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Pascal Frey

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Identifiants chercheurs

Présentation

Directeur de Recherches, HDR INRAE, Université de Lorraine UMR1136 "Interactions Arbres - Microorganismes" F-54280 Champenoux, FRANCE E-mail: pascal.frey at inrae.fr [https://mycor.nancy.inra.fr/IAM/?page\_id=731](https://mycor.nancy.inra.fr/IAM/?page_id=731) Directeur de l’[UMR1136 “Interactions Arbres-Microorganismes“](https://mycor.nancy.inra.fr/IAM/) Président de la [Société Française de Phytopathologie](https://www.sfp-asso.org/) (2008-2011, 2011-2014), membre depuis 1990. Coordinateur de la Division 7.02.05 “Rust of Forest Trees” de l’[IUFRO](https://www.iufro.org/) depuis 2014. Membre de l’[American Phytopathological Society](https://www.apsnet.org/) (APS) depuis 2005. Thématique de recherche : Biologie et génétique des populations d'agents pathogènes forestiers.

Publications

fabien-halkett

A mechanistic-statistical approach to infer dispersal and demography from invasion dynamics, applied to a plant pathogen

Méline Saubin , Jérôme Coville , Constance Xhaard , Pascal Frey , Samuel Soubeyrand
Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e9. ⟨10.24072/pcjournal.356⟩
Article dans une revue hal-04430456v1
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A point mutation and large deletion at the candidate avirulence locus AvrMlp7 in the poplar rust fungus correlate with poplar RMlp7 resistance breakdown

Clémentine Louet , Méline Saubin , Axelle Andrieux , Antoine Persoons , Mathilde Gorse
Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2472-2483. ⟨10.1111/mec.16294⟩
Article dans une revue hal-03510966v1
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Improving sustainable crop protection using population genetics concepts

Méline Saubin , Clémentine Louet , Lydia Bousset , Frédéric Fabre , Pascal Frey
Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2461-2471. ⟨10.1111/mec.16634⟩
Article dans une revue hal-03394837v2
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Genomic Signatures of a Major Adaptive Event in the Pathogenic Fungus Melampsora larici-populina

Antoine Persoons , Agathe Maupetit , Clémentine Louet , Axelle Andrieux , Anna Lipzen
Genome Biology and Evolution, 2022, 14 (1), 14 p. ⟨10.1093/gbe/evab279⟩
Article dans une revue hal-03606205v1
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Evolution of morphological but not aggressiveness‐related traits following a major resistance breakdown in the poplar rust fungus, Melampsora larici‐populina

Agathe Maupetit , Bénédicte Fabre , Jérémy Pétrowski , Axelle Andrieux , Stéphane de Mita
Evolutionary Applications, 2021, 14 (2), pp.513-523. ⟨10.1111/eva.13136⟩
Article dans une revue hal-03052529v1
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Émergence de maladies sur peupliers ou la course aux armements entre l’améliorateur et les maladies (Résumé)

Pascal Frey , Katherine J. Hayden , Fabien Halkett
Revue forestière française, 2018, 70 (6), pp.643-644. ⟨10.4267/2042/70315⟩
Article dans une revue hal-03447441v1
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Defense Compounds Rather Than Nutrient Availability Shape Aggressiveness Trait Variation Along a Leaf Maturity Gradient in a Biotrophic Plant Pathogen

Agathe Maupetit , Romain Larbat , Michaël Pernaci , Axelle Andrieux , Cécile Guinet
Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.1-13. ⟨10.3389/fpls.2018.01396⟩
Article dans une revue hal-01901489v1
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The escalatory Red Queen

Antoine Persoons , Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Pascal Frey , Stéphane de Mita
Molecular Ecology, 2017, 26 (7), pp.1902-1918. ⟨10.1111/mec.13980⟩
Article dans une revue hal-01564550v1
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Genetic signatures of a range expansion in natura: when clones play leapfrog

