Robert Bossy

Publications

Communication dans un congrès (55)

SCoNE: a Self-Correcting and Noise-Augmented Method for Complex Biological and Chemical Named Entity Recognition Xingyu Zhu,Claire Nédellec,Balazs Nagy,Laszlo Vidacs,Robert Bossy European Chapter of the Association for Computational Linguistics (EACL), Mar 2026, Rabat (MOROCCO), Morocco Communication dans un congrès hal-05537059v1
SCoNE: a Self-Correcting and Noise-Augmented Method for Biological and Chemical Named Entity Recognition Xingyu Zhu,Claire Nédellec,Balázs Nagy,László Vidács,Robert Bossy The 19th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, Mar 2026, Rabat, Morocco Communication dans un congrès hal-05528959v1
LifeCLEF 2026 Teaser: AI Challenges for Biodiversity Understanding and Ecosystem Management Alexis Joly,Lukáš Picek,Stefan Kahl,Hervé Goëau,Lukáš Adamet al. ECIR 2026 - 48th European Conference on Information Retrieval, Mar 2026, Deft, Netherlands. pp.287-296, ⟨10.1007/978-3-032-21321-1_39⟩ Communication dans un congrès hal-05591524v1
Modelisation des interactions plantes organismes vivants sous forme d'ontologie Florence Amardeilh,Xavier Delpuech,Stéphan Bernard,Robert Bossy,Marine Courtinet al. Atelier IA4AgroRun Mobilisation de méthode d’IA pour la sémantisation des données en agroécologie et en veille sanitaire dans le contexte “One Health”, Mathieu Roche (Cirad - TETIS); Thierry Baldet (Cirad, ASTRE); Jean-Christophe Soulié (Cirad – R&R); Sandrine Auzoux (Cirad – AIDA); Clément Jonquet (INRAE, MISTEA); Pierre-Yves Teycheney (Cirad, PVBMT), Apr 2025, Saint-Denis, La Réunion. 24p Communication dans un congrès hal-05033023v1
Transfert de modèles de langue pour la classification rhétorique des citations à travers les disciplines Anne-Sophie Foussat,Vincent Guigue,Nicolas Sauvion,Robert Bossy,Claire Nédellec 20e Conférence en Recherche d’Information et Applications (CORIA), 2025, Marseille, France. pp.233-248 Communication dans un congrès hal-05330643v1
The Wheat and Rice Genomics Scientific Literature Knowledge Graphs Nadia Yacoubi Ayadi,Franck Michel,Robert Bossy,Marine Courtin,Bill Gates Happi Happiet al. Semantic Web Technologies for Health Care and Life Science (SWAT4HCLS), Andra Waagmeester; M. Scott Marshall; Andrea Splendiani, Feb 2025, Barcelone, Spain Communication dans un congrès ird-04932752v1
Aligner les descriptions des plantes ayant des points de vue distincts Florence Amardeilh,Sophie Aubin,S Bernard,Sonia Bravo,Robert Bossyet al. 35. Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2024) @ Plate-Forme Intelligence Artificielle (PFIA 2024), AFIA-Association Française pour l'Intelligence Artificielle, Jul 2024, La Rochelle, France. pp.121-122, ⟨10.57745/LVRFWJ⟩ Communication dans un congrès hal-04638307v1
Semantically-Informed Domain Adaptation for Named Entity Recognition Mariya Borovikova,Arnaud Ferré,Robert Bossy,Mathieu Roche,Claire Nédellec ISMIS 2024 - 27. International symposium on methodologies for intelligent systems, Jun 2024, Poitiers, France. pp.55-64, ⟨10.1007/978-3-031-62700-2_6⟩ Communication dans un congrès hal-04998788v1
Exploitation de plongements de graphes pour l'extraction de relations biomédicales Anfu Tang,Robert Bossy,Louise Deléger,Claire Nédellec,Pierre Zweigenbaum CORIA-TALN 2023 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN), Jun 2023, Paris, France. pp.298-310 Communication dans un congrès hal-04130138v1
Annotation des stades phénologiques et cultures dans les Bulletins de Santé du Végétal de la vigne Marine Courtin,Stephan Bernard,Robert Bossy,Catherine Roussey 7. Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement (IN-OVIVE), AFIA-Association Française pour l'Intelligence Artificielle; ICube-laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie, Jul 2023, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-04187187v1
Taec : Un corpus annoté pour l'extraction de traits et phénotypes dans la littérature sur la sélection du blé Claire Nédellec,Clara Sauvion,Robert Bossy,Louise Deleger Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, (IN-OVIVE), associé à la Plateforme Intelligence Artificielle (PFIA 2023),, Jul 2023, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-04302140v1
