Samuel Alizon Directeur de Recherche CNRS, responsable de l'équipe Écologie et évolution de la santé

Identifiants chercheurs

IdHAL :

samuel-alizon

ORCID :

0000-0002-0779-9543

IdRef :

111298334

Présentation

Je suis Directeur de recherche au CNRS, affecté au Centre Interdisciplinaire de Recherches en Biologie (CIRB) au Collège de France à Paris.

Mes travaux portent sur l'écologie et l'évolution de la santé, notamment les virus humains causant des infections sexuellement transmissible ou encore le microbiote vaginal. Je développe en particulier des modèles mathématiques et des simulations numériques.

Je suis l'auteur d'un livre grand public intitulé Évolution, écologie et pandémies, publié en 2020 au Points Seuil.

Pour plus de détails, voir mon site internet personnel.

Publications

Article dans une revue (115)

Genome wide association study of vaginal microbiota genetic diversity in French women Samuel Alizon,Claire Bernat,Vanina Boué,Sophie Grasset,Soraya Grocet al. Open Research Europe, 2026, 5, pp.186. ⟨10.12688/openreseurope.20462.2⟩ Article dans une revue hal-05566569v1
Resource landscape shapes the composition and stability of the human vaginal microbiota Tsukushi Kamiya,Mircea T Sofonea,Michael France,Nicolas Tessandier,Ignacio G Bravoet al. PLoS Biology, 2026, 24 (2), pp.e3003575. ⟨10.1371/journal.pbio.3003575⟩ Article dans une revue hal-05492290v1
Incidence and duration of human papillomavirus infections in young women: insights from a bimonthly follow-up cohort Thomas Bénéteau,Soraya Groc,Carmen Lía Murall,Vanina Boué,Baptiste Elieet al. Infectious diseases (London, England), 2025, 57 (4), pp.322-331. ⟨10.1080/23744235.2024.2427223⟩ Article dans une revue hal-04822236v1
Mutant emergence timing and population immunisation status impact epidemiological dynamics Bastien Reyné,Ramsès Djidjou-Demasse,Mircea T Sofonea,Samuel Alizon Journal of Theoretical Biology, 2025, 608, pp.112140. ⟨10.1016/j.jtbi.2025.112140⟩ Article dans une revue hal-05069967v1
High-risk human papillomavirus cervical infection prevalence: a nationwide retrospective study comparing opportunistic and organised screening, France, 2020 to 2023 Olivier Supplisson,Nicolas Tessandier,Mathilde Roussel,Stéphanie Haim-Boukobza,Sonia Burrelet al. Eurosurveillance, 2025, 30 (28), pp.2400689. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2025.30.28.2400689⟩ Article dans une revue hal-05191445v1
Viral and immune dynamics of genital human papillomavirus infections in young women with high temporal resolution Nicolas Tessandier,Baptiste Elie,Vanina Boué,Christian Selinger,Massilva Rahmounet al. PLoS Biology, 2025, 23 (1), pp.e3002949. ⟨10.1371/journal.pbio.3002949⟩ Article dans une revue hal-04906921v1
Leaky or polarised immunity: Non-Markovian modelling highlights the impact of immune memory assumptions Bastien Reyné,Tsukushi Kamiya,Ramsès Djidjou-Demasse,Samuel Alizon,Mircea T Sofonea PLoS Computational Biology, 2025, 21 (8), pp.e1013399. ⟨10.1371/journal.pcbi.1013399⟩ Article dans une revue hal-05283311v1
SARS-CoV-2 epidemiology, kinetics, and evolution: A narrative review Samuel Alizon,Mircea T Sofonea Virulence, 2025, 16 (1), pp.2480633. ⟨10.1080/21505594.2025.2480633⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-05025966v1
Importance scientifique, sanitaire et sociale du microbiome vaginal Samuel Alizon,Jeanne Tamarelle Médecine/Sciences, 2025, 41 (10), pp.760 - 769. ⟨10.1051/medsci/2025139⟩ Article dans une revue hal-05373992v1
Factors shaping vaginal microbiota long-term community dynamics in young adult women Tsukushi Kamiya,Nicolas Tessandier,Baptiste Elie,Claire Bernat,Vanina Bouéet al. Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e30. ⟨10.24072/pcjournal.527⟩ Article dans une revue hal-04987761v1
Seroprevalence of human herpes viruses in France, 2018–2022: a multilevel regression and poststratification approach Olivier Supplisson,Benoit Visseaux,Stéphanie Haim-Boukobza,David Boutolleau,Samuel Alizonet al. Infectious diseases (London, England), 2024, 56 (11), pp.1-15. ⟨10.1080/23744235.2024.2365906⟩ Article dans une revue hal-04710015v1
Real-time forecasting of COVID-19-related hospital strain in France using a non-Markovian mechanistic model Alexander Massey,Corentin Boennec,Claudia Ximena Restrepo-Ortiz,Christophe Blanchet,Samuel Alizonet al. PLoS Computational Biology, 2024, 20 (5), pp.e1012124. ⟨10.1371/journal.pcbi.1012124⟩ Article dans une revue hal-04710001v1
COVFlow: phylodynamics analyses of viruses from selected SARS-CoV-2 genome sequences Gonché Danesh,Corentin Boennec,Laura Verdurme,Mathilde Roussel,Sabine Trombert-Paolantoniet al. Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e101. ⟨10.24072/pcjournal.333⟩ Article dans une revue hal-04246696v1
Within-host evolutionary dynamics of antimicrobial quantitative resistance Ramsès Djidjou-Demasse,Mircea T Sofonea,Marc Choisy,Samuel Alizon Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2023, 18, pp.24. ⟨10.1051/mmnp/2023019⟩ Article dans une revue hal-03194023v4
