Mikaël Salson

Publications

Article dans une revue (28)

Alignment-free detection and seed-based identification of multi-loci V(D)J recombinations in Vidjil-algo Cyprien Borée,Mathieu Giraud,Mikaël Salson Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e44. ⟨10.24072/pcjournal.547⟩ Article dans une revue hal-04361907v4
Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2 Hélène Touzet,Mikaël Salson,Claire Lemaitre Interstices, 2022 Article dans une revue hal-03750389v1
Publisher Correction: Frugal alignment-free identification of FLT3-internal tandem duplications with FiLT3r Augustin Boudry,Sasha Darmon,Nicolas Duployez,Martin Figeac,Sandrine Geffroyet al. BMC Bioinformatics, 2022, 23 (1), pp.533. ⟨10.1186/s12859-022-05079-x⟩ Article dans une revue hal-05459662v1
Frugal alignment-free identification of FLT3-internal tandem duplications with FiLT3r Augustin Boudry,Sasha Darmon,Nicolas Duployez,Martin Figeac,Sandrine Geffroyet al. BMC Bioinformatics, 2022, 23 (1), pp.448. ⟨10.1186/s12859-022-04983-6⟩ Article dans une revue hal-03920854v1
Data structures based on k -mers for querying large collections of sequencing data sets Camille Marchet,Christina Boucher,Simon Puglisi,Paul Medvedev,Mikaël Salsonet al. Genome Research, 2021, 31 (1), pp.1-12. ⟨10.1101/gr.260604.119⟩ Article dans une revue hal-03165261v1
Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study Monika Brüggemann,Michaela Kotrova,Henrik Knecht,Jack Bartram,Myriam Boudjogrhaet al. Leukemia, 2019, ⟨10.1038/s41375-019-0496-7⟩ Article dans une revue hal-02169053v1
Indexing labeled sequences Tatiana Rocher,Mathieu Giraud,Mikaël Salson PeerJ Computer Science, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩ Article dans une revue hal-01743104v1
DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition Jérôme Audoux,Nicolas Philippe,Rayan Chikhi,Mikael Salson,Mélina Gallopinet al. Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩ Article dans une revue hal-01728770v1
SimBA: A methodology and tools for evaluating the performance of RNA-Seq bioinformatic pipelines Jérôme Audoux,Mikaël Salson,Christophe Grosset,Sacha Beaumeunier,Jean-Marc Holderet al. BMC Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.428. ⟨10.1186/s12859-017-1831-5⟩ Article dans une revue inserm-02437931v1
High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones Mikael Salson,Mathieu Giraud,Aurélie Caillault,Nathalie Grardel,Nicolas Duployezet al. Leukemia Research, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩ Article dans une revue hal-01404817v1
Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis Yann Ferret,Aurélie Caillault,Shéhérazade Sebda,Marc Duez,Nathalie Grardelet al. British Journal of Haematology, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩ Article dans une revue hal-01279160v1
Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing Marc Duez,Mathieu Giraud,Ryan Herbert,Tatiana Rocher,Mikael Salsonet al. PLoS ONE, 2016, 11 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0166126⟩ Article dans une revue hal-01397079v1
Efficient dynamic range minimum query Alice Héliou,Martine Léonard,Laurent Mouchard,Mikael Salson Theoretical Computer Science, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩ Article dans une revue hal-01255499v2
