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Footprints of Worldwide Adaptation in Structured Populations of Drosophila melanogaster Through the Expanded DEST 2.0 Genomic Resource
Joaquin C. B. Nunez
,
Marta Coronado-Zamora
,
Mathieu Gautier
,
Martin Kapun
,
Sonja Steindl
et al.
Article dans une revue
hal-04779897v2
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Revisiting the historical scenario of a disease dissemination using genetic data and Approximate Bayesian Computation methodology: The case of Pseudocercospora fijiensis invasion in Africa
Aude Gilabert
,
A Rieux
,
S Robert
,
Renaud Vitalis
,
Marie-Françoise Zapater
et al.
Article dans une revue
hal-04119272v1
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ƒ‐statistics estimation and admixture graph construction with Pool‐Seq or allele count data using the R package poolfstat
Mathieu Gautier
,
Renaud Vitalis
,
Laurence Flori
,
Arnaud Estoup
Article dans une revue
hal-03481066v1
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Gene copy number variations at the within-host population level modulate gene expression in a multipartite virus
Romain Gallet
,
Jérémy Di Mattia
,
Sébastien Ravel
,
Jean-Louis Zeddam
,
Renaud Vitalis
et al.
Article dans une revue
hal-03747742v1
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Evolution of flowering time in a selfing annual plant: Roles of adaptation and genetic drift
Laurène Gay
,
Julien Dhinaut
,
Margaux Jullien
,
Renaud Vitalis
,
Miguel Navascués
et al.
Article dans une revue
hal-02922123v1
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Power and limits of selection genome scans on temporal data from a selfing population
Miguel Navascués
,
Arnaud Becheler
,
Laurène Gay
,
Joëlle Ronfort
,
Karine Loridon
et al.
Article dans une revue
hal-02922124v1
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Extending Approximate Bayesian Computation with Supervised Machine Learning to infer demographic history from genetic polymorphisms using DIYABC Random Forest
François‐david Collin
,
Ghislain Durif
,
Louis Raynal
,
Eric Lombaert
,
Mathieu Gautier
et al.
Article dans une revue
hal-03229207v1
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Inferring sex-specific demographic history from SNP data
Florian Clemente
,
Mathieu Gautier
,
Renaud Vitalis
Article dans une revue
hal-02388049v1
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Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races
Pierre Nouhaud
,
Mathieu Gautier
,
Anaïs Gouin
,
Julie Jaquiéry
,
Jean Peccoud
et al.
Article dans une revue
hal-01892027v1
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Preliminary insights into the genetics of bank vole tolerance to Puumala hantavirus in Sweden
Audrey Rohfritsch
,
Maxime Galan
,
Mathieu Gautier
,
Karim Gharbi
,
Gert Olsson
et al.
Article dans une revue
hal-02388043v1
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Deciphering the demographic history of allochronic differentiation in the pine processionary moth Thaumetopoea pityocampa
Raphaël Leblois
,
Mathieu Gautier
,
Audrey Rohfritsch
,
Julien Foucaud
,
Christian Burban
et al.
Article dans une revue
hal-02626319v1
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Measuring Genetic Differentiation from Pool-seq Data
Valentin Hivert
,
Raphael Leblois
,
Eric Petit
,
Mathieu Gautier
,
Renaud Vitalis
Article dans une revue
hal-01936905v1
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Microevolution of bank voles (Myodes glareolus) at neutral and immune-related genes during multiannual dynamic cycles: consequences for Puumala hantavirus epidemiology.
Adelaïde Dubois
,
Maxime Galan
,
Jean-François Cosson
,
Bertrand Gauffre
,
Heikki Henttonen
et al.
Article dans une revue
hal-01483534v1
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REHH 2.0: a reimplementation of the R package REHH to detect positive selection from haplotype structure
Mathieu Gautier
,
Alexander Klassmann
,
Renaud Vitalis
Article dans une revue
hal-01607599v1
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Intermediate degrees of synergistic pleiotropy drive adaptive evolution in ecological time
Léa Frachon
,
Cyril Libourel
,
Romain Villoutreix
,
Sébastien Carrere
,
Cédric Glorieux
et al.
Article dans une revue
hal-02622028v1
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Large-scale phylogeographic study of the cosmopolitan aphid pest Brachycaudus helichrysi reveals host plant associated lineages that evolved in allopatry
Megan Popkin
,
Joséphine Piffaretti
,
Anne Laure Clamens
,
Ge-Xia Qiao
,
Jing Chen
et al.
Biological Journal of the Linnean Society, 2017, 120 (1), pp.102 - 114
Article dans une revue
hal-02623529v1
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Subspecific taxonomy of the desert locust, <em>Schistocerca gregaria</em> (Orthoptera: Acrididae), based on molecular and morphological characters
Marie-Pierre Chapuis
,
Corinna S. Bazelet
,
Laurence Blondin
,
Antoine Foucart
,
Renaud Vitalis
et al.
