
Philippe BIAGINI
Présentation
ETAT CIVIL
Philippe BIAGINI
Né le 20 Septembre 1963 à Marseille (Bouches du Rhône)
Nationalité Française
Divorcé, 2 enfants
Directeur de Recherche Etablissement Français du Sang
UMR 7268 ADES - Aix-Marseille Université / CNRS / EFS
Adresse professionnelle : UMR 7268 ADES - EFS PACA Corse / Faculté de Médecine, 4ème étage aile rouge, 27, Bd. Jean Moulin, 13005 Marseille.
Adresse fonctionnelle 2022 : UMR 6134 SPE - Laboratoire Paléomicrobiologie / Université de Corse UCPP, Campus Grimaldi, BP 52, 20250 Corte.
Tél.: 06 60 53 26 02 ; E-mail : philippe.biagini@efs.sante.fr
TITRES ET DIPLOMES
2021 : Admis sur la liste de Qualification aux fonctions de Professeur des Universités, section CNU 65.
2002 : Habilitation à Diriger les Recherches (HDR) - spécialité Virologie. Université de la Méditerranée, Marseille.
1997 : Doctorat 3ème cycle - Formation doctorale « Chimie, Environnement et Santé », option: Santé; Université de la Méditerranée, Marseille.
1993 : Diplôme d’Etudes Approfondies (DEA) - « Biologie Cellulaire et Microbiologie ». Faculté des Sciences de Luminy, Université de la Méditerranée.
1988: Ingénieur ICPI Lyon - Institut de Chimie et Physique Industrielles de Lyon (ICPI/CPE) - spécialité Chimie : Génie chimique et Mircobiologique.
1986 : Maîtrise de Biochimie - Faculté des Sciences St Charles, Université de Provence, Marseille.
EXPERIENCE PROFESSIONNELLE
2009-actuel :
Directeur de Recherche : EFS PACA Corse, UMR 7268 équipe Biologie des Groupes Sanguins (précédemment EFS Alpes-Méditerranée, UMR 6578 équipe Emergence et Coévolution Virale).
1997 : Chargé de Recherche : EFS Alpes-Méditerranée, Laboratoire de Virologie Moléculaire.
1991 : Ingénieur de Recherche : EFS Alpes-Méditerranée, Laboratoire de Biologie Moléculaire.
1990 : Ingénieur Responsable de Laboratoire : Laboratoire Central de Marseille (Expertises / Analyses physico-chimiques - partenariat Port Autonome de Marseille).
RESPONSABILITES ADMINISTRATIVES
· Référent du Site « Recherche - Biologie des Groupes Sanguins » de l'EFS PACA Corse (Faculté de Médecine, Marseille) 2020-2022.
· Coordinateur du Site « Recherche - Virologie » de l’EFS PACA Corse (Faculté de Médecine, Marseille) de 2007 à 2018.
RESPONSABILITES SCIENTIFIQUES / ENCADREMENT
ACTIVITES D'EXPERTISE :
· Depuis 2019 : Expert auprès de la DGRI (Direction Générale de la Recherche et de l'Innovation) - Missions d’expertises (Service MEIRIES: Mission d’Expertise Internationale) pour des Projets de Recherche Internationaux.
· Depuis 2001 : Membre ICTV (Comité International pour la Taxonomie des Virus).
Direction / Membre des groupes de travail pour la classification des familles Anelloviridae et Circoviridae.
REVIEWER REVUES DE RANG A :
Sur les 5 dernières années: Archives of Virology; Blood Transfusion; Clinical Infectious Diseases; Emerging Infectious Diseases; Frontiers; Future Virology; Infection, Genetics and Evolution; International Journal of Infectious Diseases; The Journal of Infectious Diseases; The Lancet Infectious Diseases; New Microbiologica; PLoS; PLoS ONE; Virology; Virus Evolution; Virus Genes; Virus Research.
