
Cédric Hubas
- Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
- Station de Biologie Marine de Concarneau
- Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)
Présentation
Écologue microbien au Muséum national d’Histoire naturelle, je suis basé à la Station marine de Concarneau pour mes recherches.
Depuis plus de vingt ans, mes travaux de recherche portent sur la diversité, la structure et les fonctions des communautés microbiennes, en particulier dans des assemblages microbiens connus sous le nom de biofilms ou tapis microbiens. J’étudie comment ces communautés interagissent avec leur environnement (dans les milieux marins ou en eau douce), réagissent aux perturbations, et participent au fonctionnement des écosystèmes aquatiques.
Mon parcours scientifique a débuté par une thèse en 2006 consacrée aux interactions dans les biofilms marins, à leur participation aux grands cycles biogéochimiques et à leur sensibilité aux polluants. Entre 2012 et 2018, j’ai développé une approche intégrée combinant analyses biochimiques (pigments, lipides, exopolymères), écophysiologie, biogéochimie, écologie trophique, écotoxicologie, expérimentation en laboratoire, et observation in situ afin de parvenir à proposer une vision unificatrice des biofilms. Ces travaux ont abouti à mon Habilitation à Diriger des Recherches (HDR). Aujourd’hui, mes recherches s’orientent vers les enjeux environnementaux contemporains : pollution, changement climatique, résilience des habitats côtiers. Pour cela, je mobilise des outils tels que la métabolomique, l’analyse des signatures chimiques (« fingerprinting »), le métabarconding et les approches intégrées microbiome–métabolome.
À travers mes publications et mes collaborations, je m’efforce de mieux comprendre et valoriser le rôle fondamental des communautés microbiennes dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques.
Je m’intéresse également à la vulgarisation scientifique, à la biodiversité invisible (micro-organismes, micro-invertébrés : tel que le tardigrade), et à la mise en valeur des micro-organismes dans les dynamiques écosystémiques.
Domaines de recherche
Compétences
Publications
Publications
Caractérisation des substances polymériques extracellulaires (EPS) de biofilms de diatomées benthiques marines35ème Colloque de l’Association des Diatomistes de Langue Française (ADLaF), Sep 2016, Belvaux, Luxembourg
Communication dans un congrès
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Analyse par imagerie hyperspectrale sous-marine : Révéler la variabilité de l'efficacité des récifs artificielsRencontres de l'éolien en mer, Jun 2023, Paris, France. , 2023, ⟨10.5281/zenodo.7993663⟩
Poster de conférence
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Characterization of diatom adhesion properties on different substrates: from population to individual scale11th Symposium for European Freshwater Sciences (SEFS), Jun 2019, Zagreb, Croatia
Poster de conférence
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Mangrove meiofauna as bio-indicator for the monitoring of coastal and transitional waters in French Guiana (South America).SeventIMCO, the 17th International Meiofauna Conference: Meiofauna in a changing world, Jul 2019, Evora, Portugal
Poster de conférence
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Des structures artificielles plus sûres pour l'environnement marinÉric Fouilland; Françoise Gourmelon. Explorer l’environnement : Des solutions pour innover, Partie 3, CNRS Editions, pp.200-204, 2024, Écologie, environnement, sciences de la Terre, 9782271152367
Chapitre d'ouvrage
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Meiofauna and Biofilms—The Slimy UniverseNew Horizons in Meiobenthos Research, Springer International Publishing, pp.55-78, 2023, ⟨10.1007/978-3-031-21622-0_3⟩
Chapitre d'ouvrage
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Les tardigrades, des animaux à toute épreuve ?Jean-Denis, Vigne; Bruno, David; Guillaume, Lecointre; Frédérique, Chlous; Gaël, Clément; Jian-Sheng, Sun. La Terre, le vivant, les humains : Petites et grandes découvertes de l'histoire naturelle, La découverte, pp.420, 2022, 978-2348075650
Chapitre d'ouvrage
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Microphytobenthic Biofilms: Composition and InteractionsMudflat Ecology, Springer International Publishing, pp.63-90, 2018, ⟨10.1007/978-3-319-99194-8_4⟩
Chapitre d'ouvrage
mnhn-02546153
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Mudflat Ecosystem Engineers and ServicesMudflat Ecology, Springer International Publishing, pp.243-269, 2018, ⟨10.1007/978-3-319-99194-8_10⟩
Chapitre d'ouvrage
mnhn-02546159
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Towards a better understanding of the effects of self-shading on Fucus serratus populations2021, pp.100086. ⟨10.24072/pci.ecology.100086⟩
Autre publication scientifique
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Environmental heterogeneity drives phytoplankton community assembly patterns in a tropical riverine system2021, pp.100083. ⟨10.24072/pci.ecology.100083⟩
Autre publication scientifique
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How metabolites and metabolism in aquatic biofilms reveal ecological responses to global change and their interactions2025
Pré-publication, Document de travail
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Unraveling the Microbiome-Metabolome Nexus for Innovative One-Health Solution2025
Pré-publication, Document de travail
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HoloTrackMuseum national d'histoire naturelle (MNHN PARIS). 2023, pp.26
Rapport
(rapport technique)
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Rôle des communautés microbiennes dans les flux de matière des sédiments meubles intertidauxMicrobiologie et Parasitologie. Université du littoral côte d'Opale, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
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Biofilms, tapis et agrégats microbiens : vers une vision unificatriceMicrobiologie et Parasitologie. Muséum National d'Histoire Naturelle, 2018
HDR
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