Xavier Bailly

Présentation

I am working on the use of high-troughput sequencing to get a better understanding on how to manage microbes that have an impact on agrnomy, through previous work on rhizobia, animal and public health, using as biological models animal and zoonotic pathogens.

I am mostly interested in :

-the impact of horizontal gene flows on the diversity of bacterial genomes

-the detection of loci associated with phenotypes of interest

-the analysis of pathogen transmission based on genetic diversity

Publications

Article dans une revue (37)

Distribution of tick-borne microorganisms in human-biting ticks in France collected through a Citizen-science program Jonas Durand,Thierno-Madiou Bah,Isabelle Lebert,Clémence Galon,Irene Carravieriet al. Ticks and Tick-borne Diseases, 2026, 17 (2), pp.102612. ⟨10.1016/j.ttbdis.2026.102612⟩ Article dans une revue hal-05499947v1
Longitudinal analysis reveals transitions in pathogens profiles associated with mastitis in dairy cows Hélène Lirot,Laurent Crespin,Patrick Gasqui,Séverine Barry,Sébastien Massegliaet al. Veterinary Research, 2025, 56, pp.article number 23. ⟨10.21203/rs.3.rs-6393953/v1⟩ Article dans une revue hal-05044456v2
Corrigendum to ‘Development and validation of a multi-target TaqMan qPCR method for detection of Borrelia burgdorferi sensu lato’ [Journal of Microbiological Methods 222 (2024) 106941] Sébastien Masséglia,Magalie René-Martellet,Maxime Rates,Cecilia Hizo-Teufel,Volker Fingerleet al. Journal of Microbiological Methods, 2025, 238, pp.107253. ⟨10.1016/j.mimet.2025.107253⟩ Article dans une revue hal-05268653v1
Opinion and report of the French Agency for Food, Environmental and Occupational Health and Safety (ANSES) relating to an analysis of the health risks associated with exposure to caterpillars with stinging hairs and the development of management recommendations Nicolas Desneux,Andrea Battisti,Anne-Sophie Brinquin,Rudy Caparros-Megido,Gilbert Gaultet al. Food Risk Assess Europe, 2025, 3, pp.0060E. ⟨10.2903/fr.efsa.2025.FR-0060⟩ Article dans une revue hal-05429126v1
Effects of host sex, age and behaviour on co-infection patterns in a wild ungulate Florian Berland,Vincent Bourret,Carole Peroz,Laurence Malandrin,Claire Bonsergentet al. Parasitology, 2025, 152 (12), pp.1282-1296. ⟨10.1017/S0031182025100899⟩ Article dans une revue hal-05298829v2
Development and Validation of a multi-target TaqMan qPCR method for detection of Borrelia burgdorferi sensu lato Sébastien Masséglia,Magalie René-Martellet,Maxime Rates,Cecilia Hizo-Teufel,Volker Fingerleet al. Journal of Microbiological Methods, 2024, 222, pp.106941. ⟨10.1016/j.mimet.2024.106941⟩ Article dans une revue hal-04440497v2
Spatio-temporal distribution and international context of bovine viral diarrhoea virus genetic diversity in France Claire Lescoat,Delphine Perrotte,Séverine Barry,Elise Oden,Valentin Herbetet al. Veterinary Research, 2024, 55 (1), pp.129. ⟨10.1186/s13567-024-01377-9⟩ Article dans une revue hal-04721177v1
Genome-wide phylodynamic approach reveals the epidemic dynamics of the main Mycoplasma bovis subtype circulating in France Julien Thézé,Chloé Ambroset,Séverine Barry,Sébastien Masseglia,Adélie Colinet al. Microbial Genomics, 2023, 9 (7), pp.mgen001067. ⟨10.1099/mgen.0.001067⟩ Article dans une revue hal-04181802v1
Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions E. Lejal,J. Chiquet,J. Aubert,S. Robin,A. Estrada-Peñaet al. Microbiome, 2021, 9 (1), pp.153. ⟨10.1186/s40168-021-01051-8⟩ Article dans une revue hal-03287263v1
Research perspectives on animal health in the era of artificial intelligence Pauline Ezanno,Sébastien Picault,Gaël Beaunée,Xavier Bailly,Facundo Muñozet al. Veterinary Research, 2021, 52 (40), ⟨10.1186/s13567-021-00902-4⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-03161705v1
Characterization of internal ribosome entry sites according to secondary structure analysis to classify border disease virus strains Massimo Giangaspero,Falko Steinbach,Rebecca Strong,Nicola Decaro,Canio Buonavogliaet al. Journal of Virological Methods, 2020, 275, pp.113704. ⟨10.1016/j.jviromet.2019.113704⟩ Article dans une revue hal-02937517v1
Differential homotypic and heterotypic interactions of antigen 43 (Ag43) variants in autotransporter-mediated bacterial autoaggregation Valentin Ageorges,Marion Schiavone,Grégory Jubelin,Nelly Caccia,Philippe Ruizet al. Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.11100. ⟨10.1038/s41598-019-47608-4⟩ Article dans une revue hal-02335796v1
Rarity of microbial species: In search of reliable associations Arnaud Cougoul,Xavier Bailly,Gwenaël Vourc’h,Patrick Gasqui PLoS ONE, 2019, 14 (3), pp.e0200458. ⟨10.1371/journal.pone.0200458⟩ Article dans une revue hal-02622688v1
Phylogenetics of the &lt;i&gt;Spiroplasma ixodetis&lt;/i&gt; endosymbiont reveals past transfers between ticks and other arthropods Florian Binetruy,Xavier Bailly,Christine Chevillon,Oliver Martin,Marco Bernasconiet al. Ticks and Tick-borne Diseases, 2019, 10 (3), pp.575-584. ⟨10.1016/j.ttbdis.2019.02.001⟩ Article dans une revue hal-02151790v1
Identification of the Autochaperone Domain in the Type Va Secretion System (T5aSS): Prevalent Feature of Autotransporters with a β-Helical Passenger Maricarmen Rojas-Lopez,Mohamed Zorgani,Lawrence Kelley,Xavier Bailly,Andrey Kajavaet al. Frontiers in Microbiology, 2018, 8, ⟨10.3389/fmicb.2017.02607⟩ Article dans une revue hal-01968806v1
Contribution of nitric oxide synthase from coagulase-negative staphylococci to the development of red myoglobin derivatives Geoffrey Ras,Xavier Bailly,Jean-Paul Chacornac,Véronique Zuliani,Patrick Derkxet al. International Journal of Food Microbiology, 2018, 266, pp.310-316. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.11.005⟩ Article dans une revue hal-02621244v1
Molecular epidemiology of Coxiella burnetii in French livestock reveals the existence of three main genotype clusters and suggests species-specific associations as well as regional stability Aurélien Joulié,Karim Sidi-Boumedine,Xavier Bailly,Patrick Gasqui,Séverine Barryet al. Infection, Genetics and Evolution, 2017, 48, pp.142-149. ⟨10.1016/j.meegid.2016.12.015⟩ Article dans une revue hal-01608895v1
