Anne-Françoise ADAM-BLONDON
- Unité de Recherche Génomique Info (URGI)
- Institut Français de Bioinformatique (IFB-core)
- IR BioInfOmics
- Unité Ressource Génomique-Info (URGI)
Présentation
Juillet 2023- : Head of Node du nœud français de l’infrastructure ELIXIR (https://elixir-europe.org) et directrice adjointe de l’Institut Français de Bioinformatique (www.france-bioinformatique.fr).
Janvier 2020- : Directrice de l'UR 1164 de Génomique-Info
2019 : Adjointe à la direction de l’UR 1164 de Génomique-Info
Septembre 2018- : Coordination scientifique du Centre de Ressources Biologiques pour les Plantes Cultivées (BRC4Plants) de l’Infrastructure RARe
Janvier 2018-Juin 2023 : Deputy Head of Node du nœud français de l’infrastructure ELIXIR (https://elixir-europe.org). Animation des activités en lien avec ELIXIR de l’Institut Français de Bioinformatique qui constitue le nœud français d’ELIXIR (www.france-bioinformatique.fr).
Novembre 2011- : Intégration dans l’UR 1164 Génomique-Info (URGI, Centre INRA de Versailles-Grignon). 2011-2015 Contribution à l’étude de la structure du génome de la vigne. Septembre 2015 : animation de l’équipe Système d’Information. Développement d’architectures logicielle soutenant des fédérations de données et intégration sémantique de données.
Avril 2010–Février 2019 : Chef de département adjointe au département de Génétique et Amélioration des plantes puis de Biologie et Amélioration des Plantes. En charge du dossier Ressources génétiques et du suivi d’un panel d’unité du département.
Janvier 2008-Avril 2010 : Adjointe à la direction de l’UMR 1165 de Génomique Végétale.
Août 2001- Novembre 2011 : UMR 1165 de Génomique Végétale (URGV ; Centre INRA de Versailles-Grignon) : développement d’outils de génomique structurale pour le groupe vigne INRA, d’abord au sein de l’équipe animée par Boulos Chalhoub, puis dans une équipe indépendante que j’ai co-animé avec Christian Clépet (CR1 CNRS). 2009, animatrice de l’équipe « Génomique de la vigne et des arbres forestiers ».
Août 1996-juillet 2001: Equipe Viticulture de l’UMR Diversité de Génomes des Plantes Cultivées, Centre de Montpellier. Cartographie fine d’un gène majeur de résistance à l’oïdium et réalisation d’une carte génétique de référence du génome de la vigne à l’aide de loci microsatellites.
Septembre 1994 - Juin 1996: Stage post-doctoral dans le Laboratoire de Phytopathologie Moléculaire dirigé par M. Dron. Localisation de séquences codant pour des protéines kinases sur le génome d’A. thaliana. Développement d’approches “gènes candidats“ pour la résistance à l’anthracnose.
Octobre 1994 : Recrutement à l'INRA, au sein de l’Unité de Recherches Génétique et Amélioration des Plantes groupe Viticulture sur un poste de CR2 2024- : Membre du SAB de ELIXIR-BE
2023- : Membre du Comité des Enjeux Sociétaux de SEMAE
2020-2022 : Membre du SAB de de.NBI / ELIXIR-DE
2020-2024 : Membre du conseil scientifique du département de Biologie et Amélioration des Plantes
2020-2021 : Membre du conseil scientifique du CNRGV
2018- : Membre du conseil scientifique du projet USDA-NIFA VitisGen2
2018-2023 : Membre du SAB de EURISCO
2018-2019 : Membre du conseil scientifique du département de Génétique Animale
2018 : Membre du Scientific Advisory Board (SAB) de ENSEMBL Genomes (EMBL-EBI)
2016- : Membre de la section Ressources Génétiques du CTPS
