Paola Fournier Chercheuse postdoctorante à l'INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux (UMR SAVE).

Identifiants chercheurs

IdHAL :

paola-fournier

ORCID :

0000-0002-5743-6599

IdRef :

283693835

Présentation

Mes recherches visent à identifier des bioindicateurs microbiens de la santé des vignes. Dans le cadre de mon post-doc, financé par PLEIADE et la Fondation Bordeaux Université, je m’appuie sur des données de microbiote de la vigne collectées dans plusieurs projets menés par l’UMR SAVE, afin de concevoir des outils de diagnostic permettant de caractériser l’état de santé d’une plante en fonction de son microbiome. Ces jeux de données ont pour point commun de décrire le microbiome de vignes malades et saines, sensibles ou moins sensibles à des maladies, ou bien plus ou moins productives. J’applique des méthodes d’analyse traditionnelles qui traitent chaque taxon microbien séparément (comme les analyses d’abondance différentielle), ainsi que des techniques d’apprentissage automatique supervisé, telles que les forêts aléatoires (Random Forest) et des approches de réduction de dimension, comme la factorisation positive de matrice (NMF, pour non-negative factorisation), pour identifier des groupes de taxons liés à des variables d’intérêt.

Expériences professionnelles

2025 – 2026 : Post-doctorante, UMR SAVE, INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux

2021 - 2024 : Doctorante, UMR BIOGECO / UMR SAVE, INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux

2021 : Stage de recherche de Master 2 (22 semaines), ECOBIO UMR6553 UR1-CNRS, Université de Rennes

2020 : Stage de recherche de Master 1 (8 semaines), ECOBIO UMR6553 UR1-CNRS, Université de Rennes

2017 : Technicienne de laboratoire (16 semaines), Unité mixte HCL bioMérieux, Centre hospitalier universitaire Lyon Sud

2017 : Stage de recherche de DUT 2 (11 semaines), Unité mixte HCL bioMérieux, Centre hospitalier universitaire Lyon Sud

2016 : Stage de recherche de DUT 1 (4 semaines), UMR 1213, Inserm - UCBL

Formations

2021 - 2024 : Thèse de doctorat, Université de Bordeaux Ecole doctorale n°304 – Sciences et Environnement Spécialité de thèse : Écologie évolutive, fonctionnelle et des communautés

2019 - 2021 : Master Biodiversité Ecologie Evolution, Université de Rennes Parcours modélisation en écologie

2018 – 2019 : Licence 3 Sciences de la vie, Université de Rennes Parcours biologie des organismes, écologie, éthologie, évolution

2015 – 2017 : DUT Génie biologique, Université Claude Bernard Lyon 1 Spécialité agronomie

Publications

Article dans une revue (6)

Developing a culturomic approach to build a collection of grapevine foliar microorganisms with potential applications in disease biocontrol Aarti D Jaswa,Jessica Vallance,Paola Fournier,Valerie Martin,Isabelle Masneuf-Pomarèdeet al. OENO One, 2026, 60 (1), ⟨10.20870/oeno-one.2026.60.1.9588⟩ Article dans une revue hal-05593559v1
A new scenario of pathogen-microbiota interactions involving the oomycete Plasmopara viticola Paola Fournier,Lucile Pellan,Julie Aubert,Patrice This,Corinne Vacher FEMS Microbiology Ecology, 2025, 101 (12), pp.fiaf111. ⟨10.1093/femsec/fiaf111⟩ Article dans une revue hal-05369425v1
Revealing microbial consortia that interfere with grapevine downy mildew through microbiome epidemiology Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Marine C. Cambon,Alexandre Chataigneret al. Environmental Microbiome, 2025, 20, pp.37. ⟨10.1186/s40793-025-00691-9⟩ Article dans une revue hal-05025610v1
Neighbourhood effect of weeds on wheat root endospheric mycobiota Jie Hu,Claire Ricono,Paola Fournier,Samuel Mondy,Philippe Vandenkoornhuyseet al. Journal of Ecology, 2023, 111 (5), pp.994-1008. ⟨10.1111/1365-2745.14073⟩ Article dans une revue hal-03850506v1
The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime Paola Fournier,Lucile Pellan,Didac Barroso-Bergadà,David Bohan,Thierry Candresseet al. Advances in Ecological Research, 2022, Advances in Ecological Research, 67, pp.27-99. ⟨10.1016/bs.aecr.2022.09.001⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-03858395v1
LTR-retrotransposon transcriptome modulation in response to endotoxin-induced stress in PBMCs Marine Mommert,Olivier Tabone,Guy Oriol,Elisabeth Cerrato,Audrey Guichardet al. BMC Genomics, 2018, 19 (1), ⟨10.1186/s12864-018-4901-9⟩ Article dans une revue hal-03117667v1