Predicting the virulence of future emerging zoonotic viruses Samuel Alizon PLoS Biology, 2023, 21 (9), pp.e3002286. ⟨10.1371/journal.pbio.3002286⟩ Article dans une revue hal-04201651v1
Does exposure to different menstrual products affect the vaginal environment? Nicolas Tessandier,Ilkay Başak Uysal,Baptiste Elie,Christian Selinger,Sophie Grassetet al. Molecular Ecology, 2023, EVOLUTIONARY ECOLOGY OF HUMAN‐ASSOCIATED MICROBES, 32 (10), pp.2592-2601. ⟨10.1111/mec.16678⟩ Article dans une revue hal-03847887v1
Multiple infection theory rather than ‘socio‐virology’? A commentary on Leeks et al. 2023 Samuel Alizon Journal of Evolutionary Biology, 2023, 36 (11), pp.1571-1576. ⟨10.1111/jeb.14245⟩ Article dans une revue hal-04293988v1
Challenges for mathematical epidemiological modelling Pascal Crepey,Harold Noël,Samuel Alizon Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, 41 (2), pp.101053. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101053⟩ Article dans une revue hal-03607991v1
Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics Bastien Reyné,Quentin Richard,Christian Selinger,Mircea T Sofonea,Ramsès Djidjou-Demasseet al. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩ Article dans une revue hal-03629334v1
Analyzing and Modeling the Spread of SARS-CoV-2 Omicron Lineages BA.1 and BA.2, France, September 2021–February 2022 Mircea Sofonea,Bénédicte Roquebert,Vincent Foulongne,David Morquin,Laura Verdurmeet al. Emerging Infectious Diseases, 2022, 28 (7), pp.1355-1365. ⟨10.3201/eid2807.220033⟩ Article dans une revue hal-03714983v1
The source of individual heterogeneity shapes infectious disease outbreaks Baptiste Elie,Christian Selinger,Samuel Alizon Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2022, 289 (1974), pp.20220232. ⟨10.1098/rspb.2022.0232⟩ Article dans une revue hal-03175555v2
TiPS : Rapidly simulating trajectories and phylogenies from compartmental models Gonché Danesh,Emma Saulnier,Olivier Gascuel,Marc Choisy,Samuel Alizon Methods in Ecology and Evolution, 2022, 14 (2), pp.487-495. ⟨10.1111/2041-210X.14038⟩ Article dans une revue hal-03903561v1
Concomitant and productive genital infections by HSV-2 and HPV in two young women: A case report Ilkay Başak Uysal,Vanina Boué,Carmen Lia Murall,Christelle Graf,Christian Selingeret al. IDCases, 2022, 30, pp.e01604. ⟨10.1016/j.idcr.2022.e01604⟩ Article dans une revue hal-03795483v1
Les lois de la contagion. Fake news, virus, tendances… Samuel Alizon Natures Sciences Sociétés, 2022, 30 (1), pp.109-111. ⟨10.1051/nss/2022021⟩ Article dans une revue hal-03664004v1
Corrigendum to: Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities Bastien Reyné,Christian Selinger,Mircea Sofonea,Stéphanie Miot,Amandine Pisoniet al. International Journal of Epidemiology, 2022, 51 (2), pp.689-689. ⟨10.1093/ije/dyab269⟩ Article dans une revue hal-04056156v1
Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020 Samuel Alizon,Christian Selinger,Mircea T Sofonea,Stéphanie Haim-Boukobza,Jean-Marc Giannoliet al. Eurosurveillance, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩ Article dans une revue hal-03175551v3
Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics Baptiste Elie,Bénédicte Roquebert,Mircea T Sofonea,Sabine Trombert-Paolantoni,Vincent Foulongneet al. Journal of Medical Virology, 2022, 94 (8), pp.3625-3633. ⟨10.1002/jmv.27757⟩ Article dans une revue hal-03651890v1
SARS-CoV-2 viral RNA levels are not 'viral load Yannis Michalakis,Mircea T Sofonea,Samuel Alizon,Ignacio G. Bravo Trends in Microbiology, 2021, 29 (11), pp.970-972. ⟨10.1016/j.tim.2021.08.008⟩ Article dans une revue hal-03419147v1
Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics Mircea T Sofonea,Bastien Reyné,Baptiste Elie,Ramsès Djidjou-Demasse,Christian Selingeret al. Epidemics, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩ Article dans une revue hal-03289624v1
Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France Mircea T Sofonea,Samuel Alizon Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩ Article dans une revue hal-03366541v1
Can we eradicate viral pathogens? Samuel Alizon,Paul E Turner Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1851-1854. ⟨10.1111/jeb.13958⟩ Article dans une revue hal-03500287v1
Treating symptomatic infections and the co-evolution of virulence and drug resistance Samuel Alizon Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e47. ⟨10.24072/pcjournal.38⟩ Article dans une revue hal-03001103v2
Predicting COVID-19 incidence in French hospitals using human contact network analytics Christian Selinger,Marc Choisy,Samuel Alizon International Journal of Infectious Diseases, 2021, 111, pp.100 - 107. ⟨10.1016/j.ijid.2021.08.029⟩ Article dans une revue hal-03267059v2
Detecting Rapid Spread of SARS-CoV-2 Variants, France, January 26–February 16, 2021 Stéphanie Haim-Boukobza,Bénédicte Roquebert,Sabine Trombert-Paolantoni,Emmanuel Lecorche,Laura Verdurmeet al. Emerging Infectious Diseases, 2021, 27 (5), pp.1496-1499. ⟨10.3201/eid2705.210397⟩ Article dans une revue hal-03150819v3
