Sergio Peignier

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Annotation of transcription factors, chromatin-associated factors, and basal transcription machinery in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, and development of the ATFdb database, a resource for studies of transcriptional regulation

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Sergio Peignier , Patrice Baa-Puyoulet , Hubert Charles et al.
Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2025, 177, pp.104217. ⟨10.1016/j.ibmb.2024.104217⟩
Article dans une revue hal-04832131 v1
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ArtSymbioCyc, a metabolic network database collection dedicated to arthropod symbioses: a case study, the tripartite cooperation in Sipha maydis

Patrice Baa-Puyoulet , Léo Gerlin , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , François Renoz et al.
mSystems, 2025, 10 (4), ⟨10.1128/msystems.00140-25⟩
Article dans une revue hal-04987746 v1

Análisis de clustering subspace de pesticidas químicos

Heriberto Castañeta Maroni , Alex Quispe , Ebbe Yapu Tapia , Pablo Duchowicz , Sergio Peignier
Revista Boliviana de Química, 2024, 41 (3), ⟨10.34098/2078-3949.41.3.4⟩
Article dans une revue hal-04876188 v1
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Effective pruning for top-k feature search on the basis of SHAP values

Lisa Chabrier , Anton Crombach , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
IEEE Access, 2024, 12, pp.163079-163092. ⟨10.1109/ACCESS.2024.3489958⟩
Article dans une revue hal-04549416 v2
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Bioactivity and chemical composition of forty plant essential oils against the pea aphid Acyrthosiphon pisum revealed peppermint oil as a promising biorepellent

Virginie Lacotte , Marjolaine Rey , Sergio Peignier , Pierre-Edouard Mercier , Isabelle Rahioui et al.
Industrial Crops and Products, 2023, 197, pp.116610. ⟨10.1016/j.indcrop.2023.116610⟩
Article dans une revue hal-04154084 v1
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Weevil Carbohydrate Intake Triggers Endosymbiont Proliferation: A Trade-Off between Host Benefit and Endosymbiont Burden

Elisa Dell’aglio , Virginie Lacotte , Sergio Peignier , Isabelle Rahioui , Fadéla Benzaoui et al.
Article dans une revue hal-04045309 v1
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A comparative study revealed hyperspectral imaging as a potential standardized tool for the analysis of cuticle tanning over insect development

Virginie Lacotte , Elisa Dell’aglio , Sergio Peignier , Fadéla Benzaoui , Abdelaziz Heddi et al.
Heliyon, 2023, 9 (3), pp.e13962. ⟨10.1016/j.heliyon.2023.e13962⟩
Article dans une revue hal-04045314 v1
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Detection of Aphids on Hyperspectral Images Using One-Class SVM and Laplacian of Gaussians

Sergio Peignier , Virginie Lacotte , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Christophe Simon et al.
Remote Sensing, 2023, 15 (8), pp.2103. ⟨10.3390/rs15082103⟩
Article dans une revue hal-04122402 v1
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Ensemble Learning Based Gene Regulatory Network Inference

Sergio Peignier , Baptiste Sorin , Federica Calevro
International Journal on Artificial Intelligence Tools, 2023, 32 (5), pp.113-120. ⟨10.1142/S0218213023600059⟩
Article dans une revue hal-04044951 v1
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Gene Self-Expressive Networks as a Generalization-Aware Tool to Model Gene Regulatory Networks

Sergio Peignier , Federica Calevro
Biomolecules, 2023, 13 (3), pp.526. ⟨10.3390/biom13030526⟩
Article dans une revue hal-04154047 v1
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GReNaDIne: A Data-Driven Python Library to Infer Gene Regulatory Networks from Gene Expression Data

Pauline Schmitt , Baptiste Sorin , Timothée Frouté , Nicolas Parisot , Federica Calevro et al.
Genes, 2023, 14 (2), pp.269. ⟨10.3390/genes14020269⟩
Article dans une revue hal-04045297 v1
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Spatial–Spectral Analysis of Hyperspectral Images Reveals Early Detection of Downy Mildew on Grapevine Leaves

Virginie Lacotte , Sergio Peignier , Marc Raynal , Isabelle Demeaux , François Delmotte et al.
International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (17), pp.10012. ⟨10.3390/ijms231710012⟩
Article dans une revue hal-03781756 v1
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Pesticide-Free Robotic Control of Aphids as Crop Pests

