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Xavier Bailly

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Presentation

I am working on the use of high-troughput sequencing to get a better understanding on how to manage microbes that have an impact on agrnomy, through previous work on rhizobia, animal and public health, using as biological models animal and zoonotic pathogens. I am mostly interested in : -the impact of horizontal gene flows on the diversity of bacterial genomes -the detection of loci associated with phenotypes of interest -the analysis of pathogen transmission based on genetic diversity

Publications

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Genome-wide phylodynamic approach reveals the epidemic dynamics of the main Mycoplasma bovis subtype circulating in France

Julien Thézé , Chloé Ambroset , Séverine Barry , Sébastien Masseglia , Adélie Colin
Microbial Genomics, 2023, 9 (7), ⟨10.1099/mgen.0.001067⟩
Journal articles hal-04181802v1
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Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions

E. Lejal , J. Chiquet , J. Aubert , S. Robin , A. Estrada-Peña
Microbiome, 2021, 9 (1), pp.153. ⟨10.1186/s40168-021-01051-8⟩
Journal articles hal-03287263v1
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Research perspectives on animal health in the era of artificial intelligence

Pauline Ezanno , Sébastien Picault , Gaël Beaunée , Xavier Bailly , Facundo Muñoz
Veterinary Research, 2021, 52 (40), ⟨10.1186/s13567-021-00902-4⟩
Journal articles hal-03161705v1

Characterization of internal ribosome entry sites according to secondary structure analysis to classify border disease virus strains

Massimo Giangaspero , Falko Steinbach , Rebecca Strong , Nicola Decaro , Canio Buonavoglia
Journal of Virological Methods, 2020, 275, pp.113704. ⟨10.1016/j.jviromet.2019.113704⟩
Journal articles hal-02937517v1
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Phylogenetics of the Spiroplasma ixodetis endosymbiont reveals past transfers between ticks and other arthropods

Florian Binetruy , Xavier Bailly , Christine Chevillon , Oliver Martin , Marco Bernasconi
Ticks and Tick-borne Diseases, 2019, 10 (3), pp.575-584. ⟨10.1016/j.ttbdis.2019.02.001⟩
Journal articles hal-02151790v1
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Rarity of microbial species: In search of reliable associations

Arnaud Cougoul , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Patrick Gasqui
PLoS ONE, 2019, 14 (3), pp.e0200458. ⟨10.1371/journal.pone.0200458⟩
Journal articles hal-02622688v1
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Differential homotypic and heterotypic interactions of antigen 43 (Ag43) variants in autotransporter-mediated bacterial autoaggregation

Valentin Ageorges , Marion Schiavone , Grégory Jubelin , Nelly Caccia , Philippe Ruiz
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.11100. ⟨10.1038/s41598-019-47608-4⟩
Journal articles hal-02335796v1
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Identification of the Autochaperone Domain in the Type Va Secretion System (T5aSS): Prevalent Feature of Autotransporters with a β-Helical Passenger

Maricarmen Rojas-Lopez , Mohamed Zorgani , Lawrence Kelley , Xavier Bailly , Andrey Kajava
Frontiers in Microbiology, 2018, 8, ⟨10.3389/fmicb.2017.02607⟩
Journal articles hal-01968806v1

Contribution of nitric oxide synthase from coagulase-negative staphylococci to the development of red myoglobin derivatives

Geoffrey Ras , Xavier Bailly , Jean-Paul Chacornac , Véronique Zuliani , Patrick Derkx
International Journal of Food Microbiology, 2018, 266, pp.310-316. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.11.005⟩
Journal articles hal-02621244v1

Hidden Markov phylogenetic models offer an interesting perspective to identify “high risk lineages” of environmental pathogens

Xavier Bailly
Infection, Genetics and Evolution, 2017, 55, pp.45-47. ⟨10.1016/j.meegid.2017.08.007⟩
Journal articles hal-01605601v1

Host specificity, pathogen exposure, and superinfections impact the distribution of Anaplasma phagocytophilum genotypes in ticks, roe deer, and livestock in a fragmented agricultural landscape