Could KeyWord Masking Strategy Improve Language Model? Mariya Borovikova,Arnaud Ferré,Robert Bossy,Mathieu Roche,Claire Nédellec 28. International Conference on Natural Language & Information Systems. NLDB23, Métais, E., Meziane, F., Sugumaran, V., Manning, W., Reiff-Marganiec, S., Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.271-284, ⟨10.1007/978-3-031-35320-8_19⟩ Communication dans un congrès hal-04173002v1
Thesaurus Enrichment via Coordination Extraction Anna Chepaikina,Robert Bossy,Catherine Roussey,Stephan Bernard 16. International Conference on Metadata and Semantics Research (MTSR 2022), Nov 2022, London, United Kingdom. pp.191-202, ⟨10.1007/978-3-031-39141-5_16⟩ Communication dans un congrès hal-03933526v1
Alignement entre sources : cas d'usage des plantes cultivées Franck Michel,Florence Amardeilh,Robert Bossy,Catherine Faron,Catherine Rousseyet al. Journées francophones d’Ingénierie des Connaissances, Jun 2022, Saint-Étienne, France Communication dans un congrès hal-03889780v1
Construction d'un graphe de connaissances à partir des annotations d'articles scientifiques et de leur contenu en sciences de la vie Nadia Yacoubi Ayadi,Catherine Faron,Franck Michel,Robert Bossy,Arnaud Barbe IC'2022 - PFIA 2022 Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jun 2022, Saint-Etienne, France Communication dans un congrès hal-03889968v1
Does constituency analysis enhance domain-specific pre-trained BERT models for relation extraction? Anfu Tang,Louise Deléger,Robert Bossy,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellec BioCreative VII Challenge Evaluation Workshop, Nov 2021, on-line, Spain Communication dans un congrès hal-03447774v1
Global alignment for relation extraction in Microbiology Anfu Tang,Claire Nédellec,Pierre Zweigenbaum,Louise Deléger,Robert Bossy Junior Conference on Data Science and Engineering, Feb 2021, Orsay, France Communication dans un congrès hal-03447763v1
Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information Arnaud Ferré,Robert Bossy,Mouhamadou Ba,Louise Deleger,Thomas Lavergneet al. 12th Conference on Language Resources and Evaluation, May 2020, Marseille, France. pp.1959-1966 Communication dans un congrès hal-02866789v1
Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d'une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnée Arnaud Ferré,Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Thomas Lavergne,Louise Delégeret al. Atelier IN-OVIVE 7ème édition, des 30èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2019, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-03530148v1
Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019 Robert Bossy,Louise Deleger,Estelle Chaix,Mouhamadou Ba,Claire Nédellec 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩ Communication dans un congrès hal-02437609v1
Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network Adrienne Ressayre,Natalia Conde E Silva,Catherine Damerval,Fabien Chardon,Yves Deveauxet al. International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-04420441v1
A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms Estelle Chaix,Robert R. Bossy,Louise Deleger,Claire Nédellec Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece Communication dans un congrès hal-04420417v1
Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français Fabienne Kettani,Stéphane Schneider,Sophie Aubin,Robert Bossy,Claire Françoiset al. IC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France Communication dans un congrès hal-04420482v1
Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thaliana Estelle Chaix,Robert Bossy,Claire Nédellec BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. 2 p Communication dans un congrès hal-02786388v1
L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne Claire Nédellec,Estelle Chaix,Robert Bossy,Louise Deleger,Sandra Derozieret al. EGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-02737399v1
Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français Fabienne Kettani,Stéphane Schneider,Sophie Aubin,Robert Bossy,Claire Françoiset al. IC 2018 - 29es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France. pp.247-249 Communication dans un congrès hal-01839626v2
Data Exchange Solution between PubAnnotation and AlvisAE Mouhamadou Ba,Claire Nédellec,Robert Bossy BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. pp.1 Communication dans un congrès hal-02785063v1
Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin,Estelle Chaix,Bedis Dridi,Philippe Bessieres,S Buchinet al. 2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-01607327v1
Customized automatic corpus annotations using AlvisNLP/ML Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Claire Nédellec BLAH3, Jan 2017, Tokyo, Japan. 11 diapos Communication dans un congrès hal-02790613v1
Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities Jean-Baptiste Bohuon,Mouhamadou Ba,Estelle Chaix,Robert Bossy,Claire Nédellec Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩ Communication dans un congrès hal-01556276v1
Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity Claire Nédellec,Robert Bossy,Estelle Chaix,Louise Deleger 4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy Communication dans un congrès hal-02736151v1
Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food Estelle Chaix,Louise Deleger,Robert Bossy,Claire Nédellec Microbial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95 Communication dans un congrès hal-01602552v1
Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Louise Delegeret al. Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455855v1
Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task Louise Deleger,Robert Bossy,Estelle Chaix,Mouhamadou Ba,Arnaud Ferréet al. BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101 Communication dans un congrès hal-01455857v1
Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016 Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Abdelhak Fatihi,Dialekti Valsamou,Robert Bossyet al. BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113 Communication dans un congrès hal-01455854v1
OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes. Robert Bossy,Estelle Chaix,Louise Deleger,Arnaud Ferré,Mouhamadou Baet al. Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455856v1
Interoperability of corpus processing workflow engines: the case of. AlvisNLP/ML in OpenMinTeD Mouhamadou Ba,Robert Bossy Meeting of working Group Medicago sativa, May 2016, Portoroz, Slovenia Communication dans un congrès hal-01455853v1
Validation de marqueurs liés à des gènes d’intérêt en vue de l’établissement d’une base de données pour la sélection assistée chez le blé tendre Marion Ranoux,Claire Nédellec,Emmanuelle Cariou-Pham,Robert Bossy,Claude de Vallavieille-Popeet al. Synthèse des Programmes de Recherche FSOV. Actes de la 4ème Rencontre Scientifique, FSOV., Jan 2015, Paris, France. 5 p Communication dans un congrès hal-02340478v1
Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA) Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Robert Bossyet al. Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩ Communication dans un congrès hal-01603453v1
Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Estelle Chaix,Robert Bossyet al. 26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France Communication dans un congrès hal-01524850v1
Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from text Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Robert Bossyet al. BioCreative 5, Sep 2015, Madrid, Spain Communication dans un congrès hal-01512197v1
Information extraction from bibliography for Marker Assisted Selection in wheat Claire Nédellec,Robert Bossy,Dialekti Valsamou,Marion Ranoux,Wiktoria Goliket al. MTSR 2014 : 8th Metadata and Semantics, Nov 2014, Karlsruhe, Germany. pp.301-313, ⟨10.1007/978-3-319-13674-5_28⟩ Communication dans un congrès hal-01132767v1
Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain Wiktoria Golik,Robert R. Bossy,Zorana Ratkovic,Claire Nédellec 14th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics, Mar 2013, Samos, Greece Communication dans un congrès hal-02748466v1