Approximate search of short patterns with high error rates using the 01⁎0 lossless seeds Christophe Vroland,Mikael Salson,Sébastien Bini,Hélène Touzet Journal of Discrete Algorithms, 2016, 37, pp.3-16. ⟨10.1016/j.jda.2016.03.002⟩ Article dans une revue hal-01360485v1
The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL. Michaela Kotrova,Katerina Muzikova,Ester Mejstrikova,Michaela Novakova,Violeta Bakardjieva-Mihaylovaet al. Blood, 2015, 126 (8), pp.1045-7. ⟨10.1182/blood-2015-07-655159⟩ Article dans une revue hal-01241663v1
Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing Mathieu Giraud,Mikaël Salson,Marc Duez,Céline Villenet,Sabine Quiefet al. BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩ Article dans une revue hal-01009173v1
CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads Nicolas Philippe,Mikaël Salson,Thérèse Commes,Eric Rivals Genome Biology, 2013, 14 (3), pp.R30. ⟨10.1186/gb-2013-14-3-r30⟩ Article dans une revue inserm-00850972v1
On the number of elements to reorder when updating a suffix array Martine Léonard,Laurent Mouchard,Mikaël Salson Journal of Discrete Algorithms, 2012, 11, pp.87-99. ⟨10.1016/j.jda.2011.01.002⟩ Article dans une revue inria-00636066v1
A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections Eric Rivals,Nicolas Philippe,Mikael Salson,Martine Léonard,Thérèse Commeset al. ERCIM News, 2012, 2012 (89), pp.20-21 Article dans une revue lirmm-00712653v1
Read indexing Nicolas Philippe,Mikael Salson,Thérèse Commes,Thierry Lecroq,Martine Léonardet al. EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.289⟩ Article dans une revue lirmm-00757983v1
Les séquenceurs à haut débit Mathieu Giraud,Mikaël Salson Interstices, 2011 Article dans une revue hal-01350176v1
Querying Large Read Collections in Main Memory: A Versatile data Structure Nicolas Philippe,Mikael Salson,Thierry Lecroq,Martine Léonard,Thérèse Commeset al. BMC Bioinformatics, 2011, 12, pp.242-258. ⟨10.1186/1471-2105-12-242⟩ Article dans une revue lirmm-00632958v1
A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads Nicolas Philippe,Mikael Salson,Thérèse Commes,Eric Rivals EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.290⟩ Article dans une revue lirmm-00757979v1
Dynamic Extended Suffix Arrays Mikael Salson,Thierry Lecroq,Martine Léonard,Laurent Mouchard Journal of Discrete Algorithms, 2010, 8 (2), pp.241-257 Article dans une revue hal-00468910v1
Dynamic Extended Suffix Array Mikael Salson,T. Lecroq,M. Léonard,L. Mouchard Journal of Discrete Algorithms, 2010, 8 (2), pp.241--257 Article dans une revue hal-00474818v1
efficient dynamic suffix array M. Leonard,L. Mouchard,M. Salson ACM Journal of Experimental Algorithmics, 2009, pp.en révision Article dans une revue hal-00489336v1
A Four-Stage Algorithm for Updating a Burrows-Wheeler Transform Mikael Salson,Thierry Lecroq,Martine Léonard,Laurent Mouchard Theoretical Computer Science, 2009, 43 (10), pp.4350-4359 Article dans une revue hal-00469113v1
A four-stage algorithm for updating a Burrows-Wheeler Tranform Mikael Salson,M. Léonard,L. Mouchard Theoretical Computer Science, 2009, 410 (43), pp.4350--4359 Article dans une revue hal-00474814v1

