Timothée Flutre

Identifiants chercheurs

IdHAL :

timothee-flutre

ORCID :

0000-0003-4489-4782

IdRef :

151751773

arXiv :

flutre_t_1

VIAF :

215219520

ISNI :

0000000359370615

Présentation

chercheur INRAE, UMR GQE - Le Moulon, équipe DEAP

page perso

Publications

Article dans une revue (32)

Revival of traditional agricultural systems – A multidisciplinary on‐farm survey of maize‐bean intercropping reveals unexpected competition effects on beans Noa Vazeux-Blumental,Laura Mathieu,Théo Trabac,Carine Palaffre,Bernard Lagardèreet al. Plants, People, Planet, 2025, pp.1-16. ⟨10.1002/ppp3.70049⟩ Article dans une revue hal-05113322v1
Enhancing grapevine breeding efficiency through genomic prediction and selection index Charlotte Brault,Vincent Segura,Maryline Roques,Pauline Lamblin,Virginie Bouckenoogheet al. G3, 2024, 14 (4), pp.jkae038. ⟨10.1093/g3journal/jkae038⟩ Article dans une revue hal-04563189v1
Clusters of grapevine genes for a burning world Aude Coupel-Ledru,Adrianus J. Westgeest,Rami Albasha,Mathilde Millan,Benoît Pallaset al. New Phytologist, 2024, 242 (1), pp.10-18. ⟨10.1111/nph.19540⟩ Article dans une revue hal-04515282v1
Des projets engagés dans la diversification végétale Jérôme Enjalbert,Timothée Flutre,Stéphane Lemarié,Philippe Martin,Jean Benoît Morelet al. Phytoma , 2024, 771, pp.31-36 Article dans une revue hal-04478335v1
Contrasted reaction norms of wheat yield in pure vs mixed stands explained by tillering plasticities and shade avoidance Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre Field Crops Research, 2024, 310, pp.109368. ⟨10.1016/j.fcr.2024.109368⟩ Article dans une revue hal-04644963v1
Efficient Bayesian automatic calibration of a functional-structural wheat model using an adaptive design and a metamodeling approach Emmanuelle Blanc,Jérôme Enjalbert,Timothée Flutre,Pierre Barbillon Journal of Experimental Botany, In press, ⟨10.1093/jxb/erad339⟩ Article dans une revue hal-04190551v1
New insights towards breeding for mixed cropping of spring pea and barley to increase yield and yield stability Benedikt Haug,Monika Messmer,Jérôme Enjalbert,Isabelle Goldringer,Timothée Flutreet al. Field Crops Research, 2023, 297, pp.108923. ⟨10.1016/j.fcr.2023.108923⟩ Article dans une revue hal-04139254v1
The ecologically relevant genetics of plant-plant interactions Claude Becker,Richard Berthomé,P Delavault,Timothée Flutre,Hélène Frévilleet al. Trends in Plant Science, 2023, 28 (1), pp.31-42. ⟨10.1016/j.tplants.2022.08.014⟩ Article dans une revue hal-03800896v1
From cultivar mixtures to allelic mixtures: opposite effects of allelic richness between genotypes and genotype richness in wheat Germain Montazeaud,Timothée Flutre,Elsa Ballini,Jean-Benoit Morel,Jacques Davidet al. New Phytologist, 2022, 233 (6), pp.2573-2584. ⟨10.1111/nph.17915⟩ Article dans une revue hal-03559043v1
Across-population genomic prediction in grapevine opens up promising prospects for breeding Charlotte Brault,Vincent Segura,Patrice This,Loïc Le Cunff,Timothée Flutreet al. Horticulture research, 2022, 9, pp.uhac041. ⟨10.1093/hr/uhac041⟩ Article dans une revue hal-03694172v1
A genome-wide association and prediction study in grapevine deciphers the genetic architecture of multiple traits and identifies genes under many new QTLs Timothée Flutre,Loïc Le Cunff,Agota Fodor,Amandine Launay,Charles Romieuet al. G3, 2022, 12 (7), pp.jkac103. ⟨10.1093/g3journal/jkac103⟩ Article dans une revue hal-03697272v1
Advances in breeding for mixed cropping – incomplete factorials and the producer/associate concept Benedikt Haug,Monika M Messmer,Jérôme Enjalbert,Isabelle Goldringer,Emma Forstet al. Frontiers in Plant Science, 2021, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.620400⟩ Article dans une revue hal-03317725v1
Harnessing multivariate, penalized regression methods for genomic prediction and QTL detection of drought-related traits in grapevine Charlotte Brault,Agnes Doligez,Loïc Le Cunff,Aude Coupel-Ledru,Thierry Simonneauet al. G3, 2021, 11 (9), pp.jkab248. ⟨10.1093/g3journal/jkab248⟩ Article dans une revue hal-03342409v1
The wild grape genome sequence provides insights into the transition from dioecy to hermaphroditism during grape domestication Hélène E Badouin,Amandine Velt,François Gindraud,Timothée Flutre,Vincent Dumaset al. Genome Biology, 2020, 21 (1), pp.223. ⟨10.1186/s13059-020-02131-y⟩ Article dans une revue hal-02946414v1
Adoption and Optimization of Genomic Selection To Sustain Breeding for Apricot Fruit Quality Mariem Nsibi,Barbara Gouble,Sylvie Bureau,Timothée Flutre,Christopher Sauvageet al. G3, 2020, 10 (12), pp.4513-4529. ⟨10.1534/g3.120.401452⟩ Article dans une revue hal-03057805v1
