Sophie ALLAIS Maître de conférences en génétique animale à L'Institut Agro Rennes-Angers, centre de Rennes.Recherche au sein de l'UMR PEGASE et du département GA d'INRAE

Identifiants chercheurs

IdHAL :

sophie-allais

ORCID :

0000-0002-0138-331X

IdRef :

117490784

Publications

Communication dans un congrès (22)

Combining LD-Guided QTL Refinement, GEGA Annotation, and Tissue-Specific eQTL for Candidate Gene Prioritization Alexandre Hubert,Fabien Degalez,Coralie Allain,Lorry Bécot,Thierry Burlotet al. PAG33, Jan 2026, San Deigo, CA,, United States. https://plan.core-apps.com/pag33/abstract/e92da122-9a77-4241-ade6-da7ec88ff7f5 Communication dans un congrès hal-05560489v1
Exploring the Landscape of Local and Distant Intra-vs. Inter-Chromosomal eQTLs Using TensorQTL and GCTA: A case study from 459 Liver Transcriptomes of Aged Laying Hens Alexandre Hubert,Fabien Degalez,Coralie Allain,Thierry Burlot,Louis Calvezet al. PAG33, Jan 2026, San diego (Californie), United States. https://plan.core-apps.com/pag33/abstract/2907311f-56dd-4348-bf69-ca2da809ea0f Communication dans un congrès hal-05560651v1
Co-designing agroecological systems combining poultry and plants to enhance (eco)system services and identify genetic needs for poultry Philippine Coeugnet,Julie Labatut,Michèle Tixier-Boichard,Xavier X Rognon,Sophie Allaiset al. 76. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), EAAP, Aug 2025, Innsbruck, Austria. pp.642 Communication dans un congrès hal-05266781v1
Intérêt de l’utilisation de l’imputation pour l’évaluation génomique en poule pondeuse Florian Herry,David Picard Druet,Frédéric Hérault,Amandine Varenne,Thierry Burlotet al. 13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France Communication dans un congrès hal-02737801v1
Apport des informations sur des croisées dans le cadre de l’évaluation génomique sur la qualité des œufs chez la poule David Picard--Druet,Amandine Varenne,Frédéric Hérault,Florian Herry,Sophie Allaiset al. 13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France Communication dans un congrès hal-02737371v1
Étude du déséquilibre de liaison dans des lignées de poules de types génétiques &quot;ponte&quot; et &quot;chair Frédéric Hérault,Amandine Varenne,Thierry Burlot,Julien Recoquillay,Camille Macéet al. 13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France. pp.85-89 Communication dans un congrès hal-02360227v1
Accuracy of genomic evaluation in pure line layers David Picard--Druet,Florian Herry,Amandine Varenne,Frédéric Herault,Sophie Allaiset al. 11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand Communication dans un congrès hal-01791814v1
Impact of the size of the reference population and kinship degree on low density genotyping strategies for genotype imputation in layer chickens Thierry Burlot,Florian Herry,Frédéric Hérault,David Picard--Druet,Amandine Varenneet al. 11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand Communication dans un congrès hal-01794798v1
A linkage disequilibrium study in layers and broiler commercial chicken populations Frédéric Hérault,Florian Herry,Amandine Varenne,Thierry Burlot,David Picard--Druetet al. 11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand Communication dans un congrès hal-01791806v1
Design of a low density SNP chip for genotype imputation in layer chickens Florian Herry,Frédéric Hérault,David Picard--Druet,Amandine Varenne,Thierry Burlotet al. 11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand Communication dans un congrès hal-01791813v1
Select SNP 4 Imputation (SS4I) : un outil simple de sélection de SNP en fonction du DL Frédéric Herault,Jérémy Yon,Florian Herry,Sophie Allais,Pascale Le Roy Réunion du projet Selgen INCoMINGS, Oct 2016, La Rochelle, France Communication dans un congrès hal-01455928v1
