
Cecile CABASSON
Présentation
Plus de 30 ans d'expérience dans l'Enseignement Supérieur et la Recherche
Biographie
Je suis maître de conférences en Physiologie végétale à l'Université de Bordeaux depuis 2000. Mes travaux portent sur le métabolisme et la physiologie des fruits et leur impact sur la croissance, la production de biomasse et la qualité nutritionnelle. Mon lieu de recherche privilégié est l'INRAE, dans l'équipe de recherche Métabolisme, qui collabore avec plusieurs instituts professionnels (INVENIO, ASTHREDOR, CTIFL...). Actuellement, je suis impliquée dans un des Grands programmes de Recherche Bordeaux Plant Science de l'université de Bordeaux (axe "Phytostim"). Je suis membre depuis sa création de la Plateforme MetaboHUB Bordeaux, une structure dédiée à l’analyse du métabolome des plantes et j'adhère au réseau français de métabolomique et de fluxomique (RFMF). Depuis septembre 2021, je suis co-responsable Qualité du système management de la Plateforme Bordeaux Metabolome certifiée ISO 9001:2015. J'enseigne la biologie et la physiologie végétale et la biostatistique à l'Université de Bordeaux en Licence et en Master. J'ai été attachée temporaire à l’enseignement et à recherche (ATER) à l'Université de Bordeaux dans l'équipe de recherche Génie des Procédés de Périgueux (ERAP 1999 à 2001) et à l’Université de Montpellier dans l'équipe de recherche en horticulture à l'INRA d'Avignon (UGALF 1994/1995) ; doctorante à l'Université de Montpellier dans l'équipe de recherche BIOTROP au CIRAD (1990 à 1993). J'ai obtenu la bourse Dufrenoy de l'Académie d'Agriculture de France pour ses travaux sur l'hybridation des agrumes en collaboration avec le professeur J.W. Grosser du Citrus Research & Education Center de l’Université de Gainsville, USA (CREC 1992).Adresse UMR 1332
Coordonnées : Biologie du Fruit et Pathologie, Centre INRAE Bordeaux Nouvelle Aquitaine, 71, avenue Edouard Bourlaux, 33882 Villenave d'Ornon Cedex, France
TITRES
Doctorat en Physiologie, Université des Sciences & Techniques du Languedoc-Montpellier II (Décembre 1993) Mention très honorable
Ecole doctorale "Biologie des systèmes intégrés Agronomie-Environnement"
Laboratoire : CIRAD-BIOTROP
Titre de la thèse : Régénération de la Mandrine commune (Citrus deliciosa Ten.) par embryogenèse somatique en milieu liquide. Fusions somatiques et essais de transformation génétique.”
Directeur et co-directeur de thèse : Dr. Claude Teisson et Dr. Patrick Ollitrault, CIRAD Montpellier
EXPÉRIENCE EN ENSEIGNEMENT
Depuis 2018 Maître de conférences, UF Biologie, Collège Sciences & Technnologies, Université de Bordeaux
UF Biologie : Licence (Physiologie végétale), en Master (Biostatistique)
Responsable de cinq unités d'enseignement en Master et en Licence. Agronomie des plantes à valeurs santé, Complément alimentaire Securité & innovation, Biostatistique, Bio stage dating, Simulating life.
2000-2018 Maître de conférences, IUT Périgueux, Université de Bordeaux IV
Département Génie biologique : DUT1 (Biologie cellulaire, Physiologie végétale, Ecologie, Statistique) et DUT2 (Ecophysiologie, Biotechnologie)
Responsable pédagogique du DUT1 (2001/2002)
UF Biologie : Master Biologie et Biotechnologie des plantes (Biostatistique)
1999-2000 Attachée temporaire à l'Enseignement et à la Recherche, Dép.Génie biologique, IUT Périgueux, Université de Bordeaux IV
Département Génie biologique : DUT1 (Biologie cellulaire, Ecologie, Statistique)
1993-1994 Attachée temporaire à l'Enseignement et à la Recherche, Université de Montpellier II
UFR Biologie : Préparation au CAPES, DEUG B (Biologie végétale)
1996-1999 Chargée de mission, Université d'Avignon et des Pays du Vaucluse
Formation continue : DAEU-B (Biologie)
Département Génie biologique/IUT d'Avignon : Création de l'option Agronomie
1990-1993 Monitrice de l'enseignement supérieur, Université Montpellier II
UF Bioologie : DEUG B (Biologie végétale TP/TD)
EXPÉRIENCE EN RECHERCHE
Depuis 2002 UMR 1332 Biologie du fruit & Pathologie (UMR 619 Biologie du fruit jusqu'en 2010), Université de Bordeaux et INRAE
Rattachée à l'équipe Métabolisme sous la direction du Dr. Yves GIBON (Pr. D. ROLIN jusqu'en 2010), Département des Sciences de l'Environnement
Thématique de recherche : Etude de la régulation du métabolisme au cours des phases précoces du développement des fruits charnus dans le cadre d’une approche de génomique fonctionnelle chez la tomate.
