Pierre Poulain

Publications

Article dans une revue (33)

Training biologists in Unix command-line skills: From curriculum to interactive online tutorials Lucie Khamvongsa-Charbonnier,Robert Aboukhalil,Hélène Chiapello,Thomas Denecker,Pierre Poulainet al. PLoS Computational Biology, 2026, 22 (4), pp.e1014133. ⟨10.1371/journal.pcbi.1014133⟩ Article dans une revue hal-05583485v1
Fast Parametrization of Martini3 Models for Fragments and Small Molecules Magdalena Szczuka,Gilberto Pereira,Luis Walter,Marc Gueroult,Pierre Poulainet al. Journal of Chemical Theory and Computation, 2025, 22 (1), pp.610-623. ⟨10.1021/acs.jctc.5c01178⟩ Article dans une revue hal-05536937v1
Fast parameterization of Martini3 models for fragments and small molecules Magdalena Szczuka,Gilberto P Pereira,Luis J Walter,Marc Gueroult,Pierre Poulainet al. Journal of Chemical Theory and Computation, 2025, ⟨10.1101/2025.07.13.664596⟩ Article dans une revue hal-05377336v1
The five pillars of computational reproducibility: bioinformatics and beyond Mark Ziemann,Pierre Poulain,Anusuiya Bora Briefings in Bioinformatics, 2023, 24 (6), pp.1-13. ⟨10.1093/bib/bbad375⟩ Article dans une revue hal-04255776v1
MDverse: Shedding Light on the Dark Matter of Molecular Dynamics Simulations Johanna K S Tiemann,Magdalena Szczuka,Lisa Bouarroudj,Mohamed Oussaren,Steven Garciaet al. eLife, 2023, ⟨10.7554/elife.90061⟩ Article dans une revue hal-04254566v2
A field guide for implementing a flipped classroom Pierre Poulain,Mickael Bertrand,Héloise Dufour,Antoine Taly Biochemistry and Molecular Biology Education, 2023, ⟨10.1002/bmb.21737⟩ Article dans une revue hal-04099156v2
AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering of omics data Pierre Poulain,Jean‐michel Camadro BMC Research Notes, 2022, 15 (1), pp.241. ⟨10.1186/s13104-022-06129-6⟩ Article dans une revue hal-03718406v1
AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering of omics data Pierre Poulain,Jean-Michel Camadro BMC Research Notes, 2022, 15 (1), pp.241. ⟨10.1186/s13104-022-06129-6⟩ Article dans une revue hal-03858142v1
Novel Insights into Quantitative Proteomics from an Innovative Bottom-Up Simple Light Isotope Metabolic (bSLIM) Labeling Data Processing Strategy Nicolas Sénécaut,Gelio Alves,Hendrik Weisser,Laurent Lignières,Samuel Terrieret al. Journal of Proteome Research, 2021, 20 (3), pp.1476-1487. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00478⟩ Article dans une revue hal-03266586v1
buildH: Build hydrogen atoms from united-atom molecular dynamics of lipids and calculate the order parameters Hubert Santuz,Amélie Bâcle,Pierre Poulain,Patrick F J Fuchs Journal of Open Source Software, 2021, 6 (65), pp.3521. ⟨10.21105/joss.03521⟩ Article dans une revue hal-03481632v1
BGC‐Argo Floats Observe Nitrate Injection and Spring Phytoplankton Increase in the Surface Layer of Levantine Sea (Eastern Mediterranean) Fabrizio d'Ortenzio,V. Taillandier,Hervé Claustre,Laurent Coppola,P. Conanet al. Geophysical Research Letters, 2021, 48 (8), ⟨10.1029/2020GL091649⟩ Article dans une revue hal-03217440v1
AutoClassWrapper: a Python wrapper for AutoClass C classification Jean-Michel Camadro,Pierre Poulain Journal of Open Source Software, 2019, 4 (39), pp.1390. ⟨10.21105/joss.01390⟩ Article dans une revue hal-02389319v1
Pixel: a content management platform for quantitative omics data Thomas Denecker,William Durand,Julien Maupetit,Charles Hébert,Jean-Michel Camadroet al. PeerJ, 2019, 7, pp.e6623. ⟨10.7717/peerj.6623⟩ Article dans une revue hal-03100146v1
Meet-U: educating through research immersion Nika Abdollahi,Alexandre Albani,Eric Anthony,Agnes Baud,Mélissa Cardonet al. PLoS Computational Biology, 2018, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005992⟩ Article dans une revue hal-01722019v1
An Integrative Approach to the Study of Filamentous Oligomeric Assemblies, with Application to RecA Benjamin Boyer,Johann Ezelin,Pierre Poulain,Adrien Saladin,Martin Zachariaset al. PLoS ONE, 2015, 10 (3), pp.e0116414. ⟨10.1371/journal.pone.0116414⟩ Article dans une revue hal-01230983v1
Tolérance du dispositif intra-utérin au cuivre chez les patientes nullipares : étude prospective unicentrique C. Guicheteau,L. Boyer,D. A. Somé,J. Leveque,P. Poulainet al. Gynécologie Obstétrique & Fertilité, 2015, 43 (2), pp.144--150. ⟨10.1016/j.gyobfe.2015.01.003⟩ Article dans une revue hal-01147373v1
Cis-trans isomerization of omega dihedrals in proteins. Pierrick Craveur,Agnel Praveen Joseph,Pierre Poulain,Joseph Rebehmed,Alexandre de Brevern Amino Acids, 2013, 45 (2), pp.279-89. ⟨10.1007/s00726-013-1511-3⟩ Article dans une revue istex inserm-00926521v1
