Vincent Berry

Publications

Article dans une revue (34)

Insights into the evolution, virulence and speciation of Babesia MO1 and Babesia divergens through multiomics analyses Pallavi Singh,Pratap Vydyam,Tiffany Fang,Karel Estrada,Luis Miguel Gonzalezet al. Emerging microbes & infections, 2024, 13 (1), pp.2386136. ⟨10.1080/22221751.2024.2386136⟩ Article dans une revue hal-04693581v1
On the inference of complex phylogenetic networks by Markov Chain Monte-Carlo Charles-Elie Rabier,Vincent Berry,Marnus Stoltz,Joao D. Santos,Wensheng Wanget al. PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1008380. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008380⟩ Article dans une revue hal-03287030v2
RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees Wandrille Duchemin,Guillaume Gence,Anne-Muriel Arigon Chifolleau,Lars Arvestad,Mukul Bansalet al. Bioinformatics, 2018, 34 (21), pp.3646-3652. ⟨10.1093/bioinformatics/bty389⟩ Article dans une revue lirmm-01800296v1
A geography-aware reconciliation method to investigate diversification patterns in host/parasite interactions Vincent Berry,François Chevenet,Jean-Philippe Doyon,Emmanuelle Jousselin Molecular Ecology Resources, 2018, 18 (5), pp.1173-1184. ⟨10.1111/1755-0998.12897⟩ Article dans une revue hal-01942777v1
Three new genome assemblies support a rapid radiation in Musa acuminata (wild banana) Gaëtan Droc,Julie Sardos,Alberto A. Cenci,Björn Geigle,Mark S. Hibbinset al. Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (12), pp.3129-3140. ⟨10.1093/gbe/evy227⟩ Article dans une revue lirmm-02097189v1
SylvX: a viewer for phylogenetic tree reconciliations François Chevenet,Jean-Philippe Doyon,Celine Scornavacca,Edwin Jacox,Emmanuelle Jousselinet al. Bioinformatics, 2016, 32 (4), pp.608-610. ⟨10.1093/bioinformatics/btv625⟩ Article dans une revue hal-01942605v1
Inferring gene duplications, transfers and losses can be done in a discrete framework Vincent Ranwez,Celine Scornavacca,Jean-Philippe Doyon,Vincent Berry Journal of Mathematical Biology, 2016, 72 (7), pp.1811-1844. ⟨10.1007/s00285-015-0930-z⟩ Article dans une revue hal-01370854v1
Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding Yoann Anselmetti,Vincent Berry,Cedric Chauve,Annie Chateau,Eric Tannieret al. BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2164-16-S10-S11⟩ Article dans une revue hal-01180303v2
Multiple nuclear genes stabilize the phylogenetic backbone of the genus Quercus François Hubert,Guido W. Grimm,Emmanuelle Jousselin,Vincent Berry,Alain Francet al. Systematics and Biodiversity, 2014, 12 (4), pp.405-423. ⟨10.1080/14772000.2014.941037⟩ Article dans une revue lirmm-01140770v1
CompPhy: a web-based collaborative platform for comparing phylogenies Nicolas Fiorini,Vincent Lefort,François Chevenet,Vincent Berry,Anne-Muriel Arigon Chifolleau BMC Evolutionary Biology, 2014, 14 (1), pp.253-255. ⟨10.1186/s12862-014-0253-5⟩ Article dans une revue lirmm-01140756v1
Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit Thi Nguyen,Vincent Ranwez,Stéphanie Pointet,Anne-Muriel Arigon Chifolleau,Jean-Philippe Doyonet al. Algorithms for Molecular Biology, 2013, 8 (12), ⟨10.1186/1748-7188-8-12⟩ Article dans une revue lirmm-00812726v1
Genetic structure and evolution of the Leishmania genus in Africa and Eurasia: what does MLSA tell us Fouad El Baidouri,Sylvain Brisse,Vincent Berry,François Chevenet,Laure Diancourtet al. PLoS Neglected Tropical Diseases, 2013, 7 (6), pp.e2255. ⟨10.1371/journal.pntd.0002255⟩ Article dans une revue lirmm-00818822v1
Support measures to estimate the reliability of evolutionary events predicted by reconciliation methods Thi-Hau Nguyen,Vincent Ranwez,Vincent Berry,Celine Scornavacca PLoS ONE, 2013, 8 (10), pp.e73667. ⟨10.1371/journal.pone.0073667⟩ Article dans une revue hal-01189798v1
Amalgamating Source Trees with Different Taxonomic Levels Vincent Berry,Olaf Bininda-Emonds,Charles Semple Systematic Biology, 2013, 62 (2), pp.231-249. ⟨10.1093/sysbio/sys090⟩ Article dans une revue lirmm-00804769v1
Representing a set of reconciliations in a compact way Celine Scornavacca,Wojciech Paprotny,Vincent Berry,Vincent Ranwez Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11 (2), pp.1250025. ⟨10.1142/S0219720012500254⟩ Article dans une revue lirmm-00818801v1
Sequencing of the smallest apicomplexan genome from the human pathogen Babesia Microti Emmanuel Cornillot,Kamel Hadj-Kaddour,Amina Dassouli,Benjamin Noel,Vincent Ranwezet al. Nucleic Acids Research, 2012, 40 (18), pp.9102-9114. ⟨10.1093/nar/gks700⟩ Article dans une revue lirmm-00818833v1
Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks Philippe Gambette,Vincent Berry,Christophe Paul Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2012, 10 (4), pp.1250004.1-1250004.23. ⟨10.1142/S0219720012500047⟩ Article dans une revue hal-00678046v1
Building species trees from larger parts of phylogenomic databases Celine Scornavacca,Vincent Berry,Vincent Ranwez Information and Computation, 2011, 209 (3), pp.590-605. ⟨10.1016/j.ic.2010.11.022⟩ Article dans une revue lirmm-00825050v1
Models, algorithms, and programs for phylogeny reconciliation Jean-Philippe Doyon,Vincent Ranwez,Vincent Daubin,Vincent Berry Briefings in Bioinformatics, 2011, 12 (5), pp.392-400. ⟨10.1093/bib/bbr045⟩ Article dans une revue lirmm-00825041v1
ScripTree: scripting phylogenetic graphics François Chevenet,Olivier Croce,Maxime Hebrard,Richard Christen,Vincent Berry Bioinformatics, 2010, 26 (8), pp.1125-1126. ⟨10.1093/bioinformatics/btq086⟩ Article dans une revue istex hal-00497209v1
On the Approximability Results for Maximum Agreement Subtree and Maximum Compatible Tree Problems François Nicolas,Sylvain Guillemot,Vincent Berry,Christophe Paul Discrete Applied Mathematics, 2009, 157 (7), pp.1555-1570. ⟨10.1016/j.dam.2008.06.007⟩ Article dans une revue lirmm-00371209v1
Fixed-Parameter Tractability of the Maximum Agreement Supertree Problem Sylvain Guillemot,Vincent Berry IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009, 7 (2), pp.342-353. ⟨10.1109/TCBB.2008.93⟩ Article dans une revue lirmm-00324055v1
