Xavier Bailly

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Présentation

I am working on the use of high-troughput sequencing to get a better understanding on how to manage microbes that have an impact on agrnomy, through previous work on rhizobia, animal and public health, using as biological models animal and zoonotic pathogens.

I am mostly interested in :

-the impact of horizontal gene flows on the diversity of bacterial genomes

-the detection of loci associated with phenotypes of interest

-the analysis of pathogen transmission based on genetic diversity

Publications

Publications

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Development and Validation of a multi-target TaqMan qPCR method for detection of Borrelia burgdorferi sensu lato

Sébastien Masséglia , Magalie René-Martellet , Maxime Rates , Cecilia Hizo-Teufel , Volker Fingerle et al.
Journal of Microbiological Methods, 2024, 222, pp.106941. ⟨10.1016/j.mimet.2024.106941⟩
Article dans une revue hal-04440497 v2
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Spatio-temporal distribution and international context of bovine viral diarrhoea virus genetic diversity in France

Claire Lescoat , Delphine Perrotte , Séverine Barry , Elise Oden , Valentin Herbet et al.
Veterinary Research, 2024, 55 (1), pp.129. ⟨10.1186/s13567-024-01377-9⟩
Article dans une revue hal-04721177 v1
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Genome-wide phylodynamic approach reveals the epidemic dynamics of the main Mycoplasma bovis subtype circulating in France

Julien Thézé , Chloé Ambroset , Séverine Barry , Sébastien Masseglia , Adélie Colin et al.
Microbial Genomics, 2023, 9 (7), pp.mgen001067. ⟨10.1099/mgen.0.001067⟩
Article dans une revue hal-04181802 v1
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Research perspectives on animal health in the era of artificial intelligence

Pauline Ezanno , Sébastien Picault , Gaël Beaunée , Xavier Bailly , Facundo Muñoz et al.
Veterinary Research, 2021, 52 (40), ⟨10.1186/s13567-021-00902-4⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03161705 v1
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Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions

E. Lejal , J. Chiquet , J. Aubert , S. Robin , A. Estrada-Peña et al.
Microbiome, 2021, 9 (1), pp.153. ⟨10.1186/s40168-021-01051-8⟩
Article dans une revue hal-03287263 v1

Characterization of internal ribosome entry sites according to secondary structure analysis to classify border disease virus strains

Massimo Giangaspero , Falko Steinbach , Rebecca Strong , Nicola Decaro , Canio Buonavoglia et al.
Journal of Virological Methods, 2020, 275, pp.113704. ⟨10.1016/j.jviromet.2019.113704⟩
Article dans une revue hal-02937517 v1
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Differential homotypic and heterotypic interactions of antigen 43 (Ag43) variants in autotransporter-mediated bacterial autoaggregation

Valentin Ageorges , Marion Schiavone , Grégory Jubelin , Nelly Caccia , Philippe Ruiz et al.
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.11100. ⟨10.1038/s41598-019-47608-4⟩
Article dans une revue hal-02335796 v1
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Rarity of microbial species: In search of reliable associations

Arnaud Cougoul , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Patrick Gasqui
PLoS ONE, 2019, 14 (3), pp.e0200458. ⟨10.1371/journal.pone.0200458⟩
Article dans une revue hal-02622688 v1
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Phylogenetics of the <i>Spiroplasma ixodetis</i> endosymbiont reveals past transfers between ticks and other arthropods

Florian Binetruy , Xavier Bailly , Christine Chevillon , Oliver Martin , Marco Bernasconi et al.
Ticks and Tick-borne Diseases, 2019, 10 (3), pp.575-584. ⟨10.1016/j.ttbdis.2019.02.001⟩
Article dans une revue hal-02151790 v1

Contribution of nitric oxide synthase from coagulase-negative staphylococci to the development of red myoglobin derivatives

Geoffrey Ras , Xavier Bailly , Jean-Paul Chacornac , Véronique Zuliani , Patrick Derkx et al.
International Journal of Food Microbiology, 2018, 266, pp.310-316. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.11.005⟩
Article dans une revue hal-02621244 v1
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Identification of the Autochaperone Domain in the Type Va Secretion System (T5aSS): Prevalent Feature of Autotransporters with a β-Helical Passenger

