Thomas Denecker Chef de projet en Ingénierie logicielle

Identifiants chercheurs

IdHAL :

thomas-denecker

ORCID :

0000-0003-1421-7641

IdRef :

249728249

Présentation

À l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), je coordonne les activités visant à favoriser l’adoption et la mise en pratique des principes de la Science Ouverte au sein des communautés de recherche en sciences de la vie et de la santé. Je pilote les activités de développement logiciel de l’équipe IFB-core dans le cadre de l’action « Outils logiciels » et propose des solutions techniques permettant l’intégration des principes FAIR dans l’offre de services de l’IFB. J’assure également des actions de sensibilisation, de formation et d’accompagnement de projets pour développer une véritable culture de la Science Ouverte. Mon activité s’inscrit dans les enjeux liés à la gestion et à l’intégration de données hétérogènes, à leur interopérabilité, à leur soumission dans les banques publiques internationales et à la protection des données personnelles et de santé. J’apporte une expertise technique et un rôle de conseil dans les projets stratégiques de l’IFB, tout en maintenant une veille technologique active.

En parallèle, j’encadre et anime une équipe de développement logiciel, en assurant la coordination des activités, le suivi des compétences et la mise en place de conditions de travail favorables. J’anime la thématique de la science ouverte dans les projets de développement et contribue au développement professionnel des agents, en lien avec les objectifs stratégiques de l’IFB.

Enfin, je participe aux réseaux nationaux et internationaux de la science ouverte, notamment en tant que co-animateur du groupe de travail Science Ouverte du réseau métier national MERIT (CNRS) et en contribuant au dialogue avec les dépôts de données nationaux (Recherche Data Gouv) et internationaux (ENA). Je représente également l’IFB au sein d’ELIXIR, l’infrastructure européenne de bioinformatique, en tant que membre du nœud français.

Publications

Article dans une revue (9)

Training biologists in Unix command-line skills: From curriculum to interactive online tutorials Lucie Khamvongsa-Charbonnier,Robert Aboukhalil,Hélène Chiapello,Thomas Denecker,Pierre Poulainet al. PLoS Computational Biology, 2026, 22 (4), pp.e1014133. ⟨10.1371/journal.pcbi.1014133⟩ Article dans une revue hal-05583485v1
FAIR_Bioinfo: a turnkey training course and protocol for reproducible computational biology Thomas Denecker,Claire Toffano-Nioche JOSE - Journal of Open Source Education, 2021, ⟨10.21105/jose.00068⟩ Article dans une revue hal-02880655v2
Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast Candida glabrata Thomas Denecker,Youfang Zhou li,Cécile Fairhead,Karine Budin,Jean-Michel Camadroet al. NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), pp.lqaa027. ⟨10.1093/nargab/lqaa027⟩ Article dans une revue hal-03100086v1
Efficient, quick and easy-to-use DNA replication timing analysis with START-R suite Djihad Hadjadj,Thomas Denecker,Eva Guérin,Su-Jung Kim,Fabien Fauchereauet al. NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa045⟩ Article dans une revue hal-02929259v1
Pixel: a content management platform for quantitative omics data Thomas Denecker,William Durand,Julien Maupetit,Charles Hébert,Jean-Michel Camadroet al. PeerJ, 2019, 7, pp.e6623. ⟨10.7717/peerj.6623⟩ Article dans une revue hal-03100146v1
Label-free quantitative proteomics in Candida yeast species: technical and biological replicates to assess data reproducibility Gaëlle Lelandais,Thomas Denecker,Camille Garcia,Nicolas Danila,Thibaut Légeret al. BMC Research Notes, 2019, 12 (1), pp.470. ⟨10.1186/s13104-019-4505-8⟩ Article dans une revue hal-02389332v1
Empowering the detection of ChIP-seq &quot;basic peaks&quot; (bPeaks) in small eukaryotic genomes with a web user-interactive interface Thomas Denecker,Gaëlle Lelandais BMC Research Notes, 2018, 11 (1), pp.698. ⟨10.1186/s13104-018-3802-y⟩ Article dans une revue hal-02177599v1
A hypothesis-driven approach identifies CDK4 and CDK6 inhibitors as candidate drugs for treatments of adrenocortical carcinomas Djihad Hadjadj,Su-Jung Kim,Thomas Denecker,Laura Ben Driss,Jean-Charles Cadoretet al. Aging, 2017, 9 (12), pp.2695-2716. ⟨10.18632/aging.101356⟩ Article dans une revue hal-02363044v1
Characterization of the replication timing program of 6 human model cell lines Djihad Hadjadj,Thomas Denecker,Chrystelle Maric,Fabien Fauchereau,Giuseppe Baldacciet al. Genomics Data, 2016, 9, pp.113 - 117. ⟨10.1016/j.gdata.2016.07.003⟩ Article dans une revue hal-01406426v1