Virginie Lacotte , Duc Toan Nguyen , Javier Diaz Sempere , Vivien Novales , Vincent Dufour et al.
AgriEngineering, 2022, 4 (4), pp.903-921. ⟨10.3390/agriengineering4040058⟩
Article dans une revue hal-03806585 v2
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Análisis interdisciplinario de artículos científicos referentes a la pandemia COVID-19

Patricia Zapata , Sergio Peignier
Revista de Investigación en Lingüística Teórica y Aplicada , 2021, RILTA 5, 1 (5), pp.75-91
Article dans une revue hal-03936990 v1

Data-driven Gene Regulatory Networks Inference Based on Classification Algorithms

Sergio Peignier , Pauline Schmitt , Federica Calevro
International Journal on Artificial Intelligence Tools, 2021, 30 (04), pp.2150022. ⟨10.1142/S0218213021500226⟩
Article dans une revue hal-03297056 v1
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Evolutionary novelty in the apoptotic pathway of aphids

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Cissy Huygens , Sergio Peignier et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32545-32556. ⟨10.1073/pnas.2013847117⟩
Article dans une revue hal-03052353 v1
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Evolutionary Subspace Clustering Using Variable Genome Length

Sergio Peignier , Christophe Rigotti , Guillaume Beslon
Computational Intelligence, 2020, 36 (2), pp.574-612. ⟨10.1111/coin.12254⟩
Article dans une revue hal-02405598 v1
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Analysis of Fidel Castro Speeches Enhanced by Data Mining

Sergio Peignier , Patricia Zapata
Digital Humanities Benelux Journal, 2019
Article dans une revue hal-02289344 v2

Subspace Clustering for Situation Assessment in Aquatic Drones: A Sensitivity Analysis for State-Model Improvement

Alberto Castellini , Manuele Bicego , Domenico Bloisi , Jason Blum , Francesco Masillo et al.
Cybernetics and Systems, 2019, 50 (8), pp.658-671. ⟨10.1080/01969722.2019.1677333⟩
Article dans une revue hal-02419033 v1
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Evolving Instrument Based on Symbiont-Host Metaphor: a Commensal Computation

Jonas Abernot , Guillaume Beslon , Simon Hickinbotham , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
Journal of Creative Music Systems, 2017, 2 (1), pp.1-10. ⟨10.5920/JCMS.2017.11⟩
Article dans une revue hal-01596573 v1

Analysis of subspace clustering of molecules using Chameleoclust, an evolutionary algorithm

Sergio Peignier , Heriberto Castañeta
Revista Boliviana de Química, 2015
Article dans une revue hal-04809086 v1

BÚSQUEDA DE ESTRUCTURAS SECUNDARIAS ÓPTIMAS Y SUBÓPTIMAS DE UNA CADENA DE ARN UTILIZANDO INTELIGENCIA ARTIFICIAL

Sergio Peignier , Heriberto Castañeta
Revista Boliviana de Química, 2012, 29 (2)
Article dans une revue hal-04809101 v1
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Re_actShap : détection de rebranchements des réseaux de régulation d’expression génique à l’aide des valeurs SHAP

Lisa Chabrier , Anton Crombach , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
25ième conference sur l'Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), session demonstrations, 2025, Strasbourg, France. pp.8
Communication dans un congrès hal-04877547 v1
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Combining SHAP-driven Co-clustering and Shallow Decision Trees to Explain XGBoost

Ruggero G. Pensa , Anton Crombach , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
27. International Conference Discovery Science (DS'24), Oct 2024, Pise, Italy. pp.369-384, ⟨10.1007/978-3-031-78977-9_24⟩
Communication dans un congrès hal-04809871 v1

Utilisation de l'IA et des modèles dynamiques à BF2I

Léo Gerlin , Sergio Peignier
Journée SPE-Num - Nouvelles approches hybrides couplant IA et modèles dynamiques, Dec 2024, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-04788764 v1
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Detecting gene regulatory network rewiring as changes in marker regulatory associations using only single-cell gene expression data

Lisa Chabrier , Anton Crombach , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
IEEE 12th Data Mining in Biomedical Informatics and Healthcare Workshop (DMBIH'24) at ICDM'24, 2024, Abu Dhabi, United Arab Emirates. pp.10
Communication dans un congrès hal-04808464 v1