Maricarmen Rojas-Lopez , Mohamed Zorgani , Lawrence Kelley , Xavier Bailly , Andrey Kajava et al.
Frontiers in Microbiology, 2018, 8, ⟨10.3389/fmicb.2017.02607⟩
Article dans une revue hal-01968806 v1

Does the impact of biodiversity differ between emerging and endemic pathogens? The need to separate the concepts of hazard and risk

Parviez R. Hosseini , James N. Mills , Anne-Hélène Prieur-Richard , Vanessa O. Ezenwa , Xavier Bailly et al.
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2017, 372 (1722), pp.20160129. ⟨10.1098/rstb.2016.0129⟩
Article dans une revue hal-01608344 v1

Molecular epidemiology of Coxiella burnetii in French livestock reveals the existence of three main genotype clusters and suggests species-specific associations as well as regional stability

Aurélien Joulié , Karim Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry et al.
Infection, Genetics and Evolution, 2017, 48, pp.142-149. ⟨10.1016/j.meegid.2016.12.015⟩
Article dans une revue hal-01608895 v1

Host specificity, pathogen exposure, and superinfections impact the distribution of Anaplasma phagocytophilum genotypes in ticks, roe deer, and livestock in a fragmented agricultural landscape

Amélie Chastagner , Angélique Pion , Hélène Verheyden , Bruno Lourtet , Bruno Cargnelutti et al.
Infection, Genetics and Evolution, 2017, 55, pp.31-44. ⟨10.1016/j.meegid.2017.08.010⟩
Article dans une revue hal-01605600 v1

Hidden Markov phylogenetic models offer an interesting perspective to identify “high risk lineages” of environmental pathogens

Xavier Bailly
Infection, Genetics and Evolution, 2017, 55, pp.45-47. ⟨10.1016/j.meegid.2017.08.007⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01605601 v1

Mapping human risk of infection with <em>Borrelia burgdorferi</em> sensu lato, the agent of Lyme borreliosis, in a periurban forest in France

Gwenaël Vourc’h , David Abrial , Séverine Bord , Maude Jacquot , Sébastien Masseglia et al.
Ticks and Tick-borne Diseases, 2016, 7, pp.644-652. ⟨10.1016/j.ttbdis.2016.02.008⟩
Article dans une revue hal-02641473 v1
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Multiple independent transmission cycles of a tick-borne pathogen within a local host community

Maude Jacquot , David Abrial , Patrick Gasqui , Severine Bord , Maude Marsot et al.
Scientific Reports, 2016, 6, pp.31273. ⟨10.1038/srep31273⟩
Article dans une revue hal-01365425 v1
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Metacommunity and phylogenetic structure determine wildlife and zoonotic infectious disease patterns in time and space

Gerardo Suzán , Gabriel García-Peña , Ivan Castro-Arellano , Oscar Rico , André Rubio et al.
Ecology and Evolution, 2015, 5 (4), pp.865-873. ⟨10.1002/ece3.1404⟩
Article dans une revue hal-02391093 v1
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Interdisciplinarity and Infectious Diseases: An Ebola Case Study

Vanessa O. Ezenwa , Anne-Hélène Prieur-Richard , Benjamin Roche , Xavier Bailly , Pierre Becquart et al.
PLoS Pathogens, 2015, 11 (8), pp.e1004992. ⟨10.1371/journal.ppat.1004992⟩
Article dans une revue hal-01223813 v1
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Bacterial genospecies that are not ecologically coherent: population genomics of <em>Rhizobium leguminosarum</em>

Nitin Kumar , Ganesh Lad , Elisa Giuntini , Maria E Kaye , Piyachat Udomwong et al.
Open Biology, 2015, 5 (1), pp.14. ⟨10.1098/rsob.140133⟩
Article dans une revue hal-02638057 v1
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Circulation of <em>Coxiella burnetii</em> in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Aurélien Joulié , K. Laroucau , Xavier Bailly , M. Prigent , Patrick Gasqui et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2015, 81 (20), pp.7253-7260. ⟨10.1128/AEM.02180-15⟩
Article dans une revue hal-02635908 v1
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Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processes.