Amélie Chastagner , Angélique Pion , Hélène Verheyden , Bruno Lourtet , Bruno Cargnelutti
Infection, Genetics and Evolution, 2017, 55, pp.31-44. ⟨10.1016/j.meegid.2017.08.010⟩
Journal articles hal-01605600v1

Does the impact of biodiversity differ between emerging and endemic pathogens? The need to separate the concepts of hazard and risk

Parviez R. Hosseini , James N. Mills , Anne-Hélène Prieur-Richard , Vanessa O. Ezenwa , Xavier Bailly
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2017, 372 (1722), pp.20160129. ⟨10.1098/rstb.2016.0129⟩
Journal articles hal-01608344v1

Molecular epidemiology of Coxiella burnetii in French livestock reveals the existence of three main genotype clusters and suggests species-specific associations as well as regional stability

Aurélien Joulié , Karim Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry
Infection, Genetics and Evolution, 2017, 48, pp.142-149. ⟨10.1016/j.meegid.2016.12.015⟩
Journal articles hal-01608895v1
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Multiple independent transmission cycles of a tick-borne pathogen within a local host community

Maude Jacquot , David Abrial , Patrick Gasqui , Severine Bord , Maude Marsot
Scientific Reports, 2016, 6, pp.31273. ⟨10.1038/srep31273⟩
Journal articles hal-01365425v1

Mapping human risk of infection with Borrelia burgdorferi sensu lato, the agent of Lyme borreliosis, in a periurban forest in France

Gwenaël Vourc’h , David Abrial , Séverine Bord , Maude Jacquot , Sébastien Masseglia
Ticks and Tick-borne Diseases, 2016, 7, pp.644-652. ⟨10.1016/j.ttbdis.2016.02.008⟩
Journal articles hal-02641473v1
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Interdisciplinarity and Infectious Diseases: An Ebola Case Study

Vanessa O. Ezenwa , Anne-Hélène Prieur-Richard , Benjamin Roche , Xavier Bailly , Pierre Becquart
PLoS Pathogens, 2015, 11 (8), pp.e1004992. ⟨10.1371/journal.ppat.1004992⟩
Journal articles hal-01223813v1
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Metacommunity and phylogenetic structure determine wildlife and zoonotic infectious disease patterns in time and space

Gerardo Suzán , Gabriel García-Peña , Ivan Castro-Arellano , Oscar Rico , André Rubio
Ecology and Evolution, 2015, 5 (4), pp.865-873. ⟨10.1002/ece3.1404⟩
Journal articles hal-02391093v1

Circulation of Coxiella burnetii in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Aurelien Joulie , K. Laroucau , Xavier Bailly , M. Prigent , Patrick Gasqui
Applied and Environmental Microbiology, 2015, 81 (20), pp.7253-7260. ⟨10.1128/AEM.02180-15⟩
Journal articles hal-02635908v1
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Bacterial genospecies that are not ecologically coherent: population genomics of Rhizobium leguminosarum

Nitin Kumar , Ganesh Lad , Elisa Giuntini , Maria E Kaye , Piyachat Udomwong
Open Biology, 2015, 5 (1), pp.14. ⟨10.1098/rsob.140133⟩
Journal articles hal-02638057v1

A perceptual hash function to store and retrieve large scale DNA sequences

Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo
CoRR, 2014, abs/1412.5517
Journal articles hal-02082967v1
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A new multiple-locus variable-number tandem repeat analysis reveals different clusters for Anaplasma phagocytophilum circulating in domestic and wild ruminants

Thibaud Dugat , Amélie Chastagner , Anne-Claire Lagrée , Benoit Durand , Simon Thierry
Parasites & Vectors, 2014, 7, pp.439. ⟨10.1186/1756-3305-7-439⟩
Journal articles hal-02631660v1
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High-throughput sequence typing reveals genetic differentiation and host specialization among populations of the Borrelia burgdorferi species complex that infect rodents

Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Elisabeth Ferquel
PLoS ONE, 2014, 9 (2), pp.e88581. ⟨10.1371/journal.pone.0088581⟩
Journal articles hal-02635920v1
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Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processes.