Age-structured non-pharmaceutical interventions for optimal control of COVID-19 epidemic Quentin Richard,Samuel Alizon,Marc Choisy,Mircea T Sofonea,Ramsès Djidjou-Demasse PLoS Computational Biology, 2021, ⟨10.1371/journal.pcbi.1008776⟩ Article dans une revue hal-02879512v3
Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics Olivier Thomine,Samuel Alizon,Corentin Boennec,Marc Barthelemy,Mircea T Sofonea eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩ Article dans une revue hal-03415297v1
Within-host bacterial growth dynamics with both mutation and horizontal gene transfer Ramsès Djidjou-Demasse,Samuel Alizon,Mircea T Sofonea Journal of Mathematical Biology, 2021, ⟨10.1007/s00285-021-01571-9⟩ Article dans une revue hal-02500420v1
Repurposing the Hybrid Capture 2 (HC2) screening test for whole-genome sequencing of human papillomaviruses A. Debernardi,W. Jarassier,C. Soret,C. Mougin,Samuel Alizonet al. Archives of Virology, 2021, 166 (12), pp.3421-3425. ⟨10.1007/s00705-021-05259-9⟩ Article dans une revue hal-03425708v1
Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France Mircea T Sofonea,Corentin Boennec,Yannis Michalakis,Samuel Alizon Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩ Article dans une revue hal-03289626v2
Reconstructing contact network structure and cross-immunity patterns from multiple infection histories Christian Selinger,Samuel Alizon PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009375. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009375⟩ Article dans une revue hal-03357549v1
SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France Benedicte Roquebert,Stéphanie Haim-Boukobza,Sabine Trombert-Paolantoni,Emmanuel Lecorche,Laura Verdurmeet al. International Journal of Infectious Diseases, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩ Article dans une revue hal-03366559v1
Estimating dates of origin and end of COVID-19 epidemics Thomas Bénéteau,Elie ` Baptiste,Mircea T Sofonea,Samuel Alizon Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e70. ⟨10.24072/pcjournal.63⟩ Article dans une revue hal-03120811v2
The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021 Bénédicte Roquebert,Sabine Trombert-Paolantoni,Stéphanie Haim-Boukobza,Emmanuel Lecorche,Laura Verdurmeet al. Eurosurveillance, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩ Article dans une revue hal-03289627v1
Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021 Samuel Alizon,Stéphanie Haim-Boukobza,Vincent Foulongne,Laura Verdurme,Sabine Trombert-Paolantoniet al. Eurosurveillance, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2021.26.28.2100573⟩ Article dans une revue hal-03289622v1
Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities Bastien Reyné,Christian Selinger,Mircea T Sofonea,Stéphanie Miot,Amandine Pisoniet al. International Journal of Epidemiology, 2021, 50 (6), pp.1788-1794. ⟨10.1093/ije/dyab121⟩ Article dans une revue hal-03289625v1
Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France Gonché Danesh,Baptiste Elie,Yannis Michalakis,Mircea T Sofonea,Antonin Balet al. Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩ Article dans une revue hal-03001114v2
Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections Thomas Beneteau,Christian Selinger,Mircea T Sofonea,Samuel Alizon PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩ Article dans une revue hal-03357550v1
SARS‐CoV‐2 virulence evolution: Avirulence theory, immunity and trade‐offs Samuel Alizon,Mircea T Sofonea Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1867 - 1877. ⟨10.1111/jeb.13896⟩ Article dans une revue hal-03289628v1
Cytokine response following perturbation of the cervicovaginal milieu during HPV genital infection Christian Selinger,Massilva Rahmoun,Carmen Lia Murall,Claire Bernat,Vanina Bouéet al. Immunologic Research, 2021, 69 (3), pp.255-263. ⟨10.1007/s12026-021-09196-2⟩ Article dans une revue hal-03354891v1
Superspreading genomes Samuel Alizon Science, 2021, 371 (6529), pp.574-575. ⟨10.1126/science.abg0100⟩ Article dans une revue hal-03133445v1
Quantifying transmission dynamics of acute hepatitis C virus infections in a heterogeneous population using sequence data Gonché Danesh,Victor Virlogeux,Christophe Ramière,Caroline Charre,Laurent Cotteet al. PLoS Pathogens, 2021, 17 (9), pp.e1009916. ⟨10.1371/journal.ppat.1009916⟩ Article dans une revue hal-03357552v1
10 Questions and 4 experts on Corona Akiko Iwasaki,Gérard Krause,Samuel Alizon,Rino Rappuoli EMBO Molecular Medicine, 2020, 12 (5), ⟨10.15252/emmm.202012317⟩ Article dans une revue hal-04053451v1
HPV cervical infections and serological status in vaccinated and unvaccinated women Carmen Lia Murall,Bastien Reyné,Christian Selinger,Claire Bernat,Vanina Bouéet al. Vaccine, 2020, 38 (51), pp.8167-8174. ⟨10.1016/j.vaccine.2020.10.078⟩ Article dans une revue hal-03001077v2