Modeling and molecular dynamics of HPA-1a and -1b polymorphisms: effects on the structure of the β3 subunit of the αIIbβ3 integrin. Vincent Jallu,Pierre Poulain,Patrick F. J. Fuchs,Cécile Kaplan,Alexandre de Brevern PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.e47304. ⟨10.1371/journal.pone.0047304⟩ Article dans une revue inserm-00926600v1
Prostaglandin E2 release from astrocytes triggers gonadotropin-releasing hormone (GnRH) neuron firing via EP2 receptor activation. Jerome Clasadonte,Pierre Poulain,Naresh K. Hanchate,Gabriel Corfas,Sergio R. Ojedaet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2011, 108 (38), pp.16104-9. ⟨10.1073/pnas.1107533108⟩ Article dans une revue inserm-00626467v1
Ten simple rules for getting help from online scientific communities. Giovanni M Dall'Olio,Jacopo Marino,Michael Schubert,Kevin L. Keys,Melanie I. Stefanet al. PLoS Computational Biology, 2011, 7 (9), pp.e1002202. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002202⟩ Article dans une revue inserm-00664605v1
Modeling the early stage of DNA sequence recognition within RecA nucleoprotein filaments. Adrien Saladin,Christopher Amourda,Pierre Poulain,Nicolas Férey,Marc Baadenet al. Nucleic Acids Research, 2010, 38 (19), pp.6313-23. ⟨10.1093/nar/gkq459⟩ Article dans une revue hal-00533099v1
Detection and architecture of small heat shock protein monomers. Pierre Poulain,Jean-Christophe Gelly,Delphine Flatters PLoS ONE, 2010, 5 (4), pp.e9990. ⟨10.1371/journal.pone.0009990⟩ Article dans une revue inserm-00474076v1
PTools: an opensource molecular docking library. Adrien Saladin,Sébastien Fiorucci,Pierre Poulain,Chantal Prévost,Martin Zacharias BMC Structural Biology, 2009, 9, pp.27. ⟨10.1186/1472-6807-9-27⟩ Article dans une revue inserm-00474185v1
Transitions between secondary structures in isolated polyalanines Florent Calvo,Pierre Poulain The European Physical Journal D : Atomic, molecular, optical and plasma physics, 2009, 51 (1), pp.15-23. ⟨10.1140/epjd/e2008-00096-0⟩ Article dans une revue istex inserm-00320828v1
Length of pushing efforts: pushing is not playing. Reply to the article of C. Le Ray and F. Audibert J.-P. Schaal,M. Dreyfus,F. Bretelle,B. Carbonne,O. Dupuiset al. Journal de Gynécologie Obstétrique et Biologie de la Reproduction, 2008, 37 (7), pp.715-723. ⟨10.1016/j.jgyn.2008.08.001⟩ Article dans une revue hal-00493417v1
Insights on protein-DNA recognition by coarse grain modelling. Pierre Poulain,Adrien Saladin,Brigitte Hartmann,Chantal Prévost Journal of Computational Chemistry, 2008, 29 (15), pp.2582-92. ⟨10.1002/jcc.21014⟩ Article dans une revue inserm-00320808v1
Competition between secondary structures in gas phase polyalanines Pierre Poulain,Florent Calvo,Rodolphe Antoine,Michel Broyer,Philippe Dugourd EPL - Europhysics Letters, 2007, 79 (6), pp.66003. ⟨10.1209/0295-5075/79/66003⟩ Article dans une revue inserm-00264366v1
Comparison of the fragmentation pattern induced by collisions, laser excitation and electron capture. Influence of the initial excitation. Rodolphe Antoine,Michel Broyer,Julia Chamot-Rooke,Claude Dedonder,Charles Desfrançoiset al. Rapid Communications in Mass Spectrometry, 2006, 20 (11), pp.1648-52. ⟨10.1002/rcm.2489⟩ Article dans une revue istex inserm-00264369v1
Performances of Wang-Landau algorithms for continuous systems. Pierre Poulain,Florent Calvo,Rodolphe Antoine,Michel Broyer,Philippe Dugourd Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2006, 73 (5 Pt 2), pp.056704. ⟨10.1103/PhysRevE.73.056704⟩ Article dans une revue inserm-00264367v1
Size distribution of fat globules in human colostrum, breast milk, and infant formula Marie-Caroline Michalski,Valérie Briard-Bion,F. Michel,F Tasson,P. Poulain Journal of Dairy Science, 2005, 88, pp.1927-1940 Article dans une revue hal-01453966v1
Monte Carlo simulations of flexible molecules in a static electric field: electric dipole and conformation P. Poulain,R. Antoine,M. Broyer,P. Dugourd Chemical Physics Letters, 2005, 401, pp.1--6. ⟨10.1016/j.cplett.2004.11.025⟩ Article dans une revue istex hal-00018545v1
Motor cortical control of cardiovascular bulbar neurones projecting to spinal autonomic areas. Odile Viltart,Olivia Mullier,François Bernet,Pierre Poulain,Saadia Ba-M'Hamedet al. Journal of Neuroscience Research, 2003, 73 (1), pp.122-35. ⟨10.1002/jnr.10598⟩ Article dans une revue istex hal-00332926v1
Cortical control of somato-cardiovascular integration: neuroanatomical studies. H. Sequeira,O. Viltart,S. Ba-M'Hamed,P. Poulain Brain Research Bulletin, 2000, 53 (1), pp.87-93 Article dans une revue hal-00332937v1