Article dans une revue
istex
hal-02636000v1
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New set of microsatellite markers for the spotted-wing <em>Drosophila suzukii</em> (Diptera: Drosophilidae): a promising molecular tool for inferring the invasion history of this major insect pest
Anne Fraimout
,
Anne Loiseau
,
Donald K. Price
,
Anne Xuéreb
,
Jean-François Martin
et al.
European Journal of Entomology, 2015, 112, pp.855-859
Article dans une revue
hal-02631599v1
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Detecting and Measuring Selection from Gene Frequency Data
Renaud Vitalis
,
Mathieu M. Gautier
,
Kevin J. Dawson
,
Mark A. Beaumont
Article dans une revue
hal-02632620v1
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Maximum-Likelihood Inference of Population Size Contractions from Microsatellite Data
Raphaël Leblois
,
Pierre Pudlo
,
Néron Joseph
,
François Bertaux
,
Champak Reddy Beeravolu
et al.
Article dans une revue
hal-02087423v1
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Detecting correlation between allele frequencies and environmental variables as a signature of selection. A fast computational approach for genome-wide studies
Gilles Guillot
,
Renaud Vitalis
,
Arnaud Le Rouzic
,
Mathieu M. Gautier
Article dans une revue
istex
hal-02634708v1
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|
Positive selection of protective variants for type 2 diabetes from the Neolithic onward: a case study in Central Asia
Laure Ségurel
,
Frédéric Austerlitz
,
Bruno Toupance
,
Mathieu M. Gautier
,
Joanna L Kelley
et al.
Article dans une revue
hal-02120826v1
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When history repeats itself: Exploring the genetic architecture of host-plant adaptation in two closely related lepidopteran species
Hermine Alexandre
,
Sergine Ponsard
,
Denis Bourguet
,
Renaud Vitalis
,
Philippe Audiot
et al.
Article dans une revue
hal-01190519v1
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The joint evolution of dispersal and dormancy in a metapopulation with local extinctions and kin competition
Renaud Vitalis
,
François Rousset
,
Yutaka Kobayashi
,
Isabelle Olivieri
,
Sylvain Gandon
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2013, 67 (6), pp.1676 - 1691. ⟨10.1111/evo.12069⟩
Article dans une revue
hal-02388052v1
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Inferring Population Histories Using Genome-Wide Allele Frequency Data
Mathieu Gautier
,
Renaud Vitalis
Article dans une revue
hal-00783026v1
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Rehh: an R package to detect footprints of selection in genome-wide SNP data from haplotype structure
Mathieu M. Gautier
,
Renaud Vitalis
Article dans une revue
hal-02648143v1
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Large-scale candidate gene scan reveals the role of chemoreceptor genes in host plant specialization and speciation in the pea aphid
Carole Smadja
,
Björn Canbäck
,
Renaud Vitalis
,
Mathieu Gautier
,
Julia Ferrari
et al.
Article dans une revue
hal-02652662v1
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Genome scans reveal candidate regions involved in the adaptation to host plant in the pea aphid complex.
Julie Jaquiéry
,
Solenn Stoeckel
,
P. Nouhaud
,
L. Mieuzet
,
F. Mahéo
et al.
Article dans une revue
istex
hal-00753439v1
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Inbreeding depression is purged in the invasive insect Harmonia axyridis
Benoit Facon
,
Ruth A. Hufbauer
,
Ashraf Tayeh
,
Anne Loiseau
,
Eric Lombaert
et al.
Article dans une revue
hal-02644352v1
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Chromosomal Inversions, Natural Selection and Adaptation in the Malaria Vector Anopheles funestus
Diego Ayala
,
Michael C. Fontaine
,
Anna Cohuet
,
Didier Fontenille
,
Renaud Vitalis
et al.
Article dans une revue
hal-02651247v1
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Scanning the European corn borer (<em>Ostrinia</em> spp.) genome for adptive divergence between host-affiliated species
Afiwa Midamegbe
,
Renaud Vitalis
,
Thibaut Malausa
,
Emilie Delava
,
Sandrine Cros-Arteil
et al.
Article dans une revue
istex
hal-02644072v1
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Low regional diversity of late cave bears mitochondiral DNA at the time of Chauvet Aurignacian paintings
Céline Bon
,
Veronique Berthonaud
,
Philippe Fosse
,
Bernard Gély
,
Frédéric Maksud
et al.
