Aurélie Canaguier

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Présentation

Je travaille, au sein de l’unité « Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux » (EPGV) de l’INRAE en tant qu’ingénieure d’étude, tant dans les activités de service que dans l’exploitation des données de séquençage. Accueillie par le Genoscope sous une convention d’hébergement et collaboration scientifique avec l’Institut de Biologie François Jacob du CEA, l’EPGV a pour mission principale la mise à disposition aux partenaires scientifiques de son expertise et des technologies de pointes de séquençage et de génotypage disponibles au Genoscope et CNRGH.

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Publications

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Nuclear and organelle genome assemblies of 5 Cucumis melo L. accessions, Ananas, Canton, PI 414723, Vedrantais, and Zhimali, belonging to diverse botanical groups

Javier Belinchon-Moreno , Aurelie Berard , Aurelie Canaguier , Isabelle Le-Clainche , Vincent Rittener-Ruff et al. Article dans une revue hal-05193547v1
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Oxford Nanopore and Bionano Genomics technologies evaluation for plant structural variation detection

Aurélie Canaguier , Romane Guilbaud , Erwan Denis , Ghislaine Magdelenat , Caroline Belser et al.

BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.317. ⟨10.1186/s12864-022-08499-4⟩

Article dans une revue hal-03977388v1
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A new version of the grapevine reference genome assembly (12X.v2) and of its annotation (VCost.v3)

Aurelie Canaguier , Jérome Grimplet , Gabriele Di Gaspero , Simone Scalabrin , Eric Duchêne et al.

Genomics Data, 2017, 14, pp.56-62. ⟨10.1016/j.gdata.2017.09.002⟩

Article dans une revue (data paper) hal-01619926v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe et al.

Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩

Article dans une revue istex hal-01579667v1

Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome

Boulos Chalhoub , France Denoeud , Shengyi Liu , Isobel A. P. Parkin , Haibao Tang et al.

Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. ⟨10.1126/science.1253435⟩

Article dans une revue hal-01208705v1
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Dissecting genetic architecture of grape proanthocyanidin composition through quantitative trait locus mapping

Yung Fen Huang , Agnes Doligez , Alexandre Fournier Level , Loic Le Cunff , Yves Bertrand et al.

BMC Plant Biology, 2012, 12, ⟨10.1186/1471-2229-12-30⟩

Article dans une revue hal-01267958v1

An efficient and rapid protocol for plant nuclear DNA preparation suitable for next generation sequencing methods

Gregory Carrier , Sylvain Santoni , Marguerite Rodier-Goud , Aurelie Canaguier , Alexandre de Kochko et al.

American Journal of Botany, 2011, 98 (1), pp.e13-e15. ⟨10.3732/ajb.1000371⟩

Article dans une revue hal-01506007v1
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Patterns of sequence polymorphism in the fleshless berry locus in cultivated and wild Vitis vinifera accessions

Cléa Houel , Rémi Bounon , Jamila Chaïb , Cecile C. Guichard , Jean-Pierre Peros et al.

BMC Plant Biology, 2010, 10 (284), pp.1-15. ⟨10.1186/1471-2229-10-284⟩

Article dans une revue hal-02657182v1
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Neutral invertases in grapevine and comparative analysis with Arabidopsis, poplar and rice

Alberto Nonis , Benedetto Ruperti , Alessandro Pierasco , Aurelie A. Canaguier , Anne-Francoise A.-F. Adam-Blondon et al.

Planta, 2008, 229 (1), pp.129-142. ⟨10.1007/s00425-008-0815-0⟩

Article dans une revue istex hal-02668994v1
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A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance

Marco Moroldo , Sophie Paillard , Raffaella Marconi , Fabrice Legeai , Aurélie Canaguier et al.

BMC Plant Biology, 2008, 8 (66), pp.1-14. ⟨10.1186/1471-2229-8-66⟩

Article dans une revue inria-00329169v1

DNA sequence polymorphisms and their application to bread wheat quality

Catherine Ravel , Sébastien Praud , Aurelie Canaguier , Philippe Dufour , Sandra Giancola et al.

Euphytica, 2007, 158 (3), pp.331-336. ⟨10.1007/s10681-006-9288-z⟩

Article dans une revue istex hal-01189423v1
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The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla.

Olivier Jaillon , Jean-Marc Aury , Benjamin Noel , Alberto Policriti , Christian Clepet et al.

Nature, 2007, 449 (7161), pp.463-7. ⟨10.1038/nature06148⟩

Article dans une revue inria-00180136v1
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Molecular characterization and expression analysis of the Rop GTPase family in Vitis vinifera

Philippe Abbal , Martine Pradal , Francois Xavier Sauvage , Philippe Chatelet , Sophie S. Paillard et al.

