
Benoit Ballester
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
- Theories and Approaches of Genomic Complexity (TAGC)
- Aix Marseille Université (AMU)
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benoit-ballester
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0000-0002-0834-7135
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111468833
- ResearcherID : N-6127-2016
Présentation
Mes recherches portent sur la régulation des gènes à travers l’exploration des régions non codantes du génome, en combinant génomique comparative, analyses multi-omiques et modélisation des données à grande échelle.
Mes travaux se concentre sur l’identification, la cartographie et la caractérisation des éléments régulateurs – notamment les enhancers – dans les génomes humains et modèles. Pour cela, j’ai développé ReMap, une ressource ouverte qui agrège et harmonise des milliers de jeux de données ChIP-seq pour des centaines de facteurs de transcription. ReMap permet d’identifier les régions du génome potentiellement actives en tant qu’enhancers ou sites de régulation transcriptionnelle : http://remap.univ-amu.fr
Je m’intéresse aussi à la transcription des régions intergéniques et à son lien avec l’activité régulatrice, en mobilisant RNA-seq, CAGE-seq et d'autres technologies transcriptomiques. Ces travaux visent à mieux comprendre comment certains loci intergéniques non annotés participent à la régulation fine de l'expression des gènes.
Enfin, une ligne de recherche plus récente explore la présence d’éléments régulateurs dans les séquences codantes, en particulier des enhancers situés dans les exons. Ce travail interroge les frontières classiques entre régions codantes et non codantes, et soulève des questions fondamentales sur l’évolution et la multifonctionnalité de l’ADN.
Ensemble, ces approches visent à réévaluer la complexité du génome et à mieux comprendre comment ses différentes couches – codantes ou non – interagissent pour réguler les programmes d’expression, dans des contextes cellulaires, développementaux et pathologiques.
Publications
Publications
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Genome-wide Characterization of Exons as Regulatory ElementsJOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France
Poster de conférence
hal-04633459
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Exonic enhancers are a widespread class of dual-function regulatory elements2025
Pré-publication, Document de travail
(preprint/prepublication)
hal-05126239
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Contextualising transcription factor binding during embryogenesis using natural sequence variation2025
Pré-publication, Document de travail
hal-04894851
v1
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