
Anne-Françoise ADAM-BLONDON
- Unité de Recherche Génomique Info (URGI)
- Institut Français de Bioinformatique (IFB-core)
- IR BioInfOmics
Présentation
ACTIVITES
Juillet 2023- : Head of Node du nœud français de l’infrastructure ELIXIR (https://elixir-europe.org) et directrice adjointe de l’Institut Français de Bioinformatique (www.france-bioinformatique.fr).
Janvier 2020- : Directrice de l'UR 1164 de Génomique-Info
2019 : Adjointe à la direction de l’UR 1164 de Génomique-Info
Septembre 2018- : Coordination scientifique du Centre de Ressources Biologiques pour les Plantes Cultivées (BRC4Plants) de l’Infrastructure RARe
Janvier 2018 : Deputy Head of Node du nœud français de l’infrastructure ELIXIR (https://elixir-europe.org). Animation des activités en lien avec ELIXIR de l’Institut Français de Bioinformatique qui constitue le nœud français d’ELIXIR (www.france-bioinformatique.fr).
Novembre 2011- : Intégration dans l’UR 1164 Génomique-Info (URGI, Centre INRA de Versailles-Grignon). 2011-2015 Contribution à l’étude de la structure du génome de la vigne. Septembre 2015 : animation de l’équipe Système d’Information. Développement d’architectures logicielle soutenant des fédérations de données et intégration sémantique de données.
Avril 2010–Février 2019 : Chef de département adjointe au département de Génétique et Amélioration des plantes puis de Biologie et Amélioration des Plantes. En charge du dossier Ressources génétiques et du suivi d’un panel d’unité du département.
Janvier 2008-Avril 2010 : Adjointe à la direction de l’UMR 1165 de Génomique Végétale.
Août 2001- Novembre 2011 : UMR 1165 de Génomique Végétale (URGV ; Centre INRA de Versailles-Grignon) : développement d’outils de génomique structurale pour le groupe vigne INRA, d’abord au sein de l’équipe animée par Boulos Chalhoub, puis dans une équipe indépendante que j’ai co-animé avec Christian Clépet (CR1 CNRS). 2009, animatrice de l’équipe « Génomique de la vigne et des arbres forestiers ».
Août 1996-juillet 2001: Equipe Viticulture de l’UMR Diversité de Génomes des Plantes Cultivées, Centre de Montpellier. Cartographie fine d’un gène majeur de résistance à l’oïdium et réalisation d’une carte génétique de référence du génome de la vigne à l’aide de loci microsatellites.
Septembre 1994 - Juin 1996: Stage post-doctoral dans le Laboratoire de Phytopathologie Moléculaire dirigé par M. Dron. Localisation de séquences codant pour des protéines kinases sur le génome d’A. thaliana. Développement d’approches “gènes candidats“ pour la résistance à l’anthracnose.
Octobre 1994 : Recrutement à l'INRA, au sein de l’Unité de Recherches Génétique et Amélioration des Plantes groupe Viticulture sur un poste de CR2
Coordination de projets
2023-2027: France 2030 - AgroEcoNum - BReIF: Une e-Infrastructure pour accélérer l’utilisation de ressources biologiques diversifiées. (coordination)
2023-2027: France 2030 - AgroEcoNum - AgroDiv: Caractérisation génomique et fonctionnelle de la diversité des plantes et animaux domestiques comme clé de voûte de l’agroécologie : du génome au phénotype (work package leader)
2023-2025: HE PRO-GRACE (*GA n°101094738; https://www.grace-ri.eu/pro-grace*)- Promoting a Plant Genetic Resources Community for Europe (partner)
2021-2026: ANR PIA3 MUDIS4LS - Espaces numériques mutualisés pour les sciences du vivant (work package leader)
2020-2024**:** H2020 AGENT (GA n° 862613; https://agent-project.eu/) - Activated GEnebank NeTwork (Partner)
2020-2023: H2020 ELIXIR-CONVERGE (GA n°871075) Connect and align ELIXIR nodes to deliver sustainable FAIR life-science data management services (work package leader)
2019-2021: H2020 GenRes Bridge (GA n°817580). Genetic resources for a food-secure and forested Europe (work package leader)
2018-2022: Action COST INTEGRAPE (CA 17111; www.integrape.eu). Data integration to maximize the power of OMICs for grapevine improvement (co-coordination)
2016-2018: IBISA Coll-GATE: Collaborative development of a web application for the management of the collections
2012-2016: FP7 KBBE Innovine (GA n°311775) : Combining innovation in vineyard management and genetic for a sustainable European viticulture
2013-2015: IBISA Plant BRC Network: Towards a european research infrastructure of genetic resources for crops
2009-2011 : Trilateral GABI-Génoplante-MyCT, KBBE-008-01 “GrapeReSeq : Large scale re-sequencing in the Vitis genus for identification of resistance genes, SNP discovery and high throughput genotyping”
2005- 2008 : ANR-05-GPLA-014« Sequencing the grape genome »
2004-2007 : Trilatéral GABI-Génoplante-MyCT, TRI017 « CoreGrapeGene : Exploitation of the natural diversity of grape through functional genomics for improved resistance and quality »
1999-2001 : Génoplante CI1999096 “Etablissement d’une carte génétique consensus de la vigne.