AlvisAE: a collaborative Web text annotation editor for knowledge acquisition Frederic Papazian,Robert R. Bossy,Claire Nédellec LAW VI '12 - Sixth Linguistic Annotation Workshop, Jul 2012, Jeju, South Korea. pp.184 Communication dans un congrès hal-02748212v1
BioNLP Shared Task 2011 - Bacteria Gene Interactions and Renaming Julien Jourde,Alain-Pierre Manine,Philippe Veber,Karen Fort,Robert Bossyet al. BioNLP Shared Task 2011 ACL Workshop, Jun 2011, Portland, United States. pp.65-73 Communication dans un congrès hal-00641586v1
BioNLP shared tasks 2011 - Bacteria Biotope Robert R. Bossy,Julien Jourde,Philippe Bessières,Maarten van de Guchte,Claire Nédellec The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics:Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States. pp.56-64 Communication dans un congrès hal-01000519v1
Overview of BioNLP shared task 2011 Jin-Dong Kim,Sampo Pyysalo,Tomoko Ohta,Robert R. Bossy,N. Nguyenet al. The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics: Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States Communication dans un congrès hal-02745923v1
Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents Claire Nédellec,Wiktoria Golik,Sophie Aubin,Robert R. Bossy EKAW 2010 - Knowledge Engineering and Knowledge Management by the Masses, Cimiano, Philipp, Pinto, H. Sofia, Oct 2010, Lisbonne, Portugal. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩ Communication dans un congrès hal-02816129v1
BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteria Sophie Aubin,Philippe Bessières,Robert R. Bossy,Laurent Gillard,Julien Jourdeet al. BioCreative II.5 workshop 2009: special session on digital annotations, Oct 2009, Madrid, Spain Communication dans un congrès hal-02753174v1
Close integration of ML and NLP tools in BioAlvis semantic search in bacteriology Robert R. Bossy,Alain Kotoujansky,Sophie Aubin,Claire Nédellec Semantic web applications and tools for life sciences, SWAT4LS 2008, Nov 2008, Edinburgh, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02753153v1
Annotation guidelines for machine learning-based named entity recognition in microbiology Claire Nédellec,Philippe Bessières,Robert R. Bossy,Alain Kotoujansky,Alain-Pierre Manine Proceeding of Data and Text Mining for Integrative Biology Workshop 17. European Conference on Machine Learning 10. European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2006, Berlin, Germany Communication dans un congrès hal-02750827v1
Getting the unknown from the known in bacteria, and the role of text mining Philippe Bessières,Robert R. Bossy,Alain-Pierre Manine,Erick Alphonse,Claire Nédellec Data and Text Mining in Integrative Biology Workshop, associ ECML/PKDD, Sep 2006, Berlin, Germany Communication dans un congrès hal-02750687v1
La séquence complète du génome de la bactérie de la viande Lactobacillus sakei Stéphane Chaillou,Monique Cornet,Anne-Marie A.-M. Le Coq,Anne-Marie Loustau,Robert R. Bossyet al. Symposium SFM, Interactions Bactériennes dans les Environnements Agroalimentaires : Apport des Nouvelles Approches., Société Française de Microbiologie (SFM). FRA., Nov 2006, Paris, France Communication dans un congrès hal-02816850v1
Genome project of the meat born lactic acid bacterium Lactobacillus sakei 23K: understanding bacterial adaptation to meat and paving the way to the development of biopreservative cultures Stéphane Chaillou,Monique Cornet,Anne-Marie A.-M. Le Coq,Anne-Marie Loustau,Robert R. Bossyet al. 2. European Conference on Prokaryotic Genomes, Oct 2005, Göttingen, Germany Communication dans un congrès hal-02828495v1
Premiers regards sur le génome d’une bactérie lactique originale : structure, polymorphisme et analyse génétique ciblée du chromosome de Lactobacillus sakei 23K Stéphane Chaillou,Monique Cornet,Anne-Marie Loustau,Robert R. Bossy,Valentin Louxet al. 13. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Sep 2004, Nantes, France. 142 p Communication dans un congrès hal-02759825v1