Ronan Becheler , Constance Xhaard , Etienne K. Klein , Katherine J. Hayden , Pascal Frey
Ecology and Evolution, 2016, 6 (18), pp.6625-6632. ⟨10.1002/ece3.2392⟩
Article dans une revue hal-01512000v1
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Genetic Diversity and Origins of the Homoploid-Type Hybrid Phytophthora ×alni

Jaime Aguayo , Fabien Halkett , Claude Husson , András Szigethy , József Bakonyi
Applied and Environmental Microbiology, 2016, 82 (24), pp.7142-7153. ⟨10.1128/AEM.02221-16⟩
Article dans une revue hal-01494736v1
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Genome-wide patterns of segregation and linkage disequilibrium: the construction of a linkage genetic map of the poplar rust fungus Melampsora larici-populina

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Axelle Andrieux , Jeremy Petrowski , Fabien Halkett
Frontiers in Plant Science, 2014, 5, ⟨10.3389/fpls.2014.00454⟩
Article dans une revue hal-01269013v1
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Patterns of genomic variation in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina identify pathogenesis-related factors

Antoine Persoons , Emmanuelle Morin , Christine Delaruelle , Thibaut Payen , Fabien Halkett
Frontiers in Plant Science, 2014, 5, ⟨10.3389/fpls.2014.00450⟩
Article dans une revue hal-01269012v1
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Strong Genetic Differentiation Between North American and European Populations of Phytophthora alni subsp. uniformis.

Jaime Aguayo-Silva , Gerard C. Adams , Fabien Halkett , Mursel Catal , Claude Husson
Phytopathology, 2013, 103 (2), pp.190-199. ⟨10.1094/PHYTO-05-12-0116-R⟩
Article dans une revue hal-01136978v1

Exploring the role of asexual multiplication in poplar rust epidemics: impact on diversity and genetic structure

Benoît Barres , Christian Cyril Dutech , Axelle Andrieux , Fabien Halkett , Pascal Frey
Molecular Ecology, 2012, 21 (20), pp.4996-5008. ⟨10.1111/mec.12008⟩
Article dans une revue hal-02646739v1
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Disentangling the genetic origins of a plant pathogen during disease spread using an original molecular epidemiology approach

Constance Xhaard , Benoît Barres , Axelle Andrieux , Lydia Bousset , Fabien Halkett
Molecular Ecology, 2012, 21 (10), pp.2383-2398. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.05556.x⟩
Article dans une revue hal-01191214v1
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The genetic structure of the plant pathogenic fungus Melampsora larici-populina on its wild host is extensively impacted by host domestication

Constance Xhaard , Bénédicte Fabre , Axelle Andrieux , P. Gladieux , Benoît Barres
Molecular Ecology, 2011, 20 (13), pp.2739-2755. ⟨10.1111/j.1365-294X.2011.05138.x⟩
Article dans une revue hal-01136973v1

Predicting invasion success of forest pathogenic fungi from species traits

Aurore A. Philibert , Marie Laure M. L. Desprez Loustau , Bénédicte Fabre , Pascal Frey , Fabien Halkett
Journal of Applied Ecology, 2011, 48 (6), pp.1381 - 1390. ⟨10.1111/j.1365-2664.2011.02039.x⟩
Article dans une revue hal-01000012v1

Characterization of 41 microsatellite loci developed from the genome sequence of the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Constance Xhaard , Axelle Andrieux , Fabien Halkett , Pascal Frey
Conservation Genetics Resources, 2009, 1 (1), pp.21-25. ⟨10.1007/s12686-009-9005-z⟩
Article dans une revue hal-02667477v1

Genetic structure of the poplar rust fungus Melampsora larici-populina : Evidence for isolation by distance in Europe and recent founder effects overseas

Benoît Barres , Fabien Halkett , Christian Cyril Dutech , Axelle Andrieux , Jean Pinon
Infection, Genetics and Evolution, 2008, 8 (5), pp.577-587. ⟨10.1016/j.meegid.2008.04.005⟩
Article dans une revue hal-02669196v1
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Poplar rust dispersal along the Durance River valley: inference of dispersal kernel and consequences