Two main genetic clusters with high admixture between forest and cultivated chestnut (Castanea sativa Mill.) in France Cathy Bouffartigue,Sandrine Debille,Olivier Fabreguettes,Ana Ramos Cabrer,Santiago Pereira-Lorenzoet al. Annals of Forest Science, 2020, 77 (3), pp.74. ⟨10.1007/s13595-020-00982-w⟩ Article dans une revue hal-02924577v1
VviUCC1 Nucleotide Diversity, Linkage Disequilibrium and Association with Rachis Architecture Traits in Grapevine Javier Tello,Rafael Torres-Pérez,Timothée Flutre,Jérôme Grimplet,Javier Ibáñez Genes, 2020, 11 (6), pp.598. ⟨10.3390/genes11060598⟩ Article dans une revue hal-04236442v1
PlantBreedGame : a serious game that puts students in the breeder’s seat Timothée Flutre,Julien Diot,Jacques David Crop Science, 2019, 59, pp.1-2. ⟨10.2135/cropsci2019.03.0183le⟩ Article dans une revue hal-02164159v1
A novel high-density grapevine (Vitis vinifera L.) integrated linkage map using GBS in a half-diallel population Javier Tello,Catherine Roux,Hajar Chouiki Alilou,Valerie Laucou,Gautier Sarahet al. TAG Theoretical and Applied Genetics, 2019, 132, pp.2237-2252. ⟨10.1007/s00122-019-03351-y⟩ Article dans une revue hal-02628952v1
Quantitative assessment of grapevine wood colonization by the dieback fungus Eutypa lata Cédric Moisy,Gilles Berger,Timothée Flutre,Loïc Le Cunff,Jean-Pierre Peros Journal of Fungi, 2017, 3 (2), 15 p. ⟨10.3390/jof3020021⟩ Article dans une revue hal-01527690v1
The epigenomic landscape of African rainforest hunter-gatherers and farmers Maud Fagny,Etienne Patin,Maxime Rotival,Julia L. Macisaac,Timothée Flutreet al. Nature Communications, 2015, 6, 11 p. ⟨10.1038/ncomms10047⟩ Article dans une revue pasteur-01238387v1
The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: multitissue gene regulation in humans Timothée Flutre Science, 2015, 348 (6235), pp.648-660. ⟨10.1126/science.1262110⟩ Article dans une revue hal-01157916v1
Twenty Tips for High-School Students Engaging in Research with Scientists Berta Andújar,Gerard Campderrós,María García,Macarena Marino,Marta Maset al. Frontiers for Young Minds, 2015, 3, 7 p. ⟨10.3389/frym.2015.00007⟩ Article dans une revue hal-01235876v1
A statistical framework for joint eQTL analysis in multiple tissues Timothée Flutre,Xiaoquan Wen,Jonathan Pritchard,Matthew Stephens PLoS Genetics, 2013, 9 (5), ⟨10.1371/journal.pgen.1003486⟩ Article dans une revue hal-01190566v1
The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project John Lonsdale,Emile Thomas,Mike Salvatore,Phillip Phillips,Edmund Loet al. Nature Genetics, 2013, 45 (6), pp.580 - 585. ⟨10.1038/ng.2653⟩ Article dans une revue hal-01374823v1
TriAnnot: A Versatile and High Performance Pipeline for the Automated Annotation of Plant Genomes. Philippe Leroy,Nicolas Guilhot,Hiroaki Sakai,Aurélien Bernard,Frédéric Chouletet al. Frontiers in Plant Science, 2012, 3, pp.5. ⟨10.3389/fpls.2012.00005⟩ Article dans une revue hal-00753407v1
The ABO blood group is a trans-species polymorphism in primates Laure L. Segurel,Emma E. E. E. Thompson,Timothée T. Flutre,Jessica J. Lovstad,Aarti A. Venkatet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (45), pp.18493 - 18498. ⟨10.1073/pnas.1210603109⟩ Article dans une revue hal-00956369v1
In search of lost trajectories: recovering the diversification of transposable elements Timothée T. Flutre,Emmanuelle E. Permal,Hadi H. Quesneville Mobile Genetic Elements, 2011, 1 (2), pp.151-154. ⟨10.4161/mge.1.2.17094⟩ Article dans une revue hal-00956371v1
Research community: Pilot scheme for misconduct database Timothée Flutre,Thomas Julou,Livio Riboli-Sasco,Claire Ribrault Nature, 2011, 478 (37), ⟨10.1038/478037c⟩ Article dans une revue hal-02642815v1
Considering transposable element diversification in de novo annotation approaches Timothée T. Flutre,Elodie E. Duprat,Catherine C. Feuillet,Hadi H. Quesneville PLoS ONE, 2011, 6 (1), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0016526⟩ Article dans une revue hal-00956366v1
Extensive synteny conservation of holocentric chromosomes in Lepidoptera despite high rates of local genome rearrangements. E. d'Alençon,H. Sezutsu,Fabrice Legeai,E. Permal,S. Bernard-Samainet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2010, 107 (17), pp.7680-5. ⟨10.1073/pnas.0910413107⟩ Article dans une revue inria-00537908v1
Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita Pierre Abad,Jerome Gouzy,Jean-Marc Aury,Philippe Castagnone-Sereno,Etienne Danchinet al. Nature Biotechnology, 2008, 26 (8), pp.909-915. ⟨10.1038/nbt.1482⟩ Article dans une revue hal-01189285v1

