Sèverine Bérard

Publications

Article dans une revue (15)

A bird’s white-eye view on avian sex chromosome evolution Thibault Leroy,Yoann Anselmetti,Marie-Ka Tilak,Sèverine Bérard,Laura Csukonyiet al. Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e63. ⟨10.24072/pcjournal.70⟩ Article dans une revue hal-04338161v1
Evolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies Robert Waterhouse,Sergey Aganezov,Yoann Anselmetti,Jiyoung Lee,Livio Ruzzanteet al. BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-20. ⟨10.1186/s12915-019-0728-3⟩ Article dans une revue hal-02455139v1
Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes Yoann Anselmetti,Wandrille Duchemin,Eric Tannier,Cedric Chauve,Sèverine Bérard BMC Genomics, 2018, 19 (S2), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-4466-7⟩ Article dans une revue hal-01791884v1
Efficient algorithms for Longest Common Subsequence of two bucket orders to speed up pairwise genetic map comparison Lisa de Mattéo,Yan Holtz,Vincent Ranwez,Sèverine Bérard PLoS ONE, 2018, 13 (12), pp.e0208838. ⟨10.1371/journal.pone.0208838⟩ Article dans une revue hal-02134202v1
DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies Wandrille Duchemin,Yoann Anselmetti,Murray Patterson,Yann Ponty,Sèverine Bérardet al. Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. ⟨10.1093/gbe/evx069⟩ Article dans une revue hal-01503766v2
Aligning the unalignable: bacteriophage whole genome alignments Sèverine Bérard,Annie Chateau,Nicolas Pompidor,Paul Guertin,Anne Bergeronet al. BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), pp.30-43. ⟨10.1186/s12859-015-0869-5⟩ Article dans une revue lirmm-01275670v1
Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding Yoann Anselmetti,Vincent Berry,Cedric Chauve,Annie Chateau,Eric Tannieret al. BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2164-16-S10-S11⟩ Article dans une revue hal-01180303v2
Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies Sèverine Bérard,Coralie Gallien,Bastien Boussau,Gergely J Szöllosi,Vincent Daubinet al. Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.i382-i388. ⟨10.1093/bioinformatics/bts374⟩ Article dans une revue hal-00733178v1
Equation or algorithm: differences and choosing between them Cédric Gaucherel,Sèverine Bérard,François Munoz Acta Biotheoretica, 2011, 59 (1), pp.67-79. ⟨10.1007/s10441-010-9119-4⟩ Article dans une revue halsde-00611729v1
SimCT: a generic tool to visualize ontology-based relationships for biological objects. Carl Herrmann,Sèverine Bérard,Laurent Tichit Bioinformatics, 2009, 25 (23), pp.3197-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btp553⟩ Article dans une revue halsde-00454253v1
Computation of Perfect DCJ Rearrangement Scenarios with Linear and Circular Chromosomes Sèverine Bérard,Annie Chateau,Cedric Chauve,Christophe Paul,Eric Tannier Journal of Computational Biology, 2009, 16 (10), pp.1287-1309. ⟨10.1089/cmb.2009.0088⟩ Article dans une revue lirmm-00432670v1
A More Efficient Algorithm for Perfect Sorting by Reversals Sèverine Bérard,Cedric Chauve,Christophe Paul Information Processing Letters, 2008, 106, pp.90-95. ⟨10.1016/j.ipl.2007.10.012⟩ Article dans une revue istex lirmm-00274051v1
Perfect Sorting by Reversals is not Always Difficult Christophe Paul,Sèverine Bérard,Anne Bergeron,Cedric Chauve IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2007, 4 (1), pp.12. ⟨10.1109/TCBB.2007.1011⟩ Article dans une revue lirmm-00111979v1
A Fast and Specific Alignment Method for Minisatellite Maps Sèverine Bérard,François Nicolas,Jérome Buard,Olivier Gascuel,Eric Rivals Evolutionary Bioinformatics, 2006, 2, pp.327-344. ⟨10.1177/117693430600200025⟩ Article dans une revue lirmm-00120145v1
Comparison of Minisatellites Sèverine Bérard,Eric Rivals Journal of Computational Biology, 2003, 10 (3-4), pp. 357-372. ⟨10.1145/565196.565205⟩ Article dans une revue lirmm-00269555v1