Frédéric Fabre , Méline Saubin , Jérôme Coville , Constance Xhaard , Pascal Frey
Workshop on Evolutionary Dynamical Systems and Applications (EDySA) and Training on Mathematics and Modeling, Nov 2023, Thiès, Senegal
Communication dans un congrès hal-04428063v1

The Durance River valley: a great ecological system to study dispersal

Fabien Halkett , Méline Saubin , Xhaard Constance , Becheler Ronan , Stoeckel Solenn
Journée thématique du LabEx ARBRE "Maladies forestières et changements globaux", Mireia Gomez-Gallego, Jun 2023, Champenoux, France, France
Communication dans un congrès hal-04125869v1

Une mutation ponctuelle et une large délétion au locus candidat d’avirulence AvrMlp7 chez la rouille du peuplier sont corrélés avec le contournement de la résistance RMlp7 exprimée par le peuplier

Clémentine Louet , Méline Saubin , Axelle Andrieux , Antoine Persoons , Mathilde Gorse
Journées Jean Chevaugeon, 13èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-04137634v1

Genetic signatures of a range expansion in natura: how clones play leapfrog?

Méline Saubin , Ronan Becheler , Jérôme Coville , Lucie Develay , Bénédicte Fabre
Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Lukáš Kratochvíl, Aug 2022, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-04137682v1

Association of two co-occurring mutations at the AvrMlp7 avirulence locus in poplar rust during the breakdown of RMlp7 resistance gene

Louet C , Méline Saubin , Axelle Andrieux , A. Persoons , Gorce M
Molecular Mechanism & Structure— Zooming in on Plant Immunity, Jul 2021, e-symposia, Germany
Communication dans un congrès hal-03588311v1

From population genomics to molecular approaches to identify and analyse the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina

Clémentine Louet , Méline Saubin , Antoine Persoons , Axelle Andrieux , Bénédicte Fabre
Réunion 2020 du groupe "champignons phytopathogènes", Nov 2020, aucune (visio), France
Communication dans un congrès hal-03336539v1

Towards evolutionary and functional characterization of an avirulence gene in the poplar rust fungus

Pascal Frey , Clémentine Louet , Agathe Maupetit , Méline Saubin , Antoine Persoons
IUFRO Joint Conference: Genetics of Five-Needle Pines & Rusts of Forest Trees, Jul 2019, Invermere, United States
Communication dans un congrès hal-04137412v1

Impact of the light on poplar rust infection

Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
Workshop PathoLED: light sources & plant pathology test outcomes, May 2019, Angers (FR), France
Communication dans un congrès hal-04137334v1

Towards evolutionary and functional characterization of an avirulence gene in the poplar rust fungus

Pascal Frey , Clémentine Louet , Agathe Maupetit , Méline Saubin , Fabien Halkett
3rd Wild Plant Pathosystems Conference, Marco Thines, Sep 2019, Frankfurt,, Germany
Communication dans un congrès hal-04137365v1

First avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina, from genetic characterization to functional validation

Clémentine Louet , Méline Saubin , Antoine Persoons , Agathe Maupetit , Stéphane de Mita
12th Effectome Meeting, Oct 2019, Lauret, France
Communication dans un congrès hal-04137237v1

From mutation to population extinction: The butterfly effect of resistance breakdown in the poplar rust fungus Melampsora larici- populina

Antoine Persoons , Fabien Halkett , Sébastien Duplessis , Pascal Frey , Stéphane de Mita
XVIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions (IS-MPMI), Jul 2019, Glasgow, United Kingdom. pp.S1.1-S1.243
Communication dans un congrès hal-04137226v1

Optimal infection dynamics in spore producing pathogens: reconciling theory with experiment for the study of host-parasite interactions

Fabien Halkett , Ivan Yegorov , Frédéric Fabre , Virginie Ravigné , Pascal Frey
3rd Wild Plant Pathosystems Conference, Sep 2019, Frankfurt, Germany
Communication dans un congrès hal-03336458v1