Does the impact of biodiversity differ between emerging and endemic pathogens? The need to separate the concepts of hazard and risk Parviez R. Hosseini,James N. Mills,Anne-Hélène Prieur-Richard,Vanessa O. Ezenwa,Xavier Baillyet al. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2017, 372 (1722), pp.20160129. ⟨10.1098/rstb.2016.0129⟩ Article dans une revue hal-01608344v1
Host specificity, pathogen exposure, and superinfections impact the distribution of Anaplasma phagocytophilum genotypes in ticks, roe deer, and livestock in a fragmented agricultural landscape Amélie Chastagner,Angélique Pion,Hélène Verheyden,Bruno Lourtet,Bruno Cargneluttiet al. Infection, Genetics and Evolution, 2017, 55, pp.31-44. ⟨10.1016/j.meegid.2017.08.010⟩ Article dans une revue istex hal-01605600v1
Hidden Markov phylogenetic models offer an interesting perspective to identify “high risk lineages” of environmental pathogens Xavier Bailly Infection, Genetics and Evolution, 2017, 55, pp.45-47. ⟨10.1016/j.meegid.2017.08.007⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-01605601v1
Mapping human risk of infection with &lt;em&gt;Borrelia burgdorferi&lt;/em&gt; sensu lato, the agent of Lyme borreliosis, in a periurban forest in France Gwenaël Vourc’h,David Abrial,Séverine Bord,Maude Jacquot,Sébastien Massegliaet al. Ticks and Tick-borne Diseases, 2016, 7, pp.644-652. ⟨10.1016/j.ttbdis.2016.02.008⟩ Article dans une revue hal-02641473v1
Multiple independent transmission cycles of a tick-borne pathogen within a local host community Maude Jacquot,David Abrial,Patrick Gasqui,Severine Bord,Maude Marsotet al. Scientific Reports, 2016, 6, pp.31273. ⟨10.1038/srep31273⟩ Article dans une revue hal-01365425v1
Interdisciplinarity and Infectious Diseases: An Ebola Case Study Vanessa O. Ezenwa,Anne-Hélène Prieur-Richard,Benjamin Roche,Xavier Bailly,Pierre Becquartet al. PLoS Pathogens, 2015, 11 (8), pp.e1004992. ⟨10.1371/journal.ppat.1004992⟩ Article dans une revue hal-01223813v1
Metacommunity and phylogenetic structure determine wildlife and zoonotic infectious disease patterns in time and space Gerardo Suzán,Gabriel García-Peña,Ivan Castro-Arellano,Oscar Rico,André Rubioet al. Ecology and Evolution, 2015, 5 (4), pp.865-873. ⟨10.1002/ece3.1404⟩ Article dans une revue hal-02391093v1
Bacterial genospecies that are not ecologically coherent: population genomics of &lt;em&gt;Rhizobium leguminosarum&lt;/em&gt; Nitin Kumar,Ganesh Lad,Elisa Giuntini,Maria E Kaye,Piyachat Udomwonget al. Open Biology, 2015, 5 (1), pp.14. ⟨10.1098/rsob.140133⟩ Article dans une revue hal-02638057v1
Circulation of &lt;em&gt;Coxiella burnetii&lt;/em&gt; in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity Aurélien Joulié,K. Laroucau,Xavier Bailly,M. Prigent,Patrick Gasquiet al. Applied and Environmental Microbiology, 2015, 81 (20), pp.7253-7260. ⟨10.1128/AEM.02180-15⟩ Article dans une revue hal-02635908v1
A perceptual hash function to store and retrieve large scale DNA sequences Jocelyn de Goër de Herve,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu Nguifo Computing Research Repository, 2014, abs/1412.5517 Article dans une revue hal-02082967v1
Multilocus sequence analysis of &lt;i&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/i&gt; reveals three distinct lineages with different host ranges in clinically ill French cattle Amélie Chastagner,Thibaud Dugat,Gwenaël Vourc’h,Hélène Verheyden,Loïc Legrandet al. Veterinary Research, 2014, 45 (1), pp.114. ⟨10.1186/s13567-014-0114-7⟩ Article dans une revue hal-01290617v1
Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processes. Maude Jacquot,Mathieu Gonnet,Elisabeth Ferquel,David Abrial,Alexandre Claudeet al. PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e94384. ⟨10.1371/journal.pone.0094384⟩ Article dans une revue pasteur-01054563v1
A new multiple-locus variable-number tandem repeat analysis reveals different clusters for &lt;em&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/em&gt; circulating in domestic and wild ruminants Thibaud Dugat,Amélie Chastagner,Anne-Claire Lagrée,Benoit Durand,Simon Thierryet al. Parasites & Vectors, 2014, 7, pp.439. ⟨10.1186/1756-3305-7-439⟩ Article dans une revue hal-02631660v1
High-throughput sequence typing reveals genetic differentiation and host specialization among populations of the &lt;em&gt;Borrelia burgdorfer&lt;/em&gt;i species complex that infect rodents Maude Jacquot,Maxime Bisseux,David Abrial,Maud Marsot,Elisabeth Ferquelet al. PLoS ONE, 2014, 9 (2), pp.e88581. ⟨10.1371/journal.pone.0088581⟩ Article dans une revue hal-02635920v1
Single genotype of Anaplasma phagocytophilum identified from ticks, Camargue, France. Amélie Chastagner,Xavier Bailly,Agnès Leblond,Sophie Pradier,Gwenaël Vourc’h Emerging Infectious Diseases, 2013, 19 (5), pp.825-7. ⟨10.3201/eid1905.121003⟩ Article dans une revue hal-00972552v1
La prévalence de l’anaplamose dans le sud de la France Agnès Leblond,Amélie Chastagner,Sophie Pradier,Xavier Bailly,Sébastien Massegliaet al. Bulletin Epidémiologique, 2012, 49, pp.30-31 Article dans une revue hal-02647400v1
Population genomics of &lt;em&gt;Sinorhizobium medicae&lt;/em&gt; based on low-coverage sequencing of sympatric isolates Xavier Bailly,Elisa Giuntini,Connor M Sexton,Ryan Pj Lower,Peter W Harrisonet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2011, 5 (11), pp.1722-1734. ⟨10.1038/ismej.2011.55⟩ Article dans une revue hal-02652397v1
Members of candidate divisions OP11, OD1 and SR1 are widespread along the water column of the meromictic Lake Pavin (France). Guillaume Borrel,Anne-Catherine Lehours,Corinne Bardot,Xavier Bailly,Gérard Fonty Archives of Microbiology, 2010, 192 (7), pp.559-67. ⟨10.1007/s00203-010-0578-4⟩ Article dans une revue istex hal-00528275v1
Horizontal Gene Transfer and Homologous Recombination Drive the Evolution of the Nitrogen-Fixing Symbionts of Medicago Species Xavier Bailly,Isabelle Olivieri,Brigitte Brunel,Jean-Claude Cleyet-Marel,Gilles Bena Journal of Bacteriology, 2007, 189 (14), pp.5223-5236. ⟨10.1128/JB.00105-07⟩ Article dans une revue halsde-00322137v1
Recombination and selection shape the molecular diversity pattern of nitrogen-fixing Sinorhizobium sp associated to Medicago Xavier Bailly,Isabelle Olivieri,Stéphane de Mita,Jean-Claude Cleyet-Marel,Gilles Béna Molecular Ecology, 2006, 15 (10), pp.2719-2734. ⟨10.1111/j.1365-294X.2006.02969.x⟩ Article dans une revue istex halsde-00261482v1