Communication dans un congrès (44)

Plant-plant interactions in crop breeding Timothée Flutre QLife Quantitative biology winter school "Polygenic Adaptation : from Quantitative Genetics to Population Genomics", PSL; ENS Ulm, Mar 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05212910v1
Quantifying the genetic basis of mixing ability and investigating its genetic architecture: case studies in wheat varietal mixtures and wheat-pea intercrops Timothée Flutre,Maxence Remérand,Jemay Salomon,Jérôme Enjalbert XIX Conference of EUCARPIA Biometrics in Plant Breeding, Eucarpia Biometrics, Sep 2025, Edinburgh, Scotland, United Kingdom Communication dans un congrès hal-05543942v1
Contrasted reaction norms of wheat yield in pure vs mixed stands explained by tillering plasticities and shade avoidance Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre ESA 2024, Aug 2024, Rennes, France Communication dans un congrès hal-04936930v1
Génétique des interactions plantes-plantes et application en sélection Timothée Flutre Rencontre chercheurs - acteurs du PPR CPA, Mar 2024, Paris, France Communication dans un congrès hal-04517169v1
Utilisation de la diversité naturelle de la vigne pour l'étude des caractères d'adaptation Agnes Doligez,Vincent Segura,Nicolas Saurin,Aude Coupel-Ledru,Charles Romieuet al. 14. Journée Scientifique Vigne-Vin - JSSV 2023, L'Institut Agro Montpellier; INRAE; Université de Montpellier, Mar 2023, Montpellier, France. pp.54-59 Communication dans un congrès hal-04189361v1
La diversité génétique au service de la création variétale : disponibilité et utilisation optimale pour l’innovation variétale Patrice This,Loïc Le Cunff,Charlotte Brault,Prashant Singh,Agnes Doligezet al. 14. Journée Scientifique Vigne-Vin - JSSV 2023, Montpelleir Vine and Wine sciences, Mar 2023, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04188524v1
Developing WHEAMM, a new FSPM for the simulation of wheat cultivar mixtures. Feedbacks on model conception, sensitivity analysis and automatic calibration in Julia Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre Presentation for the Wageningen FSPM group, Apr 2023, Online, France Communication dans un congrès hal-04936906v1
Etude des mélanges de variétés de blé tendre avec une approche interdisciplinaire entre expérimentation au champ et modélisation mécaniste Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre ECOScience, Mar 2023, Palaiseau, France Communication dans un congrès hal-04936903v1
Genomic and phenomic predictions for accelerating grapevine breeding Charlotte Brault,Agnes Doligez,Timothée Flutre,Juliette Lazerges,Miguel Thomaset al. 13. International Symposium on Grapevine Breeding and Genetics: Pioneering Wines (PIWIs) - Innovation and Tradition, Institute for Grapevine Breeding Geilweilerhof, Jul 2022, Landau in der Pfalz, Germany Communication dans un congrès hal-04188639v1
Comprendre le comportement de génotypes en mélange : expérimentations et modélisations appliquées au blé tendre Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Timothée Flutre Journée Agroécologie du réseau C-BASC, Mar 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-04936885v1
WHEAMM: a new functional-structural plant model to study plastic responses to competition for light in wheat cultivar mixtures Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre PlantComp2022, Oct 2022, Gand, Belgium Communication dans un congrès hal-04936896v1
Towards the statistical inference of WHEAMM's parameters Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre Réunion du groupe de travail Modélisation du projet MoBiDiv, Feb 2022, En ligne, France Communication dans un congrès hal-04936882v1
Comprendre les normes de réactions dans les mélanges intraspécifiques à l'aide d'un modèle et d'une expérience à l'échelle de la plante Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre Colloque interne de l'UMR GQE - Le Moulon, Jun 2021, Gif-sur-Yvette, France Communication dans un congrès hal-04936828v1
Estimation des proportions variétales de grains de blé par SPIR et imagerie hyperspectrale Adrien Belny,Martin Ecarnot,Timothée Flutre Rencontres HelioSPIR 2021, Jun 2021, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-03317724v1
