Samuel Bernard Chargé de recherche CNRS à l'Institut Camille Jordan, Université Claude Bernard Lyon 1, et Inria, Villeurbanne, France

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Présentation

Plusieurs phénomènes biologiques intéressants ne peuvent pas être réduits seulement à des mécanismes moléculaires. La prolifération cellulaire et la mort, ainsi que les interactions entre cellules agissent comme un filtre entre ce qui se passe au niveau moléculaire et ce qui peut être effectivement observé à l'échelle des populations cellulaires. Je développe des outils intégratifs pour la dynamique de population cellulaire et la biologie. Les applications vont de l'étude de la synchronisation des horloges biologiques, à l'homéostasie des tissus humains à long-terme, et au développement et à la maintenance de l'immunité.

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Publications

Article dans une revue (58)

In silico modelling of CD8 T cell immune response links genetic regulation to population dynamics Thi Nhu Thao Nguyen,Madge Martin,C Arpin,Samuel Bernard,Olivier Gandrillonet al. ImmunoInformatics, 2024, 15, pp.100043. ⟨10.1016/j.immuno.2024.100043⟩ Article dans une revue hal-04489553v2
Implication of lipid turnover for the control of energy balance Samuel Bernard,Kirsty L Spalding Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2023, 378 (1888), pp.20220202. ⟨10.1098/rstb.2022.0202⟩ Article dans une revue hal-04195827v1
Les mathématiques du cœur Samuel Bernard Interstices, 2020 Article dans une revue hal-03132429v1
Phenotypic noise and the cost of complexity Charles Rocabert,Guillaume Beslon,Carole Knibbe,Samuel Bernard Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2020, ⟨10.1111/evo.14083⟩ Article dans une revue hal-02920356v1
Radioprotective effects of induced astronaut torpor and advanced propulsion systems during deep space travel Tim Squire,A. Ryan,Samuel Bernard Life Sciences in Space Research, 2020, 26, pp.105-113. ⟨10.1016/j.lssr.2020.05.005⟩ Article dans une revue hal-02868066v1
The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities Joel Lehman,Jeff Clune,Dusan Misevic,Christoph Adami,Julie Beaulieuet al. Artificial Life, 2020, 26 (2), pp.274-306. ⟨10.1162/artl_a_00319⟩ Article dans une revue hal-01735473v1
Dynamics of oligodendrocyte generation in multiple sclerosis Maggie Yeung,Mehdi Djelloul,Embla Steiner,Samuel Bernard,Mehran Salehpouret al. Nature, 2019, 566, pp.538-542. ⟨10.1038/s41586-018-0842-3⟩ Article dans une revue hal-02002274v1
Adipose lipid turnover and long-term changes in body weight P. Arner,Samuel Bernard,Lena Appelsved,Keng-Yeh Fu,Mehran Salehpouret al. Nature Medicine, 2019, 25 (9), pp.1385-1389. ⟨10.1038/s41591-019-0565-5⟩ Article dans une revue hal-02317491v1
Cell generation dynamics underlying naïve T cell homeostasis in adult humans Jeff E. Mold,Pedro Réu,Axel Olin,Samuel Bernard,Jakob Michaelssonet al. PLoS Biology, 2019, 17 (10), pp.e3000383. ⟨10.1371/journal.pbio.3000383⟩ Article dans une revue hal-02160888v2
Meningioma growth dynamics assessed by radiocarbon retrospective birth dating Hagen B Huttner,Olaf Bergmann,Mehran Salehpour,Raouf El Cheikh,Makoto Nakamuraet al. EBioMedicine, 2018, 27, pp.176-181. ⟨10.1016/j.ebiom.2017.12.020⟩ Article dans une revue hal-01671339v1
The Lifespan and Turnover of Microglia in the Human Brain Pedro Réu,Azadeh Khosravi,Samuel Bernard,Jeff E. Mold,Mehran Salehpouret al. Cell Reports, 2017, 20 (4), pp.779 - 784. ⟨10.1016/j.celrep.2017.07.004⟩ Article dans une revue hal-01572438v1
Long-term treatment effects in chronic myeloid leukemia Apollos Besse,Thomas Lepoutre,Samuel Bernard Journal of Mathematical Biology, 2017, pp.1-26. ⟨10.1007/s00285-017-1098-5⟩ Article dans une revue hal-01447781v1
Stability Analysis of a Model of Interaction Between the Immune System and Cancer Cells in Chronic Myelogenous Leukemia Apollos Besse,Geoffrey D. Clapp,Samuel Bernard,Franck-Emmanuel Nicolini,Doron Levyet al. Bulletin of Mathematical Biology, 2017, pp.1-27. ⟨10.1007/s11538-017-0272-7⟩ Article dans une revue hal-01539364v1