Communication dans un congrès (44)

Longitudinal analysis of pathogens reveals transitions in co-infection patterns associated with mastitis states in dairy cows Hélène Lirot,Laurent Crespin,Patrick Gasqui,Xavier Bailly,Anaïs Bompard MedVetPathogens 2025, May 2025, Prato, Italy. pp.Communication orale Communication dans un congrès hal-05099212v1
Tracking Escherichia coli, resistance genes, and virulence markers in dairy farm effluents Anaïs Bompard,Nathalie Jarrige,Séverine Barry,Géraldine Cazeau,Lucie Collineauet al. MedVetPathogens 2025, May 2025, Prato, Italy. pp.Communication orale Communication dans un congrès anses-05096730v1
Genomic epidemiology of Pestivirus bovis unravels different genotype circulation dynamics in France Claire Lescoat,Florence Exbrayat-Vinson,Séverine Barry,Gael Beaunée,Simon Dellicouret al. Virus Genomics, Evolution and Bioinformatics 2024, Nov 2024, Cambridge (Angleterre), United Kingdom Communication dans un congrès hal-04984771v1
Spatial behaviour, age, and sex correlate with co-infection patterns in roe deer Florian Berland,Emmanuelle Gilot-Fromont,Carole Peroz,Laurence Malandrin,Claire Bonsergentet al. International conference in Ecology & Evolution, Société Française d’Écologie et Évolution (SFE2), Société Française d'Ecologie et Evolution, Oct 2024, Lyon, France. pp.2 Communication dans un congrès hal-05081452v1
Prevalence of Borrelia burgdorferi genospecies in Ixodes ricinus ticks: models for surveillance and prevention based on the French citizen science program CiTIOUE Vector-borne diseases Thierno Madiou Bah,Jonas Durand,Arnaud Cougoul,Thomas Optiz,Pascale Frey-Klettet al. Journées d'animation scientifique, Département Santé animale, Sep 2024, Seignosse, France Communication dans un congrès hal-04739916v1
Des tiques dans les maisons ? Un faisceau de preuves et de nouvelles questions grâce aux citoyens Jonas Durand,Irene Carravieri,Sandrine Warion,Aloïs Chevalier,Julien Marchandet al. 18. Réunion annuelle du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT), Sep 2023, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-04217367v1
Influence du mode de naissance et d’une complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal du veau nouveau-né Mélanie Save,Bertrand Guin,Anaïs Bompard,Séverine Barry,Emilie Bardet al. Journée des GTV BFC, Oct 2023, Beaune, France Communication dans un congrès hal-04652434v1
Influence of birth mode and pre- and post-biotic supplementation on the fecal microbiota: a randomized controlled trial in Charolais calves Melanie Save,Claire A.M. Becker,Anaïs Bompard,Bertrand Guin,Séverine Barryet al. European Buiatrics Congress and ECBHM Jubilee Symposium 2023, Aug 2023, Berlin, Germany. pp.34-? Communication dans un congrès hal-04202057v1
Dynamiques des écosystèmes microbiens et gestion des mammites Anaïs Bompard,Hélène Lirot,Patrick Gasqui,Xavier Bailly 90e congrès de l'ACFAS, May 2023, Montréal, Canada Communication dans un congrès hal-04224085v1
Influence du mode de naissance et de la complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal : étude chez le veau charolais Melanie Save,Bertrand Guin,Anaïs Bompard,Emilie Bard,Bernard Schmittet al. Journée technique GTV BFC, Nov 2022, Beaune (Côte d'or, France), France Communication dans un congrès hal-04237925v1
Implication du chevreuil dans le risque acarologique Florian Berland,Philippe Sarazin,Matthieu Bastien,Combes Benoit,Thierry Boulinieret al. Journées Tiques et Maladies à Tiques, Mar 2022, Nancy, France Communication dans un congrès hal-03634383v1
Impact des communautés bactériennes et de leur pilotage dans la gestion des mammites chez la vache laitière : présentation du projet « EcoSA » Hélène Lirot,Patrick Gasqui,Laurent Crespin,Xavier Bailly,Anaïs Bompard Glande mammaire lait / Glactinnov, INRAE; Galactinnov; L'institut agro Rennes Angers, Nov 2022, Rennes, France Communication dans un congrès hal-03845350v1
Fièvre Q : état d'avancement du projet EXPAIRCOX sur les risques de transmission et la perception de ces risques Marc Tabouret,Michaël Treilles,Raphaël Lamothe,Karine Sommier,Racquel Ceniceroset al. Comité Technique du Cluster REXCAP «Etat des lieux et enjeux sanitaires en filière caprine en Grand Ouest », Mar 2021, A distance, France Communication dans un congrès hal-03164663v1
Projet transdisciplinaire EXPAIRCOX : études épidémiologiques et sociologiques dans une région régulièrement confrontée à la fièvre Q Elsa Jourdain,Marc Tabouret,Michaël Treilles,Patrice Cayre,Raphaël Lamotheet al. Webinaire Pilotage de la santé des ruminants, Oct 2021, A distance, France Communication dans un congrès hal-04987912v1
Surveillance des maladies infectieuses émergentes : perspectives sur la gestion des données et leur analyse Xavier Bailly Semaine collaborative du pôle de compétitivité LyonBiopôle, Oct 2021, Lyon, France. pp.10 slides Communication dans un congrès hal-04977273v1
Suivi dans le temps et l’espace des agents pathogènes d’origine animale Xavier Bailly Les rencontres de l'Inra au salon de l'agriculture, Feb 2019, Paris, France. pp.8 slides Communication dans un congrès hal-04977247v1