DIRECTION DE GROUPES DE TRAVAIL :
Depuis 2022 : « Pathogènes et prélèvements anciens - Paléomicrobiologie: partenariat Université de Corse UCPP - Etude des pathogènes des populations corses anciennes »
2018-2022 : « Interactions pathogènes - cellules de la cascade erythropoïétique »
« Pathogènes et prélèvements anciens - Paléomicrobiologie »
1997-2018: « Virus émergents transfusionnels »
« Pathogènes et prélèvements anciens - Paléomicrobiologie » (depuis 2009)
1991-1997: « Hormones gastro-intestinales et cancer - approches moléculaires »
PRODUCTION SCIENTIFIQUE :**
· 85 publications dans des revues à comité de lecture (1993 - 2021) / IF ~1 à ~91 / h-index 28
· 41 communications orales / posters / conférences invitées lors de congrès nationaux et internationaux.
· 9 chapitres d'ouvrages et revues.
· Prix IHU Méditerranée Infection - Meilleure publication 2012, Chercheur confirmé.
(Variola virus in a 300-year-old Siberian mummy, Biagini et al., New England Journal of Medicine 2012).
ENCADREMENT/CO-ENCADREMENT D'ETUDIANTS :
Doctorat 3ème cycle (bourses MRT)
- Meffray A. : « Infections du passé: développement et application d'une approche originale de paléoépidémiologie intégrative », Juin 2020, Aix-Marseille Université.
Actuellement en contrat post-doctoral Université de Corse UCPP - Etude des pathogènes des populations corses anciennes.
- Bedarida S. : « Histoire naturelle et diversité génétique des virus de la famille Anelloviridae: étude de prélèvements biologiques contemporains et anciens », Octobre 2014, Aix-Marseille Université.
Post-doctorat (bourses Fondation IHU Méditerranée Infection - Infectiopôle Sud)
- Khoder M. : « Analyse moléculaire et par cytométrie en flux de particules exosomales positives pour les virus anellovirus et pegivirus dans le contexte de la cascade erythropoïétique », (2019-2021).
- Bakour S. : « Analyse du microbiote bactérien issu d'échantillons sanguins à marqueurs viraux positifs », (2015-2017).
- Duraisamy R. : « Détection, prévalence et pathogénèse de l'infection à Marseille-like virus », (2015-2017).
- Cortey M. : « Métagénomique appliquée à des échantillons biologiques issus de primates non-humains (Afrique centrale de l'ouest) » (2012-2013).
Master Recherche - M2
- Lafolie S. : « Syphilis congénitale: approche paléopathologique et paléomicrobiologique », (2021).
- Le Provost E. : « L'ostéoarthropathie hypertrophiante pneumique en paléopathologie: à propos de cas médiévaux, modernes et contemporains », (2019).
- Cayre A. : « Etude de la charge infectieuse d'un échantillon ostéoarchéologique médiéval », (2018).
- Houriez E. : « Paléomicrobiologie de la lèpre: étude de cas médiévaux », (2017).
- Grenier Romero C. : « Paléovirologie du Parvovirus B19: étude de cas modernes et contemporains », (2016).
- Meffray A. : « Recherche de pathogènes dans des vestiges humains anciens: application à la Brucellose », (2016).
- Bergonzi C. : « Recherche du choléra dans des sédiments anciens: approches moléculaires », (2014).
- Le Goff C. : « Approches moléculaires dans la recherche de pathogènes à partir de prélèvements anciens », (2010).
- Bedarida S. : « Approches moléculaires dans la recherche de génomes viraux à partir de prélèvements anciens : application à des échantillons dentaires provenant d’un charnier de la Grande Armée de Napoléon à Kaliningrad », (2009).
MEMBRE DE COMITES :
Participation à des Jurys de Thèses
Meffray A. : co-directeur de la Thèse, Juin 2020.
Muhire B.M. : rapporteur de la Thèse en sciences intitulée « Evolutionary impacts of secondary structures within the genomes of eukaryote-infecting single stranded DNA viruses ». University of Cape Town, South-Africa, Novembre 2015.
