Vincent Dubut

Publications

Article dans une revue (42)

Quelles salamandres tachetées trouve-t-on dans le sud-ouest de la France ? Sven Gippner,Axel Hernandez,Johanna Ambu,Vincent Dubut,Audrey Trochetet al. Bulletin de la Société Herpétologique de France, 2026, 188, pp.1-15. ⟨10.48716/bullshf.188-4⟩ Article dans une revue hal-05493077v1
Exploring Bird Gut Microbiota Through Opportunistic Fecal Sampling: Ecological and Evolutionary Perspectives Laura Fablet,Aurélie Bonin,Diane Zarzoso-Lacoste,Vincent Dubut,Laurence Walch Ecology and Evolution, 2025, 15 (4), pp.e71291. ⟨10.1002/ece3.71291⟩ Article dans une revue hal-05037027v1
Cellular and molecular microbial diversity of the mediterranean sponge &lt;i&gt;Agelas oroides&lt;/i&gt; (Demospongiae, Agelasida) Cesar Ruiz,Jean Vacelet,Flore Corallo,Vincent Dubut,Cécile Cheminet al. Marine Biology, 2025, 172 (5), pp.69. ⟨10.1007/s00227-025-04627-2⟩ Article dans une revue hal-05022742v1
A very picky eater: Species‐level prey selection in the endangered Rhone streber [ Zingel asper (L. 1758)] Kurt Villsen,Emmanuel Corse,Gaït Archambaud-Suard,Vincent Dubut Journal of Fish Biology, 2025, 107 (3), pp.1060-1066. ⟨10.1111/jfb.70083⟩ Article dans une revue hal-05275453v1
Disentangling the Effects of Biotic and Abiotic Dimensions of Ecological Opportunity on Individual Trophic Trait Variation Kurt Villsen,Gaït Archambaud-Suard,Emese Meglécz,Simon Blanchet,Jean‐pierre Balmainet al. Molecular Ecology, 2025, 34 (20), pp.e70115. ⟨10.1111/mec.70115⟩ Article dans une revue hal-05280353v1
Metabarcoding reveals waterbird diet in a French Ramsar wetland: implications for ecosystem management Laura Fablet,Anouk Pellerin,Diane Zarzoso-Lacoste,Vincent Dubut,Laurence Walch Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2024, 425, pp.9. ⟨10.1051/kmae/2024005⟩ Article dans une revue hal-04583253v1
Spineless and overlooked: DNA metabarcoding of autonomous reef monitoring structures reveals intra‐ and interspecific genetic diversity in Mediterranean invertebrates Anna Thomasdotter,Peter Shum,Francesco Mugnai,Marina Vingiani,Vincent Dubutet al. Molecular Ecology Resources, 2023, 23 (7), pp.1689-1705. ⟨10.1111/1755-0998.13836⟩ Article dans une revue hal-04304529v1
VTAM: A robust pipeline for validating metabarcoding data using controls Aitor González,Vincent Dubut,Emmanuel Corse,Reda Mekdad,Thomas Dechatreet al. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023, 21, pp.1151-1156. ⟨10.1016/j.csbj.2023.01.034⟩ Article dans une revue hal-03978642v1
Growth variation in the endangered fish Zingel asper : Contribution of substrate quality, hydraulics, prey abundance, and water temperature Gauthier Monnet,Emmanuel Corse,Gaït Archambaud-Suard,Rémi Grenier,Rémi Chappazet al. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2022, 32 (7), pp.1156-1170. ⟨10.1002/aqc.3818⟩ Article dans une revue hal-03810369v1
Diet Metabarcoding Reveals Extensive Dietary Overlap between Two Benthic Stream Fishes (Zingel asper and Cottus gobio) and Provides Insights into Their Coexistence Kurt Villsen,Emmanuel Corse,Gaït Archambaud‐suard,Kévin Héran,Emese Megléczet al. Diversity, 2022, 14 (5), pp.1-19. ⟨10.3390/d14050412⟩ Article dans une revue hal-03676193v1
