Odile ROGIER Ingénieure d'études Bioinformatique

Identifiants chercheurs

IdHAL :

odilerogier

ORCID :

0000-0001-6879-364X

Présentation

Bioinformatique, Génomique, Transcriptomique

Recrutée fin 2011 en tant qu’Ingénieure d’études (IE), ma mission principale est d’apporter mon expertise en bioinformatique pour aider les biologistes, généticiens et physiologistes de l’Unité à analyser un nombre croissant de données « omiques ». Issues des nouvelles technologies de séquençage haut-débit (Next Generation Sequencing ou NGS), ces données correspondent généralement :

à des

séquences d’ADN génomique

obtenues en masse afin de couvrir totalement (Whole Genome Sequencing ou WGS) ou partiellement par « capture » (Exome Capture) les génomes de différents individus pour rechercher des différences au sein de leurs

génomes

(par ex. Single Nucleotide Polymorphism ou SNP). Ces variations pourront ensuite être reliées à des différences de phénotype (croissance, résistance, morphologie, ...) et servir de marqueurs dans des programmes de croisement.

des séquences d’

ARN

(RNA-seq) représentatives de l’ensemble des gènes transcrits (

transcriptome

) dans des tissus ou individus donnés afin de comparer à terme des différences d’expression géniques.

D’autres outils de génotypage sont aussi utilisés au sein de l’unité : séquençage par GBS (Genotyping By Sequencing) et puces de génotypage.

Ma seconde mission est d’être le correspondant privilégié entre l’unité et les structures spécialisées en bioinformatique (plates-formes de bioinformatique, bioinformaticiens d’autres unités INRA, ...).

Techniques mises en œuvre

Analyse et annotation haut-débit de séquences génomiques et de données d'expression de gènes

Reséquençage de génomes (WGS, capture de séquences, GBS)

Transcriptome (RNA-seq)

Analyse de données de polymorphismes et de variabilité allélique

Détection de polymorphismes de séquences : SNP, insertions, délétions (indels)

Intégration des données générées dans les bases de données

Sauvegarde et archivage des données brutes et analysées

Activités transversales et d’enseignement

Réseaux

Co-animatrice avec

Nathalie Boizot

du Conseil des Laboratoires de l’Unité (CLU) entre juillet 2014 et décembre 2018.

Membre la Commission Locale des Systèmes d’Information (CLSI) de l’INRAE Val-de-Loire.

Participation au

Centre Automatisé de Traitement de l'Information (CATI)

:

CATI CGI (CATI en Génomique Info) de 2012 à 2018.

CATI Bios4Biol (Bio-informatique et Statistiques pour la Biologie) depuis 2019.

Participation au réseau de Partage d’Expérience et de Pratiques en Informatique (PEPI)

Ingénierie Bio-Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS)

correspondante locale du PEPI pour le site d’Orléans

.

Participation au groupe de travail visant à mettre en place un plan de gestion de données (PGD) de structure sous DMP Opidor (gestion des données).

Encadrement

2023 : Alae-Eddine Lekchiri,

Master 1 Bio-Informatique et Génomique (BIG)

, Université de Rennes. « Analyse bio-informatique de données issues de RNA-seq de populations naturelles de peupliers noirs »

2021 : Abdeljalil Senhaji Rachik ,

Master 2 Bio-Informatique

Parcours DLAD (Développement Logiciel et Analyse des Données)

, Université d'Aix-Marseille. « Mise au point d’un pipeline bioinformatique de détection de méthylation de l’ADN chez deux espèces d’arbres : le peuplier et le chêne »

2016 : Souhila Amanzougarene,

Master 2 Bio-Informatique et Génomique (BIG)

, Université de Rennes. « Étude de la diversité nucléotidique de séquences transcrites chez le peuplier noir »

2015 : Matthias Blanchandin,

DUT Informatique

, Université d’Orléans. « Test et adaptation d'une base de données &quot;sélection participative&quot; développée à l'INRA du Moulon »

Activités d’enseignement

Master 2 Biologie Intégrative et Changements Globaux (BICG)

de l’université d’Orléans :

4h (2018-2019)

puis 8h de TD de Bioinformatique depuis 2020

Participation aux projets

J'ai participé et je participe actuellement à plusieurs projets :

européens :

GenTree

,

B4EST

nationaux : Sybiopop,

EpiTree

, DeOx

metaprogrammes : Breed2Last, CNV4Sel, EpiNet, InfoSys4GS

régionaux : SPEAL,

SPEAL2

, WoodProActif

Valorisation

Mes publications se trouvent ci-dessous ou sur le site ORCID.

