Benoit Ballester

Chargé de Recherche Hors Classe en Bioinformatique à l'INSERM - HDR
73%
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65
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Affiliations actuelles
  • Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
  • Theories and Approaches of Genomic Complexity (TAGC)
  • Aix Marseille Université (AMU)
Identifiants chercheurs

Présentation

Mes recherches portent sur la régulation des gènes à travers l’exploration des régions non codantes du génome, en combinant génomique comparative, analyses multi-omiques et modélisation des données à grande échelle.

Mes travaux se concentre sur l’identification, la cartographie et la caractérisation des éléments régulateurs – notamment les enhancers – dans les génomes humains et modèles. Pour cela, j’ai développé ReMap, une ressource ouverte qui agrège et harmonise des milliers de jeux de données ChIP-seq pour des centaines de facteurs de transcription. ReMap permet d’identifier les régions du génome potentiellement actives en tant qu’enhancers ou sites de régulation transcriptionnelle : http://remap.univ-amu.fr

Je m’intéresse aussi à la transcription des régions intergéniques et à son lien avec l’activité régulatrice, en mobilisant RNA-seq, CAGE-seq et d'autres technologies transcriptomiques. Ces travaux visent à mieux comprendre comment certains loci intergéniques non annotés participent à la régulation fine de l'expression des gènes.

Enfin, une ligne de recherche plus récente explore la présence d’éléments régulateurs dans les séquences codantes, en particulier des enhancers situés dans les exons. Ce travail interroge les frontières classiques entre régions codantes et non codantes, et soulève des questions fondamentales sur l’évolution et la multifonctionnalité de l’ADN.

Ensemble, ces approches visent à réévaluer la complexité du génome et à mieux comprendre comment ses différentes couches – codantes ou non – interagissent pour réguler les programmes d’expression, dans des contextes cellulaires, développementaux et pathologiques.

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Publications

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MUFFIN: a suite of tools for the analysis of functional sequencing data

Pierre De langen , Benoit Ballester
NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6 (2), pp.lqae051. ⟨10.1093/nargab/lqae051⟩
Article dans une revue hal-04642848 v1
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Comprehensive mapping of genetic variation at Epromoters reveals pleiotropic association with multiple disease traits

Jing Wan , Antoinette van Ouwerkerk , Jean-Christophe Mouren , Carla Heredia , Lydie Pradel et al.
Nucleic Acids Research, 2024, ⟨10.1093/nar/gkae1270⟩
Article dans une revue hal-04882272 v1
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Characterizing intergenic transcription at RNA polymerase II binding sites in normal and cancer tissues

Pierre de Langen , Fayrouz Hammal , Elise Guéret , Jean-Christophe Mouren , Lionel Spinelli et al.
Cell Genomics, 2023, 3, pp.100411. ⟨10.1016/j.xgen.2023.100411⟩
Article dans une revue hal-04228229 v1
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ChagasDB: 80 years of publicly available data on the molecular host response to <i>Trypanosoma cruzi</i> infection in a single database

Pauline Brochet , Jean-Christophe Mouren , Laurent Hannouche , Fabrice Lopez , Benoit Ballester et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2023, 2023, pp.baad037. ⟨10.1093/database/baad037⟩
Article dans une revue hal-04284853 v1
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JASPAR 2022: the 9th release of the open-access database of transcription factor binding profiles

Jaime A Castro-Mondragon , Rafael Riudavets-Puig , Ieva Rauluseviciute , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (D1), pp.D165-D173. ⟨10.1093/nar/gkab1113⟩
Article dans une revue hal-03463821 v1
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ReMap 2022: a database of Human, Mouse, Drosophila and Arabidopsis regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding sequencing experiments

Fayrouz Hammal , Pierre De langen , Aurélie Bergon , Fabrice Lopez , Benoit Ballester
Nucleic Acids Research, 2022, ⟨10.1093/nar/gkab996⟩
Article dans une revue hal-03433360 v1
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Anomaly detection in genomic catalogues using unsupervised multi-view autoencoders

Quentin Ferré , Jeanne Chèneby , Denis Puthier , Cécile Capponi , Benoît Ballester
BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.460. ⟨10.1186/s12859-021-04359-2⟩
Article dans une revue inserm-03356659 v1
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JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor binding profiles.