Maude Jacquot , Mathieu Gonnet , Elisabeth Ferquel , David Abrial , Alexandre Claude et al.
PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e94384. ⟨10.1371/journal.pone.0094384⟩
Article dans une revue pasteur-01054563 v1
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Multilocus sequence analysis of <i>Anaplasma phagocytophilum</i> reveals three distinct lineages with different host ranges in clinically ill French cattle

Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand et al.
Veterinary Research, 2014, 45 (1), pp.114. ⟨10.1186/s13567-014-0114-7⟩
Article dans une revue hal-01290617 v1

A perceptual hash function to store and retrieve large scale DNA sequences

Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo
Computing Research Repository, 2014, abs/1412.5517
Article dans une revue hal-02082967 v1
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High-throughput sequence typing reveals genetic differentiation and host specialization among populations of the <em>Borrelia burgdorfer</em>i species complex that infect rodents

Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Elisabeth Ferquel et al.
PLoS ONE, 2014, 9 (2), pp.e88581. ⟨10.1371/journal.pone.0088581⟩
Article dans une revue hal-02635920 v1
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A new multiple-locus variable-number tandem repeat analysis reveals different clusters for <em>Anaplasma phagocytophilum</em> circulating in domestic and wild ruminants

Thibaud Dugat , Amélie Chastagner , Anne-Claire Lagrée , Benoit Durand , Simon Thierry et al.
Parasites & Vectors, 2014, 7, pp.439. ⟨10.1186/1756-3305-7-439⟩
Article dans une revue hal-02631660 v1
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Single genotype of Anaplasma phagocytophilum identified from ticks, Camargue, France.

Amélie Chastagner , Xavier Bailly , Agnès Leblond , Sophie Pradier , Gwenaël Vourc’h
Emerging Infectious Diseases, 2013, 19 (5), pp.825-7. ⟨10.3201/eid1905.121003⟩
Article dans une revue hal-00972552 v1

La prévalence de l’anaplamose dans le sud de la France

Agnès Leblond , Amélie Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia et al.
Bulletin Epidémiologique, 2012, 49, pp.30-31
Article dans une revue hal-02647400 v1
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Population genomics of <em>Sinorhizobium medicae</em> based on low-coverage sequencing of sympatric isolates

Xavier Bailly , Elisa Giuntini , Connor M Sexton , Ryan Pj Lower , Peter W Harrison et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2011, 5 (11), pp.1722-1734. ⟨10.1038/ismej.2011.55⟩
Article dans une revue hal-02652397 v1

Horizontal Gene Transfer and Homologous Recombination Drive the Evolution of the Nitrogen-Fixing Symbionts of Medicago Species

Xavier Bailly , Isabelle Olivieri , Brigitte Brunel , Jean-Claude Cleyet-Marel , Gilles Bena
Journal of Bacteriology, 2007, 189 (14), pp.5223-5236. ⟨10.1128/JB.00105-07⟩
Article dans une revue halsde-00322137 v1

Recombination and selection shape the molecular diversity pattern of nitrogen-fixing Sinorhizobium sp associated to Medicago

Xavier Bailly , Isabelle Olivieri , Stéphane de Mita , Jean-Claude Cleyet-Marel , Gilles Béna
Molecular Ecology, 2006, 15 (10), pp.2719-2734. ⟨10.1111/j.1365-294X.2006.02969.x⟩
Article dans une revue istex halsde-00261482 v1

Genomic epidemiology of Pestivirus bovis unravels different genotype circulation dynamics in France

Claire Lescoat , Florence Exbrayat-Vinson , Séverine Barry , Gael Beaunée , Simon Dellicour et al.
Virus Genomics, Evolution and Bioinformatics 2024, Nov 2024, Cambridge (Angleterre), United Kingdom
Communication dans un congrès hal-04984771 v1
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Prevalence of Borrelia burgdorferi genospecies in Ixodes ricinus ticks: models for surveillance and prevention based on the French citizen science program CiTIOUE Vector-borne diseases

Thierno Madiou Bah , Jonas Durand , Arnaud Cougoul , Thomas Optiz , Pascale Frey-Klett et al.
Journées d'animation scientifique, Département Santé animale, Sep 2024, Seignosse, France
Communication dans un congrès hal-04739916 v1
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Influence of birth mode and pre- and post-biotic supplementation on the fecal microbiota: a randomized controlled trial in Charolais calves