Unraveling regulatory associations using explainable AI

Lisa Chabrier , Anton Crombach , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
Journée GT Machine learning pour la génomique LEGO à JOBIM 2024, Jun 2024, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-04783821 v1

RNAseq analysis reveals new roles for conserved metazoan pathways in the regulation of bacteriocyte dynamics

Mélanie Ribeiro Lopes , Sergio Peignier , Karen Gaget , François Renoz , Patrick Callaerts et al.
14èmes rencontres du réseau français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Oct 2024, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-04783705 v1

Evolutionarily conserved metazoan pathways have evolved new functions and regulate bacteriocytes' dynamics in the context of symbiosis

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Karen Gaget , François Renoz et al.
XXVII International Congress of Entomology, Aug 2024, Kyoto, Japan
Communication dans un congrès hal-04702864 v1

Repellent and attractant activity of ten plant essential oils and their compounds against the pea aphid

V. Lacotte , Marjolaine Rey , Sergio Peignier , Pierre-Edouard Mercier , Sébastien Livi et al.
54th International Symposium on Essential Oils, Sep 2024, Balatonalmádi, Hungary
Communication dans un congrès hal-04772182 v1

A genome-wide annotation of transcription factors in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, and the related database, ATFdb

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Hubert Charles , Sergio Peignier , Patrice Baa-Puyoulet et al.
13èmes rencontres du réseau français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04524595 v1
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Assessing Gene Regulatory Network Inference Algorithms Using Word Embeddings: A Novel Approach for NLP and Systems Biology Integration

Sergio Peignier , Patricia Zapata
Digital Humanities BeNeLux 2023, Digital Humanities BeNeLux, May 2023, Bruxelles (BE), Belgium
Communication dans un congrès hal-04783589 v1

Acyrthosiphon pisum tissue-specific gene regulatory network inference

Sergio Peignier , Erwan Cruché , Elea Pauliat , Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot et al.
13èmes rencontres du réseau français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04670574 v1

Practical workshop on gene regulatory networks inference in Python using the GReNaDIne Library

Sergio Peignier
Workshop on chemo-informatics and bio-informatics, Natural Sciences Faculty UMSA (Universidad Mayor de San Andrés), Aug 2023, La Paz, Bolivia
Communication dans un congrès hal-04783630 v1

Filets biosourcés, biodégradables et bioinsectifuges

V. Lacotte , Marjolaine Rey , Sergio Peignier , Pierre-Edouard Mercier , Isabelle Rahioui et al.
Journée Enjeu Environnement INSA, Oct 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04772172 v1

Repellent Anti-insect Net Based on Biopolymer / Plant Essential Oil Blend as an Alternative to Conventional Chemical Pesticides

V. Lacotte , Marjolaine Rey , Sergio Peignier , Pierre-Edouard Mercier , Isabelle Rahioui et al.
Journées des doctorants du département SPE INRAE, Jun 2023, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-04772009 v1

Bioactivity and chemical composition of forty plant essential oils against the pea aphid Acyrthosiphon pisum revealed peppermint oil as a promising biorepellent

V. Lacotte , Marjolaine Rey , Sergio Peignier , Pierre-Edouard Mercier , Isabelle Rahioui et al.
Séminaire INFECTIOTRON externe MAP, Jun 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04772152 v1

Practical workshop on embedding, clustering and classification of molecular structures in Python

Sergio Peignier
Workshop on chemo-informatics and bio-informatics, Natural Sciences Faculty at UMSA (Universidad Mayor de San Andrés), Aug 2023, La Paz, Bolivia
Communication dans un congrès hal-04783618 v1

Utilisation de méthodes d'apprentissage automatique pour la reconstruction et modélisation de réseaux géniques développementaux chez les bactériocytes d'insectes

Sergio Peignier , Nicolas Parisot , Federica Calevro
1er séminaire Métaprogramme DIGIT-BIO, Dec 2022, Ecully, France
Communication dans un congrès hal-04889858 v1