Article dans une revue (20)

Consistency–accuracy correlation in hard-prompted LLMs for entity and relation extraction: empirical findings from plant-health data Xinzhi Yao,Claire Nédellec,Jingbo Xia,Robert Bossy Genomics & Informatics, 2026, 24 (1), pp.3. ⟨10.1186/s44342-025-00063-2⟩ Article dans une revue hal-05528945v1
MilkOligoCorpus: A semantically annotated resource for knowledge extraction on mammalian milk oligosaccharides Mathilde Rumeau,Marine Courtin,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Louxet al. PLoS ONE, 2025, 20 (8), pp.e0319729. ⟨10.1371/journal.pone.0319729⟩ Article dans une revue hal-05220365v1
Construction et exploitation d’un graphe de connaissances sur la littérature scientifique en sciences de la vie Nadia Yacoubi Ayadi,Catherine Faron,Franck Michel,Robert Bossy,Arnaud Barbe Revue Ouverte d'Intelligence Artificielle, 2025, 6 (1-2), pp.107-129. ⟨10.5802/roia.95⟩ Article dans une revue hal-05391973v1
Description sémantique des stades de développement phénologique des plantes, et extraction de nouveaux labels Catherine Roussey,Marine Courtin,Robert Bossy,Stephan Bernard,Xavier Delpuechet al. Revue Ouverte d'Intelligence Artificielle, 2025, 6 (1-2), pp.157-178. ⟨10.5802/roia.97⟩ Article dans une revue hal-05380086v1
MilkOligoThesaurus, a dataset of mammalian milk oligosaccharide synonyms Mathilde Rumeau,François Fenaille,Agnès Girard,Valentin Loux,Mouhamadou Baet al. Data in Brief, 2024, 54, pp.110404. ⟨10.1016/j.dib.2024.110404⟩ Article dans une revue (data paper) hal-04552648v1
Do syntactic trees enhance Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) models for chemical–drug relation extraction? Anfu Tang,Louise Deleger,Robert Bossy,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellec Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2022, 2022, pp.baac070. ⟨10.1093/database/baac070⟩ Article dans une revue hal-03799268v1
BIBLIOME : Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes Robert Bossy,Arnaud Ferré,Équipe Bibliome,Claire Nédellec,Louise Deleger Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020, Dossier « Technologies du Langage Humain », 107, pp.7-9 Article dans une revue hal-03025321v1
WTO, an ontology for wheat traits and phenotypes in scientific publications Claire Nédellec,Liliana Ibanescu,Robert Bossy,Pierre Sourdille Genomics & Informatics, 2020, 18 (2), ⟨10.5808/GI.2020.18.2.e14⟩ Article dans une revue hal-02886745v1
C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization Arnaud Ferré,Louise Deléger,Robert Bossy,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellec BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S23), pp.1-19. ⟨10.1186/s12859-020-03886-8⟩ Article dans une revue hal-03100410v1
Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food Estelle Chaix,Louise Deleger,Robert Bossy,Claire Nédellec Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩ Article dans une revue hal-02628265v1
Improving the CONTES method for normalizing biomedical text entities with concepts from an ontology with (almost) no training data Arnaud Ferré,Mouhamadou Ba,Robert Bossy Genomics & Informatics, 2019, 17 (2), pp.e20. ⟨10.5808/GI.2019.17.2.e20⟩ Article dans une revue hal-02947689v1
Text mining resources for the life sciences Piotr Przybyła,Matthew Shardlow,Sophie Aubin,Robert Bossy,Richard Eckart de Castilhoet al. Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, november (25), pp.1-30. ⟨10.1093/database/baw145⟩ Article dans une revue hal-01602241v1
Overview of the gene regulation network and the bacteria biotope tasks in BioNLP'13 shared task. Robert Bossy,Wiktoria Golik,Zorana Ratkovic,Dialekti Valsamou,Philippe Bessiereset al. BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 10), ⟨10.1186/1471-2105-16-S10-S1⟩ Article dans une revue hal-01222411v1
Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain Wiktoria Golik,Robert R. Bossy,Zorana Ratkovic,Claire Nédellec Research in Computing Science, 2013, 70, pp.129-143 Article dans une revue hal-02643516v1
BioNLP Shared Task - The Bacteria Track Robert Bossy,Julien Jourde,Alain-Pierre Manine,Philippe Veber,Erick Alphonseet al. BMC Bioinformatics, 2012, 13, ⟨10.1186/1471-2105-13-S11-S3⟩ Article dans une revue hal-01190775v1
Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents Claire Nédellec,Wiktoria Golik,Sophie Aubin,Robert R. Bossy Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6317, pp.514-523. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩ Article dans une revue hal-02661057v1
Complete genome sequence of the fish pathogen Flavobacterium psychrophilum Éric Duchaud,Mekki Boussaha,Valentin Loux,Jean-François Bernardet,Christian Michelet al. Nature Biotechnology, 2007, 25 (7), pp.763 - 769. ⟨10.1038/nbt1313⟩ Article dans une revue hal-02666599v1
AGMIAL: implementing an annotation strategy for prokaryote genomes as a distributed system K. Bryson,Valentin Loux,Robert R. Bossy,P. Nicolas,Stéphane Chaillouet al. Nucleic Acids Research, 2006, 34 (12), pp.3533-3545. ⟨10.1093/nar/gkl471⟩ Article dans une revue hal-02665192v1
The complete genome sequence of Lactobacillus bulgaricus reveals extensive and ongoing reductive evolution Maarten van de Guchte,Stéphanie Penaud,Christine Grimaldi,Valérie Barbe,K. Brysonet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103 (24), pp.9274-9279. ⟨10.1073/pnas.0603024103⟩ Article dans une revue hal-02668654v1
The complete genome sequence of the meat-borne lactic acid bacterium Lactobacillus sakei 23K Stéphane Chaillou,Marie-Christine Champomier Verges,Monique Cornet,Anne-Marie Crutz-Le Coq,Anne-Marie Dudezet al. Nature Biotechnology, 2005, 23 (12), pp.1527-1533. ⟨10.1038/nbt1160⟩ Article dans une revue hal-02683108v1