Melanie Save , Claire A.M. Becker , Anaïs Bompard , Bertrand Guin , Séverine Barry et al.
European Buiatrics Congress and ECBHM Jubilee Symposium 2023, Aug 2023, Berlin, Germany. pp.34-?
Communication dans un congrès hal-04202057 v1

Influence du mode de naissance et d’une complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal du veau nouveau-né

Mélanie Save , Bertrand Guin , Anaïs Bompard , Séverine Barry , Emilie Bard et al.
Journée des GTV BFC, Oct 2023, Beaune, France
Communication dans un congrès hal-04652434 v1

Des tiques dans les maisons ? Un faisceau de preuves et de nouvelles questions grâce aux citoyens

Jonas Durand , Irene Carravieri , Sandrine Warion , Aloïs Chevalier , Julien Marchand et al.
18. Réunion annuelle du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT), Sep 2023, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-04217367 v1

Dynamiques des écosystèmes microbiens et gestion des mammites

Anaïs Bompard , Hélène Lirot , Patrick Gasqui , Xavier Bailly
90e congrès de l'ACFAS, May 2023, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-04224085 v1

Influence du mode de naissance et de la complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal : étude chez le veau charolais

Melanie Save , Bertrand Guin , Anaïs Bompard , Emilie Bard , Bernard Schmitt et al.
Journée technique GTV BFC, Nov 2022, Beaune (Côte d'or, France), France
Communication dans un congrès hal-04237925 v1

Implication du chevreuil dans le risque acarologique

Florian Berland , Philippe Sarazin , Matthieu Bastien , Combes Benoit , Thierry Boulinier et al.
Journées Tiques et Maladies à Tiques, Mar 2022, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-03634383 v1
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Impact des communautés bactériennes et de leur pilotage dans la gestion des mammites chez la vache laitière : présentation du projet « EcoSA »

Hélène Lirot , Patrick Gasqui , Laurent Crespin , Xavier Bailly , Anaïs Bompard
Glande mammaire lait / Glactinnov, INRAE; Galactinnov; L'institut agro Rennes Angers, Nov 2022, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03845350 v1
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Fièvre Q : état d'avancement du projet EXPAIRCOX sur les risques de transmission et la perception de ces risques

Marc Tabouret , Michaël Treilles , Raphaël Lamothe , Karine Sommier , Racquel Ceniceros et al.
Comité Technique du Cluster REXCAP «Etat des lieux et enjeux sanitaires en filière caprine en Grand Ouest », Mar 2021, A distance, France
Communication dans un congrès hal-03164663 v1

Projet transdisciplinaire EXPAIRCOX : études épidémiologiques et sociologiques dans une région régulièrement confrontée à la fièvre Q

Elsa Jourdain , Marc Tabouret , Michaël Treilles , Patrice Cayre , Raphaël Lamothe et al.
Webinaire Pilotage de la santé des ruminants, Oct 2021, A distance, France
Communication dans un congrès hal-04987912 v1
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Surveillance des maladies infectieuses émergentes : perspectives sur la gestion des données et leur analyse

Xavier Bailly
Semaine collaborative du pôle de compétitivité LyonBiopôle, Oct 2021, Lyon, France. pp.10 slides
Communication dans un congrès hal-04977273 v1
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Suivi dans le temps et l’espace des agents pathogènes d’origine animale

Xavier Bailly
Les rencontres de l'Inra au salon de l'agriculture, Feb 2019, Paris, France. pp.8 slides
Communication dans un congrès hal-04977247 v1

Limits of statistical detection of microbial associations from metagenomic data

Arnaud Cougoul , Patrick Gasqui , Gwenaël Vourc’h , Xavier Bailly
Pathobiome 2018, Mar 2018, Ajaccio, France
Communication dans un congrès hal-02737034 v1

Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their vertebrate reservoir hosts?