Estimates and impact of lymphocyte division parameters from CFSE data using mathematical modelling. Pauline Mazzocco,Samuel Bernard,Laurent Pujo-Menjouet PLoS ONE, 2017, 12 (6), pp.e0179768 Article dans une revue hal-01561667v1
A multiscale modelling approach for the regulation of the cell cycle by the circadian clock Raouf El Cheikh,Samuel Bernard,Nader El Khatib Journal of Theoretical Biology, 2017, 426, pp.117-125. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.05.021⟩ Article dans une revue hal-01561617v1
Impact of fat mass and distribution on lipid turnover in human adipose tissue Kirsty L Spalding,Samuel Bernard,Erik Näslund,Mehran Salehpour,Göran Possnertet al. Nature Communications, 2017, 8, pp.15253. ⟨10.1038/ncomms15253⟩ Article dans une revue hal-01561605v1
Moving the Boundaries of Granulopoiesis Modelling Samuel Bernard Bulletin of Mathematical Biology, 2016, 78 (12), pp.2358 - 2363. ⟨10.1007/s11538-016-0215-8⟩ Article dans une revue hal-01391393v1
Transplanted Bone Marrow-Derived Cells Contribute to Human Adipogenesis Mikael Rydén,Mehmet Uzunel,Joanna l. Hård,Erik Borgström,Jeff e. Moldet al. Cell Metabolism, 2015, 22 (3), pp.408-417. ⟨10.1016/j.cmet.2015.06.011⟩ Article dans une revue hal-01225085v1
A new model for the estimation of time of death from vitreous potassium levels corrected for age and temperature B. Zilg,Samuel Bernard,K. Alkass,S. Berg,H. Druid Forensic Science International, 2015, 254, pp.158-166. ⟨10.1016/j.forsciint.2015.07.020⟩ Article dans une revue istex hal-01225089v1
Dynamics of Cell Generation and Turnover in the Human Heart Olaf Bergmann,Sofia Zdunek,Anastasia Felker,Mehran Salehpour,Kanar Alkasset al. Cell, 2015, 161 (7), pp.1566-1575. ⟨10.1016/j.cell.2015.05.026⟩ Article dans une revue hal-01225091v1
Implication of the Autologous Immune System in BCR-ABL Transcript Variations in Chronic Myelogenous Leukemia Patients Treated with Imatinib. Geoffrey D Clapp,Thomas Lepoutre,Raouf El Cheikh,Samuel Bernard,Jérémy Rubyet al. Cancer Research, 2015, 75 (19), pp.4053-62. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-0611⟩ Article dans une revue hal-01251396v1
Optimal linear stability condition for scalar differential equations with distributed delay Samuel Bernard,Fabien Crauste Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series B, 2015, 20 (7), ⟨10.3934/dcdsb.2015.20.1855⟩ Article dans une revue hal-00997528v1
The age and genomic integrity of neurons after cortical stroke in humans. Hagen B Huttner,Olaf Bergmann,Mehran Salehpour,Attila Rácz,Jemal Tatarishviliet al. Nature Neuroscience, 2014, pp.801-3 Article dans une revue hal-01092159v1
Dynamics of oligodendrocyte generation and myelination in the human brain. Maggie S y Yeung,Sofia Zdunek,Olaf Bergmann,Samuel Bernard,Mehran Salehpouret al. Cell, 2014, 159, pp.766-774 Article dans une revue hal-01092151v1
A Model for Genome Size Evolution Stephan Fischer,Samuel Bernard,Guillaume Beslon,Carole Knibbe Bulletin of Mathematical Biology, 2014, 76 (9), pp.2249 - 2291. ⟨10.1007/s11538-014-9997-8⟩ Article dans une revue hal-01090984v1
Neurogenesis in the Striatum of the Adult Human Brain. Aurélie Ernst,Kanar Alkass,Samuel Bernard,Mehran Salehpour,Shira Perlet al. Cell, 2014, 156 (5), pp.1072-1083. ⟨10.1016/j.cell.2014.01.044⟩ Article dans une revue hal-00952021v1
Multiscale Modeling of the Early CD8 T-Cell Immune Response in Lymph Nodes: An Integrative Study Sotiris Prokopiou,Loic Barbarroux,Samuel Bernard,Julien Mafille,Yann Leverrieret al. Computation, 2014, 2 (4), pp.159-181. ⟨10.3390/computation2040159⟩ Article dans une revue hal-01074736v1
Modeling circadian clock-cell cycle interaction effects on cell population growth rates Raouf El Cheikh,Samuel Bernard,Nader El Khatib Journal of Theoretical Biology, 2014, 363, pp.318-331. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.08.008⟩ Article dans une revue hal-01055081v1