2015-2019 : Membre du Conseil Scientifique du plan Dépérissement de la Vigne
2008-2018 : Membre du Comité Scientifique et Technique (CST) de l’Institut Français de la Vigne et du Vin. Vice-présidente pour le secteur Matériel Végétal (2011-2017) 2023-2027: France 2030 - AgroEcoNum - BReIF: Une e-Infrastructure pour accélérer l’utilisation de ressources biologiques diversifiées. (coordination)
2023-2027: France 2030 - AgroEcoNum - AgroDiv: Caractérisation génomique et fonctionnelle de la diversité des plantes et animaux domestiques comme clé de voûte de l’agroécologie : du génome au phénotype (work package leader)
2021-2026: ANR PIA3 MUDIS4LS - Espaces numériques mutualisés pour les sciences du vivant (work package leader)
2020-2023: H2020 ELIXIR-CONVERGE (GA n°871075) Connect and align ELIXIR nodes to deliver sustainable FAIR life-science data management services (work package leader)
2019-2021: H2020 GenRes Bridge (GA n°817580). Genetic resources for a food-secure and forested Europe (work package leader)
2018-2022: Action COST INTEGRAPE (CA 17111; www.integrape.eu). Data integration to maximize the power of OMICs for grapevine improvement (co-coordination)
2016-2018: IBISA Coll-GATE: Collaborative development of a web application for the management of the collections (co-coordination)
2012-2016: FP7 KBBE Innovine (GA n°311775) : Combining innovation in vineyard management and genetic for a sustainable European viticulture (Coordination)
2013-2015: IBISA Plant BRC Network: Towards a european research infrastructure of genetic resources for crops (coordination)
2009-2011 : Trilateral GABI-Génoplante-MyCT, KBBE-008-01 “GrapeReSeq : Large scale re-sequencing in the Vitis genus for identification of resistance genes, SNP discovery and high throughput genotyping” (Coordination)
2005- 2008 : ANR-05-GPLA-014« Sequencing the grape genome » (Co-coordination)
2004-2007 : Trilatéral GABI-Génoplante-MyCT, TRI017 « CoreGrapeGene : Exploitation of the natural diversity of grape through functional genomics for improved resistance and quality » (Coordination)
1999-2001 : Génoplante CI1999096 “Etablissement d’une carte génétique consensus de la vigne. (Coordination) 2023-2025: HE PRO-GRACE (GA n°101094738; https://www.grace-ri.eu/pro-grace*)- Promoting a Plant Genetic Resources Community for Europe (partner)
2020-2024*:** H2020 AGENT (GA n° 862613; https://agent-project.eu/) - Activated GEnebank NeTwork (Partner) 2009 - 2010 : Ecole de Management pour la Recherche Agronomique
1994 : Contrat à durée déterminée (7 mois) dans le laboratoire de Martin Kreis (Université Paris Sud). Participation au projet de séquençage du génome d’Arabidopsis thaliana.
1990 - 1994 : Thèse de l'Institut National Agronomique Paris-Grignon dans le laboratoire de Phytopathologie Moléculaire de l'Université Paris-Sud sous la direction de M. Dron sur le sujet: "Cartographie génétique de Phaseolus vulgaris L. Localisation de gènes de résistance à l'anthracnose". Soutenue le 14/01/94.
1988 – 1989 : DEA de Génétique et Amélioration des Plantes dirigé par A. Gallais à l'Institut National Agronomique Paris-Grignon.
1986 - 1988 : Diplôme d'Agronomie Générale de l'Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Montpellier.
1983 – 1986 : Mathématiques Supérieures et Mathématiques Spéciales Biologie au lycée Saint-Louis à Paris.
