Olivier CUVIER Group Leader (2008 - now)DR (Research Director- Inserm)

Identifiants chercheurs

IdHAL :

olivier-cuvier

ORCID :

0000-0003-0644-2734

Présentation

Nous étudions comment la dynamique de la chromatine régit le destin et la prolifération des cellules souches par le biais de :

a) le contrôle de l’accessibilité des caractéristiques génomiques clés telles que les promoteurs de gènes, les corps de gènes ou les enhancers, notamment par le positionnement des nucléosomes.

b) le repliement en 3D de la chromatine qui joue un rôle clé dans la régulation de la transcription, de la réplication et de la réparation de l’ADN, ce qui implique un regroupement en 3D ou des hubs et des boucles d’ADN entre des éléments fonctionnels distincts.

c) la régulation des ARN non codants (ARNnc) par des cofacteurs spécifiques tels que les ARN hélicases.

d) la démarcation épigénétique par les barrières chromatiniennes et les modifications histoniques couplées à la transcription – les histones méthyltransférases de H3K36 (dNSD/Mes-4, dSet2/Hypb, etc.), qui participent à la régulation des oncogènes en fonction du positionnement des nucléosomes et des plaques tournantes de la chromatine.

À cette fin, nous utilisons la biochimie, la génétique moléculaire, la biologie cellulaire combinée à la biologie computationnelle des données de séquençage à haut débit pour aborder les aspects clés de l’organisation de la chromatine.

Publications

Pré-publication, Document de travail (5)

Nuclear exosome targeting complexes modulate cohesin binding and enhancer-promoter interactions in 3D Charbel Akkawi,Alexandre Heurteau,Xavier Contreras,Marion Helsmoortel,Stéphane Schaaket al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05387842v1
Single-Molecule DNA Footprinting and Transcription Imaging Reveal the Molecular Mechanisms of Promoter Dynamics Vera Slaninova,Flavia Mazzarda,Lasha Dalakishvili,David Depierre,Christina Moeneet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05388172v1
Crosstalk between chromatin and the transcription factor Shavenbaby defines transcriptional output along the Drosophila intestinal stem cell lineage Alexandra Mancheno-Ferris,Clément Immarigeon,Alexia Rivero,David Depierre,Nicolas Chanardet al. 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04289018v1
The histone variant macroH2A1.1 regulates gene expression by direct association with their transcription start site Ludmila Recoules,Alexandre Heurteau,Flavien Raynal,Fatima Moutahir,Fabienne Bejjaniet al. 2020 Pré-publication, Document de travail hal-03037462v1
Chromatin-associated MRN complex protects highly transcribing genes from genomic instability Kader Salifou,Callum Burnard,Poornima Basavarajaiah,Marion Helsmoortel,Victor Macet al. 2020 Pré-publication, Document de travail hal-03086065v1

Article dans une revue (27)

