Olivier Collin

Identifiants chercheurs

IdHAL :

olivier-collin

ORCID :

0000-0002-8959-8402

IdRef :

147370140

VIAF :

201242934

Présentation

Publications

Article dans une revue (23)

Stretch-induced hypoalgesia: a pilot study Marie-Claude Larouche,Samuel Camiré Bernier,Rosalie Racine,Olivier Collin,Mikaël Desmonset al. Scandinavian Journal of Pain, 2020, 20 (4), pp.837-845. ⟨10.1515/sjpain-2020-0018⟩ Article dans une revue hal-05149910v1
The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences Jon Ison,Hans Ienasescu,Piotr Chmura,Emil Rydza,Hervé Ménageret al. Genome Biology, 2019, 20 (164), pp.1-4. ⟨10.1186/s13059-019-1772-6⟩ Article dans une revue hal-02408472v1
The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community Thomas Darde,Estelle Lecluze,Aurélie Lardenois,Isabelle Stévant,Nathan Alaryet al. Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3133-3139. ⟨10.1093/bioinformatics/btz047⟩ Article dans une revue hal-02015545v1
TOXsIgN: a cross-species repository for toxicogenomic signatures Thomas A. Darde,Pierre Gaudriault,Rémi Béranger,Clement Lancien,Annaelle Caillarec-Jolyet al. Bioinformatics, 2018, 34 (12), pp.2116-2122. ⟨10.1093/bioinformatics/bty040⟩ Article dans une revue hal-01863047v1
Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species Thomas C. Mathers,Yazhou Chen,Gemy Kaithakottil,Fabrice Legeai,Sam T. Mugfordet al. Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.27. ⟨10.1186/s13059-016-1145-3⟩ Article dans une revue hal-01500475v1
Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities Sarah Cohen-Boulakia,Khalid Belhajjame,Olivier Collin,Jérôme Chopard,Christine Froidevauxet al. Future Generation Computer Systems, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩ Article dans une revue hal-01516082v1
Erratum to: Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species Thomas C. Mathers,Yazhou Chen,Gemy Kaithakottil,Fabrice Legeai,Sam T. Mugfordet al. Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.63. ⟨10.1186/s13059-017-1202-6⟩ Article dans une revue hal-01588181v1
PepPSy: a web server to prioritize gene products in experimental and biocuration workflows Olivier Sallou,Paula D. Duek,Thomas A. Darde,Olivier Collin,Lydie Laneet al. Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, 2016, pp.baw070. ⟨10.1093/database/baw070⟩ Article dans une revue hal-01342472v1
Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads Yvan Le Bras,Olivier Collin,Cyril Monjeaud,Vincent Lacroix,Eric Rivalset al. GigaScience, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩ Article dans une revue hal-01280238v1
BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ Anthony Bretaudeau,Cyril Monjeaud,Yvan Le Bras,Fabrice Legeai,Olivier Collin GigaScience, 2015, 4, pp.22. ⟨10.1186/s13742-015-0063-8⟩ Article dans une revue hal-01240449v1
The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community. Thomas A Darde,Olivier Sallou,Emmanuelle Becker,Bertrand Evrard,Cyril Monjoeaudet al. Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.8. ⟨10.1093/nar/gkv345⟩ Article dans une revue hal-01146120v1