Article dans une revue
istex
hal-02649315v1
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Inferring population decline and expansion from microsatellite data: A simulation-based evaluation of the Msvar method
Christophe Girod
,
Renaud Vitalis
,
Raphaël Leblois
,
Hélène Fréville
Article dans une revue
hal-02643411v1
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Population differentiation of sessile oak at thealtitudinal front of migration in the French Pyrenees
F. Alberto
,
J. Niort
,
J. Derory
,
O. Lepais
,
Renaud Vitalis
et al.
Article dans une revue
istex
hal-01207890v1
|
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|
Quantifying male-biased dispersal among social groups in the collared peccary (Pecari tajacu) using analyses based on mtDNA variation.
J. D. Cooper
,
Renaud Vitalis
,
P. M. Waser
,
D. Gopurenko
,
E. C. Hellgren
et al.
Article dans une revue
hal-00535516v1
|
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|
In defense of model-based inference in phylogeography
M. Beaumont
,
R. Nielsen
,
Cédric Robert Robert
,
J. Hey
,
O. Gaggiotti
et al.
Article dans une revue
hal-00601928v1
|
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|
Limited dispersal in mobile hunter-gatherer Baka Pygmies.
Paul Verdu
,
Raphaël Leblois
,
Alain Froment
,
Sylvain Théry
,
Serge Bahuchet
et al.
Article dans une revue
hal-00504086v1
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Evolution of flowering time in experimental wheat populations: a comprehensive approach to detect genetic signatures of natural selection.
Bénédicte Rhoné
,
Renaud Vitalis
,
Isabelle Goldringer
,
Isabelle Bonnin
Article dans une revue
istex
hal-00535515v1
|
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|
In defence of model-based inference in phylogeography.
Mark A Beaumont
,
Rasmus Nielsen
,
Christian P. Robert
,
Jody Hey
,
Oscar Gaggiotti
et al.
Article dans une revue
hal-00450030v1
|
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In the heartland of Eurasia: the multilocus genetic landscape of Central Asian populations
Evelyne Heyer
,
Begoña Martínez-Cruz
,
Renaud Vitalis
,
Laure Ségurel
,
Frédéric Austerlitz
et al.
Article dans une revue
hal-00574375v1
|
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Frequency of the AGT Pro11Leu polymorphism in humans: Does diet matter?
Laure Ségurel
,
Sophie Lafosse
,
Evelyne Heyer
,
Renaud Vitalis
Article dans une revue
hal-00450027v1
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Origins and genetic diversity of pygmy hunter-gatherers from Western Central Africa.
Paul Verdu
,
Frédéric Austerlitz
,
Arnaud Estoup
,
Renaud Vitalis
,
Myriam Georges
et al.
Article dans une revue
hal-00397221v1
|
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|
Genomic pattern of adaptive divergence in Arabidopsis halleri, a model species for tolerance to heavy metal
Claire-Lise Meyer
,
Renaud Vitalis
,
Pierre Saumitou-Laprade
,
Vincent Castric
Molecular Ecology, 2009, 18, pp.2050-2062
Article dans une revue
hal-00383559v1
|
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|
Sex-specific genetic structure and social organization in Central Asia: insights from a multi-locus study.
Laure Ségurel
,
Begoña Martínez-Cruz
,
Lluis Quintana-Murci
,
Patricia Balaresque
,
Myriam Georges
et al.
Article dans une revue
hal-00328137v1
|
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|
The evolution of dispersal in a Levins type metapopulation model
Vincent a A Jansen
,
Renaud Vitalis
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2007, 61, pp.2386-2397
Article dans une revue
hal-00273240v1
|
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|
When genes go to sleep : the population genetics consequences of seed dormancy and monocarpic perenniality
Renaud Vitalis
,
S. Glemin
,
I. Olivieri
The American Naturalist, 2004, 163, pp.295-311
Article dans une revue
hal-00273249v1
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When genes go to sleep: The population genetic consequences of seed dormancy and monocarpic perenniality
Renaud Vitalis
,
Sylvain Glémin
,
Isabelle Olivieri
Article dans une revue
halsde-00326231v1
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Detsel 1.0 : a computer program to detect markers responding to selection
Renaud Vitalis
,
K. Dawson
,
P. Boursot
,
K. Belkhir
Journal of Heredity, 2003, 94, pp.429-431
Article dans une revue
hal-00273253v1
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Multilocus genetic structure at contrasted spatial scales of the endangered water fern Marsilea strigosa Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta)1
Renaud Vitalis
,
Miquel Riba
,
Bruno Colas
,
Patrick Grillas
,
Isabelle Olivieri
Article dans une revue
halsde-00334807v1
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Multi-locus genetic structure at contrasted spatial scales in the endangered water fern Marsilea strigosa Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta)
Renaud Vitalis
,
M. Riba
,
B. Colas
,
P. Grillas
,
I. Olivieri
American Journal of Botany, 2002, 89, pp.1142-1155
Article dans une revue
hal-00273258v1
|
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Sex-specific genetic differentiation and coalescence times : estimating sex-biased dispersal rates
Renaud Vitalis
Molecular Ecology Notes, 2002, 11, pp.125-138
Article dans une revue
hal-00273257v1
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Sex-specific genetic differentiation and coalescence times: estimating sex-biased dispersal rates
Renaud Vitalis
Article dans une revue
istex
halsde-00341007v1
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Estimation of effective population size and migration rate from one- and two-locus identity measures.