Suzanne Bastian , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Alain Butet , Amélie Chastagner et al.
Pathobiome 2018, Mar 2018, Ajaccio, France. 55 p
Communication dans un congrès hal-02737137 v1

Influence de la spécificité d’hôte, de l’expositon et des modalités de sur-infection sur la distribution des génotypes d’<em>Anaplasma phagocytophilum</em> dans les tiques et les chevreuils d’un paysage fragmenté

Amélie Chastagner , Angélique Pion , Hélène Verheyden , Bruno Lourtet , Bruno Cargnelutti et al.
Réunion du groupe « Tiques et Maladies à Tiques » (TMT), Mar 2018, Laschamps - Saint Genes Champanelle, France
Communication dans un congrès hal-02737908 v1

Limits of statistical detection of microbial associations from 29 metagenomic data

Arnaud Cougoul , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Patrick Gasqui
Pathobiome 2018 "Pathogens in Microbiotas in Hosts", Mar 2018, Ajaccio, France
Communication dans un congrès hal-02737255 v1

Taking into account the spatial heterogeneity of agricultural landscapes to explain densities and movements of Ixodes ricinus and prevalence of its associated pathogens

Olivier Plantard , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Thierry Hoch , Elsa Quillery et al.
9. Tick and Tick-borne Pathogen Conference & 1st Asia Pacific Rickettsia Conference, Aug 2017, Cairns, Australia. 140 p
Communication dans un congrès hal-02737044 v1
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PSH-DB, un système clé-valeur permettant l'indexation et la recherche de séquences ADN

Jocelyn de Goër , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
BDAA 2017, 33ème conférence sur la Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications,, Nov 2017, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-02089127 v1

Plusieurs groupes génétiques d’Anaplasma phagocytophilum sont à l’origine de l’anaplasmose granulocytaire chez les animaux domestiques

Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand et al.
23. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2016, Paris, France. 376 p
Communication dans un congrès hal-02743559 v1

16S rRNA amplicon sequencing for the surveillance of bacterial zoonoses in ticks and rodents, with potential interest for the discovery of new epidemiological cycles affecting animals and/or humans

Jean-Francois J.-F. Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Sara Moutailler , Adrien Blisnick et al.
6. Journées d’étude du pôle Santé et Société : Agents infectieux et vaccins chez l’homme et l’animal, Mar 2016, Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, Maisons-Alfort, France
Communication dans un congrès hal-02742768 v1

Le projet Oscar : prendre en compte l'hétérogénéité spatiale du paysage pour comprendre les déterminants de la distribution du risque lié aux maladies à tiques

Olivier Plantard , David Abrial , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Suzanne Bastian et al.
13. Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale (JAS), May 2016, Poitiers, France
Communication dans un congrès hal-02800337 v1

<i>Coxiella burnetii</i> circulation in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Aurélien Joulié , K. Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry et al.
MedVetNet sponsored Symposium: current findings in Q fever, Apr 2016, Brussels, Belgium. pp.16 slides
Communication dans un congrès hal-02743290 v1

Plusieurs cycles de l'agent de l'anaplasmose granucolcytaire (<em>Anaplasma phagocytophilum</em>) coexistent : apport des données de séquençage

Amelie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand et al.
Journées d'animation scientifique du département Santé Animale Edition 2016, May 2016, Poitiers, France
Communication dans un congrès hal-02800790 v1

Les caractéristiques d'un paysage agricole influencent-elles la relation rongeur-tique ?

Amélie Chastagner , Gwenaël Vourc’h , T. Dugat , Hélène Verheyden , Laurent Legrand et al.
Réunion annuel du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT) du Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID), Mar 2015, Montferrier sur Lez, France
Communication dans un congrès hal-02417303 v1
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Metagenomics reveals shared bacterial communities in ticks and rodents with potential interest for new epidemiological cycles affecting animals and/or humans

Jean-François Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Nathalie Charbonnel , Maria Razzauti et al.
2. Conference on Neglected Vectors and Vector-Borne Diseases (EurNegVec): with MC and WG Meeting of the COST Action TD1303, Mar 2015, Izmir, Turkey
Communication dans un congrès hal-02740308 v1

Circulation de <em>Coxiella burnetii</em> dans un troupeau ovin lait naturellement infecté dynamiques d'excrétion, contamination environnementale et diversité génotypique

Aurélien Joulié , K. Laroucau , Xavier Bailly , M. Prigent , E. Rousset et al.
22. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2015, Paris, France. pp.143-146
Communication dans un congrès hal-02741957 v1

A mapping tool to evaluate the impact of global change on tick-borne disease risk in European agricultural landscapes