WHEAMM : a functional-structural model to study the quantitative genetics of wheat variety mixtures Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre Séminaire INRAE-CIRAD sur la modélisation des cultures, Dec 2021, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04936879v1
Normes de réaction et plasticité phénotypique des plantes selon l'hétérogénéité de leur voisinage: cas du blé en monoculture versus mélange variétal Meije Gawinowski,Paul-Henry P.-H. Cournède,Jérôme Enjalbert,Timothée Flutre Petit Pois Déridé, May 2022, Lille, France Communication dans un congrès hal-04936889v1
Developping WHEAMM, a functional-structural model of wheat variety mixtures to study the genetic basis of phenotypic plasticity in an agricultural context Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre Réunion annuelle du GDR PlasPhen, Nov 2020, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04936827v1
New sweet cherry genomic tools and their use in marker-assisted breeding Elisabeth Dirlewanger,Loïck Le Dantec,Mathieu Fouché,N H Zaracho Echagüe,J. A. Campoyet al. 30. International Horticultural Congress, ISHS, Aug 2018, Istanbul, Turkey. pp.533 - 542, ⟨10.17660/actahortic.2020.1297.70⟩ Communication dans un congrès hal-03356206v1
Genomic selection - which prospects in Prunus armeniaca? Mariem Nsibi,Carole Confolent,Barbara Gouble,Sylvie Bureau,Alain Blancet al. 17. International Symposium on Apricot Breeding and Culture, Jun 2019, Malatya, Turkey Communication dans un congrès hal-03600763v1
VITIRAMA: A program to characterize disease susceptibility in French ampelographic collections Viviana Rodriguez Cano,Thierry Lacombe,Cécile Marchal,Sabine Merdinoglu-Wiedemann,O. Yobrégatet al. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-01868812v1
Conservation and usage of chestnut diversity : a case study of partnership research Cathy Bouffartigue,Timothée Flutre,Nathalie Couix,Teresa Barreneche,Luc Harvengtet al. Solibam final congress - Diversity strategies for organic and low input agricultures and their food systems, 2018, Rennes, France Communication dans un congrès hal-02733777v1
New physiological and genetic approaches to breed grapevines challenging climate warming Charles Romieu,Antoine Bigard,Matthieu Breil,Rezk Shahood,Stefania Savoiet al. 12. Congress of the international plant molecular biology, Aug 2018, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01857673v1
Multivariate statistical modelling for QTL detection and marker selection in a bi-parental grapevine population Charlotte Brault,Marie Perrot-Dockès,Agnes Doligez,Julien Chiquet,Loic Le Cunffet al. 17. Meeting of the EUCARPIA Section Biometrics in Plant Breeding, Sep 2018, Gand, Belgium Communication dans un congrès hal-01868802v1
A novel high-density grapevine integrated linkage map using GBS in a multi-parental population: preliminary results Javier Tello Moro,Catherine Roux,Valerie Laucou,Gautier Sarah,Timothée Flutreet al. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-01857671v1
Integrating novel genotyping and phenotyping technologies for grape genetics. International Congress on Grapevine and Wine Sciences Javier Tello Moro,Catherine Roux,Valerie Laucou,Gautier Sarah,Luc Bidelet al. International Congress on Grapevine and Wine Sciences, Nov 2018, Logrono, Spain. 242 p Communication dans un congrès hal-02736417v1
Resistance to sharka in Stone Fruit trees : Genetic and genomic technologies for new breeding strategies Véronique Decroocq,Stephane Decroocq,David Tricon,Timothée Flutre,Thierry Pascalet al. 9. International Rosaceae Genomics Conference, Jun 2018, Nanjing, China Communication dans un congrès hal-01819033v1
Genome-wide association study of a diverse grapevine panel to uncover the genetic architecture of numerous traits of interest Timothée Flutre,Roberto Bacilieri,Gilles Berger,Yves Bertrand,Jean-Michel Boursiquotet al. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-02734488v1
Twelve new QTLs for phenological traits in Vitis vinifera L. Agnes Doligez,Yves Bertrand,Pilar Gago,Michel Grolier,Gilles Bergeret al. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01857674v1
Combining genotyping by sequencing and genomic prediction within bi-parental crosses to speed up selection of grapevine cultivars Timothée Flutre,Amandine Launay,Agnes Doligez,Eric Duchêne,Elisa Margueritet al. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-01848564v1