Maude Jacquot , Mathieu Gonnet , Elisabeth Ferquel , David Abrial , Alexandre Claude
PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e94384. ⟨10.1371/journal.pone.0094384⟩
Journal articles pasteur-01054563v1
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Multilocus sequence analysis of Anaplasma phagocytophilum reveals three distinct lineages with different host ranges in clinically ill French cattle

Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand
Veterinary Research, 2014, 45 (1), pp.114. ⟨10.1186/s13567-014-0114-7⟩
Journal articles hal-01290617v1
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Single genotype of Anaplasma phagocytophilum identified from ticks, Camargue, France.

Amélie Chastagner , Xavier Bailly , Agnès Leblond , Sophie Pradier , Gwenaël Vourc’h
Emerging Infectious Diseases, 2013, 19 (5), pp.825-7. ⟨10.3201/eid1905.121003⟩
Journal articles hal-00972552v1

La prévalence de l’anaplamose dans le sud de la France

Agnès Leblond , Amélie Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia
Bulletin épidémiologique, 2012, 49, pp.30-31
Journal articles hal-02647400v1
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Population genomics of Sinorhizobium medicae based on low-coverage sequencing of sympatric isolates

Xavier Bailly , Elisa Giuntini , Connor M Sexton , Ryan Pj Lower , Peter W Harrison
ISME Journal, 2011, 5 (11), pp.1722-1734. ⟨10.1038/ismej.2011.55⟩
Journal articles hal-02652397v1

Horizontal Gene Transfer and Homologous Recombination Drive the Evolution of the Nitrogen-Fixing Symbionts of Medicago Species

Xavier Bailly , Isabelle Olivieri , Brigitte Brunel , Jean-Claude Cleyet-Marel , Gilles Bena
Journal of Bacteriology, 2007, 189 (14), pp.5223-5236. ⟨10.1128/JB.00105-07⟩
Journal articles halsde-00322137v1

Recombination and selection shape the molecular diversity pattern of nitrogen-fixing Sinorhizobium sp associated to Medicago

Xavier Bailly , Isabelle Olivieri , Stéphane de Mita , Jean-Claude Cleyet-Marel , Gilles Béna
Molecular Ecology, 2006, 15 (10), pp.2719-2734. ⟨10.1111/j.1365-294X.2006.02969.x⟩
Journal articles halsde-00261482v1

Dynamiques des écosystèmes microbiens et gestion des mammites

Anaïs Bompard , Hélène Lirot , Patrick Gasqui , Xavier Bailly
90e congrès de l'ACFAS, May 2023, Montréal, Canada
Conference papers hal-04224085v1
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Influence of birth mode and pre- and post-biotic supplementation on the fecal microbiota: a randomized controlled trial in Charolais calves

Melanie Save , Claire A.M. Becker , Anaïs Bompard , Bertrand Guin , Séverine Barry
European Buiatrics Congress and ECBHM Jubilee Symposium 2023, Aug 2023, Berlin, Germany. pp.34-?
Conference papers hal-04202057v1

Des tiques dans les maisons ? Un faisceau de preuves et de nouvelles questions grâce aux citoyens

Jonas Durand , Irene Carravieri , Sandrine Warion , Aloïs Chevalier , Julien Marchand
18. Réunion annuelle du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT) du Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID), Sep 2023, Strasbourg, France
Conference papers hal-04217367v1
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Impact des communautés bactériennes et de leur pilotage dans la gestion des mammites chez la vache laitière : présentation du projet « EcoSA »

Hélène Lirot , Patrick Gasqui , Laurent Crespin , Xavier Bailly , Anaïs Bompard
Glande mammaire lait / Glactinnov, INRAE; Galactinnov; L'institut agro Rennes Angers, Nov 2022, Rennes, France
Conference papers hal-03845350v1

Implication du chevreuil dans le risque acarologique

Florian Berland , Philippe Sarazin , Matthieu Bastien , Combes Benoit , Thierry Boulinier
Journées Tiques et Maladies à Tiques, Mar 2022, Nancy, France
Conference papers hal-03634383v1
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Fièvre Q : état d'avancement du projet EXPAIRCOX sur les risques de transmission et la perception de ces risques

Marc Tabouret , Michaël Treilles , Raphaël Lamothe , Karine Sommier , Racquel Ceniceros
Comité Technique du Cluster REXCAP «Etat des lieux et enjeux sanitaires en filière caprine en Grand Ouest », Mar 2021, A distance, France
Conference papers hal-03164663v1

Limits of statistical detection of microbial associations from 29 metagenomic data

Arnaud Cougoul , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Patrick Gasqui
Pathobiome 2018 "Pathogens in Microbiotas in Hosts", Mar 2018, Ajaccio, France
Conference papers hal-02737255v1

Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their vertebrate reservoir hosts?