Olivier Plantard , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Laurence Malandrin , Thierry Hoch et al.
3e Conférence « Global Climate Smart Agriculture », Mar 2015, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-01169433 v1

Diversité génétique d’<em>Anaplama phagocytophilum</em>, agent de l’anaplasmose granulocytaire, - Conséquences épidémiologiques et implications pour le contrôle en France

Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Renaud Maillard et al.
Académie Vétérinaire de France, Jan 2015, Paris, France. pp.35 slides
Communication dans un congrès hal-02795572 v1

L’introduction de l’écureuil de Corée (<em>Tamias sibiricus</em>) en Ile-de-France : rôle dans le risque de transmission de la borreliose de Lyme en Forêt de Sénart

Gwenaël Vourc’h , Maud Marsot , Maude Jacquot , Benoit Pisanu , Patrick Gasqui et al.
Colloque de lancement du GdR ‘INVASIONS BIOLOGIQUES’, Oct 2014, Rennes, France. pp.23 slides
Communication dans un congrès hal-02793685 v1

Différenciation génétique entre les bactéries du complexe d'espèce <em>Borrelia burgdorferi</em> infectant trois espèces de petits mammifères en forêt péri-urbaine

Maude Jacquot , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , E. Ferquel et al.
Journées d'Animation Scientifique du département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde, France
Communication dans un congrès hal-02806537 v1

Indexation de séquences d'ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
12. Workshop SeqBio 2013, Nov 2013, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02748418 v1

Différenciation génétique et circulation des bactéries du complexe d'espèces <em>Borrelia burgdorferi</em>

Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Sébastien Masseglia et al.
Journées d'Animation Scientifique du département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde (France), 15-18/10/2013, France. pp.29 slides
Communication dans un congrès hal-02806575 v1

Evolution of the tick-borne pathogen <em>Borrelia burgdorferi</em>

Xavier Bailly
NIH-RAPIDD workshops: Slow evolving pathogens, Sep 2013, Glasgow, United Kingdom. pp.18 slides
Communication dans un congrès hal-02802409 v1

Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NOSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
Journées d'animation scientifique du Département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde, France
Communication dans un congrès hal-02745443 v1

Étude de la différenciation entre les populations du complexe d'espèce<em> Borrelia burgdorferi</em> infectant trois espèces de petits mammifères en forêt de Sénart

Maude Pithon , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , Jean - Louis Chapuis et al.
Réunion Tiques & Maladies à Tiques, Nov 2012, Laschamps - Saint Genès Champanelle, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02809787 v1

Identification de gènes diagnostic chez les Rhizobium leguminosarum à l'aide de la grille informatique sous l'environnement WISDOM

Sébastien Guizard , Matthieu Reichstadt , Xavier Bailly
Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France. 5 p
Communication dans un congrès hal-02802050 v1

Génomique des populations des bactéries du complexe <em>Borrelia burgdorferi sl</em>

Mathieu Gonnet , David Abrial , Elisabeth Ferquel , Alexandre Claude , Patrick Gasqui et al.
Journées d'Animation Scientifique du Département Santé Animale, May 2011, Fréjus, France. pp.17 slides
Communication dans un congrès hal-02806542 v1

Ecoepidemiology of <em>Anaplasma phagocytophylum</em> in horses in France

Agnès Leblond , Amelie Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia et al.
12. Congrès de la WEVA (World Equine Veterinary Association), Nov 2011, Hyderabad, India. 2 p
Communication dans un congrès hal-02803818 v1

Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in horses in France

Agnès Leblond , Amélie Pierrette Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia et al.
12. Congress of the WEVA (World Equine Veterinary Association), Nov 2011, Hyderabad, India
Communication dans un congrès hal-04441342 v1

Dynamique temporelle de l’infection des petits rongeurs par<em> Borrelia burgdorferi</em> sl en forêt de Sénart

Maud Marsot , Julie Marmet , Sébastien Masseglia , Patrick Gasqui , Xavier Bailly et al.
6. Rencontre des Microbiologistes du pôle Clermontois : « Les microorganismes : de l'environnement à la santé », Mar 2009, Clermont-Ferrand, France. pp.19 slides
Communication dans un congrès hal-02818945 v1
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Is Citizen Science an Effective Tool for Lyme Borreliosis Surveillance ?