2010/2011 UMR 5200, Laboratoire de Biogenèse membranaire, CNRS et Université de Bordeaux
Détachement dans l'équipe Métabolisme lipidique sous la direction du Dr JJ Bessoule et R. LESSIRE
Thématique de recherche : Etude du métabolisme des lipides dans la graine de tomate
1999-2000 Equipe de Recherche Appliquée de Périgueux
En collaboration avec l'Institut de Chimie de la Matière Condensée de Bordeaux sous la direction du Pr. G. DEMAZEAU
Thématique de recherche : Application des Hautes Pressions à la conservation des végétaux
1993-1994 Station de Génétique et d'Amélioration des Fruits et Légumes, INRA Avignon
Rattachée à l'équipe Amélioration des Curcubitaceae sous la Direction des Dr. M. Pitrat et C. Dogimont
Thématique de recherche : Amélioration génétique du Melon par hybridation somatique pour l'introgression de gènes d'intérêt dans la résistance aux pathogènes.
1992 Citrus Research & Education Center, University of Florida
Stage doctoral dans le laboratoire de Plant Cell Genetics sous la direction du Pr J.W. Grosser
Thématique de recherche : Amélioration génétique des Citrus par hybridation somatique pour l'introgression de gènes d'intérêt pour la flaveur des fruits.
PROJETS
- Participation à plusieurs projets nationaux et européens :
Grand Programme de Recherche [Bordeaux Plant Science] (axe "Phytostim") https://www.u-bordeaux.fr/recherche/ambition-scientifique/grands-programmes-de-recherche/BPS (2021-2015). Etude du métabolisme des plantes traitées avec biostimulant ou biocontrôle.
Projet Investissement infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique METABOHUB (2013-2024). Analyse et gestion des données.
Projet ANR FRIMOUSS (2015-2019) sur la modélisation du métabolisme des fruits. Quantification des isoprénoïdes et des nucléotides, gestion des données.
Projet FEDER OPTIFRAISE (2015-2018) sur la gestion de l'eau en culture hors-sol. Membre du COPIL, experte en physiologie végétale.
Projet Erasysbio+ Fruit Integrative Modelling (2011-2015). Participation l'échantillonnage et à l'analyse des données.
Projet européen STREP META-PHOR Metabolomics for Plants, Health and Outreach (2006-2009). Participation à l'échantillonnage et mise au point de protocoles d'extraction pour l'analyse RMN haut débit.
Projet Genoplante GEN036 - MetaboP (2004-2006). Contribution à la création de Mery-B a web knowledgebase for the storage, visualization, analysis and annotation of plant NMR metabolomic profiles et interaction avec le Plant Ontology Consortium pour la mise en place d'une ontologie chez la tomate.
Projet Alliance (2005-2006). Collaboration avec la Dr M. Defernez de l'Institut of Food Research à Norwich (UK). Développement d'une méthodologie d'alignement des spectres RMN et d'analyse des données.
- Porteuse de projets locaux :
Projet visiting scholars financé par l’Initiative d'Excellence de Bordeaux (2017). Invitation du Pr J.W Grosser.
Projet d’innovation pédagogique financé par l’Initiative d'Excellence de Bordeaux (2015). Création d'un enseignement hybride en Biostatistique.