1983 : Baccalauréat D au lycée du Golfe de Saint-Tropez.FONCTIONS
EXPERTISE
COORDINATION DE PROJETS
AUTRES PROJETS RECENTS
FORMATION
Publications
Publications
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Genetic Resources Data Exchange and Findability for the French Plant Genebanks Using BrAPIPAG 32, Jan 2025, San Diego (CA), United States |
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Données en sciences de la vie: contexte, ressources et défisTrans Numériques 2026, Inria, Feb 2025, Rennes, France |
BReIF and Agrodiv: success stories for data publicationSéminaire 2025 de l'infrastructure RARe: "Stratégies numériques pour les CRB: outils, défis et perspectives d'avenir", IR RARe, Sep 2025, Montpellier, France |
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Les services de FAIRification des données à l’URGI : cas d’utilisation par des projets/consortium nationaux et internationauxRéunion annuelle de l'IFB, Dec 2025, Paris, France |
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Interopérabilité des données en sciences de la vie : contexte, ressources et cas d’utilisationAssises Nationale des Données Ouvertes de la Recherche, Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Espace, Dec 2025, Gif-sur-Yvette, France |
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IFB/ELIXIR-FR, the french node of ELIXIRISMB ECCB 2023, International Society for Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France |
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National Coordination10 Years of ELIXIR: Enabling excellence and impact, ELIXIR, Dec 2023, Bruxelles (BE), Belgium |
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ELIXIR : the distributed infrastructure for life-science informationLERU Open Science Ambassador meeting, Université Paris-Saclay, Nov 2023, Gif-sur-Yette, France |
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EOSC-Life : Build the Life Science European Science CloudEvènement Tripartite de l'EOSC France, EOSC-France, Jun 2023, Montpellier, France |
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Beyond COST Action INTEGRAPE: The Grapevine Genomics Encyclopedia InitiativeXIII. International Symposium on Grapevine Breeding and Genetics, JKI, Jul 2022, Landau, Germany. 1 p |
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FAIR characterization data of genetic resources: making it real?INTEGRAPE 2021 - Achievements, industry needs and next steps, Anne-Françoise Adam-Blondon; Mario Pezzotti, Jun 2021, Virtuel, France |
Archeogenetics as a tool to understand domestication and selection in grapeJournées scientifiques du département BAP de l’INRA, INRAE, Sep 2019, Giens, France |
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The ELIXIR infrastructure for plant phenotyping-genotyping data managementWorkshop “Plant Phenotyping-Genotyping Data Management”, ITQB; ELIXIR-PT, Nov 2019, Oiras, Portugal |
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Federations of information systems in the plant community and possible application to grapevineFirst Annual conference of COST INTEGRAPE, Mar 2019, Chania, Greece. pp.22 |
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Developing infrastructures for FAIR data in plant biologyGatersleben Research Conference - Applied Bioinformatics for crops (GRC2019), IPK, Mar 2019, Gatersleben, Germany |
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Opportunities and needs within the consortiumIntegrape 2019 - Data Integration as a key step for future grapevine research, Adam-Blondon A-F; Pezzotti M, Mar 2019, Chania, Greece |
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Data standards for plant phenotyping: MIAPPE and its implementations26. Plant and Animal Genome Conference (PAG XXVI), Jan 2018, San Diego, United States. pp.24 slides |
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Rendre ses données "FAIR" - Contexte et InfrastructuresColloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Oct 2018, Evry, France. pp.28 |
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Phenome-Emphasis-Elixir: phenotyping data management and integration12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France. pp.16 |
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Developping grapevine FAIR data27. Plant and Animal Genome Conference (PAG) 2018, Jan 2018, San Diego, CA, United States. pp.16 |
Developing grapevine FAIR DataPAG Conference 2018, Jan 2018, San Diego, United States |
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BreedWheat GWAS data in GnpIS information systemEucarpia Cereal Section - Breeding cereals for sustainable agriculture, Mar 2018, Clermont-Ferrand, France |
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Improving the « FAIRness » of Inra’s data for plant biology and breedingPAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.14 slides |
AgroBRC-RARe: the French research infrastructure for Agronomic ResourcesGGBN Conference, May 2018, Vienna, Austria |
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The IWGSC Data repository and wheat data resources hosted at URGI: Overview and perspectivesPAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.32 slides |
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Findable, Accessible, Interoperable and Reusable data linked to genetic resources for plant biology and breeding at INRA4. International Symposium on Genomics of Plant Genetic Resources, Sep 2017, Giessen, Germany. pp.17 slides |
The IWGSC Reference genome browser, data mining and beyondPAG XXV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2017, San Diego, United States |
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Making wheat data FAIRe-ROSA Workshop, Wageningen University and Research Centre (WUR). NLD., Jul 2017, Montpellier, France |
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Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomicsIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France |