Journal of Experimental Botany, 2007, 58 (10), pp.2641-2652. ⟨10.1093/jxb/erm113⟩

Article dans une revue hal-02666655v1

Variation in crossing-over rates across chromosome 4 of Arabidopsis thaliana reveals the presence of meiotic recombination "hot spots

Jan Drouaud , Christine Camilleri , Pierre-Yves Bourguignon , Aurélie Canaguier , Aurélie Bérard et al.

Genome Research, 2006, 16 (1) (1), pp.106-114. ⟨10.1101/gr.4319006⟩

Article dans une revue hal-00017439v1

Single-nucleotide polymorphism frequency in a set of selected lines of bread wheat (Triticum aestivum L.)

Catherine Ravel , Sébastien Praud , Alain Murigneux , Aurelie Canaguier , Frederic Sapet et al.

Genome, 2006, 49 (9), pp.1131-1139. ⟨10.1139/G06-067⟩

Article dans une revue hal-01189248v1

Production of taxoids with biological activity by plants and callus culture from selected Taxus genotypes

G. Parc , A. Canaguier , P. Landré , R. Hocquemiller , D. Chriqui et al.

Phytochemistry, 2002, 59 (7), pp.725-730. ⟨10.1016/S0031-9422(02)00043-2⟩

Article dans une revue istex hal-00013213v1

Génotypage ciblé par séquençage (tGBS ) : Allegro Targeted Genotyping NebNext Direct Genotyping et pipeline d’analyses

Aurélie Canaguier , Aurélie Bérard

Wébinaire INRAE Genomics, Dec 2023, Evry (en distanciel), France

Communication dans un congrès hal-04670457v1

Toward the deciphering of chromosome structure in Vitis vinifera

Aurelie A. Canaguier , Isabelle I. Le Clainche , Aurélie A. Berard , Aurelie A. Chauveau , Marie-Stéphanie Vernerey et al.

10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva, New York, United States

Communication dans un congrès hal-02739605v1
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The grapevine reference genome sequence

Sébastien Aubourg , Nadia Bentahar , Marc Bras , Aurelie A. Canaguier , Nathalie Choisne et al.

IX International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile

Communication dans un congrès hal-02811094v1

Sequencing allelic BACs for exploring the level of genome heterozygosity in oak

Patricia P. Faivre-Rampant , Nathalie N. Pavy , Isabelle I. Le Clainche , Aurelie A. Canaguier , Cecile C. Guichard et al.

IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-00964429v1

Physical mapping and re-sequencing of a set of resistance related genes in grapevine

Marco Moroldo , Sophie Paillard , R. Marconi , Fabrice Legeai , Aurelie Canaguier et al.

17. Conference Plant and Animal Genomes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jan 2009, San Diego, United States. 1 p

Communication dans un congrès hal-01462667v1
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers

Patricia P. Faivre-Rampant , Alois Bresson , Véronique Jorge , Arnaud Dowkiw , Redouane R. El-Malki et al.

Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p

Communication dans un congrès hal-02750107v1

Allele mining in grape for the analysis of complex traits

Roberto Bacilieri , Stephane Nicolas , Richard Bounon , Alexis Dereeper , Marie-Christine Le Paslier et al.

18. Conference, Jan 2010, San Diego, United States

Communication dans un congrès hal-02754346v1
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Development of resources for comparative physical mapping between Muscadinia rotundifolia and Vitis vinifera

Iritche Zah-Bi , Sophie Blanc , Marc Bras , Aurelie A. Canaguier , Isabelle I. Le Clainche et al.

6. International Workshop of Grapevine Downy and Powdery Mildew. GDPM 2010, Jul 2010, BORDEAUX, France

Communication dans un congrès hal-02754937v1

Association genetics in relation with berry size variation in grapevine (Vitis vinifera)

Cléa Houel , Isabelle I. Le Clainche , Aurelie A. Canaguier , Anne-Francoise A.-F. Adam-Blondon , Rémi Bounon et al.

10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva (N.Y.), United States

Communication dans un congrès hal-02754943v1

High throughput SNPs discovery in grapevine, poplar and tomato

Marie-Christine Le Paslier , Rémi Bounon , Aurelie A. Chauveau , Vincent Thareau , Aurelie A. Canaguier et al.

17. Plant & Animal Genomes conference, Jan 2009, San Diego, United States

Communication dans un congrès hal-02758232v1

Association genetic studies in grape

Loic Le Cunff , Alexandre Fournier Level , Agnes Doligez , Lucie Fernandez , Charles Romieu et al.

Plant and Animal Genomes Conference, 2008, San Diego, United States

Communication dans un congrès hal-01193729v1
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Pipeline for Haplotype Frequencies Estimation from Pooled Targeted Sequencing in Maize

Minguella Raphaël , Aurélie Canaguier , Delphine Madur , Aurélie Bérard , Isabelle Le Clainche et al.

AG France Génomique, Jun 2024, Evry courcouronnes, France. 2013, ⟨10.1093/molbev/mst016⟩

Poster de conférence hal-04670307v1
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A chromosome-level assembly of lavender ‘Maillette’ using long-reads and a newly generated linkage map

Aurélie Canaguier , Damien Hinsinger , Aurélie Bérard , Isabelle Le Clainche , Berline Fopa Fomeju et al.