Thierno Bah Madiou , Jonas Durand , Arnaud Cougoul , Thomas Optiz , Pascale Frey-Klett et al.
23. European Society for Vector Ecology Conference, Oct 2024, Montpellier, France. , pp.241, 2024, Book of abstracts - 23rd European Society for Vector Ecology Conference
Poster de conférence hal-04759876 v1
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Associations et interactions des pathogènes du lait et leurs impacts le risque de mammites chez la vache laitière

Hélène Lirot , Patrick Gasqui , Laurent Crespin , Xavier Bailly , Anaïs Bompard
Journées d'animation scientifique, Sep 2024, Seignosse (40), France. , Livret des JAS, pp.28, Livret des JAS
Poster de conférence hal-04739294 v1
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Influence du mode de naissance et d’une complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal du veau nouveau-né

Mélanie Save , Bertrand Guin , Anaïs Bompard , Séverine Barry , Emilie Bard et al.
Journées nationales des GTV, May 2023, Poitiers, France
Poster de conférence hal-04236595 v1
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qPCR- and genomic-based determination of IS1111 copy numbers suggests an impact of Coxiella burnetii genotypic diversity on Q fever diagnosis and epidemiological studies in ruminants

Aminah A. Keliet , Xavier Bailly , Aurélien Joulié , Aurore Fourcot , Séverine Barry et al.
ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR), Aug 2022, Lausanne, Switzerland. , pp.#160
Poster de conférence hal-03758053 v1
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Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different lineages in Europe

Aminah A. Keliet , Karim Sidi-Boumedine , Elsa Jourdain , Richard Thiéry , Elodie Rousset et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France.
Poster de conférence hal-03767741 v1
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CiTIQUE : un programme de science et recherche participative pour caractériser et prévenir le risque tique en France

Jonas Durand , Philippe Lecomte , Irene Carravieri , Clemence Galon , Julien Marchand et al.
Journées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France.
Poster de conférence hal-03837247 v1
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Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different line ages in Europe

Aminah A. Keliet , Karim Sidi-Boumedine , Elsa Jourdain , Richard Thiéry , Elodie Rousset et al.
Journées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France.
Poster de conférence hal-03845604 v1

Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their verterbrate reservoir hosts?

Suzanne Bastian , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Alain Butet , Amélie Chastagner et al.
Pathobiome 2018 “Pathogens in microbiota in hosts”, Mar 2018, Ajaccio, France
Poster de conférence hal-02418162 v1

PSH-DB, a key-value system to index and retrieve biological DNA sequences

Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo
10th Extremely Large Databases Conference, Oct 2017, Clermont-Ferrand, France
Poster de conférence hal-02082801 v1

Le projet "Britick Islands" : les îles bretonnes comme laboratoires naturels pour étudier l'influence de la composition des communautés d'hôtes-vertébrés sur celles des tiques et des microorganismes hébergés/transmis

Olivier Plantard , Alain Butet , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Thierry Hoch et al.
13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES", Mar 2017, Nantes, France. 13ème ed., 17 p., 2017, 13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES"
Poster de conférence hal-01602786 v1

Une nouvelle approche de comparaison de séquences ADN à l’aide d’une fonction de hachage perceptuel

Jocelyn de Goër de Herve , Hayfa Azibi , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France. 2016
Poster de conférence hal-02082749 v1

Molecular epidemiology of <em>Coxiella burnetii</em> reveals the circulation of three main genotype clusters in French ruminants farms

Aurélien Joulié , K. Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry et al.
Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM), Mar 2016, Elsinore, Denmark. 2016
Poster de conférence hal-02800488 v1

Metagenomics highlights new epidemiological cycles between ticks and rodents

Jean-Francois J.-F. Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Maria Razzauti , Emilie Bard et al.
International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015
Poster de conférence hal-02798965 v1

Indexation et comparaison de séquences ADN à partir d'une fonction de hachage perceptuel

Jocelyn de Goer de Herve , Hayfa Azibi , Myoung-Ah Kang , Samir Zghal , Xavier Bailly et al.
16. JournéesOuvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM2015), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p., 2015
Poster de conférence hal-02800510 v1

Role of the introduced Siberian chipmunk (<em>Tamias sibiricus</em>) on the risk of exposure to Lyme borreliosis in a periurban forest (Sénart, Ile-de-France)