DNA metabarcoding suggests adaptive seasonal variation of individual trophic traits in a critically endangered fish Kurt Villsen,Emmanuel Corse,Emese Meglécz,Gaït Archambaud-Suard,Hélène Vigneset al. Molecular Ecology, 2022, 31 (22), pp.5889-5908. ⟨10.1111/mec.16698⟩ Article dans une revue hal-03793011v1
Quantifying the individual impact of artificial barriers in freshwaters: A standardized and absolute genetic index of fragmentation Jérôme Prunier,Camille Poesy,Vincent Dubut,Charlotte Veyssière,Géraldine Lootet al. Evolutionary Applications, 2020, 13 (10), pp.2566-2581. ⟨10.1111/eva.13044⟩ Article dans une revue hal-03033664v1
A river runs through it: The causes, consequences, and management of intraspecific diversity in river networks Simon Blanchet,Jérôme Prunier,Ivan Paz‐vinas,Keoni Saint-Pé,Olivier REYet al. Evolutionary Applications, 2020, 13 (6), pp.1195-1213. ⟨10.1111/eva.12941⟩ Article dans une revue hal-02914974v1
Une étude inédite de métabarcoding pour étudier le régime alimentaire de l’apron Gaït Archambaud‐suard,Emmanuel Corse,Emese Meglécz,Rémi Chappaz,Vincent Dubut Sciences Eaux & Territoires, 2019, (Cahier spécial IV), pp.12-19. ⟨10.14758/set-revue.2019.cs4.03⟩ Article dans une revue hal-02462400v1
One‐locus‐several‐primers: A strategy to improve the taxonomic and haplotypic coverage in diet metabarcoding studies Emmanuel Corse,Christelle Tougard,Gaït Archambaud‐suard,Jean‐françois Agnèse,Françoise Messu Mandenget al. Ecology and Evolution, 2019, 9 (8), pp.4603-4620. ⟨10.1002/ece3.5063⟩ Article dans une revue hal-02109732v1
Stuck amongst introduced species: Trophic ecology reveals complex relationships between the critically endangered Niau kingfisher and introduced predators, competitors and prey Diane Zarzoso-Lacoste,Elsa Bonnaud,Emmanuel Corse,Vincent Dubut,Olivier Lorvelecet al. NeoBiota, 2019, ⟨10.3897/neobiota.53.35086⟩ Article dans une revue hal-02397164v1
L'apron du Rhône (Zingel asper), un poisson emblématique: Répartition, prospection et dynamique de la population du Verdon Rémi Chappaz,Vincent Dubut Courrier scientifique du parc naturel régional du Verdon, 2018, 4, pp.54-65 Article dans une revue hal-03470717v1
Etude du régime alimentaire de l'apron du Rhône dans le Verdon Gaït Archambaud‐suard,Emmanuel Corse,Vincent Dubut Courrier scientifique du parc naturel régional du Verdon, 2018, 4, pp.66-88 Article dans une revue hal-03470706v1
The relative contribution of river network structure and anthropogenic stressors to spatial patterns of genetic diversity in two freshwater fishes: A multiple-stressors approach Jérôme Prunier,Vincent Dubut,Géraldine Loot,Loïc Tudesque,Simon Blanchet Freshwater Biology, 2018, 63 (1), pp.6 - 21. ⟨10.1111/fwb.13034⟩ Article dans une revue hal-01764118v1
A from-benchtop-to-desktop workflow for validating HTS data and for taxonomic identification in diet metabarcoding studies Emmanuel Corse,Emese Meglécz,Gait Archambaud,Morgane Ardisson,Jean-François Martinet al. Molecular Ecology Resources, 2017, 17 (6), pp.e146-e159. ⟨10.1111/1755-0998.12703⟩ Article dans une revue hal-01681595v1
Contribution of spatial heterogeneity in effective population sizes to the variance in pairwise measures of genetic differentiation Jérôme Prunier,Vincent Dubut,Lounès Chikhi,Simon Blanchet Methods in Ecology and Evolution, 2017, 8 (12), pp.1866-1877. ⟨10.1111/2041-210X.12820⟩ Article dans une revue hal-01681597v1