Limits of statistical detection of microbial associations from 29 metagenomic data Arnaud Cougoul,Xavier Bailly,Gwenaël Vourc’h,Patrick Gasqui Pathobiome 2018 "Pathogens in Microbiotas in Hosts", Mar 2018, Ajaccio, France Communication dans un congrès hal-02737255v1
Limits of statistical detection of microbial associations from metagenomic data Arnaud Cougoul,Patrick Gasqui,Gwenaël Vourc’h,Xavier Bailly Pathobiome 2018, Mar 2018, Ajaccio, France Communication dans un congrès hal-02737034v1
Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their vertebrate reservoir hosts? Suzanne Bastian,Albert Agoulon,Xavier Bailly,Alain Butet,Amélie Chastagneret al. Pathobiome 2018, Mar 2018, Ajaccio, France. 55 p Communication dans un congrès hal-02737137v1
Influence de la spécificité d’hôte, de l’expositon et des modalités de sur-infection sur la distribution des génotypes d’&lt;em&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/em&gt; dans les tiques et les chevreuils d’un paysage fragmenté Amélie Chastagner,Angélique Pion,Hélène Verheyden,Bruno Lourtet,Bruno Cargneluttiet al. Réunion du groupe « Tiques et Maladies à Tiques » (TMT), Mar 2018, Laschamps - Saint Genes Champanelle, France Communication dans un congrès hal-02737908v1
PSH-DB, un système clé-valeur permettant l'indexation et la recherche de séquences ADN Jocelyn de Goër,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu-Nguifo BDAA 2017, 33ème conférence sur la Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications,, Nov 2017, Nancy, France Communication dans un congrès hal-02089127v1
Taking into account the spatial heterogeneity of agricultural landscapes to explain densities and movements of Ixodes ricinus and prevalence of its associated pathogens Olivier Plantard,Albert Agoulon,Suzanne Bastian,Thierry Hoch,Elsa Quilleryet al. 9. Tick and Tick-borne Pathogen Conference & 1st Asia Pacific Rickettsia Conference, Aug 2017, Cairns, Australia. 140 p Communication dans un congrès hal-02737044v1
Plusieurs groupes génétiques d’Anaplasma phagocytophilum sont à l’origine de l’anaplasmose granulocytaire chez les animaux domestiques Amélie Chastagner,Thibaud Dugat,Gwenaël Vourc’h,Hélène Verheyden,Loïc Legrandet al. 23ème Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2016, Paris, France. 376 p Communication dans un congrès hal-02743559v1
16S rRNA amplicon sequencing for the surveillance of bacterial zoonoses in ticks and rodents, with potential interest for the discovery of new epidemiological cycles affecting animals and/or humans Jean-Francois J.-F. Cosson,Maxime Galan,Xavier Bailly,Sara Moutailler,Adrien Blisnicket al. 6. Journées d’étude du pôle Santé et Société : Agents infectieux et vaccins chez l’homme et l’animal, Mar 2016, Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, Maisons-Alfort, France Communication dans un congrès hal-02742768v1
Le projet Oscar : prendre en compte l'hétérogénéité spatiale du paysage pour comprendre les déterminants de la distribution du risque lié aux maladies à tiques Olivier Plantard,David Abrial,Albert Agoulon,Xavier Bailly,Suzanne Bastianet al. 13. Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale (JAS), May 2016, Poitiers, France Communication dans un congrès hal-02800337v1
&lt;i&gt;Coxiella burnetii&lt;/i&gt; circulation in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity Aurélien Joulié,K. Sidi-Boumedine,Xavier Bailly,Patrick Gasqui,Séverine Barryet al. MedVetNet sponsored Symposium: current findings in Q fever, Apr 2016, Brussels, Belgium. pp.16 slides Communication dans un congrès hal-02743290v1
Plusieurs cycles de l'agent de l'anaplasmose granucolcytaire (&lt;em&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/em&gt;) coexistent : apport des données de séquençage Amelie Chastagner,Thibaud Dugat,Gwenaël Vourc’h,Hélène Verheyden,Loïc Legrandet al. Journées d'animation scientifique du département Santé Animale Edition 2016, May 2016, Poitiers, France Communication dans un congrès hal-02800790v1
Diversité génétique d’&lt;em&gt;Anaplama phagocytophilum&lt;/em&gt;, agent de l’anaplasmose granulocytaire, - Conséquences épidémiologiques et implications pour le contrôle en France Amélie Chastagner,Thibaud Dugat,Xavier Bailly,Gwenaël Vourc’h,Renaud Maillardet al. Académie Vétérinaire de France, Jan 2015, Paris, France. pp.35 slides Communication dans un congrès hal-02795572v1
A mapping tool to evaluate the impact of global change on tick-borne disease risk in European agricultural landscapes Olivier Plantard,Albert Agoulon,Suzanne Bastian,Laurence Malandrin,Thierry Hochet al. 3e Conférence « Global Climate Smart Agriculture », Mar 2015, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01169433v1
Les caractéristiques d'un paysage agricole influencent-elles la relation rongeur-tique ? Amélie Chastagner,Gwenaël Vourc’h,T. Dugat,Hélène Verheyden,Laurent Legrandet al. Réunion annuel du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT) du Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID), Mar 2015, Montferrier sur Lez, France Communication dans un congrès hal-02417303v1