The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories Damian Smedley,Syed Haider,Steffen Durinck,Luca Pandini,Paolo Proveroet al. Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩ Article dans une revue hal-01146849v1
BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry François Moreews,Olivier Sallou,Hervé Ménager,Yvan Le Bras,Cyril Monjeaudet al. F1000Research, 2015, ⟨10.12688/f1000research.7536.1⟩ Article dans une revue hal-01243520v1
High-resolution profiling of novel transcribed regions during rat spermatogenesis Frédéric Chalmel,Aurélie Lardenois,Bertrand Evrard,Antoine D. Rolland,Olivier Sallouet al. Biology of Reproduction, 2014, 91 (1), pp.5. ⟨10.1095/biolreprod.114.118166⟩ Article dans une revue hal-01063924v1
LIME, a new molecule associated with cytoskeleton is involved in stimulatory properties of dendritic cells Laëtitia Le Texier,Justine Durand,Amélie Lavault,Philippe Hulin,Olivier Collinet al. PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.10. ⟨10.1371/journal.pone.0093894⟩ Article dans une revue hal-01183591v1
PHYMYCO-DB: A Curated Database for Analyses of Fungal Diversity and Evolution Stéphane Mahé,Marie Duhamel,Thomas Le Calvez,Laëtitia Guillot,Ludmila Sarbuet al. PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.e43117. ⟨10.1371/journal.pone.0043117⟩ Article dans une revue hal-00756250v1
Fitness of macrolide resistant Campylobacter coli and Campylobacter jejuni. Salman Zeitouni,Olivier Collin,Mathieu Andraud,Gwennola Ermel,Isabelle Kempf Microbial Drug Resistance, 2012, 18 (2), pp.101-108. ⟨10.1089/mdr.2011.0188⟩ Article dans une revue hal-00796472v1
GPSy: a cross-species gene prioritization system for conserved biological processes--application in male gamete development. Ramona Britto,Olivier Sallou,Olivier Collin,Grégoire Michaux,Michael Primiget al. Nucleic Acids Research, 2012, 40 (W1), pp.W458-W465. ⟨10.1093/nar/gks380⟩ Article dans une revue inserm-00696905v1
Un déluge de données Christophe Blanchet,Olivier Collin Biofutur, 2011 Article dans une revue hal-00639962v1
GermOnline 4.0 is a genomics gateway for germline development, meiosis and the mitotic cell cycle Aurélie Lardenois,Alexandre Gattiker,Olivier Collin,Frédéric Chalmel,Michael Primig Database -Weston-, 2010, pp.baq030. ⟨10.1093/database/baq030⟩ Article dans une revue hal-00639961v1
MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System. Alexandre Gattiker,Leandro Hermida,Robin Liechti,Ioannis Xenarios,Olivier Collinet al. BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.151. ⟨10.1186/1471-2105-10-151⟩ Article dans une revue inserm-00516451v1
BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing Olivier Filangi,Yoann Beausse,Anthony Assi,Ludovic Legrand,Jean-Marc Larréet al. Bioinformatics, 2008, 24 (16), pp.1823-1825. ⟨10.1093/bioinformatics/btn325⟩ Article dans une revue inria-00327502v1
An expressed sequence tag analysis of thallus and regenerating protoplasts of Chondrus crispus (Gigartinales, Rhodophyceae) Jonas Collén,Vincent Roeder,Sylvie Rousvoal,Olivier Collin,Bernard Kloareget al. Journal of Phycology, 2006 Article dans une revue inria-00327543v1