Diet as a major driver of endosymbiont dynamic in cereal weevils

Elisa Dell’aglio , V. Lacotte , Sergio Peignier , Isabelle Rahioui , Fadéla Benzaoui et al.
10th congress of the International Symbiosis Society (ISS) - 3rd International Conference on Holobionts (joint meeting), Jul 2022, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04809408 v1

Réseaux de régulation géniques : Méthodes d'inférence et questions biologiques dans le modèle puceron

Federica Calevro , Nicolas Parisot , Sergio Peignier
Première rencontre SPE et Numérique, INRAE département SPE, May 2022, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04783124 v1
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Apprendre l'apprentissage automatique : un retour d'expérience

Noëlie Debs , Sergio Peignier , Clément Douarre , Théo Jourdan , Christophe Rigotti et al.
CETSIS 2021 - Colloque de l'Enseignement des Technologies et des Sciences de l'Information et des Systèmes, Jun 2021, Valenciennes, France. pp.1-5
Communication dans un congrès hal-03341954 v1

Ensemble Learning Based Gene Regulatory Network Inference

Sergio Peignier , Baptiste Sorin , Federica Calevro
33rd IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2021, Washington, United States. pp.113-120, ⟨10.1109/ICTAI52525.2021.00024⟩
Communication dans un congrès hal-03630485 v1

Détection de pucerons par imagerie hyperspectrale en conditions de laboratoire

V. Lacotte , Sergio Peignier , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Abdelaziz Heddi et al.
Webinaire du réseau français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Sep 2021, Virtual, France
Communication dans un congrès hal-04772039 v1

The Inhibitor of APoptosis (IAP) gene family in aphids: between expansion and functional diversification

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport et al.
Webinaire du réseau français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), 2021, Villeurbanne (virtual), France
Communication dans un congrès hal-03514209 v1
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Gene Regulatory Network Inference Using Ensembles of Predictors

Sergio Peignier , Baptiste Sorin , Federica Calevro
33rd IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, IEEE, Nov 2021, Virtual event, United States
Communication dans un congrès hal-03022606 v2

Analysis of the inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications

Mélanie Ribeiro Lopes , Jousselin Emmanuelle , Patrice Baa-Puyoulet , C. Huygens , Karen Gaget et al.
Incontri di diversità delle forme e degli animali, Università di Pisa, 2021, Pisa, Italy
Communication dans un congrès hal-03514196 v1
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Analyzing Open Data to Support Democracy: a Study Case Inspecting Electoral Fraud in Bolivian General Elections

Sergio Peignier , Alexandre Foncelle
Digital Humanities BENELUX 2020, Jun 2020, Leiden, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02639204 v1
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Data-driven Gene Regulatory Network Inference based on Classification Algorithms

Sergio Peignier , Pauline Schmitt , Federica Calevro
31st IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2019, Portland, Oregon, United States. pp.1065-1072, ⟨10.1109/ICTAI.2019.00149⟩
Communication dans un congrès hal-02361914 v1

Subspace clustering for situation assessment in aquatic drones

Alberto Castellini , Francesco Masillo , Manuele Bicego , Domenico Bloisi , Jason Blum et al.
ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing, Apr 2019, Limassol, Cyprus
Communication dans un congrès hal-02140360 v1

Transfer Learning on Decision Tree with Class Imbalance

Ludovic Minvielle , Mounir Atiq , Sergio Peignier , Mathilde Mougeot
31st IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2019, Portland, Oregon, United States. pp.1003-1010, ⟨10.1109/ICTAI.2019.00141⟩
Communication dans un congrès hal-02369044 v1
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What can Reveal 1,018 Speeches of Fidel Castro?

Sergio Peignier , Patricia Zapata​
Digital Humanities BeNeLux 2018, Jun 2018, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01818359 v1
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Weight-based search to find clusters around medians in subspaces

Sergio Peignier , Christophe Rigotti , Anthony Rossi , Guillaume Beslon
SAC 2018 - ACM Symposium On Applied Computing, Apr 2018, Pau, France. pp.1-10
Communication dans un congrès hal-01869974 v1
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EvoMove: Evolutionary-based living musical companion

Sergio Peignier , Jonas Abernot , Christophe Rigotti , Guillaume Beslon
European Conference on Artificial Life (ECAL), Sep 2017, Villeurbanne, France. pp.1-8
Communication dans un congrès hal-01569091 v2