Cursus

2005 : Master Professionnel 2ème année Sciences de l’Information et des Systèmes. Université de Provence, Marseille.

2004 : DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Université Saint-Charles, Marseille.

2003 : Maitrise d’Informatique et Mathématiques Appliquées. Université Joseph Fourier, Grenoble.

Carrière

Depuis 08/2024 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité GABI / Equipe GIBBS - SIGENAE, INRAE, Jouy-en-Josas, France.

2018-2024 : Ingénieur d’Études bioinformatique, BioForA, INRAE, Orléans, France.

Du 11/2011 à 2017 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), INRA, Orléans, France.

2011 : Ingénieur bioinformatique, Unité de Recherche Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Développement de procédures pour exploiter des données RNA-seq, en explorant les outils existants.

2009-2010 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV), INRA, Evry, France. Conception et réalisation d’une base de données ATOMEdb.

2007-2008 : Ingénieur bioinformatique, Centre Nationale de Séquençage (CNS – Genoscope), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Conception et développement de protocoles informatiques d’analyse de séquences (automatisation des protocoles d’annotation) puis développement de procédures pour les nouvelles technologies de séquençage (NGS).

2006-2007 : Ingénieur bioinformatique, Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique (PRABI), Lyon, France. Aide au développement d’un logiciel MOTUS (permettant la recherche de motifs dans les réseaux métaboliques) et de son interface Web.

Publications

Article dans une revue (14)

Combined desiccation treatments of hybrid larch (Larix x eurolepis) somatic embryos resulted in reduced water content keeping their germination and conversion rates: multi-scale characterizations Parisa Savane,Eliášová Kateřina,Dobrev Petre I,Vondráková Zuzana,Armelle Delileet al. Plant Physiology and Biochemistry, 2025, 229 (part A), pp.110283. ⟨10.1016/j.plaphy.2025.110283⟩ Article dans une revue hal-05184466v1
Drought-Induced Epigenetic Memory in the cambium of Poplar Trees persists and primes future stress responses Alexandre Duplan,Yu-Qi Feng,Gwenvaël Laskar,Bao-Dong Cai,Vincent Seguraet al. BioRxiv, 2025, ⟨10.1101/2025.10.14.681991⟩ Article dans une revue hal-05322036v1
Natural variation in chalcone isomerase defines a major locus controlling radial stem growth variation among Populus nigra populations Harold Duruflé,Annabelle Déjardin,Véronique Jorge,Marie Pégard,Gilles Pilateet al. Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e50. ⟨10.24072/pcjournal.559⟩ Article dans une revue hal-05070106v1
A Strategy for Studying Epigenetic Diversity in Natural Populations: Proof of Concept in Poplar and Oak Isabelle Lesur Kupin,Odile Rogier,Mamadou Dia Sow,Christophe Boury,Alexandre Duplanet al. Journal of Experimental Botany, 2024, 75 (18), pp.5568-5584. ⟨10.1093/jxb/erae266⟩ Article dans une revue hal-04621404v1
Resilience of genetic diversity in forest trees over the Quaternary Pascal Milesi,Chedly Kastally,Benjamin Dauphin,Sandra Cervantes,Francesca Bagnoliet al. Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.8538. ⟨10.1038/s41467-024-52612-y⟩ Article dans une revue hal-04746980v1
RNAseq based variant dataset in a black poplar association panel Odile Rogier,Aurélien Chateigner,Marie-Claude Lesage-Descauses,Claire Mandin,Véronique Brunaudet al. BMC Research Notes, 2023, 16, pp.248. ⟨10.1186/s13104-023-06521-w⟩ Article dans une revue hal-04225417v1
Between but Not Within-Species Variation in the Distribution of Fitness Effects Jennifer James,Chedly Kastally,Katharina B Budde,Santiago C. Gonzalez-Martinez,Pascal Milesiet al. Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (11), ⟨10.1093/molbev/msad228⟩ Article dans une revue hal-04598142v1
Comprehensive Organ-Specific Profiling of Douglas Fir (Pseudotsuga menziesii) Proteome Caroline Teyssier,Odile Rogier,Stéphane Claverol,Florian Gautier,Marie-Anne Lelu-Walteret al. Biomolecules, 2023, 13 (9), pp.1400. ⟨10.3390/biom13091400⟩ Article dans une revue hal-04209576v1
Gene expression predictions and networks in natural populations supports the omnigenic theory Aurélien Chateigner,Marie-Claude Lesage-Descauses,Odile Rogier,Véronique Jorge,Jean-Charles Lepléet al. BMC Genomics, 2020, 21 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s12864-020-06809-2⟩ Article dans une revue hal-02902844v1
Sequence imputation from low density single nucleotide polymorphism panel in a black poplar breeding population Marie Pegard,Odile Rogier,Aurélie Berard,Patricia Faivre-Rampant,Marie-Christine Le Paslieret al. BMC Genomics, 2019, 20, ⟨10.1186/s12864-019-5660-y⟩ Article dans une revue hal-02621320v1
Accuracy of RNAseq based SNP discovery and genotyping in Populus nigra Odile Rogier,Aurélien Chateigner,Souhila Amanzougarene,Marie-Claude Lesage Descauses,Sandrine Balzergueet al. BMC Genomics, 2018, 19, pp.909. ⟨10.1186/s12864-018-5239-z⟩ Article dans une revue hal-02622249v1
Synthetic data sets for the identification of key ingredients for RNA-seq differential analysis Guillem Rigaill,Sandrine Balzergue,Véronique Brunaud,Eddy Blondet,Andrea Rauet al. Briefings in Bioinformatics, 2016, 19 (1), pp.65-76. ⟨10.1093/bib/bbw092⟩ Article dans une revue hal-01595551v1
High quality draft sequences for prokaryotic genomes using a mix of new sequencing technologies Jean-Marc Aury,Corinne Cruaud,Valérie Barbe,Odile Rogier,Sophie Mangenotet al. BMC Genomics, 2008, 9, ⟨10.1186/1471-2164-9-603⟩ Article dans une revue hal-02659381v1
Annotating genomes with massive-scale RNA sequencing France Denoeud,Jean-Marc Aury,Corinne da Silva,Benjamin Noel,Odile Rogieret al. Genome Biology, 2008, 9 (12), ⟨10.1186/gb-2008-9-12-r175⟩ Article dans une revue hal-02664963v1