Metagenomics reveals shared bacterial communities in ticks and rodents with potential interest for new epidemiological cycles affecting animals and/or humans Jean-François Cosson,Maxime Galan,Xavier Bailly,Nathalie Charbonnel,Maria Razzautiet al. 2. Conference on Neglected Vectors and Vector-Borne Diseases (EurNegVec): with MC and WG Meeting of the COST Action TD1303, Mar 2015, Izmir, Turkey Communication dans un congrès hal-02740308v1
Circulation de &lt;em&gt;Coxiella burnetii&lt;/em&gt; dans un troupeau ovin lait naturellement infecté dynamiques d'excrétion, contamination environnementale et diversité génotypique Aurélien Joulié,K. Laroucau,Xavier Bailly,M. Prigent,E. Roussetet al. 22. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2015, Paris, France. pp.143-146 Communication dans un congrès hal-02741957v1
L’introduction de l’écureuil de Corée (&lt;em&gt;Tamias sibiricus&lt;/em&gt;) en Ile-de-France : rôle dans le risque de transmission de la borreliose de Lyme en Forêt de Sénart Gwenaël Vourc’h,Maud Marsot,Maude Jacquot,Benoit Pisanu,Patrick Gasquiet al. Colloque de lancement du GdR ‘INVASIONS BIOLOGIQUES’, Oct 2014, Rennes, France. pp.23 slides Communication dans un congrès hal-02793685v1
Différenciation génétique et circulation des bactéries du complexe d'espèces &lt;em&gt;Borrelia burgdorferi&lt;/em&gt; Maude Jacquot,Maxime Bisseux,David Abrial,Maud Marsot,Sébastien Massegliaet al. Journées d'Animation Scientifique du département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde (France), 15-18/10/2013, France. pp.29 slides Communication dans un congrès hal-02806575v1
Evolution of the tick-borne pathogen &lt;em&gt;Borrelia burgdorferi&lt;/em&gt; Xavier Bailly NIH-RAPIDD workshops: Slow evolving pathogens, Sep 2013, Glasgow, United Kingdom. pp.18 slides Communication dans un congrès hal-02802409v1
Indexation de séquences d'ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel Jocelyn de Goer de Herve,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu-Nguifo 12. Workshop SeqBio 2013, Nov 2013, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-02748418v1
Différenciation génétique entre les bactéries du complexe d'espèce &lt;em&gt;Borrelia burgdorferi&lt;/em&gt; infectant trois espèces de petits mammifères en forêt péri-urbaine Maude Jacquot,Maxime Bisseux,Maud Marsot,Sébastien Masseglia,E. Ferquelet al. Journées d'Animation Scientifique du département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde, France Communication dans un congrès hal-02806537v1
Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NOSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel Jocelyn de Goer de Herve,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu-Nguifo Journées d'animation scientifique du Département de Santé Animale, Oct 2013, Cap d'Agde, France Communication dans un congrès hal-02745443v1
Étude de la différenciation entre les populations du complexe d'espèce&lt;em&gt; Borrelia burgdorferi&lt;/em&gt; infectant trois espèces de petits mammifères en forêt de Sénart Maude Pithon,Maxime Bisseux,Maud Marsot,Sébastien Masseglia,Jean - Louis Chapuiset al. Réunion Tiques & Maladies à Tiques, Nov 2012, Laschamps - Saint Genès Champanelle, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02809787v1
Identification de gènes diagnostic chez les Rhizobium leguminosarum à l'aide de la grille informatique sous l'environnement WISDOM Sébastien Guizard,Matthieu Reichstadt,Xavier Bailly Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France. 5 p Communication dans un congrès hal-02802050v1
Génomique des populations des bactéries du complexe &lt;em&gt;Borrelia burgdorferi sl&lt;/em&gt; Mathieu Gonnet,David Abrial,Elisabeth Ferquel,Alexandre Claude,Patrick Gasquiet al. Journées d'Animation Scientifique du Département Santé Animale, May 2011, Fréjus, France. pp.17 slides Communication dans un congrès hal-02806542v1
Ecoepidemiology of &lt;em&gt;Anaplasma phagocytophylum&lt;/em&gt; in horses in France Agnès Leblond,Amelie Chastagner,Sophie Pradier,Xavier Bailly,Sébastien Massegliaet al. 12. Congrès de la WEVA (World Equine Veterinary Association), Nov 2011, Hyderabad, India. 2 p Communication dans un congrès hal-02803818v1
Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in horses in France Agnès Leblond,Amélie Pierrette Chastagner,Sophie Pradier,Xavier Bailly,Sébastien Massegliaet al. 12. Congress of the WEVA (World Equine Veterinary Association), Nov 2011, Hyderabad, India Communication dans un congrès hal-04441342v1
Dynamique temporelle de l’infection des petits rongeurs par&lt;em&gt; Borrelia burgdorferi&lt;/em&gt; sl en forêt de Sénart Maud Marsot,Julie Marmet,Sébastien Masseglia,Patrick Gasqui,Xavier Baillyet al. 6. Rencontre des Microbiologistes du pôle Clermontois : « Les microorganismes : de l'environnement à la santé », Mar 2009, Clermont-Ferrand, France. pp.19 slides Communication dans un congrès hal-02818945v1

