Responsable du département des plateformes technologiques à l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (CEA - CNRS - UParisSaclay)
Responsable scientifique de la plateforme de séquençage de l'I2BC
Expérience et éducation
Responsable du département des Plateformes Plateformes de l'I2BC – Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (UMR9198, Gif-sur-Yvette, France)
Depuis janvier 2026.
Coordination de l'activité des 17 plateformes de l'I2BC (environ 55 personnes, 2 assistants). Les domaines technologiques couverts incluent le séquençage, la protéomique, la biophysique, la biologie structurale, l'imagerie et la bioinformatique intégrative, toutes des technologies de pointe offrant une large résolution : de l'organite/tissu à la cellule unique, voire à la molécule unique.
Représentation du département auprès des instances de gouvernance de l'unité (Comité exécutif, Conseil scientifique) et des infrastructures nationales hébergeant ses plateformes (FRISBI, France BioImaging, France Génomique, Institut Français de Bioinformatique, ProFi).
Directeur scientifique de la plateforme de séquençage – Institut de biologie intégrative de la cellule (UMR9198, Gif-sur-Yvette, France)
Depuis janvier 2021.
Définition de la politique scientifique et qualité de la plateforme au sein d'un système qualité certifié. Management d'une équipe de sept personnes, d'équipements de séquençage de pointe (Illumina, Oxford Nanopore Technologies, 10X Genomics) et de projets de recherche. Participation à France Génomique en tant que plateforme de séquençage de l'infrastructure.
Projets de recherche :
- PEPR Biothérapies et Bioproduction de Thérapies Innovantes : QuaAAV "Approches innovantes de contrôle qualité pour accompagner le déploiement des thérapies géniques de demain"
- Programmes transverses I2BC : EpiRNA « Identification du paysage épitranscriptomique des différents ARN codants et non codants » (4 ans), BacDrop « Application de la technologie unicellulaire aux populations bactériennes » (2 ans)
Enseignements : Application des principes FAIR à un projet de Bioinformatique (co-organisé avec l'Infrastructure Nationale Institut Français de Bioinformatique, en 2020, 2021, 2022), Introduction à la gestion des plateformes (Université Paris Saclay, M2 GeneE2 et M2 Microbiologie fondamentale, en 2024, 2025)
De juin 2022 à juin 2025.
Membre du Comité pour la Science Ouverte – Collège des Données de la recherche. Collaboration avec le Collège Compétences et Formations.
De décembre 2019 à décembre 2020.
Directeur technique de la bioinformatique au sein de la plateforme de séquençage.
Bioinformatique et biologie des systèmes computationnels du cancer – Institut Curie
Paris (France), de mai à décembre 2019.
Encadrement : Emmanuel Barillot, Andrei Zinovyev.
Chercheur postdoctoral.
Projets : Médulloblastome M5 (ITMO) et « Soins pédiatriques individualisés » (iPC, H2020). Analyse, déconvolution et modélisation de données multi-omiques issues de cancers pédiatriques.
Computational Systems Biology Group – Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure
Paris (France), de juillet 2014 à avril 2019.
Encadrement : Denis Thieffry, Morgane Thomas-Chollier.
Ingénieur d’Études (CDD) et doctorant (ED515 Complexité du vivant).
Projets de recherche :
- De décembre 2015 à avril 2019 : Projet « Systaim » (ITMO Cancer, thèse de doctorat). Objectif : modélisation des voies de co-inhibition des lymphocytes T pour prédire les réponses antitumorales aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire. Collaboration avec B. Malissen (CIML, Marseille).
- De juillet 2015 à décembre 2015 : Projet « Echinodal » (ANR). Objectif : modélisation logique du réseau de régulation de la spécification de l’axe dorso-ventral chez l’oursin P. lividus. Collaboration avec T. Lepage (IBV, Nice).
- De juillet 2014 à juin 2015 : Projet « iBone » (ANR-BMBF). Objectif : comprendre les mécanismes de l’ostéoporose par l’épigénomique. Développement d’un pipeline automatisé d’analyse des données ChIP-seq. Collaboration avec E. Hesse (UKE, Hambourg), S. Johnsen (GGNB, Göttingen) et V. Geoffroy (INSERM, Nantes).
Projet de thèse : de janvier 2016 à avril 2019 : « Modélisation des processus inhibiteurs des cellules T dans la réponse antitumorale » (soutenance : 5 juin 2019).
Enseignement : reproductibilité des analyses ChIP-seq (NU Singapour), modélisation logique (atelier ECCB16), protéomique (niveau L3, ENS).
Autres : activités collaboratives au sein du Consortium pour les modèles et outils logiques (CoLoMoTo).
Protein Analysis Facility – Université de Lausanne
Lausanne (Suisse), de novembre 2009 à juin 2014.
Encadrant : Manfredo Quadroni
Bioinformaticienne intégrée à la plateforme de protéomique, incluant le développement d'outils internes, l'analyse de données protéomiques primaires, la maintenance d'un système LIM ainsi que d'ordinateurs et serveurs dédiés (Mascot, MaxQuant, Proteome Discoverer).
Enseignement : protéomique (cours organisé par la plateforme), protéogénomique (consortium ProteomeXchange, Université de Berne-Fribourg).
Groupe Vital-IT – Institut suisse de bioinformatique
Genève (Suisse), de novembre 2002 à novembre 2010.
Encadrement : Ron D. Appel, Frédérique Lisacek.
Bioinformaticienne. Participation à différents projets initiés au sein du groupe Proteome Informatics (notamment SwissPIT, Popitam, Aldente) ou en collaboration avec la société GeneBio (Phenyx), le groupe de recherche en protéomique biomédicale (pICarver, MALDIPepQuant) ou le groupe Swiss-Prot (ExPASy).
Encadrement d'étudiants de Master 2. Assistant d'enseignement pour les travaux pratiques de Perl.
Groupe Helix – Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique
Grenoble (France), d'octobre 2000 à septembre 2002.
Encadrement : Hidde de Jong, François Rechenmann.
Ingénieur associé. Participation au développement de Genetic Network Analyzer (GNA), un logiciel de description et de simulation de réseaux de régulation génétique utilisant une approche qualitative (équations différentielles linéaires par morceaux).
DESS “Informatique appliquée à la Biologie” (M2) à l'Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (France).
Année universitaire 1999-2000.
Expertises
Expertise en management
Gestion stratégique, budgétaire et d'équipe ; Système de gestion de la qualité
Gestion de projet ; synthèse de l'information, compétences organisationnelles et décisionnelles
Résolution des conflits
Expertise scientifique
Technologies de séquençage à haut débit, équipements (lectures courtes, lectures longues) et analyse de données (en masse, unicellulaires)
Intégration et visualisation des données de biologie des systèmes
Modélisation des réseaux de régulation, notamment par formalisme logique
Protéomique : identification et quantification par spectrométrie de masse
Autres compétences
Principes FAIR et reproductibilité appliqués aux projets bioinformatiques (gestion des flux de travail, notebooks, virtualisation, systèmes de versionnage)
Langages de programmation et principes de développement logiciel.
Langues
- French : mother tongue.
- English : full professional working proficiency.
- Dutch : elementary proficiency (‘Maatschappelijk Informeel’ INFO certificate 2016).
- Japanese : elementary proficiency (Japanese Language Proficiency Test, level 4).