Communication dans un congrès (29)

Development of a microfluidic quantitative PCR chip to monitor the dynamics of a synthetic microbial community on grapevine with potential biocontrol effects against downy mildew Manon Chargy,Marie-Cecile Dufour,Aarti Jaswa,Valerie Martin,Sarah Audureauet al. Apéro VITAE - webinaire interne, VITAE (Léa Cabrol-Froget), Feb 2025, Villenave-d'Ornon, France Communication dans un congrès hal-05108055v1
Mining microbiota data to identify antagonists of grapevine downy mildew. Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Marine C. Cambon,Alexandre Chataigneret al. E3GP3 2025 - Webinaire “Microbiome & Santé des Plantes”, Jun 2025, Online, France Communication dans un congrès hal-05290797v1
Vers une viticulture sans pesticides : analyse du microbiote des vignes et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiou Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Marine Cambon,Alexandre Chataigneret al. 23ème Matinée des Œnologues de Bordeaux : "Grains de Génie – s’adapter, se réinventer, se diversifier", Mar 2026, Bordeaux, France. pp.37 Communication dans un congrès hal-05564808v1
Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola) Paola Fournier,Lucile Pellan,Emilie Chancerel,Erwan Guichoux,François Delmotteet al. colloque INRAE Genomics 2025, Nov 2025, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-05303366v1
Révéler les consortiums microbiens qui interfèrent avec le mildiou de la vigne grâce à l'épidémiologie du microbiome. Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Marine C. Cambon,Alexandre Chataigneret al. 17e rencontres Plantes-Bactéries 2025, Jan 2025, Aussois, France Communication dans un congrès hal-05290878v1
Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield Corinne Vacher,Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Valerie Martinet al. 20e Congrès national de la SFM : Microbes dans un monde de transition (MICROBES 2025), Société Française de Microbiologie (SFM), Sep 2025, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-05300289v1
Un nouveau scénario d'interactions pathogène-microbiote pour l'oomycète Plasmopara viticola Paola Fournier,Lucile Pellan,Julie Aubert,Patrice This,Corinne Vacher 15ème Journée des Doctorants de l'Ecole Doctorale Sciences et Environnements, Feb 2025, Talence, France Communication dans un congrès hal-05290845v1
Exploration des données du microbiote pour identifier les antagonistes du mildiou de la vigne Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Marine Cambon,Alexandre Chataigneret al. Journée Scientifique Vigne & Vin 2025 – Les communautés microbiennes en œnologie, May 2025, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-05290835v1
Apport des recherches sur le microbiote aux futures stratégies de biocontrôle - Résultats du projet VITAE Corinne Vacher,Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Valérie Martinet al. 8ème Séminaire Vin et Environnement: "Le biocontrôle est-il opérant ?", Chaire ASVV & INNO’VIN, Apr 2025, Villenave d'Ornon, France Communication dans un congrès hal-05069786v2
Towards pesticide-free viticulture: analysing the microbiota of grapevines and vineyard soils to develop microbial biocontrol of downy mildew Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Marine Cambon,Alexandre Chataigneret al. IW 2025 - International scientific workshop French Priority Research Programme 'Growing and Protecting crops Differently', Sep 2025, Online, France Communication dans un congrès hal-05290767v1
Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Valérie Martin,Marine C Cambonet al. 23. GiESCO 2025 - 23. Group of International Experts of vitivinicultural Systems for CoOperation, Jul 2025, Geisenheim, Germany Communication dans un congrès hal-05303323v1
Vers une viticulture sans pesticide: analyse du microbiote de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiou Paola Fournier Soutenance de thèse présentée pour obtenir le grade de docteure de l’Université de Bordeaux, Dec 2024, Villenave d'Ornon, France Communication dans un congrès hal-05303222v1
Gérer le microbiote de la vigne pour réduire l’utilisation des pesticides - Synthèse des résultats du WP1 du projet VITAE et perspectives Corinne Vacher,Simon Labarthe,Thierry Candresse,Manon Chargy,Marie-Cécile Dufouret al. Assemblée générale du projet VITAE, PPR "Cultiver et Protéger Autrement", Mar 2024, Cognac, France Communication dans un congrès hal-05298248v1
Exploitation des données du microbiote pour identifier les antagonistes du mildiou de la vigne (Plasmopara viticola) Paola Fournier,Aarti Jaswa,Lucile Pellan,Jessica Vallance,Emilie Chancerelet al. Rencontre à destination des équipes techniques des crus du Médoc et de Sauterne, Inno'vin; Conseil des Grands Crus Classés en 1855, Mar 2024, Saint-Julien-Beychevelle, France Communication dans un congrès hal-05296406v1