Computing Galled Networks from Real Data Daniel Huson,Regula Rupp,Vincent Berry,Philippe Gambette,Christophe Paul Bioinformatics, 2009, 25 (12), pp.i85-i93. ⟨10.1093/bioinformatics/btp217⟩ Article dans une revue lirmm-00368545v2
PhyloExplorer: a web server to validate, explore and query phylogenetic trees Vincent Ranwez,Nicolas Clairon,Frédéric Delsuc,Saeed Pourali,Nicolas Aubervalet al. BMC Evolutionary Biology, 2009, 9, pp.108. ⟨10.1186/1471-2148-9-108⟩ Article dans une revue lirmm-00396040v1
Linear time 3-approximation for MAST problem Vincent Berry,Sylvain Guillemot,François Nicolas,Christophe Paul ACM Transactions on Algorithms, 2009, 5 (2), pp.1-18. ⟨10.1145/1497290.1497299⟩ Article dans une revue lirmm-00324073v1
From constrained to Unconstrained Maximum Agreement Subtree in Linear Time Vincent Berry,Zeshan S. Peng,Hing-Fung Ting Algorithmica, 2008, 50 (3), pp.369-385. ⟨10.1007/s00453-007-9084-8⟩ Article dans une revue lirmm-00324070v1
One fig to bind them all: host conservatism in a fig wasp community unraveled by cospeciation analyses among pollinating and nonpollinating fig wasps. Emmanuelle Jousselin,Simon van Noort,Vincent Berry,Jean-Yves Rasplus,Nina Rønstedet al. Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2008, 62 (7), pp.1777-1797. ⟨10.1111/j.1558-5646.2008.00406.x⟩ Article dans une revue lirmm-00324068v1
PhySIC IST : cleaning source trees to infer more informative supertrees Celine Scornavacca,Vincent Berry,Vincent Lefort,Emmanuel J.P. Douzery,Vincent Ranwez BMC Bioinformatics, 2008, 9 (413), pp.1471-2105. ⟨10.1186/1471-2105-9-413⟩ Article dans une revue lirmm-00324069v1
Maximum Agreement and Compatible Supertrees Vincent Berry,François Nicolas Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5 (3), pp.564-591. ⟨10.1016/j.jda.2006.08.005⟩ Article dans une revue lirmm-00194239v1
PhySIC: A Veto Supertree Method with Desirable Properties Vincent Ranwez,Vincent Berry,Alexis Criscuolo,Pierre-Henri Fabre,Sylvain Guillemotet al. Systematic Biology, 2007, 56 (5), pp.798-817. ⟨10.1080/10635150701639754⟩ Article dans une revue lirmm-00194235v1
Improved Parametrized Complexity of Maximum Agreement Subtree and Maximum Compatible Tree problems Vincent Berry,François Nicolas IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2006, 3 (3), pp.289-302. ⟨10.1109/TCBB.2006.39⟩ Article dans une revue lirmm-00131835v1
Multipolar Consensus for Phylogenetic Trees Cécile Bonnard,Vincent Berry,Nicolas Lartillot Systematic Biology, 2006, 55 (5), pp.837-843. ⟨10.1080/10635150600969880⟩ Article dans une revue lirmm-00126475v1
SDM : A Fast Distance-Based Approach for (Super)Tree Building in Phylogenomics Alexis Criscuolo,Vincent Berry,Emmanuel J.P. Douzery,Olivier Gascuel Systematic Biology, 2006, 55 (5), pp.740-755. ⟨10.1080/10635150600969872⟩ Article dans une revue lirmm-00136655v1
Fast Computation of Supertrees for Compatible Phylogenies with Nested Taxa Vincent Berry,Charles Semple Systematic Biology, 2006, 55 (2), pp.270-288. ⟨10.1080/10635150500541649⟩ Article dans une revue lirmm-00131854v1