Analyses génomiques et phylodynamiques du SARS-Cov-2 Baptiste Elie,Samuel Alizon Revue Francophone des Laboratoires, 2020, 2020 (526), pp.57-62. ⟨10.1016/S1773-035X(20)30314-2⟩ Article dans une revue hal-02893568v2
Detecting within-host interactions from genotype combination prevalence data Samuel Alizon,Carmen Lia Murall,Emma Saulnier,Mircea T Sofonea Epidemics, 2019, 29, pp.100349. ⟨10.1016/j.epidem.2019.100349⟩ Article dans une revue hal-02387765v1
Epithelial stratification shapes infection dynamics Carmen Lia Murall,Robert Jackson,Ingeborg Zehbe,Nathalie Boulle,Michel Segondyet al. PLoS Computational Biology, 2019, 15 (1), pp.e1006646. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006646⟩ Article dans une revue hal-02069914v1
Modelling the evolution of viral oncogenesis Carmen Lia Murall,Samuel Alizon Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, Silent cancer agents: multi-disciplinary modelling of human DNA oncoviruses, 374 (1773), pp.20180302. ⟨10.1098/rstb.2018.0302⟩ Article dans une revue hal-02124893v1
Natural history, dynamics, and ecology of human papillomaviruses in genital infections of young women: protocol of the PAPCLEAR cohort study Carmen Murall,Massilva Rahmoun,Christian Selinger,Monique Baldellou,Claire Bernatet al. BMJ Open, 2019, 9 (6), pp.e025129. ⟨10.1136/bmjopen-2018-025129⟩ Article dans une revue hal-02157154v1
COUSIN (COdon Usage Similarity INdex): A Normalized Measure of Codon Usage Preferences Jérôme Bourret,Samuel Alizon,Ignacio Bravo Genome Biology and Evolution, 2019, 11 (12), pp.3523-3528. ⟨10.1093/gbe/evz262⟩ Article dans une revue hal-02957623v1
Towards a multi-level and a multi-disciplinary approach to DNA oncovirus virulence Samuel Alizon,Ignacio G Bravo,Paul Farrell,Sally Roberts Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1773), pp.20190041. ⟨10.1098/rstb.2019.0041⟩ Article dans une revue hal-02108649v3
Simulating the effect of public health interventions using dated virus sequences and geographical data Samuel Alizon Peer Community In Evolutionary Biology, 2018, pp.100046. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100046⟩ Article dans une revue (compte-rendu de lecture) hal-01705816v1
Inexpensive Research in the Golden Open-Access Era Samuel Alizon Trends in Ecology & Evolution, 2018, 33 (5), pp.301 - 303. ⟨10.1016/j.tree.2018.02.005⟩ Article dans une revue hal-01788084v1
Coevolution of virulence and immunosuppression in multiple infections Tsukushi Kamiya,Nicole Mideo,Samuel Alizon Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (7), pp.995 - 1005. ⟨10.1111/jeb.13280⟩ Article dans une revue hal-01898496v1
Can Ebola Virus evolve to be less virulent in humans? Mircea T Sofonea,L. Aldakak,Luis F. V. V. Boullosa,Samuel Alizon Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (3), pp.382 - 392. ⟨10.1111/jeb.13229⟩ Article dans une revue hal-01897077v1
Reconciling Pasteur and Darwin to control infectious diseases Samuel Alizon,Pierre-Olivier Méthot PLoS Biology, 2018, 16 (1), pp.e2003815. ⟨10.1371/journal.pbio.2003815⟩ Article dans une revue hal-01737461v1
Inferring epidemiological parameters from phylogenies using regression-ABC: a comparative study Emma Saulnier,Olivier Gascuel,Samuel Alizon PLoS Computational Biology, 2017, 13 (3), pp.e1005416. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005416⟩ Article dans une revue hal-01567904v1
Predicting HIV virulence evolution in response to widespread treatment Samuel Alizon,Roger Kouyos Peer Community In Evolutionary Biology, 2017, ⟨10.24072/pci.evolbiol.100013⟩ Article dans une revue hal-01467624v1
Exposing the diversity of multiple infection patterns Mircea T Sofonea,Samuel Alizon,Yannis Michalakis Journal of Theoretical Biology, 2017, 419, pp.278 - 289. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.02.011⟩ Article dans une revue hal-01567902v1
Phylodynamique des infections virales Samuel Alizon,Emma Saulnier Virologie, 2017, 21 (3), pp.119-129. ⟨10.1684/vir.2017.0696⟩ Article dans une revue hal-01638067v1
Modelling the evolution of how vector-borne parasites manipulate the vector's host choice Samuel Alizon Peer Community In Evolutionary Biology, 2017, pp.100023. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100023⟩ Article dans une revue hal-01560018v1
Why Human Papillomavirus Acute Infections Matter Samuel Alizon,Carmen Murall,Ignacio G Bravo Viruses, 2017, 9 (10), pp.293. ⟨10.3390/v9100293⟩ Article dans une revue hal-01638068v1
A Visionary Pioneer of Parasite Ecology and Evolution Samuel Alizon The American Naturalist, 2016, 187 (6), pp.ii-iii. ⟨10.1086/686526⟩ Article dans une revue hal-01567905v1
Within-host stochastic emergence dynamics of immune-escape mutants Matthew Hartfield,Samuel Alizon PLoS Computational Biology, 2015, 11 (3), pp.e1004149. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004149⟩ Article dans une revue hal-01567908v1
Adaptive virulence evolution: the good old fitness-based approach Samuel Alizon,Yannis Michalakis Trends in Ecology & Evolution, 2015, 30 (5), pp.248-254. ⟨10.1016/j.tree.2015.02.009⟩ Article dans une revue hal-01567907v1