Suzanne Bastian , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Alain Butet , Amélie Chastagner
Pathobiome 2018, Mar 2018, Ajaccio, France. 55 p
Conference papers hal-02737137v1

Influence de la spécificité d’hôte, de l’expositon et des modalités de sur-infection sur la distribution des génotypes d’Anaplasma phagocytophilum dans les tiques et les chevreuils d’un paysage fragmenté

Amélie Chastagner , Angélique Pion , Hélène Verheyden , Bruno Lourtet , Bruno Cargnelutti
Réunion du groupe « Tiques et Maladies à Tiques » (TMT), Mar 2018, Laschamps - Saint Genes Champanelle, France
Conference papers hal-02737908v1

Limits of statistical detection of microbial associations from metagenomic data

Arnaud Cougoul , Patrick Gasqui , Gwenaël Vourc’h , Xavier Bailly
Pathobiome 2018, Mar 2018, Ajaccio, France
Conference papers hal-02737034v1
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PSH-DB, un système clé-valeur permettant l'indexation et la recherche de séquences ADN

Jocelyn de Goër , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
BDAA 2017, 33ème conférence sur la Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications,, Nov 2017, Nancy, France
Conference papers hal-02089127v1

Taking into account the spatial heterogeneity of agricultural landscapes to explain densities and movements of Ixodes ricinus and prevalence of its associated pathogens

Olivier Plantard , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Thierry Hoch , Elsa Quillery
9. Tick and Tick-borne Pathogen Conference & 1st Asia Pacific Rickettsia Conference, Aug 2017, Cairns, Australia. 140 p
Conference papers hal-02737044v1

Plusieurs cycles de l'agent de l'anaplasmose granucolcytaire (Anaplasma phagocytophilum) coexistent : apport des données de séquençage

Amelie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand
Journées d'animation scientifique du département Santé Animale Edition 2016, May 2016, Poitiers, France
Conference papers hal-02800790v1

Coxiella burnetii circulation in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Aurélien Joulié , K. Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry
MedVetNet sponsored Symposium: current findings in Q fever, Apr 2016, Brussels, Belgium. pp.16 slides
Conference papers hal-02743290v1

16S rRNA amplicon sequencing for the surveillance of bacterial zoonoses in ticks and rodents, with potential interest for the discovery of new epidemiological cycles affecting animals and/or humans

Jean-Francois J.-F. Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Sara Moutailler , Adrien Blisnick
6. Journées d’étude du pôle Santé et Société : Agents infectieux et vaccins chez l’homme et l’animal, Mar 2016, Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, Maisons-Alfort, France
Conference papers hal-02742768v1

Le projet Oscar : prendre en compte l'hétérogénéité spatiale du paysage pour comprendre les déterminants de la distribution du risque lié aux maladies à tiques

Olivier Plantard , David Abrial , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Suzanne Bastian
13. Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale (JAS), May 2016, Poitiers, France
Conference papers hal-02800337v1

Plusieurs groupes génétiques d’Anaplasma phagocytophilum sont à l’origine de l’anaplasmose granulocytaire chez les animaux domestiques

Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , Loïc Legrand
23. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2016, Paris, France. 376 p
Conference papers hal-02743559v1

A mapping tool to evaluate the impact of global change on tick-borne disease risk in European agricultural landscapes

Olivier Plantard , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Laurence Malandrin , Thierry Hoch
3e Conférence « Global Climate Smart Agriculture », Mar 2015, Montpellier, France
Conference papers hal-01169433v1

Diversité génétique d’Anaplama phagocytophilum, agent de l’anaplasmose granulocytaire, - Conséquences épidémiologiques et implications pour le contrôle en France -

Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Xavier Bailly , Gwenaël Vourc’h , Renaud Maillard
Académie Vétérinaire de France, Jan 2015, Paris, France. pp.35 slides
Conference papers hal-02795572v1

Circulation de Coxiella burnetii dans un troupeau ovin lait naturellement infecté dynamiques d'excrétion, contamination environnementale et diversité génotypique

Aurélien Joulié , K. Laroucau , Xavier Bailly , M. Prigent , E. Rousset
22. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2015, Paris, France. pp.143-146
Conference papers hal-02741957v1

Les caractéristiques d'un paysage agricole influencent-elles la relation rongeur-tique ?

Amélie Chastagner , Gwenaël Vourc’h , T. Dugat , Hélène Verheyden , Laurent Legrand
Réunion annuel du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT) du Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID), Mar 2015, Montferrier sur Lez, France
Conference papers hal-02417303v1
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Metagenomics reveals shared bacterial communities in ticks and rodents with potential interest for new epidemiological cycles affecting animals and/or humans

Jean-François Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Nathalie Charbonnel , Maria Razzauti
2. Conference on Neglected Vectors and Vector-Borne Diseases (EurNegVec): with MC and WG Meeting of the COST Action TD1303, Mar 2015, Izmir, Turkey
Conference papers hal-02740308v1

L’introduction de l’écureuil de Corée (Tamias sibiricus) en Ile-de-France : rôle dans le risque de transmission de la borreliose de Lyme en Forêt de Sénart

Gwenaël Vourc’h , Maud Marsot , Maude Jacquot , Benoit Pisanu , Patrick Gasqui
Colloque de lancement du GdR ‘INVASIONS BIOLOGIQUES’, Oct 2014, Rennes, France. pp.23 slides
Conference papers hal-02793685v1

Différenciation génétique et circulation des bactéries du complexe d'espèces Borrelia burgdorferi

Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Sébastien Masseglia
Journées d'Animation Scientifique du département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde (France), 15-18/10/2013, France. pp.29 slides
Conference papers hal-02806575v1

Evolution of the tick-borne pathogen Borrelia burgdorferi

Xavier Bailly
NIH-RAPIDD workshops: Slow evolving pathogens, Sep 2013, Glasgow, United Kingdom. pp.18 slides
Conference papers hal-02802409v1

Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NOSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
Journées d'animation scientifique du Département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde, France
Conference papers hal-02745443v1

Différenciation génétique entre les bactéries du complexe d'espèce Borrelia burgdorferi infectant trois espèces de petits mammifères en forêt péri-urbaine

Maude Jacquot , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , E. Ferquel
Journées d'Animation Scientifique du département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde, France
Conference papers hal-02806537v1

Indexation de séquences d'ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
12. Workshop SeqBio 2013, Nov 2013, Montpellier, France
Conference papers hal-02748418v1

Étude de la différenciation entre les populations du complexe d'espèce Borrelia burgdorferi infectant trois espèces de petits mammifères en forêt de Sénart

Maude Pithon , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , Jean - Louis Chapuis
Réunion Tiques & Maladies à Tiques, Nov 2012, Laschamps - Saint Genès Champanelle, France. 1 p
Conference papers hal-02809787v1

Ecoepidemiology of Anaplasma phagocytophylum in horses in France

Agnès Leblond , Amelie Chastagner , Sophie Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia
12. Congrès de la WEVA (World Equine Veterinary Association), Nov 2011, Hyderabad, India. 2 p
Conference papers hal-02803818v1

Identification de gènes diagnostic chez les Rhizobium leguminosarum à l'aide de la grille informatique sous l'environnement WISDOM

Sébastien Guizard , Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt , Xavier Bailly
Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France. 5 p
Conference papers hal-02802050v1

Génomique des populations des bactéries du complexe Borrelia burgdorferi sl

Mathieu Gonnet , David Abrial , Elisabeth Ferquel , Alexandre Claude , Patrick Gasqui
Journées d'Animation Scientifique du Département Santé Animale, May 2011, Fréjus, France. pp.17 slides
Conference papers hal-02806542v1