Bernardo P. : rapporteur de la Thèse en sciences intitulée « Ecologie, diversité, et découverte de phytovirus à l'échelle de deux agro-écosystèmes dans un cadre spatio-temporel à l'aide de la géo-métagénomique ». Université Montpellier 2, Décembre 2014.
Bedarida S. : directeur de la Thèse, Octobre 2014.
Galmès J. : rapporteur de la Thèse en sciences intitulée « Isolement et caractérisation de nouvelles espèces de Torque Teno Mini Virus (TTMV): implication potentielle dans la pathogénèse de la pneumonie». Université de Lyon - Ecole Normale Supérieure, Avril 2013.
Heath L. : rapporteur de la Thèse en sciences intitulée « Molecular biological studies on beak and feather disease virus ». University of Cape Town, South-Africa, Novembre 2006.
Participation à des Comités de suivis de Thèses**
Bonfante B. : « Etude d'associations pangénomiques de caractéristiques morphologiques humaines ». Aix-Marseille Université, 2020.
Palmal S. : « Prediction of pigmentation phenotypes from genotype data: developments and applications ». Aix-Marseille Université, 2020.
Meffray A. : « Infections du passé: développement et application d'une approche originale de paléoépidémiologie intégrative ». Aix-Marseille Université, 2017 - 2018 - 2019.
Fromentier A. : « Concilier l'archéologie et la biologie: l'ADN ancien, une approche pour étudier le passé de l'homme ». Université Toulouse 2, 2017 – 2018.
RESPONSABILITES PEDAGOGIQUES
Activités d'enseignement et gestion de modules de formations universitaires et continues.
J’ai eu l’opportunité, grâce à mes contacts institutionnels et professionnels, de pouvoir participer à des enseignements de manière régulière depuis 1997:
- DCEM1-L3, module « Transfusion Sanguine », Aix-Marseille Université**
- Master « Biologie Santé », Aix-Marseille Université**
- Module « Virologie Générale et Transfusionnelle », EFS** (responsable)
- Module « Biologie Moléculaire : Outils-Applications », EFS**
FINANCEMENTS DE PROJETS DE RECHERCHE
2022: « Paléomicrobiologie Corse: étude des pathogènes des populations corses anciennes », 150.000 €, Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation (lancement projet, co-gestion/partenariat Prof. L. Berti - Université de Corse).
2015: « Analyse métagénomique virale d'échantillons sanguins à marqueurs positifs », 192.000 € / 3 ans, Conseil Scientifique de l’Etablissement Français du Sang (CS EFS).
2007: « Projet ViRes : recherche de nouveaux virus véhiculés par le sang », 160.000 € / 3 ans, CS EFS.
2004: « Projet PEER : développement d’une méthodologie innovante pour la recherche de nouveaux virus infectant l’homme », 57.000 € / 2 ans, CS EFS.
1999: « Développement d’outils diagnostiques pour l’étude du virus TT », 65.000 € / 2 ans, Fonds d’Orientation de la Recherche en Transfusion Sanguine.
1998: « Elaboration de tests diagnostiques permettant le dépistage du virus TT », 8.000 € / 1 an, Association Recherche et Transfusion (ART).
Publications
Publications
Syphilis congénitale à Marseille au XIXe siècle : suspicion macroscopique et approche biomoléculaire chez des nouveau-nés du cimetière des Petites Crottes à Marseille ?Villes, sociétés urbaines et syphilis en méditerranée et au-delà (XVIème-XXIème siècles), Oct 2017, Marseille, France
Poster de conférence
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Syphilis congénitale à Marseille au XIIIe siècle : suspicion macroscopique et approche biomoléculaire chez de très jeunes immatures de la Chapelle de la Capelette à Marseille ?Villes, sociétés urbaines et syphilis en méditerranée et au-delà (XVIème-XXIème siècles), Oct 2017, Marseille, France
Poster de conférence
hal-01819883
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