Pierre Neuvial

Publications

Article dans une revue (44)

Review of post-clustering inference methods Nicolas Enjalbert Courrech,Cathy Maugis-Rabusseau,Neuvial Pierre International Statistical Review, In press Article dans une revue (article de synthèse) hal-05053220v2
The dependence of the amino acid backbone conformation on the translated synonymous codon is not statistically significant Javier González-Delgado,Pablo Mier,Pau Bernadó,Pierre Neuvial,Juan Cortés Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2025, 122 (24), ⟨10.1073/pnas.2503264122⟩ Article dans une revue hal-05113237v1
FDP control in mass-univariate linear models using the residual bootstrap Samuel Davenport,Bertrand Thirion,Pierre Neuvial Electronic Journal of Statistics , 2025, 19, pp.1313 - 1336. ⟨10.1214/25-EJS2354⟩ Article dans une revue hal-05002607v1
Selective inference after convex clustering with $\ell_1$ penalization François Bachoc,Cathy Maugis,Pierre Neuvial ESAIM: Probability and Statistics, 2025, 29, pp.204-242. ⟨10.1051/ps/2025004⟩ Article dans une revue hal-04200062v2
Weighted families of contact maps to characterize conformational ensembles of (highly-)flexible proteins Javier González-Delgado,Pau Bernadó,Pierre Neuvial,Juan Cortés Bioinformatics, 2024, 40 (11), pp.btae627. ⟨10.1093/bioinformatics/btae627⟩ Article dans une revue hal-04749226v1
A two-sample tree-based test for hierarchically organized genomic signals Pierre Neuvial,Nathanaël Randriamihamison,Marie Chavent,Sylvain Foissac,Nathalie Vialaneix Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2024, pp.qlae011. ⟨10.1093/jrsssc/qlae011⟩ Article dans une revue hal-04516167v1
Post hoc false discovery proportion inference under a Hidden Markov Model Marie Perrot-Dockès,Gilles Blanchard,Pierre Neuvial,Etienne Roquain Test, 2023, ⟨10.1007/s11749-023-00886-7⟩ Article dans une revue hal-03214472v1
WASCO: A Wasserstein-based Statistical Tool to Compare Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins Javier González-Delgado,Amin Sagar,Christophe Zanon,Kresten Lindorff-Larsen,Pau Bernadóet al. Journal of Molecular Biology, 2023, 435 (14), pp.168053. ⟨10.1016/j.jmb.2023.168053⟩ Article dans une revue hal-04056662v1
Two-sample goodness-of-fit tests on the flat torus based on Wasserstein distance and their relevance to structural biology Javier González-Delgado,Alberto González-Sanz,Juan Cortés,Pierre Neuvial Electronic Journal of Statistics , 2023, 17 (1), pp.1547-1586. ⟨10.1214/23-EJS2135⟩ Article dans une revue hal-03369795v3
Notip: Non-parametric True Discovery Proportion control for brain imaging Alexandre Blain,Bertrand Thirion,Pierre Neuvial NeuroImage, 2022, 260, pp.119492. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119492⟩ Article dans une revue hal-03649114v3
Statistical proofs of the interdependence between nearest neighbor effects on polypeptide backbone conformations Javier González-Delgado,Pau Bernadó,Pierre Neuvial,Juan Cortés Journal of Structural Biology, 2022, 214 (4), pp.107907. ⟨10.1016/j.jsb.2022.107907⟩ Article dans une revue hal-03826233v1
Powerful and interpretable control of false discoveries in two-group differential expression studies Nicolas Enjalbert-Courrech,Pierre Neuvial Bioinformatics, 2022, 38 (23), pp.5214-5221. ⟨10.1093/bioinformatics/btac693⟩ Article dans une revue hal-03601095v2
Applicability and interpretability of Ward's hierarchical agglomerative clustering with or without contiguity constraints Nathanaël Randriamihamison,Nathalie Vialaneix,Pierre Neuvial Journal of Classification, 2021, 38, pp.363-389. ⟨10.1007/s00357-020-09377-y⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-02294847v2
Identification of Deregulated Mechanisms Specific to Bladder Cancer Subtypes Magali Champion,Julien Chiquet,Pierre Neuvial,Mohamed Elati,François Radvanyiet al. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2021, 19 (1), ⟨10.1142/S0219720021400035⟩ Article dans une revue hal-03079966v1
