Pierre Poulain

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Publications

Publications

Fast Parametrization of Martini3 Models for Fragments and Small Molecules

Magdalena Szczuka , Gilberto Pereira , Luis Walter , Marc Gueroult , Pierre Poulain et al.

Journal of Chemical Theory and Computation, 2025, 22 (1), pp.610-623. ⟨10.1021/acs.jctc.5c01178⟩

Article dans une revue hal-05536937v1
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Fast parameterization of Martini3 models for fragments and small molecules

Magdalena Szczuka , Gilberto P Pereira , Luis J Walter , Marc Gueroult , Pierre Poulain et al.

Journal of Chemical Theory and Computation, 2025, ⟨10.1101/2025.07.13.664596⟩

Article dans une revue hal-05377336v1
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The five pillars of computational reproducibility: bioinformatics and beyond

Mark Ziemann , Pierre Poulain , Anusuiya Bora

Briefings in Bioinformatics, 2023, 24 (6), pp.1-13. ⟨10.1093/bib/bbad375⟩

Article dans une revue hal-04255776v1
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MDverse: Shedding Light on the Dark Matter of Molecular Dynamics Simulations

Johanna K S Tiemann , Magdalena Szczuka , Lisa Bouarroudj , Mohamed Oussaren , Steven Garcia et al. Article dans une revue hal-04254566v2
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A field guide for implementing a flipped classroom

Pierre Poulain , Mickael Bertrand , Héloise Dufour , Antoine Taly

Biochemistry and Molecular Biology Education, 2023, ⟨10.1002/bmb.21737⟩

Article dans une revue hal-04099156v2
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AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering of omics data

Pierre Poulain , Jean-Michel Camadro

BMC Research Notes, 2022, 15 (1), pp.241. ⟨10.1186/s13104-022-06129-6⟩

Article dans une revue hal-03858142v1
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AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering of omics data

Pierre Poulain , Jean‐michel Camadro

BMC Research Notes, 2022, 15 (1), pp.241. ⟨10.1186/s13104-022-06129-6⟩

Article dans une revue hal-03718406v1
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Novel Insights into Quantitative Proteomics from an Innovative Bottom-Up Simple Light Isotope Metabolic (bSLIM) Labeling Data Processing Strategy

Nicolas Sénécaut , Gelio Alves , Hendrik Weisser , Laurent Lignières , Samuel Terrier et al.

Journal of Proteome Research, 2021, 20 (3), pp.1476-1487. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00478⟩

Article dans une revue hal-03266586v1
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buildH: Build hydrogen atoms from united-atom molecular dynamics of lipids and calculate the order parameters

Hubert Santuz , Amélie Bacle , Pierre Poulain , Patrick F J Fuchs

Journal of Open Source Software, 2021, 6 (65), pp.3521. ⟨10.21105/joss.03521⟩

Article dans une revue hal-03481632v1
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BGC‐Argo Floats Observe Nitrate Injection and Spring Phytoplankton Increase in the Surface Layer of Levantine Sea (Eastern Mediterranean)

Fabrizio d'Ortenzio , V. Taillandier , Hervé Claustre , Laurent Coppola , P. Conan et al.

Geophysical Research Letters, 2021, 48 (8), ⟨10.1029/2020GL091649⟩

Article dans une revue hal-03217440v1
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AutoClassWrapper: a Python wrapper for AutoClass C classification

Jean-Michel Camadro , Pierre Poulain

Journal of Open Source Software, 2019, 4 (39), pp.1390. ⟨10.21105/joss.01390⟩

Article dans une revue hal-02389319v1
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Pixel: a content management platform for quantitative omics data

Thomas Denecker , William Durand , Julien Maupetit , Charles Hébert , Jean-Michel Camadro et al.

PeerJ, 2019, 7, pp.e6623. ⟨10.7717/peerj.6623⟩

Article dans une revue hal-03100146v1
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Meet-U: educating through research immersion

Nika Abdollahi , Alexandre Albani , Eric Anthony , Agnes Baud , Mélissa Cardon et al.