Communication dans un congrès (18)

REINDEER2: practical abundance index at scale Yohan Hernandez-Courbevoie,Mikaël Salson,Chloé Bessière,Hao-Liang Xue,Daniel Gautheretet al. SPIRE 2025, Sep 2025, London, France. ⟨10.1101/2025.06.16.659990⟩ Communication dans un congrès hal-05396234v1
CREMSA: Compressed indexing of (ultra) large multiple sequence alignments Mikaël Salson,Arthur Boddaert,Awa Bousso Gueye,Laurent Bulteau,Yohan Hernandez--Courbevoieet al. ISMB/ECCB 2025 - 33rd international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, ISCB, Jul 2025, Liverpool, United Kingdom. pp.i246-i254, ⟨10.1093/bioinformatics/btaf211⟩ Communication dans un congrès hal-04910677v2
Indexer un ensemble de séquences ADN annotées Tatiana Rocher,Mathieu Giraud,Mikael Salson JOBIM, Jun 2016, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01576319v1
Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS) Nathalie Grardel,Mikaël Salson,Aurélie Caillault,Marc Duez,Céline Villenetet al. Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France Communication dans un congrès hal-01100152v1
Lossless seeds for searching short patterns with high error rates Christophe Vroland,Mikaël Salson,Hélène Touzet International Workshop On Combinatorial Algorithms, Oct 2014, Duluth, United States Communication dans un congrès hal-01079840v1
SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation Evguenia Kopylova,Laurent Noé,Pierre Pericard,Mikaël Salson,Hélène Touzet Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-01094011v1
Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit Mathieu Giraud,Mikaël Salson,Marc Duez,Jean-Stéphane Varré,Céline Villenetet al. JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-00857581v1
A solution to index large set of short reads Nicolas Philippe,Mikael Salson,Thierry Lecroq,Martine Léonard,Thérèse Commeset al. seqBi11 - Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, 2011, Rennes, France Communication dans un congrès hal-00560731v1
Average Complexity for Updating a Suffix Array M. Léonard,L. Mouchard,M. Salson London Stringology Days, 2010, United Kingdom. Accepted Communication dans un congrès hal-00474822v1
Coût d'une mise à jour de la table des suffixes Martine Leonard,Laurent Mouchard,Mikael Salson Journées GdT COMATEGE du GDR IM, 2010, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-00516722v1
Dynamic range minimum queries Maxime Crochemore,L. Mouchard,M. Salson,B. Smyth The 9th International Stringology Conference, 2010, Israel Communication dans un congrès hal-00474490v1
Efficient Dynamic Range Minimum Query Maxime Crochemore,L. Mouchard,Mikael Salson,B. Smyth International Stringology Conference, 2010, Tel Aviv, Israel Communication dans un congrès hal-00474828v1
Sliding a Suffix Array Along a Text A. Al-Hafeed,L. Mouchard,M. Salson,B. Smyth London Stringology Days, 2010, United Kingdom. Accepted Communication dans un congrès hal-00474821v1
Dynamic Extended Suffix Arrays Mikael Salson,Thierry Lecroq,Martine Léonard,Laurent Mouchard London String Days and London Algorithmics Workshop, 2009, France Communication dans un congrès hal-00516719v1
Dynamic Burrows-Wheeler Transform Mikael Salson,Thierry Lecroq,Martine Leonard,Laurent Mouchard Stringology Research Workshop 09, 2009, Tel Aviv, Israel Communication dans un congrès hal-00516727v1
Dynamic Suffix Array with experiments and a specific emphasis on LCP arrays Mikael Salson,Thierry Lecroq,Martine Leonard,Laurent Mouchard Stringology Research Workshop 09, 2009, Tel Aviv, Israel Communication dans un congrès hal-00516720v1
Dynamic Burrows-Wheeler Transform Mikael Salson,M. Léonard,L. Mouchard Prague Stringology Conference, 2008, Czech Republic. pp.13--25 Communication dans un congrès hal-00474813v1
Dynamic Burrows-Wheeler Transform Mikael Salson,Thierry Lecroq,Martine Leonard,Laurent Mouchard Prague Stringology Conference, 2008, Prague, Czech Republic. pp.13-25 Communication dans un congrès hal-00469530v1

Poster de conférence (1)

Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis Nathalie Grardel,Mathieu Giraud,Mikaël Salson,Marc Duez American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014 Poster de conférence hal-01100290v1

Ouvrages (1)

From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics Annie Chateau,Mikaël Salson Wiley, 2022, ⟨10.1002/9781394169641⟩ Ouvrages hal-03920813v1

Chapitre d'ouvrage (3)

One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia Patrick Villarese,Chrystelle Abdo,Matthieu Bertrand,Florian Thonier,Mathieu Giraudet al. Anton W. Langerak. Immunogenetics. Methods and Protocols, 2453, Springer, pp.43-59, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_3⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03684695v1
Immunoglobulin Gene Mutational Status Assessment by Next Generation Sequencing in Chronic Lymphocytic Leukemia Anne Langlois de Septenville,Myriam Boudjoghra,Clotilde Bravetti,Marine Armand,Mikaël Salsonet al. Anton W. Langerak. Immunogenetics, 2453, Springer, pp.153-167, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_10⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03684717v1
Sequence Indexing Thierry Lecroq,Mikaël Salson From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, 1, Wiley, 2022, 9781394169641. ⟨10.1002/9781394169641.ch2⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03788611v1

Autre publication scientifique (1)

A dataset of sequences with manually curated V(D)J designations Mikael Salson,Aurélie Caillault,Marc Duez,Yann Ferret,Alice Fievetet al. 2016 Autre publication scientifique hal-01331556v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Data structures based on k-mers for querying large collections of sequencing datasets Camille Marchet,Christina Boucher,Simon J Puglisi,Paul Medvedev,Mikaël Salsonet al. 2019 Pré-publication, Document de travail hal-02414162v1

Rapport (1)

SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins Samuel Alizon,Frédéric Cazals,Stéphane Guindon,Claire Lemaitre,Tristan Mary-Huardet al. [Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35 Rapport (rapport de recherche) hal-03170023v1

HDR (1)

Méthodes sans alignement et indexation pour l'analyse de données nucléiques massives Mikaël Salson Informatique [cs]. Université de lille, 2023 HDR tel-04362289v1