RESPONSABILITES
Membre de la Plateforme METABOHUB Bordeaux depuis sa création en 2002, labellisée IBISA en 2008
*Co-responsable du management du système de qualité certifié ISO9001:2015
Membre élue à la section CNU 66 depuis 2015 (titulaire depuis 2019)
Membre élue au Comité Technique de l'Université de Bordeaux depuis 2018
Membre élue au Conseil d' Administration del'IUT de Périgueux de 2001 à 2004
Membre du groupe fonctionnel pour la mise en place de la Mission d'Appui à la Pédagogie et à l'Innovation de l'Université de Bordeaux (2014)
FORMATION
1990 - D.E.A. Sciences Agronomique, Université Montpellier II, Ecole Nationale Supérieure d'Agronomie de Montpellier
Titre : La culture d'anthères chez le blé dur (Triticum aestivum turgidum ssp. durum L. : étape de l'androgenèse et variabilité)
Directeur et co-directeur : Dr. Marc Coumans et Pr. J.J. Macheix
1989 - Maîtrise Biolgie des Organismes et des Population option Recherche, Université Aix-Marseille III (mention Bien)
1988 - Licence Biologie des Organismes, Université Aix-Marseille III (mention Bien)
1987 - DUT Génie biologie option Agronomie, IUT Villers-lès-Nancy, Université Nancy I
1985 - Baccalauréat C, Académie de Strasbourg
Publications
Publications
Modeling the effect of biostimulants on horticultural crop performance, Poinsettia: an approach combining non-target plant analysis methods and data scienceEuropean Horticulture Congress, International Society for Horticultural Science, May 2024, Bucarest (Roumanie), Romania
Communication dans un congrès
hal-04677528
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Biostimulants in horticulture: how difficult is it to value techno-economic compromises?XII International Agriculture Symposium "AGROSYM 2021", Oct 2021, Sarajevo, Bosnia and Herzegovina
Communication dans un congrès
hal-03383185
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Flux balance modelling in developing tomato fruit: the respiration climacteric as an emergent property10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., May 2016, Montpellier, France
Communication dans un congrès
hal-02740471
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Integrative and predictive biology outside the plant: linking computational tools to fleshy fruit systemsColloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France
Communication dans un congrès
hal-02739719
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Cellular and subcellular metabolomics reveal changes during tomato leaf development9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France
Communication dans un congrès
hal-02740382
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Using metabolomic approaches and modelling of central metabolic to study fleshy fruit quality1. International Symposium on Metabolomics in Mexico, Jun 2015, Guadalajara, Mexico. 2 p
Communication dans un congrès
hal-02800371
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Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès
hal-02793195
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La métabolomique : un outil de la génomique fonctionnelle au service de la biologie des systèmes8e Congrès Jeunes Chercheurs de la SFBV, Société Française de Biologie Végétale (SFBV). FRA., Jun 2014, Tours, France. 1 p
Communication dans un congrès
hal-02801036
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Diurnal compositional changes of tomato fruit and leafMetabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p
Communication dans un congrès
hal-02803658
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Metabolomics data integration in tomato plant-fruit systems biologyMetabolomics-2012, International Conference and Exhibition on Metabolomics & Systems Biology, Feb 2012, San Francisco, United States
Communication dans un congrès
hal-02803433
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Compositional changes of tomato seeds during development and maturation6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France. p. 60
Communication dans un congrès
hal-02807332
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Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome Fluxome Facility (PMFB; http://www.bordeaux.inra.fr/umr619/NMR.htm)5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02749839
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Profils métaboliques du fruit de tomate au cours de sa maturation en présence de cadmium5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02746272
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Variation journalière de la composition métabolique de fruit de tomate en cours de maturation5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02749748
v1
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Plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility. Tools and applications at PMFB4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès
hal-02756773
v1
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Impact d’une contamination à long terme au cadmium sur la qualité du fruit de tomate (Solanum lycopersicum)21. Forum des sciences biologiques, Mar 2010, Mahdia, Tunisie
Communication dans un congrès
hal-02754676
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Applications and tools in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome FacilityMetabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès
hal-02757642
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Effets prolongés du cadmium sur certains métabolites primaires et secondaires à activités antioxydantes chez la tomate (Solanum lycopersicon)Third SMBBM International Congress of Biochemistry in parallel with the IUBMB Special Meeting on Plant stresses and The Sixth FASBMB Congress, Apr 2009, Marrakech, Maroc
Communication dans un congrès
hal-02754417
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Metabolic profiling techniques to assess and manage fruit qualitySMASH Meeting, Sep 2009, Chamonix, France
Communication dans un congrès
hal-02751149