Single-Cell Virtual Cytometer allows user-friendly and versatile analysis and visualization of multimodal single cell RNAseq datasets Frédéric Pont,Marie Tosolini,Qing Gao,Marion Perrier,Miguel Madrid-Mencíaet al. NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa025⟩ Article dans une revue hal-02861405v1
Post hoc confidence bounds on false positives using reference families Gilles Blanchard,Pierre Neuvial,Etienne Roquain Annals of Statistics, 2020, 48 (3), pp.1281-1303. ⟨10.1214/19-AOS1847⟩ Article dans une revue hal-01483585v5
Post hoc false positive control for structured hypotheses Guillermo Durand,Gilles Blanchard,Pierre Neuvial,Etienne Roquain Scandinavian Journal of Statistics, 2020, 47 (4), pp.1114-1148. ⟨10.1111/sjos.12453⟩ Article dans une revue hal-01829037v3
Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to Genomics Christophe Ambroise,Alia Dehman,Pierre Neuvial,Guillem Rigaill,Nathalie Vialaneix Algorithms for Molecular Biology, 2019, 14, pp.22. ⟨10.1186/s13015-019-0157-4⟩ Article dans une revue hal-02006331v2
New insight for pharmacogenomics studies from the transcriptional analysis of two large-scale cancer cell line panels (vol 7, 15126, 2016) Benjamin Sadacca,Anne-Sophie Hamy,C. Laurent,Pierre Gestraud,Hélène Bonsang-Kitziset al. Scientific Reports, 2018, 8, ⟨10.1038/s41598-018-36812-3⟩ Article dans une revue hal-02619813v1
On the post selection inference constant under restricted isometry properties François Bachoc,Gilles Blanchard,Pierre Neuvial Electronic Journal of Statistics , 2018, 12 (2), ⟨10.1214/18-EJS1490⟩ Article dans une revue hal-03327160v3
New insight for pharmacogenomics studies from the transcriptional analysis of two large-scale cancer cell line panels Benjamin Sadacca,Anne-Sophie Hamy-Petit,Cecile Laurent,Pierre Gestraud,Hélène Bonsang-Kitziset al. Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.15126. ⟨10.1038/s41598-017-14770-6⟩ Article dans une revue hal-01634180v1
Performance of a blockwise approach in variable selection using linkage disequilibrium information Alia Dehman,Christophe Ambroise,Pierre Neuvial BMC Bioinformatics, 2015, 16, pp.14. ⟨10.1186/s12859-015-0556-6⟩ Article dans une revue hal-01193074v1
A model for gene deregulation detection using expression data Thomas Picchetti,Julien Chiquet,Mohamed Elati,Pierre Neuvial,Rémy Nicolleet al. BMC Systems Biology, 2015, 9, ⟨10.1186/1752-0509-9-S6-S6⟩ Article dans une revue hal-01154154v2
Performance evaluation of DNA copy number segmentation methods Morgane Pierre-Jean,Guillem Rigaill,Pierre Neuvial Briefings in Bioinformatics, 2015, 16 (4), pp.600-615. ⟨10.1093/bib/bbu026⟩ Article dans une revue hal-00952896v2
tmle.npvi: targeted, integrative search of associations between DNA copy number and gene expression, accounting for DNA methylation: Fig. 1. Antoine Chambaz,Pierre Neuvial Bioinformatics, 2015, 31 (18), pp.3054-6. ⟨10.1093/bioinformatics/btv320⟩ Article dans une revue hal-01113680v1
Asymptotic Results on Adaptive False Discovery Rate Controlling Procedures Based on Kernel Estimators Pierre Neuvial Journal of Machine Learning Research, 2013, 14, pp.1423 - 1459 Article dans une revue hal-02644679v3
Stability-Based Comparison of Class Discovery Methods for DNA Copy Number Profiles Isabel Brito,Philippe Hupé,Pierre Neuvial,Emmanuel Barillot PLoS ONE, 2013, 8 (12), ⟨10.1371/journal.pone.0081458⟩ Article dans une revue hal-02643008v1
CalMaTe: a method and software to improve allele-specific copy number of SNP arrays for downstream segmentation Maria Ortiz-Estevez,Ander Aramburu,Henrik Bengtsson,Pierre Neuvial,Angel Rubio Bioinformatics, 2012, 28 (13), pp.1793-1794. ⟨10.1093/bioinformatics/bts248⟩ Article dans une revue hal-01200761v1