PLoS Computational Biology, 2018, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005992⟩

Article dans une revue hal-01722019v1
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An Integrative Approach to the Study of Filamentous Oligomeric Assemblies, with Application to RecA

Benjamin Boyer , Johann Ezelin , Pierre Poulain , Adrien Saladin , Martin Zacharias et al.

PLoS ONE, 2015, 10 (3), pp.e0116414. ⟨10.1371/journal.pone.0116414⟩

Article dans une revue hal-01230983v1
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Tolérance du dispositif intra-utérin au cuivre chez les patientes nullipares : étude prospective unicentrique

C. Guicheteau , L. Boyer , D. A. Somé , J. Leveque , P. Poulain et al.

Gynécologie Obstétrique & Fertilité, 2015, 43 (2), pp.144--150. ⟨10.1016/j.gyobfe.2015.01.003⟩

Article dans une revue hal-01147373v1
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Cis-trans isomerization of omega dihedrals in proteins.

Pierrick Craveur , Agnel Praveen Joseph , Pierre Poulain , Joseph Rebehmed , Alexandre de Brevern

Amino Acids, 2013, 45 (2), pp.279-89. ⟨10.1007/s00726-013-1511-3⟩

Article dans une revue istex inserm-00926521v1
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Modeling and molecular dynamics of HPA-1a and -1b polymorphisms: effects on the structure of the β3 subunit of the αIIbβ3 integrin.

Vincent Jallu , Pierre Poulain , Patrick F. J. Fuchs , Cécile Kaplan , Alexandre de Brevern

PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.e47304. ⟨10.1371/journal.pone.0047304⟩

Article dans une revue inserm-00926600v1
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Prostaglandin E2 release from astrocytes triggers gonadotropin-releasing hormone (GnRH) neuron firing via EP2 receptor activation.

Jerome Clasadonte , Pierre Poulain , Naresh K. Hanchate , Gabriel Corfas , Sergio R. Ojeda et al.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2011, 108 (38), pp.16104-9. ⟨10.1073/pnas.1107533108⟩

Article dans une revue inserm-00626467v1
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Ten simple rules for getting help from online scientific communities.

Giovanni M Dall'Olio , Jacopo Marino , Michael Schubert , Kevin L. Keys , Melanie I. Stefan et al.

PLoS Computational Biology, 2011, 7 (9), pp.e1002202. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002202⟩

Article dans une revue inserm-00664605v1
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Modeling the early stage of DNA sequence recognition within RecA nucleoprotein filaments.

Adrien Saladin , Christopher Amourda , Pierre Poulain , Nicolas Férey , Marc Baaden et al.

Nucleic Acids Research, 2010, 38 (19), pp.6313-23. ⟨10.1093/nar/gkq459⟩

Article dans une revue hal-00533099v1
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Detection and architecture of small heat shock protein monomers.

Pierre Poulain , Jean-Christophe Gelly , Delphine Flatters

PLoS ONE, 2010, 5 (4), pp.e9990. ⟨10.1371/journal.pone.0009990⟩

Article dans une revue inserm-00474076v1
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PTools: an opensource molecular docking library.

Adrien Saladin , Sébastien Fiorucci , Pierre Poulain , Chantal Prévost , Martin Zacharias

BMC Structural Biology, 2009, 9, pp.27. ⟨10.1186/1472-6807-9-27⟩

Article dans une revue inserm-00474185v1
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Transitions between secondary structures in isolated polyalanines

Florent Calvo , Pierre Poulain

The European Physical Journal D : Atomic, molecular, optical and plasma physics, 2009, 51 (1), pp.15-23. ⟨10.1140/epjd/e2008-00096-0⟩

Article dans une revue istex inserm-00320828v1

Length of pushing efforts: pushing is not playing. Reply to the article of C. Le Ray and F. Audibert

J.-P. Schaal , M. Dreyfus , F. Bretelle , B. Carbonne , O. Dupuis et al.