FORMATION
2009 - 2010 : Ecole de Management pour la Recherche Agronomique
1994 : Contrat à durée déterminée (7 mois) dans le laboratoire de Martin Kreis (Université Paris Sud). Participation au projet de séquençage du génome d’Arabidopsis thaliana.
1990 - 1994 : Thèse de l'Institut National Agronomique Paris-Grignon dans le laboratoire de Phytopathologie Moléculaire de l'Université Paris-Sud sous la direction de M. Dron sur le sujet: "Cartographie génétique de Phaseolus vulgaris L. Localisation de gènes de résistance à l'anthracnose". Soutenue le 14/01/94.
1988 – 1989 : DEA de Génétique et Amélioration des Plantes dirigé par A. Gallais à l'Institut National Agronomique Paris-Grignon.
1986 - 1988 : Diplôme d'Agronomie Générale de l'Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Montpellier.
1983 – 1986 : Mathématiques Supérieures et Mathématiques Spéciales Biologie au lycée Saint-Louis à Paris.
1983 : Baccalauréat D au lycée du Golfe de Saint-Tropez.
Publications
Publications
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ELIXIR : the distributed infrastructure for life-science informationLERU Open Science Ambassador meeting, Université Paris-Saclay, Nov 2023, Gif-sur-Yette, France
Communication dans un congrès
hal-04503092
v1
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EOSC-Life : Build the Life Science European Science CloudEvènement Tripartite de l'EOSC France, EOSC-France, Jun 2023, Montpellier, France
Communication dans un congrès
hal-04502934
v1
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IFB/ELIXIR-FR, the french node of ELIXIRISMB ECCB 2023, International Society for Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès
hal-04503051
v1
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National Coordination10 Years of ELIXIR: Enabling excellence and impact, ELIXIR, Dec 2023, Bruxelles (BE), Belgium
Communication dans un congrès
hal-04503439
v1
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FAIR characterization data of genetic resources: making it real?INTEGRAPE 2021 - Achievements, industry needs and next steps, Anne-Françoise Adam-Blondon; Mario Pezzotti, Jun 2021, Virtuel, France
Communication dans un congrès
hal-03316847
v1
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Archeogenetics as a tool to understand domestication and selection in grapeJournées scientifiques du département BAP de l’INRA, INRAE, Sep 2019, Giens, France
Communication dans un congrès
hal-04200995
v1
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The ELIXIR infrastructure for plant phenotyping-genotyping data managementWorkshop “Plant Phenotyping-Genotyping Data Management”, ITQB; ELIXIR-PT, Nov 2019, Oiras, Portugal
Communication dans un congrès
hal-03316380
v1
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Developing infrastructures for FAIR data in plant biologyGatersleben Research Conference - Applied Bioinformatics for crops (GRC2019), IPK, Mar 2019, Gatersleben, Germany
Communication dans un congrès
hal-03316569
v1
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Federations of information systems in the plant community and possible application to grapevineFirst Annual conference of COST INTEGRAPE, Mar 2019, Chania, Greece. pp.22
Communication dans un congrès
hal-02786993
v1
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Opportunities and needs within the consortiumIntegrape 2019 - Data Integration as a key step for future grapevine research, Adam-Blondon A-F; Pezzotti M, Mar 2019, Chania, Greece
Communication dans un congrès
hal-03316648
v1
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The IWGSC Data repository and wheat data resources hosted at URGI: Overview and perspectivesPAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.32 slides
Communication dans un congrès
hal-02788401
v1
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Data standards for plant phenotyping: MIAPPE and its implementations26. Plant and Animal Genome Conference (PAG XXVI), Jan 2018, San Diego, Californie, United States. pp.24 slides
Communication dans un congrès
hal-02789754
v1
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Rendre ses données "FAIR" - Contexte et InfrastructuresColloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Oct 2018, Evry, France. pp.28
Communication dans un congrès
hal-02786578
v1
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Developping grapevine FAIR data27. Plant and Animal Genome Conference (PAG) 2018, Jan 2018, San Diego, CA, United States. pp.16
Communication dans un congrès
hal-02786779
v1
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Phenome-Emphasis-Elixir: phenotyping data management and integrationInterenational Grape Genetics and Breeding Symposium, Jul 2018, Bordeaux, France. pp.16
Communication dans un congrès
hal-02789613
v1
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Developing grapevine FAIR DataPAG Conference 2018, Jan 2018, San Diego, United States
Communication dans un congrès
hal-02738117
v1
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Improving the « FAIRness » of Inra’s data for plant biology and breedingPAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.14 slides