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Mery-B : management and analysis of plant metabolomics 1H-NMR profilesMetabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02751144
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NMR profiling for the characterisation of melon commercial varieties and genetic resourcesMetabomeeting 2009, Jul 2009, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02753178
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Fruit metabolome changes of antisens transformants of fruit specific phosphenolpyruvate carboxylase (S1-ppc2) under various environmental conditions8. Colloque national de la SFBV, Jul 2009, Strasbourg, France
Communication dans un congrès
hal-02754892
v1
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Mery-B : Base de Données Métabolomiques dédiée au végétal et outils d’intégration, de visualisation et de traitement statistique de profils RMN 1H2. Journée scientifique du réseau RMN aquitain, Apr 2009, Bordeaux, France
Communication dans un congrès
hal-02752654
v1
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L'étude du métabolome de la tomate par RMN du proton14. Colloque de la recherche en IUT, May 2008, Lyon, France
Communication dans un congrès
hal-02758187
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1H NMR and LC-MS metabolomic analysis of tomato leafMetabomeeting 2008, Apr 2008, Lyon, France
Communication dans un congrès
hal-02756215
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Profils et empreintes métaboliques par RMN du proton pour évaluer les modifications attendues et inattendues de la composition de tomates transgéniques3.Journées Scientifiques, Feb 2008, Bordeaux, France
Communication dans un congrès
hal-02752709
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Analyse du profil métabolique chez des plants de tomate en réponse au stress cadmique3. Journées scientifiques RFMF, Feb 2008, Bordeaux, France
Communication dans un congrès
hal-02755981
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LC-MS metabolomic profiling of mesocarp tissue during tomato fruit development: comparison of different data pre-processing methods and analyses3. Annual international conference, Jun 2007, Manchester, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02756030
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1H-NMR metabolomic analysis of tomato leaf3. Annual international conference, Jun 2007, Manchester, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02756940
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Cell expansion in tomato mesocarp and locular tissues: integration of transcriptome and metabolome data3. Annual international conference, Jun 2007, Manchester, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02754523
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The Metabolome pole of the Functional Genomics Platform of Bordeaux2. Journées, Dec 2006, Saint-Sauves-d'Auvergne, France
Communication dans un congrès
hal-02753989
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Bioinformatics resources for the study of plant metabolomics4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02754398
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MétaboP: a French initiative supported by Génoplante for the development of analytical and bioinformatic tools for plant metabolomics4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02754317
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1H-NMR metabolic profiling reveals tissue specificity in tomato fruit4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02757194
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Metabolome-Fluxome facility at the Plant Systems Biology Institute in Bordeaux, France4. International conference, Apr 2006, Reading, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02754805
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Metabolomic profiling of two tissues during tomato (Solanum lycopersicum) fruit development: cross-validation of LC, LC/MS and NMR approaches2. Journées, Dec 2006, Saint Sauves d'Auvergne, France
Communication dans un congrès
hal-02753431
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Profils quantitatifs et empreintes métaboliques par RMN pour étudier la qualité des fruitsPremières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès
hal-02759652
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Pôle Métabolome à l'IFR 103 Biologie Végétale Intégrative de BordeauxPremières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès
hal-02764501
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Un outil informatique générique pour le stockage et le data-mining de données de métabolome de plantesPremières journées scientifiques, Dec 2005, Toulouse, France
Communication dans un congrès
hal-02759485
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Chemical fingerprinting for the evaluation of polar and non polar metabolite changes during fruit development in tomato (Solanum lycopersicum) by means of H NMR6. Colloque national de la SFBV, Apr 2005, Arcachon, France
Communication dans un congrès
hal-02762461
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Regulation of carbon metabolism in fruit through metabolomics and fluxomicsFrance Israël Agro-Biotechnologies Workshop, Dec 2004, Auzeville, France
Communication dans un congrès
hal-02761369
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Metabolic profiling by 1H NMR for detecting unintended effects in plant responses to pathogen, hormones and genetic variability5. Colloque général, Jul 2003, Orsay, France
Communication dans un congrès
hal-02760372
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Unveiling the Impact of Biostimulant Application on Tomato Metabolism through a metabolomics strategy16ème journées scientifiques du RFMF, Jun 2024, Saint malo, France
Poster de conférence
hal-04677506
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A project-scale map of metadata to improve future data managementAnalytics 2022, Sep 2022, Nantes, France.