Arbuscular mycorrhizal fungi as biomarkers of vineyard yield in Champagne Lucile Pellan,Paola Fournier,Marc Brevot,Emilie Chancerel,Erwan Guichouxet al. Centenary of the OIV - 45th world congress of vine and wine, OIV, Oct 2024, Dijon, France Communication dans un congrès hal-05297879v1
A new scenario of pathogen-microbiota interactions for the oomycete Plasmopara viticola Paola Fournier,Lucile Pellan,Julie Aubert,Patrice This,Corinne Vacher E3GP3 2024 - Réunion plénière du réseau "Ecologie, Evolution, Epidémiologie et Génétique des Populations des microorganismes Pathogènes de Plantes", Nov 2024, Paris, France Communication dans un congrès hal-05304084v1
Vers une viticulture sans pesticides : analyse du microbiome des vignes et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiou Paola Fournier Journée des doctorants de l'UMR SAVE (INRAE), Apr 2024, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-05296427v1
Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola) Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Jessica Vallance,Emilie Chancerelet al. Open GPB 2024 - Open Conference on Grapevine Physiology and Biotechnology, Jul 2024, Logrono La Riora, Spain Communication dans un congrès hal-05296422v1
Microbial bioindicators of vineyard resilience in Champagne Lucile Pellan,Paola Fournier,Laurence Mercier,Emilie Chancerel,Erwan Guichouxet al. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2024, Aussois, France Communication dans un congrès hal-05300156v1
Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola) Paola Fournier,Aarti Jaswa,Lucile Pellan,Jessica Vallance,Emilie Chancerelet al. Journées Jean-Chevaugeon (JJC) - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Jan 2024, Aussois, France Communication dans un congrès hal-05296438v1
Towards microbiota-based disease management of downy mildew Paola Fournier,Aarti Jaswa,Guilherme M Martins,Patrice This,Corinne Vacher Mid-term general meeting of the VITAE project, PPR ‘Growing and Protecting crops Differently’, Apr 2023, Dijon, France Communication dans un congrès hal-05298256v1
Vers une viticulture sans pesticides : analyse du microbiome des vignes et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiou Paola Fournier Journée des doctorants de l'UMR SAVE (INRAE), Mar 2023, Villenave d'Ornon, France Communication dans un congrès hal-05296484v1
Deciphering ecological interactions between grapevine leaf microbiome and pathogens Corinne Vacher,Paola Fournier,Didac Barroso-Bergadà,Charlie Pauvert,Lucile Pellan "Phytobiomes Research for Plant Health” workshop – ICPP 2023, Aug 2023, Lyon, France Communication dans un congrès hal-05071549v1
Recherche de bioindicateurs microbiens de la santé et de la résilience de l'écosystème viticole Lucile Pellan,Paola Fournier,Laurence Mercier,Emilie Chancerel,Erwan Guichouxet al. Le microbiote : Du sol et des plantes vers les intestins – Regards croisés entreprise/recherche, Vegepolys Valley, Carnot Plant2Pro®, Qualiment® et France Futur Elevage, Nov 2023, Paris, France Communication dans un congrès hal-05300264v1
Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection Paola Fournier,Aarti Jaswa,Lucile Pellan,Jessica Vallance,Emilie Chancerelet al. 22nd GiESCO (Group of international Experts for Cooperation on Vitivinicultural Systems) 2023, Jul 2023, Ithaca, New York, United States Communication dans un congrès hal-04180612v2
Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola) Paola Fournier,Lucile Pellan,Emilie Chancerel,Erwan Guichoux,François Delmotteet al. INRAE Genomics, Nov 2023, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-05296473v1
Recherche de bioindicateurs microbiens de la résilience de la vigne en Champagne Lucile Pellan,Laurence Mercier,François Delmotte,Corinne Vacher,Paola Fournieret al. La microbiologie du sol au service d’une agriculture durable : diagnostics et solutions innovantes, AdeBiotech, Think Tank One Health, Jun 2023, Romainville, France Communication dans un congrès hal-05297877v1
Vers une viticulture sans pesticides : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiou Paola Fournier Journée des doctorants de l'UMR SAVE (INRAE), Apr 2022, Pessac, France Communication dans un congrès hal-05296496v1
Vers une viticulture sans pesticide : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien de l’oïdium et du mildiou Paola Fournier Journée des doctorants de l'UMR SAVE (INRAE), Nov 2021, Pierroton-Cestas, France Communication dans un congrès hal-05296518v1