Cartographie fine de QTL de qualité de la carcasse et de la viande dans une lignée de poulets à croissance lente Sophie Allais,Christelle Hennequet-Antier,Cécile Berri,Marie Chabault-Dhuit,Laurent Salleset al. 11. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France Communication dans un congrès hal-01210952v1
Using genomic information provided by selection schemes to assess French dairy breeds diversity Denis Laloë,Sophie Allais,Guillaume G. Baloche,Francis F. Barillet,Jérôme Raoulet al. 63. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2012, Bratislava, Slovakia. 476 p., ⟨10.3920/978-90-8686-761-5⟩ Communication dans un congrès hal-02745491v1
La génomique : un travail de longue haleine Jean-François Hocquette,Brigitte B. Picard,Isabelle Cassar-Malek,Gilles G. Renand,S. S. Allaiset al. Satellite 3T (Actualité, Technicité, Nouveauté) des 3R, Institut de l'Elevage (IDELE). Service qualité des viandes, Paris, FRA., Dec 2011, Paris (FRA), France Communication dans un congrès hal-01000788v1
Effects of polymorphisms in the calpastatin and µ-calpain genes onmeat tenderness in three French beef breeds Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,Nathalie Duprat,Jean-François Hocquette,Jacques Lepetitet al. 9. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2010, Leipzig, Germany Communication dans un congrès hal-01193771v1
Effets de marqueurs des gènes RORC, leptine, DGAT1, TG et FABP4 sur le gras de carcasse et de viande dans trois races bovines allaitantes françaises Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,Jean-François Hocquette,Christophe Denoyelle,Carine Bernard-Capelet al. 13. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Oct 2010, Clermont-Ferrand, France Communication dans un congrès hal-01193663v1
A particular myosin heavy chain isoform variable between beef breeds Brigitte Picard,Sophie Allais,Catherine Jurie,Isabelle Cassar-Malek,Hubert H. Levézielet al. 61. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2010, Heraklion, Greece Communication dans un congrès hal-01193606v1
Detection of quantitative trait loci affecting carcass and meat quality in two French beef breeds Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,Jacques Lepetit,Jean-François Hocquette,Sylvie Roussetet al. 60. Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Aug 2009, Barcelone, Spain Communication dans un congrès hal-01193459v1
Une isoforme de chaîne lourde de myosine particulière, variable entre les races à viande bovines Brigitte Picard,Sophie Allais,Catherine Jurie,Hubert H. Levéziel,L. Journauxet al. 16. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2009, Paris, France Communication dans un congrès hal-01193578v1
Primo-localisation de QTL de qualité de la viande dans deux races bovines allaitantes françaises Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,Jean-François Hocquette,Jacques Lepetit,Sylvie Roussetet al. 16. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2009, Paris, France Communication dans un congrès hal-01193554v1
Qualités des carcasses et des viandes de jeunes bovins hétérozygotes pour les mutations Q204x et nt821 du gène de la myostatine dans trois races allaitantes françaises Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,Jean-François Hocquette,Jacques Lepetit,Christophe Denoyelleet al. 15. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2008, Paris, France Communication dans un congrès hal-01211924v1
Association de marqueurs du gène de la calpaïne 1 avec la tendreté de la viande dans trois races allaitantes françaises. Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,J. Lepetit,S. Rousset,C. Denoyelleet al. 12èmes Journées des Sciences du Muscle et Technologies de la Viande, Oct 2008, Tours, France Communication dans un congrès hal-01211964v1