Communication dans un congrès (10)

The role of epigenetics in local adaptation in sessile oak trees: a population epigenetic association study Shannon Brandt,Alexandre Duplan,Isabelle Lesur Kupin,Odile Rogier,Mamadou Dia Sowet al. ESEB 2025 - The Evolutionary Biology Congress, Aug 2025, Barcelone, Spain Communication dans un congrès hal-05241621v1
The impact of chronic heat stress on DNA methylation and gene expression in laying hens Marie Courbariaux,Odile Rogier,Remi Seraphin,Sonia E Eynard,Sophie Lerouxet al. 76. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), EAAP, Aug 2025, Innsbrück, Austria. pp.623 Communication dans un congrès hal-05266650v1
Phenotypic and Genotypic Diversity of Brown Trout During the Last Glacial Maximum Ambra d'Aurelio,Lucía Agudo Pérez,Fanny Mendisco,Aurélie Manicki,Sarah Mamanet al. 11th International Symposium on Biomolecular Archaeology, International Society for Biomolecular Archealogy, Aug 2025, Florence (IT), Italy Communication dans un congrès hal-05212232v1
Une approche de biologie des systèmes pour mieux comprendre le déterminisme génétique de la production et de la qualité du bois du peuplier Harold Duruflé,Annabelle Déjardin,Véronique Jorge,Marie Pégard,Gilles Pilateet al. Journée Xylogénèse 2024, Groupe de Travail Xylogenèse du GDR Sciences du Bois, Jun 2024, Orléans, France Communication dans un congrès hal-04628657v1
Resilience of genetic diversity in forest trees over the Quaternary Pascal Milesi,Chedly Kastally,Benjamin Dauphin,Sandra Cervantes,Francesca Bagnoliet al. 26th IUFRO World Congress, IUFRO, Jun 2024, Stockholm, Sweden Communication dans un congrès hal-05118486v1
Integrative biology of secondary cell wall formation in poplar wood fibers and rays Clément Cuello,Françoise Laurans,Odile Rogier,Marie-Claude Lesage-Descauses,Nathalie Boizotet al. XV Cell Wall Meeting, Jul 2019, Cambridge, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02967651v1
Epigenetics in forest trees : role in plasticity, adaptation and potential implications for breeding in a context of climate change (EPITREE). Stéphane Maury,Régis Fichot,M.D. D Sow,Alain Delaunay,I Le Janet al. IUFRO Tree Biotechnology, Jun 2019, Raleigh NC, United States Communication dans un congrès hal-03523238v1
Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics Célia Michotey,Christel Anger,François Ehrenmann,Odile Rogier,Véronique Jorgeet al. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France Communication dans un congrès hal-02740283v1
Découverte de variants (SNPs) et génotypage à partir de données RNA-seq chez le peuplier noir Odile Rogier,Souhila Amanzougarene,Marie-Claude Lesage Descauses,Sandrine Balzergue,Veronique Brunaudet al. Colloque EPGV 2016 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Oct 2016, Angers, France Communication dans un congrès hal-01603542v1
Both ChIP-SEQ and in planta gene modification demonstrate the involvement of MYB090 and MYB156 in secondary cell wall formation in poplar Wassim Lakhal,Nathalie Boizot,Marie-Claude Lesage Descauses,Odile Rogier,Véronique Laine-Pradeet al. INUPRAG-Meeting 2015, Oct 2015, Nancy, France Communication dans un congrès hal-01604786v1

