil,Dominique Cellier,Nicolas Vergne 2017 Logiciel hal-02337300v1