Microsatellite Primers in Parietaria judaica (Urticaceae) to Assess Genetic Diversity and Structure in Urban Landscapes Angèle Bossu,Valérie Bertaudière-Montès,Vincent Dubut,Stephanie Manel Applications in Plant Sciences, 2014, 2 (9), pp.1400036. ⟨10.3732/apps.1400036⟩ Article dans une revue hal-01769473v1
QDD version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate Emese Meglécz,Nicolas Pech,André Gilles,Vincent Dubut,Pascal Hingampet al. Molecular Ecology Resources, 2014, 14 (6), pp.1302-1313. ⟨10.1111/1755-0998.12271⟩ Article dans une revue istex hal-02356473v1
Two multiplexed sets of 21 and 18 microsatellites for Phoxinus phoxinus (L.) and Gobio gobio (L.) developed by cross-species amplification Rémi Grenier,Caroline Costedoat,Rémi Chappaz,Vincent Dubut European Journal of Wildlife Research, 2013, 59 (2), pp.291-297. ⟨10.1007/s10344-013-0693-z⟩ Article dans une revue hal-01933451v1
The interplay of dispersal limitation, rivers, and historical events shapes the genetic structure of an Amazonian frog Antoine Fouquet,Jean-Baptiste Ledoux,Vincent Dubut,Brice P. Noonan,Ivan Scotti Biological Journal of the Linnean Society, 2012, 106 (2), pp.356 - 373. ⟨10.1111/j.1095-8312.2012.01871.x⟩ Article dans une revue hal-01032422v1
From Late Miocene to Holocene: Processes of Differentiation within the Telestes Genus (Actinopterygii: Cyprinidae) Vincent Dubut,Antoine Fouquet,Adrien Voisin,Caroline Costedoat,Rémi Chappazet al. PLoS ONE, 2012, 7 (3), ⟨10.1371/journal.pone.0034423⟩ Article dans une revue hal-01771544v1
Challenges of microsatellite development in Lepidoptera: Euphydryas aurinia (Nymphalidae) as a case study Melthide Sinama,Vincent Dubut,Caroline Costedoat,André Gilles,M. Junkeret al. European Journal of Entomology, 2011, 108 (108), pp.261-266 Article dans une revue hal-01294296v1
Human Ancient and Extant mtDNA From the Gambier Islands (French Polynesia): Evidence for an Early Melanesian Maternal Contribution and New Perspectives into the Settlement of Easternmost Polynesia Marie-France Deguilloux,Marie-Hélène Pemonge,Vincent Dubut,Sandrine Hughes,Catherine Haenniet al. American Journal of Physical Anthropology, 2011, 144 (2), pp.248 - 257. ⟨10.1002/ajpa.21398⟩ Article dans une revue istex hal-02644900v1
High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries Thibaut Malausa,André Gilles,Emese Meglécz,Hélène Blancard,Stéphanie Duthoyet al. Molecular Ecology Resources, 2011, 11 (4), pp.638-644. ⟨10.1111/j.1755-0998.2011.02992.x⟩ Article dans une revue hal-01506135v1
Representativeness of microsatellite distributions in genomes, as revealed by 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing Jean-François Martin,Nicolas Pech,Emese Meglécz,Stéphanie Ferreira,Caroline Costedoatet al. BMC Genomics, 2010, 11, pp.560. ⟨10.1186/1471-2164-11-560⟩ Article dans une revue hal-02663878v1
Cross-species amplification of 41 microsatellites in European cyprinids: a tool for evolutionary,population genetics and hybridization studies Vincent Dubut,Melthide Sinama,Jean-Francois Martin,Emese Meglécz,Juliette Fernandezet al. BMC Research Notes, 2010, 3, pp.135. ⟨10.1186/1756-0500-3-135⟩ Article dans une revue hal-02658325v1
QDD: a user-friendly program to select microsatellite markers and design primers from large sequencing projects Emese Meglécz,Caroline Costedoat,Vincent Dubut,André Gilles,Thibaut Malausaet al. Bioinformatics, 2010, 26 (3), pp.403-404. ⟨10.1093/bioinformatics/btp670⟩ Article dans une revue (data paper) hal-02667917v1