PAG XXI. Plant and Animal Genome Conference, Jan 2024, San Diego (California), United States. ⟨10.1371/journal.pone.0243853⟩

Poster de conférence hal-04670399v1
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Estimation of Haplotype Frequencies from Pooled Targeted Sequencing in Maize Landraces

Minguella Raphaël , Aurélie Canaguier , Delphine Madur , Damien Hinsinger , Stephane Nicolas et al.

2ème carrefour de la sélection maïs, May 2024, Saclay, France. 2013, ⟨10.1093/molbev/mst016⟩

Poster de conférence hal-04670321v1
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Long Reads for Long-Term Goals : A Genome Resource for Lavander Genetic Improvement

Berline Fopa Fomeju , Aurélie Berard , Isabelle Le Clainche , Aurélie Canaguier , Elodie Belmonte et al.

PAG XXX Plant and Animal Genome Conference, Jan 2023, San Diego (California), United States

Poster de conférence hal-03937877v1
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Feedback on tGBS with Allegro : Does it hit the target ?

Aurélie Berard , Aurélie Canaguier , Romane Guilbaud , Isabelle Le Clainche , Marie-Christine Le Paslier et al.

PAG XXX. Plant and Animal Genome, Jan 2023, San Diego (California), United States. , ⟨10.15454/4NYHD6⟩

Poster de conférence hal-03937923v1
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Du SNP au p’tit salé la lentille à l’heure de la génomique

Damien Hinsinger , Romane Guilbaud , Sandrine Contenot , Aurélie Canaguier , Patricia Faivre et al.

journées de la lentille : Restitution de résultats du projet RésiLens, Jun 2022, Dijon (Bourgogne), France. ⟨10.1101/2021.07.23.453237)⟩

Poster de conférence hal-04670343v1
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Étude du polymorphisme des génomes végétaux

Damien Hinsinger , Romane Guilbaud , Sandrine Contenot , Aurélie Canaguier , Patricia Faivre-Rampant et al.

Colloque INRAE Genomics, May 2022, Orléans, France.

Poster de conférence hal-03935707v1
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La fibre génomique du Lin

Damien Hinsinger , Romane Guilbaud , Sandrine Contenot , Aurélie Canaguier , Patricia Faivre-Rampant et al.

30ème édition du Festival du Lin et de la Fibre Artistique, Jul 2022, Saint-Pierre-Le-Viger, France.

Poster de conférence hal-03937438v1
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LONG DNA TECHNOLOGIES EVALUATION FOR PLANT STRUCTURAL VARIATIONS DETECTION : NANOPORE ONT SEQUENCING vs BIONANO GENOMICS OPTICAL MAPPING

Aurélie Canaguier , Erwan Denis , Romane Guilbaud , Ghislaine Magdelenat , Caroline Belser et al.

Plant and Animal Genome XXVIII Conference, Jan 2020, San Diego, United States.

Poster de conférence hal-02925940v1

Long DNA technologies evaluation for plant structural variations detection: Nanopore ONT sequencing vs Bionano Genomics optical mapping

Aurélie Canaguier , Erwan Denis , Romane Guilbaud , Ghislaine Magdelenat , Caroline Belser et al.

- Plant and Animal Genome XXVIII Conference, 2020, San Diego, CA, United States

Poster de conférence hal-04331757v1
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Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux

Aurélie Berard , Aurélie Canaguier , Aurelie Chauveau , Sandrine Contenot , Isabelle Le Clainche et al.

JOURNÉES SCIENTIFIQUES DU DÉPARTEMENT BAP, Sep 2019, Giens, France

Poster de conférence hal-02930070v1
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BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.

Aurelie Canaguier , Véronique Jorge , Vanina Guérin , Odile Rogier , Isabelle Le Clainche et al.

7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations

Poster de conférence hal-02737648v1
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BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genome

Aurelie Canaguier , Véronique Jorge , Vanina Guérin , Odile Rogier , Vincent Segura et al.

PAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018

Poster de conférence hal-02736419v1
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Improvement of the Grapevine genome assembly

Aurelie A. Canaguier , Simone Scalabrin , Marie-Christine Le Paslier , Eric Duchêne , Nacer Mohellibi et al.

Plant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, CA, United States. 2014

Poster de conférence hal-02796033v1

BAC libraries for structural genomic development in oak

Patricia P. Faivre-Rampant , Isabelle Lesur Kupin Lesur , Isabelle I. Le Clainche , Aurelie A. Canaguier , Clément Boussardon et al.

IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p., 2012

Poster de conférence hal-02808373v1
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers

Alois Bresson , Véronique Jorge , Arnaud Dowkiw , Redouane R. El-Malki , Vincent Segura et al.

Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux

Poster de conférence hal-02749127v1