Communication dans un congrès (17)

Is it Worth Migrating a Monolith to Microservices? An Experience Report on Performance, Availability and Energy Usage Vincent Berry,Arnaud Castelltort,Benoit Lange,Joan Teriihoania,Chouki Tibermacineet al. ICWS 2024 - IEEE International Conference on Web Services, Jul 2024, Shenzhen, China. pp.944-954, ⟨10.1109/ICWS62655.2024.00112⟩ Communication dans un congrès hal-04781943v1
Analyse des traces de consultations des ressources en ligne et de la réalisation des activité dans un module hybride en école d’ingénieur Chrysta Pélissier,Vincent Berry,Jérôme Fortin AIPU 2023 - 33. Congrès de l'Association Internationale de Pédagogie Universitaire, Mar 2023, Perpignan, France Communication dans un congrès lirmm-04027971v1
Stop Reinventing the Wheel! Promoting Community Software in Computing Education Jeremiah Blanchard,John R. Hott,Vincent Berry,Rebecca Carroll,Bob Edmisonet al. ITiCSE-WG 2022 - 27th ACM Conference on Innovation and Technology in Computer Science Education, Jul 2022, Dublin, Ireland. pp.261-292, ⟨10.1145/3571785.3574129⟩ Communication dans un congrès lirmm-04025606v1
Quand collaborer répond à une « urgence » : l'atout d'une structuration Réseau Marion Rousseau,Nora Cherifa Abid,Vincent Berry AIPU 2022 - 32e congrès de l'Association Internationale de Pédagogie Universitaire, May 2022, Rennes, France Communication dans un congrès lirmm-04028069v1
ShellOnYou : Learning by Doing Unix Command Line Vincent Berry,Arnaud Castelltort,Chrysta Pélissier,Marion Rousseau,Chouki Tibermacine ITiCSE 2022 - 27th ACM Conference on on Innovation and Technology in Computer Science Education, Jul 2022, Dublin, Ireland. pp.379-385, ⟨10.1145/3502718.3524753⟩ Communication dans un congrès halshs-03726175v1
Scanning Phylogenetic Networks is NP-hard Vincent Berry,Celine Scornavacca,Mathias Weller SOFSEM 2020 - 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics, Jan 2020, Limassol, Cyprus. pp.519-530, ⟨10.1007/978-3-030-38919-2_42⟩ Communication dans un congrès hal-02353161v3
Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels Yoann Anselmetti,Vincent Berry,Cedric Chauve,Annie Chateau,Eric Tannieret al. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01394409v1
Phylogenetic reconstruction in Quercus based on multiple nuclear genes François Hubert,Alain Franc,Antoine Kremer,Vincent Berry IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-02804068v1
Accounting for gene tree uncertainty improves gene tree accuracy as well as duplications, transfers and losses predictions Thi-Hau Nguyen,Jean-Philippe Doyon,Stéphanie Pointet,Anne-Muriel Arigon Chifolleau,Vincent Ranwezet al. 12th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2012), Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.123-134, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_10⟩ Communication dans un congrès hal-00718347v3
Un algorithme de parcimonie efficace pour la réconciliation d'arbres de gènes/espèces avec pertes, duplications et transferts Jean-Philippe Doyon,Celine Scornavacca,Gergely J. Szöllősi,Vincent Ranwez,Vincent Berry Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National d'Etudes Supérieures Agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro). Montpellier, FRA., Sep 2010, Montpellier, France. pp.8 Communication dans un congrès lirmm-00833164v1
The Structure of Level-k Phylogenetic Networks Philippe Gambette,Vincent Berry,Christophe Paul CPM: Combinatorial Pattern Matching, Jun 2009, Lille, France. pp.289-300, ⟨10.1007/978-3-642-02441-2_26⟩ Communication dans un congrès lirmm-00371485v1
From Gene Trees to Species Trees Through a Supertree Approach Celine Scornavacca,Vincent Berry,Vincent Ranwez Language and Automata Theory and Applications : LATA 2009, Apr 2009, Tarragona, Spain. pp.10-19, ⟨10.1007/978-3-642-00982-2_60⟩ Communication dans un congrès lirmm-00367086v1
Fixed-parameter Tractability of the Maximum Agreement Supertree Problem Sylvain Guillemot,Vincent Berry CPM: Combinatorial Pattern Matching, 2007, Montpellier, France. pp.274-285 Communication dans un congrès lirmm-00130406v2
Votez veto pour l'Arbre de la Vie Vincent Berry,Vincent Ranwez,Pierre-Henri Fabre,Emmanuel J.P. Douzery JOBIM 2006 - 7es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France. pp.251-263 Communication dans un congrès lirmm-00131866v1
SDM: Une Méthode de Distance Rapide pour les Etudes de Phylogénomique Alexis Criscuolo,Vincent Berry,Emmanuel J.P. Douzery,Olivier Gascuel JOBIM 2005 - 6es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2005, Lyon, France. pp.231-244 Communication dans un congrès lirmm-00106495v1
On the Approximation of Computing Evolutionary Trees Vincent Berry,Sylvain Guillemot,Nicolas François,Christophe Paul COCOON: Computing and Combinatorics Conference, Aug 2005, Kunming, China. pp.115-125, ⟨10.1007/11533719_14⟩ Communication dans un congrès istex lirmm-00106451v1
Maximum Agreement and Compatible Supertrees Vincent Berry,François Nicolas CPM: Combinatorial Pattern Matching, 2004, Istanbul, Turkey. pp.205-219, ⟨10.1007/978-3-540-27801-6_15⟩ Communication dans un congrès lirmm-00108782v1