Gwenaël Vourc’h , Maud Marsot , Maude Jacquot , Benoit Pisanu , Patrick Gasqui et al.
International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015
Poster de conférence hal-02792881 v1

Identifying the last bloodmeal of questing wood tick nymphs (<em>Ixodes ricinus L.</em>) by DNA amplification: three approaches tested

M. Collini , H. C. Hauffe , Sébastien Masseglia , F. Albonico , D. Arnoldi et al.
International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015
Poster de conférence hal-02798877 v1

Genetic diversity study of <em>Anaplasma phagocytophilum</em> circulating in domestic and wild ruminants in France by Multiple-Locus Variable-number tandem repeat Analysis

Thibaud Dugat , Amelie Chastagner , Doria Haciane , Anne-Claire Lagrée , B. Durand et al.
25. International Congress on Rickettsia and Other Intracellular Bacteria, Jun 2015, Lausanne, Switzerland. 2015
Poster de conférence hal-02799841 v1

Several Anaplasma phagocytophilum epidemiological cycles in France revealed by sequencing

Amélie Chastagner , Gwenaël Vourc’h , T. Dugat , Hélène Verheyden , Laurent Legrand et al.
Conference GERI Genes, Ecosystems and Risk of Infection, Apr 2015, Heraklion, Greece. , 2015
Poster de conférence hal-01169445 v1

A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence

Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo
ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France
Poster de conférence hal-02082793 v1

Three clusters of <em>Anaplasma phagocytophilum</em> isolates from clinical cases of French domestic animals revealed by multi-locus sequence analysis

Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand et al.
8. International meeting of Ticks and tick-borne pathogens (TTP 8), Aug 2014, Cap Town, South Africa. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02796868 v1

A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
3. European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. 2014
Poster de conférence hal-02795025 v1

Eco-epidemiology of <em>Anaplasma phagocytophilum</em> in the south of France

Agnès Leblond , Amelie Chastagner , S. Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia et al.
6. International Meeting on Emerging Diseases (IMED), Feb 2013, Vienna, Austria. 1 p., 2013
Poster de conférence hal-02802260 v1

Genetic differentiation among the <em>Borrelia burgdorferi</em> species complex that infect small mammals in a peri-urban forest

Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Sébastien Masseglia et al.
10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013
Poster de conférence hal-02806536 v1

Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
29. Journées "Bases de Données Avancées" (BDA), Oct 2013, Nantes, France. 1 p., 2013
Poster de conférence hal-02810171 v1

Development of new markers for the characterization of <em>Anaplasma phagocytophilum</em> by MLST

Amelie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand et al.
10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013
Poster de conférence hal-02810017 v1

Approche métagénomique de la diversité des protozoaires (<em> Apicomplexa, Piroplasmidés</em>) transmis par les tiques<em> Ixodes ricinus</em> dans une forêt urbaine

Suzanne Bastian , Maggy Jouglin , Agnès Bouju-Albert , Xavier Bailly , Laurence Malandrin
2. Colloque de Génomique Environnementale (GE), Nov 2013, Rennes, France. 2013
Poster de conférence hal-02749944 v1

Development of a multiple locus VNTR analysis for <em>Anaplasma phagocytophilum</em>

Thibaud Dugat , Amelie Chastagner , R. Maillard , Agnès Leblond , Gwenaël Vourc’h et al.
10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013
Poster de conférence hal-02805917 v1

Stockage, indexation et comparaison d’une grande quantité de données génomiques à l’aide d’algorithmes de traitement d’images dans un environnement d’exécution NoSQL et GPU

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
Journées de l'Ecole Doctorale des Sciences Pour l’Ingénieur (EDSPI), Jun 2013, Fréjus, France. 1 p., 2013
Poster de conférence hal-02803574 v1

Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in the south of France

Agnès Leblond , Amélie Pierrette Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia et al.
6. International Meeting on Emerging Diseases, Feb 2013, Vienna, Austria. , 2013
Poster de conférence hal-04441636 v1

Caractérisation de cycles épidémiologiques de <em>Borrelia burgdorferi</em> sl par approche moléculaire

Maude Pithon , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , Jean - Louis Chapuis et al.
Journées des Microbiologistes de l'INRA, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. 1 p., 2012
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