Dynamics of hippocampal neurogenesis in adult humans. Kirsty L Spalding,Olaf Bergmann,Kanar Alkass,Samuel Bernard,Mehran Salehpouret al. Cell, 2013, 153 (6), pp.1219-1227. ⟨10.1016/j.cell.2013.05.002⟩ Article dans une revue hal-00839513v1
Adipocyte triglyceride turnover and lipolysis in lean and overweight subjects. Mikael Rydén,Daniel P Andersson,Samuel Bernard,Kirsty Spalding,Peter Arner Journal of Lipid Research, 2013, 54 (10), pp.2909-2913. ⟨10.1194/jlr.M040345⟩ Article dans une revue hal-00867570v1
From Single-Scale to Multiscale Modelling in Biology Samuel Bernard Acta Biotheoretica, 2013, 61 (3), pp.291-303. ⟨10.1007/s10441-013-9199-z⟩ Article dans une revue hal-00867564v1
Analysis of radiocarbon, stable isotopes and DNA in teeth to facilitate identification of unknown decedents. Kanar Alkass,Hisako Saitoh,Bruce A Buchholz,Samuel Bernard,Gunilla Holmlundet al. PLoS ONE, 2013, 8 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0069597⟩ Article dans une revue hal-00867568v1
The age of olfactory bulb neurons in humans. Olaf Bergmann,Jakob Liebl,Samuel Bernard,Kanar Alkass,Maggie S y Yeunget al. Neuron, 2012, 74 (4), pp.634-639. ⟨10.1016/j.neuron.2012.03.030⟩ Article dans une revue hal-00755464v1
Adipocyte triglyceride turnover is independently associated with atherogenic dyslipidemia. Keith Frayn,Samuel Bernard,Kirsty Spalding,Peter Arner Journal of the American Heart Association, 2012, 1 (6), pp.e003467. ⟨10.1161/JAHA.112.003467⟩ Article dans une revue hal-00839514v1
Cardiomyocyte renewal in humans. Olaf Bergmann,Sofia Zdunek,Jonas Frisén,Samuel Bernard,Henrik Druidet al. Circulation Research, 2012, 110 (1), e17-8; author reply e19-21. ⟨10.1161/CIRCRESAHA.111.259598⟩ Article dans une revue hal-00755465v1
Modeling Biological Rhythms in Cell Populations Raouf El Cheikh,Thomas Lepoutre,Samuel Bernard Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2012, 7 (6), pp.107--125. ⟨10.1051/mmnp/20127606⟩ Article dans une revue hal-00847008v1
Né pour sentir [Born to smell]. Samuel Bernard Médecine/Sciences, 2012, 28 (11), pp.937-9. ⟨10.1051/medsci/20122811012⟩ Article dans une revue hal-00767595v1
Dynamics of human adipose lipid turnover in health and metabolic disease. Peter Arner,Samuel Bernard,Mehran Salehpour,Göran Possnert,Jakob Lieblet al. Nature, 2011, 478 (7367), pp.110-3. ⟨10.1038/nature10426⟩ Article dans une revue hal-00649210v1
HYBRID MODEL OF ERYTHROPOIESIS AND LEUKEMIA TREATMENT WITH CYTOSINE ARABINOSIDE Polina Kurbatova,Samuel Bernard,Nikolai Bessonov,Fabien Crauste,Ivan Deminet al. SIAM Journal on Applied Mathematics, 2011, 71 (6), pp.2246-2268. ⟨10.1137/100815517⟩ Article dans une revue hal-00538496v2
Identification of cardiomyocyte nuclei and assessment of ploidy for the analysis of cell turnover. Olaf Bergmann,Sofia Zdunek,Kanar Alkass,Henrik Druid,Samuel Bernardet al. Experimental Cell Research, 2011, 317 (2), pp.188-94. ⟨10.1016/j.yexcr.2010.08.017⟩ Article dans une revue istex hal-00542527v1
Regulation of mammalian cell cycle progression in the regenerating liver Anuradha Chauhan,Stephan Lorenzen,Hanspeter Herzel,Samuel Bernard Journal of Theoretical Biology, 2011, 283 (1), pp.103. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.05.026⟩ Article dans une revue hal-00719488v1
Regulation of mammalian cell cycle progression in the regenerating liver. Anuradha Chauhan,Stephan Lorenzen,Hanspeter Herzel,Samuel Bernard Journal of Theoretical Biology, 2011, 283 (1), pp.103-12. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.05.026⟩ Article dans une revue hal-00649211v1
Tumor growth rate determines the timing of optimal chronomodulated treatment schedules Samuel Bernard,Branka Cajavec Bernard,Francis Lévi,Hanspeter Herzel PLoS Computational Biology, 2010, 6 (3), pp.e1000712. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000712⟩ Article dans une revue hal-00470302v1