Vidéo (1)

Video of the presentation at LREC conference: EPOP: A benchmark corpus for Assessing NLP Models on Structured Information Extraction in Plant Health Claire Nédellec,Marine Courtin,Xinzhi Yao,Marie Grosdidier,Isabelle Pierettiet al. 2026 Vidéo hal-05567423v1

Logiciel (2)

Alvis-BSV Marine Courtin,Stéphan Bernard,Robert Bossy,Catherine Roussey 2025, ⟨swh:1:dir:016489ba111a831c1570524b6c7567f73719afab;origin=https://forge.inrae.fr/bsv/alvis-bsv;visit=swh:1:snp:28e5eb6d92c8c373ce885121eedc03f07bbec2e4;anchor=swh:1:rev:23e2750508963359cb9990e43d17173eb5a16583⟩ Logiciel hal-05336576v1
C-Norm (Concept NORMalization) Arnaud Ferré,Louise Deleger,Robert Bossy 2024 Logiciel hal-04458193v1

Rapport (3)

MilkOligoCorpus annotation guidelines Mathilde Rumeau,Marine Courtin,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Louxet al. INRAE. 2024 Rapport hal-04830410v1
NLP Meets Agronomy: Document Classification for Plant Health Surveillance Luis Antonio Vasquez Reina,Robert Bossy Université de Lorraine; IDMC (Univeristé de Lorraine); Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE); Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea UPV/EHU. 2023 Rapport (rapport de recherche) hal-04223051v1
Rapport de synthèse du chantier DOI Windpouire Esther Dzale Yeumo,Lydie Soler,Michael M. Alaux,Robert R. Bossy,Sebastien Carrereet al. [0] 2014, 47 p Rapport hal-02801364v1

Poster de conférence (10)