Developing grapevine FAIR Data Cyril Pommier,Eric Duchêne,Thierry Lacombe,Timothée Flutre,Michael Alauxet al. PAG Conference 2018, Jan 2018, San Diego, United States Communication dans un congrès hal-02738117v1
Conservation and usage of chestnut biodiversity: a case study of partnership research Cathy Bouffartigue,Nathalie Couix,Timothée Flutre,Teresa Barreneche,Laurent Hazard Diversifood Final Congress ‘Cultivating Diversity and Food Quality’, Dec 2018, Rennes, France. 105 p Communication dans un congrès hal-02733705v1
Genomic selection - which prospects in Prunus armeniaca? Preliminary results issued from fruit quality traits and phenology Mariem Nsibi,Carole Confolent,Barbara Gouble,Sylvie Bureau,Alain Blancet al. 9. International Rosaceae Genomics Conference, Jun 2018, Nanjing, China Communication dans un congrès hal-01830311v1
New sweet cherry genomic tools and their use in marker-assisted breeding Elisabeth Dirlewanger,Loïck Le Dantec,Teresa Barreneche,Bénédicte Wenden,Timothée Flutreet al. 30. International Horticultural Congress, ISHS, Aug 2018, Istanbul, Turkey Communication dans un congrès hal-02877345v1
Towards genome-wide association studies under abiotic stress in Vitis vinifera Agnes Doligez,Loic Le Cunff,Timothée Flutre,Amandine Launay,Stephane Nicolaset al. Genetic resources section meeting of Eucarpia, May 2017, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01603111v1
Evaluer la sélection génomique au sein de croisements bi-parentaux d’espèces pérennes fruitières génotypés par séquençage : point d’étape du projet FruitSelGen Timothée Flutre,Amandine Launay,Caroline Denance,Helene Muranty,Jean Marc Audergonet al. Séminaire SelGen 2017 : "La sélection génomique, bilan et perspectives", Sep 2017, Paris, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01819030v1
Croisement Syrah x Grenache: générateur de diversité entre recherche et application Timothée Flutre Journée d’information et d’échanges sur la création de variétés résistantes organisée par l’Institut Rhodanien, Mar 2016, Orange, France. pp.19 Communication dans un congrès hal-01291707v1
Screening germplasm for adaptation to drought and temperature Lucie Pinasseau,Agnes Doligez,Angelique Adiveze,Agnès Ageorges,Dalel Ahmedet al. Innovine, innovation in vineyard, 2016, Toulouse, France. 2 p Communication dans un congrès hal-02798435v1
The use of Fourier transform infrared spectroscopy in phenotyping berries from the grapevine Vitis Vinifera L. Agnes Destrac,Timothée Flutre,Christel Renaud,Elena Morin,Louise Durandet al. 19. Journées Internationales de Viticulture GiESCO, May 2015, Gruissan, France. 810 p Communication dans un congrès hal-01269230v1
Phenotyping berries from the grapevine Vitis vinifera L. by means of Fourier transform infrared spectroscopy Agnes Destrac-Irvine,Timothée Flutre,Christel Renaud,Elena Morin,Louise Durandet al. OENO Symposium, Jun 2015, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-03041049v1
Projet EDGARR de sélection génomique chez la vigne pour la filière rosé Timothée Flutre Séminaire du projet R2D2, Nov 2015, Le Teich, France. 34 p Communication dans un congrès hal-01235879v1
Recherche de zones du génome impliquées dans la tolérance et/ou la résistance aux prinipaux pathogènes des maladies du bois au sein des variétés de vigne cultivées Cedric Moisy,Timothée Flutre,Amandine Michon,Khadidiatou Fall,Gilles Bergeret al. Journées Maladies du bois de la Vigne de l’Institut Français de la Vigne, Nov 2015, COLMAR, France Communication dans un congrès hal-02742085v1
Statistical inference of tissue-consistent and tissue-specific eQTLs Timothée Flutre,Xiaoquan Wen,Jonathan Pritchard,Matthew Stephens 62. Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, Nov 2012, San Francisco, United States Communication dans un congrès hal-01190089v1
Fungal genome analysis of transposable elements: expansion vs RIP silencing Joelle J. Amselem,Timothée T. Flutre,Victoria Fabia Dominguez del Angel,Jonathan J. Kreplak,Sébastien Duplessiset al. Plant and Animal Genome: 19. Conference, Jan 2011, San Diego, United States. n.p Communication dans un congrès hal-00956370v1
REPET, pipelines for the detection and annotation of transposable elements in genomic sequences Timothée Flutre 19. International Triticeae Mapping Initiative - 3rd COST Tritigen, Aug 2009, Clermont-Ferrand, France Communication dans un congrès hal-02821787v1