Oriol Fornés , Jaime Castro-Mondragon , Aziz Khan , Robin van Der Lee , Xi Zhang et al.
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (D1), pp.D87-D92. ⟨10.1093/nar/gkz1001⟩
Article dans une revue hal-02365013 v1
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Insights gained from a comprehensive all- against-all transcription factor binding motif benchmarking study

Giovanna Ambrosini , Ilya Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Genome Biology, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s13059-020-01996-3⟩
Article dans une revue hal-02773294 v1
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ReMap 2020: a database of regulatory regions from an integrative analysis of Human and Arabidopsis DNA-binding sequencing experiments

Jeanne Chèneby , Zacharie Ménétrier , Martin Mestdagh , Thomas Rosnet , Allyssa Douida et al.
Nucleic Acids Research, 2020, ⟨10.1093/nar/gkz945⟩
Article dans une revue hal-02351736 v1
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A predictable conserved DNA base composition signature defines human core DNA replication origins

Ildem Akerman , Bahar Kasaai , Alina Bazarova , Pau Biak Sang , Isabelle Peiffer et al.
Nature Communications, 2020, ⟨10.1038/s41467-020-18527-0⟩
Article dans une revue hal-02945610 v1
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Involvement of G-quadruplex regions in mammalian replication origin activity

Paulina Prorok , Marie Artufel , Antoine Aze , Philippe Coulombe , Isabelle Peiffer et al.
Nature Communications, 2019, 10 (1), pp.3274. ⟨10.1038/s41467-019-11104-0⟩
Article dans une revue hal-03101805 v1
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A map of direct TF–DNA interactions in the human genome

Marius Gheorghe , Geir Kjetil Sandve , Aziz Khan , Jeanne Chèneby , Benoit Ballester et al.
Nucleic Acids Research, 2019, ⟨10.1093/nar/gky1210⟩
Article dans une revue hal-01980383 v1
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A map of direct TF–DNA interactions in the human genome

Marius Gheorghe , Geir Kjetil Sandve , Aziz Khan , Jeanne Chèneby , Benoit Ballester et al.
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (14), pp.7715-7715. ⟨10.1093/nar/gkz582⟩
Article dans une revue hal-02531478 v1
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ReMap 2018: an updated atlas of regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding ChIP-seq experiments

Jeanne Chèneby , Marius Gheorghe , Marie Artufel , Anthony Mathelier , Benoit Ballester
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D267-D275. ⟨10.1093/nar/gkx1092⟩
Article dans une revue hal-01646201 v1
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Erratum. JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework

Robin Van der lee , Benoit Ballester , François Parcy , Aziz Khan , Oriol Fornés et al.
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D1284-D1284. ⟨10.1093/nar/gkx1188⟩
Article dans une revue hal-01980416 v1
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JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework

Aziz Khan , Oriol Fornés , Arnaud Stigliani , Marius Gheorghe , Jaime A. Castro-Mondragon et al.
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D260-D266. ⟨10.1093/nar/gkx1126⟩
Article dans une revue hal-01646126 v1
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Integrative analysis of public ChIP-seq experiments reveals a complex multi-cell regulatory landscape

Aurélien Griffon , Quentin Barbier , Jordi Dalino , Jacques van Helden , Salvatore Spicuglia et al.
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (e27), ⟨10.1093/nar/gku1280⟩
Article dans une revue hal-01219379 v1
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The chromatin environment shapes DNA replication origin organization and defines origin classes

Christelle Cayrou , Benoit Ballester , Isabelle Peiffer , Romain Fenouil , Philippe Coulombe et al.
Genome Research, 2015, 25 (12), pp.1873-1885. ⟨10.1101/gr.192799.115⟩
Article dans une revue hal-03101863 v1
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High-throughput and quantitative assessment of enhancer activity in mammals by CapStarr-seq

Laurent Vanhille , Aurélien Griffon , Muhammad Ahmad Maqbool , Joaquin Zacarias-Cabeza , Lan T.M. Dao et al.
Nature Communications, 2015, 6, pp.6905. ⟨10.1038/ncomms7905⟩
Article dans une revue hal-01614948 v1
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TAF4, a subunit of transcription factor II D, directs promoter occupancy of nuclear receptor HNF4A during post-natal hepatocyte differentiation

Daniil Alpern , Diana Langer , Benoit Ballester , Stephanie Le Gras , Christophe Romier et al.
eLife, 2014, 3, pp.308-312. ⟨10.7554/eLife.03613.001⟩
Article dans une revue hal-01404987 v1
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Multi-species, multi-transcription factor binding highlights conserved control of tissue-specific biological pathways

Benoit Ballester , Alejandra Medina-Rivera , Dominic Schmidt , Mar Gonzàlez-Porta , Matthew Carlucci et al.
eLife, 2014, 462, pp.e02626. ⟨10.7554/eLife.02626.031⟩
Article dans une revue hal-01455448 v1

A CpG mutational hotspot in a ONECUT binding site accounts for the prevalent variant of hemophilia B Leyden.