Poster de conférence (16)

Body weight variation is a good proxy of abdominal fat weight in laying hens at 90 weeks of age Alexandre Hubert,Nicolas Bedere,Fabien Degalez,Coralie Allain,Lorry Becotet al. PAG33, Jan 2026, San diego (Californie), France. , https://plan.core-apps.com/pag33/abstract/f46d3ec29ed9229b5f9cd25e124828bd, 2026 Poster de conférence hal-05560720v1
Lipid traits related to body reserves and egg yolks of laying hens at 90 weeks of age: QTL detection and genetic correlations with production traits Alexandre Hubert,Fabien Degalez,Nicolas Bedere,Coralie Allain,Lorry Becotet al. PAG33, Jan 2026, San diego (Californie), United States. , https://plan.core-apps.com/pag33/abstract/415187ea4e428372ccc62388543d4228, 2026 Poster de conférence hal-05560674v1
Co-concevoir des systèmes agro-écologiques couplant volailles/cultures afin de favoriser les services (éco)systémiques et identifier les besoins génétiques pour les volailles de ces systèmes Philippine Coeugnet,Julie Labatut,Gwendal Restoux,Michèle Tixier-Boichard,Xavier X Rognonet al. PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2025, Dijon, France Poster de conférence hal-05266814v1
Variant calling and genotyping accuracy of ddRAD-seq: comparison with WGS in layers Mathilde Doublet,Frédéric Lecerf,Fabien Degalez,Sandrine Lagarrigue,Laetitia Lagoutteet al. 74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Aug 2023, Lyon, France. Wageningen Academic Publishers, Book of abstracts, 29, pp.796, 2023, Book of abstracts of the 74th annual meeting of the european federation of animal science Poster de conférence hal-04286708v1
Estimation of additive and dominant variance of egg quality traits in pure-line layers David Picard Druet,Llibertat Tusell,Frédéric Herault,Florian Herry,Sophie Allaiset al. XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics Poster de conférence hal-02460149v1
Use of data from crossbred animals for a genomic evaluation of pure line layer David Picard Druet,Amandine Varenne,Frédéric Herault,Thierry Burlot,Sophie Allaiset al. XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics Poster de conférence hal-02352494v1
Interest of Genotyping-by-Sequencing technologies as an alternative to low density SNP chips for genomic selection in layer chicken Florian Herry,Frédéric Herault,David Picard Druet,Philippe Bardou,Camille Echéet al. XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics Poster de conférence hal-02460147v1
Genetic determinism of abdominal fat tissue and relationships with body weight and egg quality in Rhode Island Red Nicolas Bedere,David Picard Druet,Frédéric Herault,Florian Herry,Sophie Allaiset al. XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics Poster de conférence hal-02352490v1
Accuracy of whole-genome sequence genotype imputation in a layer line Sophie Allais,Florian Herry,Frédéric Herault,David Picard Druet,Philippe Bardouet al. XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics Poster de conférence hal-02500398v1
Design of a low density SNP chip for genomic selection in layer chicken Florian Herry,Frédéric Herault,Amandine Varenne,Thierry Burlot,Pascale Le Royet al. 10. European Symposium on Poultry Genetics (ESPG), Jun 2017, Saint-Malo, France. 2017, Proceedings of the 10th European symposium on poultry genetics Poster de conférence hal-01605421v1
Création d’une puce basse-densité pour la sélection génomique en poule pondeuse Florian Herry,Frédéric Herault,Amandine Varenne,Thierry Burlot,Pascale Le Royet al. 12. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Apr 2017, Tours, France. ITAVI - Institut Technique de l'Aviculture, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, 2017, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras Poster de conférence hal-01606008v1
Fine mapping of QTL for carcass and meat quality traits in a chicken slow-growing line Sophie Allais,Christelle Hennequet-Antier,Cécile Berri,Marie Chabault-Dhuit,François d'Abbadieet al. 10. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Aug 2014, Vancouver, Canada. 2014, 10. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production Poster de conférence hal-01210644v1
Fine mapping of QTL of carcass and meat quality traits in a chicken slow-growing line Sophie Allais,Christelle Hennequet-Antier,Cécile Berri,Marie Chabault-Dhuit,François d'Abbadieet al. 64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2013, Nantes, France. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 64, 2013, Annual Meeting of the European Association for Animal Production Poster de conférence hal-01210523v1
Fine mapping of QTLs of meat quality in three French beef breeds using the Bovine SNP50® chip Sophie Allais,Jean-François Hocquette,Hubert H. Levéziel,Jacques Lepetit,Sylvie Roussetet al. 21. Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2013, San Diego, United States. , 2013, Plant and Animal Genome XXI Poster de conférence hal-01189939v1
Détection fine de QTL de tendreté de la viande dans trois races allaitantes françaises Sophie Allais,Laurent Journaux,Jacques Lepetit,Sylvie Rousset,Christophe Denoyelleet al. 14. Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, Nov 2012, Caen, France. 2012 Poster de conférence hal-01193865v1
The effects of polymorphisms in the calpastatin and µ-calpain genes on beef tenderness are breed-specific Sophie Allais,Jean-François Hocquette,Hubert H. Levéziel,Nathalie Duprat,Jacques Lepetitet al. 61. Annual meeting of the European Association for Animal Production, Aug 2010, Heraklion, Greece. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Book of Abstracts N°16, 398 p., 2010, Annual Meeting of the European Association for Animal Production Poster de conférence hal-01193772v1