Stability-based comparison of class discovery methods for DNA copy number profiles. Isabel Brito,Philippe Hupé,Pierre Neuvial,Emmanuel Barillot PLoS ONE, 2012, 8 (12), pp.e81458 Article dans une revue hal-01201580v1
Estimation of a non-parametric variable importance measure of a continuous exposure Antoine Chambaz,Pierre Neuvial,Mark van Der Laan Electronic Journal of Statistics , 2012, 6, pp.1059-1099. ⟨10.1214/12-EJS703⟩ Article dans une revue hal-00629899v1
Subtype and pathway specific responses to anticancer compounds in breast cancer. Laura M Heiser,Anguraj Sadanandam,Wen-Lin Kuo,Stephen C Benz,Theodore C Goldsteinet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (8), pp.2724-9 Article dans une revue hal-01201568v1
On false discovery rate thresholding for classification under sparsity Pierre Neuvial,Etienne Roquain Annals of Statistics, 2012, 40 (5), pp.Vol. 40, No. 5, 2572-2600. ⟨10.1214/12-AOS1042⟩ Article dans une revue hal-00604427v3
More power via graph-structured tests for differential expression of gene networks Laurent Jacob,Pierre Neuvial,Sandrine Dudoit Annals of Applied Statistics, 2012, 6 (2), pp.561-600. ⟨10.1214/11-AOAS528⟩ Article dans une revue hal-00521097v2
Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma. The Cancer Genome Atlas Research Network,Pierre Neuvial Nature, 2011, 474 (7353), pp.609-15 Article dans une revue hal-01201577v1
Statistiques et Génome Franck Picard,S. Schbath,E. Lebarbier,Pierre Neuvial,J. Chiquet Gazette des Mathématiciens, 2011, 130, pp.1-32 Article dans une revue hal-00698143v1
Parent-specific copy number in paired tumor–normal studies using circular binary segmentation Adam B Olshen,Henrik Bengtsson,Pierre Neuvial,Paul T Spellman,Richard A Olshenet al. Bioinformatics, 2011, 27 (15), pp.2038-2046. ⟨10.1093/bioinformatics/btr329⟩ Article dans une revue hal-01200750v1
Identification of a CpG island methylator phenotype that defines a distinct subgroup of glioma. Houtan Noushmehr,Daniel Weisenberger,Kristin Diefes,Heidi Phillips,Kanan Pujaraet al. Cancer Cell, 2010, 17 (5), pp.510-22. ⟨10.1016/j.ccr.2010.03.017⟩ Article dans une revue hal-01201573v1
TumorBoost: Normalization of allele-specific tumor copy numbers from a single pair of tumor-normal genotyping microarrays Henrik Bengtsson,Pierre Neuvial,Terence P Speed BMC Bioinformatics, 2010, pp.245. ⟨10.1186/1471-2105-11-245⟩ Article dans une revue hal-01199777v1
High-resolution mapping of DNA breakpoints to define true recurrences among ipsilateral breast cancers Marc Bollet,Nicolas Servant,Pierre Neuvial,Charles Decraene,Ingrid Lebigotet al. JNCI: Journal of the National Cancer Institute, 2008, 100 (1), pp.48-58. ⟨10.1093/jnci/djm266⟩ Article dans une revue hal-00204833v1
Asymptotic Properties of False Discovery Rate Controlling Procedures Under Independence Pierre Neuvial Electronic Journal of Statistics , 2008, 2, pp.1065-1110. ⟨10.1214/08-EJS20⟩ Article dans une revue hal-00286066v1
LICORN: learning cooperative regulation networks from gene expression data. Mohamed Elati,Pierre Neuvial,Monique Bolotin-Fukuhara,Emmanuel Barillot,François Radvanyiet al. Bioinformatics, 2007, 23 (18), pp.2407-14. ⟨10.1093/bioinformatics/btm352⟩ Article dans une revue hal-00192537v1
VAMP: Visualization and analysis of array-CGH, transcriptome and other molecular profiles Philippe La Rosa,Eric Viara,Philippe Hupé,Gaëlle Pierron,Stéphane Livaet al. Bioinformatics, 2006, 22 (17), pp.2066-2073. ⟨10.1093/bioinformatics/btl359⟩ Article dans une revue hal-01199867v1
CAPweb: a bioinformatics CGH array Analysis Platform Stéphane Liva,Philippe Hupé,Pierre Neuvial,Isabel Brito,Eric Viaraet al. Nucleic Acids Research, 2006, 34 (W), pp.477-481. ⟨10.1093/nar/gkl215⟩ Article dans une revue hal-01199870v1
Spatial normalization of array-CGH data. Pierre Neuvial,Philippe Hupé,Isabel Brito,Stéphane Liva,Elodie Maniéet al. BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.264. ⟨10.1186/1471-2105-7-264⟩ Article dans une revue inserm-00089910v1