From within-host interactions to epidemiological competition: a general model for multiple infections Mircea T Sofonea,Samuel Alizon,Yannis Michalakis Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015, 370 (1675), pp.20140303. ⟨10.1098/rstb.2014.0303⟩ Article dans une revue hal-01571806v1
Clinical applications of pathogen phylogenies Matthew Hartfield,Carmen Lia Murall,Samuel Alizon Trends in Molecular Medicine, 2014, 20 (7), pp.394-404. ⟨10.1016/j.molmed.2014.04.002⟩ Article dans une revue hal-01567914v1
What is a pathogen? Toward a process view of host-parasite interactions Pierre-Olivier Methot,Samuel Alizon Virulence, 2014, 5 (8), pp.775-85. ⟨10.4161/21505594.2014.960726⟩ Article dans une revue hal-01567912v1
Parasite evolution in response to sex-based host heterogeneity in resistance and tolerance Susan V Cousineau,Samuel Alizon Journal of Evolutionary Biology, 2014, 27 (12), pp.2753-66. ⟨10.1111/jeb.12541⟩ Article dans une revue hal-01567915v1
Virulence and pathogenesis of HIV-1 infection: an evolutionary perspective Christophe Fraser,Katrina Lythgoe,Gabriel E Leventhal,George Shirreff,T Deirdre Hollingsworthet al. Science, 2014, 343 (6177), pp.1243727. ⟨10.1126/science.1243727⟩ Article dans une revue hal-01567910v1
Evidence that hepatitis C virus genome partly controls infection outcome Matthew Hartfield,Rowena Bull,Peter A White,Andrew Lloyd,Fabio Lucianiet al. Evolutionary Applications, 2014, 7 (5), pp.533-47. ⟨10.1111/eva.12151⟩ Article dans une revue hal-01567913v1
Quantifying the epidemic spread of Ebola virus (EBOV) in Sierra Leone using phylodynamics Samuel Alizon,Sébastien Lion,Carmen Lia Murall,Jessica Lee Abbate Virulence, 2014, 5 (8), pp.825-827. ⟨10.4161/21505594.2014.976514⟩ Article dans une revue hal-01567909v1
Epidemiological feedbacks affect evolutionary emergence of pathogens Matthew Hartfield,Samuel Alizon The American Naturalist, 2014, 183 (4), pp.E105-17. ⟨10.1086/674795⟩ Article dans une revue hal-01567911v1
Within-host and between-host evolutionary rates across the HIV-1 genome Samuel Alizon,Christophe Fraser Retrovirology, 2013, 10, pp.49. ⟨10.1186/1742-4690-10-49⟩ Article dans une revue hal-01567922v1
How effectively can HIV phylogenies be used to measure heritability? George Shirreff,Samuel Alizon,Anne Cori,Huldrych F Guenthard,Oliver Laeyendeckeret al. Evolution, Medicine, and Public Health, 2013, 2013 (1), pp.209-24. ⟨10.1093/emph/eot019⟩ Article dans une revue hal-01567924v1
On the limits of interpreting some plastic responses through a cooperator/cheater prism. A comment on Harrison Samuel Alizon Journal of Evolutionary Biology, 2013, 26 (9), pp.2051-6. ⟨10.1111/jeb.12199⟩ Article dans une revue hal-01567920v1
Co-infection and super-infection models in evolutionary epidemiology Samuel Alizon Interface Focus, 2013, 3, pp.20130031. ⟨10.1098/rsfs.2013.0031⟩ Article dans une revue hal-01567919v1
Epidemic spread on weighted networks Christel Kamp,Mathieu Moslonka-Lefebvre,Samuel Alizon PLoS Computational Biology, 2013, 9 (12), pp.e1003352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003352⟩ Article dans une revue hal-01567923v1
Parasite co-transmission and the evolutionary epidemiology of virulence Samuel Alizon Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2013, 67 (4), pp.921-933. ⟨10.1111/j.1558-5646.2012.01827.x⟩ Article dans une revue istex hal-01567917v1
Multiple infections and the evolution of virulence Samuel Alizon,Jacobus C De Roode,Yannis Michalakis Ecology Letters, 2013, 16 (4), pp.556-567. ⟨10.1111/ele.12076⟩ Article dans une revue hal-01567918v1
Introducing the outbreak threshold in epidemiology Matthew Hartfield,Samuel Alizon PLoS Pathogens, 2013, 6, pp.e1003277. ⟨10.1371/journal.ppat.1003277⟩ Article dans une revue hal-01567921v1
Weighting for sex acts to understand the spread of STI on networks Mathieu Moslonka-Lefebvre,Sebastian Bonhoeffer,Samuel Alizon Journal of Theoretical Biology, 2012, 311 (octobre2012 et janvier 2013), pp.46-53. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.06.031⟩ Article dans une revue hal-01567925v1
Modelling the course of an HIV infection: Insights from ecology and evolution Samuel Alizon,Carsten Magnus Viruses, 2012, 4 (10), pp.1984-2013. ⟨10.3390/v4101984⟩ Article dans une revue hal-01567926v1
Within-host parasite cooperation and the evolution of virulence Samuel Alizon,Sébastien Lion Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2011, 278 (1725), pp.3738-3747. ⟨10.1098/rspb.2011.0471⟩ Article dans une revue hal-01567928v1
Inclusive fitness theory and eusociality Patrick Abbot,Jun Abe,John Alcock,Samuel Alizon,Joao a C Alpedrinhaet al. Nature, 2011, 471 (7339), pp.E1-4. ⟨10.1038/nature09831⟩ Article dans une revue hal-01567932v1
Virulence evolution in response to anti-infection resistance: toxic food plants can select for virulent parasites of monarch butterflies Jacobus C De Roode,C Lopez Fernandez De Castillejo,T Faits,Samuel Alizon Journal of Evolutionary Biology, 2011, 24 (4), pp.712-22. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02213.x⟩ Article dans une revue hal-01567929v1