Evolutionary potential of aggressiveness traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Agathe Maupetit , Antoine Persoons , Katherine Hayden , Vincent Segura , Thomas Coudoux
II Joint Congress on Evolutionary Biology, Aug 2018, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-04137309v1

Evolutionary potential of aggressiveness related traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Agathe Maupetit , Katherine Hayden , Pascal Frey , Stéphane de Mita , Fabien Halkett
12. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2018 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2018, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-03336266v1

Demographic and genomic consequences of a major selective event in the poplar rust

Fabien Halkett , Antoine Persoons , Agathe Maupetit , Sébastien Duplessis , Pascal Frey
International Conference on Population Genomics of Fungal and Oomycete Diseases of Animals and Plants, May 2017, Ascona, Switzerland
Communication dans un congrès hal-02790211v1
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Conséquences génomiques de l’adaptation à l’hôte chez l’agent de la rouille du peuplier

Agathe Maupetit , Antoine Persoons , Vincent Segura , Thomas Coudoux , Pascal Frey
38. colloque Le Petit Pois Déridé, réunion du Groupe de Génétique et Biologie des Populations, Jun 2017, Saclay, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02788070v1
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When a plant pathogen runs down a river

Pascal Frey , Constance Xhaard , Michaël Pernaci , Ronan Becheler , Katherine Hayden
12. European Foundation for Plant Pathology (EFPP) ; 10. French Society for Plant Pathology (SFP) Conference, May 2017, Dunkerque Malo-les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-02788429v1
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Emergence de maladies sur peupliers ou la course aux armements entre l’améliorateur et les maladies

Pascal Frey , Katherine Hayden , Fabien Halkett
Regefor Atelier Recherche et Gestion Forestières. Emergence de bioagresseurs en forêt : Comment identifier et atténuer les risques ?, Jun 2017, Champenoux, France
Communication dans un congrès hal-02791243v1

Genome-wide QTL mapping of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Agathe Maupetit , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis
International Conference on Population Genomics of Fungal and Oomycete Diseases of Animals and Plants, May 2017, Monte Verità Conference Center, Ascona, Switzerland
Communication dans un congrès hal-02785090v1

Update on Melampsora larici-populina genomics

Sébastien Duplessis , Stéphane de Mita , Fabien Halkett , Pascal Frey
11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02741208v1

Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape

Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-01604529v1

Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis , Fabien Halkett
5. International Conference on Genetics of Tree-Parasite Interactions : Novel challenges and opportunities for resistance to pests and pathogens, Aug 2015, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-02793206v1

Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis , Fabien Halkett
9eme Colloque de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2015, Colmar, France
Communication dans un congrès hal-02792933v1

Quantitative trait evolution within a qualitative resistance breakdown

Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Jeremy Petrowski , Fabien Halkett , Pascal Frey
5. International Conference on Genetics of Tree-Parasite Interactions: Novel challenges and opportunities for resistance to pests and pathogens, Aug 2015, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-02794919v1

On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis , Fabien Halkett
Réunion annuelle 2015 du Réseau Ecologie des Interactions Durables, Mar 2015, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-02792666v1

On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Axelle Andrieux , Fabien Halkett
IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States
Communication dans un congrès hal-02792679v1

Genomics, transcriptomics and effectoromics of the poplar leaf rust fungus Melampsora larici-populina

Benjamin Petre , Stéphane S. Hacquard , Antoine Persoons , Emilie Tisserant , Emmanuelle Morin
IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States
Communication dans un congrès hal-02801804v1

Pathogen adaptation to a shifting host landscape

Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Jeremy Petrowski , Fabien Halkett , Pascal Frey
Max-Planck-ARBRE inter-departmental workshop on plant-fungus interactions, Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology. DEU., Nov 2014, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-02800432v1

Adaptation de la rouille du peuplier au paysage variétal populicole en France

Katherine Hayden , Constance Xhaard , Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
14. Rencontres du Groupe Français de Pathologie Forestière, Oct 2014, Hendaye, France
Communication dans un congrès hal-01606751v1

Patterns of genomic variation in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina identify pathogenesis-related factors

