Arnaud Mounier

Informaticien en Humanité Numérique
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Affiliations actuelles
  • Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
  • Archéologie, Terre, Histoire, Sociétés [Dijon] (ARTeHiS)
  • Université Bourgogne Europe (UBE)
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Présentation

Informaticien de formation, j'ai pris mes fonctions à ARTEHIS le lundi 13 janvier 2025. À l'origine développeur logiciel dans un laboratoire de biologie, j'ai réorienté mes activités vers le métier d'administrateur des systèmes d'information début 2023.
Dans le cadre de mes précédentes fonctions, j'ai écrit des « workflows » informatiques, pensés en terme comme de la programmation littéraire, à l'aide de carnet Jupyter (langage Python) et Quarto (langage R). J'ai aussi développé une approche centrée sur la visualisation interactive toujours à l'aide de carnet Jupyter et de l'interface Shiny. Pour le traitement de données à grande échelle, j'ai acquis une maîtrise de l'outil Pandas (Python) et de l'écosystème en programmation fonctionnelle « Tidyverse » (R). J'ai aussi administré un serveur de calcul. Ces expériences ont été réinvesties ensuite à la MSH de Dijon, où j'ai réorganisé le pôle informatique et je me suis formé à l'administration d'un système d'information du point de vue de la gestion de parc, de la sécurité et de la maintenance de serveurs notamment de serveur de bases de données en géomatique.

Domaines de recherche

Informatique [cs] Sciences de l'Homme et Société Archéologie et Préhistoire Base de données [cs.DB]

Compétences

Connaissance approfondie des systèmes d’information Connaissance des systèmes de gestion de base de données (PostgreSQL, MariaDB, PostGIS) Connaissance des outils de l’IR* Huma-Num (GitLab, ShareDocs, Mattermost, Stylo) Connaissance des outils de programmation littéraire (Quarto, Jupyter-notebook)

Publications

Publications

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Size exclusion experiment in a grassland field unravels top-down control of the soil fauna on microbial community assembly

Mathilde Jeanbille , Sana Romdhane , Marie-Christine Breuil , David Bru , Stefan Geisen et al.
Ecology Letters, 2024, 27 (6), pp.e14442. ⟨10.1111/ele.14442⟩
Article dans une revue hal-04674236 v1

Idiosyncratic invasion trajectories of human bacterial pathogens facing temperature disturbances in soil microbial communities

Eliette Ascensio , Elodie Barbier , Arnaud Mounier , Tiffany Raynaud , Aymé Spor et al.
Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.12375. ⟨10.1038/s41598-024-63284-5⟩
Article dans une revue hal-04639981 v1
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Experimental community coalescence sheds light on microbial interactions in soil and restores impaired functions

Sarah Huet , Sana Romdhane , Marie-Christine Breuil , David Bru , Arnaud Mounier et al.
Microbiome, 2023, 11, pp.art. 42. ⟨10.1186/s40168-023-01480-7⟩
Article dans une revue hal-04019313 v1
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Evidence that a common arbuscular mycorrhizal network alleviates phosphate shortage in interconnected walnut sapling and maize plants

Emma Mortier , Arnaud Mounier , Jonathan Kreplak , Fabrice Martin-Laurent , Ghislaine G. Recorbet et al.
Frontiers in Plant Science, 2023, 14, pp.art. 1206047. ⟨10.3389/fpls.2023.1206047⟩
Article dans une revue hal-04198972 v1

Impact of repeated irrigation of lettuce cultures with municipal wastewater on the diversity and composition of root-associated arbuscular mycorrhizal fungi

Sara Gallego , Yvonne Bigott , Arnaud Mounier , Aymé Spor , Peter Schröder et al.
Biology and Fertility of Soils, 2022, 58 (5), pp.607-611. ⟨10.1007/s00374-022-01641-0⟩
Article dans une revue hal-03843285 v1
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A core microbiota of the plant-earthworm interaction conserved across soils

Samuel Jacquiod , Ruben Puga-Freitas , Aymé Spor , Arnaud Mounier , Cécile Monard et al.
Soil Biology and Biochemistry, 2020, 144, pp.107754. ⟨10.1016/j.soilbio.2020.107754⟩
Article dans une revue hal-02535174 v1
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Toward the understanding of the role of CDC48, a major component of the protein quality control, in plant immunity

Hervé Begue , Arnaud Mounier , Claire Rosnoblet , David Wendehenne
Plant Science, 2019, 279, pp.34-44. ⟨10.1016/j.plantsci.2018.10.029⟩
Article dans une revue hal-02626427 v1

The evolution of nitric oxide signalling diverges between the animal and the green lineages

Jérémy Astier , Arnaud Mounier , Jerome Santolini , Sylvain Jeandroz , David Wendehenne
Journal of Experimental Botany, 2019, ⟨10.1093/jxb/erz088⟩
Article dans une revue hal-02065043 v1

The genus <em>Rhizophagus</em> dominates arbuscular mycorrhizal fungi communities in contrasted cassava field soils in Côte d’Ivoire

Drolet Jean-Marc Sery , Diederik van Tuinen , Alice Drain , Arnaud Mounier , Adolphe Zézé
Rhizosphere, 2018, 7, pp.8-17. ⟨10.1016/j.rhisph.2018.06.007⟩
Article dans une revue hal-02628307 v1

The plasma membrane proteome of <em>Medicago truncatula</em> roots as modified by arbuscular mycorrhizal symbiosis

