Vincent Lefort

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IdHAL :

vincentlefort

ORCID :

0000-0003-2864-4783

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Publications

Article dans une revue (17)

FAIR-Checker: supporting digital resource findability and reuse with Knowledge Graphs and Semantic Web standards Alban Gaignard,Thomas Rosnet,Frédéric de Lamotte,Vincent Lefort,Marie-Dominique Devignes Journal of Biomedical Semantics, 2023, 14 (1), pp.7. ⟨10.1186/s13326-023-00289-5⟩ Article dans une revue hal-04148181v1
Ten simple rules for switching from face-to-face to remote conference: An opportunity to estimate the reduction in GHG emissions Valentin Guignon,Catherine Breton,Jérôme J. Mariette,Francois Sabot,Julien Fumeyet al. PLoS Computational Biology, 2021, 17 (10), pp.e1009321. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009321⟩ Article dans une revue lirmm-03385026v1
NGPhylogeny.fr: new generation phylogenetic services for non-specialists Frédéric Lemoine,Damien Correia,Vincent Lefort,Olivia Doppelt-Azeroual,Fabien Mareuilet al. Nucleic Acids Research, 2019, 47 (W1), pp.W260-W265. ⟨10.1093/nar/gkz303⟩ Article dans une revue hal-02341225v1
Accounting for ambiguity in ancestral sequence reconstruction Adrien Oliva,Sylvain Pulicani,Vincent Lefort,Laurent Brehelin,Olivier Gascuelet al. Bioinformatics, 2019, 35 (21), pp.4290-4297. ⟨10.1093/bioinformatics/btz249⟩ Article dans une revue pasteur-02404399v1
WAVES: a web application for versatile enhanced bioinformatic services Marc Chakiachvili,Sylvain Milanesi,Anne-Muriel Arigon Chifolleau,Vincent Lefort Bioinformatics, 2019, 35 (11), pp.140-142. ⟨10.1093/bioinformatics/bty639⟩ Article dans une revue lirmm-01888794v1
SMS: Smart Model Selection in PhyML Vincent Lefort,Jean-Emmanuel Longueville,Olivier Gascuel Molecular Biology and Evolution, 2017, 34 (9), pp.2422-2424. ⟨10.1093/molbev/msx149⟩ Article dans une revue lirmm-01794206v1
TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction Jia-Ming Chang,Paolo Di tommaso,Vincent Lefort,Olivier Gascuel,Cedric Notredame Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W3-W6. ⟨10.1093/nar/gkv310⟩ Article dans une revue lirmm-01283940v1
FastME 2.0: A Comprehensive, Accurate, and Fast Distance-Based Phylogeny Inference Program Vincent Lefort,Richard Desper,Olivier Gascuel Molecular Biology and Evolution, 2015, 32 (10), pp.2798-2800. ⟨10.1093/molbev/msv150⟩ Article dans une revue lirmm-01283927v1
CompPhy: a web-based collaborative platform for comparing phylogenies Nicolas Fiorini,Vincent Lefort,François Chevenet,Vincent Berry,Anne-Muriel Arigon Chifolleau BMC Evolutionary Biology, 2014, 14 (1), pp.253-255. ⟨10.1186/s12862-014-0253-5⟩ Article dans une revue lirmm-01140756v1
Computational discovery of regulatory elements in a continuous expression space Mathieu Lajoie,Olivier Gascuel,Vincent Lefort,Laurent Brehelin Genome Biology, 2012, 13 (11), pp.41. ⟨10.1186/gb-2012-13-11-r109⟩ Article dans une revue lirmm-00796453v1
ReplacementMatrix: a Web Server for Maximum Likelihood Estimation of Amino Acid Replacement Rate Matrices Cao Cuong Dang,Vincent Lefort,Vinh S. Le,Quang Le Si,Olivier Gascuel Bioinformatics, 2011, 27 (19), pp.2758-2760. ⟨10.1093/bioinformatics/btr435⟩ Article dans une revue lirmm-00646393v1
New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 Stéphane Guindon,Jean-François Dufayard,Vincent Lefort,Maria Anisimova,Wim Hordijket al. Systematic Biology, 2010, 59 (3), pp.307-321. ⟨10.1093/sysbio/syq010⟩ Article dans une revue lirmm-00511784v2
Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist Alexis Dereeper,Valentin Guignon,Guillaume Blanc,Stéphane Audic,Sylvain Buffetet al. Nucleic Acids Research, 2008, 36 (Web Server), pp.W465-W469. ⟨10.1093/nar/gkn180⟩ Article dans une revue lirmm-00324099v1
PhySIC IST : cleaning source trees to infer more informative supertrees Celine Scornavacca,Vincent Berry,Vincent Lefort,Emmanuel J.P. Douzery,Vincent Ranwez BMC Bioinformatics, 2008, 9 (413), pp.1471-2105. ⟨10.1186/1471-2105-9-413⟩ Article dans une revue lirmm-00324069v1
Genomics, biogeography, and the diversification of placental mammals Derek E. Wildman,Monica Uddin,Juan C. Opazo,Guozhen Liu,Vincent Lefortet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2007, 104 (36), pp.14395-14400. ⟨10.1073/pnas.0704342104⟩ Article dans une revue lirmm-00193171v1
GPS@ bioinformatics portal: from network to EGEE grid Christophe Blanchet,Vincent Lefort,Christophe Combet,Gilbert Deléage Studies in Health Technology and Informatics, 2006, 120 (1), pp.187-193 Article dans une revue hal-00313733v1
Characterization of 43 non-protein-coding mRNA genes in Arabidopsis, including the MIR162a-derived transcripts Judith Hirsch,Vincent Lefort,Marion Vankersschaver,Adnane Boualem,Antoine Lucaset al. Plant Physiology, 2006, 140 (4), pp.1192-1204. ⟨10.1104/pp.105.073817⟩ Article dans une revue hal-00118293v1