Communication dans un congrès
hal-02790227
v1
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AgroBRC-RARe: the French research infrastructure for Agronomic ResourcesGGBN Conference, May 2018, Vienna, Austria
Communication dans un congrès
hal-03147389
v1
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BreedWheat GWAS data in GnpIS information systemEucarpia Cereal Section - Breeding cereals for sustainable agriculture, Mar 2018, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
hal-02340450
v1
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Making wheat data FAIRe-ROSA Workshop, Wageningen University and Research Centre (WUR). NLD., Jul 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès
hal-02787766
v1
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Findable, Accessible, Interoperable and Reusable data linked to genetic resources for plant biology and breeding at INRA4. International Symposium on Genomics of Plant Genetic Resources, Sep 2017, Giessen, Germany. pp.17 slides
Communication dans un congrès
hal-02791168
v1
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The IWGSC Reference genome browser, data mining and beyondPAG XXV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2017, San Diego, United States
Communication dans un congrès
hal-02788141
v1
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IWGSC Sequence Repository: Moving towards tools to facilitate data integration for the reference sequence of wheatPAG XXIV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2016, San Diego, United States
Communication dans un congrès
hal-01266518
v1
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Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomicsIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
hal-02740283
v1
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Towards an open grapevine information systemPAG XXV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2016, San Diego, United States
Communication dans un congrès
hal-02795270
v1
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Contribution to a European roadmap for data standardisation in Plant Science at URGI-INRAPlant Biology Europe EPSO / FESBP 2016 Congress, Jun 2016, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès
hal-02794139
v1
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Grape@GnpIS: Overview of the GnpIS grape genomics and genetics integrative resource23. Plant and Animal Genome (PAG XXIII), Jan 2015, San Diego, Californie, United States. pp.24 slides
Communication dans un congrès
hal-02741780
v1
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Grapevine genome update and beyond10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva, New York, United States
Communication dans un congrès
hal-02739748
v1
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Open data for grapevine biologyXI. International Congress on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2014, Pékin, China
Communication dans un congrès
hal-01352690
v1
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Genome-Wide Association Studies (GWAS) and Genomic Selection (GS) in grape: Evaluation of phenotypic prediction methods using a large panel of diversity11. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2014, Pékin, China
Communication dans un congrès
hal-02801050
v1
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Toward the improvement of the gene centered information in grapevine genomicsPlant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, CA, United States
Communication dans un congrès
hal-02798091
v1
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Plant biology open data interoperability in the big data eraPlant Biology Europe EPSO/FEPBS 2014, Jun 2014, Dublin, Germany
Communication dans un congrès
hal-02801067
v1
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Toward the deciphering of chromosome structure in Vitis vinifera10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva, New York, United States
Communication dans un congrès
hal-02739605
v1
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The <em>fleshless</em> mutation: a valuable source to investigate the regulation of pericarp morphogenesis9. International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile
Communication dans un congrès
hal-02808845
v1
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The grapevine reference genome sequenceIX International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile
Communication dans un congrès
hal-02811094
v1
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Utiliser la biodiversité / Cultures pérennes, horticulture / Les possiblesColloque Agroécologie & Recherche, Oct 2013, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02749943
v1
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Grapevine genome and beyond3. International Conference on Omics and Biotechnology in Fruit crops, Oct 2012, Nanjing, China
Communication dans un congrès
hal-02803277
v1
