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Pierrick Haffray

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Présentation

After 3 years as biologist in the INRA-Ifremer experimental station of marine salmonids (SEMII, Camaret, France) and in the rainbow trout companies Pisciculture Bellet (Angoulême, France) and Truite de Bretagne (Morlaix, France), I joined (1990) the French association of poultry and aquaculture breeders (SYSAAF, Rennes, France) to develop first commercial breeding programs in the French aquaculture, primarily in salmonids as rainbow trout or charrs, followed by marine fishes as sea bass, sea bream or meagre (1992), sturgeons (1996), Pacific or flat oyster and clam (2001) and shrimps (2009). I'm now managing a team of 6 geneticist and 3 PhD students at the Aquaculture section of SYSAAF that advise 25 breeding companies selecting 18 aquaculture species in France and in Madagascar, Mozambique, Mexico, Thailand and in the past in Indonesia. My main research interests were the adaptation of principles of domestication and genetic selection to aquaculture species in using DNA-parentage assignment in combining mass and sib-selection, the development of high through put technologies to phenotype quality traits (micro-wave, artificial vision, ultrasound, MRI, RMN), the optimisation of gametes collection and larval conservation and cryoconservation, the monosexing and the triploidisation and recently (since 2014) the improvement of disease resistances to nine different diseases based on challenge tests (OHsV1, IPN, VHS, VNN, F. psychrophilum, P. piscicidae, E. tarda, V. harveyi, V. tapetis) and sib selection. My current primary research interests are the development and the application of genomic tools in genomic selection in different species (rainbow trout, sea bass, sea bream, Pacific oyster, white leg shrimp), the application of spectrometry (NIR, Raman) to target new traits as fatty acid composition to improve aquaculture nutritional value and since the two years the breeding of pearl oyster. Past Board member of the European Forum for Farm Animal Breeders (EFFAB), the European platform on Farm Animal Breeding and REproduction (FABRE) and the Labogena genotyping laboratory, I'm co-authored over 100 scientific publications and I was awarded (2019) by the French Academy of Agriculture for my inputs in the development of breeding programs in aquaculture.

Publications

jerome-bugeon
"mathilde-dupont-nivet"
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Prediction of fatty acids composition in the rainbow trout Oncorhynchus mykiss by using Raman micro-spectroscopy

E. Prado , Christophe Eklouh-Molinier , Florian Enez , David Causeur , C. Blay
Analytica Chimica Acta, 2022, 1191, ⟨10.1016/j.aca.2021.339212⟩
Article dans une revue hal-03445774v1
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Genetic parameters and genome-wide association studies of quality traits characterised using imaging technologies in Rainbow trout, Oncorhynchus mykiss

Carole Blay , Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Jonathan D’ambrosio , Nicolas Dechamp
Frontiers in Genetics, 2021, 12, pp.1-17. ⟨10.3389/fgene.2021.639223⟩
Article dans une revue hal-03154333v1
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Genetic architecture and genomic selection of fatty acid composition predicted by Raman spectroscopy in rainbow trout

Carole Blay , Pierrick Haffray , Jonathan D’ambrosio , Enora Prado , Nicolas Dechamp
BMC Genomics, 2021, 22 (1), pp.788. ⟨10.1186/s12864-021-08062-7⟩
Article dans une revue hal-03432316v1
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First evidence of realized selection response on fillet yield in Rainbow trout Oncorhynchus mykiss, Using Sib selection or based on correlated ultrasound measurements

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Anastasia Bestin , Alexandre Desgranges , Jean-Michel Allamellou
Frontiers in Genetics, 2019, 10, pp.1-13. ⟨10.3389/fgene.2019.01225⟩
Article dans une revue hal-02627462v1

Accuracy of BLUP breeding values in a factorial mating design with mixed families and marker-based parentage assignment in rainbow trout Oncorhynchus mykiss