Article dans une revue (16)

Detection of quantitative trait loci and genetic correlations of lipid reserves and production traits in aging laying hens Alexandre Hubert,Fabien Degalez,Nicolas Bedere,Coralie Allain,Lorry Becotet al. Poultry Science, In press, ⟨10.1016/j.psj.2026.106963⟩ Article dans une revue hal-05598336v1
Stochastic simulations to optimize genomic selection for laying hens: impact of generation interval and genotyping in the context of extended laying period Mathilde Doublet,Frédéric Lecerf,Torsten Pook,Hervé Chapuis,Jérôme Raoulet al. Poultry Science, 2026, 105 (7), pp.106870. ⟨10.1016/j.psj.2026.106870⟩ Article dans une revue hal-05574412v1
Research note: double digest Restriction site Associated DNA sequencing is a suitable alternative to high density SNP chips for genomic selection of layers Mathilde Doublet,Lorry Bécot,Frédéric Lecerf,Sophie Allais Poultry Science, 2025, 104 (7), pp.105115. ⟨10.1016/j.psj.2025.105115⟩ Article dans une revue hal-05019793v1
Variant calling and genotyping accuracy of ddRAD-seq: Comparison with 20X WGS in layers Mathilde Doublet,Fabien Degalez,Sandrine Lagarrigue,Laetitia Lagoutte,Elise Gueretet al. PLoS ONE, 2024, 19 (7), pp.e0298565. ⟨10.1371/journal.pone.0298565⟩ Article dans une revue hal-04666242v1
Restriction site-associated DNA sequencing technologies as an alternative to low-density SNP chips for genomic selection: a simulation study in layer chickens Florian Herry,Frédéric Herault,Frédéric Lecerf,Laetitia Lagoutte,Mathilde Doubletet al. BMC Genomics, 2023, 24 (1), pp.271. ⟨10.1186/s12864-023-09321-5⟩ Article dans une revue hal-04131807v1
Use of data from crossbred animals for genomic evaluation David Picard Druet,Amandine Varenne,Frédéric Herault,Thierry Burlot,Sophie Allaiset al. International Hatchery Practice, 2020, 34 (1), pp.21-22 Article dans une revue hal-02505897v1
Interest of using imputation for genomic evaluation in layer chicken Florian Herry,David Picard Druet,Frédéric Herault,Amandine Varenne,Thierry Burlotet al. Poultry Science, 2020, 99 (5), pp.2324-2336. ⟨10.1016/j.psj.2020.01.004⟩ Article dans une revue hal-02624102v1
Reliability of genomic evaluation for egg quality traits in layers David Picard Druet,Amandine Varenne,Florian Herry,Frédéric Herault,Sophie Allaiset al. BMC Genetics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12863-020-0820-2⟩ Article dans une revue hal-02500395v1
Mapping of QTL for chicken body weight, carcass composition, and meat quality traits in a slow-growing line Sophie Allais,Christelle Hennequet-Antier,Cécile Berri,L Salles,Olivier Demeureet al. Poultry Science, 2019, 98 (5), pp.1960-1967. ⟨10.3382/ps/pey549⟩ Article dans une revue hal-02123210v1
Multi-tissue transcriptomic study reveals the main role of liver in the chicken adaptive response to a switch in dietary energy source through the transcriptional regulation of lipogenesis Colette Désert,Elisabeth Baéza,Meziane Aite,Morgane Boutin,Aurélie Le Camet al. BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.1-19. ⟨10.1186/s12864-018-4520-5⟩ Article dans une revue hal-01727161v1