Crosstalk between chromatin and Shavenbaby defines transcriptional output along the Drosophila intestinal stem cell lineage Alexandra Mancheno-Ferris,Clément Immarigeon,Alexia Rivero,David Depierre,Naomi Schickeleet al. iScience, 2024, 27 (1), pp.108624. ⟨10.1016/j.isci.2023.108624⟩ Article dans une revue hal-04830148v1
Crosstalk between chromatin and Shavenbaby defines transcriptional output along the Drosophila intestinal stem cell lineage Alexandra Mancheno-Ferris,Clément Immarigeon,Alexia Rivero,David Depierre,Naomi Schickeleet al. iScience, 2024, 27 (1), pp.108624. ⟨10.1016/j.isci.2023.108624⟩ Article dans une revue hal-04704313v1
Uncovering the functions and mechanisms of regulatory elements-associated non-coding RNAs Olivier Fosseprez,Olivier Cuvier Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2024, 1867 (4), pp.195059. ⟨10.1016/j.bbagrm.2024.195059⟩ Article dans une revue hal-04830149v1
PAPγ associates with PAXT nuclear exosome to control the abundance of PROMPT ncRNAs Xavier Contreras,David Depierre,Charbel Akkawi,Marina Srbic,Marion Helsmoortelet al. Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.6745. ⟨10.1038/s41467-023-42620-9⟩ Article dans une revue hal-04288401v1
POLE3 is a repressor of unintegrated HIV-1 DNA required for efficient virus integration and escape from innate immune sensing Suzie Thenin-Houssier,Shinichi Machida,Cyprien Jahan,Lucie Bonnet-Madin,Scarlette Abbouet al. Science Advances , 2023, 9 (44), pp.3642. ⟨10.1126/sciadv.adh3642⟩ Article dans une revue hal-04284687v1
Chromatin in 3D distinguishes dMes-4/NSD and Hypb/dSet2 in protecting genes from H3K27me3 silencing David Depierre,Charlène Perrois,Naomi Schickele,Priscillia Lhoumaud,Mahdia Abdi-Galabet al. Life Science Alliance, 2023, 6 (11), pp.e202302038. ⟨10.26508/lsa.202302038⟩ Article dans une revue hal-04830141v1
Condensin positioning at telomeres by shelterin proteins drives sister-telomere disjunction in anaphase Léonard Colin,Céline Reyes,Julien Berthezene,Laetitia Maestroni,Laurent Modoloet al. eLife, 2023, 21 (12), pp.RP89812. ⟨10.7554/eLife.89812.1⟩ Article dans une revue hal-04282018v1
The histone variant macroH2A1.1 regulates RNA polymerase II-paused genes within defined chromatin interaction landscapes Ludmila Recoules,Alexandre Heurteau,Flavien Raynal,Nezih Karasu,Fatima Moutahiret al. Journal of Cell Science, 2022, 135 (7), pp.jcs259456. ⟨10.1242/jcs.259456⟩ Article dans une revue hal-03798057v1
Chromatin-associated MRN complex protects highly transcribing genes from genomic instability Kader Salifou,Callum Burnard,Poornima Basavarajaiah,Giuseppa Grasso,Marion Helsmoortelet al. Science Advances , 2021, 7 (21), pp.eabb2947. ⟨10.1126/sciadv.abb2947⟩ Article dans une revue hal-03875724v1
Insulator-based loops mediate the spreading of H3K27me3 over distant micro-domains repressing euchromatin genes Alexandre Heurteau,Charlène Perrois,David Depierre,Olivier Fosseprez,Jonathan Humbertet al. Genome Biology, 2020, 21 (1), pp.193. ⟨10.1186/s13059-020-02106-z⟩ Article dans une revue hal-04830136v1
Exploring histone loading on HIV DNA reveals a dynamic nucleosome positioning between unintegrated and integrated viral genome Shinichi Machida,David Depierre,Heng-Chang Chen,Suzie Thenin-Houssier,Gaël Petitjeanet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (12), pp.6822-6830. ⟨10.1073/pnas.1913754117⟩ Article dans une revue hal-04829498v1
Condensin controls cellular RNA levels through the accurate segregation of chromosomes instead of directly regulating transcription Léonard Colin,Celine Reyes,Julien Berthezene,Laetitia Maestroni,Laurent Modoloet al. eLife, 2018, 7, ⟨10.7554/eLife.38517⟩ Article dans une revue hal-02347214v1
TAD-free analysis of architectural proteins and insulators Raphaël Mourad,Olivier Cuvier Nucleic Acids Research, 2018, 46 (5), pp.e27. ⟨10.1093/nar/gkx1246⟩ Article dans une revue hal-04829243v1