Adipocyte turnover: relevance to human adipose tissue morphology. Erik Arner,Pål O Westermark,Kirsty L Spalding,Tom Britton,Mikael Rydénet al. Diabetes, 2010, 59 (1), pp.105-9. ⟨10.2337/db09-0942⟩ Article dans une revue hal-00542528v1
A mathematical model for the interpretation of nuclear bomb test derived 14C incorporation in biological systems Samuel Bernard,Jonas Frisén,Kirsty L. Spalding Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms, 2010, 268 (7-8), pp.1295-1298. ⟨10.1016/j.nimb.2009.10.156⟩ Article dans une revue hal-00544517v2
Evidence for cardiomyocyte renewal in humans. Olaf Bergmann,Ratan D Bhardwaj,Samuel Bernard,Sofia Zdunek,Fanie Barnabé-Heideret al. Science, 2009, 324 (5923), pp.98-102. ⟨10.1126/science.1164680⟩ Article dans une revue hal-00374382v1
Dynamics of fat cell turnover in humans. Kirsty L Spalding,Erik Arner,Pål O Westermark,Samuel Bernard,Bruce A Buchholzet al. Nature, 2008, 453 (7196), pp.783-7. ⟨10.1038/nature06902⟩ Article dans une revue istex hal-00372715v1
Modélisation de la dynamique de l'hématopoïèse normale et pathologique Mostafa Adimy,Samuel Bernard,Jean Clairambault,Fabien Crauste,Stéphane Génieyset al. Hématologie, 2008, 14 (5), pp.339-350. ⟨10.1684/hma.2008.0282⟩ Article dans une revue hal-00750278v1
Complex dynamics in the Oregonator model with linear delayed feedback Krishnamachari Sriram,Samuel Bernard Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, 2008, 18, pp.023126. ⟨10.1063/1.2937015⟩ Article dans une revue hal-00371750v1
Synchronization-induced rhythmicity of circadian oscillators in the suprachiasmatic nucleus Samuel Bernard,Didier Gonze,Branka Cajavec,Hanspeter Herzel,Achim Kramer PLoS Computational Biology, 2007, 3 (4), pp.e68. ⟨10.1371/journal.pcbi.0030068⟩ Article dans une revue hal-00371737v1
Cost-effective G-CSF therapy strategies for cyclical neutropenia: mathematical modelling based hypotheses. Catherine Foley,Samuel Bernard,Michael C Mackey Journal of Theoretical Biology, 2006, 238 (4), pp.754-63. ⟨10.1016/j.jtbi.2005.06.021⟩ Article dans une revue hal-00542529v1
Why do cells cycle with a 24 hour period? Samuel Bernard,Hanspeter Herzel Genome informatics series : proceedings of the .. Workshop on Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics., 2006, 17 (1), pp.72--79 Article dans une revue hal-00371755v1
Modelling transcriptional feedback loops: the role of Gro/TLE1 in Hes1 oscillations. Samuel Bernard,Branka Cajavec,Laurent Pujo-Menjouet,Michael C Mackey,Hanspeter Herzel Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, 2006, 364 (1842), pp.1155-70. ⟨10.1098/rsta.2006.1761⟩ Article dans une revue istex hal-00372717v1
Death of neuronal clusters contributes to variance of age at onset in Huntington's disease Branka Cajavec,Hanspeter Herzel,Samuel Bernard neurogenetics, 2006, 7 (1), pp.21--25 Article dans une revue hal-00371760v1
Spontaneous Synchronization of Coupled Circadian Oscillators Didier Gonze,Samuel Bernard,Christian Waltermann,Achim Kramer,Hanspeter Herzel Biophysical Journal, 2005, 89 (1), pp.120--129. ⟨10.1529/biophysj.104.058388⟩ Article dans une revue hal-00371748v1
Aggregation in Huntington's disease: insights through modelling. Branka Cajavec,Samuel Bernard,Hanspeter Herzel Genome informatics series : proceedings of the .. Workshop on Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics., 2005, 16 (1), pp.262-71 Article dans une revue hal-00542532v1
Bifurcations in a white-blood-cell production model. Samuel Bernard,Jacques Bélair,Michael C Mackey Comptes Rendus. Biologies, 2004, 327 (3), pp.201-10 Article dans une revue hal-00542530v1
Analysis of cell kinetics using a cell division marker: mathematical modeling of experimental data. Samuel Bernard,Laurent Pujo-Menjouet,Michael C Mackey Biophysical Journal, 2003, 84 (5), pp.3414-24. ⟨10.1016/S0006-3495(03)70063-0⟩ Article dans une revue hal-00542531v1