Poster de conférence (10)

Evaluating the STICS research branch for intercrops and its coupling with an epidemiological model: case study on winter wheat-pea with brown rust Timothée Flutre,A Deheinzelin,Tiphaine Vidal,Marie Launay,Jérôme Enjalbertet al. XIVth STICS seminar, Mar 2026, Louvain-la-Neuve, Belgium Poster de conférence hal-05570944v1
Leveraging a broad gradient of plant-plant interactions to efficiently breed for cereale-legume mixtures Jemay Salomon,Jérôme Enjalbert,Timothée Flutre XIX Conference of EUCARPIA Biometrics in Plant Breeding, Sep 2025, Edinburgh, Scotland, United Kingdom Poster de conférence hal-05546246v1
Joint analysis of monovarietal and mixed stand performances to study the genetic architecture of indirect genetic eﬀects in wheat cultivar mixtures Maxence Remérand,Jérôme Enjalbert,Timothée Flutre XIX Conference of EUCARPIA Biometrics in Plant Breeding, Sep 2025, Edinburgh, Scotland, United Kingdom Poster de conférence hal-05548238v1
Genetic determinants of indirect genetic effects: GWAS in a bread wheat MAGIC population Maxence Remérand,Jérôme Enjalbert,Timothée Flutre XVIIIth Eucarpia Biometrics in Plant Breeding Conference, Sep 2022, Gif-sur-Yvette, France. Poster de conférence hal-03795170v1
WHEAMM: a functional-structural model to study plant growth and interactions with neighbors in wheat variety mixtures Meije Gawinowski,Jérôme Enjalbert,Paul-Henry P.-H. Cournède,Timothée Flutre FSPM 2020 : 9th International Conference on FUNCTIONAL-STRUCTURAL PLANT MODELS, Oct 2020, Hanovre (Virtual Conference), Germany Poster de conférence hal-02961398v1
Comparison of univariate and multivariate models for marker selection and genomic prediction Charlotte Brault,Agnes Doligez,Julien Chiquet,Loic Le Cunff,Patrice Thiset al. 6. International Conference of Quantitative Genetics, Nov 2020, Brisbane, Australia Poster de conférence hal-02972998v1
Sélection génomique - Quelles perspectives chez les Prunus ? Mariem N'Sibi,Carole Confolent,Patrick Lambert,Sylvie Bureau,Barbara Goubleet al. Séminaire SelGen 2017 : "La sélection génomique, bilan et perspectives", Sep 2017, Paris, France. 1 p, 2017 Poster de conférence hal-02789979v1
Towards genome-wide association studies under abiotic stress in &lt;em&gt;Vitis vinifera&lt;/em&gt; Agnes Doligez,Loic L. Le Cunff,Timothée Flutre,Amandine Launay,Stephane S. Nicolaset al. ClimWine 2016 (Sustainable grape and wine production in the context of climate change), Apr 2016, Bordeaux, France. 152 p., 2016, Sustainable grape and wine production in the context of climate change Poster de conférence hal-02742772v1
Statistical inference of eQTL sharing among many tissues Timothée Flutre,Xiaoquan Wen,Jonathan Pritchard,Matthew Stephens 63rd Annual Meeting of the American Society of Human Genetic, Oct 2013, Boston, United States. , 2013 Poster de conférence hal-01268700v1
Use cases and improvements of REPET package : pipeline and tools to identify and annotate TEs in genomic sequences Véronique Jamilloux,Olivier Inizan,Sandie Arnoux,Timothée Flutre,Claire Hoedeet al. 17. Congrès National des Elements Transposables, Jul 2011, Lyon, France. 2011 Poster de conférence hal-01190364v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Roadmap for annotating transposable elements in eukaryote genomes Emmanuelle E. Permal,Timothée T. Flutre,Hadi H. Quesneville Mobile Genetic Elements, 859 (2 ed.), Springer Science + Business Media LLC, 308 p., 2012, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 978-1-61779-602-9. ⟨10.1007/978-1-61779-603-6_3⟩ Chapitre d'ouvrage hal-00956367v1
Transposable element annotation in completely sequenced eukaryote genomes Timothée T. Flutre,Emmanuelle E. Permal,Hadi H. Quesneville Plant Transposable Elements, 24, Springer-Verlag, 330 p., 2012, Topics in Current Genetics, 978-3-642-31841-2. ⟨10.1007/978-3-642-31842-9_2⟩ Chapitre d'ouvrage hal-00956368v1

