Nils Paulhe

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Publications

Publications

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FragHub: A Mass Spectral Library Data Integration Workflow

Axel Dablanc , Solweig Hennechart , Amélie Perez , Guillaume Cabanac , Yann Guitton et al.

Analytical Chemistry, 2024, 96 (30), pp.12489-12496. ⟨10.1021/acs.analchem.4c02219⟩

Article dans une revue hal-04721713v1
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Challenges and perspectives for naming lipids in the context of lipidomics

Michael Witting , Adnan Malik , Andrew Leach , Alan Bridge , Lucila Aimo et al.

Metabolomics, 2024, 20 (1), pp.15. ⟨10.1007/s11306-023-02075-x⟩

Article dans une revue hal-04596970v1
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Suggesting disease associations for overlooked metabolites using literature from metabolic neighbors

Maxime Delmas , Olivier Filangi , Christophe Duperier , Nils Paulhe , Florence Vinson et al.

GigaScience, 2023, 12, pp.giad065. ⟨10.1093/gigascience/giad065⟩

Article dans une revue hal-04223426v1
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PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand et al.

Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩

Article dans une revue hal-03695453v1
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FORUM: building a Knowledge Graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases

Maxime Delmas , Olivier Filangi , Nils Paulhe , Florence Vinson , Christophe Duperier et al.

Bioinformatics, 2021, 37 (21), pp.3896-3904. ⟨10.1093/bioinformatics/btab627⟩

Article dans une revue hal-03361495v2
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A computational solution to automatically map metabolite libraries in the context of genome scale metabolic networks

Benjamin Merlet , Nils Paulhe , Florence Vinson , Clément Frainay , Maxime Chazalviel et al.

Frontiers in Molecular Biosciences, 2016, 3, ⟨10.3389/fmolb.2016.00002⟩

Article dans une revue hal-02631089v1

Metavir: a web server dedicated to virome analysis.

Simon Roux , Michaël Faubladier , Antoine Mahul , Nils Paulhe , Aurélien Bernard et al.

Bioinformatics, 2011, 27 (21), pp.3074-5. ⟨10.1093/bioinformatics/btr519⟩

Article dans une revue hal-00841495v1

Phénotypage multidimensionnel : intérêt de l’outil HDeeP

Cécile Gladine , Nils Paulhe , Estelle Pujos-Guillot , Claire Sulmont-Rossé , Sophie Layé et al.

6èmes Assises régionales de Nutrition Santé, Oct 2024, Grenoble, France

Communication dans un congrès hal-04817167v1

New developments for the database PhytoHub 2.0 on plant food bioactives: Health effects and analytics for metabolomics

Mariem Achour , Franck Giacomoni , Letizia Bresciani , Danièle del Rio , Giuseppe Di Pede et al.

3rd International Conference on ood Bioactives and Health - FBHC2023, Jun 2022, Parma, Italy

Communication dans un congrès hal-04793068v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier et al.

9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France

Communication dans un congrès hal-02742965v1
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FORVM Plants

Guillaume Laisney , David Benaben , Thomas Bellembois , Kevin Billet , Alain Bouchereau et al.

RFMF 2025 - 17èmes journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2025, Paris, France. pp.1-1, 2025

Poster de conférence hal-05121234v1
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Developments and opportunities with Workflow4Metabolomics

Lain Pavot , Mélanie Pétéra , Nils Paulhe , Yann Guitton , Gildas Le Corguillé et al.

Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France

Poster de conférence hal-03781084v1
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Metabolite reporting in large-scale studies within different metabolomics communities: DO WE SPEAK THE SAME LANGUAGE?

Ghina Hajjar , David Benaben , Nils Paulhe , Christophe Duperier , Olivier Filangi et al.

Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France

Poster de conférence hal-03775474v1
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Update on technological developments and opportunities with Workflow4Metabolomics

Lain Pavot , Mélanie Pétéra , Nils Paulhe , Yann Guitton , Gildas Le Corguillé et al.

Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France.

Poster de conférence hal-03776462v1
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Optimization of metabolome extraction procedures and implementation of a PeakForest database for the identification of microorganisms compounds by LC-HRMS

Wiam Mansouri , Cyril C. Jousse , Marie Lagrée , Nils Paulhe , Binta Diémé

Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France

Poster de conférence hal-03879175v1
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Untargeted metabolomic approach by GC-QTOF : From low to high resolution

Carole Migné , Nils Paulhe , Yann Guitton , Franck Giacomoni , Mélanie Pétéra et al.

SMMAP 2017 (Spectrométrie de Masse, Métabolomique et Analyse Protéomique), Oct 2017, Marne-La-Vallée, France. , pp.476, 2017, SMMAP 2017-Livre des résumés

Poster de conférence hal-01674479v1
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Enrichissement de la base de données spectrale peakforest en LC-MS

Sylvain Emery , Bernard Lyan , Charlotte Joly , Nils Paulhe , Franck Giacomoni et al.

10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique, May 2016, Montpellier, France. 158 p., 2016, Livret des résumés 10JS RFMF

Poster de conférence hal-01594987v1
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PeakForest: a spectral database and its toolbox, dedicated to the Metabolomics’ community

Nils Paulhe , Christophe Duperier , Marie Lefebvre , Pierrick Roger-Mele , Christophe Junot et al.

12. annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016

Poster de conférence hal-02744357v1
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New tools and workflows on W4M, the Galaxy metabolomic infrastructure

Marion Landi , Claire Lopez , Marie Tremblay-Franco , Cécile Canlet , Yann Guitton et al.

9e Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. , 2015

Poster de conférence hal-02743697v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier et al.

9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015

Poster de conférence hal-02742964v1
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Vers une annotation RMN 1D et 2D ciblée à partir de matrices de référence

Marie Lefebvre , Julie Pinelli , Nils Paulhe , Vanessa Zhendre , Claire Lopez et al.

9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015

Poster de conférence hal-02743576v1
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Spectral Database: from data model to web interface

Nils Paulhe , Christophe Duperier , Daniel Jacob , Etienne Thévenot , Jean-Francois Martin et al.

8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 2014

Poster de conférence hal-02742064v1