Towards an open grapevine information systemPAG XXV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2016, San Diego, United States |
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Contribution to a European roadmap for data standardisation in Plant Science at URGI-INRAPlant Biology Europe EPSO / FESBP 2016 Congress, Jun 2016, Prague, Czech Republic |
IWGSC Sequence Repository: Moving towards tools to facilitate data integration for the reference sequence of wheatPAG XXIV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2016, San Diego, United States |
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Grape@GnpIS: Overview of the GnpIS grape genomics and genetics integrative resource23. Plant and Animal Genome (PAG XXIII), Jan 2015, San Diego, United States. pp.24 slides |
Grapevine genome update and beyond10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva, New York, United States |
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Toward the improvement of the gene centered information in grapevine genomicsPlant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, CA, United States |
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Genome-Wide Association Studies (GWAS) and Genomic Selection (GS) in grape: Evaluation of phenotypic prediction methods using a large panel of diversity11. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2014, Pékin, China |
Open data for grapevine biology11. International Congress on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2014, Pékin, China |
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Plant biology open data interoperability in the big data eraPlant Biology Europe EPSO/FEPBS 2014, Jun 2014, Dublin, Germany |
Toward the deciphering of chromosome structure in Vitis vinifera10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva, New York, United States |
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Utiliser la biodiversité / Cultures pérennes, horticulture / Les possiblesColloque Agroécologie & Recherche, Oct 2013, Paris, France |
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The grapevine reference genome sequenceIX International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile |
The <em>fleshless</em> mutation: a valuable source to investigate the regulation of pericarp morphogenesis9. International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile |
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Grapevine genome and beyond3. International Conference on Omics and Biotechnology in Fruit crops, Oct 2012, Nanjing, China |
Physical mapping and re-sequencing of a set of resistance related genes in grapevine17. Conference Plant and Animal Genomes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jan 2009, San Diego, United States. 1 p |
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Allele mining in grape for the analysis of complex traits18. Conference, Jan 2010, San Diego, United States |
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Molecular strategies to enhance the genetic resistance of grapevines to powdery mildew8. International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Nov 2008, Adelaide, Australia |
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Development of resources for comparative physical mapping between Muscadinia rotundifolia and Vitis vinifera6. International Workshop of Grapevine Downy and Powdery Mildew. GDPM 2010, Jul 2010, BORDEAUX, France |
Association genetics in relation with berry size variation in grapevine (Vitis vinifera)10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva (N.Y.), United States |
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Association genetic studies in grapePlant and Animal Genomes Conference, 2008, San Diego, United States |
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Rop GTPase family in Vitis vinifera: molecular characterization and expression analysisEuropean Small GTPase Meeting, Aug 2007, Umeå, Sweden |
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Genomics: the foundation for vine improvementInternational Grape Genomics Symposium, Jul 2005, St Louis, United States |
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Genetic analysis of resistance to downy mildew from Muscadinia rotundifolia8. International conference on grape genetics and breeding, Aug 2002, Kecskemét, Hungary |
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Développement d'une carte génétique de référence de Vitis vinifera à l'aide de marqueurs microsatellites12. Colloque sur les recherches fruitières, May 2002, Bordeaux, France |
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Development of a microsatellite-based Vitis vinifera consensus genetic mapPlant, animal and microbe genomes X conference, Jan 2002, San Diego, United States |
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Towards marker-assisted selection for seedlessness in grapevine7. International symposium on grapevine genetics and breeding, Jul 1998, Montpellier, France |
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Development of a microsatellite marker based on map of V. vinifera L. current state of the artNouveaux horizons en sciences et biotechnologies végétales, Mar 2000, Toulouse-Labège, France |
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Tagging a Muscadinia rotundifolia originated powdery mildew resistance gene in Vitis vinifera. Current status1. International powdery mildew conference, Aug 1999, Avignon, France |
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Une famille de gènes codant pour des protéines à motifs LRR située au locus Are (Co2) de résistance à l'anthracnose chez le haricotColloque de Génétique végétale, Jan 1996, Versailles, France |
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Les leçons du clonage des gènes de résistance spécifiques aux maladies chez les plantes.Réunion du groupe de travail Marqueurs moléculaires chez les végétaux, Mar 1995, Méribel, France |