Development of 55 novel polymorphic microsatellite loci for the critically endangered L. (Actinopterygii: Perciformes: Percidae) and cross-species amplification in five other percids Vincent Dubut,Rémi Grenier,Emese Meglécz,Rémi Chappaz,Caroline Costedoatet al. European Journal of Wildlife Research, 2010, 56 (6), pp.931-938. ⟨10.1007/s10344-010-0421-x⟩ Article dans une revue hal-00609749v1
Cross-species amplification of 41 microsatellites in European cyprinids: A tool for evolutionary, population genetics and hybridization studies Vincent Dubut,Melthide Sinama,Jean-François Martin,Emese Meglécz,Juliette Fernandezet al. BMC Research Notes, 2010, 3 Article dans une revue hal-01933480v1
Isolation and characterisation of 19 microsatellite loci from the Amazonian frog Adenomera andreae (Amplibia: anura: Leptodactylidae) Antoine Fouquet,Vincent Dubut,Robert Hataway,Caroline Scotti-Saintagne,Ivan Scottiet al. Conservation Genetics Resources, 2009, 1 (1), pp.217-220. ⟨10.1007/s12686-009-9053-4⟩ Article dans une revue hal-01032133v1
Complete Mitochondrial Sequences for Haplogroups M23 and M46: Insights into the Asian Ancestry of the Malagasy Population Vincent Dubut,François Cartault,Christine Payet,Marie-Dominique Thionville,Pascal Murail Human Biology, 2009, 81 (4), pp.495-500 Article dans une revue halshs-00449196v1
Inter- and Extra-Indian Admixture and Genetic Diversity in Reunion Island Revealed by Analysis of Mitochondrial DNA Vincent Dubut,Pascal Murail,Nicolas Pech,Marie-Dominique Thionville,François Cartault Annals of Human Genetics, 2009, 73, pp.314-334 Article dans une revue halshs-00433392v1
Genetic data analysis of 10 Y-STR loci in two ethnic groups of Asian ancestry (Gujarat and Guangdong-Fujian provinces) from Reunion Island (Indian Ocean). Vincent Dubut,François Cartault,André Gilles,Marie-Dominique Thionville,Pascal Murail Legal Medicine, 2009, 11, pp.104-106 Article dans une revue halshs-00433396v1
Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci for the dace complex: Leuciscus leuciscus (Teleostei: Cyprinidae) Vincent Dubut,Jean-François Martin,André Gilles,Jeroen van Houdt,Rémi Chappazet al. Molecular Ecology Resources, 2009, 9 (4), pp.1179-1183. ⟨10.1111/j.1755-0998.2009.02594.x⟩ Article dans une revue istex hal-02668219v1
Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in the freshwater fishes Telestes souffiai and Telestes multicellus (Teleostei: Cyprinidae) Vincent Dubut,Jean-François Martin,Caroline Costedoat,Rémi Chappaz,André Gilles Molecular Ecology Resources, 2009, 9 (3), pp.1001-1005. ⟨10.1111/j.1755-0998.2009.02539.x⟩ Article dans une revue istex hal-02662471v1
mtDNA polymorphisms in five French groups: importance of regional sampling Vincent Dubut,Lionel Chollet,Pascal Murail,François Cartault,Eliane Béraud-Colombet al. European Journal of Human Genetics, 2004, 12, pp.293-300 Article dans une revue halshs-00433402v1
Mitochondrial DNA sequence diversity in two groups of Italian Veneto speakers from Veneto N. Mogentale-Profizi,L. Chollet,A. Stevanovitch,V. Dubut,C. Poggiet al. Annals of Human Genetics, 2001, 65 (2), pp.153 - 166. ⟨10.1046/j.1469-1809.2001.6520153.x⟩ Article dans une revue hal-01933423v1