Pierrick Haffray , Florian Enez , Jérôme Bugeon , Hervé Chapuis , Mathilde Dupont-Nivet
Aquaculture, 2018, 490, pp.350-354. ⟨10.1016/j.aquaculture.2018.03.003⟩
Article dans une revue hal-01764389v1

Genetic parameters of in-vivo prediction of carcass, head and fillet yields by internal ultrasound and 2D external imagery in large rainbow trout

Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Quentin Rivard , Benjamin Quittet , Sophie Puyo
Aquaculture, 2013, 410-411, pp.236-244. ⟨10.1016/j.aquaculture.2013.06.016⟩
Article dans une revue hal-00877146v1

Negative genetic correlations between production traits and head or bony tissues in large all-female rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Cédric Pincent , Hervé Chapuis , Emmanuel Mazeiraud
Aquaculture, 2012, 368-369, pp.145-152. ⟨10.1016/j.aquaculture.2012.09.023⟩
Article dans une revue hal-01000352v1

Réponse à la sélection sur le rendement de filet chez la truite arc-en-ciel

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Anastasia Bestin , Alexandre Desgranges , Jean-Michel Allamelou
6. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Jul 2019, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02734410v1

Successful realized selection response for fillet yield in rainbow trout Oncorhynchus mykiss

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Anastasia Bestin , Alexandre Desgranges , Sébastien Courant
World Aquaculture 2018, European Aquaculture Society (EAS)., Aug 2019, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02264916v1
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A first demonstration of realized selection response for fillet yield in fish, in rainbow trout oncorhynchus mykiss

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Anastasia Bestin , Alexandre Desgranges , Sebastien Courant
13. International Symposium for Genetics in Aquaculture (ISGA XIII), Jul 2018, Cairns, Australia
Communication dans un congrès hal-02264933v1
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Peut-on sélectionner sur le rendement de filet chez les poissons ? (et chez le bar en particulier)

Marc Vandeputte , Clémence Fraslin , Jérôme Bugeon , François Allal , Antonio Puledda
Journée du SFAMN (Syndicat Français de l'Aquaculture Marine et Nouvelle), Mar 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-03155369v1

Genetic parameters of lipids heterogeneity estimated by direct (MRI) or indirect (artificial vision, Fat Meter) technologies in the fillet of large rainbow trout

Pierrick Haffray , Antoine Chevrel , Benjamin Quittet , F. Cachelou , G. Collewet
Aquaculture conference, Oct 2013, Gran Canaria, Spain
Communication dans un congrès hal-02598817v1

"Qualitytruite" : l'IRM comme méthode de quantification rapide du gras intramusculaire et du tissu adipeux sous cutané des darnes de truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss)

Guylaine G. Collewet , Jérôme Bugeon , Jérôme J. Idier , Stéphane S. Quellec , Benjamin Quittet
3. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France. pp.83
Communication dans un congrès hal-01000325v1

Remplacement des matières premières de l'aliment : conséquences sur la qualité de la chair de truite et de bar

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , Françoise Médale , Laurent Labbé
3. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2012, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01191201v1

Selecting for processing yields: genetic parameters of non lethal indirect criteria in rainbow trout Oncorhynchus mykiss

Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Quentin Rivard , Benjamin Quittet , Marc Vandeputte
11. International Symposium on Genetics in Aquaculture, Auburn University. USA., Jun 2012, Auburn, United States. pp.37
Communication dans un congrès hal-01019822v1

Reprint of: Genetic parameters of in-vivo prediction of carcass, head and fillet yields by internal ultrasound and 2D external imagery in large rainbow trout [i](Oncorhynchus mykiss)[/i]

Pierrick Haffray , Jérôme Bugeon , Quentin Rivard , Benjamin Quittet , Sophie Puyo
11. International Symposium on Genetics in Aquaculture, Jun 2012, Auburn, United States. ⟨10.1016/j.aquaculture.2014.01.016⟩
Communication dans un congrès hal-01193810v1