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BReIF: une e-infrastructure pour accélérer l'utilisation de ressources biologiques diversifiéesTrans Numériques 2026, Feb 2026, Rennes, France. |
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Holograph: a generic RDF schema to handle data from agroecological holobiontsSWAT4HCLS, Mar 2026, Amsterdam, France. 2026 |
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IFB/ELIXIR-FR contributions to the ELIXIR Training Platform ProgrammeJOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France |
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URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformaticsJOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France |
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BRC4Plants: coordination inter-instituts des CRB plantesjournées scientifiques du Dép. BAP, Sep 2024, 27130 Verneuil-sur-Avre, France. ⟨10.17180/WN42-3J20⟩ |
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Learning path development for plant data managementELIXIR All Hands 2023, Jun 2023, Dublin, Ireland. f1000research.com, https://doi.org/10.7490/f1000research.1119444.1, 2023, ⟨10.7490/f1000research.1119444.1⟩ |
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Research Data Management Toolkit (RDMkit): guidelines for plant phenotyping data management and sharing7. International Plant Phenotyping Symposium (IPPS 2022), Sep 2022, Wageningen, Netherlands. , 2022, ⟨10.5281/zenodo.7148792⟩ |
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D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩ |
Extended diversity analysis of cultivated grapevine Vitis vinifera with 10K genome-wide SNPs12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France. 2018 |
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Findable, Accessible, Interoperable and Reusable data linked to genetic resources for plant biology and breeding at INRACrop diversification in a changing world : Mobilizing the green gold of plant genetic resources, May 2017, Montpellier, France. , 2017, EUCARPIA Genetic Resources 2017 |
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Improvement of the Grapevine genome assemblyPlant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, CA, United States. 2014 |
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INNOVINE. Combining innovation in vineyard management and genetic diversity for a sustainable European viticultureXI. International Congress on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2014, Pékin, China. 2014 |
Nucleotide variation at the Vitis chloroplast genome based on high-throughput sequencing and SNP genotyping11. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2014, Beijing, China. 2014 |
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The GrapeReSeq 18k Vitis genotyping chipIX International Symposium on Grapevine Physiology&Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile. 2013 |
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INNOVINE. Combining innovation in vineyard management and genetic diversity for a sustainable European viticulture. EU FP7 project (2013-2016)3. International Symposium Macrowine, Jun 2012, Bordeaux, France. 2012 |
Recherche de marqueurs moléculaires dans la région d'un gène de résistance à l'oïdium introduit dans l'espèce Vitis vinifera à partir de Muscadinia rotundifolia7. Symposium international sur la génétique et l'amélioration de la vigne, Jul 1998, Montpellier, France. 1 p., 1998 |
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Cartographie par la technique SSCP d'un marqueur lié au caractère apyrène chez la vigne7. Symposium international sur la génétique et l'amélioration de la vigne, Jul 1998, Montpellier, France. 1 p., 1998 |
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Tagging a Muscadinia rotundifolia-originated powdery mildew resistance gene in Vitis vinifera7. Symposium International sur la génétique et l'amélioration de la vigne, Jul 1998, Montpellier, France. 1 p., 1998 |
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Innovation in vineyardAdjacent Digital Politics Ltd, 10 p., 2017, Open Access Government |
Advances in botanical researchElsevier Ltd, 74, 368 p., 2015, Advances in Botanical Research, 9780123985484 |
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Genetics, Genomics and Breeding of GrapeScience Publishers, pp.368, 2010, 9781578087174 |
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Mining plant genomic and genetic data using the GnpIS information systemAalt D.J van Dijk. Plant Genomics Databases. Methods and Protocols, 1533, Springer, 2017, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-6658-5. ⟨10.1007/978-1-4939-6658-5_5⟩ |
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Positional cloning of disease resistance genes in grapevineGenetics, Genomics, and Breeding of Grapes, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4 |
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Futur prospectsGenetics, Genomics, and Breeding of Grapes, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 9781578087174 |
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Genome sequence initiativesGenetics, Genomics and Breeding of Crop Plants, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4 |
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Bioinformatics tools in grapevine genomicsGenetics, Genomics, and Breeding of Grapes, Science Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4 |
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Molecular linkage maps: strategies, resources and achievementsGenetics, Genomics and Breeding of Crop Plants, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4 |
Genomics as a road for grapevine improvementFunctionnal Plant Genomics, Science publishers, 2007 |