Pré-publication, Document de travail (4)

Cluster Size Matters: A Comparative Study of Notip and pARI for Post Hoc Inference in fMRI Nils Peyrouset,Pierre Neuvial,Bertrand Thirion 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05345389v1
Inference post region selection Dominique Bontemps,François Bachoc,Pierre Neuvial 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05109459v1
When Knockoffs fail: diagnosing and fixing non-exchangeability of Knockoffs Alexandre Blain,Angel Reyero Lobo,Julia Linhart,Bertrand Thirion,Pierre Neuvial 2025 Pré-publication, Document de travail hal-04642238v2
Post-clustering Inference under Dependence Javier González-Delgado,Mathis Deronzier,Juan Cortés,Pierre Neuvial 2025 Pré-publication, Document de travail hal-04250364v2

Communication dans un congrès (8)

False Coverage Proportion Control for Conformal Prediction Alexandre Blain,Bertrand Thirion,Pierre Neuvial ICML 2025 - 42 nd International Conference on Machine Learning, Jul 2025, Vancouver (BC), Canada Communication dans un congrès hal-05134749v1
Inférence post hoc pour l'analyse différentielle de données Hi-C Élise Jorge,Pierre Neuvial,Nathalie Vialaneix,Sylvain Foissac 56e Journées de Statistique de la SFdS (JdS 2025), Société Française de Statistique, Jun 2025, Marseille, France. pp.446 Communication dans un congrès hal-05113438v1
Procédure de test hiérarchique pour l'analyse différentielle de données Hi-C Élise Jorge,Pierre Neuvial,Nathalie Vialaneix,Sylvain Foissac Journées de statistique de la SFdS, Société Française de Statistique, May 2024, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-04593207v1
False Discovery Proportion control for aggregated Knockoffs Alexandre Blain,Bertrand Thirion,Olivier Grisel,Pierre Neuvial NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans, United States. ⟨10.48550/arXiv.2310.10373⟩ Communication dans un congrès hal-04250621v1
Analyse différentielle de données Hi-C via la classification ascendante hiérarchique sous contrainte de contiguïté Nathanaël Randriamihamison,Marie Chavent,Sylvain Foissac,Nathalie Vialaneix,Pierre Neuvial JDS2020 : 52èmes Journées de Statistique de la Société Française de Statistique (SFdS), Société Française de Statistique, May 2020, Nice, France. pp.655-660 Communication dans un congrès hal-02892664v1
Identification of deregulated transcription factors involved in subtypes of cancers Magali Champion,Julien Chiquet,Pierre Neuvial,Mohamed Elati,François Radvanyiet al. Proceedings of the 12th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Mar 2020, SAN FRANCISCO, United States. pp.1--10, ⟨10.29007/v7qj⟩ Communication dans un congrès hal-01516892v2
Classification ascendante hiérarchique, contrainte d'ordre : conditions d'applicabilité, interprétabilité des dendrogrammes Nathanaël Randriamihamison,Pierre Neuvial,Nathalie Vialaneix 51èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2019, Nancy, France Communication dans un congrès hal-02734011v1
Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to genomics Christophe Ambroise,Alia Dehman,Michel Koskas,Pierre Neuvial,Guillem Rigaillet al. Journée Régionale de Bioinformatique et Biostatistique, Génopole Toulouse, Dec 2018, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-02788245v1