Journal de Gynécologie Obstétrique et Biologie de la Reproduction, 2008, 37 (7), pp.715-723. ⟨10.1016/j.jgyn.2008.08.001⟩

Article dans une revue hal-00493417v1
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Insights on protein-DNA recognition by coarse grain modelling.

Pierre Poulain , Adrien Saladin , Brigitte Hartmann , Chantal Prévost

Journal of Computational Chemistry, 2008, 29 (15), pp.2582-92. ⟨10.1002/jcc.21014⟩

Article dans une revue inserm-00320808v1

Competition between secondary structures in gas phase polyalanines

Pierre Poulain , Florent Calvo , Rodolphe Antoine , Michel Broyer , Philippe Dugourd

EPL - Europhysics Letters, 2007, 79 (6), pp.66003. ⟨10.1209/0295-5075/79/66003⟩

Article dans une revue inserm-00264366v1

Comparison of the fragmentation pattern induced by collisions, laser excitation and electron capture. Influence of the initial excitation.

Rodolphe Antoine , Michel Broyer , Julia Chamot-Rooke , Claude Dedonder , Charles Desfrançois et al.

Rapid Communications in Mass Spectrometry, 2006, 20 (11), pp.1648-52. ⟨10.1002/rcm.2489⟩

Article dans une revue istex inserm-00264369v1

Performances of Wang-Landau algorithms for continuous systems.

Pierre Poulain , Florent Calvo , Rodolphe Antoine , Michel Broyer , Philippe Dugourd

Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2006, 73 (5 Pt 2), pp.056704. ⟨10.1103/PhysRevE.73.056704⟩

Article dans une revue inserm-00264367v1

Size distribution of fat globules in human colostrum, breast milk, and infant formula

Marie-Caroline Michalski , Valérie Briard-Bion , F. Michel , F Tasson , P. Poulain

Journal of Dairy Science, 2005, 88, pp.1927-1940

Article dans une revue hal-01453966v1

Monte Carlo simulations of flexible molecules in a static electric field: electric dipole and conformation

P. Poulain , R. Antoine , M. Broyer , P. Dugourd

Chemical Physics Letters, 2005, 401, pp.1--6. ⟨10.1016/j.cplett.2004.11.025⟩

Article dans une revue istex hal-00018545v1

Motor cortical control of cardiovascular bulbar neurones projecting to spinal autonomic areas.

Odile Viltart , Olivia Mullier , François Bernet , Pierre Poulain , Saadia Ba-M'Hamed et al.

Journal of Neuroscience Research, 2003, 73 (1), pp.122-35. ⟨10.1002/jnr.10598⟩

Article dans une revue istex hal-00332926v1

Cortical control of somato-cardiovascular integration: neuroanatomical studies.

H. Sequeira , O. Viltart , S. Ba-M'Hamed , P. Poulain

Brain Research Bulletin, 2000, 53 (1), pp.87-93

Article dans une revue hal-00332937v1
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Projet PédaGo! Transformons les pratiques entre pairs

Catherine de la Fouchardiere , Guillaume Anquetin , Pierre Poulain , Lorette Sicard , Marine Lanteri et al.

L'ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET LES COMMUNAUTÉS : DES DYNAMIQUES INTERCONNECTÉES, AIPU international, May 2024, Sherbrooke (Québec), Canada

Communication dans un congrès hal-04555329v1
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Évaluation de l'utilisation d'un robot conversationnel comme assistant en accessibilité pour la lecture des articles scientifiques

Gérard Uzan , Pierre Poulain , Fabrice Reby , Antoine Taly

Conférence Handicap 2024 – 13ème édition Recherches pluridisciplinaires pour l’autonomie des personnes en situation de handicap, Jun 2024, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04419718v2
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Plasma : plateforme d'e-learning pour l'analyse interactive de données