Communication dans un congrès (8)

Projet PédaGo! Transformons les pratiques entre pairs Catherine de la Fouchardiere,Guillaume Anquetin,Pierre Poulain,Lorette Sicard,Marine Lanteriet al. L'ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET LES COMMUNAUTÉS : DES DYNAMIQUES INTERCONNECTÉES, AIPU international, May 2024, Sherbrooke (Québec), Canada Communication dans un congrès hal-04555329v1
Évaluation de l'utilisation d'un robot conversationnel comme assistant en accessibilité pour la lecture des articles scientifiques Gérard Uzan,Pierre Poulain,Fabrice Reby,Antoine Taly Conférence Handicap 2024 – 13ème édition Recherches pluridisciplinaires pour l’autonomie des personnes en situation de handicap, Jun 2024, Paris, France Communication dans un congrès hal-04419718v2
Plasma : plateforme d'e-learning pour l'analyse interactive de données Jérémy Tuloup,Claire Vandiedonck,Sandrine Caburet,Pierre Poulain Journées Réseaux de l'Enseignement et de la Recherche (JRES), May 2022, Marseille, France Communication dans un congrès hal-03563658v2
Plasma : plateforme d’e-learning pour l’analyse interactive de données Pierre Poulain,Jérémy Tuloup,Claire Vandiedonck,Sandrine Caburet JRES (Journées réseaux de l'enseignement et de la recherche ) 2021, Renater, May 2022, Marseille, France Communication dans un congrès hal-04808193v1
7 – Mastite du post-partum à streptocoque ß-hémolytique du groupe A : à propos d’un cas F. Desbrousses,S. Rouquette,J.M. Chapplain,P. Poulain 33° Journées de la Société Française de Sénologie et de Pathologie Mammaire (SFSPM), Marseille, 2011. Cancer du sein : surdiagnostic, surtraitement. A la recherche d'un nouvel équilibre, Nov 2011, Marseille, France. pp.248 Communication dans un congrès hal-03575862v1
Hypothalamic astrocytes induce the neuronal maturation and function of GnRH-expressing GnV cells Sarah Geller,V. Mansuy,P. Poulain,J.P. Rey,M. Giacominiet al. 7. International Congress of Neuroendocrinology - A Satellite Symposium "Plasticity of Neuroendocrine Systems", Jul 2010, Tours, France Communication dans un congrès hal-02754605v1
Impact of hypothalamic astrocytes on GnV-3 GnRH secreting cells: functional and transcriptomic analysis V. Mansuy,Sarah Geller,J.P. Rey,P. Poulain,M. Giacominiet al. 92. Annual Meeting & Expo of the Endocrine Society (ENDO 2010), Jun 2010, San Diego, United States Communication dans un congrès hal-02757522v1
Rôle des astrocytes dans la maturation neuronale de la lignée hypothalamique adulte GnV sécrétant la GnRH Sarah Geller,P. Poulain,Nicolas Peineau,Anne Duittoz,V. Prevot 36. Colloque de la Société de Neuroendocrinologie, Sep 2009, Nice, France Communication dans un congrès hal-02753378v1