Bridging scales in the evolution of infectious disease life histories: theory Troy Day,Samuel Alizon,Nicole Mideo Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (12), pp.3448-61. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01394.x⟩ Article dans une revue hal-01567927v1
The transmission-virulence trade-off and superinfection: comments to smith Samuel Alizon,Yannis Michalakis Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (12), pp.3633-8. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01432.x⟩ Article dans une revue hal-01567930v1
Epidemiological and clinical consequences of within-host evolution Samuel Alizon,Fabio Luciani,Roland R. Regoes Trends in Microbiology, 2011, 19 (1), pp.24-32. ⟨10.1016/j.tim.2010.09.005⟩ Article dans une revue istex hal-01567931v1
Phylogenetic approach reveals that virus genotype largely determines HIV set-point viral load Samuel Alizon,Viktor Von Wyl,Tanja Stadler,Roger D. Kouyos,Sabine Yerlyet al. PLoS Pathogens, 2010, 6 (9), pp.e1001123. ⟨10.1371/journal.ppat.1001123⟩ Article dans une revue hal-01567934v1
Within-host viral evolution in a heterogeneous environment. Insights into the HIV co-receptor switch Samuel Alizon,Barbara Boldin Journal of Evolutionary Biology, 2010, 23, pp.2625-2635. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02139.x⟩ Article dans une revue hal-01567935v1
The virulence-transmission trade-off in vector-borne plant viruses: a review of (non-)existing studies R Froissart,J Doumayrou,F Vuillaume,Samuel Alizon,Y Michalakis Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2010, 365 (1548), pp.1907-18. ⟨10.1098/rstb.2010.0068⟩ Article dans une revue hal-01567933v1
The evolutionary dynamics of a rapidly mutating virus within and between hosts: the case of hepatitis C virus Fabio Luciani,Samuel Alizon PLoS Computational Biology, 2009, 5 (11), pp.e1000565. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000565⟩ Article dans une revue hal-01567937v1
Virulence evolution and the trade-off hypothesis: history, current state of affairs and the future Samuel Alizon,Amy Hurford,Nicole Mideo,Minus van Baalen Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22, pp.245-259. ⟨10.1111/j.1420-9101.2008.01658.x⟩ Article dans une revue hal-01567938v1
The Price equation framework to study disease within-host evolution Samuel Alizon Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22, pp.1123-1132. ⟨10.1111/j.1420-9101.2009.01726.x⟩ Article dans une revue hal-01567936v1
Acute or Chronic? Within-host models with immune dynamics, infection outcome and parasite evolution Samuel Alizon,Minus van Baalen The American Naturalist, 2008, 172 (6), pp.E244-E256. ⟨10.1086/592404⟩ Article dans une revue hal-01567941v1
Transmission-recovery trade-offs to study parasite evolution Samuel Alizon The American Naturalist, 2008, 172 (3), pp.E113-E121. ⟨10.1086/589892⟩ Article dans une revue hal-01567943v1
Linking within- and between-host dynamics in the evolutionary epidemiology of infectious diseases Nicole Mideo,Samuel Alizon,Troy Day Trends in Ecology & Evolution, 2008, 23 (9), pp.511-517. ⟨10.1016/j.tree.2008.05.009⟩ Article dans une revue istex hal-01567939v1
Competition between cryptic species explains variations in rates of lineage evolution Samuel Alizon,Michal Kucera,Vincent A. A. Jansen Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2008, 105 (34), pp.12382-12386. ⟨10.1073/pnas.0805039105⟩ Article dans une revue hal-01567944v1
Multiple infections, immune dynamics and virulence evolution Samuel Alizon,Minus van Baalen The American Naturalist, 2008, 172 (4), pp.E150-E158. ⟨10.1086/590958⟩ Article dans une revue hal-01567942v1
Decreased overall virulence in co-infected hosts leads to the persistence of virulent parasites Samuel Alizon The American Naturalist, 2008, 172 (2), pp.E67-E79. ⟨10.1086/588077⟩ Article dans une revue hal-01567946v1
Transmission-virulence trade-offs in vector-borne diseases Samuel Alizon,Minus van Baalen Theoretical Population Biology, 2008, 74, pp.6 - 15. ⟨10.1016/j.tpb.2008.04.003⟩ Article dans une revue hal-01396035v1
Empty sites can promote altruistic behaviour Samuel Alizon,P Taylor Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2008, 62 (6), pp.1335-1344. ⟨10.1111/j.1558-5646.2008.00369.x⟩ Article dans une revue hal-01567940v1
Why is HIV not vector-borne? Troy Day,Nicole Mideo,Samuel Alizon Evol App, 2008, 1, pp.17-27. ⟨10.1111/j.1752-4571.2007.00014.x⟩ Article dans une revue hal-01567945v1
Predation and disturbance interact to shape prey species diversity Romain Gallet,Samuel Alizon,Pierre-Arnaud Comte,Arnaud Gutierrez,Frantz Depauliset al. The American Naturalist, 2007, 170, pp.143-154. ⟨10.1086/518567⟩ Article dans une revue hal-01567947v1
Emergence of a convex trade-off between transmission and virulence Samuel Alizon,Minus van Baalen The American Naturalist, 2005, 165 (6), pp.E155-E167. ⟨10.1086/430053⟩ Article dans une revue hal-01567948v1