Poster de conférence (30)

Associations et interactions des pathogènes du lait et leurs impacts le risque de mammites chez la vache laitière Hélène Lirot,Patrick Gasqui,Laurent Crespin,Xavier Bailly,Anaïs Bompard Journées d'animation scientifique, Sep 2024, Seignosse (40), France. , Livret des JAS, pp.28, Livret des JAS Poster de conférence hal-04739294v1
Is Citizen Science an Effective Tool for Lyme Borreliosis Surveillance ? Thierno Bah Madiou,Jonas Durand,Arnaud Cougoul,Thomas Optiz,Pascale Frey-Klettet al. ESOVE 2024 - 23. European Society for Vector Ecology Conference, Oct 2024, Montpellier, France. , pp.241, 2024, Book of abstracts - 23rd European Society for Vector Ecology Conference Poster de conférence hal-04759876v1
Influence du mode de naissance et d’une complémentation en pré- et post-biotiques sur le microbiote intestinal du veau nouveau-né Mélanie Save,Bertrand Guin,Anaïs Bompard,Séverine Barry,Emilie Bardet al. Journées nationales des GTV, May 2023, Poitiers, France Poster de conférence hal-04236595v1
Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different lineages in Europe Aminah A. Keliet,Karim Sidi-Boumedine,Elsa Jourdain,Richard Thiéry,Elodie Roussetet al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. Poster de conférence hal-03767741v1
qPCR- and genomic-based determination of IS1111 copy numbers suggests an impact of Coxiella burnetii genotypic diversity on Q fever diagnosis and epidemiological studies in ruminants Aminah A. Keliet,Xavier Bailly,Aurélien Joulié,Aurore Fourcot,Séverine Barryet al. ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR), Aug 2022, Lausanne, Switzerland. , pp.#160 Poster de conférence hal-03758053v1
CiTIQUE : un programme de science et recherche participative pour caractériser et prévenir le risque tique en France Jonas Durand,Philippe Lecomte,Irene Carravieri,Clemence Galon,Julien Marchandet al. Journées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France. Poster de conférence hal-03837247v1
Characterization of the gene content of Coxiella burnetii from different line ages in Europe Aminah A. Keliet,Karim Sidi-Boumedine,Elsa Jourdain,Richard Thiéry,Elodie Roussetet al. Journées d’Animation Scientifique du Département Santé Animale, Oct 2022, Anglet, France. Poster de conférence hal-03845604v1
Why such a contrast between the low prevalence of zoonotic pathogens in questing ticks and the high prevalence in their verterbrate reservoir hosts? Suzanne Bastian,Albert Agoulon,Xavier Bailly,Alain Butet,Amélie Chastagneret al. Pathobiome 2018 “Pathogens in microbiota in hosts”, Mar 2018, Ajaccio, France Poster de conférence hal-02418162v1
PSH-DB, a key-value system to index and retrieve biological DNA sequences Jocelyn de Goër de Herve,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu Nguifo 10th Extremely Large Databases Conference, Oct 2017, Clermont-Ferrand, France Poster de conférence hal-02082801v1
Le projet &quot;Britick Islands&quot; : les îles bretonnes comme laboratoires naturels pour étudier l'influence de la composition des communautés d'hôtes-vertébrés sur celles des tiques et des microorganismes hébergés/transmis Olivier Plantard,Alain Butet,Albert Agoulon,Suzanne Bastian,Thierry Hochet al. 13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES", Mar 2017, Nantes, France. 13ème ed., 17 p., 2017, 13ème réunion du GROUPE DE TRAVAIL "TIQUES ET MALADIES A TIQUES" AU SEIN DU "RESEAU ECOLOGIE DES INTERACTIONS DURABLES" Poster de conférence hal-01602786v1
Molecular epidemiology of &lt;em&gt;Coxiella burnetii&lt;/em&gt; reveals the circulation of three main genotype clusters in French ruminants farms Aurélien Joulié,K. Sidi-Boumedine,Xavier Bailly,Patrick Gasqui,Séverine Barryet al. Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM), Mar 2016, Elsinore, Denmark. 2016 Poster de conférence hal-02800488v1
Une nouvelle approche de comparaison de séquences ADN à l’aide d’une fonction de hachage perceptuel Jocelyn de Goër de Herve,Hayfa Azibi,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu Nguifo Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France. 2016 Poster de conférence hal-02082749v1
Indexation et comparaison de séquences ADN à partir d'une fonction de hachage perceptuel Jocelyn de Goer de Herve,Hayfa Azibi,Myoung-Ah Kang,Samir Zghal,Xavier Baillyet al. 16. JournéesOuvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM2015), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p., 2015 Poster de conférence hal-02800510v1
Metagenomics highlights new epidemiological cycles between ticks and rodents Jean-Francois J.-F. Cosson,Maxime Galan,Xavier Bailly,Maria Razzauti,Emilie Bardet al. International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 Poster de conférence hal-02798965v1
Role of the introduced Siberian chipmunk (&lt;em&gt;Tamias sibiricus&lt;/em&gt;) on the risk of exposure to Lyme borreliosis in a periurban forest (Sénart, Ile-de-France) Gwenaël Vourc’h,Maud Marsot,Maude Jacquot,Benoit Pisanu,Patrick Gasquiet al. International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 Poster de conférence hal-02792881v1