Poster de conférence (3)

Toward Adaptive MLOps : Variability Mapping and Modeling Chadine El Hatimi,Vincent Berry,Abdelhak-Djamel Seriai,Valère Preney,Xavier Quesnotet al. Journées nationales du Groupement de Recherche Génie de la Programmation et du Logiciel (GdR GPL), Jun 2025, Pau, France. 2025 Poster de conférence hal-05127859v1
On the inference of complex phylogenetic networks by Markov Chain Monte-Carlo Charles-Elie Rabier,Vincent Berry,Jean-Christophe Glaszmann,Fabio Pardi,Celine Scornavacca JOBIM 2020 - 20e Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier, France. Poster de conférence lirmm-04027842v1
CompPhy v2 : une plate-forme collaborative pour visualiser et comparer des phylogénies Floréal Cabanettes,Marc Chakiachvili,Vincent Lefort,Jean-François Dufayard,Frédéric F. de Lamotteet al. JOBIM: Journées ouvertes de biologie informatique et mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. , 437 p., 2016, JOBIM 2016 Poster de conférence hal-01594479v1

Chapitre d'ouvrage (3)

Maximum Compatible Tree Vincent Berry Ming-Yang Kao. Encyclopedia of Algorithms, Springer, 2016, Foundations of Computing, 978-1-4939-2863-7. ⟨10.1007/978-1-4939-2864-4⟩ Chapitre d'ouvrage lirmm-01264556v1
An Efficient Algorithm for Gene/Species Trees Parsimonious Reconciliation with Losses, Duplications and Transfers Jean-Philippe Doyon,Celine Scornavacca,Yu Gorbunov,Gergely J. Szöllősi,Vincent Ranwezet al. Eric Tannier. Comparative Genomics. RECOMB-CG 2010, LNCS (6398), Springer Berlin Heidelberg, pp.93-108, 2010, 978-3-642-16181-0. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_9⟩ Chapitre d'ouvrage lirmm-00818889v1
Maximum Compatible Tree Vincent Berry Ming-Yang Kao. Encyclopedia of Algorithms, Springer, pp.499-502, 2008, Foundations of Computing, 978-0-387-30770-1. ⟨10.1007/978-0-387-30162-4_223⟩ Chapitre d'ouvrage lirmm-00324061v1

Pré-publication, Document de travail (2)

Multiomics analysis reveals B. MO1 as a distinct Babesia species and provides insights into its evolution and virulence Pallavi Singh,Pratap Vydyam,Tiffany Fang,Karel Estrada,Luis Miguel Gonzalezet al. 2024 Pré-publication, Document de travail lirmm-04828058v1
CompPhy2: a flexible and real time collaborative web platform for editing and comparing phylogenies Floréal Cabanettes,Jean-François Dufayard,Vincent Berry,Vincent Lefort,Frédéric F. de Lamotteet al. 2018 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-01885401v1

Rapport (5)

Finding a Largest Subset of Rooted Triples Identifying a Tree is an NP-hard task Sylvain Guillemot,Vincent Berry RR-07010, 2007, pp.7 Rapport lirmm-00143208v1
Improving the Reduction from the Constrained to the Unconstrained MAST Vincent Berry 05041, 2005, pp.2 Rapport lirmm-00106642v1
Approximating the Maximum Compatible Tree Vincent Berry,François Nicolas 05019, 2005 Rapport lirmm-00106626v1
Super-Arbre d'Accord Maximum Vincent Berry 03040, 2003, pp.5 Rapport lirmm-00191964v1
Super-arbre d'Accord Maximum Vincent Berry 03040, 2003, pp.5 Rapport lirmm-00269481v1

HDR (1)

On building and comparing trees Application to supertrees in phylogenetics Vincent Berry Informatique [cs]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2008 HDR tel-00360926v1