Design of low density SNP chips for genotype imputation in layer chicken Florian Herry,Frédéric Herault,David Picard--Druet,Amandine Varenne,Thierry Burlotet al. BMC Genetics, 2018, 19, ⟨10.1186/s12863-018-0695-7⟩ Article dans une revue hal-01962845v1
A comparison of methods for whole-genome QTL mapping using dense markers in four livestock species Andres Legarra,Pascal Croiseau,Marie-Pierre Sanchez,Simon Teyssedre,Guillaume Salleet al. Genetics Selection Evolution, 2015, 47 (1), pp.1-10. ⟨10.1186/s12711-015-0087-7⟩ Article dans une revue hal-01190172v1
Fine mapping of quantitative trait loci underlying sensory meat quality traits in three French beef cattle breeds Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,Jean-François Hocquette,Sylvie Rousset,Christophe Denoyelleet al. Journal of Animal Science, 2014, 92 (10), pp.4329-4341. ⟨10.2527/jas.2014-7868⟩ Article dans une revue hal-01207759v1
Effects of polymorphisms in the calpastatin and µ-calpain genes on meat tenderness in three French beef breeds Sophie Allais,Laurent Journaux,Hubert H. Levéziel,Nathalie Payet-Duprat,Patrice Raynaudet al. Journal of Animal Science, 2011, 89 (1), pp.1-11. ⟨10.2527/jas.2010-3063⟩ Article dans une revue hal-01019862v1
The two mutations, Q204X and nt821, of the myostatin gene affect carcass and meat quality in young heterozygous bulls of French beef breeds Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,Nathalie Payet-Duprat,Jean-François Hocquette,Jacques Lepetitet al. Journal of Animal Science, 2010, 88 (2), pp.446-454. ⟨10.2527/jas.2009-2385⟩ Article dans une revue hal-01193527v1
Association de marqueurs du gène de la calpaïne 1 avec la tendreté de la viande dans trois races allaitantes françaises. Sophie Allais,Hubert H. Levéziel,J. Lepetit,S. Rousset,C. Denoyelleet al. La revue française de la recherche en viandes et produits carnés, 2008, pp.111-112 Article dans une revue hal-01211879v1

Autre publication scientifique (2)

L'aviculture, une filière d'avenir Sandrine Lagarrigue,Isabelle Bouvarel,Michel Jacques M.J. Duclos,Francoise Nau,Frédéric Lecerfet al. L'aviculture, une filière d'avenir, 2018 Autre publication scientifique hal-04216732v1
SS4I: select SNP subset for imputation Frédéric Herault,Jérémy Yon,Florian Herry,Sophie Allais,Pascale Le Roy 2016 Autre publication scientifique hal-01455929v1

Thèse (1)

Détection et validation de marqueurs génétiques impliqués dans la qualité de la viande bovine. Sophie Allais Génétique animale. AgroParisTech, 2011. Français. ⟨NNT : 2011AGPT0012⟩ Thèse pastel-00589871v1

Chapitre d'ouvrage (1)

La sélection des bovins pour une amélioration génétique de la qualité de la viande Gilles Renand,Sophie Allais Muscle et viande de ruminant, Editions Quae, 2010, Synthèses (INRA), 978-2-7592-0877-7 Chapitre d'ouvrage hal-01193671v1