Achref A. Aloui , Ghislaine Recorbet , Christelle Lemaitre-Guillier , Arnaud Mounier , Thierry Balliau et al.
Mycorrhiza, 2018, 28 (1), pp.1-16. ⟨10.1007/s00572-017-0789-5⟩
Article dans une revue hal-02626498 v1

Changes in plastid proteome and structure in arbuscular mycorrhizal roots display a nutrient starvation signature

Zeina Daher , Ghislaine Recorbet , Katalin Solymosi , Stefanie Wienkoop , Arnaud Mounier et al.
Physiologia Plantarum, 2017, 159 (1), pp.13-29. ⟨10.1111/ppl.12505⟩
Article dans une revue hal-01606574 v1
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Draft genome sequence of [i]Pseudomonas[/i] sp. strain ADP, a bacterial model for studying the degradation of the herbicide atrazine

Marion Devers , Aymé Spor , Arnaud Mounier , Fabrice Martin-Laurent
Genome Announcements, 2016, 4 (1), 2p. ⟨10.1128/genomeA.01733-15⟩
Article dans une revue hal-01297022 v1

Fusarium diversity in soil using a specific molecular approach and a cultural approach

Véronique Edel-Hermann , Nadine Gautheron , Arnaud Mounier , Christian Steinberg
Journal of Microbiological Methods, 2015, 111, pp.64 - 71. ⟨10.1016/j.mimet.2015.01.026⟩
Article dans une revue hal-02631755 v1
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Direct purification of detergent-insoluble membranes from <em>Medicago truncatula</em> root microsomes : comparison between floatation and sedimentation

Christelle Guillier , Jean-Luc Cacas , Ghislaine Recorbet , Nicolas Depretre , Arnaud Mounier et al.
BMC Plant Biology, 2014, 14, ⟨10.1186/s12870-014-0255-x⟩
Article dans une revue hal-02633982 v1

The membrane proteome of <em>Medicago truncatula</em> roots displays qualitative and quantitative changes in response to arbuscular mycorrhizal symbiosis

Cosette C. Abdallah , Benoît Valot , Christelle Guillier , Arnaud Mounier , Thierry Balliau et al.
Journal of Proteomics, 2014, 108, pp.354-368. ⟨10.1016/j.jprot.2014.05.028⟩
Article dans une revue hal-02633346 v1

Selection for species interaction patterns revealed by experimental evolution of rhizosphere microbiota

Milena Gonzalo , Samuel Jacquiod , Arnaud Mounier , Manuel Blouin
Société Française d’Ecologie et d’Evolution. SFE2 2024, Oct 2024, Lyon/Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04991148 v1

Field exclusion experiment unravel the role of soil fauna in microbial community assembly

Mathilde Jeanbille , Sana Romdhane , Marie-Christine Breuil , David Bru , Stefan Geisen et al.
Talk, 3rd Global Soil Biodiversity Conference (GSB), Mar 2023, Dublin, Ireland
Communication dans un congrès hal-04896556 v1

Experimental community coalescence sheds light on microbial interactions in soil and restores impaired functions

Sarah Huet , Sana Romdhane , Marie-Christine Breuil , David Bru , Arnaud Mounier et al.
Forum des Jeunes Chercheurs Université de Bourgogne, Jun 2022, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-03714331 v1

Nitric oxide production and signalling in algae

Jérémy Astier , Arnaud Mounier , Jordan Rossi , Pauline Chatelain , Agnès Klinguer et al.
8th Plant Nitric Oxide International Meeting, Jul 2021, Virtuel, France
Communication dans un congrès hal-03534506 v1

Production et signalisation dépendante du monoxyde d'azote dans la lignée verte la surprise des microalgues

Jérémy Astier , Arnaud Mounier , Jerome Santolini , Sylvain Jeandroz , David Wendehenne
4ème e-meeting du Groupe de Recherche NOX-ROS GDR 2039, Dec 2020, Virtuel, France
Communication dans un congrès hal-03534549 v1

A field exclusion experiment to assess the role of the soil fauna in microbial community assembly

Mathilde Jeanbille , Sana Romdhane , Marie-Christine Breuil , David Bru , Stefan Geisen et al.
18th International Symposium on Microbial Ecology, Aug 2022, Lausanne, Switzerland. , 2022
Poster de conférence hal-04904265 v1

Identification of putative interactors of arabidopsis sugar transporters

Sportes Antoine , Raphael Boussageon , Pierre-Antoine Noceto , Carole Pfister , Arnaud Mounier et al.
Workshop Sugar allocation in plant, Oct 2021, Versailles, France
Poster de conférence hal-03671273 v1

Identification of putative interactors of arabidopsis sugar transporters

Sportes Antoine , Raphaël Boussageon , Pierre-Antoine Noceto , Carole Pfister , Arnaud Mounier et al.
Workshop Sugar allocation in plant, Oct 2021, Versailles, France
Poster de conférence hal-03610422 v1

The evolution of nitric oxide signalling diverges between the animal and the green lineages

Jérémy Astier , Arnaud Mounier , Jérôme Santolini , Sylvain Jeandroz , David Wendehenne
EMBO symposium 2019 : Sensing and signalling in plant stress response, Apr 2019, New Delhi, India
Poster de conférence hal-03470698 v1

Evidence of a core microbiota shaped by plant and earthworm interactions across soils

Samuel Jacquiod , Ruben Puga Freitas , Aymé Spor , Arnaud Mounier , Cécile Monard et al.
17. International Society of Microbial Ecology (ISME17), Aug 2018, Leipzig, Germany. , 2018
Poster de conférence hal-02785624 v1