Dynamique temporelle de l’infection des petits rongeurs par Borrelia burgdorferi sl en forêt de Sénart

Maud Marsot , Julie Marmet , Sébastien Masseglia , Patrick Gasqui , Xavier Bailly
6. Rencontre des Microbiologistes du pôle Clermontois : « Les microorganismes : de l'environnement à la santé », Mar 2009, Clermont-Ferrand, France. pp.19 slides
Conference papers hal-02818945v1
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Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different line ages in Europe

Aminah A. Keliet , Karim Sidi-Boumedine , Elsa Jourdain , Richard Thiéry , Elodie Rousset
Journées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France.
Conference poster hal-03845604v1
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CiTIQUE : un programme de science et recherche participative pour caractériser et prévenir le risque tique en France

Jonas Durand , Philippe Lecomte , Irene Carravieri , Clemence Galon , Julien Marchand
Journées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France.
Conference poster hal-03837247v1
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qPCR- and genomic-based determination of IS1111 copy numbers suggests an impact of Coxiella burnetii genotypic diversity on Q fever diagnosis and epidemiological studies in ruminants

Aminah A. Keliet , Xavier Bailly , Aurélien Joulié , Aurore Fourcot , Séverine Barry
ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR), Aug 2022, Lausanne, Switzerland. , pp.#160
Conference poster hal-03758053v1
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Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different lineages in Europe

Aminah A. Keliet , Karim Sidi-Boumedine , Elsa Jourdain , Richard Thiéry , Elodie Rousset
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France.
Conference poster hal-03767741v1

Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their verterbrate reservoir hosts?

Suzanne Bastian , Albert Agoulon , Xavier Bailly , Alain Butet , Amélie Chastagner
Pathobiome 2018 “Pathogens in microbiota in hosts”, Mar 2018, Ajaccio, France
Conference poster hal-02418162v1

PSH-DB, a key-value system to index and retrieve biological DNA sequences

Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo
10th Extremely Large Databases Conference, Oct 2017, Clermont-Ferrand, France
Conference poster hal-02082801v1

Le projet "Britick Islands" : les îles bretonnes comme laboratoires naturels pour étudier l'influence de la composition des communautés d'hôtes-vertébrés sur celles des tiques et des microorganismes hébergés/transmis

Olivier Plantard , Alain Butet , Albert Agoulon , Suzanne Bastian , Thierry Hoch
13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES", Mar 2017, Nantes, France. 13ème ed., 17 p., 2017, 13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES"
Conference poster hal-01602786v1

Molecular epidemiology of Coxiella burnetii reveals the circulation of three main genotype clusters in French ruminants farms

Aurélien Joulié , K. Sidi-Boumedine , Xavier Bailly , Patrick Gasqui , Séverine Barry
Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM), Mar 2016, Elsinore, Denmark. 2016
Conference poster hal-02800488v1

Une nouvelle approche de comparaison de séquences ADN à l’aide d’une fonction de hachage perceptuel

Jocelyn de Goër de Herve , Hayfa Azibi , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France
Conference poster hal-02082749v1

Indexation et comparaison de séquences ADN à partir d'une fonction de hachage perceptuel

Jocelyn de Goer de Herve , Hayfa Azibi , Myoung-Ah Kang , Samir Zghal , Xavier Bailly
16. JournéesOuvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM2015), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p., 2015
Conference poster hal-02800510v1

Several Anaplasma phagocytophilum epidemiological cycles in France revealed by sequencing

Amélie Chastagner , Gwenaël Vourc’h , T. Dugat , Hélène Verheyden , Laurent Legrand
Conference GERI Genes, Ecosystems and Risk of Infection, Apr 2015, Heraklion, Greece. , 2015
Conference poster hal-01169445v1

Role of the introduced Siberian chipmunk (Tamias sibiricus) on the risk of exposure to Lyme borreliosis in a periurban forest (Sénart, Ile-de-France)

Gwenaël Vourc’h , Maud Marsot , Maude Jacquot , Benoit Pisanu , Patrick Gasqui
International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015
Conference poster hal-02792881v1

Identifying the last bloodmeal of questing wood tick nymphs (Ixodes ricinus L.) by DNA amplification: three approaches tested