Poster de conférence
hal-03776494
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The PHYTOSTIM Project (2021-2025): Toward an integrative Analysis of Phytostimulant Mode of Action and AcceptanceXII International Agriculture Symposium "AGROSYM 2021", Oct 2021, Sarajevo, Bosnia and Herzegovina. pp.P80, Agrosym 2021 - Book of proceedings
Poster de conférence
hal-03383359
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MetaboHUB-BordeauxJournées Scientifiques INRA-BAP, Sep 2019, Hyères, France. , 2019
Poster de conférence
hal-02570809
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Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence
hal-02743906
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The timing of shifts in the transcriptome and proteome in relation to metabolic state during tomato fruit developmentMetabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, Ireland. , 2016
Poster de conférence
hal-01603579
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Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and ApplicationsMetabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, Ireland. 2016
Poster de conférence
hal-02741696
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Combining MS and proton NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism12. Solanaceae Conference SOL 2015, Oct 2015, Bordeaux, France. 2015, SOL 2015 - Book of abstracts
Poster de conférence
hal-01606414
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Combining MS and NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence
hal-02739251
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Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence
hal-02743630
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Primary metabolism intermediates of two tomato leaf tissues in contrasted light intensity conditions9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence
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Assessment of metabolome compartmentation changes during tomato leaf development using nonaqueous fractionation12. Solanaceae Conference SOL 2015, Oct 2015, Bordeaux, France. 2015, SOL 2015 - Book of abstracts
Poster de conférence
hal-01603745
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Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB IA project. Tools and Applications8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence
hal-02799366
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XEML Interactive designerBordeaux Computational Biology and Bioinformatics, Nov 2014, Bordeaux, France. , 1 p., 2014
Poster de conférence
hal-01203290
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Combining metabolite and enzymatic profiling during tomato fruit development8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence
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Influence of diurnal factor on compositional changes of tomato fruit and leaf7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence
hal-02805301
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Mery-B: a plant metabolomics database and knowledge baseMetabolomics 2012, Jun 2012, Washington, United States. 1 p., 2012
Poster de conférence
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Compositional changes in fruit pericarp of water-stressed tomato in greenhouseMetabolomics 2012, Jun 2012, Washington, United States. 1 p., 2012
Poster de conférence
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Diurnal compositional changes in pericarp of tomato fruitMetabomeeting 2011, Sep 2011, Helsinki, Finland. , 1 p., 2011
Poster de conférence
hal-02747463
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Biological Controls in HorticultureClaire Prigent-Combaret; Bernard Dumas. Biocontrol of Plant Disease: Recent Advances and Prospects in Plant Protection, 1, Wiley; ISTE Ltd, 2022, 9781789450989. ⟨10.1002/9781394188277.ch2⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-03933715
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Untargeted Analysis of Semipolar Compounds by LC-MS and Targeted Analysis of Fatty Acids by GC-MS/GC-FID: From Plant Cultivation to Extract PreparationPlant Metabolomics, 1778, Springer Science + Business Media B.V., pp.101-124, 2018, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-7818-2. ⟨10.1007/978-1-4939-7819-9_8⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-01972166
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High-resolution 1H-NMR spectroscopy and beyond to explore plant metabolomeMetabolomics Coming of Age with its Technological Diversity, 67 (1ère éd.), Elsevier Ltd, 693 p., 2013, Advances in Botanical Research, 978-0-12-397922-3. ⟨10.1016/B978-0-12-397922-3.00001-0⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-02811296
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Recherches sur le melonRapport d'activités 1993-1994, INRA Editions, 1995, 2-7380-0631-0
Chapitre d'ouvrage
hal-02849188
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