Autre publication scientifique (1)

Leaf firing symptoms and their genetic analysis in a grapevine diversity panel suddenly exposed to a record heatwave Aude Coupel-Ledru,Adrianus J. Westgeest,Rami Albasha,Mathilde Millan,Benoit Pallaset al. 2024, https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/dataset.xhtml;jsessionid=924672755dacb93478acbd09ba47. ⟨10.57745/PW2UHA⟩ Autre publication scientifique hal-04719521v1

Pré-publication, Document de travail (1)

A multidisciplinary on-farm survey of maize-bean intercropping highlights key considerations for reviving traditional agricultural systems. Noa Vazeux-Blumental,Laura Mathieu,Theo Trabac,Carine Palaffre,Bernard Lagardereet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04787353v1

Rapport (1)

Réflexions sur la partie V du rapport du BAP sur l'agroécologie Timothée Flutre [0] INRA. 2016, pp.12 Rapport hal-02792408v1

Thèse (2)

L'annotation des éléments transposables par la compréhension de leur diversification Timothée Flutre Sciences du Vivant [q-bio]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00560242v1
L'annotation des éléments transposables par la compréhension de leur diversification Timothée Flutre Sciences du Vivant [q-bio]. Université Paris Diderot - Paris 7, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-02824845v1

HDR (1)

De la génomique des éléments transposables à la génétique quantitative des interactions sociales entre plantes cultivées : contributions et perspectives Timothée Flutre Génétique des plantes. Université Paris-Saclay, 2025 HDR tel-05113060v1

Cours (23)