Heart morphology and malformations genetic parameters in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), genetic correlations with production traits

Benjamin Quittet , Pierrick Haffray , Hervé H. Chapuis , Paul P. Rault , Emmanuel E. Mazeiraud
11. International Symposium on Genetics in Aquaculture, Auburn University. USA., Jun 2012, Auburn, United States. pp.24
Communication dans un congrès hal-01001225v1

Origine des matières premières de l'aliment : conséquences sur la qualité des chairs de truite et de bar

Florence Lefèvre , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , Françoise Médale , Laurent Labbé
14. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Institut de l'Elevage (IDELE). FRA., Nov 2012, Caen, France
Communication dans un congrès hal-01190249v1

Comment sélectionner pour la qualité ? Quelles évolutions ?

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , H. H. Chavanne , Pierrick Haffray
Rencontres de l'aquaculture, May 2011, Le Touquet, France. 14 p
Communication dans un congrès hal-01001157v1

Colour image analysis as a possible tool to quantify carcass and flesh quality in a rainbow trout selective breeding program

Jérôme Bugeon , Georges Choubert , Cédric Pincent , Béatrice Chatain , Vincent Petit
Digital imaging in fisheries biology, Sep 2010, Písek, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-01193650v1

"Qualitytruite" : Élaboration d'une méthode de sélection sur les rendements de découpe et la qualité de la chair combinant sélection massale et familiale

Pierrick Haffray , Cédric Pincent , Hervé Chapuis , Vincent Petit , Jérôme Bugeon
2. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2009, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01193466v1

Processing quality of selected fish: quasi-absence of correlated responses to selection for growth in the brown trout [i]Salmo trutta[/i] and in the sea bass [i]Dicentrarchus labrax[/i]

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , H. Chavanne , Pierrick Haffray
Aquaculture Europe 09, Aug 2009, Trondheim, Norway
Communication dans un congrès hal-01193574v1

Pas de modification de qualité technologique chez les poissons sélectionnés pour la croissance : exemples de la truite fario et du bar

Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Mathilde Dupont-Nivet , H. Chavanne , Pierrick Haffray
2. Journées de la Recherche Filière Piscicole, Jul 2009, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01193498v1

Genetic parameters for growth and flesh quality traits in large freshwater-reared rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) groups, mass selected or not for growth

Pierrick Haffray , Cédric Pincent , Hervé Chapuis , Vincent Petit , Jérôme Bugeon
10. International Symposium on Genetics in Aquaculture (IAGA), Jun 2009, Bangkok, Thailand
Communication dans un congrès hal-01193550v1

Amélioration de la sélection individuelle par indexation sur collatéraux: application aux critères de qualité.

Pierrick Haffray , Mathilde Dupont-Nivet , Marc Vandeputte , Jérôme Bugeon , Cédric Pincent
Congrès du SFAMN Syndicat Français de l'Aquaculture Marine et Nouvelle, Mar 2009, Montpellier, France. n.p
Communication dans un congrès hal-01193566v1

Prosper+/Qualitytruite : Evaluation et amélioration de la procédure de sélection PROSPER: optimisation des méthodes actuelles et introduction d'indexations sur collatéraux sur des critères de qualité.

Pierrick Haffray , H. Chapuis , M. Jegaden , V. Petit , J. Doerflinger
Journée Technique Piscicole du Sysaaf, Oct 2006, Paris, pp.Inconnu
Communication dans un congrès hal-02823838v1
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Quantification of intramuscular fat and subcutaneous adipose tissue in rainbow trout using MRI and vision

G. Collewet , Jérôme Bugeon , J. Idier , S. Quellec , Benjamin Quittet
1. Annual Conference on Carcass Evaluation, Meat Quality, Software and Traceability, Sep 2012, Dublin, Ireland. 2012, First annual Conference on Carcass Evaluation, Meat Quality, Software and Traceability
Poster de conférence hal-02600018v1