Poster de conférence (21)

The role of epigenetics in local adaptation in oak trees: a population epigenetic analysis Shannon Brandt,Ludovic Duvaux,Isabelle Lesur,Odile Rogier,Mamadou Sowet al. 5th Epicatch meeting, Jul 2024, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05228453v1
Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra) Mamadou Dia Sow,Odile Rogier,Isabelle Lesur,Christian Daviaud,Emile Mardocet al. Plant Epigenetics (EPIPLANT/SEB 2024), Jul 2024, Clermont-Ferrand, France. , Abstract book of EPIPLANT/SEB 2024, Session VI Chromatin in transcription, replication and repair (Poster #69), pp.131-132 Poster de conférence hal-05056784v1
What epigenetics can bring to (plant) physiologists and ecologists in a climate change context Alexandre Duplan,Régis Fichot,Mamadou Dia Sow,Alain Delaunay,Isabelle Le Janet al. Biotechnocentre, Oct 2023, Nouan-le-Fuzelier, France. Poster de conférence hal-04283904v1
Trees short-time and inter-annual epigenetic somatic memories in response to drought-rewatering cycles Alexandre Duplan,Régis Fichot,Mamadou Dia Sow,Alain Delaunay,Isabelle Lejanet al. 14th International Conference of the French Society of Plant Biology, Jul 2023, Marseille, France. Poster de conférence hal-04157492v1
Exploration du génome du peuplier noir : identification de variations structurales Romane Guilbaud,Véronique Jorge,Odile Rogier,Leopoldo Sanchez Rodriguez,Patricia Faivre-Rampantet al. 1. colloque INRAE Genomics, May 2022, Orléans, France. Poster de conférence hal-03937688v1
Short reads et trios, un duo gagnant pour l'identification de variations structurales chez le peuplier noir Romane Guilbaud,Odile Rogier,Véronique Jorge,Harold Duruflé,Leopoldo Sanchez Rodriguezet al. Mini congrès, Jun 2022, Evry, France Poster de conférence hal-03937654v1
Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree species Romane Guilbaud,Chiara Biselli,Joukje Buiteveld,Luigi Cattivelli,Paul Copiniet al. GenTree, Jan 2020, Avignon, France. Poster de conférence hal-02928391v1
Fiber-and ray-specific transcriptomics in poplar wood: what can we learn for the building of secondary cell walls? Annabelle Déjardin,Clément Cuello,Françoise Laurans,Marie-Claude Lesage-Descauses,Odile Rogieret al. 12èmes journées du Réseau Français des Parois, May 2019, Roscoff, France. 2019 Poster de conférence hal-03289317v1
BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance. Aurelie Canaguier,Véronique Jorge,Vanina Guérin,Odile Rogier,Isabelle Le Claincheet al. 7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations Poster de conférence hal-02737648v1
BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genome Aurelie Canaguier,Véronique Jorge,Vanina Guérin,Odile Rogier,Vincent Seguraet al. PAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018 Poster de conférence hal-02736419v1
Prediction of black poplar biofuel production: disentangling omnigenics with transcriptomics Aurélien Chateigner,Odile Rogier,Véronique Jorge,Jean-Charles Leplé,Veronique Brunaudet al. Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution, Aug 2017, Zurich, Switzerland. , 45 p., 2017, Symposium: Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution Poster de conférence hal-01607166v1
SNP discovery and validation from RNA-seq data in black poplar Odile Rogier,Souhila Amanzougarene,Marie-Claude Lesage Descauses,Sandrine Balzergue,Véronique Brunaudet al. Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM), Jul 2017, Lille, France. 2017, JOBIM 2017 Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques. Actes Poster de conférence hal-02737565v1