Communication dans un congrès (4)

Madbot Thomas Denecker,Julien Seiler 17ème Atelier de Données bioinformatiques de diversité, Dimitry Khvorostyanov, Mar 2024, Roscoff, France Communication dans un congrès hal-04502839v1
Madbot Thomas Denecker,Julien Seiler Journée "Cycle De Vie / Gestion Des Données De La Biologie", F. Bekkouche; X. Borda; F. Brau; W. Demet, Apr 2024, Sophia Antipolis, France Communication dans un congrès hal-04531785v1
Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatique Thomas Denecker Journée Science ouverte, Station Biologique de Roscoff, Mar 2023, Roscoff, France. ⟨10.5281/zenodo.7729199⟩ Communication dans un congrès hal-04027046v1
EMERGEN-BioInfo The digital platform for the French SARS-CoV-2 genomic surveillance and research program Thomas Denecker,Imane Messak,Anliat Mohamed,Chiara Antoinat,Arthur Le Barset al. JOBIM 2022 - Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/ZENODO.6778707⟩ Communication dans un congrès hal-04495542v1

Poster de conférence (5)

A Unix competency framework for learning bioinformatics Hélène Chiapello,Thomas Denecker,Lucie Khamvongsa Charbonnier,Pierre Poulain,Denis Puthieret al. JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France. Poster de conférence hal-04619317v1
Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository Baptiste Rousseau,Véronique Jamilloux,Thomas Denecker,Hélène Chiapello,Ariane Bize JOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France. Poster de conférence hal-04139284v1
The IFB e-Learning Working Group Hélène Chiapello,Thomas Denecker,Gildas Le Corguillé,Pierre Poulain,Denis Puthieret al. JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques) 2021, Jul 2021, Paris, France. Poster de conférence hal-03296617v1
FAIR_bioinfo : a software perspective of reproducibility of bioinformatics analyses Thomas Denecker,Céline Hernandez,Claire Toffano-Nioche Journées Ouvertes de Biologie Informatique et Mathématiques - JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France Poster de conférence hal-03071717v1
Iron homeostasisis in C. glabrata at the transcriptomic level Youfang Zhou-Li,Thomas Denecker,Karine Budin,Cécile Fairhead,Monique Bolotin Fukuharaet al. 20. Congress of the International Society for Human and Animal Mycology (ISHAM 2018), Jun 2018, Amsterdam, Netherlands. Oxford University Press, Medical Mycology, 56 (Suppl. 2), 230 p., 2018, Abstracts ISHAM 2018 - Supplement Poster de conférence hal-02734714v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Omics analyses, how to navigate through a constant data deluge Thomas Denecker,Gaëlle Lelandais 2021 Pré-publication, Document de travail hal-03429581v1

Thèse (1)

Bioinformatique et analyse de données multiomiques : principes et applications chez les levures pathogènes Candida glabrata et Candida albicans Thomas Denecker Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASL010⟩ Thèse tel-02968518v1

Cours (3)

Sandbox.bio tutorials – Linux basics training modules (IFB ELIXIR-FR) Lucie Khamvongsa-Charbonnier,Thomas Denecker,Claire Toffano-Nioche,Denis Puthier,Olivier Sandet al. École thématique. France. 2026 Cours hal-05506951v1
Bioinformatics in a tense geopolitical context Claire Toffano-Nioche,Laurent Jourdren,Thomas Denecker École thématique. ANF Workflow et reproductibilité en Bioinformatique, Campanile Paris-Sud - Porte d'Orléans - Arcueil, 73 av. Aristide Briand, 94110 - ARCUEIL, France. 2025 Cours hal-05527702v1
Formation EBAII Niveau 2 - Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatique Thomas Denecker,Charlotte Berthelier Master. Roscoff, France. 2023 Cours hal-04113112v1

Logiciel (1)

Madbot API Laurent Bouri,Imane Messak,Baptiste Rousseau,Elora Vigo,Mathéo Hiriartet al. 2025, ⟨swh:1:cnt:8954194b5680687fbdc77ba7341952d119eea671;origin=https://gitlab.com/ifb-elixirfr/madbot/madbot-api.git;visit=swh:1:snp:3567d5dd832cafad25df5d4a7a3d1deb7208ac07;anchor=swh:1:rev:4d9403ad64ec11110d61cdcd8fbe2a3c43a72040;path=/codemeta.json⟩ Logiciel hal-05118626v1