Jérémy Tuloup , Claire Vandiedonck , Sandrine Caburet , Pierre Poulain

Journées Réseaux de l'Enseignement et de la Recherche (JRES), May 2022, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-03563658v2
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Plasma : plateforme d’e-learning pour l’analyse interactive de données

Pierre Poulain , Jérémy Tuloup , Claire Vandiedonck , Sandrine Caburet

JRES (Journées réseaux de l'enseignement et de la recherche ) 2021, Renater, May 2022, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-04808193v1
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7 – Mastite du post-partum à streptocoque ß-hémolytique du groupe A : à propos d’un cas

F. Desbrousses , S. Rouquette , J.M. Chapplain , P. Poulain

33° Journées de la Société Française de Sénologie et de Pathologie Mammaire (SFSPM), Marseille, 2011. Cancer du sein : surdiagnostic, surtraitement. A la recherche d'un nouvel équilibre, Nov 2011, Marseille, France. pp.248

Communication dans un congrès hal-03575862v1

Hypothalamic astrocytes induce the neuronal maturation and function of GnRH-expressing GnV cells

Sarah Geller , V. Mansuy , P. Poulain , J.P. Rey , M. Giacomini et al.

7. International Congress of Neuroendocrinology - A Satellite Symposium "Plasticity of Neuroendocrine Systems", Jul 2010, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02754605v1

Impact of hypothalamic astrocytes on GnV-3 GnRH secreting cells: functional and transcriptomic analysis

V. Mansuy , Sarah Geller , J.P. Rey , P. Poulain , M. Giacomini et al.

92. Annual Meeting & Expo of the Endocrine Society (ENDO 2010), Jun 2010, San Diego, United States

Communication dans un congrès hal-02757522v1

Rôle des astrocytes dans la maturation neuronale de la lignée hypothalamique adulte GnV sécrétant la GnRH

Sarah Geller , P. Poulain , Nicolas Peineau , Anne Duittoz , V. Prevot

36. Colloque de la Société de Neuroendocrinologie, Sep 2009, Nice, France

Communication dans un congrès hal-02753378v1
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Annotating scientific data using artificial intelligence

Essmay Touami , Giulia Di Gennaro , Matthieu Chavent , Pierre Poulain

SFCi 2025 - 12e journées de la Société Française de Chémoinformatique, Dec 2025, Paris, France. , 2025

Poster de conférence hal-05424145v1
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A Unix competency framework for learning bioinformatics

Hélène Chiapello , Thomas Denecker , Lucie Khamvongsa Charbonnier , Pierre Poulain , Denis Puthier et al.

JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France.

Poster de conférence hal-04619317v1
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3D modeling of Hi-C contacts: seeing the spatial organization of fungal chromosomes

Thibault Poinsignon , Mélina Gallopin , Pierre Grognet , Fabienne Malagnac , Gaëlle Lelandais et al.

16th European Conference on Fungal Genetics, Mar 2023, Innsbruck, Austria. 2023

Poster de conférence hal-04041735v1
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The IFB e-Learning Working Group

Hélène Chiapello , Thomas Denecker , Gildas Le Corguillé , Pierre Poulain , Denis Puthier et al.

JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques) 2021, Jul 2021, Paris, France.

Poster de conférence hal-03296617v1
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Working with omics data, an interdisciplinary challenge at the crossroads of biology and computer science

Thibault Poinsignon , Pierre Poulain , Mélina Gallopin , Gaëlle Lelandais

Machine Learning for Brain Disorders, In press

Chapitre d'ouvrage hal-03738102v1
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La classe inversée. Exemple 2 : Retour d'expérience sur une classe inversée en bio-informatique

Pierre Poulain

Jean-François Parmentier, Quentin Vicens. Enseigner et former - 2e édition Psychologie appliquée et pédagogies actives, secondaire, supérieur, formation professionnelle, Dunod, 2022

Chapitre d'ouvrage hal-03737367v1
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Structure et dynamique de protéines isolées : approches statistiques

Pierre Poulain

Biophysique [physics.bio-ph]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩

Thèse tel-00094458v2