Communication dans un congrès (3)

Mixed precision numerical methods for solving large systems of ordinary differential equations Mouhamad Al-Sayed Ali,Arsène Marzorati,Samuel Bernard,Jonathan Rouzaud-Cornabas Congrés National d'Analyse Numérique 2024, May 2024, Ile de ré, France Communication dans un congrès hal-04953553v1
Mixed precision and local error in ordinary differential equations Arsène Marzorati,Mouhamad Al-Sayed Ali,Samuel Bernard,Jonathan Rouzaud-Cornabas Congrés National d'Analyse Numérique 2024, May 2024, Ile de Ré, France Communication dans un congrès hal-04953537v1
Temps de premier passage pour le modèle de nucléation aléatoire de Becker-Doring Romain Yvinec,Maria R. d'Orsogna,Tom Chou,Laurent Pujo-Menjouet,Samuel Bernardet al. Séminaire du Laboratoire de Mathématiques Appliquées de Compiègne, Feb 2013, Compiègne, France Communication dans un congrès hal-03115032v1

Poster de conférence (1)

Phenotypic Noise and the Cost of Complexity Charles Rocabert,Guillaume Beslon,Carole Knibbe,Samuel Bernard EvoLyon 2019, Nov 2019, Lyon, France Poster de conférence hal-02402443v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Mathematical modeling in chronobiology Grigory Bordyugov,Pål O Westermark,Ana Korencic,Samuel Bernard,Hanspeter Herzel Achim Kramer and Martha Merrow. Circadian clocks, Springer, pp.335--357, 2013, ⟨10.1007/978-3-642-25950-0_14⟩ Chapitre d'ouvrage hal-00839517v1
Modélisation multi-échelles en biologie Samuel Bernard Nicolas Glade and Angélique Stéphanou. Le vivant discret et continu, Éditions Matériologiques, pp.65-89, 2013, Science & Philosophie, 978-2-919694-23-5 Chapitre d'ouvrage hal-00920523v1

Pré-publication, Document de travail (3)

Multiscale modeling of the spatial structure of stem cells in neuroblastoma patient-derived tumoroids reveals a critical role for a short-range diffusive process Thi Nhu Thao Nguyen,Catherine Koering,Elodie Vallin,Sandrine Gonin-Giraud,Laura Broutieret al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05184608v1
Effect of Alcohol and Cocaine Abuse on Neuronal and Non-Neuronal Cell Turnover in the Adult Human Hippocampus Kanar Alkass,Embla Steiner,Samuel Bernard,Tara Wardi Le Maître,Gopalakrishnan Dhanabalanet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04747840v1
Distributed delays stabilize negative feedback loops Samuel Bernard 2009 Pré-publication, Document de travail hal-00426202v1

Rapport (1)

Simuscale: A Modular Framework for Multiscale Single-Cell Modelling Samuel Bernard,Fabien Crauste,Olivier Gandrillon,Carole Knibbe,David Parsons RT-0520, Inria Lyon. 2024, pp.18 Rapport hal-04400510v1

HDR (1)

Structured differential equations and multiscale approaches for human cell population dynamics Samuel Bernard Dynamical Systems [math.DS]. Université Claude Bernard Lyon 1, 2017 HDR tel-01572434v2