Alister P W Funnell , Michael D Wilson , Benoit Ballester , Ka Sin Mak , Jon Burdach et al.
American Journal of Human Genetics, 2013, 92 (3), pp.460--467
Article dans une revue hal-01615153 v1

Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages

Dominic Schmidt , Petra C Schwalie , Michael D Wilson , Benoit Ballester , Angela Goncalves et al.
Cell, 2012, 148 (1-2), pp.335--348
Article dans une revue hal-01615154 v1

Identification of proteomic signatures of mantle cell lymphoma, small lymphocytic lymphoma, and marginal zone lymphoma biopsies by surface enhanced laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry.

Delphine Rolland , Ali Bouamrani , Rémi Houlgatte , Aurélie Barbarat , Claire Ramus et al.
Leukemia & lymphoma, 2011, 52 (4), pp.648--658
Article dans une revue hal-01615155 v1

Five-vertebrate ChIP-seq reveals the evolutionary dynamics of transcription factor binding

Dominic Schmidt , Michael D Wilson , Benoit Ballester , Petra C Schwalie , Gordon D Brown et al.
Science (New York, NY), 2010, 328 (5981), pp.1036--1040
Article dans une revue hal-01615156 v1
Image document

Consistent annotation of gene expression arrays

Benoit Ballester , Nathan Johnson , Glenn Proctor , Paul Flicek
BMC Genomics, 2010, 11, pp.294
Article dans une revue hal-01615157 v1

Ensembl's 10th year.

Nathan Johnson , Andreas Kähäri , Damian Keefe , Stephen Keenan , Rhoda Kinsella et al.
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Database issue), pp.D557--62
Article dans une revue hal-01615158 v1

BioMart Central Portal―unified access to biological data.

Syed Haider , Benoit Ballester , Damian Smedley , Junjun Zhang , Peter Rice et al.
Nucleic Acids Research, 2009, 37 (Web Server issue), pp.W23--7
Article dans une revue hal-01615159 v1

Ensembl 2009.

T J P Hubbard , B L Aken , S Ayling , Benoit Ballester , K Beal et al.
Nucleic Acids Research, 2009, 37 (Database issue), pp.D690--7
Article dans une revue hal-01615160 v1
Image document

BioMart―biological queries made easy

Damian Smedley , Syed Haider , Benoit Ballester , Richard Holland , Darin London et al.
BMC Genomics, 2009, 10 (1), pp.22. ⟨10.1186/1471-2164-10-22⟩
Article dans une revue hal-01615162 v1

Strand selective generation of endo-siRNAs from the Na/phosphate transporter gene Slc34a1 in murine tissues.

Mark Carlile , Daniel Swan , Kelly Jackson , Keziah Preston-Fayers , Benoit Ballester et al.
Nucleic Acids Research, 2009, 37 (7), pp.2274--2282
Article dans une revue hal-01615161 v1

Ensembl 2008

P. Flicek , B. Aken , K. Beal , Benoit Ballester , M. Caccamo et al.
Nucleic Acids Research, 2007, 36 (Database), pp.D707 - D714. ⟨10.1093/nar/gkm988⟩
Article dans une revue hal-01626053 v1

Ensembl 2007.

T J P Hubbard , B L Aken , K Beal , Benoit Ballester , M Caccamo et al.
Nucleic Acids Research, 2006, 35 (Database issue), pp.D610--7
Article dans une revue hal-01615163 v1

Gene expression profiling identifies molecular subgroups among nodal peripheral T-cell lymphomas

B Ballester , O Ramuz , C Gisselbrecht , G Doucet , L Loi et al.
Oncogene, 2006, 25 (10), pp.1560-1570. ⟨10.1038/sj.onc.1209178⟩
Article dans une revue hal-01612147 v1

Gene profiling reveals specific oncogenic mechanisms and signaling pathways in oncocytic and papillary thyroid carcinoma

O Baris , D Mirebeau-Prunier , F Savagner , P Rodien , B Ballester et al.
Oncogene, 2005, 24 (25), pp.4155-4161. ⟨10.1038/sj.onc.1208578⟩
Article dans une revue hal-01612148 v1

The Sgp3 locus on mouse chromosome 13 regulates nephritogenic gp70 autoantigen expression and predisposes to autoimmunity

Catherine Laporte , Benoit Ballester , Charles Mary , Shozo Izui , Luc Reininger
Journal of Immunology, 2003, 171 (7), pp.3872--3877
Article dans une revue hal-01615164 v1
Image document

Genome-wide Characterization of Exons as Regulatory Elements

Jean-Christophe Mouren , Antoinette van Ouwerkerk , Magali Torres , Frédéric Gallardo , Salvatore Spicuglia et al.
JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France
Poster de conférence hal-04633459 v1