Adaptation, atténuation, diversification : de la génétique végétale pour l’agroécologie Timothée Flutre École d'ingénieur. AgroParisTech, 22 place de l’Agronomie, 91120 Palaiseau, France. 2026, pp.186 Cours hal-05576673v1
Adaptation, atténuation, diversification : de la génétique végétale pour l’agroécologie Timothée Flutre École d'ingénieur. AgroParisTech, 22 place de l’Agronomie, 91120 Palaiseau, France. 2025, pp.158 Cours hal-05014269v1
Caring about reproducibility in scientific research Timothée Flutre Master. EvoGEM, MNHN, Paris, France. 2025, pp.45 Cours hal-05294281v1
Génétique des interactions plante-plante et perspectives d’utilisation en sélection Timothée Flutre Master. Formation du projet MoBiDiv, Montpellier, France. 2025, pp.31 Cours hal-05029417v1
Adaptation, atténuation, diversification : de la génétique végétale pour l’agroécologie Timothée Flutre École d'ingénieur. AgroParisTech, 22 place de l’Agronomie, 91120 Palaiseau, France. 2024, pp.78 Cours hal-04592709v1
Presentation of &quot;Incorporation of Competitive Effects in Forest Tree or Animal Breeding Programs” by Muir in Genetics (2005) Timothée Flutre Doctoral. Journal club of WP4 in the MoBiDiv project, France. 2023, pp.41 Cours hal-04099164v1
Les mélanges de génotypes vus par la génétique quantitative (et un peu par l’écologie) Timothée Flutre Doctorat. Réunion du projet CoBreeding, Lusignan, France. 2023, pp.54 Cours hal-04240813v1
Caring about reproducibility in scientific research Timothée Flutre Master. EvoGEM, ENS Ulm, Paris, France. 2023, pp.39 Cours hal-04279303v1
Introduction à la génétique quantitative des interactions sociales Timothée Flutre Master. Sélection pour la diversification intra-parcelle, France. 2022 Cours hal-03875268v1
A quantitative geneticist’ journey from grapevine vineyards to wheat mixtures Timothée Flutre Doctoral. CiBreed Seminar Series, Germany. 2021 Cours hal-03125471v1
Interactions plante-plante : Bases éco-évolutives et génétique d'association Germain Montazeaud,Timothée Flutre Master. Sélection pour la diversification intra-parcelle, France. 2020 Cours hal-03172150v1
Modèles dynamiques des interactions plantes x plantes Jérôme Enjalbert,Emmanuelle Blanc,Timothée Flutre Master. Sélection pour la diversification intra-parcelle, France. 2020 Cours hal-03172205v1
Modèles de sélection des aptitudes au mélange Emma Forst,Timothée Flutre Master. Sélection pour la diversification intra-parcelle, France. 2020 Cours hal-03172130v1
Introduction à la sélection Timothée Flutre Master. Amélioration des plantes et ingénierie végétale méditerranéennes et tropicales (Atelier de prédiction et sélection génomique), 2018 Cours hal-02787828v1
Qu'est-ce que la modélisation statistique ? Une tentative de réponse Timothée Flutre Licence. LabScience, France. 2017 Cours hal-02790022v1
Pathogènes de la vigne et choix du matériel végétal: prévention et création variétale Timothée Flutre Cursus ingénieur (Module "diagnostic agronomique"), 2016 Cours hal-02798135v1
Bref état des lieux de la gestion des données au sein de la communauté &quot;vigne Timothée Flutre Doctorat. France. 2016 Cours hal-02792961v1
model4all: une initiative collaborative pour la modélisation statistique Timothée Flutre,Marie Denis Master. France. 2016 Cours hal-02795664v1
Prédiction génomique Timothée Flutre Master. Amélioration des plantes et ingénierie végétale méditerranéennes et tropicales (Atelier de prédiction et sélection génomique), 2016 Cours hal-02793019v1
Premiers pas de modélisation statistique par simulation avec la régression linéaire simple Timothée Flutre Master. Amélioration des plantes et ingénierie végétale méditerranéennes et tropicales (Atelier de prédiction et sélection génomique), France. 2016 Cours hal-02798157v1
Tutorial on (un)compressing files Timothée Flutre Doctoral. France. 2015 Cours hal-02792210v1
Tutoriel sur les tests multiples (et au-delà) Timothée Flutre Doctorat. France. 2015 Cours hal-02792527v1
Caring about reproducibility in scientific research Timothée Flutre Doctoral. France. 2014 Cours hal-02795975v1

Logiciel (2)

eQtlBma Timothée Flutre,Xiaoquan Wen 2012 Logiciel hal-02805097v1
REPET Hadi Quesneville,Timothée Flutre,Olivier Inizan,Claire Hoede,Elodie Dupratet al. 2010 Logiciel hal-02820937v1