Communication dans un congrès (1)

E-Biothon : Une plate-forme pour accélérer les recherches en biologie, santé et environnement Nicolas Bard,Sylvie Boin,François Bothorel,Philippe Chaumeil,Philippe Collinetet al. Journées SUCCES 2013, Groupe d'Interet Scientifique (GIS). FRA., Nov 2013, Paris, France Communication dans un congrès hal-00927495v1

Poster de conférence (3)

Biodiversity Genomic Data Management an IFB Initiative Clara Emery,Lucas Leclère,Eric Pelletier,Vincent Lefort,Yvan Le Braset al. JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05135435v1
FAIR-Checker : Checking and Inspecting metadata for FAIR bioinformatics resources Thomas Rosnet,F de Lamotte,Marie-Dominique Devignes,Vincent Lefort,A Gaignard Elixir AllHands 2022, Jun 2022, Amsterdam, Netherlands Poster de conférence hal-03807367v1
CompPhy v2 : une plate-forme collaborative pour visualiser et comparer des phylogénies Floréal Cabanettes,Marc Chakiachvili,Vincent Lefort,Jean-François Dufayard,Frédéric F. de Lamotteet al. JOBIM: Journées ouvertes de biologie informatique et mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. , 437 p., 2016, JOBIM 2016 Poster de conférence hal-01594479v1

Pré-publication, Document de travail (1)

CompPhy2: a flexible and real time collaborative web platform for editing and comparing phylogenies Floréal Cabanettes,Jean-François Dufayard,Vincent Berry,Vincent Lefort,Frédéric F. de Lamotteet al. 2018 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-01885401v1

Logiciel (2)

WAVES Marc Chakiachvili,Sylvain Milanesi,Anne-Muriel Arigon Chifolleau,Vincent Lefort 2019, ⟨swh:1:dir:cae9c1706f32e1121e59ee4084cf8a2f7780c663;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/lirmm-04171762;visit=swh:1:snp:2cd793d69bb88ac0c38e2f99517b966488d15f2a;anchor=swh:1:rel:cb487af0450f7a91866f3d319d41cfdb4cef324d;path=/⟩ Logiciel lirmm-04171762v1
FastME Vincent Lefort,Olivier Gascuel 2013, ⟨swh:1:dir:8c9499172d8ebea2e0981679e3e6c3b860995439;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/lirmm-04171775;visit=swh:1:snp:47b24c03bc71832f650ff3f680de373c813ea1a8;anchor=swh:1:rel:40e3645a1ecae312bb46cbe1132ef90ab9e94b6d;path=/⟩ Logiciel lirmm-04171775v1