Ouvrages (3)

Évolution, écologie et pandémies Samuel Alizon Points Sciences, 2020, 2757887238 Ouvrages hal-03045497v1
Ecologie de la santé Stéphane Blanc,Gilles Boëtsch,Martine Hossaert-Mckey,François Renaud,Stéphanie Thiébaultet al. Edition du Cherche Midi CNRS, 176 p., 2017, Documents (Cherche Midi), ISBN: 9782749154251 9782749154251 Ouvrages (ouvrage de synthèse) hal-02785631v1
C'est grave Dr Darwin ? L'évolution, les microbes et nous Samuel Alizon Le Seuil, 2016, 2021102920 Ouvrages hal-01638066v1

Chapitre d'ouvrage (6)

Épidémiologie et évolution du SARS-CoV-2 Samuel Alizon,Mircea T Sofonea Les années COVID : comment y survivre, , pp.65-74, 2023, 978-2-493270-69-6 Chapitre d'ouvrage hal-04184205v1
Phylodynamique Samuel Alizon ISTE. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, , 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch11⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02884408v1
L’être vivant dans son environnement Samuel Alizon,F. Angelier,Guillaume Bécard,Laurent Bezin,F Courchampet al. CNRS Editions. Etonnant vivant. Découvertes et promesses du XXIème siècle (Livre blanc)., 2017 Chapitre d'ouvrage hal-01923240v1
Invasions of Host-Associated Microbiome Networks C. L. Murall,J. L. Abbate,M. Puelma Touzel,E. Allen-Vercoe,Samuel Alizonet al. Research, BT - Advances in Ecological. Networks of Invasion: Empirical Evidence and Case Studies, 57, Academic Press, 2017, Advances in Ecological Research, ⟨10.1016/bs.aecr.2016.11.002⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01567903v1
Emerging diseases and the evolution of virulence: the case of the Spanish influenza pandemic Pierre-Olivier Methot,Samuel Alizon Marc Silberstein and Gérard Lambert and Philippe Huneman. Disease, Classification, and Evidence. New Essays in the Philosophy of Medicine, 7, Springer, pp.93-130, 2015, History, Philosophy and Theory of the Life Sciences, ⟨10.1007/978-94-017-8887-8_5⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01567906v1
Evolution of Infectious Disease Virulence Samuel Alizon Jonathan Losos. Evolutionary biology, Oxford Bibliographies, 2014, ⟨10.1093/OBO/9780199941728-0018⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01567916v1