Communication dans un congrès (11)

Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels Yoann Anselmetti,Vincent Berry,Cedric Chauve,Annie Chateau,Eric Tannieret al. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01394409v1
Equation against Al-gorithm : Which differences and which one to choose ? Cedric Gaucherel,François Munoz,Severine Berard European conference on Computing And Philosophy E-CAP 2008, Université Montpellier 2 (Sciences et Techniques) (UM2). Montpellier, FRA., Jun 2008, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-02813448v1
Perfect DCJ rearrangement Annie Chateau,Cedric Chauve,Sèverine Bérard,Eric Tannier,Christophe Paul RECOMB-CG: Comparative Genomics, Oct 2008, Paris, France. pp.158-169, ⟨10.1007/978-3-540-87989-3_12⟩ Communication dans un congrès lirmm-00327258v1
Perfect Sorting by Reversal is not Always Difficult Sèverine Bérard,Anne Bergeron,Cédric Chauve,Christophe Paul WABI: Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Oct 2005, Mallorca, Spain. pp.228-238, ⟨10.1007/11557067_19⟩ Communication dans un congrès lirmm-00106465v1
ClusterInspector: a tool to visualize ontology-based relationships between biological entities Sèverine Bérard,Laurent Tichit,Carl Herrmann Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques Actes de {JOBIM}' 2005, Jul 2005, Lyon, France Communication dans un congrès hal-04145768v1
Conservation of Combinatorial Structures in Evolution Scenarios Sèverine Bérard,Anne Bergeron,Cedric Chauve RECOMB-CG: Comparative Genomics, Oct 2004, Bertinoro, Italy. pp.1-14, ⟨10.1007/978-3-540-32290-0_1⟩ Communication dans un congrès istex lirmm-00108819v1
Alignement de Séquences avec des Opérations non-Communicatives Sèverine Bérard Francoro IV: 4ième Conférence Internationale en Recherche Opérationnelle, Aug 2004, Fribourg, Suisse Communication dans un congrès lirmm-00109129v1
Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions Sèverine Bérard,Eric Rivals ROADEF 2003 - 4e Congrès de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, 2003, Avignon, France. pp.169-170 Communication dans un congrès lirmm-00269459v1
Comparison of Minisatellites Sèverine Bérard,Eric Rivals RECOMB 2002 - 6th International Conference on Computational Molecular Biology, Apr 2002, Whashington, DC, United States. pp.67-76, ⟨10.1145/565196.565205⟩ Communication dans un congrès lirmm-00090351v1
Comparaison de Minisatellites Sèverine Bérard,Eric Rivals JOBIM 2002 - 3es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2002, St Malo, France. pp.261-262 Communication dans un congrès lirmm-00268469v1
Comparaison de Minisatellites Sèverine Bérard,Eric Rivals Réunion Annuelle du Groupe de Génétique et Biologie des Populations, Aug 2002, Montpellier, France. pp.128 Communication dans un congrès lirmm-00269317v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Ancestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics Eric Tannier,Adelme Bazin,Adrián Davín,Laurent Guéguen,Sèverine Bérardet al. Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas. Phylogenetics in the Genomic Era, No commercial publisher | Authors open access book, pp.2.5:1--2.5:19, 2020 Chapitre d'ouvrage hal-02535466v1
Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization Yoann Anselmetti,Nina Luhmann,Sèverine Bérard,Eric Tannier,Cedric Chauve Comparative Genomics: Methods and Protocols, pp.343 - 362, 2017, ⟨10.1007/978-1-4939-7463-4_13⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03192460v1

Autre publication scientifique (1)

A bird’s white-eye view on neosex chromosome evolution Thibault Leroy,Yoann Anselmetti,Marie-Ka Tilak,Sèverine Bérard,Laura Csukonyiet al. 2019, ⟨10.1101/505610⟩ Autre publication scientifique hal-02155307v1

Thèse (1)

Comparaison de séquences répétées en tandem et application à la génétique Sèverine Bérard Autre [cs.OH]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2003. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00005930v1

HDR (1)

Histoires évolutives et autres comptes. Algorithmes et graphes pour la bioinformatique Sèverine Bérard Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Montpellier, 2016 HDR tel-02144135v1