Pré-publication, Document de travail (4)

Connectivity more than environment shapes prokaryotic and eukaryotic communities in a mosaic of extreme and dynamic environments of a desert wetland Aïcha Mehirou Zouggar,Pascal Mirleau,Vincent Dubut,Emese Meglecz,Sidi-Mohammed El-Amine Abi-Ayadet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05407738v1
Separating faces in ARMS metabarcoding improves marine biodiversity monitoring: a comparison across protocols, experimental designs, and photographic surveys Anne Chenuil,Elyna Bouchereau,Térence Legrand,Virgile Calvert,Cécile Cheminet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05407728v1
Separating faces in ARMS metabarcoding improves marine biodiversity monitoring: a comparison across protocols, experimental designs, and photographic surveys Anne Chenuil,Elyna Bouchereau,Térence Legrand,Virgile Calvert,Cécile Cheminet al. 2026 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-05557429v1
VTAM: A robust pipeline for validating metabarcoding data using internal controls Aitor González,Vincent Dubut,Emmanuel Corse,Reda Mekdad,Thomas Dechatreet al. 2021 Pré-publication, Document de travail hal-03144831v1

Communication dans un congrès (3)

Biodiversité épiphyte des feuilles de posidonie et bioconcentration de contaminants : suivi pluriannuel des herbiers de Fos, Marseille et Toulon Noëlle Sarkis,Cédric Amadéi,Hugo Amella,Bernard Angeletti,Cécile Cheminet al. Dix ans de recherches de l'Observatoire Hommes-Milieux Littoral méditerranéen sur le Littoral marseillais, OHM Littoral méditerranéen; ESPACE UMR 7300, Jun 2023, Marseille (13), France Communication dans un congrès hal-04141983v1
MOPOSys (2019-20) Micropolluants organiques dans les herbiers de posidonie et conséquences sur le fonctionnement de l'écosystème côtier Pascal Mirleau,P Doumenq,Laure Malleret,Anne Chenuil,Vincent Dubutet al. Séminaire annuel 2020 de l'OHM Littoral méditerranéen, CNRS; OHM Littoral méditerranéen, Dec 2020, En distanciel, cause Covid-19, France Communication dans un congrès hal-04651884v1
Methodology and geneticist's responsibility facing sociological aspects and specificities of a multiethnic society: The case of Reunion Island (Indian Ocean) Vincent Dubut,Thierry Malbert,François Cartault,Pascal Murail EAA 14th International Congress, Human Variability: A Bridge Between Sciences & Humanities, Sep 2004, Komotini, Greece Communication dans un congrès hal-01960572v1

Logiciel (1)

VTAM Aitor González,Vincent Dubut,Emmanuel Corse,Reda Mekdad,Thomas Dechatreet al. 2022, ⟨swh:1:dir:24c42ed09e6fcbbecb8784a393c4b7a20d58ac27;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-04463242;visit=swh:1:snp:41e0e84bd834ce2ff79a571903b4d273ef175b80;anchor=swh:1:rel:2d898090347df149afc0c89803d173a17feb695b;path=/⟩ Logiciel hal-04463242v1

Rapport (3)

Synthèse des études aprons (Zingel asper L.) en Durance 2005-2019 XIème rapport Rémi Chappaz,Georges Olivari,Bernard Barascud,André Gilles,Vincent Dubutet al. AMU - Aix Marseille Université. 2020 Rapport hal-05610735v1
Suivi scientifique du programme de restauration hydraulique et écologique du Rhône. Un observatoire dynamique de l'état écologique du fleuve. Rapport d'avancement 2015. Jean-Michel Olivier,Nicolas Lamouroux,Maxence Forcellini,Jérémie Riquier,Hervé Piégayet al. [Rapport de recherche] IRSTEA; Université Lyon 1; CNRS; Université de Genève; Université Lyon 2; Université Lyon 3; ENS de Lyon; EZUS - Université Lyon 1. 2015 Rapport (rapport de recherche) halshs-01319231v1
Suivi scientifique du programme de restauration hydraulique et écologique du Rhône. Un observatoire dynamique de l'état écologique du fleuve. Rapport d'avancement 2014. Jean-Michel Olivier,Nicolas Lamouroux,Maxence Forcellini,Jérémie Riquier,Hervé Piégayet al. [Rapport de recherche] IRSTEA; Université Lyon 1; CNRS; Université de Genève; Université Lyon 2; Université Lyon 3; ENS de Lyon; EZUS - Université Lyon 1. 2014 Rapport (rapport de recherche) halshs-01319234v1

Chapitre d'ouvrage (1)

Les origines africaines et malgaches des Réunionnais : point de vue mitochondrial. V. Dubut,P. Murail,Marie-Dominique Thionville,François Cartault Médéa (dir.). Kaf, étude puridisciplinaire, Zarlor, Sainte-Clothilde, Ile de la Réunion, pp.79-97, 2009, 978-99903-82-20-4 Chapitre d'ouvrage halshs-00434068v1