Antoine Persoons , Emmanuelle Morin , Christine Delaruelle , Thibaut Payen , Fabien Halkett
Max-Planck-ARBRE inter-departmental workshop on plant-fungus interactions, Nov 2014, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-02794927v1
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Étude du déterminisme génétique des traits de vie qualitatifs et quantitatifs de Melampsora larici-populina, agent de la rouille foliaire du peuplier

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Axelle Andrieux , Fabien Halkett
10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2014 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02800971v1

Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape

Katherine Hayden , Constance Xhaard , Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States
Communication dans un congrès hal-02792367v1
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Inférence des processus épidémiques chez la rouille du peuplier dans la vallée de la Durance

Constance Xhaard , Frédéric Fabre , Jérôme Coville , Pascal Frey , Samuel Soubeyrand
34. Réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations (Petit Pois Déridé 2012), Aug 2012, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-01267867v1

Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes - champignons pathogènes foliaires

Fabien Halkett , Audrey Andanson , Bénédicte Fabre , Elisabeth E. Fournier , Pascal Frey
8. Congrès national de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2012, Paris, France. p.54
Communication dans un congrès hal-02802411v1

Predicting invasion success in forest pathogenic fungi from species traits?

Marie Laure Desprez Loustau , Pascal Frey , Fabien Halkett , Claude Husson , Brigitte Lung
Conference Jacques Monod on ‘New and Emerging Fungal Diseases of Animals and Plants”, Jun 2011, Roscoff, France
Communication dans un congrès hal-01173287v1

Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes-champignons pathogènes foliaires

Virginie Ravigné , Audrey Andanson , Bénédicte Fabre , Pascal Frey , Elisabeth Fournier
Premier Colloque National d'Ecologie Scientifique, 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-00853204v1
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Poplar rust never sleeps: evolutionary characterization of the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina

Clémentine Louet , Méline Saubin , Sébastien Duplessis , Fabien Halkett , Pascal Frey
12th International Congress of Plant Pathology, Aug 2023, Lyon, France. 2023
Poster de conférence hal-04230809v1
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Evolutionary and functional studies of the variability of reproductive modes in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Ammar Abdalrahem , Pascal Frey , Fabien Halkett , Sébastien Duplessis
CJM3-2023 : Le sexe dans tous ses états : sexe, asexe, sexes, Sep 2023, Roscoff, France
Poster de conférence hal-04233782v1
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Evolutionary dynamics of virulence spread: effects of life cycle, genetic determinism and host resistance deployment

Méline Saubin , Clémentine Louet , Stéphane de Mita , Antoine Persoons , Axelle Andrieux
Sex and Asex: The Genetics of Complex Life-Cycles, Jun 2019, Portland (Oregon), United States
Poster de conférence hal-03336443v1

Genetic architecture of pathogenicity-associated traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Agathe Maupetit , Katherine Hayden , Vincent Segura , Romain Larbat , Stéphane de Mita
Evolution 2018 Montpellier, Aug 2018, Montpellier, France
Poster de conférence hal-03336361v1

Update on Melampsora larici-populina genomics

Sébastien Duplessis , Stéphane de Mita , Fabien Halkett , Pascal Frey
13th European Conference on Fungal Genertics (ECFG13), Apr 2016, Paris, France
Poster de conférence hal-03253579v1

Genetic architecture of pathogenicity-related life history traits in the poplar rust fungus

Agathe Maupetit , Michaël Pernaci , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis , Stéphane de Mita
11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France. , 96 p., 2016, 11èmes Journées Jean Chevaugeon. 25–29 janvier 2016. Centre Paul Langevin, Aussois (France)
Poster de conférence hal-02740999v1
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Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape

Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 2014, Journées Jean Chevaugeon 2014. 10es Rencontres de phytopathologie-mycologie de la Société Française de Phytopahologie (SFP). 27 au 31 janvier 2014. Centre Paul Langevin, CAES du CNRS Aussois (Savoie) – France
Poster de conférence hal-02739666v1