Identifying the last bloodmeal of questing wood tick nymphs (&lt;em&gt;Ixodes ricinus L.&lt;/em&gt;) by DNA amplification: three approaches tested M. Collini,H. C. Hauffe,Sébastien Masseglia,F. Albonico,D. Arnoldiet al. International conference 'Genes, Ecosystems and Risk of Infection' (GERI 2015), Apr 2015, Heraclion, Greece. 1 p., 2015 Poster de conférence hal-02798877v1
Genetic diversity study of &lt;em&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/em&gt; circulating in domestic and wild ruminants in France by Multiple-Locus Variable-number tandem repeat Analysis Thibaud Dugat,Amelie Chastagner,Doria Haciane,Anne-Claire Lagrée,B. Durandet al. 25. International Congress on Rickettsia and Other Intracellular Bacteria, Jun 2015, Lausanne, Switzerland. 2015 Poster de conférence hal-02799841v1
Several Anaplasma phagocytophilum epidemiological cycles in France revealed by sequencing Amélie Chastagner,Gwenaël Vourc’h,T. Dugat,Hélène Verheyden,Laurent Legrandet al. Conference GERI Genes, Ecosystems and Risk of Infection, Apr 2015, Heraklion, Greece. , 2015 Poster de conférence hal-01169445v1
A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence Jocelyn de Goër de Herve,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu Nguifo ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France Poster de conférence hal-02082793v1
Three clusters of &lt;em&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/em&gt; isolates from clinical cases of French domestic animals revealed by multi-locus sequence analysis Amélie Chastagner,Thibaud Dugat,Gwenaël Vourc’h,Hélène Verheyden,Loïc Legrandet al. 8th International meeting of Ticks and tick-borne pathogens (TTP 8), Aug 2014, Cape Town, South Africa. 1 p., 2014 Poster de conférence hal-02796868v1
A perceptual hash algorithm for indexing and similarity search in a database of DNA sequence Jocelyn de Goer de Herve,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu-Nguifo 3. European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. 2014 Poster de conférence hal-02795025v1
Eco-epidemiology of Anaplasma phagocytophilum in the south of France Agnès Leblond,Amélie Pierrette Chastagner,Sophie Pradier,Xavier Bailly,Sébastien Massegliaet al. 6. International Meeting on Emerging Diseases, Feb 2013, Vienna, Austria. , 2013 Poster de conférence hal-04441636v1
Development of a multiple locus VNTR analysis for &lt;em&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/em&gt; Thibaud Dugat,Amelie Chastagner,R. Maillard,Agnès Leblond,Gwenaël Vourc’het al. 10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02805917v1
Approche métagénomique de la diversité des protozoaires (&lt;em&gt; Apicomplexa, Piroplasmidés&lt;/em&gt;) transmis par les tiques&lt;em&gt; Ixodes ricinus&lt;/em&gt; dans une forêt urbaine Suzanne Bastian,Maggy Jouglin,Agnès Bouju-Albert,Xavier Bailly,Laurence Malandrin 2. Colloque de Génomique Environnementale (GE), Nov 2013, Rennes, France. 2013 Poster de conférence hal-02749944v1
Development of new markers for the characterization of &lt;em&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/em&gt; by MLST Amelie Chastagner,Thibaud Dugat,Gwenaël Vourc’h,Hélène Verheyden,Loïc Legrandet al. 10th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02810017v1
Indexation d'une grande quantité de séquences ADN dans une base de données NoSQL à l'aide d'algorithmes de hachage perceptuel Jocelyn de Goer de Herve,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu-Nguifo 29. Journées "Bases de Données Avancées" (BDA), Oct 2013, Nantes, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02810171v1
Genetic differentiation among the &lt;em&gt;Borrelia burgdorferi&lt;/em&gt; species complex that infect small mammals in a peri-urban forest Maude Jacquot,Maxime Bisseux,David Abrial,Maud Marsot,Sébastien Massegliaet al. 10. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM), Oct 2013, Paris, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02806536v1
Eco-epidemiology of &lt;em&gt;Anaplasma phagocytophilum&lt;/em&gt; in the south of France Agnès Leblond,Amelie Chastagner,S. Pradier,Xavier Bailly,Sébastien Massegliaet al. 6. International Meeting on Emerging Diseases (IMED), Feb 2013, Vienna, Austria. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02802260v1
Stockage, indexation et comparaison d’une grande quantité de données génomiques à l’aide d’algorithmes de traitement d’images dans un environnement d’exécution NoSQL et GPU Jocelyn de Goer de Herve,Myoung-Ah Kang,Xavier Bailly,Engelbert Mephu-Nguifo Journées de l'Ecole Doctorale des Sciences Pour l’Ingénieur (EDSPI), Jun 2013, Fréjus, France. 1 p., 2013 Poster de conférence hal-02803574v1
Caractérisation de cycles épidémiologiques de &lt;em&gt;Borrelia burgdorferi&lt;/em&gt; sl par approche moléculaire Maude Pithon,Maxime Bisseux,Maud Marsot,Sébastien Masseglia,Jean - Louis Chapuiset al. Journées des Microbiologistes de l'INRA, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. 1 p., 2012 Poster de conférence hal-02808737v1