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Physical mapping and re-sequencing of a set of resistance related genes in grapevine17. Conference Plant and Animal Genomes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jan 2009, San Diego, United States. 1 p
Communication dans un congrès
hal-01462667
v1
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Development of resources for comparative physical mapping between Muscadinia rotundifolia and Vitis vinifera6. International Workshop of Grapevine Downy and Powdery Mildew. GDPM 2010, Jul 2010, BORDEAUX, France
Communication dans un congrès
hal-02754937
v1
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Allele mining in grape for the analysis of complex traits18. Conference, Jan 2010, San Diego, United States
Communication dans un congrès
hal-02754346
v1
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Molecular strategies to enhance the genetic resistance of grapevines to powdery mildew8. International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Nov 2008, Adelaide, Australia
Communication dans un congrès
hal-02820221
v1
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Association genetics in relation with berry size variation in grapevine (Vitis vinifera)10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva (N.Y.), United States
Communication dans un congrès
hal-02754943
v1
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Association genetic studies in grapePlant and Animal Genomes Conference, 2008, San Diego, California, United States
Communication dans un congrès
hal-01193729
v1
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Rop GTPase family in Vitis vinifera: molecular characterization and expression analysisEuropean Small GTPase Meeting, Aug 2007, Umeå, Sweden
Communication dans un congrès
hal-02757000
v1
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Genomics: the foundation for vine improvementInternational Grape Genomics Symposium, Jul 2005, saint Louis, United States
Communication dans un congrès
hal-02832093
v1
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Genetic analysis of resistance to downy mildew from Muscadinia rotundifolia8. International conference on grape genetics and breeding, Aug 2002, Kecskemét, Hungary
Communication dans un congrès
hal-02763925
v1
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Développement d'une carte génétique de référence de Vitis vinifera à l'aide de marqueurs microsatellites12. Colloque sur les recherches fruitières, May 2002, Bordeaux, France
Communication dans un congrès
hal-02762732
v1
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Development of a microsatellite-based Vitis vinifera consensus genetic mapPlant, animal and microbe genomes X conference, Jan 2002, San Diego, United States
Communication dans un congrès
hal-02760893
v1
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Towards marker-assisted selection for seedlessness in grapevine7. International symposium on grapevine genetics and breeding, Jul 1998, Montpellier, France
Communication dans un congrès
hal-02767948
v1
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Development of a microsatellite marker based on map of V. vinifera L. current state of the artNouveaux horizons en sciences et biotechnologies végétales, Mar 2000, Toulouse-Labège, France
Communication dans un congrès
hal-02766436
v1
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Tagging a Muscadinia rotundifolia originated powdery mildew resistance gene in Vitis vinifera. Current status1. International powdery mildew conference, Aug 1999, Avignon, France
Communication dans un congrès
hal-02768868
v1
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Une famille de gènes codant pour des protéines à motifs LRR située au locus Are (Co2) de résistance à l'anthracnose chez le haricotColloque de Génétique végétale, Jan 1996, Versailles, France
Communication dans un congrès
hal-02768791
v1
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Les leçons du clonage des gènes de résistance spécifiques aux maladies chez les plantes.Réunion du groupe de travail Marqueurs moléculaires chez les végétaux, Mar 1995, Méribel, France
Communication dans un congrès
hal-02773077
v1
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BRC4Plants: coordination inter-instituts des CRB plantesjournées scientifiques du Dép. BAP, Sep 2024, 27130 Verneuil-sur-Avre, France. ⟨10.17180/WN42-3J20⟩
Poster de conférence
hal-04878800
v1
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Learning path development for plant data managementELIXIR All Hands 2023, Jun 2023, Dublin, Ireland. f1000research.com, https://doi.org/10.7490/f1000research.1119444.1, 2023, ⟨10.7490/f1000research.1119444.1⟩
Poster de conférence
hal-04428391
v1
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Research Data Management Toolkit (RDMkit): guidelines for plant phenotyping data management and sharing7th International Plant Phenotyping Symposium, Sep 2022, Wageningen, Netherlands. , 2022, ⟨10.5281/zenodo.7148792⟩
Poster de conférence
hal-03800325
v1
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D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩
Poster de conférence
lirmm-02351000
v1
