Xavier Bailly
Présentation
I am working on the use of high-troughput sequencing to get a better understanding on how to manage microbes that have an impact on agrnomy, through previous work on rhizobia, animal and public health, using as biological models animal and zoonotic pathogens. I am mostly interested in : -the impact of horizontal gene flows on the diversity of bacterial genomes -the detection of loci associated with phenotypes of interest -the analysis of pathogen transmission based on genetic diversity
Publications
Publications
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Is Citizen Science an Effective Tool for Lyme Borreliosis Surveillance ?ESOVE 2024 - 23. European Society for Vector Ecology Conference, Oct 2024, Montpellier, France. , pp.241, 2024, Book of abstracts - 23rd European Society for Vector Ecology Conference |
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Associations et interactions des pathogènes du lait et leurs impacts le risque de mammites chez la vache laitièreJournées d'animation scientifique, Sep 2024, Seignosse (40), France. , Livret des JAS, pp.28, Livret des JAS |
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Influence du mode de naissance et d’une complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal du veau nouveau-néJournées nationales des GTV, May 2023, Poitiers, France |
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qPCR- and genomic-based determination of IS1111 copy numbers suggests an impact of Coxiella burnetii genotypic diversity on Q fever diagnosis and epidemiological studies in ruminantsESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR), Aug 2022, Lausanne, Switzerland. , pp.#160 |
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Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different lineages in EuropeJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. |
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CiTIQUE : un programme de science et recherche participative pour caractériser et prévenir le risque tique en FranceJournées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France. |
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Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different line ages in EuropeJournées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France. |
Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their verterbrate reservoir hosts?Pathobiome 2018 “Pathogens in microbiota in hosts”, Mar 2018, Ajaccio, France |
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PSH-DB, a key-value system to index and retrieve biological DNA sequences10th Extremely Large Databases Conference, Oct 2017, Clermont-Ferrand, France |
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Le projet "Britick Islands" : les îles bretonnes comme laboratoires naturels pour étudier l'influence de la composition des communautés d'hôtes-vertébrés sur celles des tiques et des microorganismes hébergés/transmis13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES", Mar 2017, Nantes, France. 13ème ed., 17 p., 2017, 13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES" |
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Molecular epidemiology of <em>Coxiella burnetii</em> reveals the circulation of three main genotype clusters in French ruminants farmsSociety for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM), Mar 2016, Elsinore, Denmark. 2016 |
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Une nouvelle approche de comparaison de séquences ADN à l’aide d’une fonction de hachage perceptuelJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France. 2016 |
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Metagenomics highlights new epidemiological cycles between ticks and rodentsInternational conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 |
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Indexation et comparaison de séquences ADN à partir d'une fonction de hachage perceptuel16. JournéesOuvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM2015), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p., 2015 |
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Role of the introduced Siberian chipmunk (<em>Tamias sibiricus</em>) on the risk of exposure to Lyme borreliosis in a periurban forest (Sénart, Ile-de-France)International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 |
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Identifying the last bloodmeal of questing wood tick nymphs (<em>Ixodes ricinus L.</em>) by DNA amplification: three approaches testedInternational conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 |
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Genetic diversity study of <em>Anaplasma phagocytophilum</em> circulating in domestic and wild ruminants in France by Multiple-Locus Variable-number tandem repeat Analysis25. International Congress on Rickettsia and Other Intracellular Bacteria, Jun 2015, Lausanne, Switzerland. 2015 |
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Several Anaplasma phagocytophilum epidemiological cycles in France revealed by sequencingConference GERI Genes, Ecosystems and Risk of Infection, Apr 2015, Heraklion, Greece. , 2015 |
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A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequenceECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France |
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Three clusters of <em>Anaplasma phagocytophilum</em> isolates from clinical cases of French domestic animals revealed by multi-locus sequence analysis8th International meeting of Ticks and tick-borne pathogens (TTP 8), Aug 2014, Cape Town, South Africa. 1 p., 2014 |
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A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence3. European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. 2014 |
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Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in the south of France6. International Meeting on Emerging Diseases, Feb 2013, Vienna, Austria. , 2013 |
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Development of new markers for the characterization of <em>Anaplasma phagocytophilum</em> by MLST10th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 |
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Approche métagénomique de la diversité des protozoaires (<em> Apicomplexa, Piroplasmidés</em>) transmis par les tiques<em> Ixodes ricinus</em> dans une forêt urbaine2. Colloque de Génomique Environnementale (GE), Nov 2013, Rennes, France. 2013 |
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Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel29. Journées "Bases de Données Avancées" (BDA), Oct 2013, Nantes, France. 1 p., 2013 |
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Development of a multiple locus VNTR analysis for <em>Anaplasma phagocytophilum</em>10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 |
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Genetic differentiation among the <em>Borrelia burgdorferi</em> species complex that infect small mammals in a peri-urban forest10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 |
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Eco-epidemiology of <em>Anaplasma phagocytophilum</em> in the south of France6. International Meeting on Emerging Diseases (IMED), Feb 2013, Vienna, Austria. 1 p., 2013 |
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Stockage, indexation et comparaison d’une grande quantité de données génomiques à l’aide d’algorithmes de traitement d’images dans un environnement d’exécution NoSQL et GPUJournées de l'Ecole Doctorale des Sciences Pour l’Ingénieur (EDSPI), Jun 2013, Fréjus, France. 1 p., 2013 |
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Caractérisation de cycles épidémiologiques de <em>Borrelia burgdorferi</em> sl par approche moléculaireJournées des Microbiologistes de l'INRA, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. 1 p., 2012 |
Entretien spécial coronavirus : Comment démarre une épidémie ?2020 |
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Raw sequencing data of Anaplasma phagocytophilum loci (ankA, msp4, groEL) obtained from 454 and parameter files to clean these data using MOTHUR.Autre publication scientifique hal-01608891v1 |
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Infection rate of Borrelia burgdorferi genospecies in human-biting Ixodes ricinus ticks: models for surveillance based on the French citizen science programme CiTIQUE2025 |
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MAGMA: inference of sparse microbial association networks2020 |
Demande d’«évaluation des modalités de surveillance et de lutte contre l’infection par le complexe Mycobacterium tuberculosis des cheptels caprins en Corse » - Mesures d’assainissement préconisées en cas d’infection d’un cheptel caprinSaisine n°2023-SA-0146, Anses. 2024, 79 p |
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Évaluation des impacts sur la santé publique de la dynamique des populations de renardsSaisine n°2022-SA-0049, Anses. 2023, 200 p |
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Des études de diversité des bactéries d'intérêt agronomique, vétérinaire et médical aux perspectives de gestionSciences du Vivant [q-bio]. Université Clermont Auvergne (UCA), Clermont-Ferrand, FRA., 2020 |
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Les données sur les tiques : Quelles données ? Quelle utilisation ? Quel devenirÉcole thématique. En Ligne, France. 2023, 76 p |