Intergenic RNAPII Atlas : output data

Pierre de Langen , Fayrouz Hammal , Élise Guéret , Jean-Christophe Mouren , Lionel Spinelli et al.
Dataset 10.5281/zenodo.7740072

Intergenic RNAP2 Atlas : output data

Pierre de Langen , Fayrouz Hammal , Élise Guéret , Lionel Spinelli , Benoît Ballester
Dataset 10.5281/zenodo.7740073

Intergenic RNAPII Atlas : input data

Pierre de Langen , Fayrouz Hammal , Élise Guéret , Jean-Christophe Mouren , Lionel Spinelli et al.
Dataset 10.5281/zenodo.7785392

MUFFIN : A suite of tools for the analysis of functional sequencing data - Example input data

Pierre de Langen , Benoît Ballester
Dataset 10.5281/zenodo.10561580

MUFFIN : A suite of tools for the analysis of functional sequencing data - Example input data

Pierre de Langen , Benoît Ballester
Dataset 10.5281/zenodo.10561582

Data for the paper "Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study".

Giovanna Ambrosini , Ilya E. Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Dataset 10.5281/zenodo.3702150

Intergenic RNAPII Atlas : input data

Pierre de Langen , Fayrouz Hammal , Élise Guéret , Jean-Christophe Mouren , Lionel Spinelli et al.
Dataset 10.5281/zenodo.7785393

Intergenic RNAPII Atlas : output data

Pierre de Langen , Fayrouz Hammal , Élise Guéret , Jean-Christophe Mouren , Lionel Spinelli et al.
Dataset 10.5281/zenodo.8091826

Data for the paper "Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study".

Giovanna Ambrosini , Ilya E. Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Dataset 10.5281/zenodo.3702149

Additional file 3 of Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study

Giovanna Ambrosini , Ilya E. Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Dataset 10.6084/m9.figshare.12284996

Additional file 6 of Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study

Giovanna Ambrosini , Ilya E. Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Dataset 10.6084/m9.figshare.12285026

Additional file 2 of Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study

Giovanna Ambrosini , Ilya E. Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Dataset 10.6084/m9.figshare.12284990

Additional file 5 of Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study

Giovanna Ambrosini , Ilya E. Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Dataset 10.6084/m9.figshare.12285014

Additional file 7 of Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study

Giovanna Ambrosini , Ilya E. Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Dataset 10.6084/m9.figshare.12285035

Additional file 4 of Insights gained from a comprehensive all-against-all transcription factor binding motif benchmarking study

Giovanna Ambrosini , Ilya E. Vorontsov , Dmitry Penzar , Romain Groux , Oriol Fornés et al.
Dataset 10.6084/m9.figshare.12285002

JASPAR TFBS LOLA databases - Part 1

Jaime Abraham Castro Mondragón , Rafael Riudavets Puig , Ieva Rauluševičiūtė , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Dataset 10.5281/zenodo.5510266

JASPAR TFBS LOLA databases - Part 2

Jaime Abraham Castro Mondragón , Rafael Riudavets Puig , Ieva Rauluševičiūtė , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Dataset 10.5281/zenodo.6860555

JASPAR TFBS LOLA databases - Part 2

Jaime Abraham Castro Mondragón , Rafael Riudavets Puig , Ieva Rauluševičiūtė , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Dataset 10.5281/zenodo.5511679

JASPAR TFBS LOLA databases - Part 1

Jaime Abraham Castro Mondragón , Rafael Riudavets Puig , Ieva Rauluševičiūtė , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Dataset 10.5281/zenodo.6860527

ReMap 2022: a database of Human, Mouse, Drosophila and Arabidopsis regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding sequencing experiments

Benoît Ballester
Dataset 10.5281/zenodo.10527088

ReMap 2022: a database of Human, Mouse, Drosophila and Arabidopsis regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding sequencing experiments

Benoît Ballester
Dataset 10.5281/zenodo.10527087

JASPAR TFBS LOLA databases - Part 2

Jaime Abraham Castro Mondragón , Rafael Riudavets Puig , Ieva Rauluševičiūtė , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Dataset 10.5281/zenodo.5511680

JASPAR TFBS LOLA databases - Part 1

Jaime Abraham Castro Mondragón , Rafael Riudavets Puig , Ieva Rauluševičiūtė , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Dataset 10.5281/zenodo.5510267

JASPAR TFBS LOLA databases - Part 1

Jaime Abraham Castro Mondragón , Rafael Riudavets Puig , Ieva Rauluševičiūtė , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Dataset 10.5281/zenodo.5555932

JASPAR TFBS LOLA databases - Part 2

Jaime Abraham Castro Mondragón , Rafael Riudavets Puig , Ieva Rauluševičiūtė , Roza Berhanu Lemma , Laura Turchi et al.
Dataset 10.5281/zenodo.5555937