Thibault Bourdin Chercheur postdoctoral - Ingénieur de recherche hospitalier

Identifiants chercheurs

IdHAL :

thibaultbourdin

ORCID :

0000-0001-5257-9374

cv.identifier.google scholar :

https://scholar.google.fr/citations?user=rkIAd-sAAAAJ

Présentation

Chercheur postdoctoral au sein du laboratoire du professeur Didier Hocquet (Chrono-environnement / CHU de Besançon, France), j’étudie les effets de l’antibiorésistance bactérienne sur le microbiote intestinal, en lien avec la consommation de cultures irriguées par des eaux usées traitées. Ce travail s'inscrit dans le projet MEHTA (Managing Environmental Hotspots and Transmission of AMR), porté par le professeur Edward Topp et financé par l’ANR dans le cadre du Programme Prioritaire de Recherche (PPR) sur la résistance aux antibiotiques.

Mon parcours universitaire, débuté en France et poursuivi au Canada, m’a permis d’acquérir une formation pluridisciplinaire en sciences de l’eau, combinant des compétences en microbiologie, écologie microbienne, métagénomique et épidémiologie. En 2024, j’ai obtenu mon doctorat en biologie à l’Institut National de la Recherche Scientifique du Québec (INRS – Armand-Frappier Santé Biotechnologie Research Centre), sous la co-direction des professeurs Philippe Constant et Eric Déziel. En collaboration avec des chercheurs de l’École Polytechnique et de deux CHU à Montréal (QC, Canada), nous avons caractérisé la dynamique spatio-temporelle de trois bactéries pathogènes opportunistes ─ Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, et Stenotrophomonas maltophilia ─ dans les éviers des unités de soins intensifs néonataux. Grâce au développement d’un outil de typage moléculaire hautement spécifique (HiSST), nos travaux ont révélé l’importance des communautés bactériennes et des bactéries antagonistes des pathogènes dans la modulation de leur distribution spatiale.

Publications

Article dans une revue (9)

Ecological dynamics of three persistent opportunistic pathogens in hospital sinks and their potential antagonistic bacteria Thibault Bourdin,Mylène C Trottier,Marie-Ève Benoit,Michèle Prévost,Caroline Quachet al. mSystems, 2026, 11 (3), ⟨10.1128/msystems.01546-25⟩ Article dans une revue hal-05590510v1
Foodborne antibiotics enrich human gut microbiota with pathogens producing extended-spectrum β-lactamases and carbapenemases Daniel Martak,Thibault Bourdin,Benoit Valot,Audrey Laboissière,Frédéric Lirussiet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2026, 20 (1), pp.wrag008. ⟨10.1093/ismejo/wrag008⟩ Article dans une revue hal-05564146v1
Studying low-dose antibiotic effects on the gut microbiome Thibault Bourdin,Laura Camila Carrera Páez,Mathilde Massard,Didier Hocquet Trends in Microbiology, 2025, 63 (6), ⟨10.1016/j.tim.2025.11.014⟩ Article dans une revue hal-05564191v1
Disinfection of sink drains to reduce a source of three opportunistic pathogens, during Serratia marcescens clusters in a neonatal intensive care unit Thibault Bourdin,Marie-Ève Benoit,Michèle Prévost,Dominique Charron,Caroline Quachet al. PLoS ONE, 2024, 19 (6), pp.e0304378. ⟨10.1371/journal.pone.0304378⟩ Article dans une revue hal-05009086v1
Serratia marcescens Colonization in a Neonatal Intensive Care Unit Has Multiple Sources, with Sink Drains as a Major Reservoir Thibault Bourdin,Marie-Ève Benoit,Alizée Monnier,Emilie Bédard,Michèle Prévostet al. Applied and Environmental Microbiology, 2023, 89 (5), ⟨10.1128/aem.00105-23⟩ Article dans une revue hal-05009055v1
High-Throughput Short Sequence Typing Schemes for Pseudomonas aeruginosa and Stenotrophomonas maltophilia Pure Culture and Environmental DNA Thibault Bourdin,Marie-Ève Benoit,Emilie Bédard,Michèle Prévost,Caroline Quachet al. Microorganisms, 2023, 12 (1), pp.48. ⟨10.3390/microorganisms12010048⟩ Article dans une revue hal-05009059v1
Comparative toxicity of conventional and unconventional oils during rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) embryonic development: From molecular to health consequences Roxanne Bérubé,Molly Lefebvre-Raine,Charles Gauthier,Thibault Bourdin,Pauline Bellotet al. Chemosphere, 2022, 288, pp.132521. ⟨10.1016/j.chemosphere.2021.132521⟩ Article dans une revue hal-05008927v1
Lethal and sublethal effects of diluted bitumen and conventional oil on fathead minnow (Pimephales promelas) larvae exposed during their early development Roxanne Bérubé,Charles Gauthier,Thibault Bourdin,Marilou Bouffard,Gaëlle Triffault-Bouchetet al. Aquatic Toxicology, 2021, 237, pp.105884. ⟨10.1016/j.aquatox.2021.105884⟩ Article dans une revue hal-05008913v1
A High-Throughput Short Sequence Typing Scheme for Serratia marcescens Pure Culture and Environmental DNA Thibault Bourdin,Alizée Monnier,Marie-Ève Benoit,Emilie Bédard,Michèle Prévostet al. Applied and Environmental Microbiology, 2021, 87 (24), ⟨10.1128/AEM.01399-21⟩ Article dans une revue hal-05009041v1

Poster de conférence (2)

Exploration de l’antibiorésistance dans un réservoir d’eau potable : l’aquifère karstique du Lez Mylène Toubiana,Agnès Masnou,J.L. Seidel,Benjamin Durand,Thibault Bourdinet al. Société Française de Microbiologie (SFM) 2018, Oct 2018, Paris, France Poster de conférence hal-02407828v1
Exploration de l'antibiorésistance dans des communautés bactériennes de l'aquifère karstique du Lez Patricia Licznar-Fajardo,Marina Hery,Christelle Batiot-Guilhe,T. Bourdin,A. Masnouet al. VIIIe Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Oct 2017, Camaret sur Mer, France Poster de conférence hal-02111953v1