Poster de conférence (3)

A comprehensive review and benchmark of differential analysis tools for Hi-C data Élise Jorge,Sylvain Foissac,Pierre Neuvial,Matthias Zytnicki,Nathalie Vialaneix ISMB/ECCB, Jul 2025, Liverpool, United Kingdom Poster de conférence hal-05185342v1
Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to genomics Christophe Ambroise,Alia Dehman,Pierre Neuvial,Guillem Rigaill,Nathalie Vialaneix Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), Jan 2019, Barcelona, Spain. 2019 Poster de conférence hal-02790995v1
Classification ascendante hiérarchique, contrainte d'ordre : conditions d'applicabilité, interprétabilité des dendrogrammes Nathanaël Randriamihamison,Pierre Neuvial,Nathalie Vialaneix Conférence sur l'Apprentissage Automatique (CAp 2019), Jul 2019, Toulouse, France. , 2019 Poster de conférence hal-02786174v1

Chapitre d'ouvrage (3)

Comprendre l'organisation spatiale de l'ADN à l'aide de la statistique Pierre Neuvial,Sylvain Foissac,Nathalie Vialaneix Martina Knoop, Stéphane Blanc, Mokrane Bouzeghoub. L’Interdisciplinarité, CNRS Editions, pp.178-182, 2023 Chapitre d'ouvrage hal-03930070v1
On agnostic post hoc approaches to false positive control Gilles Blanchard,Pierre Neuvial,Etienne Roquain Xinping Cui, Thorsten Dickhaus, Ying Ding, Jason C. Hsu. Handbook of Multiple Comparisons, 1, Chapman and Hall/CRC, pp.211-232, 2022, Handbooks of Modern Statistical Methods, 9780367140670. ⟨10.1201/9780429030888-9⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02320543v2
Statistical analysis of Single Nucleotide Polymorphism microarrays in cancer studies Pierre Neuvial,Henrik Bengtsson,Terence Paul Speed Handbook of Statistical Bioinformatics, 2011, Springer Handbooks of Computational Statistics, 978-3-642-16344-9. ⟨10.1007/978-3-642-16345-6_11⟩ Chapitre d'ouvrage hal-00497273v1

HDR (1)

Contributions to statistical inference from genomic data Pierre Neuvial Statistics [math.ST]. Université Toulouse III Paul Sabatier, 2020 HDR tel-02969229v1

Logiciel (1)

adjclust: Adjacency-Constrained Clustering of a Block-Diagonal Similarity Matrix (R package, available on CRAN) Pierre Neuvial,Christophe Ambroise,Shubham Chaturvedi,Alia Dehman,Michel Koskaset al. 2017 Logiciel hal-02791370v1

Autre publication scientifique (3)

Vers une médecine personnalisée grâce à la recherche en génomique Pierre Neuvial 2013 Autre publication scientifique hal-01201657v1
Tests multiples en génomique Pierre Neuvial 2011, No. 130 pp. 71-76 Autre publication scientifique hal-01201629v1
Problématiques statistiques à l'heure de la post-génomique Pierre Neuvial,Pierre-Yves Bourguignon 2009 Autre publication scientifique hal-01201651v1

Thèse (1)

Contributions to the statistical analysis of microarray data. Pierre Neuvial Life Sciences [q-bio]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2009. English. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00433045v1