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Extended diversity analysis of cultivated grapevine Vitis vinifera with 10K genome-wide SNPs12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2018, Bordeaux, France. 2018
Poster de conférence
hal-02735783
v1
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Findable, Accessible, Interoperable and Reusable data linked to genetic resources for plant biology and breeding at INRACrop diversification in a changing world : Mobilizing the green gold of plant genetic resources, May 2017, Montpellier, France. , 2017, EUCARPIA Genetic Resources 2017
Poster de conférence
hal-01606277
v1
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Nucleotide variation at the Vitis chloroplast genome based on high-throughput sequencing and SNP genotyping11. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2014, Beijing, China. 2014
Poster de conférence
hal-02796195
v1
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Improvement of the Grapevine genome assemblyPlant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, CA, United States. 2014
Poster de conférence
hal-02796033
v1
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INNOVINE. Combining innovation in vineyard management and genetic diversity for a sustainable European viticultureXI. International Congress on Grapevine Breeding and Genetics, Jul 2014, Pékin, China. 2014
Poster de conférence
hal-02799794
v1
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The GrapeReSeq 18k Vitis genotyping chipIX International Symposium on Grapevine Physiology&Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile. 2013
Poster de conférence
hal-02811055
v1
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INNOVINE. Combining innovation in vineyard management and genetic diversity for a sustainable European viticulture. EU FP7 project (2013-2016)3. International Symposium Macrowine, Jun 2012, Bordeaux, France. 2012
Poster de conférence
hal-02806315
v1
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Tagging a Muscadinia rotundifolia-originated powdery mildew resistance gene in Vitis vinifera7. Symposium International sur la génétique et l'amélioration de la vigne, Jul 1998, Montpellier, France. 1 p., 1998
Poster de conférence
hal-02839198
v1
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Recherche de marqueurs moléculaires dans la région d'un gène de résistance à l'oïdium introduit dans l'espèce Vitis vinifera à partir de Muscadinia rotundifolia7. Symposium international sur la génétique et l'amélioration de la vigne, Jul 1998, Montpellier, France. 1 p., 1998
Poster de conférence
hal-02842018
v1
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Cartographie par la technique SSCP d'un marqueur lié au caractère apyrène chez la vigne7. Symposium international sur la génétique et l'amélioration de la vigne, Jul 1998, Montpellier, France. 1 p., 1998
Poster de conférence
hal-02842690
v1
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Innovation in vineyardAdjacent Digital Politics Ltd, 10 p., 2017, Open Access Government
Ouvrages
hal-02788496
v1
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Advances in botanical researchElsevier Ltd, 74, 368 p., 2015, Advances in Botanical Research, 9780123985484
Ouvrages
hal-01536294
v1
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Genetics, Genomics and Breeding of GrapeScience Publishers, pp.368, 2010, 9781578087174
Ouvrages
hal-02817004
v1
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Mining plant genomic and genetic data using the GnpIS information systemAalt D.J van Dijk. Plant Genomics Databases. Methods and Protocols, 1533, Springer, 2017, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-6658-5. ⟨10.1007/978-1-4939-6658-5_5⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-03206731
v1
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Futur prospectsGenetics, Genomics, and Breeding of Grapes, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 9781578087174
Chapitre d'ouvrage
hal-02808583
v1
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Positional cloning of disease resistance genes in grapevineGenetics, Genomics, and Breeding of Grapes, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4
Chapitre d'ouvrage
hal-02807683
v1
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Genome sequence initiativesGenetics, Genomics and Breeding of Crop Plants, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4
Chapitre d'ouvrage
hal-02808727
v1
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Bioinformatics tools in grapevine genomicsGenetics, Genomics, and Breeding of Grapes, Science Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4
Chapitre d'ouvrage
hal-02809785
v1
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Molecular linkage maps: strategies, resources and achievementsGenetics, Genomics and Breeding of Crop Plants, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4
Chapitre d'ouvrage
hal-02806958
v1
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Genomics as a road for grapevine improvementFunctionnal Plant Genomics, Science publishers, 2007
Chapitre d'ouvrage
hal-02817098
v1
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