Poster de conférence (3)

Developing a culturomic approach to build a collection of grapevine foliar microorganisms with potential biocontrol activity against downy mildew Aarti Jaswa,Paola Fournier,Valérie Martin,Isabelle Masneuf-Pomarède,Guilherme Martinset al. 14. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Jan 2024, Aussois, France. Poster de conférence hal-04842411v1
Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection Paola Fournier,Aarti Jaswa,Lucile Pellan,Jessica Vallance,Emilie Chancerelet al. 22. GiESCO International Meeting, Jul 2023, Ithaca, United States. , 2023, IVES Conference Series Vine & Wine Poster de conférence hal-04180613v1
Plan d'expérience pour identifier des antagonistes microbiens de Plasmopara viticola, un agent pathogène foliaire majeur de la vigne cultivée (Vitis vinifera L.) Paola Fournier,Marc Raynal,Christian Debord,François Delmotte,Laurent Deliereet al. 13. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois, France Poster de conférence hal-03931589v1

Autre publication scientifique (2)

Revealing microbial consortia that interfere with grapevine downy mildew through microbiome epidemiology Paola Fournier,Lucile Pellan,Aarti Jaswa,Martine Cambon,Alexandre Chataigneret al. 2025 Autre publication scientifique hal-05084268v1
Des microorganismes déjà présents au vignoble pour lutter contre le mildiou Marion Bazireau,Paola Fournier 2025 Autre publication scientifique hal-05109462v1

Thèse (1)

Vers une viticulture sans pesticide : analyse du microbiome de la vigne et des sols viticoles pour développer le biocontrôle microbien du mildiou Paola Fournier Sciences et techniques de l'agriculture. Université de Bordeaux, 2024. Français. ⟨NNT : 2024BORD0306⟩ Thèse tel-04988536v1