Communication dans un congrès (14)

IFB-Biosphère, Services Cloud pour l'Analyse des Données des Sciences de la Vie Christophe Blanchet,Olivier Collin,Matéo Boudet,Stéphane Delmotte,Hervé Gilquinet al. JRES (Journées réseaux de l'enseignement et de la recherche ) 2019, Renater, Dec 2019, Dijon, France Communication dans un congrès hal-04807060v1
An application suite based on the IFB Container as a Service platform François Moreews,Olivier Sallou,Olivier Collin ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands Communication dans un congrès hal-01394295v1
A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed François Moreews,Olivier Sallou,Yvan Le Bras,Grosjean Marie,Cyril Monjeaudet al. Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom Communication dans un congrès hal-01160514v1
Automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ. Anthony Bretaudeau,Yvan Le Bras,Cyril Monjeaud,Olivier Collin Galaxy Day 2014, Institut Français de Bioinformatique, Dec 2014, Paris, France Communication dans un congrès hal-01102421v1
Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment François Moreews,Yvan Le Bras,Olivier Dameron,Cyril Monjeaud,Olivier Collin Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States Communication dans un congrès hal-01093058v1
Towards a Life Sciences Virtual Research Environment Yvan Le Bras,Aurélien Roult,Cyril Monjoeaud,Bahin Mathieu,Olivier Quenezet al. JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-01102438v1
Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis Anthony Bretaudeau,Olivier Sallou,Olivier Collin journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France Communication dans un congrès hal-00766066v1
RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique Christophe Blanchet,Clément Gauthey,Christophe C. Caron,Olivier Collin,Stephane Delmotteet al. JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France Communication dans un congrès hal-00640007v1
Présentation des Centres Bioinformatiques Régionaux : RENABI-GO Tiphaine Martin,Christophe C. Caron,Olivier Collin Journées GRISBI 2011 : scientifiques et technologique, Christophe Blanchet and Christophe Caron and Olivier Collin and Stéphane Delmotte and Clément Gauthey and Tiphaine Martin and Franck Samson and Bruno Spataro, May 2011, Lyon, France Communication dans un congrès inria-00614475v1
SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation Jonathan Piat,François Moreews,Olivier Collin,Dominique Lavenier,Alexandre Cornu SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States Communication dans un congrès inria-00638694v1
BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques Philippe Picouet,Z. Doughi,Loraine Brillet,Erwan Corre,Christophe Caronet al. JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France Communication dans un congrès inria-00540815v1
ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique Christophe Blanchet,Clément Gauthey,Olivier Collin,Tiphaine Martin,Nouredine Melabet al. JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France Communication dans un congrès inria-00540940v1
From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies. Fabrice Legeai,Jean-Pierre Gauthier,François Cousserans,Emmanuelle d'Alençon,Olivier Collinet al. 1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France Communication dans un congrès inria-00435823v1
BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network Marc Wessner,Martin Senger,Franck Samson,Philippe Picouet,François Moreewset al. Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France Communication dans un congrès inria-00327528v1

Poster de conférence (8)

P06-18 Enhancing prediction and priorisation of adverse effects: TOXsIgN as a comprehensive resource for toxicogenomics T. Darde,I. Kugathas,Matéo Boudet,Anthony Bretaudeau,R. Le Guévelet al. EUROTOX 2024 - 58th Congress of the European Societies of Toxicology, Sep 2024, Copenhagen, Denmark. pp.S159, 2024, ⟨10.1016/j.toxlet.2024.07.402⟩ Poster de conférence hal-04690377v1
Orchestrating data flows throughout their whole life cycle Konogan Bourhy,Laurent Bouri,Christophe Bruley,Olivier Collin,Frédéric De Lamotteet al. JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. , 2024 Poster de conférence hal-04618277v1
The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community Thomas Alain Darde,Estelle Lecluze,Nathan Alary,Lardenois Aurélie,Olivier Collinet al. European Congress of Andrology, Oct 2018, Budapest, Hungary Poster de conférence hal-02445089v1
TOXsIgN – un espace de dépôt publique dédié aux signatures toxicologiques Thomas Alain Darde,Pierre Gaudriault,Rémi Béranger,Lancien Clément,Annaelle Caillarec-Jolyet al. 10 ans PNREST, ANSES, Nov 2016, Paris, France Poster de conférence hal-02445079v1
ChemPSy : Identification, classification et priorisation de nouveaux perturbateurs endocriniens par intégration massive de données de toxicogénomiques Thomas Alain Darde,Estelle Lecluze,Becker Emmanuelle,Victoria Potdevin,Olivier Collinet al. 10 ans PNREST, ANSES, Nov 2016, Paris, France. Poster de conférence hal-02445078v1
The ReproGenomics Viewer: An integrative cross-species toolbox for the reproductive science community Thomas Alain Darde,Olivier Sallou,Becker Emmanuelle,Bertrand Evrard,Cyril Monjeaudet al. ReproScience, Apr 2015, Rennes, France Poster de conférence hal-02445070v1
e-Science in France, a Life science Western story Yvan Le Bras,Aurélien Roult,Cyril Monjoeaud,Bahin Mathieu,Olivier Quenezet al. Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States Poster de conférence hal-01102432v1
Dr Motifs: a web resource for pattern matching and discovery Anthony Bretaudeau,Olivier Collin JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France Poster de conférence hal-01102439v1

Pré-publication, Document de travail (1)

A clonally reproducing generalist aphid pest colonises diverse host plants by rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters Thomas Mathers,Yazhou Chen,Gemy Kaithakottil,Fabrice Legeai,Sam Mugfordet al. 2020 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-02936181v1