A Commensal Architecture for Evolving Living Instruments

Jonas Abernot , Guillaume Beslon , Simon Hickinbotham , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
Conference on Computer Simulation of Musical Creativity, Jun 2016, Huddersfield, United Kingdom. pp.1-8
Communication dans un congrès hal-01368034 v1
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Subspace Clustering for all Seasons

Sergio Peignier , Christophe Rigotti , Guillaume Beslon
EvoEvo Workshop (satellite workshop of ECAL 2015), Jul 2015, york, United Kingdom. pp.1-3
Communication dans un congrès hal-01252793 v1

Subspace Clustering Using Evolvable Genome Structure

Sergio Peignier , Christophe Rigotti , Guillaume Beslon
Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO), Jul 2015, Madrid, Spain. pp.575-582
Communication dans un congrès hal-01199136 v1

Origin and evolution of Inhibitors of apoptosis (IAP) in early metazoans

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , François Renoz , Patrice Baa-Puyoulet et al.
Conférences Jacques-Monod, Jun 2025, Roscoff, France
Poster de conférence hal-05137897 v1

How advanced microscopy tools are uncovering unexpected ways of exchanging nutrients in insect symbiosis

Severine Balmand , Camille Rivard , Sergio Peignier , Rachel Santarella-Mellwig , Meriem Ghanem-Debbache et al.
13èmes Journées Scientifiques et Techniques du Réseau des Microscopistes INRAE, Nov 2024, Villenave d'Ornon, France
Poster de conférence hal-04810099 v1

Advanced microscopy tools unravel bacterial “pipelines”that enhance carbohydrates uptake by endosymbionts in cereal weevil

Severine Balmand , Meriem Ghanem , Camille Rivard , Sergio Peignier , Justin Maire et al.
10th congress of the International Symbiosis Society (ISS) - 3rd International Conference on Holobionts (joint meeting), Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-04771969 v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts.

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
12èmes rencontres du réseau français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), May 2022, Nice, France
Poster de conférence hal-03810352 v1

Bacteriocytes and the interorgan communication network regulating physiology and metabolism of the pea aphid

Cissy Huygens , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Sergio Peignier et al.
10th congress of the International Symbiosis Society (ISS) - 3rd International Conference on Holobionts (joint meeting), Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-03741324 v1
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Semi-supervised learning for tree-based regressors to improve the prediction of the interactions between genes

Lisa Chabrier , Anton Crombach , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
Symposium MaDICS, Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-03894314 v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
10th congress of the International Symbiosis Society (ISS) - 3rd International Conference on Holobionts (joint meeting), Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-04784498 v1

Unbalanced diet coupled with disrupted symbiont metabolism impairs cuticle synthesis in Sitophilus oryzae

Elisa Dell’aglio , V. Lacotte , Sergio Peignier , Mariana G. Ferrarini , Fadéla Benzaoui et al.
The Rise and Fall of Mutualisms, Oct 2021, Mayence (Mainz), Germany
Poster de conférence hal-04744858 v1

Étude des mécanismes d’échanges métaboliques entre bactéries et hôte dans un insecte symbiotique par des techniques de microscopie ultrastructurale.

Meriem Ghanem-Debbache , Severine Balmand , Camille Rivard , Sergio Peignier , Elisa Dell’aglio et al.
10èmes Journées Scientifiques et Techniques du Réseau des Microscopistes INRAE, Nov 2021, Tours, France
Poster de conférence hal-04810113 v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
13. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), 2020, Nice (virtuel), France
Poster de conférence hal-03514174 v1
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Análisis del Discurso Socialista Latinoamericano Basado en Inteligencia Artificial

Patricia Zapata , Sergio Peignier
Instituto Internacional de Integración Convenio Andrés Bello, 2017, 978-99974-74-06-3
Ouvrages hal-01766739 v1
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EvoEvo Deliverable 5.2

Guillaume Beslon , Jonas Abernot , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
[Research Report] INRIA Grenoble - Rhône-Alpes. 2016
Rapport (rapport de recherche) hal-01577180 v1
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EvoEvo Deliverable 5.1

Guillaume Beslon , Jonas Abernot , Sergio Peignier , Christophe Rigotti
[Research Report] INRIA Grenoble - Rhône-Alpes. 2016
Rapport (rapport de recherche) hal-01577177 v1