HoloOLIGO corpus, a manually annotated text dataset supporting schema-based relational information extraction for mammalian milk oligosaccharide diversity pattern comprehension Mathilde Rumeau,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Loux,Mouhamadou Baet al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France Poster de conférence hal-04666797v1
Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens Hélène Falentin,Olivier Harlé,Sandra Derozier,Louise Deléger,Estelle Chaixet al. 23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022 Poster de conférence hal-03694214v1
Combining String-based and Embeddings-based Methods for Medical Concept Normalization: LIMSI-CEA-INRA@n2c2 2019 Mohamadou Ba,Robert Bossy,Pauline Brunet,Louise Deleger,Hicham El Boukkouriet al. 2019 n2c2/OHNLP Shared-Task and Workshop, Nov 2019, Washington, D.C., United States. 2019 Poster de conférence cea-04363093v1
To better benefit from shared tasks in biomedical text mining Mouhamadou Ba,Arnaud Ferré,Richard Eckart de Castilho,Robert Bossy,Louise Delegeret al. Galaxy Community Conference, Jul 2019, Freiburg, Germany. 2019 Poster de conférence hal-02437622v1
D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity Sophie Aubin,Anne-Francoise Adam-Blondon,Michael Alaux,Mouhamadou Ba,Stéphan Bernardet al. 14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩ Poster de conférence lirmm-02351000v1
FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies Estelle Chaix,Sandra Derozier,Louise Deleger,Hélène Falentin,Jean-Baptiste Bohuonet al. JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018 Poster de conférence hal-01827946v1
Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin,Estelle Chaix,Bedis Dridi,Philippe Bessieres,S Buchinet al. 4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017 Poster de conférence hal-01651302v1
La suite Alvis, plateforme d’analyse de contenu textuel, et son intégration dans OpenMinTeD Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Claire Nédellec JDEV 2017, Jul 2017, Marsaille, France. , pp.1, 2017 Poster de conférence hal-02785705v1
OntoBiotope, technologies sémantiques pour l’étude des habitats microbiens Claire Nédellec,Robert Bossy,Zorana Ratkovic,Dialekti Valsamou,Louise Delegeret al. Méta-omiques des Ecosystèmes Microbiens, Sep 2015, Paris, France Poster de conférence hal-02889012v1
Whole-genome sequence of the fish-pathogenic bacterium Flavobacterium psychrophilum Jean-François Bernardet,Éric Duchaud,Mekki Boussaha,Christian Michel,Valentin Louxet al. 2. FEMS Congress of European Microbiologists, Jul 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006 Poster de conférence hal-02812810v1

Autre publication scientifique (4)

Ontology mapping for wheat trait information management Claire Nédellec,Sophie Aubin,Liliana Ibanescu,Clara Sauvion,Sonia Bravoet al. Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, 2023 Autre publication scientifique hal-04420465v1
Bacteria biotope annotation guidelines Robert Bossy,Claire Nédellec,Julien Jourde,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. 2019, 30 p Autre publication scientifique hal-02787110v1
Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task Estelle Chaix,Bertrand B. Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Louise Delegeret al. 2016, pp.47 Autre publication scientifique hal-02795594v1
Final report on NLP analysis and normalization Adeline Nazarenko,Sophie Aubin,Robert Bossy,Tomaz Erjavec,Thierry Hamonet al. 2007, pp.118 Autre publication scientifique hal-00711871v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach Sandra Dérozier,Robert Bossy,Louise Deléger,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. 2022 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03828105v1

Proceedings/Recueil des communications (1)

Proceedings of The 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks Jin-Dong Kim,Claire Nédellec,Robert Bossy,Louise Deléger 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJNCLP 2019, Nov 2019, Hong-Kong, China. , 2019 Proceedings/Recueil des communications hal-03326517v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Information extraction Claire Nédellec,Adeline Nazarenko,Robert R. Bossy Handbook on ontologies, Springer Science - Business Media Deutschland GmbH, 2009, International Handbooks on Information Systems, 978-3-540-70999-2 Chapitre d'ouvrage hal-02813009v1
Information Extraction Claire Nédellec,Adeline Nazarenko,Robert Bossy S. Staab, R. Studer. Handbook on Ontologies, Springer Verlag, pp.663-686, 2009, Springer Series on Handbooks in Information Systems Chapitre d'ouvrage hal-00619265v1