Aurélie Canaguier
Présentation
Je travaille, au sein de l’unité « Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux » (EPGV) de l’INRAE en tant qu’ingénieure d’étude, tant dans les activités de service que dans l’exploitation des données de séquençage. Accueillie par le Genoscope sous une convention d’hébergement et collaboration scientifique avec l’Institut de Biologie François Jacob du CEA, l’EPGV a pour mission principale la mise à disposition aux partenaires scientifiques de son expertise et des technologies de pointes de séquençage et de génotypage disponibles au Genoscope et CNRGH.
Publications
Publications
Génotypage ciblé par séquençage (tGBS ) : Allegro Targeted Genotyping NebNext Direct Genotyping et pipeline d’analysesWébinaire INRAE Genomics, Dec 2023, Evry (en distanciel), France |
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Toward the deciphering of chromosome structure in Vitis vinifera10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva, New York, United States |
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The grapevine reference genome sequenceIX International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile |
Sequencing allelic BACs for exploring the level of genome heterozygosity in oakIUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p |
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Physical mapping and re-sequencing of a set of resistance related genes in grapevine17. Conference Plant and Animal Genomes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jan 2009, San Diego, United States. 1 p |
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p |
Allele mining in grape for the analysis of complex traits18. Conference, Jan 2010, San Diego, United States |
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Development of resources for comparative physical mapping between Muscadinia rotundifolia and Vitis vinifera6. International Workshop of Grapevine Downy and Powdery Mildew. GDPM 2010, Jul 2010, BORDEAUX, France |
Association genetics in relation with berry size variation in grapevine (Vitis vinifera)10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva (N.Y.), United States |
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High throughput SNPs discovery in grapevine, poplar and tomato17. Plant & Animal Genomes conference, Jan 2009, San Diego, United States |
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Association genetic studies in grapePlant and Animal Genomes Conference, 2008, San Diego, United States |
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Pipeline for Haplotype Frequencies Estimation from Pooled Targeted Sequencing in MaizeAG France Génomique, Jun 2024, Evry courcouronnes, France. 2013, ⟨10.1093/molbev/mst016⟩ |
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A chromosome-level assembly of lavender ‘Maillette’ using long-reads and a newly generated linkage mapPAG XXI. Plant and Animal Genome Conference, Jan 2024, San Diego (California), United States. ⟨10.1371/journal.pone.0243853⟩ |
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Estimation of Haplotype Frequencies from Pooled Targeted Sequencing in Maize Landraces2ème carrefour de la sélection maïs, May 2024, Saclay, France. 2013, ⟨10.1093/molbev/mst016⟩ |
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Long Reads for Long-Term Goals : A Genome Resource for Lavander Genetic ImprovementPAG XXX Plant and Animal Genome Conference, Jan 2023, San Diego (California), United States |
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Feedback on tGBS with Allegro : Does it hit the target ?PAG XXX. Plant and Animal Genome, Jan 2023, San Diego (California), United States. , ⟨10.15454/4NYHD6⟩ |
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Du SNP au p’tit salé la lentille à l’heure de la génomiquejournées de la lentille : Restitution de résultats du projet RésiLens, Jun 2022, Dijon (Bourgogne), France. ⟨10.1101/2021.07.23.453237)⟩ |
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Étude du polymorphisme des génomes végétauxColloque INRAE Genomics, May 2022, Orléans, France. |
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La fibre génomique du Lin30ème édition du Festival du Lin et de la Fibre Artistique, Jul 2022, Saint-Pierre-Le-Viger, France. |
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LONG DNA TECHNOLOGIES EVALUATION FOR PLANT STRUCTURAL VARIATIONS DETECTION : NANOPORE ONT SEQUENCING vs BIONANO GENOMICS OPTICAL MAPPINGPlant and Animal Genome XXVIII Conference, Jan 2020, San Diego, United States. |
Long DNA technologies evaluation for plant structural variations detection: Nanopore ONT sequencing vs Bionano Genomics optical mapping- Plant and Animal Genome XXVIII Conference, 2020, San Diego, CA, United States |
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Étude du Polymorphisme des Génomes VégétauxJOURNÉES SCIENTIFIQUES DU DÉPARTEMENT BAP, Sep 2019, Giens, France |
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BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations |
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BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genomePAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018 |
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Improvement of the Grapevine genome assemblyPlant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, CA, United States. 2014 |
BAC libraries for structural genomic development in oakIUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p., 2012 |
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Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux |
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Molecular linkage maps: strategies, resources and achievementsGenetics, Genomics and Breeding of Crop Plants, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4 |
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Intra-specific NLR allelic diversity and genomic landscape for plant resistance association studies2025 |
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Nanopore adaptive sampling to identify the NLR-gene family in melon (Cucumis melo L.)2024 |
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Analyse et exploitation de séquences SangerÉcole thématique. France. 2017 |