Preliminary training of a genomic evaluation in a breeding pedigree of Populus nigra L. Marie Pégard,Véronique Jorge,Patricia P. Faivre-Rampant,Facundo Munoz,Odile Rogieret al. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, Abstract Book. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics Poster de conférence hal-02743230v1
Unraveling the function of MYB090 and MYB156 in secondary cell wall formation in poplar using both ChIP-SEQ and in planta gene modification approach Annabelle Dejardin,Wassim Lakhal,Nathalie Boizot,Marie-Claude Lesage Descauses,Odile Rogieret al. XIV Cell Wall Meeting, Jun 2016, Chania, Grèce. , 2016, XIV Cell Wall Meeting. Programme and Book of Abstracts Poster de conférence hal-02740921v1
Nucleotide diversity of Populus nigra transcriptomes Odile Rogier,Souhila Amanzougarene,Marie-Claude Lesage Descauses,Sandrine Balzergue,Veronique Brunaudet al. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstracts Poster de conférence hal-01456005v1
A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplar Vincent Segura,Marie-Claude Lesage Descauses,Jean-Paul Charpentier,Kévin Kinkel,Claire Mandinet al. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract Poster de conférence hal-01456004v1
Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics Célia Michotey,Christel Anger,François Ehrenmann,Odile Rogier,Véronique Jorgeet al. 35. New Phytologist Symposium, Jun 2015, Boston, United States. 2015 Poster de conférence hal-02795537v1
Integration of transcriptomic and proteomics approaches in characterizing short-term gravi-perception signaling networks in poplar wood. Nicolas N. Richet,Mélanie Mauriat,Marie-Claude Lesage Descauses,Odile Rogier,Françoise F. Lauranset al. 8. Plant Biomechanics International Conference PBM8, Nov 2015, Nagoya, Japan. Nagoya University, Proceedings of the Plant Biomechanics Conference, 253 p., 2015, 8th Plant Biomechanics International Conference Poster de conférence hal-02744040v1
Genome-wide characterisation of mechanical stress responsive miRNAs from xylem tissues of different poplar genotypes Delphine Gourcilleau,Nicolas N. Richet,Marie-Claude Lesage Descauses,Odile Rogier,Nadège Milletet al. 13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book Poster de conférence hal-02745515v1
Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplier Véronique Jorge,Jean-Charles Leplé,Vincent Segura,Marie-Claude Lesage Descauses,Redouane El Malkiet al. Séminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩ Poster de conférence hal-02807304v1
Identification of miRNAs and their target genes in developing xylem of tension wood by degradome analysis Nicolas N. Richet,Delphine Gourcilleau,Odile Rogier,Marie-Claude Lesage Descauses,Nadège Milletet al. 13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book Poster de conférence hal-02745523v1

Pré-publication, Document de travail (4)

Natural variation in chalcone isomerase defines a major locus controlling growth variation between Populus nigra populations Harold Duruflé,Annabelle Déjardin,Véronique Jorge,Marie Pégard,Gilles Pilateet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-04919866v1
Synchronous effective population size changes and genetic stability of forest trees through glacial cycles Pascal Milesi,Chedly Kastally,Benjamin Dauphin,Sandra Cervantes,Francesca Bagnoliet al. 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04210059v1
Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra) Mamadou Dia Sow,Odile Rogier,Isabelle Lesur,Christian Daviaud,Emile Mardocet al. 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04170410v1
The relationship between gene co-expression network connectivity and phenotypic prediction sheds light at the core of the omnigenic theory Aurélien Chateigner,Marie-Claude Lesage Descauses,Odile Rogier,Véronique Jorge,Jean-Charles Lepléet al. 2019 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-02788812v1