M. Collini , H. C. Hauffe , Sébastien Masseglia , F. Albonico , D. Arnoldi
International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015
Conference poster hal-02798877v1

Genetic diversity study of Anaplasma phagocytophilum circulating in domestic and wild ruminants in France by Multiple-Locus Variable-number tandem repeat Analysis

Thibaud Dugat , Amelie Chastagner , Doria Haciane , Anne-Claire Lagrée , B. Durand
25. International Congress on Rickettsia and Other Intracellular Bacteria, Jun 2015, Lausanne, Switzerland. 2015
Conference poster hal-02799841v1

Metagenomics highlights new epidemiological cycles between ticks and rodents

Jean-Francois J.-F. Cosson , Maxime Galan , Xavier Bailly , Maria Razzauti , Emilie Bard
International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015
Conference poster hal-02798965v1

Three clusters of Anaplasma phagocytophilum isolates from clinical cases of French domestic animals revealed by multi-locus sequence analysis

Amélie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , L. Legrand
8. International meeting of Ticks and tick-borne pathogens (TTP 8), Aug 2014, Cap Town, South Africa. 1 p., 2014
Conference poster hal-02796868v1

A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
3. European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. 2014
Conference poster hal-02795025v1

A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence

Jocelyn de Goër de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu Nguifo
ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France
Conference poster hal-02082793v1

Development of a multiple locus VNTR analysis for Anaplasma phagocytophilum

Thibaud Dugat , Amelie Chastagner , R. Maillard , Agnès Leblond , Gwenaël Vourc’h
10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013
Conference poster hal-02805917v1

Stockage, indexation et comparaison d’une grande quantité de données génomiques à l’aide d’algorithmes de traitement d’images dans un environnement d’exécution NoSQL et GPU

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
Journées de l'Ecole Doctorale des Sciences Pour l’Ingénieur (EDSPI), Jun 2013, Fréjus, France. 1 p., 2013
Conference poster hal-02803574v1

Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel

Jocelyn de Goer de Herve , Myoung-Ah Kang , Xavier Bailly , Engelbert Mephu-Nguifo
29. Journées "Bases de Données Avancées" (BDA), Oct 2013, Nantes, France. 1 p., 2013
Conference poster hal-02810171v1

Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in the south of France

Agnès Leblond , Amelie Chastagner , S. Pradier , Xavier Bailly , Sébastien Masseglia
6. International Meeting on Emerging Diseases (IMED), Feb 2013, Vienna, Austria. 1 p., 2013
Conference poster hal-02802260v1

Genetic differentiation among the Borrelia burgdorferi species complex that infect small mammals in a peri-urban forest

Maude Jacquot , Maxime Bisseux , David Abrial , Maud Marsot , Sébastien Masseglia
10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013
Conference poster hal-02806536v1

Development of new markers for the characterization of Anaplasma phagocytophilum by MLST

Amelie Chastagner , Thibaud Dugat , Gwenaël Vourc’h , Hélène Verheyden , L. Legrand
10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013
Conference poster hal-02810017v1

Approche métagénomique de la diversité des protozoaires ( Apicomplexa, Piroplasmidés) transmis par les tiques Ixodes ricinus dans une forêt urbaine

Suzanne Bastian , Maggy Jouglin , Agnès Bouju-Albert , Xavier Bailly , Laurence Malandrin
2. Colloque de Génomique Environnementale (GE), Nov 2013, Rennes, France. 2013
Conference poster hal-02749944v1

Caractérisation de cycles épidémiologiques de Borrelia burgdorferi sl par approche moléculaire

Maude Pithon , Maxime Bisseux , Maud Marsot , Sébastien Masseglia , Jean - Louis Chapuis
Journées des Microbiologistes de l'INRA, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. 1 p., 2012
Conference poster hal-02808737v1
Image document

Des études de diversité des bactéries d'intérêt agronomique, vétérinaire et médical aux perspectives de gestion

Xavier Bailly
Sciences du Vivant [q-bio]. Université Clermont Auvergne (UCA), Clermont-Ferrand, FRA., 2020
Habilitation à diriger des recherches tel-04127661v1