Dense neural networks for predicting chromatin conformation Pau Farré,Alexandre Heurteau,Olivier Cuvier,Eldon Emberly BMC Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.372. ⟨10.1186/s12859-018-2286-z⟩ Article dans une revue hal-04829370v1
Predicting double-strand DNA breaks using epigenome marks or DNA at kilobase resolution Raphaël Mourad,Krzysztof Ginalski,Gaëlle Legube,Olivier Cuvier Genome Biology, 2018, 19 (1), ⟨10.1186/s13059-018-1411-7⟩ Article dans une revue hal-02352388v1
Chromatin insulator factors involved in long-range DNA interactions and their role in the folding of the Drosophila genome Jutta Vogelmann,Antoine Le Gall,Stephanie Déjardin,Frédéric Allemand,Adrien Gamotet al. PLoS Genetics, 2014, 10 (8), ⟨10.1371/journal.pgen.1004544⟩ Article dans une revue hal-02640560v1
Integrator complex regulates NELF-mediated RNA polymerase II pause/release and processivity at coding genes Bernd Stadelmayer,Gaël Micas,Adrien Gamot,Pascal G.P. Martin,Nathalie Maliratet al. Nature Communications, 2014, 5, pp.5531. ⟨10.1038/ncomms6531⟩ Article dans une revue hal-02641024v1
Chromatin immunoprecipitation indirect peaks highlight long-range interactions of insulator proteins and pol II pausing Jun Liang,Laurent Lacroix,Adrien Gamot,Suresh Cuddapah,Sophie Queilleet al. Molecular Cell, 2014, 53 (4), pp.672-681. ⟨10.1016/j.molcel.2013.12.029⟩ Article dans une revue hal-02640063v1
Insulators recruit histone methyltransferase dMes4 to regulate chromatin of flanking genes Priscillia Lhoumaud,Magali Hennion,Adrien Gamot,Suresh Cuddapah,Sophie Queilleet al. EMBO Journal, 2014, 33 (4), pp.1599 - 1613. ⟨10.15252/embj.201385965⟩ Article dans une revue hal-02641018v1
Roles of chromatin insulator proteins in higher-order chromatin organization and transcription regulation. Jutta Vogelmann,Alessandro Valeri,Emmanuelle Guillou,Olivier Cuvier,Marcello Nollmann Nucleus, 2011, 2 (5), pp.358-69. ⟨10.4161/nucl.2.5.17860⟩ Article dans une revue hal-00667378v1
Genome-wide mapping of boundary element-associated factor (BEAF) binding sites in Drosophila melanogaster links BEAF to transcription. Nan Jiang,Eldon Emberly,Olivier Cuvier,Craig M Hart Molecular and Cellular Biology, 2009, 29 (13), pp.3556-68. ⟨10.1128/MCB.01748-08⟩ Article dans une revue hal-00611765v1
A Topoisomerase II-dependent mechanism for resetting replicons at the S-M phase transition O. Cuvier,S. Stanojcic,Jm Lemaitre,M. Mechali Genes and Development, 2008, 22 (7), pp.860-865. ⟨10.1101/gad.445108⟩ Article dans une revue hal-00275165v1
BEAF Regulates Cell-Cycle Genes through the Controlled Deposition of H3K9 Methylation Marks into its Conserved Dual-Core Binding Sites E. Emberly,R. Blattes,B. Schuttengruber,M. Hennion,N. Jianget al. PLoS Biology, 2008, 6 (12), pp.2896-2910. ⟨10.1371/journal.pbio.0060327⟩ Article dans une revue hal-00357134v1
Intrinsic ubiquitylation activity of PCAF controls the stability of the oncoprotein Hdm2 Laetitia K. Linares,Rosemary E. Kiernan,Robinson Triboulet,Christine Chable-Bessia,Daniel Latreilleet al. Nature Cell Biology, 2007, 9 (3), pp.331-8. ⟨10.1038/ncb1545⟩ Article dans une revue istex hal-00121691v1
ORC is necessary at the interphase-to-mitosis transition to recruit cdc2 kinase and disassemble RPA foci Olivier Cuvier,Malik Lutzmann,Marcel Méchali Current Biology, 2006, 16 (5), pp.516-523. ⟨10.1016/j.cub.2006.01.059⟩ Article dans une revue hal-00069830v1
Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1 Jérôme Déjardin,Aurélien Rappailles,Olivier Cuvier,Charlotte Grimaud,Martine Decovilleet al. Nature, 2005, 434 (7032), pp.533-538. ⟨10.1038/nature03386⟩ Article dans une revue istex hal-04853924v1
Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1 Jérôme Déjardin,Aurélien Rappailles,Olivier Cuvier,Charlotte Grimaud,Martine Decovilleet al. Nature, 2005, 434 (7032), pp.533-538. ⟨10.1038/nature03386⟩ Article dans une revue istex hal-00088540v1