Pré-publication, Document de travail (10)

Teddy : neural inference of epidemiological parameters from viral sequences Vincent Garot,Luc Blassel,Luca Nesterenko,Anna Zhukova,Samuel Alizonet al. 2026 Pré-publication, Document de travail hal-05593080v1
Estimating HPV16 genome copy number per infected cell in cervical smears Baptiste Elie,Vanina Boué,Philippe Paget-Bailly,Marie-Paule Algros,Alice Baraquinet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04759550v1
Factors associated with human papillomavirus (HPV) virus load variations in genital infections in young women Nicolas Tessandier,Vanina Boué,Tsukushi Kamyia,Olivier Supplisson,Carmen Lia Murallet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04759549v1
Resource landscape shapes the composition and stability of the human vaginal microbiota Tsukushi Kamiya,Mircea T Sofonea,Michael France,Nicolas Tessandier,Ignacio G Bravoet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05354437v1
HPV detection patterns in young women from the PAPCLEAR longitudinal study: implications for HPV screening policies Thomas Beneteau,Soraya Groc,Carmen Lia Murall,Vanina Boué,Baptiste Elieet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04759547v1
Viral and immune dynamics of HPV genital infections in young women Nicolas Tessandier,Baptiste Elie,Vanina Boué,Christian Selinger,Massilva Rahmounet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04759546v1
TiPS: rapidly simulating trajectories and phylogenies from compartmental models Gonché Danesh,Emma Saulnier,Olivier Gascuel,Marc Choisy,Samuel Alizon 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03872312v1
Epidemiological monitoring and control perspectives: application of a parsimonious modelling framework to the COVID-19 dynamics in France Mircea T Sofonea,Bastien Reyné,Baptiste Elie,Ramsès Djidjou-Demasse,Christian Selingeret al. 2020 Pré-publication, Document de travail hal-02619546v1
Optimal COVID-19 epidemic control until vaccine deployment R Djidjou-Demasse,Y. Michalakis,M Choisy,M. T. Sofonea,Samuel Alizon 2020 Pré-publication, Document de travail hal-02533223v1
Rt2: computing and visualising COVID-19 epidemics temporal reproduction number Bastien Reyné,Gonché Danesh,Samuel Alizon,Mircea T Sofonea 2020 Pré-publication, Document de travail hal-03045490v1

Rapport (16)

De Delta à Omicron, scénarios de tendances hospitalières pour l'hiver 2021-2022 Samuel Alizon,Mircea T Sofonea [Rapport de recherche] 16, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique; IRD - Institut de recherche pour le developpement; Université de Montpellier. 2021 Rapport (rapport de recherche) hal-03502127v1
Mobilisation de la FRB par les pouvoirs publics français sur les liens entre Covid-19 et biodiversité Jean-François Silvain,Robin Goffaux,Hélène Soubelet,Francois Sarrazin,Luc Abbadieet al. [0] FRB. 2021, 63 p Rapport (rapport d’expertise collective) hal-04179836v1
SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins Samuel Alizon,Frédéric Cazals,Stéphane Guindon,Claire Lemaitre,Tristan Mary-Huardet al. [Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35 Rapport (rapport de recherche) hal-03170023v1
Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France pourraient-ils être expliqués par des comorbidités ? Yannis Michalakis,Mircea T Sofonea,Samuel Alizon [Rapport de recherche] 10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02950676v1
Évolution de la virulence et COVID-19 Samuel Alizon,Yannis Michalakis,Mircea T Sofonea [Rapport de recherche] 12, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02950712v1
Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction Samuel Alizon,Bastien Reyné,Mircea T Sofonea [Rapport de recherche] 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02882697v1
Analyse de l’épidémie de COVID-19 en France et scénarios de contrôle Samuel Alizon,Mircea T Sofonea [Rapport de recherche] 9, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02950665v1
Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD Yannis Michalakis,Mircea T Sofonea,Samuel Alizon [Rapport de recherche] 11, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02950702v1
Phylodynamique du COVID-19 en France Gonché Danesh,Baptiste Elie,Samuel Alizon [Rapport de recherche] 4, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02882688v1
Estimation du nombre de reproduction de l’épidémie de COVID-19 en France Gonché Danesh,Samuel Alizon [Rapport de recherche] 1, Centre national de la recherche scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02882680v1
Modéliser l'épidémie de COVID-19 (résumé) Samuel Alizon,Mircea T Sofonea,Yannis Michalakis [Rapport de recherche] 7, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02950651v1
Phylodynamique du COVID-19 en France : variations temporelles de la croissance épidémique Gonché Danesh,Baptiste Elie,Samuel Alizon [Rapport de recherche] 6, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02882698v1
Modélisation de l’épidémie de COVID-19 : modèle SEAIR Samuel Alizon,Bastien Reyné,Christian Selinger [Rapport de recherche] 3, Centre national de la recherche scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02882687v1
Stochasticité et épidémie de COVID-19 Thomas Bénéteau,Baptiste Elie,Samuel Alizon,Mircea T Sofonea [Rapport de recherche] 8, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport de recherche) hal-02950660v1
Immunité de groupe et contrôle de l’épidémie de COVID-19 Mircea T Sofonea,Samuel Alizon [Rapport Technique] 2, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020 Rapport (rapport technique) hal-02882682v1
Utilisation des phylogénies d'infections en épidémiologie Samuel Alizon,Emma Saulnier Anses. 2017, pp.42-43 Rapport anses-01533229v1

Thèse (1)

Évolution de la virulence des parasites : apports des modèles emboîtés Samuel Alizon Evolution [q-bio.PE]. Université Pierre et Marie Curie (Paris VI), 2006. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-01638064v1

HDR (1)

Dynamics and evolution of infectious diseases Samuel Alizon Populations and Evolution [q-bio.PE]. Université Montpellier 2, 2013 HDR tel-01638065v1

Autre publication scientifique (1)

Modelling parasitoid virulence evolution with seasonality Samuel Alizon 2021, pp.100129. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100129⟩ Autre publication scientifique hal-03289840v1