Autre publication scientifique (2)

Entretien spécial coronavirus : Comment démarre une épidémie ? Gwenaël Vourc’h,Karine Chalvet-Monfray,Xavier Bailly 2020 Autre publication scientifique hal-02952916v1
Raw sequencing data of Anaplasma phagocytophilum loci (ankA, msp4, groEL) obtained from 454 and parameter files to clean these data using MOTHUR. Xavier Bailly,Amélie Chastagner 2017, ⟨10.15454/1.4869812271558027E12⟩ Autre publication scientifique hal-01608891v1

Pré-publication, Document de travail (2)

Infection rate of Borrelia burgdorferi genospecies in human-biting Ixodes ricinus ticks: models for surveillance based on the French citizen science programme CiTIQUE Thierno Madiou Bah,Jonas Durand,Arnaud Cougoul,William Wint,Francesca Dagostinet al. 2025 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-05285717v1
MAGMA: inference of sparse microbial association networks Arnaud Cougoul,Xavier Bailly,Ernst Wit 2019 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-02961823v1

Rapport (2)

Demande d’«évaluation des modalités de surveillance et de lutte contre l’infection par le complexe Mycobacterium tuberculosis des cheptels caprins en Corse » - Mesures d’assainissement préconisées en cas d’infection d’un cheptel caprin Lionel Grisot,María-Laura Boschiroli,Séverine Boullier,Christophe Chartier,Barbara Dufouret al. Saisine n°2023-SA-0146, Anses. 2024, 79 p Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04851947v1
Évaluation des impacts sur la santé publique de la dynamique des populations de renards Emmanuelle Gilot-Fromont,Isabelle Villena,Elsa Bonnaud,Claude Fischer,Etienne Giraudet al. Saisine n°2022-SA-0049, Anses. 2023, 200 p Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04171242v1

HDR (1)

Des études de diversité des bactéries d'intérêt agronomique, vétérinaire et médical aux perspectives de gestion Xavier Bailly Sciences du Vivant [q-bio]. Université Clermont Auvergne (UCA), Clermont-Ferrand, FRA., 2020 HDR tel-04127661v1

Cours (1)

Les données sur les tiques : Quelles données ? Quelle utilisation ? Quel devenir Isabelle Lebert,Philippe Lecomte,Xavier Bailly École thématique. En Ligne, France. 2023, 76 p Cours hal-03975408v1