Renaud Vitalis
,
D. Couvet
Genetics, 2001, 157 (2), pp.911-25
Article dans une revue
hal-00535518v1
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estim 1.0: a computer program to infer population parameters from one- and two-locus gene identity probabilities
Renaud Vitalis
,
Denis Couvet
Article dans une revue
istex
halsde-00341848v1
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Estimation of Effective Population Size and Migration Rate From One- and Two-Locus Identity Measures
Renaud Vitalis
,
Denis Couvet
Article dans une revue
halsde-00342380v1
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La Biologie des Extinctions
Isabelle Olivieri
,
Renaud Vitalis
Article dans une revue
halsde-00345442v1
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Two-locus identity probabilities and identity disequilibrium in a partially selfing subdivided population.
Renaud Vitalis
,
D. Couvet
Genetical Research, 2001, 77 (1), pp.67-81
Article dans une revue
hal-00535519v1
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Interpretation of Variation Across Marker Loci as Evidence of Selection
Renaud Vitalis
,
Kevin Dawson
,
Pierre Boursot
Article dans une revue
halsde-00342552v1
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Two-locus identity probabilities and identity disequilibrium in a partially selfing subdivided population
Renaud Vitalis
,
Denis Couvet
Article dans une revue
halsde-00341816v1
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Characterization of microsatellite loci in the endangered species of fern Marsilea strigosa Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta)
Renaud Vitalis
,
Marie-Pierre Dubois
,
Isabelle Olivieri
Article dans une revue
istex
halsde-00335014v1
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Interpretation of variation across marker loci as evidence of selection
Renaud Vitalis
,
K. Dawson
,
P. Boursot
Genetics, 2001, 158, pp.1811-1823
Article dans une revue
hal-00273259v1
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Two-locus identity probabilities and identity disequilibrium in a partially selfing subdivided population
Renaud Vitalis
,
D. Couvet
Genetical Research, 2001, 77, pp.67-81
Article dans une revue
hal-00273266v1
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Isolation and characterization of microsatellites in the endemic species Centaurea corymbosa Pourret (Asteraceae) and other related species
H. Freville
,
E. Imbert
,
F. Justy
,
Renaud Vitalis
,
I. Olivieri
Molecular Ecology, 2000, 9, pp.1671-1672
Article dans une revue
hal-00273268v1
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Isolation and characterization of microsatellites in the endemic species Centaurea corymbosa Pourret (Asteraceae) and other related species
Hélène Fréville
,
Eric Imbert
,
Fabienne Justy
,
Renaud Vitalis
,
Isabelle Olivieri
Article dans une revue
istex
halsde-00335189v1
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Système génétique, polymorphisme neutre et sélectionné : implications en biologie de la conservation
Bernard Godelle
,
Frédéric Austerlitz
,
Stéphanie Brachet
,
Bruno Colas
,
Joël Cuguen
et al.
Article dans une revue
hal-00894230v1
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Marsilea strigosa Willd. : statut génétique et démographique d’une espèce menacée
Renaud Vitalis
,
Bruno Colas
,
Miquel Riba Rovira
,
Isabelle Olivieri
Article dans une revue
hal-03496614v1
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Système génétique, polymorphisme neutre et sélectionné: implications en biologie de la conservation
B. Godelle
,
Frédéric Austerlitz
,
Solène Brachet
,
B. Colas
,
Joël Cuguen
et al.
Genetics Selection Evolution, 1998, 30 (suppl. 1), pp.S15-S28
Article dans une revue
hal-02698599v1
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Système génétique, polymorphisme neutre et sélectionné : implications en biologie de la conservation
B. Godelle
,
F. Austerlitz
,
S. Brachet
,
B. Colas
,
J. Cuguen
et al.
Article dans une revue
hal-00273269v1
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Relationships between transposable elements based upon their integrase-transposase domains : is there a common ancestor ?
P. Capy
,
Renaud Vitalis
,
T. Langin
,
D. Higuet
,
C. Bazin
Journal of Molecular Evolution, 1996, 3, pp.359-368
Article dans une revue
hal-00273270v1
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