Poster de conférence (4)

Annotating scientific data using artificial intelligence Essmay Touami,Giulia Di Gennaro,Matthieu Chavent,Pierre Poulain SFCi 2025 - 12e journées de la Société Française de Chémoinformatique, Dec 2025, Paris, France. , 2025 Poster de conférence hal-05424145v1
A Unix competency framework for learning bioinformatics Hélène Chiapello,Thomas Denecker,Lucie Khamvongsa Charbonnier,Pierre Poulain,Denis Puthieret al. JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France. Poster de conférence hal-04619317v1
3D modeling of Hi-C contacts: seeing the spatial organization of fungal chromosomes Thibault Poinsignon,Mélina Gallopin,Pierre Grognet,Fabienne Malagnac,Gaëlle Lelandaiset al. 16th European Conference on Fungal Genetics, Mar 2023, Innsbruck, Austria. 2023 Poster de conférence hal-04041735v1
The IFB e-Learning Working Group Hélène Chiapello,Thomas Denecker,Gildas Le Corguillé,Pierre Poulain,Denis Puthieret al. JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques) 2021, Jul 2021, Paris, France. Poster de conférence hal-03296617v1

Ouvrages (1)

Programmation en Python pour les sciences de la vie Patrick F J Fuchs,Pierre Poulain Dunod, 2019, 9782100796021 Ouvrages hal-03337954v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Working with omics data, an interdisciplinary challenge at the crossroads of biology and computer science Thibault Poinsignon,Pierre Poulain,Mélina Gallopin,Gaëlle Lelandais Machine Learning for Brain Disorders, In press Chapitre d'ouvrage hal-03738102v1
La classe inversée. Exemple 2 : Retour d'expérience sur une classe inversée en bio-informatique Pierre Poulain Jean-François Parmentier, Quentin Vicens. Enseigner et former - 2e édition Psychologie appliquée et pédagogies actives, secondaire, supérieur, formation professionnelle, Dunod, 2022 Chapitre d'ouvrage hal-03737367v1

Autre publication scientifique (1)

AutoClassWeb: a simple web interface for Bayesian clustering Pierre Poulain,Jean-Michel Camadro 2022 Autre publication scientifique hal-03580909v2

Pré-publication, Document de travail (1)

Le notebook. Une forme intelligible du numérique ? Un objet écosophique ? Raphaëlle Krummeich,Sébastien Rey-Coyrehourcq,Hugues Pecout,Konrad Hinsen,Pierre Poulainet al. 2022 Pré-publication, Document de travail (working paper) halshs-04019870v1

Thèse (1)

Structure et dynamique de protéines isolées : approches statistiques Pierre Poulain Biophysique [physics.bio-ph]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00094458v2

HDR (1)

Recyclage des données de la recherche en biologie : vers une bioinformatique écologique ? Pierre Poulain Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Cité, 2022 HDR tel-03737350v1

Cours (3)

Sandbox.bio tutorials – Linux basics training modules (IFB ELIXIR-FR) Lucie Khamvongsa-Charbonnier,Thomas Denecker,Claire Toffano-Nioche,Denis Puthier,Olivier Sandet al. École thématique. France. 2026 Cours hal-05506951v1
Introduction à la programmation Python pour la biologie Patrick F. J. Fuchs,Pierre Poulain Master. Programmation Python, Paris, France. 2024, pp.385 Cours hal-03264103v5
Modélisation mathématique en biologie (MOMAB) Tamara Servi,Pierre Poulain Licence. Modélisation mathématique en biologie (MOMAB), Paris, France. 2020, pp.193 Cours hal-03263031v1

Logiciel (2)

AutoClassWeb Pierre Poulain,Jean-Michel Camadro 2021, ⟨swh:1:dir:960555205d58aaebf1a2ca75e89a5641f8b67adc;origin=https://github.com/pierrepo/autoclassweb;visit=swh:1:snp:197006701fbcadd62a36c64dcd154735f93114b3;anchor=swh:1:rev:b461fcd9b1640e3d26a39875d2549d8626cc2bf0⟩ Logiciel hal-03735964v1
buildH Hubert Santuz,Amélie Bâcle,Pierre Poulain,Patrick Fuchs 2019, ⟨swh:1:dir:4c63d5ca3497726a1e54ac152ce1667d7c004d2b;origin=https://github.com/patrickfuchs/buildH/;visit=swh:1:snp:a63a8d07dbebeb442a06707be476817cec44ac72;anchor=swh:1:rev:9f05672515e1cdb0064eeb34f63844296193bc0d⟩ Logiciel hal-03467422v1